Études structurales d’interactions protéine/protéine impliquées dans l’érythropoïèse

Le développement hématopoïétique est régulé par l’action combinée de facteurs de transcription lignée spécifiques et de la machinerie transcriptionnelle de base, permettant ainsi l’expression de gènes en temps et lieu appropriés. Les travaux présentés dans cette thèse portent sur l’étude structurale et fonctionnelle d’interactions décisives pour la régulation de l’expression de gènes et impliquant des domaines de transactivation (TAD). En effet, les interactions faisant intervenir les TAD d’activateurs permettent de réguler l’activation de la transcription de façon spécifique. La première étude présentée dans cette thèse relate l'identification et la caractérisation d'une nouvelle interaction entre deux facteurs de transcription : le facteur hématopoïétique GATA-1 et la protéine suppresseur de tumeur p53. En combinant des études in vitro par titrage calorimétrique en condition isotherme (ITC) et par spectroscopie RMN et des études in vivo, nous avons identifié et caractérisé cette nouvelle interaction. Il s'avère que le TAD de p53 et le domaine de liaison à l’ADN de GATA-1 sont les domaines minimaux requis pour la formation de ce complexe. L'inhibition de la voie p53 par GATA-1 s’est avérée être la conséquence majeure de cette interaction, permettant ainsi le maintien en vie des précurseurs érythrocytaires via l’inhibition de l’apoptose. Un deuxième type d’interaction a fait l’objet d’études : l’interaction entre divers TAD et la machinerie transcriptionnelle de base, plus spécifiquement avec le Facteur général de Transcription IIH (TFIIH). La structure des complexes constitués par la sous-unité Tfb1/p62 du facteur TFIIH en interaction avec le TAD viral de VP16 d’une part, et avec le TAD humain du facteur érythrocytaire « Erythroid Krüppel-like factor» (EKLF) d’autre part, ont été résolues par spectroscopie RMN. La structure du complexe Tfb1/VP16 a révélée que le mode de liaison de VP16 à Tfb1 est similaire au mode de liaison du TAD de p53 avec le même partenaire. En effet, les TAD de VP16 et de p53 forment tous deux une hélice α de 9 résidus en interaction avec Tfb1. En dépit de partager avec p53 et VP16 le même site de liaison sur Tfb1/p62, la structure RMN du complexe EKLF/Tfb1 démontre que le mode d’interaction de ce TAD se distingue du mode de liaison canonique des activeurs transcriptionnels. Etonnamment, EKLF adopte un mécanisme de liaison semblable au mécanisme de liaison du facteur général de transcription TFIIEα avec p62, leurs conformations demeurent étendues en interaction avec Tfb1/p62. En se basant sur nos données structurales, nous avons identifié un résidu dans le TAD d'EKLF décisif pour la formation du complexe EKLF/p62 : le Trp73. La mutation de cet acide aminé perturbe son interaction avec Tfb1PH/p62PH et réduit significativement l'activité transcriptionnelle d'EKLF dans les érythrocytes.

Identification et caractérisation d'un domaine de transactivation dans l’hélicase E1 des papillomavirus humains

Les papillomavirus sont des virus à ADN qui infectent la peau et les muqueuses. Ils causent des verrues et peuvent aussi mener au développement de cancers, dont le cancer du col de l’utérus. La réplication de leur génome nécessite deux protéines virales : l’hélicase E1 et le facteur de transcription E2, qui recrute E1 à l’origine de réplication virale. Pour faciliter l’étude de la réplication du génome viral, un essai quantitatif et à haut débit basé sur l’expression de la luciférase a été développé. Parallèlement, un domaine de transactivation a été identifié dans la région régulatrice N-terminale de la protéine E1. La caractérisation de ce domaine a montré que son intégrité est importante pour la réplication de l’ADN. Cette étude suggère que le domaine de transactivation de E1 est une région protéique intrinsèquement désordonnée qui permet la régulation de la réplication du génome viral par son interaction avec diverses protéines.

Caractérisation structurale et fonctionnelle des interactions impliquant TFIIH et les domaines de transactivation viraux

Le facteur de transcription IIH (TFIIH) joue un rôle crucial dans la transcription et dans la réparation de l’ADN. La sous-unité Tfb1/p62 (levure et humain) de TFIIH interagit avec de nombreux facteurs de transcription (p53, NFκB, TFIIEα) et de réparation (Rad2/XPG and Rad4/XPC) (1). La majorité des interactions avec Tfb1/p62 requiert le domaine d’homologie à la Pleckstrin (PH) localisé dans la région N-terminal de la protéine (2, 3). Ce domaine PH forme des complexes avec des domaines de transactivation acide provenant de protéines cibles impliquées dans la transcription et la réparation de l’ADN. De récentes études ont montré que Tfb1/p62 est une cible pour les protéines virales telles que la protéine VP16 du virus de l’herpès simplex (HSV) de type 1, la protéine E1 du virus du papillome humain (VPH) et la protéine EBNA-2 du virus Epstein-Barr (EBV) (4, 5). Ces protéines virales interagissent avec la sous-unité Tfb1/p62 par un domaine de transactivation acide suggérant une interaction similaire à ce qui est observé chez les facteurs de transcription humains comme p53. Ce mémoire présente une caractérisation structurelle et fonctionnelle du complexe formé par la protéine virale EBNA2 et la protéine humaine Tfb1/p62. L’analyse est faite en utilisant le titrage calorimétrique isotherme (ITC), la résonance magnétique nucléaire (RMN) et une expérience de transactivation chez la levure. Cette étude amène une plus grande compréhension des protéines impliquées dans les maladies comme le lymphome de Burkitt et le lymphome de Hodgkin qui sont souvent associées à l’infection à l’EBV (revue dans (6)) et caractérise une cible potentielle pour un antiviral.

Étude sur la reconnaissance de l'ubiquitine par les domaines de transactivation acides des activateurs de transcription

Les domaines de transactivation (TAD) acides sont présents dans plusieurs protéines oncogéniques, virales et dans des facteurs de différenciation de cellules souches. Ces domaines acides contrôlent la transcription à travers une myriade d’interactions avec divers partenaires ce qui provoque l’activation de la transcription ou leur propre élimination. Cependant, dans la dernière décennie, de plus en plus de recherches ont démontré que les TAD possédaient un sous-domaine activation/dégradation (DAD) responsable pour une fonction d'activation de la transcription dépendante de la dégradation de la protéine. Un tel phénomène peut être accompli par plusieurs moyens tels que des modifications post-traductionnelles, l’association à des cofacteurs ou la formation d’un réseau d’interaction complexe en chaînes. Or, aucune preuve concrète n’a pu clairement démontrer le fonctionnement de la dépendance paradoxale entre ces deux fonctions sur un activateur de transcription. Le DAD, a été observé dans plusieurs facteurs de transcription incluant la protéine suppresseur de tumeur p53 et le facteur de différenciation érythrocyte EKLF. Un aspect particulier des DAD est que la composition de leur séquence d’acide aminé est fortement similaire à celle des domaines de liaison à l’ubiquitine (UBD) qui jouent un rôle clé dans le contrôle de la transcription à travers leur interaction non-covalente avec l’ubiquitine. Ainsi, dans ce mémoire, nous avons étudié la possibilité que les TAD acides soient capables d’agir comme UBD pour réguler leur fonction paradoxale à travers des interactions non-covalentes avec l’ubiquitine. L’analyse est faite en utilisant la résonnance magnétique nucléaire (RMN) ainsi qu’avec des essais fonctionnels de dégradation. En somme, cette étude amène une plus grande compréhension des protéines impliquées dans le contrôle des TAD et caractérise le tout premier exemple de TAD capable d’interagir avec l’ubiquitine.

Le ‘Efficient Component Pricing Rule’ en tant que tarif d'accès aux réseaux dans le domaine des télécommunications.

Rapport de recherche

Influence de l'instantanéité des échanges sur la norme dans le domaine biomédical

Département de linguistique et de traduction

Fédéralisme, concurrence intergouvernementale et intérêt national dans le domaine des valeurs mobilières au Canada

La structure de la réglementation des valeurs mobilières au Canada fait périodiquement l'objet d'un débat public et une des questions sous-jacentes est celle du partage des compétences législatives prévu par la Constitution canadienne. Le débat a été relancé en 2003 par la recommandation d'un comité de personnes averties de centraliser cette réglementation au fédéral. Les provinces, sauf l'Ontario, demeurent opposées à l'idée, préférant plutôt l'harmonisation réglementaire. Pour alléger le fardeau réglementaire des émetteurs, elles tentent également de mettre en oeuvre un « régime de passeport ». Ce débat présente la question comme un jeu à somme nulle, occultant ainsi certains principes fondamentaux du fédéralisme: innovation provinciale dans une union économique nationale. Dans ce mémoire, nous proposons donc une structure réglementaire, basée sur la théorie de la concurrence intergouvernementale, qui s'harmonise avec les compétences du gouvernement fédéral et des provinces tout en optimisant leurs atouts respectifs.

La loi applicable au fond dans les litiges concernant les noms de domaine

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures En vue de l'obtention du grade de Maîtrise en droit (L.L.M.)"

La régulation de l'internet: noms de domaine et droit des marques

Les conflits entre les noms de domaine et les marques de commerce surgissent essentiellement par manque de coordination entre le système d'enregistrement des noms de domaine et celui des marques. Les marques sont enregistrées par des autorités publiques gouvernementales et les droits qui en découlent ne peuvent s'exercer que sur le territoire du pays d'origine. Le système d'enregistrement des noms de domaine, basé sur la règle "du premier arrivé, premier servi", ne connaît pas de limites géographiques et ignore le principe de spécialité propre aux marques de commerce. L'absence de lien entre ces deux systèmes a permis, l'enregistrement comme noms de domaine par des tiers, de marques de commerce de renom suscitant la confusion quant aux origines des sites. Le nom de domaine constitue un nouveau signe distinctif se situant à la frontière de la régulation technique et du contenu et représente le cadre idéal pour étudier les fondements légitimes de l'intervention du droit dans le cyberespace. En effet, le système des noms de domaine se construit autour de choix et de contraintes techniques dont les concepteurs n'imaginaient pas qu'ils deviendraient la source d'un important contentieux. Les noms de domaine, portes d'accès au réseau, font l'objet d'une tentative de régulation qui concilie les forces contraires de l' ''aterritorialité'' des noms de domaine, avec la "territorialité" des marques de commerce. Cette régulation repose sur la synergie entre l'architecture technique, les normes sociales, l'autoréglementation, le marché et la loi et se présente comme un laboratoire d'idées pour une définition de la régulation de l'Internet. La problématique des noms de domaine et des marques de commerce, constitue une application pratique de cette "corégulation" et amorce ainsi une évolution juridique, facteur de construction du droit sur l'Internet.

L'influence du contexte conjoncturel sur la fonction intégrative de la cour de justice des communautés européennes dans le domaine de la libre circulation des marchandises

Le rôle intégratif que la Cour de justice des Communautés européennes (CJCE) a joué dans la construction européenne est bien connu et très documenté. Ce qui l'est moins ce sont les raisons qui l'ont motivé, et le motivent encore. Si certains se sont déjà penchés sur cette question, un aspect a néanmoins été complètement négligé, celui de l'influence qu'a pu avoir à cet égard le contexte conjoncturel sur la jurisprudence communautaire et plus précisément sur l'orientation que la Cour a choisi de lui donner. Dans ce cadre, les auditoires de la Cour ont un rôle déterminant. Pour s'assurer d'une bonne application de ses décisions, la Cour est en effet amenée à prendre en considération les attentes des États membres, des institutions européennes, de la communauté juridique (tribunaux nationaux, avocats généraux, doctrine et praticiens) et des ressortissants européens (citoyens et opérateurs économiques). Aussi, à la question du pourquoi la CJCE décide (ou non) d'intervenir, dans le domaine de la libre circulation des marchandises, en faveur de l'intégration économique européenne, j'avance l'hypothèse suivante: l'intervention de la Cour dépend d'une variable centrale : les auditoires, dont les attentes (et leur poids respectif) sont elles-mêmes déterminées par le contexte conjoncturel. L'objectif est de faire ressortir l'aspect plus idéologique de la prise de décision de la Cour, largement méconnu par la doctrine, et de démontrer que le caractère fluctuant de la jurisprudence communautaire dans ce domaine, et en particulier dans l'interprétation de l'article 28 du traité CE, s'explique par la prise en compte par la Cour des attentes de ses auditoires, lesquels ont majoritairement adhéré à l'idéologie néolibérale. Afin de mieux saisir le poids - variable - de chaque auditoire de la Cour, j'apprécierai, dans une première partie, le contexte conjoncturel de la construction européenne de 1990 à 2006 et notamment le virage néolibéral que celle-ci a opéré. L'étude des auditoires et de leur impact sur la jurisprudence fera l'objet de la seconde partie de ma thèse. Je montrerai ainsi que la jurisprudence communautaire est une jurisprudence « sous influence », essentiellement au service de la réalisation puis de l'approfondissement du marché intérieur européen.

En marge de l'affaire Norbourg : les enjeux substantifs et punitifs suscités par le double aspect, réglementaire et criminel, de certains comportements frauduleux dans le domaine des valeurs mobilières

Article accepté pour publication dans Les Cahiers de droit 2009 dont le thème spécial est : Dérives et évolutions du droit pénal. Les auteurs ont la permission de diffuser cet article dans Papyrus jusqu’à sa parution dans Les Cahiers de droit.

Analyse fonctionnelle de la polycystine-1 et de son domaine intracellulaire dans le développement de la polykystose rénale autosomique dominante

La polykystose rénale autosomique dominante (PKRAD) est la maladie génétique rénale la plus commune touchant 1/500 personnes. Elle se caractérise principalement par la formation de kystes rénaux dans tous les segments du néphron, entraînant l’insuffisance rénale, et par des manifestations extrarénales kystiques (foie, pancréas, rate) et non-kystiques (anomalies cardiaques, vasculaires et cérébrales). Deux gènes, PKD1 et PKD2, sont responsables de 85 et 15% des cas respectivement. Ces gènes encodent les polycystine-1 (PC-1) et -2 (PC-2) qui forment un complexe à la membrane plasmique et ciliaire des cellules épithéliales rénales. PC-1 est une protéine transmembranaire de 4302 acides aminés possédant un court domaine intracellulaire incluant un motif coiled-coil impliqué dans l’interaction entre PC-1 et PC-2 in-vitro. L’importance du coiled-coil est démontrée par des mutations affectant spécifiquement ce motif chez des patients PKRAD. Le mécanisme pathogénétique responsable de la PKRAD est indéterminé. Chez la souris, la PKRAD se développe suite à l’ablation (Pkd1-/-) ou lors de la surexpression (SBPkd1TAG) de Pkd1, ce qui suggère un effet de dosage. Des anomalies ciliaires sont aussi souvent associées à PKRAD. Mon objectif était de déterminer in-vivo le mécanisme pathogénétique de la polycystine-1 dans le développement des symptômes PKRAD rénaux et extrarénaux et plus spécifiquement, le rôle du motif coiled-coil dans le mécanisme de kystogenèse. Pour ce faire, nous avons généré deux constructions, Pkd1 sauvage (Pkd1TAG) et Pkd1 tronquée de son motif coiled-coil (Pkd1ΔCoiled-coil), par recombinaison homologue à partir du BAC-Pkd1 sauvage comprenant la séquence murine entière de Pkd1. Trois lignées de souris Pkd1TAG générées par microinjection démontrent un niveau d’expression de Pkd1 qui corrèle avec le nombre de copie du transgène (2, 5 et 15 copies). Les souris Pkd1TAG reproduisent la PKRAD en développant des kystes rénaux dans toutes les parties du néphron et des cils primaires plus longs que les contrôles non transgéniques. Les analyses physiologiques supportent que les souris Pkd1TAG développent une insuffisance rénale et démontrent une augmentation du volume urinaire de même qu’une diminution de l’osmolalité, de la créatinine et des protéines urinaires. De plus, les souris Pkd1TAG développent des kystes hépatiques, des anomalies cardiaques associées à des dépôts de calcium et des anévrismes cérébraux. La sévérité du phénotype augmente avec l’expression de Pkd1 appuyant l’hypothèse d’un mécanisme de dosage. Nous avons aussi déterminé que l’expression du transgène Pkd1TAG complémente le phénotype létal-embryonnaire des souris Pkd1-/-. D’autre part, nous avons générés 4 lignées de souris Pkd1ΔCoiled-coil (2 et 15 copies du transgène) dont le nombre de copies corrèle avec le niveau d’expression du transgène. Ces souris Pkd1ΔCoiled-coil, contrairement aux Pkd1TAG de même âge, ne développent pas de kystes et possèdent des cils primaires de longueur normale. Afin d’évaluer le rôle du motif coiled-coil en absence de polycystine-1 endogène, nous avons croisé les souris Pkd1ΔCoiled-coil avec les souris Pkd1-/-. Contrairement aux souris Pkd1-/- qui meurent in-utéro, les souris Pkd1ΔCoiled-coil; Pkd1-/- survivent ~10 à 14 jours après la naissance. Elles démontrent des kystes rénaux et pancréatiques sévères, un retard de croissance et des anomalies pulmonaires. Tous les segments du néphron sont affectés. Mon projet démontre que la surexpression de Pkd1 est un mécanisme pathogénique de la PKRAD tant au niveau rénal qu’extrarénal. De plus, il démontre que le motif coiled-coil est un élément déterminant dans la kystogenèse/PKRAD in-vivo.

L’écolabellisation dans le domaine de la pêche

Dans le domaine de la pêche, les initiatives d’écolabellisation ont été perçues comme un moyen simultané de maintenir la productivité et la valeur économique de la pêche tout en améliorant sa gestion et la conservation de la biodiversité marine. Cet article présente les principaux écolabels dans le domaine de la pêche ainsi que les enjeux actuellement associés au développement de ces démarches volontaires.

L'utilisation du domaine de la preuve par la Cour suprême du Canada dans la détermination des droits économiques des Autochtones conformément à ses propres valeurs

La Cour suprême du Canada (« Cour ») prône « ses propres valeurs» dans la détermination des droits économiques des Autochtones, dont la prédominance des intérêts économiques des non Autochtones, ainsi que la protection du couple souveraineté canadienne/primauté du droit. Ces valeurs sont maintenues avec constance par la Cour, malgré l'évolution du cadre juridique canadien applicable aux revendications des droits économiques par les Autochtones. Ce mémoire démontre que, depuis la constitutionnalisation des droits économiques des Autochtones en 1982, le domaine de la preuve - tant par l'invocation de règles de preuve que par l'appréciation de la preuve - est le principal outil invoqué par la Cour en rhétorique au soutien de la détermination des droits économiques des Autochtones selon ses propres valeurs. De plus, notre recherche nous a également permis de formuler plusieurs critiques relatives à l'indiscipline de la Cour dans l'application du domaine de la preuve dans les décisions portant sur les droits économiques des Autochtones.