Comparative mitochondrial genomics toward understanding genetics and evolution of arbuscular mycorrhizal fungi

Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sont très répandus dans le sol où ils forment des associations symbiotiques avec la majorité des plantes appelées mycorhizes arbusculaires. Le développement des CMA dépend fortement de la plante hôte, de telle sorte qu'ils ne peuvent vivre à l'état saprotrophique, par conséquent ils sont considérés comme des biotrophes obligatoires. Les CMA forment une lignée évolutive basale des champignons et ils appartiennent au phylum Glomeromycota. Leurs mycélia sont formés d’un réseau d’hyphes cénocytiques dans lesquelles les noyaux et les organites cellulaires peuvent se déplacer librement d’un compartiment à l’autre. Les CMA permettent à la plante hôte de bénéficier d'une meilleure nutrition minérale, grâce au réseau d'hyphes extraradiculaires, qui s'étend au-delà de la zone du sol explorée par les racines. Ces hyphes possèdent une grande capacité d'absorption d’éléments nutritifs qui vont être transportés par ceux-ci jusqu’aux racines. De ce fait, les CMA améliorent la croissance des plantes tout en les protégeant des stresses biotiques et abiotiques. Malgré l’importance des CMA, leurs génétique et évolution demeurent peu connues. Leurs études sont ardues à cause de leur mode de vie qui empêche leur culture en absence des plantes hôtes. En plus leur diversité génétique intra-isolat des génomes nucléaires, complique d’avantage ces études, en particulier le développement des marqueurs moléculaires pour des études biologiques, écologiques ainsi que les fonctions des CMA. C’est pour ces raisons que les génomes mitochondriaux offrent des opportunités et alternatives intéressantes pour étudier les CMA. En effet, les génomes mitochondriaux (mt) publiés à date, ne montrent pas de polymorphismes génétique intra-isolats. Cependant, des exceptions peuvent exister. Pour aller de l’avant avec la génomique mitochondriale, nous avons besoin de générer beaucoup de données de séquençages de l’ADN mitochondrial (ADNmt) afin d’étudier les méchanismes évolutifs, la génétique des population, l’écologie des communautés et la fonction des CMA. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de doctorat consiste à: 1) étudier l’évolution des génomes mt en utilisant l’approche de la génomique comparative au niveau des espèces proches, des isolats ainsi que des espèces phylogénétiquement éloignées chez les CMA; 2) étudier l’hérédité génétique des génomes mt au sein des isolats de l’espèce modèle Rhizophagus irregularis par le biais des anastomoses ; 3) étudier l’organisation des ADNmt et les gènes mt pour le développement des marqueurs moléculaires pour des études phylogénétiques. Nous avons utilisé l’approche dite ‘whole genome shotgun’ en pyroséquençage 454 et Illumina HiSeq pour séquencer plusieurs taxons de CMA sélectionnés selon leur importance et leur disponibilité. Les assemblages de novo, le séquençage conventionnel Sanger, l’annotation et la génomique comparative ont été réalisés pour caractériser des ADNmt complets. Nous avons découvert plusieurs mécanismes évolutifs intéressant chez l’espèce Gigaspora rosea dans laquelle le génome mt est complètement remanié en comparaison avec Rhizophagus irregularis isolat DAOM 197198. En plus nous avons mis en évidence que deux gènes cox1 et rns sont fragmentés en deux morceaux. Nous avons démontré que les ARN transcrits les deux fragments de cox1 se relient entre eux par épissage en trans ‘Trans-splicing’ à l’aide de l’ARN du gene nad5 I3 qui met ensemble les deux ARN cox1.1 et cox1.2 en formant un ARN complet et fonctionnel. Nous avons aussi trouvé une organisation de l’ADNmt très particulière chez l’espèce Rhizophagus sp. Isolat DAOM 213198 dont le génome mt est constitué par deux chromosomes circulaires. En plus nous avons trouvé une quantité considérable des séquences apparentées aux plasmides ‘plasmid-related sequences’ chez les Glomeraceae par rapport aux Gigasporaceae, contribuant ainsi à une évolution rapide des ADNmt chez les Glomeromycota. Nous avons aussi séquencé plusieurs isolats de l’espèces R. irregularis et Rhizophagus sp. pour décortiquer leur position phylogénéque et inférer des relations évolutives entre celles-ci. La comparaison génomique mt nous montré l’existence de plusieurs éléments mobiles comme : des cadres de lecture ‘open reading frames (mORFs)’, des séquences courtes inversées ‘short inverted repeats (SIRs)’, et des séquences apparentées aux plasimdes ‘plasmid-related sequences (dpo)’ qui impactent l’ordre des gènes mt et permettent le remaniement chromosomiques des ADNmt. Tous ces divers mécanismes évolutifs observés au niveau des isolats, nous permettent de développer des marqueurs moléculaires spécifiques à chaque isolat ou espèce de CMA. Les données générées dans mon projet de doctorat ont permis d’avancer les connaissances fondamentales des génomes mitochondriaux non seulement chez les Glomeromycètes, mais aussi de chez le règne des Fungi et les eucaryotes en général. Les trousses moléculaires développées dans ce projet peuvent servir à des études de la génétique des populations, des échanges génétiques et l’écologie des CMA ce qui va contribuer à la compréhension du rôle primorial des CMA en agriculture et environnement.

Priv-C : une politique de confidentialité personnalisable

Les politiques de confidentialité définissent comment les services en ligne collectent, utilisent et partagent les données des utilisateurs. Bien qu’étant le principal moyen pour informer les usagers de l’utilisation de leurs données privées, les politiques de confidentialité sont en général ignorées par ces derniers. Pour cause, les utilisateurs les trouvent trop longues et trop vagues, elles utilisent un vocabulaire souvent difficile et n’ont pas de format standard. Les politiques de confidentialité confrontent également les utilisateurs à un dilemme : celui d’accepter obligatoirement tout le contenu en vue d’utiliser le service ou refuser le contenu sous peine de ne pas y avoir accès. Aucune autre option n’est accordée à l’utilisateur. Les données collectées des utilisateurs permettent aux services en ligne de leur fournir un service, mais aussi de les exploiter à des fins économiques (publicités ciblées, revente, etc). Selon diverses études, permettre aux utilisateurs de bénéficier de cette économie de la vie privée pourrait restaurer leur confiance et faciliter une continuité des échanges sur Internet. Dans ce mémoire, nous proposons un modèle de politique de confidentialité, inspiré du P3P (une recommandation du W3C, World Wide Web Consortium), en élargissant ses fonctionnalités et en réduisant sa complexité. Ce modèle suit un format bien défini permettant aux utilisateurs et aux services en ligne de définir leurs préférences et besoins. Les utilisateurs ont la possibilité de décider de l’usage spécifique et des conditions de partage de chacune de leurs données privées. Une phase de négociation permettra une analyse des besoins du service en ligne et des préférences de l’utilisateur afin d’établir un contrat de confidentialité. La valeur des données personnelles est un aspect important de notre étude. Alors que les compagnies disposent de moyens leur permettant d’évaluer cette valeur, nous appliquons dans ce mémoire, une méthode hiérarchique multicritères. Cette méthode va permettre également à chaque utilisateur de donner une valeur à ses données personnelles en fonction de l’importance qu’il y accorde. Dans ce modèle, nous intégrons également une autorité de régulation en charge de mener les négociations entre utilisateurs et services en ligne, et de générer des recommandations aux usagers en fonction de leur profil et des tendances.

Legal shifts : shaping expectations of intellectual property protection in an open innovation industrial environment

Projet de recherche réalisé en 2014-2015 avec l'appui du Fonds de recherche du Québec – Société et culture.

GeoGebraTUTOR : développement d’un système tutoriel autonome pour l’accompagnement d’élèves en situation de résolution de problèmes de démonstration en géométrie plane et genèse d’un espace de travail géométrique idoine

Travaux d'études doctorales réalisées conjointement avec les travaux de recherches doctorales de Nicolas Leduc, étudiant au doctorat en génie informatique à l'École Polytechnique de Montréal.

Échanges d’énergie et d’eau des écosystèmes nordiques dans un contexte de changement climatique

Le réchauffement climatique affecte fortement les régions nordiques du Canada où le dégel du pergélisol discontinu à sa limite sud est accompagné du mouvement de la limite des arbres vers le nord en zone de pergélisol continu. Ces altérations faites aux paysages de la Taïga des Plaines sont le point de départ de plusieurs rétroactions puisque les changements apportés aux caractéristiques de la surface (au niveau de l’albédo, l’humidité du sol et la rugosité de la surface) vont à leur tour entraîner des modifications biophysiques et éventuellement influencer l’augmentation ou la diminution subséquente des températures et de l’humidité de l’air. Seulement, il y a un nombre important de facteurs d’influence qu’il est difficile de projeter toutes les boucles rétroactives qui surviendront avec les présents changements climatiques en régions nordiques. Dans le but de caractériser les échanges d’eau et d’énergie entre la surface et l’atmosphère de trois sites des Territoires du Nord-Ouest subissant les conséquences de l’augmentation des températures de l’air, la méthode micro-météorologique de covariance des turbulences fut utilisée en 2013 aux sites de Scotty Creek (forêt boréale et tourbière nordique en zone de pergélisol sporadique-discontinu), de Havikpak Creek (forêt boréale nordique en zone de pergélisol continu) et de Trail Valley Creek (toundra arctique en zone de pergélisol continu). En identifiant les procédés biotiques et abiotiques (ex. intensité lumineuse, disponibilité en eau, etc.) d’évapotranspiration aux trois sites, les contrôles par l’eau et l’énergie furent caractérisés et permirent ainsi de projeter une augmentation de la limitation en eau, mais surtout en énergie du site de Trail Valley Creek. La répartition de l’énergie projetée est semblable à celle de Havikpak Creek, avec une augmentation de la proportion du flux de chaleur sensible au détriment de celui latent suite aux modifications des caractéristiques de la surface (albédo, rugosité et humidité du sol). L’augmentation relative du flux d’énergie sensible laisse présager une boucle rétroactive positive de l’augmentation des températures de l’air à ce site. Ensuite, en comparant des données modelées de la hauteur de la couche limite planétaire et des données provenant de profils atmosphériques d’Environnement Canada entre les trois sites, les changements de hauteur de cette couche atmosphérique furent aussi projetés. Trail Valley Creek pourrait connaître une hausse de la hauteur de sa couche limite planétaire avec le temps alors que Scotty Creek connaîtrait une diminution de celle-ci. Ces changements au niveau des couches atmosphériques liés à la répartition des flux d’énergie dans les écosystèmes se répercuteraient alors sur le climat régional de façon difficile à déterminer pour l’instant. Les changements apportés désignent une boucle rétroactive positive des températures de l’air à Trail Valley Creek et l’inverse à Scotty Creek. Les deux axes d’analyse arrivent donc aux mêmes conclusions et soulignent aussi l’importance de l’influence mutuelle entre le climat et les caractéristiques spécifiques des écosystèmes à la surface.

Étude du rôle des professionnels de l'information dans les systèmes d'information Web du Gouvernement fédéral canadien

Les professionnels de l'information traversent actuellement une période de redéfinition de leur profession provoquée par la transformation de l'information et des processus informationnels vers un mode de plus en plus électronique. Les systèmes d'information Web (SIW) — c'est-à-dire des systèmes d'information basés sur les technologies Web tels que les sites Web externes, les intranets, les systèmes de commerce électronique et les extranets — font partie des technologies à l'origine de ces changements. Ces systèmes sont de plus en plus adoptés par les organisations et, en particulier, par les gouvernements dans leur volonté de devenir électroniques. Le gouvernement fédéral canadien est reconnu comme un des plus innovateurs en matière de SIW et doit adapter son environnement informationnel, dont font partie les professionnels de l'information, à l'introduction de ces systèmes. Malgré l'innovation que les SIW représentent, peu d'études empiriques ont été menées pour identifier quels sont les intervenants nécessaires à leur mise en place. Aucun consensus n'émerge de la littérature quant à la nature de l'intervention des professionnels de l'information dans ces systèmes. Cette recherche vise à accroître les connaissances sur l'intervention des professionnels de l'information dans les SIW. Pour les besoins de cette recherche, les professionnels de l'information sont définis comme les personnes ayant une maîtrise en bibliothéconomie et sciences de l'information ou toute autre formulation équivalente. Cette recherche étudie quatre questions de recherche qui portent sur : (1) les rôles des professionnels de l'information décrits dans les politiques d'information pan-gouvernementales liées aux SIW ainsi que ceux des autres intervenants mentionnés en lien direct avec les SIW, (2) les types de SIW dans lesquels les professionnels de l'information interviennent, (3) les tâches des professionnels de l'information dans ces SIW, et (4) les autres intervenants qui travaillent dans ces systèmes. Une approche qualitative a été utilisée pour répondre à ces questions et implique quatre modes de collecte des données : (1) des entrevues en profondeur en personne avec des professionnels de l'information impliqués dans des SIW, (2) une analyse des SIW où interviennent ces professionnels de l'information, (3) une analyse des politiques pan-gouvernementales liées aux SIW, et (4) la documentation pertinente. Les professionnels de l'information rencontrés proviennent de sept ministères du gouvernement fédéral canadien, ministères retenus pour leur implication dans les SIW. Les résultats indiquent que les professionnels de l'information rencontrés interviennent dans les SIW aux niveaux micro et macro, c'est-à-dire dans des SIW spécifiques ainsi que globalement au niveau de l'ensemble des SIW d'un ministère ou du gouvernement fédéral. Ces professionnels de l'information sont impliqués dans toutes les dimensions et les phases de développement des SIW. Les tâches liées au contenu sont prédominantes mais les tâches technologiques sont aussi très présentes. Trois variables se dégagent de cette étude qui ont un impact sur l'intervention des professionnels de l'information dans les SIW : les types de SIW, les types de postes occupés par les professionnels de l'information et les types de gouvernance.

Utilisation des bases de données bibliographiques spécialisées en traduction médicale

Département de linguistique et de traduction

Le développement d'une pensée séculière par la diffusion de la religion : une sociologie des humanistes

Ancré dans une perspective historique, ce mémoire cherche à mettre en application une relecture de la théorie wébérienne de la « rationalisation éthique » comme facteur explicatif de la reconfiguration moderne du rapport entretenu entre les individus et la religion. Un retour sur les changements survenus dans la pensée religieuse de la Renaissance — pensée mise en contraste avec la situation religieuse des populations du Moyen-Âge — permet de mettre en évidence le passage d’une religion syncrétique, ritualiste et imprégnée de magie, à un christianisme épuré, intériorisé et rationnel. L’étude de la pensée religieuse de l’humaniste Érasme de Rotterdam, pris comme « figure historique » porteuse de cette transformation, pointe vers la diffusion à la Renaissance d’un christianisme compris comme système philosophique compréhensif dépouillé de son caractère mystique. Cette diffusion d’un « esprit » chrétien, et l’importance accordée à la mise en œuvre d’une conduite de vie méthodique spécifiquement orientée vers le salut, participe au premier chef d’un processus de « quotidianisation » du charisme religieux, prélude essentiel, dans une perspective wébérienne, à la « rationalisation éthique » et à l’autonomisation de la sphère religieuse dans la vie sociale.

La régie d'entreprise : son évolution face aux bouleversements des marchés financiers

"Mémoire présenté à la faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maître en droit (LL.M.)"

L'accord de Cotonou et les contradictions du droit international : l'intégration des règles de l'Organisation mondiale du commerce et des droits humains dans la coopération ACP-CE

"Thèse présentée à la Faculté des études supérieures de l'Université de Montréal en vue de l'obtention du grade de Docteur en Droit (LL.D.) Et à A la faculté de droit Jean Monnet en vue de l'obtention du doctorat en Sciences Juridiques"

L'utilisation des cellules souches embryonnaires à des fins thérapeutiques

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maîtrise en droit (L.L.M.) Option recherche"

La demi-vie des jugements

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de maîtrise en droit option Droit des technologies de l'information"

Le renvoi des jeunes contrevenants aux tribunaux pour adultes : la loi et les pratiques

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maître en droit (LL.M.)"

La protection des données personnelles contenues dans les documents publics accessibles sur Internet : le cas des données judiciaires

"Mémoire présenté à la faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de maître en droit (LL.M.)"