Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam

Les ARN non codants (ARNnc) sont des transcrits d'ARN qui ne sont pas traduits en protéines et qui pourtant ont des fonctions clés et variées dans la cellule telles que la régulation des gènes, la transcription et la traduction. Parmi les nombreuses catégories d'ARNnc qui ont été découvertes, on trouve des ARN bien connus tels que les ARN ribosomiques (ARNr), les ARN de transfert (ARNt), les snoARN et les microARN (miARN). Les fonctions des ARNnc sont étroitement liées à leurs structures d’où l’importance de développer des outils de prédiction de structure et des méthodes de recherche de nouveaux ARNnc. Les progrès technologiques ont mis à la disposition des chercheurs des informations abondantes sur les séquences d'ARN. Ces informations sont accessibles dans des bases de données telles que Rfam, qui fournit des alignements et des informations structurelles sur de nombreuses familles d'ARNnc. Dans ce travail, nous avons récupéré toutes les séquences des structures secondaires annotées dans Rfam, telles que les boucles en épingle à cheveux, les boucles internes, les renflements « bulge », etc. dans toutes les familles d'ARNnc. Une base de données locale, RNAstem, a été créée pour faciliter la manipulation et la compilation des données sur les motifs de structure secondaire. Nous avons analysé toutes les boucles terminales et internes ainsi que les « bulges » et nous avons calculé un score d’abondance qui nous a permis d’étudier la fréquence de ces motifs. Tout en minimisant le biais de la surreprésentation de certaines classes d’ARN telles que l’ARN ribosomal, l’analyse des scores a permis de caractériser les motifs rares pour chacune des catégories d’ARN en plus de confirmer des motifs communs comme les boucles de type GNRA ou UNCG. Nous avons identifié des motifs abondants qui n’ont pas été étudiés auparavant tels que la « tetraloop » UUUU. En analysant le contenu de ces motifs en nucléotides, nous avons remarqué que ces régions simples brins contiennent beaucoup plus de nucléotides A et U. Enfin, nous avons exploré la possibilité d’utiliser ces scores pour la conception d’un filtre qui permettrait d’accélérer la recherche de nouveaux ARN non-codants. Nous avons développé un système de scores, RNAscore, qui permet d’évaluer un ARN en se basant sur son contenu en motifs et nous avons testé son applicabilité avec différents types de contrôles.

La fragmentation juridique de la terre en droit privé : étude des représentations sociales et historiques de la terre dans la tradition romaniste

Jusqu’à une époque récente, un juriste étudiait un modèle juridique donné car il le considérait comme le meilleur. Telle est la constatation formulée par les comparatistes Antonio Gambaro, Rodolfo Sacco et Louis Vogel dans les premières lignes de leur Droit de l’Occident et d’ailleurs. Cette attitude cadre difficilement avec le contexte globalisant actuel. En revanche, un nombre croissant de juristes manifestent un intérêt renouvelé à l’égard du génie propre aux différentes traditions juridiques. À l’intérieur même d’une tradition juridique, un recul théorique est parfois nécessaire afin de mieux en apprécier la sagesse. Pour H. Patrick Glenn, la tradition juridique est vivante et évolutive. Le droit civil privé du Québec, branche de la tradition romaniste, constitue la résultante d’un processus de transmission de connaissances juridiques dont la pertinence est constamment mise à l’épreuve du temps et du contexte social. Très tôt, les dépositaires du savoir issu de la tradition romaniste ont cherché à définir la place de l’être humain dans la nature et cela, à toute époque confondue. La relation humaine avec la terre a fait l’objet de réflexions juridiques poussées dans le droit classique comme dans le droit moderne. Le droit des biens privé du Québec, branche fondamentale du droit civil, a intériorisé et adapté la somme de ce savoir à son propre contexte social et historique. La conception juridique de la terre a varié considérablement à l’intérieur même de la tradition romaniste. Ce mémoire propose une étude des représentations sociales et historiques de la terre dans la tradition romaniste. Cette étude a été menée en recourant à une approche interdisciplinaire du droit qui puise dans le savoir des disciplines philosophiques et historiques. Au terme de cette analyse, il sera établi que la structure de la propriété civiliste a conduit à une fragmentation juridique de la terre en autant d’utilités qu’il est techniquement possible pour l’être humain d’en tirer.

La résilience conjugale du couple parental confronté à la greffe de son enfant dans un contexte d’oncologie pédiatrique

Essai présenté en vue de l’obtention du grade de Doctorat en psychologie, option psychologie clinique (D. Psy)

À la recherche de la métaphysique du jeune Marx

La pensée de Marx a souvent été présentée comme étant une sortie de la philosophie (Althusser, Labica, Garo). À l’encontre de cette thèse, cet article vise à réhabiliter l’ancrage profondément philosophique de Marx dans la tradition de l’ontologie de l’agir de l’idéalisme allemand. En s’appuyant sur les écrits dits de jeunesse, ce texte vise à tirer au clair le sens de la métaphysique de Marx, c’est-à- dire ce qu’il conçoit comme étant la réalité première. Au travers des débats et critiques de Marx, il nous sera permis d’envisager une autre conception de la pratique philosophique découlant de sa prise de position métaphysique comprise comme une synthèse d’une ontologie de l’agir et d’une ontologie de la relation.

Merleau-Ponty et la connaissance de soi

Notre objectif est d’habiliter la conception merleau-pontienne de la connaissance de soi. La difficulté consiste en ce que Merleau-Ponty fait reposer tout savoir sur un contexte perceptif que le sujet est par principe incapable d’appréhender dans sa totalité. La connaissance s’appuie ainsi sur un contexte comportant des zones d’ombre qui éludent la réflexion. Nous éclairons d’abord cette affirmation générale à partir de deux principes fondamentaux empruntés à la Gestalttheorie, dont le premier stipule que la donnée de base de la perception est une figure sur un fond et le second que nos structures mentales cherchent l’équilibre. Nous appliquons ensuite ces prémisses au problème spécifique de la connaissance de soi. Cette présentation nous permet de cibler deux obstacles à notre prétention : l’irréductibilité du sujet à ce qu’il donne à voir dans l’effort réflexif, ainsi que sa liberté fondamentale, contaminant la vérité de son caractère arbitraire. Finalement, nous montrons que ces deux obstacles ne sont qu’apparents, à condition toutefois de renoncer à une connaissance de soi absolue, et de ménager un espace entre le déterminisme et la liberté.

L’expressivisme moral : une conclusion de la critique darwinienne de Sharon Street ?

Un des objectifs de la critique darwinienne de Sharon Street est de montrer que nous devons opter pour l’antiréalisme – plutôt que le réalisme – comme théorie métaéthique appropriée pour décrire le phénomène moral. Plus encore, parmi les théories antiréalistes, Street cherche à défendre que c’est le constructivisme humien que nous devrions privilégier. Dans cet article, je cherche à évaluer la possibilité que l’expressivisme moral soit également une conclusion de la critique darwinienne. Pour ce faire, j’explique en quoi nous pouvons de manière légitime considérer que le constructivisme humien est une théorie expressiviste, dans la mesure où nous nous limitons aux deux thèses que je considère comme étant constitutives de l’expressivisme : l’internalisme motivationnel et la conception humienne des jugements normatifs. C’est de cette manière qu’il est possible de soutenir que l’expressivisme moral est une conclusion de la critique darwinienne.

La béatitude selon Maître Eckhart : exposition d’une négation de la nature

La présente étude se veut une exposition du rapport entre l’éthique et la nature, tel qu’il se retrouve développé dans des extraits représentatifs des traités et sermons en langue vernaculaire de Maître Eckhart de Hochheim. Néoplatonicien notamment de par son ancrage explicite dans la tradition augustinienne, Maître Eckhart présente une conception de la béatitude – du bonheur, de l’accomplissement – accessible à l’homme comme inséparable d’un processus de détachement vis-à-vis de la nature comprise comme création. L’accomplissement de l’âme humaine, en sa qualité d’intellect, est en effet à trouver dans l’union immédiate à Dieu, laquelle ne peut être atteinte qu’à travers l’évacuation complète de tout rapport à la réalité finie du monde créé. Il sera donc ici question de mettre en relief le complexe rapport qu’entretient avec le créé l’homme en tant qu’il possède une nature double et les conséquences de ce nécessaire détachement sur la compréhension eckhartienne de l’éthique.

Avec personne : Derek Parfit et la description impersonnelle de la réalité

L'ouvrage Reasons and Persons de Derek Parfit a souvent été interprété par la critique comme une résurrection de la conception humienne de l'identité personnelle, qui pensait la personne comme un simple agrégat de perceptions. De féroces débats se sont concentrés autour de cette inteprétation de Reasons and Persons dans la mesure où elle tend vers un fictionnalisme à propos de l'existence des personnes que des commentateurs comme Sydney Shoemaker et Quassim Cassam pensent carrément intenable. Malmené par la critique, Parfit développera plus tard une version plus subtile de sa théorie, en avançant la possible existence d'un schème conceptuel entièrement impersonnel qui posséderait un pouvoir explicatif et descriptif identique au nôtre. Nous examinerons comment il faut comprendre un tel schème conceptuel et présenterons quelques découvertes empiriques remettant en question la réelle équivalence d'un schème conceptuel impersonnel au nôtre.

Les explications partielles potentielles : entre capacités et possibilités

N. Emrah Aydinonat (2008) offre une caractérisation des explications par la main invisible. Celles-ci seraient des explications partielles potentielles et seraient (1) en mesure de nous indiquer des capacités à l’œuvre dans le monde et (2) élargiraient notre horizon intellectuel en conceptualisant des possibilités jusqu’alors inédites. Je montre que Nancy Cartwright (2009) offre un argument permettant de douter de cette première possibilité. La science économique n’ayant que peu de principes sûrs à sa disposition et reposant ainsi sur des hypothèses auxiliaires, il est impossible d’effectuer des expériences galiléennes avec les modèles et de mettre au jour les capacités. La conception d’Uskali Mäki (2009) des modèles comme isolations et systèmes de représentation laisse penser que la deuxième possibilité est néanmoins fondée.

La naissance de l'espace moderne: Merleau‐Ponty et Panofsky sur la perspective linéaire

Nous nous proposons d’examiner et de comparer les analyses de Maurice Merleau-Ponty et d’Erwin Panofsky sur la question de la perspective linéaire. Merleau-Ponty, dans le sillage des analyses de Panofsky, soutient la thèse selon laquelle la perspective linéaire est non seulement une technique picturale qui nous présente une vision et une interprétation de l’espace et, plus généralement, du monde se constituant en rupture avec la perception naturelle, mais une « construction symbolique » qui nous fait proprement voir et concevoir le monde d’après les principes de la géométrie euclidienne. Quoiqu’ils partagent la même interprétation historique et symbolique de la perspective, Merleau-Ponty et Panofsky diffèrent pourtant quant à la signification philosophique qu’ils lui donnent. Alors que pour Panofsky la perspective témoigne de la vérité indépassable du criticisme kantien, elle est l’expression chez Merleau-Ponty d’une interrogation ontologique sur la perception irréductible à la conception de l’espace de la philosophie moderne.

Diderot épistolier : pour une poétique de la lettre familière au XVIIIe siècle. Conclusions d'une thèse

Qu'est-ce qu'une lettre? La question peut, aujourd'hui, paraître incongrue, tant l'activité épistolaire est généralisée. À une époque qui voit triompher les diverses formes de l'intimité en littérature, le journal et l'autobiographie, par exemple, ou la littérature de voyage, tout le monde ne s'adonne-t-il pas à l'écriture personnelle? Tout le monde n'a-t-il pas été, ou n'est-il pas toujours, peu ou prou, un épistolier? Est-il nécessaire, dès lors, de définir une telle pratique? De fait, on s'est peu interrogé jusqu'à maintenant sur ce qui fait de la lettre une pratique d'écriture spécifique. L'étude de la correspondance de Denis Diderot, en ce que celle-ci serait représentative de la conception de l'épistolaire au XVIIIe siècle, devrait combler en partie cette lacune et contribuer à l'élaboration d'une poétique de la lettre familière : c'est sur cette pétition de principe que s'est appuyée la thèse de doctorat dont les principales conclusions seront rappelées ici. À la suite de ces conclusions, deux hypothèses de recherche seront proposées, qui semblent susceptibles d'élargir la perspective et de permettre de réfléchir à d'autres correspondances que celle de Diderot, de même qu'à des questions plus générales, tel que le statut de l'intimité au XVIIIe siècle. Avant de passer à ces conclusions et hypothèse, il convient toutefois de présenter le corpus étudié et la méthodologie employée.