Social tagging within task management

Social tagging evolved in response to a need to tag heterogeneous objects, the automated tagging of which is usually not feasible by current technological means. Social tagging can be used for more flexible competence management within organizations. The profiles of employees can be built in the form of groups of tags, as employees tag each other, based on their familiarity of each other’s expertise. This can serve as a replacement for the more traditional competence management approaches, which usually become outdated due to social and organizational hurdles, and obsolete data. These limitations can be overcome by people tagging, as the information revealed by such tags is usually based on most recent employee interaction and knowledge. Task management as part of personal information management aims at the support of users’ individual task handling. This can include collaborating with other individuals, sharing one’s knowledge, both functional and process-related, and distributing documents and web resources. In this context, Task patterns can be used as templates that collect information and experience around tasks associated to it during run time, facilitating agility. The effective collaboration among contributors necessitates the means to find the appropriate individuals to work with on the task, and this can be made possible by using social tagging to describe individual competencies. The goal of this study is to support finding and tagging people within task management, through the effective exploitation of the work/task context. This involves the utilization of knowledge of the workers’ expertise, nature of the task/task pattern and information available from the documents and web resources attached to the task. Vice versa, task management provides an excellent environment for social tagging due to the task context that already provides suitable tags. The study also aims at assisting users of the task management solution with the collaborative construction of light-weight ontology by inferring semantic relations between tags. The thesis project aims at an implementation of people finding & tagging within the java application for task management that consumes web services, which provide the required ontology for the organization.

Formal development and quantitative verification of dependable systems

-

Keskusteluja vuokratyöstä. Vuokratyön diskursiivinen rakentuminen Suomessa

1990-luvun alussa lainsäädäntö ja työmarkkinajärjestöt määrittelivät Suomessa, että vuokratyötä tuli käyttää vain tilapäiseen työvoimatarpeeseen, esimerkiksi sijaisuuksiin ja ruuhkahuippuihin. Joillakin aloilla vuokratyö oli työnantajien ja työntekijöiden yhteissopimuksella kielletty. Vaikka vuokratyösuhteet saivat jo 1980-luvulla niin Suomessa kuin kansainvälisestikin maineen työsuhdekeinotteluna, alkoi vuokratyön määrä Suomessa kasvaa 1990-luvun puolivälissä ja erityisesti tultaessa 2000-luvulle. Suomalaiset akateemiset tutkijat eivät ole juuri vuokratyöstä kiinnostuneet. Aiemmat, harvalukuiset tutkimukset ovat keskittyneet lähinnä työyhteisöjen ja työntekijöiden kokemuksiin sekä vuokratyön työehtoihin. Vuokratyö ymmärretäänkin edelleen lähinnä työntekijän subjektiivisena kokemuksena. Vuokratyössä on kuitenkin kysymys paitsi kokemuksista, myös yhteiskunnallisesta valtakamppailusta, jossa diskursiivisin keinoin pyritään vaikuttamaan ilmiöön nimeltä vuokratyö, laajemmin ilmiöön nimeltä työmarkkinat, sekä toisaalta kansalaisten käsityksiin työelämän ”normaalista”. Käsillä oleva tutkimus laajentaa ymmärrystä vuokratyöstä tarkastelemalla ilmiötä lainsäädännön, uutisoinnin ja markkinoinnin rakentamien julkisten käsitysten ja merkityksenantojen kautta. Teoreettisena viitekehyksenä käytän hallinnan ja työprosessin säätelyn teoriaperinteitä. Se, miten työmarkkinoiden muutosta ja uusia työsuhdemuotoja politiikassa, mediassa, lainsäädännössä, tai työpaikan kahvipöytäkeskusteluissa perustellaan ja tehdään ymmärrettäväksi, on samalla työelämään kiinnitettävien arvojen, merkitysten ja toimijuuksien luomista, rajaamista ja kuvailua. Työelämäpuheessa ei siis ole kyse vain talouden lainalaisuuksista, kansantalouden toimivuudesta, tai yritysten kilpailukyvystä, vaan myös ja erityisesti niiden toimijoiden luomisesta, määrittelemisestä ja legitimoimisesta, jotka työelämän kentällä saavat toimia ja tulevat palkituiksi. Säätelyn ja hallinnan näkökulmasta on relevanttia tarkastella millaisilla käsitteillä ja merkityksillä vuokratyötä ilmiönä rakennetaan . Tutkimuskysymyksinä esitän: 1) Miten ja millä perusteilla vuokratyöstä rakennettiin Suomessa legitiimi tapa työllistää ja työllistyä? 2) Millaisia työntekijäideaaleja vuokratyöhön liittyvissä keskusteluissa rakennetaan? Tutkimusaineistona tarkastelen lainsäädäntöön liittyviä dokumentteja, Helsingin Sanomien uutisointia, vuokratyöyritysten markkinointimateriaaleja, sekä vuokratyöyritysten edustajien haastatteluita. Analyysimenetelmänä käytän kriittistä diskurssianalyysia. Tämä menetelmä mahdollistaa puheen ja dokumenttien tarkastelun sosiaalisena toimintana, jolla eri toimijat pyrkivät osallistumaan yhteiskunnassa hyväksyttyjen ja tunnustettujen käsitysten ja toimintavaihtoehtojen rakentamis-, tulkinta- ja määrittelyprosesseihin. Tutkimukseni päätuloksena esitän, että vuokratyöstä muodostui legitiimi tapa työllistää Suomessa 1990-luvulla, koska vuokratyö käsitteellistettiin sekä lainsäädännön että median diskursseissa ennen kaikkea ratkaisuksi työttömyyteen. Toisaalta vuokratyö käsitteellistettiin vain marginaalisten työntekijäryhmien (naiset ja opiskelijat) rooliksi, jolloin se ei liittynyt miesvaltaisten työpaikkojen arkeen. Ratkaisuna työttömyyteen vuokratyö myös samalla luonnollistettiin osaksi yleisempää työmarkkinakehitystä, jolle ”kukaan ei voi mitään”. 2000-luvulla vuokratyö jatkoi voittokulkuaan ja rakentui pysyväksi ilmiöksi, koska työlainsäädännön uudistus institutionalisoi vuokratyön työehtosopimusmenettelyyn, jolloin sen ”salonkikelpoisuus” ja normaalius vahvistettiin. Vaikka työehtosopimusasia oli ratkaisuna merkittävä, nousi vuokratyön osalta itse työehtosopimus tärkeämmäksi kuin sen sisältö. Työehtosopimuksilla ei kuitenkaan pystytty vaikuttamaan esimerkiksi vuokratyöntekijän olemattomaan työsuhdeturvaan. Lisäksi työnantajapuhe käsitteellistää vuokratyön 2000-luvulla ennen kaikkea työmarkkinavaihtoehdoksi, vapautta ja monipuolisia työkokemuksia tarjoavaksi työmarkkinoiden katalysaattoriksi. Vuokratyö on tässä merkitysavaruudessa työntekijöille ”vain” yksi tapa työllistyä ja löytää oma tiensä työmarkkinoille, ei suinkaan työnantajien sanelema pakko. Työntekijöihin kohdistuva hallintapuhe niin mediassa kuin työnantajien haastatteluissakin pyrkii puolestaan rakentamaan ideaalityöntekijäkuvaksi yrittäjämäisen oman elämänsä toimitusjohtajan. Työnantajien diskursseissa kaikuvatkin työntekijään kohdistuva vaatimus itse itsensä ohjaamisesta sekä työntekijäidentiteetin muotoilemisesta joustavuutta, sopeutuvuutta, vaihtelua ja jatkuvaa muutosta vähintäänkin sietäväksi, mutta mieluiten näitä ominaisuuksia jopa aktiivisesti hakevaksi ja arvostavaksi. Työmarkkinoiden toimijana on nimenomaisesti yksilö, jonka mahdollisuudet menestyä ovat vain ja ainoastaan hänen omissa käsissään. Työntekijän roolin korostaminen aktiivisena toimijana ja vuokratyöstä ”oikeita”, norminmukaisia sisältöjä löytävänä pärjääjänä on diskursiivisesti hallittua yritystä ohjata työntekijöitä näkemään sekä itsensä tietynlaisina toimijoina että työmarkkinat tietyllä tavalla toimivina. Vuokratyössä ei ole kyse vain työntekijöiden yksilöllisistä tai yksittäisistä kokemuksista. Vuokratyö on yhteiskunnallisen merkityskamppailun tulos, jossa käyttövoimana ovat toimineet hallinnalliset ja säätelyyn pyrkivät käsitteellistykset työllisyydestä, yksilön valinnasta ja koko yhteiskunnan edusta. Hallinnan ja säätelyn näkökulmasta katsottuna vuokratyö on myös merkinnyt säätelyn liukumista tasa-arvoa, yhdenmukaista kohtelua ja työntekijän suojelua korostavasta viranomaisten ja poliittisten toimijoiden suorittamasta työmarkkinoiden kollektiivisesta säätelystä työnantajien ylläpitämään työntekijän persoonan ja käyttäytymisen hegemoniseen, yksilölliseen säätelyyn.

Species och artikelbruk i finskspråkiga grundskoleelevers inlärarsvenska. En longitudinell undersökning i årskurserna 7–9

Denna doktorsavhandling utreder hur finska grundskolelever använder de svenska substantivens bestämdhetsformer och artiklar och hur deras kunskaper utvecklas under årskurserna 7-9. Species och artikelbruk är problematiska för alla andraspråksinlärare i svenska, men de är synnerligen svåra för inlärare vars förstaspråk saknar morfologisk species. Det svenska systemet avviker också kraftigt från det motsvarande systemet i engelskan, varför tidigare kunskaper i engelska inte är till någon stor hjälp i inlärningen, låt vara att bestämdheten som begrepp redan är bekant för inläraren. Den teoretiska referensramen bygger på både grammatiska beskrivningar av den svenska grammatiken och på teorierna om grammatikinlärningen i andraspråk. Bland de sistnämnda är teorierna om tvärspråkligt inflytande, explicit respektive implicit inlärning samt helsekvensinlärning (på engelska formulaic language) av relevans. Undersökningsmaterialet består av korta texter samt inspelat muntligt material som med jämna mellanrum insamlats av finskspråkiga grundskolelever (n=67) som läser B-svenska. Undersökningen är i första hand kvantitativ, om än inmatningen av nominalfraserna i materialet samt deras formella och semantiska aspekter i analysprogrammet Microsoft Access också innebar en omfattande kvalitativ analys. Undersökningen bygger på performansanalysen och analysen av obligatoriska kontexter och beräkningen av frekvenser och korrekthetsprocent för de olika nominalfrastyperna. Informanterna använder komplext språk redan i årskurs 7. Korrekthetsprocenten stiger under undersökningstiden i de flesta frastyperna, men skillnaderna är sällan statistiskt signifikanta. Den normativa analysen visar också, att formfelen är i både det skriftliga och det muntliga materialet signifikant vanligare än speciesfelen. Det är med andra ord lättare för informanterna att välja rätt species än att bilda en korrekt nominalfras. I tidigare undersökningar i Sverige har likadana resultat nåtts. De mest centrala frastyperna i undersökningen bildar i båda typerna av materialet en inlärningsgång som upprepas i alla årskurser och kan förklaras med komplexitetsskillnaderna mellan de olika frastyperna. Informanterna behärskar bäst de frastyper, som varken innehåller artiklar eller ändelser. Näst bäst behärskar de substantivets bestämda form singularis och svagast obestämd form singularis, vars artikel är en klassisk svårighetskälla för finska svenskinlärare. Analysen av informanternas läromedel visar dock att den typiska undervisningsordningen i läromedlen inte motsvarar inlärningsgången som upptäckts i denna undersökning.

Det hjemløse menneske : en studie av sykdom og lidelse

The overall aim of this study was to achieve a deeper understanding of the relationship between human suffering, disease and illness. The study is rooted in the health-care scientific research tradition as developed by Eriksson and her co-researchers at Åbo Akademi. The over-riding methodological initiative was Gadamer's hermeneutic philosophy. The main research question is: What is suffering of illness and disease? Sub-questions: Which characteristics occur when people experience being acutely ill (Article I)? What do the concepts acute, critical and chronic mean semantically (Article II)? In which way does the relation between the human being's experience of disease, illness and suffering, be manifested and understood? How does one characterize the relationship between the experience of contracting disease, illness and suffering (Article III)? How can the hermeneutical conversation contribute to the understanding of suffering caused by disease and illness (Article IV)? The results of sub-study 1 showed that patients with acute myocardial infarction saw themselves as coping, competent, and autonomous individuals. They were used to exercising control, and it was difficult for them to relinquish control. The semantic analysis of acute in sub-study 2 revealed that the concept acute has had an unclear content in the Norwegian language over the past 65 years. Acute, as a concept, says something about the way a situation arises, but not much about what it is that arises. In sub-study, 3 the relation between disease, illness and suffering is discussed. The expression of illness and suffering as verbs can convey more clearly what it is that occurs with persons who experience disease, illness and suffering. The discussion in sub-study 4 focuses on trustworthiness in hermeneutical studies.

Fuzzy ontology for knowledge mobilisation and decision support

A growing concern for organisations is how they should deal with increasing amounts of collected data. With fierce competition and smaller margins, organisations that are able to fully realize the potential in the data they collect can gain an advantage over the competitors. It is almost impossible to avoid imprecision when processing large amounts of data. Still, many of the available information systems are not capable of handling imprecise data, even though it can offer various advantages. Expert knowledge stored as linguistic expressions is a good example of imprecise but valuable data, i.e. data that is hard to exactly pinpoint to a definitive value. There is an obvious concern among organisations on how this problem should be handled; finding new methods for processing and storing imprecise data are therefore a key issue. Additionally, it is equally important to show that tacit knowledge and imprecise data can be used with success, which encourages organisations to analyse their imprecise data. The objective of the research conducted was therefore to explore how fuzzy ontologies could facilitate the exploitation and mobilisation of tacit knowledge and imprecise data in organisational and operational decision making processes. The thesis introduces both practical and theoretical advances on how fuzzy logic, ontologies (fuzzy ontologies) and OWA operators can be utilized for different decision making problems. It is demonstrated how a fuzzy ontology can model tacit knowledge which was collected from wine connoisseurs. The approach can be generalised and applied also to other practically important problems, such as intrusion detection. Additionally, a fuzzy ontology is applied in a novel consensus model for group decision making. By combining the fuzzy ontology with Semantic Web affiliated techniques novel applications have been designed. These applications show how the mobilisation of knowledge can successfully utilize also imprecise data. An important part of decision making processes is undeniably aggregation, which in combination with a fuzzy ontology provides a promising basis for demonstrating the benefits that one can retrieve from handling imprecise data. The new aggregation operators defined in the thesis often provide new possibilities to handle imprecision and expert opinions. This is demonstrated through both theoretical examples and practical implementations. This thesis shows the benefits of utilizing all the available data one possess, including imprecise data. By combining the concept of fuzzy ontology with the Semantic Web movement, it aspires to show the corporate world and industry the benefits of embracing fuzzy ontologies and imprecision.

Design and validation of stateful composite RESTful web services

A web service is a software system that provides a machine-processable interface to the other machines over the network using different Internet protocols. They are being increasingly used in the industry in order to automate different tasks and offer services to a wider audience. The REST architectural style aims at producing scalable and extensible web services using technologies that play well with the existing tools and infrastructure of the web. It provides a uniform set of operation that can be used to invoke a CRUD interface (create, retrieve, update and delete) of a web service. The stateless behavior of the service interface requires that every request to a resource is independent of the previous ones facilitating scalability. Automated systems, e.g., hotel reservation systems, provide advanced scenarios for stateful services that require a certain sequence of requests that must be followed in order to fulfill the service goals. Designing and developing such services for advanced scenarios with REST constraints require rigorous approaches that are capable of creating web services that can be trusted for their behavior. Systems that can be trusted for their behavior can be termed as dependable systems. This thesis presents an integrated design, analysis and validation approach that facilitates the service developer to create dependable and stateful REST web services. The main contribution of this thesis is that we provide a novel model-driven methodology to design behavioral REST web service interfaces and their compositions. The behavioral interfaces provide information on what methods can be invoked on a service and the pre- and post-conditions of these methods. The methodology uses Unified Modeling Language (UML), as the modeling language, which has a wide user base and has mature tools that are continuously evolving. We have used UML class diagram and UML state machine diagram with additional design constraints to provide resource and behavioral models, respectively, for designing REST web service interfaces. These service design models serve as a specification document and the information presented in them have manifold applications. The service design models also contain information about the time and domain requirements of the service that can help in requirement traceability which is an important part of our approach. Requirement traceability helps in capturing faults in the design models and other elements of software development environment by tracing back and forth the unfulfilled requirements of the service. The information about service actors is also included in the design models which is required for authenticating the service requests by authorized actors since not all types of users have access to all the resources. In addition, following our design approach, the service developer can ensure that the designed web service interfaces will be REST compliant. The second contribution of this thesis is consistency analysis of the behavioral REST interfaces. To overcome the inconsistency problem and design errors in our service models, we have used semantic technologies. The REST interfaces are represented in web ontology language, OWL2, that can be part of the semantic web. These interfaces are used with OWL 2 reasoners to check unsatisfiable concepts which result in implementations that fail. This work is fully automated thanks to the implemented translation tool and the existing OWL 2 reasoners. The third contribution of this thesis is the verification and validation of REST web services. We have used model checking techniques with UPPAAL model checker for this purpose. The timed automata of UML based service design models are generated with our transformation tool that are verified for their basic characteristics like deadlock freedom, liveness, reachability and safety. The implementation of a web service is tested using a black-box testing approach. Test cases are generated from the UPPAAL timed automata and using the online testing tool, UPPAAL TRON, the service implementation is validated at runtime against its specifications. Requirement traceability is also addressed in our validation approach with which we can see what service goals are met and trace back the unfulfilled service goals to detect the faults in the design models. A final contribution of the thesis is an implementation of behavioral REST interfaces and service monitors from the service design models. The partial code generation tool creates code skeletons of REST web services with method pre and post-conditions. The preconditions of methods constrain the user to invoke the stateful REST service under the right conditions and the post condition constraint the service developer to implement the right functionality. The details of the methods can be manually inserted by the developer as required. We do not target complete automation because we focus only on the interface aspects of the web service. The applicability of the approach is demonstrated with a pedagogical example of a hotel room booking service and a relatively complex worked example of holiday booking service taken from the industrial context. The former example presents a simple explanation of the approach and the later worked example shows how stateful and timed web services offering complex scenarios and involving other web services can be constructed using our approach.

Fedora Commons as core repository of the EU legislation

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

It’s a workflow engine. It’s working with linked data. It’s repository! – Supporting electronic thesis related processes in University of Helsinki library

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

E-thesis repository – processes and data

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Integrating open articles with open data in the life sciences with Europe PubMed Central.

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Invenio as a Blog Archiving platform

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Integration of JINR Information Resources

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Implementing Widely-used Vocabularies to Produce Linked Open Data in the Context of Open Repositories

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Biomedical Event Extraction with Machine Learning

Biomedical natural language processing (BioNLP) is a subfield of natural language processing, an area of computational linguistics concerned with developing programs that work with natural language: written texts and speech. Biomedical relation extraction concerns the detection of semantic relations such as protein-protein interactions (PPI) from scientific texts. The aim is to enhance information retrieval by detecting relations between concepts, not just individual concepts as with a keyword search. In recent years, events have been proposed as a more detailed alternative for simple pairwise PPI relations. Events provide a systematic, structural representation for annotating the content of natural language texts. Events are characterized by annotated trigger words, directed and typed arguments and the ability to nest other events. For example, the sentence “Protein A causes protein B to bind protein C” can be annotated with the nested event structure CAUSE(A, BIND(B, C)). Converted to such formal representations, the information of natural language texts can be used by computational applications. Biomedical event annotations were introduced by the BioInfer and GENIA corpora, and event extraction was popularized by the BioNLP'09 Shared Task on Event Extraction. In this thesis we present a method for automated event extraction, implemented as the Turku Event Extraction System (TEES). A unified graph format is defined for representing event annotations and the problem of extracting complex event structures is decomposed into a number of independent classification tasks. These classification tasks are solved using SVM and RLS classifiers, utilizing rich feature representations built from full dependency parsing. Building on earlier work on pairwise relation extraction and using a generalized graph representation, the resulting TEES system is capable of detecting binary relations as well as complex event structures. We show that this event extraction system has good performance, reaching the first place in the BioNLP'09 Shared Task on Event Extraction. Subsequently, TEES has achieved several first ranks in the BioNLP'11 and BioNLP'13 Shared Tasks, as well as shown competitive performance in the binary relation Drug-Drug Interaction Extraction 2011 and 2013 shared tasks. The Turku Event Extraction System is published as a freely available open-source project, documenting the research in detail as well as making the method available for practical applications. In particular, in this thesis we describe the application of the event extraction method to PubMed-scale text mining, showing how the developed approach not only shows good performance, but is generalizable and applicable to large-scale real-world text mining projects. Finally, we discuss related literature, summarize the contributions of the work and present some thoughts on future directions for biomedical event extraction. This thesis includes and builds on six original research publications. The first of these introduces the analysis of dependency parses that leads to development of TEES. The entries in the three BioNLP Shared Tasks, as well as in the DDIExtraction 2011 task are covered in four publications, and the sixth one demonstrates the application of the system to PubMed-scale text mining.