Kiinteistöpalveluiden laatujärjestelmän kehittäminen

Kiinteistöalan haasteeksi on muodostunut laadukkaan palvelun hankkiminen kilpailuilta kiinteistöpalveluiden markkinoilta ja ulkomaisten kiinteistösijoittajien asettamat vaatimukset yhteistyölle. Tutkimuksen tavoitteena oli määritellä asiakastyytyväisyyttä tukevia elementtejä kiinteistöjohtamisen palveluprosesseihin laatujärjestelmän kehittämisen tueksi ja tutkia kiinteistöpalveluiden sopivuutta rakennusliikkeen palveluntarjontaan. Tutkimuksessa esitettyjä teoreettisia malleja sovellettiin diplomityön empiirisessä osiossa Oka Oy:n kiinteistöpalveluyksikön palveluprosesseihin. Palvelun laadun liittäminen asiakastyytyväisyyden muodostumiseen nousi laatujärjestelmän perustaksi. Kiinteistöpalveluiden laadun parantaminen alkaa alihankkijoiden kilpailutuksen onnistumisesta ja palveluiden tuottamisen aikaisesta laadun valvonnasta. Asiakastyytyväisyyden ylläpitäminen edellyttää säännöllistä ja sisällöllisesti asiakaskohtaisesti räätälöityä raportointia sekä asiakastarpeiden ymmärtämisen kautta tapahtuvaa jälkimarkkinointia. Tutkimuksen perusteella suomalaisten rakennusliikkeiden palvelutarjonta tulee laajentumaan kohti kiinteistön elinkaaren aikaisia palveluja synergiahyötyjen ja asiakkaiden kumppanuudelta vaatimien hyötyjen vuoksi. Vahvana kilpailuetuna tulee olemaan hyväksi havaittujen käytönaikaisten taloteknisten ratkaisujen saattaminen rakentamisen suunnittelun hyödynnettäväksi.

Standardizing Customized Features of a Configurable Product

Työn päätavoitteena on arvioida hissien automaattiovien usein toistuvien asiakaskohtaisesti räätälöityjen tuoteominaisuuksien vakioimisen kannattavuutta KONEen Hyvinkään tehtaalla. Työssä arvioidaan myös massaräätälöinnin periaatteiden soveltuvuutta erikoisovien toimitusprosessiin sekä toimintoperusteisen kustannustiedon tarpeellisuutta tuoteominaisuuksia koskevien päätösten teossa. Asiakaskohtaisesti räätälöity ovituotanto jaettiin kategorioihin, joiden volyymeja ja tuotemuutosten tekoon käytettyjä suunnittelutuntimääriä analysoimalla selvitettiin, muodostaako jokin räätälöitävä tuoteominaisuus riittävän suuren kappalemääräisen kysynnän tai suunnittelutuntien kulutuskohteen, jotta ominaisuuden vakiointi olisi kannattavaa. Ovien kustannusrakenne-esimerkkien avulla selvitettiin myös suunnittelun osuus kokonaiskustannuksista. Analyysien perusteella todettiin asiakaskohtaisten muutosten olevan hajanaisia ja vain muutaman ominaisuuden osalta muodostuvan tarpeeksi suuri ja yhtenäinen kokonaisuus, joka olisi taloudellisesti kannattavaavakioida. Monimutkaisen tuoterakenteen vuoksi massaräätälöinnin opit eivät ole suoraan kopioitavissa hissien erikoisovien toimitusprosessiin, mutta sisältävät hyödyllisiä toimintamalleja prosessin kehittämiseen.

Logististen palvelukonseptien kehittäminen

VALSSI- (Value Added Logistics Service Support) projektin tavoitteena on uusi varaosalogistiikan liiketoimintamuoto. Se tapahtuu tuomalla lisäarvopalveluita tilaustoimitusprosesseihin lisäämällä selkeitä tuotantoprosessiin liittyviä moduuleita palveluyrityksen toimintaan sekä hyödyntämällä tietojärjestelmiä teknologioina. Tämän diplomityön tavoitteena oli selvittää, kuvata ja kehittää VALSSI-projektiin osaa ottavan kohdeyrityksen, ValLog Oy:n palvelut modulaarisesti prosesseina. Muodostetuista prosesseista oli tavoitteena tehdä myös työkalu, jonka avulla voidaan esitellä asiakkaalle ValLog Oy:n palveluita myyntitilanteessa sekä selvittää asiakkaan palveluiden tarvekartoitusta. Lisäksi yhteistyössä Metso Paper Servicen kanssa oli tavoitteena kartoittaa vastaavatko ValLog Oy:n logistiikkaprosessit markkinoiden vaatimaa tarvetta sekä selvittää diplomityön perustyövaiheen, eli palveluprosessien kuvauksien tuloksia. ValLog Oy:n palvelukokonaisuus, 12 palvelukonseptia, avattiin prosesseiksi, jotka kuvataan vuokaavioina ja kirjallisena selostuksena. Niistä selviää palvelujen toimintojen väliset riippuvuudet eli koko toimintoketju sekä vuorovaikutussuhteet asiakkaan ja ValLog Oy:n välillä. Yhteistyössä Metso Oyj:n kanssa selvisi, että ValLog Oy:n palvelut ovat varaosalogistiikan tarpeisiin erittäin kattavat. Myyntityökaluksi tehdystä PowerPoint- prosessiesityksestä muodostui asiakkaalle selkeä käsitys palvelukokonaisuuksien kokoamisesta asiakastarvelähtöisesti. Uuden liiketoiminnan luomisessa kuvatut palveluprosessit toimivat peruskäsikirjana. Niissä palvelutoiminta muodostuu selkeistä tuotanto-prosessiin liittyvistä logistisista palvelukokonaisuuksista ja niiden analogia soveltuu myös muiden logistiikkayritysten liiketoiminnan selvittämiseen ja modulaariseen kuvaamiseen.

VoIP -yhdyskäytävä

VoIP –yhdyskäytävä toimii erilaisten verkkojen liityntäpisteissä tarjoten verkoissa olevan puhelinliikenteen integroimisen yhdeksi kokonaisuudeksi. Tällainen toiminnallisuus on tarpeellinen, koska tulevaisuudessa puhelinverkot ja Internet tulevat sulautumaan toisiinsa. Näin verkkojen väliin tarvitaan palveluita, jotka ymmärtävät molempien verkkojen arkkitehtuureja. Tämä diplomityö pitää sisällään sekä tutkinnallisia että toteutuksellisia näkökohtia siihen miten VoIP –yhdyskäytävä voidaan toteuttaa uusimmilla kilpailukykyisillä protokollilla vaativaan ympäristöön. Työssä käsitellään IP –verkkojen puhelinpalveluiden toteuttamiseen soveltuvat protokollat tarvittavalla tasolla ja työssä käsitellään Necsom Media Switch –reitittimen sopivuutta VoIP –yhdyskäytävän alustaksi. Työssä esitellään tutkimustyön tuloksia ja erilaisia skenaarioita miten VoIP –yhdyskäytävä tulisi toteuttaa käyttämällä työssä esiintyviä teknologioita. Lopulta esitellään toteutetun VoIP –yhdyskäytävän rakenne ja toiminnallisuus. VoIP –yhdyskäytävä tarjoaa puhelinpalveluita IP –verkoissa ja samalla mahdollistaa olemassa olevien puhelinverkkojen liikenteen yhdistämisen IP –verkkoihin. Työssä kuvatut tutkimukset ja saavutukset on tehty Necsom Oy:n ja Lappeenrannan teknillisen korkeakoulun yhteistyöhankkeessa. Tuloksia on käytetty hyväksi puntaroidessa VoIP –yhdyskäytävän toiminnallisia vaatimuksia tulevaisuuden vaatimuksien edessä.

Physical layer development in third generation protocol software architecture

Diplomityön tavoitteena oli kehittää kolmannen sukupolven fyysistä protokollakerrosta matkapuhelimen ohjelmistoarkkitehtuurille. Kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmät ovat aikaisempia järjestelmiä monimutkaisempia. Ohjelmiston koon ja monimutkaisuuden sekä aikataulujen kiireellisyyden vuoksi on tullut tarve ottaa käyttöön formaaleja menetelmiä ohjelmiston kehitystyöhön. Formaalit kuvauskielet mahdollistavat tarkan, yksiselitteisen ja simuloitavissa olevan järjestelmäkuvauksen muodostamisen. Fyysinen protokollakerros tarjoaa tiedon siirtoa ylemmille protokollakerroksille. Tämän tiedonsiirron hallinta vaatii protokollakerrosten välistä viestinvälitystä. Formaaleja kuvauskieliä käyttämällä voidaan viestinvälityksen toteutusta automatisoida ja siinä tarvittavaa logiikkaa havainnollistaa. Työssä suunniteltiin, toteutettiin ja testattiin ylempien protokollakerrosten kanssa kommunikoivaa osaa fyysisestä protokollakerroksesta. Tuloksena saatiin solunvalintatoiminnallisuuden vaatiman kommunikoinnin ja tilakoneen toteutus ohjelmistoarkkitehtuurissa. Ohjelmistonkehityksen alkuvaiheiden havaittiin olevan fyysisen kerroksen suorituskyvyn kannalta merkittävässä asemassa, koska tällöin viestinvälityksen optimointi on helpointa. Formaalit kuvauskielet eivät ole sellaisenaan täysin soveltuvia tarkoin määritellyn ohjelmistoarkkitehtuurin osien kehitykseen.

Informaation hallinta prosessiteollisuuden investointiprojektissa

Diplomityössä on tutkittu kohdeyrityksen, UPM-Kymmene Oyj Kymin tuotantoyksikön nykyisiä investointiprojektin tiedonhallinnan käytäntöjä. Nykytilan selvityksen ja haastatteluissa ilmenneiden tarpeiden perusteella on työssä esitelty uusi toimintamalli tulevia investointiprojekteja varten. Diplomityö perustuu aihepiirin kirjalliseen tarkasteluun ja yhteistyökumppaneiden haastatteluihin. Kirjallisuuden avulla on selvitetty dokumenttienhallinnan teoriaa ja tulevaisuuden näkymiä. Haastatteluilla on selvitetty Kymin tiedonhallinnan nykytilaa ja tulevia tarpeita. Haastatteluita on tehty Kymillä sisäisesti ja Kymin konsultti- ja laitetoimittajaosapuolten kanssa. Työssä käsitellään informaationhallintaa dokumenttienhallinnan ja erilaisten investointiprojektissa käsiteltävien dokumenttien pohjalta. Investointiprojektissa syntyvän talletettavan ja arkistoitavan dokumenttiaineiston lisäksi huomioidaan laitetietojen hallinta, mutta vain periaatteellisella tasolla. Investointiprojektin tiedonhallinnassa ehdotetaan siirryttävän perinteisestä eri projektiosapuolten keskinäisestä tiedonvaihdosta verkottuneeseen tiedonhallinnan malliin. Verkottuneessa tiedonhallinnassa toimitaan investointiprojektin osapuolten yhteisen tietovaraston avulla. Työn tuloksena syntynyt kohdeyrityksen toimintamalli koostuu useista eri osa-alueista, mikä mahdollistaa toimintamallin hyödyntämisen yksittäisiä osa-alueita kokonaisuudesta irrottamalla. Toimintamallia on mahdollista hyödyntää vastaavanlaisten tuotanto-laitosten investointiprojektien yhteydessä. Työssä toimintamallin käytännön sovellutus kohdeyrityksessä on esitetty käyttöönottoprojektina.

MULTIMEDIATIETOPANKKI VERKOSSA

Työ käsittelee multimediatietopankin tietosisällön hallintaa ja kehittämistä. Multimediatietopankki verkossa –projektissa multimediatietopankilla tarkoitetaan vuorovaikutteista ja sisältörikasta liikkuvan ja staattisen kuvan (video, animaatio, valokuvat, 3D, grafiikka), äänten (musiikki ja muut äänet) ja tietokantojen yhdistelmää. Sisällön eri osa-alueet ja vuorovaikutteisuus tukevat kokonaisuutta, jolla on oma viestinnällinen tarkoituksensa. Tätä kokonaistoteutusta levitetään www:n, digitaalitelevision ja mobiililaitteiden välityksellä loppukäyttäjälle. Multimedia- ja matkaviestinteknologioiden nopea kehitys antaa mahdollisuuden kehittää uusia palveluja. Erilaisiin päätelaitteisiin ja vaihteleviin ympäristöihin tarkoitettujen helppokäyttöisten multimedia- ja mobiilipalvelujen kysyntä on jatkuvassa kasvussa. Multimediatietopankkiprojektissa esitetään kuinka multimediapalveluita voidaan toteuttaa integroidussa ympäristössä. Integroidulla ympäristöllä tässä työssä tarkoitetaan Internetin, mobiilien palvelujen, WAP:in, kämmentietokoneen, digitaalisen television sekä uusien multimediakännyköiden käyttöä multimediatietopankin tarjoamien palvelujen välittämisessä. Projekti on jaettu yksittäisiin lukuihin, joissa tarkoituksena on syventää multimediatietopankin yksityiskohtia sisällön tuottamisessa teknologian näkökannalta. Multimediatietokannan toteutuksessa mallinnetaan palvelun sisältö tietokantaan XHTML-muodossa mediaolioiden sisään sekä tallennetaan tietopankin metatietoa multimediarelaatiotietokantaan, josta on mahdollista hakea tietoa minkä tahansa päätelaitteen kyselyjen avulla.Tässä työssä keskitytään multimediatietokannan hallintajärjestelmän tehtäviin ja rakenteeseen, siihen miten multimediadata tallennetaan tietokantaan sekä siihen miten tietokannassa olevaa metatietoa haetaan käyttäen tietokannassa kehitettyjä hakumenetelmiä.

Application Architecture Design for an Industrial Service Company

Työssä oli tavoitteena suunnitella globaali sovellusarkkitehtuuri, joka ohjaa teollisen huoltoyrityksen sovellusten kehitystyötä. Sovellusarkkitehtuuri kuvaa tietokoneohjelmien toiminnallisuuteen loppukäyttäjien näkökulmasta ja sen laatiminen on osa strategista tietojärjestelmäsuunnittelua. Arkkitehtuurin tehtävänä on varmistaa, että tietojärjestelmät suunnitellaan kokonaisuutena tukemaan organisaation toimintaa. Arkkitehtuurin tekemistä ohjasi strategisen tietojärjestelmäsuunnittelun periatteet ja mallit. Tekniikat olivat samoja kuin projektikohtaisessa tietojärjestelmäsuunnittelussa. Sovellusarkkitehtuurin tekeminen alkoi tutustumalla yrityksessä vallitsevaan tilanteeseen sekä liiketoiminta- ja tietotekniikkastrategioihin. Tarkastelun kohteena olivat pääasiassa liiketoimintaprosessit ja käytössä olevat sovellukset. Tutustuminen tapahtui lähinnä haastatteluin ja dokumentteihin tutustumalla. Seuraavaksi johdettiin vaatimukset tulevaisuuden sovelluksille haastatteluista ja edellisen vaiheen materiaalin perusteella. Liiketoiminnan kannalta tärkeimmät vaatimukset valittiin täytettäväksi arkkitehtuurilla. Varsinaisen arkitehtuurin tekeminen oli lähinnä sovellusten valitsemisesta ja niiden keskinäisten suhteiden määrittelyä. Arkkitehtuurin perusteella määritettiin kehityshankeet.

Aineeton pääoma yrityksen arvossa: case Sonera Oyj

Tutkielman päätavoitteena oli selvittää miten analyytikot ja yritysjohto arvioivat aineettoman pääoman arvon yrityksen arvossa sekä poikkeavatko arviot toisistaan. Tutkielma jakaantui kahteen osaan. Teoriaosassa muodostettiin kirjallisuustutkimuksen avulla käsitejärjestelmä, minkä avulla aineettoman pääoman osa-aluetta voitiin ymmärtää. Empiirinen osa toteutettiin teemahaastatteluina. Empiirisen tutkimuksen perusteella todettiin, että aineettoman pääoman mittaaminen ja arvottaminen ovat yrityselämässä vielä varhaisessa vaiheessa. Analyytikoilla oli käytettävissään rajallinen määrä tietoa, minkä perusteella aineettoman pääoman arvottaminen yrityskokonaisuudesta irrallisena ei ollut mielekästä. Analyytikot seurasivat asiakaspääoman kehitystä sekä muodostivat subjektiivisen näkemyksen henkisestä pääomasta sekä infrastruktuuripääomasta, mitkä yhdessä tukivat käsitystä yrityksestä kokonaisuutena. Yrityksessä mitattiin ja raportoitiin aineettomasta pääomasta lähinnä asiakaspääoman tekijöitä. Yrityksen näkökulmasta kokonaisvaltaisen aineettoman pääoman mittariston ongelmaksi todettiin, että yleiset mittareille asetetut vaatimukset eivät täyty. Analyytikkojen ja yritysjohdon arviot aineettoman pääoman arvosta eivät poikenneet merkittävästi. Tutkielmassa arvioitiin, että aineettoman pääoman mittaamisen ja ulkoisen raportoinnin yleistyessä, tietämys sekä yrityksessä että sen ulkopuolella kasvaa ja aineettoman pääoman arvottaminen mahdollistuu.

Varaosien tunnistuspalvelut sähköisessä liiketoimintaympäristössä

Työn tarkoituksena on ollut luoda varaosien tunnistukseen kehitysmalli, jota voidaan käyttää pohjana palveluiden kehityksessä. Saatavilla olevia tunnistusmenetelmiä parantamalla on mahdollista kehittää liiketoimintaprosesseja. Yrityksiin kohdistuu yhä enemmän vaatimuksia, jotka täyttääkseen on kyettävä luomaan kustomoitavissa olevia innovatiivisia palvelukokonaisuuksia. Yritysten tulisi kerätä yhteen kaikki saatavilla oleva tieto asiakkaiden hankkimista tuotteista ja palveluista tarjoten näiden kautta toimintamahdollisuuksia lähemmäs asiakasrajapintaan. Sähköisten tunnistuspalveluiden kehitys ja integrointi yhdeksi kokonaisuudeksi on keskeisessä asemassa yrityksen palvelutarjontaa kehitettäessä. Palveluihin voidaan antaa pääsy SOA (Service Oriented Architecture) -malliin perustuvien portaaleiden kautta. Uudet varaosien tunnistusmenetelmät tulee liittää web-palveluina portaaliin integrointimenetelmiä käyttäen. Varaosien tunnistuksen kannalta on keskeistä linkittää taustajärjestelmien tieto tukemaan tunnistusprosessia tuotteiden koko elinkaaren ajan. Case tapauksessa integroitiin varaosien tunnistuspalveluina IMB WebSphere Portal:n PDM (Product Data Management) -järjestelmän varaosadokumentaatio. Lisäksi luotiin varaosien tunnistusjärjestelmän vaatima datamalli, joka mahdollistaa PDMjärjestelmässä olevan as-built – varaosarakenteen hyväksikäytön portaaliin liitettävän graafisen varaosien tunnistusjärjestelmän kanssa. Tulevaisuuden kehitysmahdollisuuksina nähdään huoltojärjestelmien tiedon integrointi osaksi tunnistusmenetelmiä parantavaa kokonaisuutta, huoltotarpeen automaattinen seuranta ja analysointi, RFID:n käyttömahdollisuudet, mobiili-sovellusten kehitys, varaosien tunnistukseen perustuvien liiketoimintaprosessien automatisointi sekä jatkuva tiedonjaon kehittäminen.

Tuotekeskeisen palvelun prosessien kehittäminen teollisuusyrityksessä

Perinteisen valmistavan teollisuuden yritykset ovat pyrkineet kehittämään palveluja perinteisen tuotevalikoimansa rinnalle. Tuotekeskeinen palvelu on valmistettavaan laitteeseen liitettävä lisäpalvelu, jonka toimitus mahdollistuu siihen liitettyyn laitteeseen lisättyjen älykkäiden ominaisuuksien, kuten etädiagnostiikkalaitteiden avulla. Systemaattisesti kehitetyt prosessit ovat avainasemassa palvelun sujuvalle tuottamiselle. Tämän työn tavoitteena oli selvittää miten kohdeyrityksen tuotekeskeisen palvelun tuotantoon liittyvät prosessit voidaan integroida yrityksen muihin olemassa oleviin prosesseihin. Työn teoreettisessa osuudessa aihepiiriä lähestyttiin prosessijohtamisen ja siihen liittyvän termistön ja viitekehysten kautta, sekä lisäksi tutkittiin tuotekeskeisen palvelun käsitteistöä ja tähän kokonaisuuteen liittyviä prosesseja ja niiden kehittämistä. Teoreettista viitekehystä sovellettiin työn empiirisessä osassa kuvaamalla prosessien nykytilaa, sekä niihin liittyviä ongelmia ja kehityskohteita mm. haastattelujen ja olemassa olevan dokumentaation avulla. Nykytilan selvittäminen toimi lähtökohtana työn aikana käynnistetylle kehitysprojektille, jossa pyrittiin tuomaan tuotannollinen ja myynnillinen valmius valittuihin trukkimalleihin. Työssä syntyi toimintamalli niille tehtäville, joita yrityksessä täytyy toteuttaa tavoitteisiin pääsemiseksi, sekä laadittiin kuvaukset myynti- ja jälkiasennusprosesseihin.

Pitkän käyttöiän web-sovelluksen toteuttaminen

Tässä työssä selvitettiin hyviä tapoja ja vakiintuneita käytäntöjä pitkän käyttöiän web-sovelluksen tekemiseksi. Saatiin selville, että sovelluksen elinkaaren aikana suurin osa kustannuksista tulee ylläpidosta. Tavoitteena oli tehdä pitkään käytettävä sovellus, joten ylläpidon kustannusten osuudesta tuli saada mandollisimman pieni. Ohjelmistotuotantoprosessissa mandollisimman aikaisessa vaiheessa havaitut virheet vähentävät korjauskustannuksia oleellisesti verrattuna siihen, että virheet havaittaisiin valmiissa tuotteessa. Siksi tässä työssä tehdyssä web-sovelluksessa panostettiin prosessin alkuvaiheisiin, määrittelyyn ja suunnitteluun. Web-sovelluksen ylläpidettävyyteen ja selkeyteen vaikuttavat oleellisesti hyvät ohjelmistokehitystavat. Käyttämällä valmista sovelluskehystä ja lisäämällä toiminnallisuuksia valmiiden ohjelmistokomponenttien avulla saadaan aikaiseksi hyvien tapojen mukaisesti tehty sovellus. Tässä työssä toteutettu web-sovellus laadittiin käyttämällä sovelluskehystä ja komponenttiarkkitehtuuria. Toteutuksesta saatiin selkeä. Sovellus jaettiin loogisiin kokonaisuuksiin, jotka käsittelevät näkymiä, tietokantaa ja tietojen yhdistämistä näiden välillä. Jokainen kokonaisuus on itsenäisesti toimiva, mikä auttaa sovelluksen ylläpitämisessä ja testaamisessa.

A Dependency Parsing Approach to Biomedical Text Mining

Biomedical research is currently facing a new type of challenge: an excess of information, both in terms of raw data from experiments and in the number of scientific publications describing their results. Mirroring the focus on data mining techniques to address the issues of structured data, there has recently been great interest in the development and application of text mining techniques to make more effective use of the knowledge contained in biomedical scientific publications, accessible only in the form of natural human language. This thesis describes research done in the broader scope of projects aiming to develop methods, tools and techniques for text mining tasks in general and for the biomedical domain in particular. The work described here involves more specifically the goal of extracting information from statements concerning relations of biomedical entities, such as protein-protein interactions. The approach taken is one using full parsing—syntactic analysis of the entire structure of sentences—and machine learning, aiming to develop reliable methods that can further be generalized to apply also to other domains. The five papers at the core of this thesis describe research on a number of distinct but related topics in text mining. In the first of these studies, we assessed the applicability of two popular general English parsers to biomedical text mining and, finding their performance limited, identified several specific challenges to accurate parsing of domain text. In a follow-up study focusing on parsing issues related to specialized domain terminology, we evaluated three lexical adaptation methods. We found that the accurate resolution of unknown words can considerably improve parsing performance and introduced a domain-adapted parser that reduced the error rate of theoriginal by 10% while also roughly halving parsing time. To establish the relative merits of parsers that differ in the applied formalisms and the representation given to their syntactic analyses, we have also developed evaluation methodology, considering different approaches to establishing comparable dependency-based evaluation results. We introduced a methodology for creating highly accurate conversions between different parse representations, demonstrating the feasibility of unification of idiverse syntactic schemes under a shared, application-oriented representation. In addition to allowing formalism-neutral evaluation, we argue that such unification can also increase the value of parsers for domain text mining. As a further step in this direction, we analysed the characteristics of publicly available biomedical corpora annotated for protein-protein interactions and created tools for converting them into a shared form, thus contributing also to the unification of text mining resources. The introduced unified corpora allowed us to perform a task-oriented comparative evaluation of biomedical text mining corpora. This evaluation established clear limits on the comparability of results for text mining methods evaluated on different resources, prompting further efforts toward standardization. To support this and other research, we have also designed and annotated BioInfer, the first domain corpus of its size combining annotation of syntax and biomedical entities with a detailed annotation of their relationships. The corpus represents a major design and development effort of the research group, with manual annotation that identifies over 6000 entities, 2500 relationships and 28,000 syntactic dependencies in 1100 sentences. In addition to combining these key annotations for a single set of sentences, BioInfer was also the first domain resource to introduce a representation of entity relations that is supported by ontologies and able to capture complex, structured relationships. Part I of this thesis presents a summary of this research in the broader context of a text mining system, and Part II contains reprints of the five included publications.

Sleep-Disordered Breathing in Women

Sleep-disordered breathing (SDB) is underdiagnosed in women, probably due to the different gender-related manifestation. We investigated the differences in presentation, symptoms and co-morbidities of SDB in men and in pre- and postmenopausal women by a clinical, retrospective, cross-sectional study of 601 consecutively referred women and 233 age- and BMI-matched male-female pairs studied with the static-chargesensitive bed (SCSB) and an oximeter. Data on the use of nasal CPAP were gathered from the Paimio hospital database, and the co-morbidity information was based on reimbursed medication data from the National Agency for Medicines and the Social Insurance institution. The abnormal breathing episodes at night were more frequent in men than in women, and in postmenopausal women compared to premenopausal ones. Partial upper airway obstruction was the most common type of SDB in both genders but especially in females. BMI and the major symptoms of SDB were similar in pre- and postmenopausal women, and a menopause effect on symptoms was not found. CPAP adherence did not differ between symptomatic patients with partial upper airway obstruction and those presenting with conventional obstructive sleep apnea. Comorbidities were more frequent in SDB patients than in the general Finnish population. Compared to sleep apnea, partial upper airway obstruction was associated with a threefold prevalence of asthma and/or COPD in both genders, and with a 60% reduced prevalence of hypertension in females matched for age and BMI. Our results emphasize that partial upper airway obstruction is not a milder form of SDB but a different entity, the severity of which is underestimated when using the conventional apnea-hypopnea index. It seems clinically relevant to diagnose and treat the co-morbidities and SDB also in patients with partial upper airway obstruction, especially in elderly and symptomatic women.

Design and production of protein nanostructures for biomolecular detection

Particulate nanostructures are increasingly used for analytical purposes. Such particles are often generated by chemical synthesis from non-renewable raw materials. Generation of uniform nanoscale particles is challenging and particle surfaces must be modified to make the particles biocompatible and water-soluble. Usually nanoparticles are functionalized with binding molecules (e.g., antibodies or their fragments) and a label substance (if needed). Overall, producing nanoparticles for use in bioaffinity assays is a multistep process requiring several manufacturing and purification steps. This study describes a biological method of generating functionalized protein-based nanoparticles with specific binding activity on the particle surface and label activity inside the particles. Traditional chemical bioconjugation of the particle and specific binding molecules is replaced with genetic fusion of the binding molecule gene and particle backbone gene. The entity of the particle shell and binding moieties are synthesized from generic raw materials by bacteria, and fermentation is combined with a simple purification method based on inclusion bodies. The label activity is introduced during the purification. The process results in particles that are ready-to-use as reagents in bioaffinity. Apoferritin was used as particle body and the system was demonstrated using three different binding moieties: a small protein, a peptide and a single chain Fv antibody fragment that represents a complex protein including disulfide bridge.If needed, Eu3+ was used as label substance. The results showed that production system resulted in pure protein preparations, and the particles were of homogeneous size when visualized with transmission electron microscopy. Passively introduced label was stably associated with the particles, and binding molecules genetically fused to the particle specifically bound target molecules. Functionality of the particles in bioaffinity assays were successfully demonstrated with two types of assays; as labels and in particle-enhanced agglutination assay. This biological production procedure features many advantages that make the process especially suited for applications that have frequent and recurring requirements for homogeneous functional particles. The production process of ready, functional and watersoluble particles follows principles of “green chemistry”, is upscalable, fast and cost-effective.