Síntesi de siRNAs (short interfering RNAs) modificats amb nucleobases 5-metil i 5-propinil pirimidíniques i avaluació de la seva activitat in vitro en cultius cel•lulars i de la seva estabilitat en sèrum humà. Disseny de siRNAs dirigits a la inhibició de l'expressió de mutacions de l'oncogen K-ras.

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Stanford University, EEUU, entre 2007 i 2009. El present projecte es basa 1) en la síntesi de cadenes d'ARN dirigides a la inhibició de l'expressió gènica per un mecanisme d'ARN d'interferència (siRNAs o short interefering RNAs) i 2) en l'avaluació de l'activitat in vitro d'aquests oligonucleòtids en cultius cel•lulars. Concretament, la meva recerca ha estat enfocada principalment a l'estudi de cadenes de siRNA modificades amb nucleobases 5-metil i 5-propinil pirimidíniques. Es tractava d'avaluar l'efecte que exerceixen els factors estèrics en el major groove (solc major) dels siRNAs sobre la seva activitat biològica. En aquest sentit, he dut aterme síntesi de fosforamidits de nucleòsis pirimidínics modificats a la posició C-5 de la nucleobase. A continuació he incorporat aquestes unitats nucleosídiques en cadenes d'ARN emprant un sintetitzador d’ADN/ARN i he estudiat l'estabilitat dels corresponents dúplexs d'ARN mitjançant experiments de desnaturalització tèrmica. Finalment he dut a terme experiments d'inhibició de l'expressió gènica en cèl.lules HeLa per tal d'avaluar l'activitat biològia d'aquests siRNAs modificats. Els resultats d'aquests estudis han posat de manifest que la presència de grups voluminosos com el propinil a l'extrem 5' del dúplex de siRNA (definit per la cadena guia o antisense) influeix de forma molt negativa en la seva activitat biològica. En canvi, grups menys voluminosos com el metil hi influeixen positivament, de manera que algunes de les cadenes sintetitzades han resultat ser més actives que els corresponents siRNAs naturals (wild type siRNAs). A més, aquest tipus de modificació contribueix positivament en l'estabilitat de cadenes de siRNA en sèrum humà. Aquest treball ha estat publicat (Terrazas, M.; Kool, E.T. "Major Groove Modifications Improve siRNA Stability and Biological Activity" Nucleic Acids Res. 2009, in press).

L’impacte de les institucions internacionals sobre la Unió Europea: presa de decisions, integració i europeïtzació

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Center for European Integration de la Freie Universität Berlin, Alemania, entre 2007 i 2009. El tema central del projecte consisteix en la descripció matemàtica de processos espai-temporals mitjançant la teoria dels Continuous-Time Random Walks. L'aportació més significativa del nostre treball en aquest camp consisteix en considerar per primera vegada la interacció entre diversos processos actuant de manera acoblada, ja que fins ara els models existents es limitaven a l'estudi de processos individuals o independents. Aquesta idea fa possible, per exemple, plantejar un sistema de transport en l'espai i a la vegada un procés de reacció (una reacció química, per exemple), i estudiar estadísticament com cada un pot alterar el comportament de l'altre. Això suposa un salt qualitatiu important en la descripció de processos de reacció-dispersió, ja que els nostres models permeten incorporar patrons de dispersió i comportaments temporals (cicles de vida) força realistes en comparació amb els models convencionals. Per tal de completar aquest treball teòric ha estat necessari també desenvolupar algunes eines numèriques (models de xarxa) per facilitar la implementació dels models. En la vessant pràctica, hem aplicat aquestes idees al cas de la dinàmica entre virus i el sistema immunològic que té lloc quan es produeix una infecció a l'organisme. Diferents estudis experimentals portats a terme els últims anys mostren com la resposta immunològica dels organismes superiors presenta una dinàmica temporal força complexa (per exemple, en el cas de la resposta programada). Per aquest motiu, les nostres tècniques matemàtiques són d'especial utilitat per a l'anàlisi d'aquests sistemes. Finalment, altres possibles aplicacions dels models, com ara l'estudi d'invasions biològiques, també han estat considerades.

Estudi prospectiu dels pacients que es diagnostiquen de càncer en un servei de Medicina Interna

S’han analitzat de forma prospectiva els malalts ingressats en un Servei de Medicina Interna diagnosticats de càncer durant 19 mesos. S’han avaluat 95 pacients amb edat mitja de 69 anys, la majoria homes. Les neoplàsies més freqüents han estat respiratòries, digestives i hematològiques. Han consultat per símptomes inespecífics, de llarga evolució i sovint amb malaltia disseminada. Conèixer el perfil que presenten aquests pacients ens pot permetre millorar el temps que tarden a consultar, optimitzar el procés diagnòstic per a què sigui el menys invasiu possible, precís i cost-efectiu; i agilitzar el temps fins al tractament.

El reconocimiento de emociones es un buen predictor del funcionamiento social en Primeros Episodios Psicóticos.

El estudio pretende evaluar si variables de cognición social (el reconocimiento de emociones faciales) podrían ser un mejor predictor de funcionamiento social que la cognición básica, en las tempranas etapas de la enfermedad. Se seleccionó una muestra formada por 18 pacientes con un primer episodio psicótico y 18 participantes sanos emparejados por edad y género. Se administró una batería de variables clínicas, de funcionamiento social, cognición no social y social (reconocimiento de emociones faciales. Se encontró que Los déficits en medidas de reconocimiento de emociones faciales son un factor predictor del funcionamiento social, independiente de la cognición básica, incluso en estadios tempranos de la patología psicótica.

Creació i transmissió de coneixement als clústers empresarials: un model de simulació

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a l’Snider Entrepreneurial Research Center de la Wharton School de la University of Pennsilvanya y, EUA entre juliol i desembre del 2007. L’objectiu d’aquest projecte és estudiar la relació entre les estratègies de gestió del coneixement i les tecnologies de la informació i la comunicació (TIC) en l’evolució de les poblacions d’organitzacions i els seus efectes en els patrons industrials d’aglomeració espacial. Per a això s’adopta una aproximació fonamentada en la utilització d'un model basats en agents per a obtenir hipòtesis significatives i provables sobre l’evolució de les poblacions d’organitzacions al si de clústers geogràfics. El model de simulació incorpora les perspectives i supòsits d’un marc conceptual, l’Espai de la Informació o I-Space. Això permet una conceptualització basada en la informació de l’entorn econòmic que té en compte les seves dimensions espacials i temporals. Mitjançant els paràmetres del model es dóna la possibilitat d’assignar estratègies específiques de gestió del coneixement als diversos agents i de localitzar-los en una posició de l’espai físic. La simulació mostra com l'adopció d'estratègies diverses pel que fa a la gestió del coneixement influeix en l'evolució de les organitzacions i de la seva localització espacial, i que aquesta evolució es veu modificada pel desenvolupament de les TIC. A través de la modelització de dos casos ben coneguts de clústers geogràfics d’alta tecnologia, com són Silicon Valley a Califòrnia i la Route 128 als voltants de Boston, s’estudia la interrelació entre les estratègies de gestió del coneixement adoptades per les empreses i la seva tria de localització espacial, i també com això és afectat per l’evolució de les tecnologies de la informació i de la comunicació (TIC). Els resultats obtinguts generen una sèrie d’hipòtesis de rica potencialitat sobre l’impacte del desenvolupament de les TIC en la dinàmica d’aquests clusters geogràfics. Concretament, es troba que la estructuració del coneixement i l’aglomeració espacial co-evolucionen i que aquesta coevolució es veu significativament alterada pel desenvolupament de les TIC.

Estudio de la estructura y composición de carbonales (Acacia pennatula) en dos estadios de desarrollo. Diseño de protocolo para el seguimiento de la dinámica de la vegetación en el CIEA "El Limón", Estelí (Nicaragua)

Los carbonales son un tipo de bosque secundario originados por el abandono de un sistema de producción silvopastoril. Estos parches de bosque ocupan una superficie importante de la zona de amortiguamiento de la Reserva Natural del Tisey-La Estanzuela, área del bioma más amenazado del mundo, el Bosque Seco Tropical. La principal especie que compone esta comunidad vegetal es la Acacia pennatula, conocida comúnmente como carbón. Actualmente no hay muchos estudios sobre los carbonales, por lo que el presente proyecto pretende caracterizar la estructura y composición de la comunidad y describir algunos índices ecológicos básicos, en dos estadios diferentes. El análisis de los datos proporciona información de las principales diferencias en cuanto a estructura y composición que tienen lugar en los carbonales. La disminución natural de la densidad de individuos de A. pennatula con los años, parece tener un efecto positivo sobre la diversidad, composición y estructura de la comunidad. En base a estos datos, se ha diseñado un protocolo para realizar un estudio experimental de estas comunidades en el CIEA “El Limón”. En el protocolo, mediante diferentes tratamientos de tala en estadios tempranos, se obtendrán áreas de estudio que presenten un gradiente en la variable densidad de individuos de A. pennatula. El objetivo principal es describir y comparar la estructura, composición y dinámica del carbonal a lo largo del tiempo, y determinar que efecto tiene sobre la comunidad modificar esta variable. Los resultados obtenidos en el protocolo pueden utilizarse como base para desarrollar un plan de manejo para los carbonales que facilite la restauración del Bosque Tropical Seco y el aprovechamiento forestal.

Implicació de la inflamació i la resposta immunitària en la lesió induïda per la isquèmia

El sistema nerviós central (SNC) i el sistema immunitari (SI) estan estretament connectats. Es produeixen nombroses alteracions en el sistema immunitari després de la isquèmia i la inflamació es reconeix com una de les principals causes de la progressió de la lesió isquèmica. És molt important determinar el paper de les diferents cèl•lules implicades en la resposta immunitària i inflamatòria després de la isquèmia i el perfil de citocines que s’alliberen. A partir de l’estudi de les diferents poblacions de leucòcits en sang circulant després de la isquèmia, hem determinat que la subpoblació de monòcits (CD43high/CD11bhigh) augmenta a 48h de manera proporcional al volum d’infart. Aquesta població està formada per dos subtipus descrits de monòcits, els no clàssics (CD43high/Ly6C-) i els intermedis (CD43high/Ly6Cdim), i sembla expressar un perfil de citocines anti-inflamatòries així com una major capacitat fagocítica. Per altra banda, observem la presència de CD43 en el cervell i la seva degradació a 4 dies després de la isquèmia. També s’observa l’aparició de la fracció soluble del CD43 en el parènquima cerebral després del trencament de la barrera hematoencefàlica. Addicionalment, hem estudiat com s’alteren els canvis a nivell immunològic en ratolins deficients en CD69 i hem observat una pitjor progressió del volum d’infart en els animals CD69KO. A més a més hem volgut esbrinar el paper dels limfòcits utilitzant ratolins RAG (-/-) que tenen infarts més petits que els WT, però quan aquests careixen de CD69, tenen infarts significativament més grans. En l’estudi del procés inflamatori en la isquèmica, hem treballat amb ratolins deficient en ApoE i IL10. Pel que fa als ratolins ApoE (-/-), observem que tenen un volum d’infart més gran a les 24h i que es manté fins als 4 dies, i proposem que NFkB pot tenir un paper molt rellevant en aquest procés. Pel que fa a la IL-10, els animals deficients en aquesta citocina presenten un volum d’infart major i una expressió de citocines proinflamatòries més alt. A més a més, els ratolins IL10 KO presenten uns nivells de IL-12 més elevats de manera basal, i proposem que això és degut a la falta de la IL-10 per a inhibir la via.

Tractament psicològic del dolor crònic en nens i adolescents

L'objectiu d'aquest projecte és que els nens i adolescents amb dolor crònic puguin gaudir d'una millor qualitat de vida. El projecte té dues línies de recerca complementàries. El primer objectiu específic és crear i adaptar instruments per avaluar l’experiència dolorosa a la població infantil. Dues són les mesures que s'han estudiat en escolars: l'escala numèrica verbal (vNRS-11) tant en paper com en format electrònic, i una versió modificada de la versió pediàtrica del Survey of Pain Attitudes (Peds-SOPA). El segon objectiu específic és avaluar els efectes de la teràpia cognitiva (TC) en una mostra de nens de 12 a 18 anys que pateixen dolor crònic. En concret, volem estudiar si algunes característiques personals i familiars dels joves (per exemple, creences relacionades amb la salut, intensitat del dolor, estratègies d'afrontament, expectatives del tractament) estan associades a l'adherència a les recomanacions terapèutiques i, en conseqüència, són variables que afavoreixen la recuperació d’aquests pacients. Un tractament de 10 sessions es porta a terme per aconseguir aquest objectiu. S’ofereix als pacients un conjunt d'habilitats i estratègies específiques per a què puguin exercir un major control dels seus símptomes i reduir l'impacte d'aquests en les seves vides. Els resultats d'aquests estudis seran de gran interès per millorar el maneig del dolor infantil. A més, els resultats determinaran quines són les variables associades amb l’adherència a les prescripcions terapèutiques. Aquest és un tema particularment d’interès pel fet de que un factor determinant de l’èxit clínic és el grau en què una persona s'adhereix a les recomanacions. D'altra banda, el desenvolupament de les mesures de dolor pediàtric és de gran rellevància tant per a clínics com per a investigadors, ja que moltes de les decisions clíniques es basen en allò que el pacient ha informat sobre el seu dolor.

Influence of the in vivo deregulation of the expression of ntrk3 (trkc) on cortical development of a murine model of panic/anxiety disorder

Alteracions durant el desenvolupament cerebral produirien canvis en la connectivitat neuronal i la bioquímica cel•lular que podrien resultar en una disfunció cognitiva i/o emocional, desembocant a trastorns psiquiàtrics. Les neurotrofines intervenen en els processos del neurodesenvolupament i en la funcionalitat del cervell adult i, conseqüentment, serien bons candidats com a factors de predisposició en diverses malalties mentals. S’ha suggerit la implicació del receptor de la neurotrofina 3, TrkC, en el trastorn de pànic. Nosaltres proposem que la sobreexpressió del gen NTRK3 (TrkC) és un mediador comú dels desencadenants genètics i ambientals d’aquest trastorn. Concretament, la seva desregulació podria produir canvis estructurals i funcionals a l’escorça cerebral dels pacients pel seu paper durant l’establiment dels circuïts corticals i la neuroplasticitat a l’adult, probablement esdevenint elements de predisposició a patir atacs de pànic. Els objectius principals d’aquest treball han estat: 1/determinar la contribució específica del gen NTRK3 a les alteracions de l’escorça cerebral observades en pacients, utilitzant un model murí modificat genèticament (TgNTRK3), i 2/analitzar l’impacte específic de la sobreexpressió de NTRK3 sobre la corticogènesi durant estadis embrionaris o postnatals estudiant la neurogènesi i la neuritogènesi. Els resultats indiquen que la sobreexpressió de NTRK3 als ratolins produeix una reducció del gruix de l’escorça frontal, recapitulant la hipofrontalitat dels pacients, que comportaria una menor inhibició dels nuclis subcorticals del sistema límbic com l’amígdala, i alteracions citoarquitectòniques a l’escorça prefrontal medial que recolzen la hipòtesi del seu mal funcionament. Tanmateix, els ratolins TgNTRK3 presenten canvis estructurals a l’escorça somatosensorial, suggerint que el processament de la informació sensorial podria estar alterat, el que encara no s’ha explorat en pacients. La sobreexpressió de NTRK3 també afecta la neuritogènesi en cultius primaris corticals i modifica la resposta de les neurones a l’estimulació amb neurotrofines. Per tant, el fenotip cortical adult dels TgNTRK3 podria dependre d’alteracions durant la corticogènesi.

¿Es el sexo femenino un factor de riesgo quirúrgico en la cirugía de valvular?

RESULTADOS: Se intervino un 60,7% de los pacientes de SV aórtica, un 25,7% de SV mitral , un 13,6% de doble SV. Además, en el 22,5% se realizó revascularización coronaria. Las mujeres presentaban más edad, SV mitral, reintervención, fibrilación auricular, anemia y peor clase funcional. Los varones presentaron más tabaquismo, SV aórtica, enfermedad coronaria, cirugía de revascularización coronaria, función sistólica deprimida y tiempo de clampaje aórtico. En el análisis bivariado relacionado con mortalidad hospitalaria (8,35%) fueron significativos la edad, el sexo, la clase funcional, la posición de la prótesis, la superficie corporal, la anemia, el número de concentrados de hematíes y el tiempo de clampaje aórtico. Se constató como factores de riesgo independientes el sexo (OR 2,92; 95% intervalo confianza 1,05-8,14) y la anemia (OR 4,23; 95% intervalo confianza 1,66-10,8) tras ajustarlos con los factores de riesgo, factores confusores y el año de intervención. CONCLUSIONES: El sexo femenino es un factor de riesgo independiente para la mortalidad hospitalaria en la cirugía de sustitución valvular.

I. Identification and characterisation of epigenetically altered tumor supressor genes by proteomic and genomic approches / II. Studies of genes regualted by MeCP2 union to its promoter regions by proteomic and genmomic approches

DNA methylation has an important impact on normal cell physiology, thus any defects in this mechanism may be related to the development of various diseases In this project we are interested in identifying epigeneticaliy modified genes, in general controlled by processes related to the DNA methylation, by means of a new strategy combining protomic and genomic analyses. First, the two Dimensional-Difference Gel Electrophoresis (2-DIGE) protein analyses of extracts obtained from HCT-116 wt and double knockout for DNMT1 and DNMT3b (DKO) cells revealed 34 proteins overexpressed in the condition of DNMTs depletion. From five genes with higher transcript lavels in DKO cells, comparing with HCT-116 wt. oniy AKR1B1, UCHLl and VIM are melhylated in HCT-116. As expected. the DNA methvlation 1s lost in DKO cells. The rneth,vl ation of VIM and UCHLl promoters in some cancer samples has already been repaired, thus further studies has been focused on AKRlBI. AKR1B1 expression due lo DNA methyiaton of promoter region seems to occur specilfically in the colon cancer cell Iines. which was confirmed in the DNA rnethylation status and expression analyses. performed on 32 different cancer cell lines (including colon, breast, lymphoma, leukemia, neuroblastoma, glioma and lung cancer cell Iines) as well as normal colon and normal lymphocytes samples. AKRIBI expression after treatments with DNA demethvlating agent (AZA) was rescued in 5 coloncancer cell lines (including genetic regulation of the candidate gene. The methylation status of the rest of the genes identified in proteomic analysis was checked by methylation specific PCR (MSP) experiment and all appeared to be unmethylated. The similar research has been done also bv means of Mecp2-null mouse model For 14 selected candidate genes the analyses of expression leveis, methylation Status and MeCP2 interaction with promoters are currently being performed.

Com es recorre en les noves formes d'organització de treball (NFOT) a la subjectivitat del treballador i quines repercussions té en el procés de treball en LED?

Anàlisi de la introducció de les noves formes de treball a una empresa que introdueix tot un canvi de cultura per adaptar-se a la realitat empresarial i com afecta això em la subjectivitat dels treballadors.

Aplicació especialitza en la cerca de feines que es puguin realitzar des de casa

El projecte consisteix en la creació d'una aplicació WEB construïda sota arquitectura J2EE, aquesta aplicació consistirà en mostrar ofertes laborals definides per empresa, categories, hores de treball i condicions contractuals amb un objectiu molt clar, el que totes les ofertes presentades és puguin realitzar des de casa.

Esteganografia en contingut multimèdia

L'objectiu d'aquest treball fi de carrera és el disseny i la implementació d'un mètode per a amagar, de forma secreta, un missatge en un contingut multimedia (imatge, àudio, vídeo, etc.). El missatge serà una tira de caràcters que caldrà emmagatzemar al contingut multimedia de forma robusta, entenent-se per robust aquell mètode que permet recuperar el missatge tot i haver modificat 'lleugerament' l'objecte.

Refacció d'Ontologies : creació d'un plugin per a Protégé

El projecte centra els seus esforços en la darrera activitat: el refactoring d'ontologies. En concret, les expressades en OWL, el llenguatge per a ontologies pensat pel W3C. El resultat final del projecte ha estat la implementació en Java d'un plugin per a Protégé que permet l'execució d'operacions de refactoring sobre ontologies OWL. Part principal del plugin és un framework que ofereix el marc d'execució per a les operacions implementades i permet incorporar noves operacions sense haver-lo de modificar.