Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Saltant obstacles: la censura literària

Treball de recerca realitzat per una alumna d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit cientí­fic del Jovent l'any 2009. L'estudi parla de la censura literària durant l'època franquista (1939-1975). Està estructurat en dues parts: marc teòric i pràctic. La primera està formada pels antecendents històrics. A través de l'anàlisi del context històric del moment s'expliquen els motius pels quals el règim crea un organisme encarregat de controlar tota la informació que es projecta a les masses populars en tots els àmbits. La segona és l'eix vertebrador del treball i analitza què és la censura literària com a tal, els tipus, on s'aplicava, qui la feia efectiva, què era censurable i què no i el més important: el perquè. Entendre què va suposar la llei de Premsa, creada l'any 1966 i la conseqüent obertura del règim pocs anys abans de la mort del dictador. També hi consta un estudi dels llibres prohibits durant el règim i el seguiment de la conflictiva publicació d'Incerta Glòria de Joan Sales. Retracta també el món dels censors, fent-se una reconstrucció dels passos que havien de seguir els censors a l'hora de sotmetre a examen una obra i emetre el seu veredicte. Finalment, inclou una entrevista amb Estanislau Torres que va patir la censura literària i constata a partir del seu relat com era la realitat dels escriptors catalans.

Jaume Brossa (1868-1919) regeneracionista i revolucionari

Treball de recerca realitzat per una alumna d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l'any 2009. El present treball és un estudi de la personalitat humana, literària i filosòfica de Jaume Brossa així com un anàlisi del medi sociohistòric que li va tocar viure. El mètode utilitzat ha estat, en primer lloc, un rastreig de material original, articles publicats entre els anys 1892 i 1902 en diversos òrgans de premsa de Barcelona i Madrid. Una vegada obtingut el material requerit, s’ha sondejat per dins de les seves línies fins a trobar quin era el seu pensament en molts aspectes, a saber: el seu posicionament entorn els grans centres d’atenció del seu temps: el nacionalisme, el moviment obrer, l’estètica modernista en les seves parcel•les de música, literatura, teatre etc., tots aquests camps, tractats des de la base de la seva actitud regeneracionista i revolucionària. L’estudi s’ha realitzat des d’un enfocament crític: intentar esbrinar quines han estat les causes per les quals un autor certament notable de les nostres lletres ha estat marginat o, si més no, minimitzat en el seu abast intel•lectual. I, tal com es planteja al començament del treball, aquest consta d’una recerca de causes, implicacions, contextos etc. que ens permetin esbrinar per què Jaume Brossa ha estat desacreditat.

Sintonización dinámica de aplicaciones MPI

En la actualidad, la computación de altas prestaciones está siendo utilizada en multitud de campos científicos donde los distintos problemas estudiados se resuelven mediante aplicaciones paralelas/distribuidas. Estas aplicaciones requieren gran capacidad de cómputo, bien sea por la complejidad de los problemas o por la necesidad de solventar situaciones en tiempo real. Por lo tanto se debe aprovechar los recursos y altas capacidades computacionales de los sistemas paralelos en los que se ejecutan estas aplicaciones con el fin de obtener un buen rendimiento. Sin embargo, lograr este rendimiento en una aplicación ejecutándose en un sistema es una dura tarea que requiere un alto grado de experiencia, especialmente cuando se trata de aplicaciones que presentan un comportamiento dinámico o cuando se usan sistemas heterogéneos. En estos casos actualmente se plantea realizar una mejora de rendimiento automática y dinámica de las aplicaciones como mejor enfoque para el análisis del rendimiento. El presente trabajo de investigación se sitúa dentro de este ámbito de estudio y su objetivo principal es sintonizar dinámicamente mediante MATE (Monitoring, Analysis and Tuning Environment) una aplicación MPI empleada en computación de altas prestaciones que siga un paradigma Master/Worker. Las técnicas de sintonización integradas en MATE han sido desarrolladas a partir del estudio de un modelo de rendimiento que refleja los cuellos de botella propios de aplicaciones situadas bajo un paradigma Master/Worker: balanceo de carga y número de workers. La ejecución de la aplicación elegida bajo el control dinámico de MATE y de la estrategia de sintonización implementada ha permitido observar la adaptación del comportamiento de dicha aplicación a las condiciones actuales del sistema donde se ejecuta, obteniendo así una mejora de su rendimiento.

Simulación de departamentos de urgencias empleando un modelo basado en agentes

Los servicios de salud son sistemas muy complejos, pero de alta importancia, especialmente en algunos momentos críticos, en todo el mundo. Los departamentos de urgencias pueden ser una de las áreas más dinámicas y cambiables de todos los servicios de salud y a la vez más vulnerables a dichos cambios. La mejora de esos departamentos se puede considerar uno de los grandes retos que tiene cualquier administrador de un hospital, y la simulación provee una manera de examinar este sistema tan complejo sin poner en peligro los pacientes que son atendidos. El objetivo de este trabajo ha sido el modelado de un departamento de urgencias y el desarrollo de un simulador que implementa este modelo con la finalidad de explorar el comportamiento y las características de dicho servicio de urgencias. El uso del simulador ofrece la posibilidad de visualizar el comportamiento del modelo con diferentes parámetros y servirá como núcleo de un sistema de ayuda a la toma de decisiones que pueda ser usado en departamentos de urgencias. El modelo se ha desarrollado con técnicas de modelado basado en agentes (ABM) que permiten crear modelos funcionalmente más próximos a la realidad que los modelos de colas o de dinámicas de sistemas, al permitir la inclusión de la singularidad que implica el modelado a nivel de las personas. Los agentes del modelo presentado, descritos internamente como máquinas de estados, representan a todo el personal del departamento de urgencias y los pacientes que usan este servicio. Un análisis del modelo a través de su implementación en el simulador muestra que el sistema se comporta de manera semejante a un departamento de urgencias real.

The first steps of a secondary school teacher: experiences and studies of a student-teacher

This dissertation aims at fostering the professional development of the EFL teacher. This document compiles two small scale empirical studies carried out during the practicum periods of the TED's course. The first one is based on the role of the teacher's talk in the EFL classroom and the second one focuses on students’ small group talk, analysing the impact of cooperative learning in the EFL classroom by examining students' conversation. The following section gathers the teacher's personal reflections upon the process of professionalization. The paper concludes with a summary of the major findings and further professional improvement proposals

Teachers' reactions on students' responses: essential for an adequate task monitoring

This research project analyzes the reactions the teacher has on students' responses. Different techniques as discourse markers, types of questions and repair sequences are taken into account, but the author puts a special emphasis on non-verbal communication. To be aware of all these ways of reacting in a class interaction is essential for an adequate task monitoring

Programa de suport per a la millora de les competències musicals

El projecte desenvolupat ha assolit l'objectiu principal d'elaborar materials multimèdia per a la millora de les competències auditives dels estudiants de la Titulació de Mestre de Primària-Especialitat d'Educació Musical (Facultat de Ciències de l'Educació; Universitat Autònoma de Barcelona - UAB). Aquest material està a la lliure disposició de tot l'alumnat d'aquesta titulació, en els webs indicats en l'apartat 2.3. El seu ús està especialment recomanat per a aquells que tenen més dificultats en alguna de les diferents competències que s'han determinat com a essencials per a un mestre de música. Els materials inclouen: la lectura de ritmes (a una i a dues veus) i el reconeixement d'intervals, acords i tonalitats. El programari que s'ha creat permet l'autocorrecció i la repetició dels exercicis. Cada estudiant pot seguir el seu propi ritme d'aprenentatge segons les seves possibilitats de dedicació i d'exigència personal. Es pot escollir el nivell de dificultat i obtenir unes estadístiques per tal que professor i alumne en puguin fer un seguiment. Així mateix, i tal com s'havia previst en els objectius del projecte, s'ha dut a terme una anàlisi del perfil de l'alumnat que ha accedit a la titulació durant els cursos 2004-05, 05-06 i 06-07, fent especial incidència en aquells factors susceptibles de tenir alguna relació amb l'alta taxa d'abandonaments, la més alta de totes les titulacions de mestre de la UAB. S'ha pogut establir que la manca de formació musical està directament relacionada amb aquest fet. També és significativa l'opció amb què s'ha triat la titulació en el procés de preinscripció universitària. També s'ha elaborat un referencial de competències musicals a partir de la consulta de bibliografia i del contrast del criteri de cinc experts externs i del professorat de les assignatures on es fa més evident la manca de coneixements musicals previs.

La traducció de llibres japonesos a Espanya : revisió bibliogràfica de textos i paratextos (1930-2005)

Aquesta investigació és un primer pas per a una anàlisi del paper de la traducció en la construcció de la imatge de l'Altre japonès. Aquesta tesina consta d'un corpus de literatura japonesa traduïda a Espanya entre el 1930 i el 2005, incloent els gèneres d'assaig i tècnico-científics, i una anàlisi de les dades principalment quantitativa. S'analitza el tipus de traducció (directa o indirecta) de forma diacrònica i per gèneres, i també la selecció temàtica per observar si es tendeix a l'"exotisme", així com la utilitat dels paratextos per a aconseguir informació sobre el procés traductor

La despersonalización de sujeto de los derechos en J.J. Rousseau

Aquest treball analitza els trets més característics del pensament de J.J. Rousseau centrant l’ atenció en el Discurs sobre l’ origen de les desigualtats entre els homes. Mitjançant un extens comentari del Discurs es proposa una revisió dels principis antropològics que han fundat la filosofia política rousseauniana. I s’ entra a examinar algunes Declaracions de Drets sota la hipòtesi de trobar algun dels trets d’ aquesta concepció antropològica en el subjecte d’ aquells Drets.

L'intercanvi de llavors com a mecanisme per a la conservació de l'agrobiodiversitat. Estudi de cas: Vallès Oriental

En les últimes dècades hi ha hagut un interès creixent en la conservació de les varietats locals. En relació amb això, s’argumenta que els horts domèstics tenen un paper fonamental en el manteniment de la diversitat genètica. Pel que fa a l’objectiu, consisteix a analitzar la conservació de l’agrobiodiversitat a la comarca del Vallès Oriental mitjançant una anàlisi de la xarxa d’intercanvi, el nombre de varietats locals i el coneixement que hi està associat. Aquest còmput d’informació ha permès realitzar un inventari de totes les varietats locals, el seu coneixement associat, una anàlisi del context social dels hortelans i una anàlisi de les xarxes d’intercanvi, que evidencien si aquests factors afecten de forma directa o indirecta la millora i el manteniment de l’agrobiodiversitat.

Evolución clínica y pronóstico de la ascitis neutrocítica con cultivo negativo (ANCN) y la peritonitis bacteriana espontánea (PBE)

263 pacients cirròtics que van presentar la primera descompensació ascítica es van seguir de forma prospectiva. A tots els pacients se’ls va realitzar anàlisi del líquid ascític. 58 pacients van desenvolupar 83 episodis d’infecció del líquid ascític. En 44 episodis el cultiu va ser negatiu i en 37 va ser positiu. A l’ingrès, els pacients amb ANCN van presentar una funció hepàtica i renal millor que aquells amb ANCN. La infecció del líquid ascític es va resoldre més precoçment als pacients amb ANCN, amb una menor incidència d’insuficiència renal. Es va observar una tendència a presentar una menor mortalitat acumulada a l’any al grup de pacients amb ANCN. La ANCN apareix sobretoto en cirròtics amb una malaltia hepàtica menys evolucionada.

Optimització d'una aplicació bioinformàtica d'aliniament de seqüències executada en processadors many-core (GPUs)

Las herramientas de análisis de secuencias genómicas permiten a los biólogos identificar y entender regiones fundamentales que tienen implicación en enfermedades genéticas. Actualmente existe una necesidad de dotar al ámbito científico de herramientas de análisis eficientes. Este proyecto lleva a cabo una caracterización y análisis del rendimiento de algoritmos utilizados en la comparación de secuencias genómicas completas, y ejecutadas en arquitecturas MultiCore y ManyCore. A partir del análisis se evalúa la idoneidad de este tipo de arquitecturas para resolver el problema de comparar secuencias genómicas. Finalmente se propone una serie de modificaciones en las implementaciones de estos algoritmos con el objetivo de mejorar el rendimiento.

9/11/01 : Cinema i literatura després dels atemptats

Els atemptats de l'11 de setembre a Nova York i les seves conseqüències han donat les bases d'una sèrie de propostes artístiques que, en el camp literari i cinematogràfic, han estat del tot colpidores. L'anàlisi del trauma o la por juntament amb una nova reflexió sobre la violència són claus per entendre els nous camins per on transita l'imaginari col.lectiu.