Implementação de um sistema para simulação por Monte Carlo da passagem de fotões através do olho humano mediante a utilização da plataforma GEANT4 – II

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Reconstrução de imagem médica de mamografia por emissão de positrões (PEM) com GPU

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Impacto clínico da tecnologia em ultra-sonografia

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

The sense of ending: the closing of a psychiatric hospital in Lisbon - Hospital Miguel Bombarda

RESUMO: Este estudo foi realizado com o objectivo de conhecer os efeitos da desinstitucionalização dos doentes psiquiátricos crónicos durante o processo de encerramento do Hospital Miguel Bombarda (2007-2011). Este processo incluiu a fusão, em 2008, dos dois principais hospitais psiquiátricos de Lisboa- Hospital Miguel Bombarda (HMB) e Hospital Júlio de Matos (HJM), no Centro Psiquiátrico Hospitalar de Lisboa (CHPL). Foi criado um grupo controlo de pacientes ainda hospitalizados no CHPL (n=166) para comparação com o grupo de casos desinstitucionalizados (n=146). Desta amostra inicial (n=312) apenas 142 (76 casos e 66 controlos) foram incluídos, sendo as principais causas de exclusão: diagnóstico (patologia orgânica, demência ou debilidade mental, como diagnóstico primário) e transferência entre hospitais. A desinstitucionalização foi principalmente avaliada em termos de psicopatologia, utilização de serviços, satisfação, crime, condição de “sem abrigo” ou morte. Os resultados mostraram que a maioria dos doentes crónicos pode sair do hospital psiquiátrico para a comunidade sem agravamento da psicopatologia, aumento do crime ou da condição de “sem abrigo”. A satisfação parece estar aumentada na população desinstitucionalizada. A mortalidade, por outro lado, revelou-se uma questão problemática: apesar de não ter sido possível estabelecer uma comparação entre casos e controlos, a Taxa de Mortalidade Standard encontrada neste estudo foi muito superior ao esperado, de acordo com os resultados encontrados na literatura. Um estudo longitudinal da mesma população poderá ser objecto de futura investigação, possivelmente comparada com outra população similar de um programa de desinstitucionalização noutro país.--------- RÉSUMÉ: Cette étude a été menée afin de déterminer les effets de la désinstitutionnalisation des patients chroniques lors de la fermeture de l'hôpital Miguel Bombarda (2007-2011). Ce processus comprenait la fusion en 2008 de deux grands hôpitaux psychiatriques de Lisbonne: À savoir, Hôpital Miguel Bombarda (HMB) et Hôpital Julio de Matos (HJM), maintenant Centre de l'Hôpital Psychiatrique de Lisbonne (CHPL). Il a été créé un groupe contrôle des patients toujours hospitalisés à CHPL (n = 166) pour comparer avec les cas désinstitutionnalisés (n = 146). De cet échantillon initial (n= 312) à peine 142 (76 cas et 66 contrôles) ont été inclus, les principales raisons d'exclusion: diagnostique (maladie organique, démence ou d'arriération mentale comme diagnostic primaire) et les transferts entre hôpitaux. La désinstitutionnalisation a été principalement évaluée en termes de psychopathologie, de l'utilisation des services, la satisfaction, la criminalité, les “sans abri” et de la mort. Les résultats ont montré que la majorité des malades chroniques peuvent quitter l'hôpital psychiatrique et s´intégrer dans la communauté sans aggravation de la psychopathologie, augmentation de la criminalité ou du nombre de “sans-abri”. La satisfaction semble être en hausse dans la population désinstitutionnalisée. Toutefois, la mortalité s'est avéré être une question problématique, même si il n´a pas été possible d'établir une comparaison entre les cas et les contrôles, le Taux de Mortalité Standard estimé dans cette étude fut beaucoup plus élevé que prévu, en tenant compte des résultats établis dans la littérature. Une étude longitudinale de la même population pourra faire l'objet de futures recherches, peut-être comparé à une population similaire d'un programme de désinstitutionnalisation dans un autre pays. ----------- ABSTRACT:This study was conducted to assess the effects of deinstitutionalization of “long-stay” patients during the process of closing Hospital Miguel Bombarda (2007-2011). This process included the fusion, in 2008, of the two main psychiatric hospitals in Lisbon- Hospital Miguel Bombarda (HMB) and Hospital Júlio de Matos (HJM), into Centro Psiquiátrico Hospitalar de Lisboa (CHPL). A control group of still institutionalized patients in CHPL (n=166) was used as a comparison with the deinstitutionalized population (n=146). Of this 312 initial sample only 142 (76 cases and 66 controls) were included, the main causes of exclusion being diagnoses (organic disease, dementia and mental retardation- as first diagnoses) and transference between hospitals. Deinstitutionalization is mainly evaluated in terms of psychopathology, use of services, satisfaction, crime, vagrancy and deaths. The results show that most long-stay patients can successfully leave psychiatric hospitals and be relocated in the community without an increase in psychopathology, crime or vagrancy. Satisfaction seems to be improved in those patients. On the other hand, mortality remains an issue of concern: Although there was no possibility of comparing it between cases and controls, the Standard Mortality Rate (SMR) in our study was found to be much higher than expected judging by other studies results. A longitudinal further study of this same population will be the matter for a future investigation, possibily compared with another similar population from a desinstitutionalization programme in another country.

Produção de DNases extracelulares em estirpes de Streptococcus agalactiae de origem humana e bovina

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Diagnóstico laboratorial em microbiologia clínica: um estudo no centro hospitalar

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Diabetes : percepção da doença e auto-cuidado

RESUMO - O aumento da prevalência da diabetes e a baixa adesão ao seu tratamento estão associados a um mau controlo metabólico, desenvolvimento de complicações, aumento dos custos económicos e ineficiência do sistema de saúde. De acordo com o modelo de auto-regulação, o estudo das representações da doença permite predizer os comportamentos dos doentes face a esta patologia. O objectivo do estudo é verificar a existência de relação entre a forma como os diabéticos tipo 2 percepcionam a sua doença, de acordo com o modelo de auto-regulação de Leventhal e colaboradores, e a adesão às actividades de auto-cuidado da diabetes. Consiste num estudo observacional, descritivo, analítico, do tipo transversal, a desenvolver em Cuidados de Saúde Primários. A amostra é constituída por 339 indivíduos diabéticos, de ambos os sexos, com idade igual ou superior a 20 anos e com diagnóstico de diabetes tipo 2 há mais de 6 meses. Trata-se de uma amostra probabilística, aleatória simples, seleccionada numa Unidade de Saúde Familiar (USF). A recolha de dados é realizada através do preenchimento de uma ficha de caracterização socio-demográfica e clínica, a partir do processo clínico electrónico, e através da aplicação de dois questionários de auto-preenchimento. Os resultados são analisados através do Statistical Program for Social Sciences (SPSS) – versão 17.0.

Estudo e desenvolvimento do método de detecção de metabolitos no fluido lacrimal

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Argamassas com base em cal para a reabilitação de rebocos

PATORREB 2012 – 4º Encontro sobre Patologia e Reabilitação de Edifícios, Santiago de Compostela,12-14 Abril 2012

Argamassas de cal aérea com resíduos de cerâmica. Influência da granulometria dos resíduos

PATORREB 2012 – 4º Encontro sobre Patologia e Reabilitação de Edifícios, Santiago de Compostela,12-14 Abril 2012

Caracterização das expectativas dos pais face à fisioterapia respiratória infantil

A incidência das doenças respiratórias infantis é elevada a nível mundial, sendo a principal causa de mortalidade no mundo. Resultados apresentados no Congresso Nacional de Pediatria, em 2008 revelaram que 83% dos internamentos tinham como diagnóstico bronquiolite. (Gonzaga et al., 2006 e Rodrigues et al., 2008). Estas doenças representam uma carga significativa, não só em termos de custos a nível dos sistemas de saúde, mas também em termos de perda de produtividade por parte dos pais e, alteração da vida familiar. O recurso à fisioterapia respiratória infantil, tem vindo a ser crescente devido à sua reconhecida efectividade. E, ainda que a literatura valorize a expectativa como factor influente nos resultados clínicos da fisioterapia e na satisfação global do utente, não foram encontrados estudos referentes à categorização das expectativas dos pais face à fisioterapia respiratória infantil. Assim, assumiu-se como principal objectivo caracterizar as expectativas dos pais face à fisioterapia respiratória infantil. Como não se encontraram quaisquer estudos nesta área, optou-se por realizar um estudo qualitativo, de carácter descritivo, exploratório e retrospectivo para identificação das expectativas percepcionadas pelos pais antes e após o tratamento de fisioterapia respiratória infantil e, como são construídas. Utilizou-se como referencial teórico modelo de expectativas de Thompson e Sunol (1995) cit. por Bialosky et al., (2010) que classifica as expectativas em 4 categorias: preditivas, idealizadas, normativas e vagas ou sem uma ideia pré-concebida. A técnica principal de recolha de dados foi o grupo focal. Os participantes deste estudo são mãe ou pai (apenas um dos pais) de crianças que tenham tido pelo menos um episódio de patologia respiratória aguda e, que recorreram à fisioterapia, em regime hospitalar (com e sem internamento), ambulatório com e sem acordo com o SNS e domiciliário, num total de 18. Como instrumento de recolha de dados utilizou-se um guião de entrevista. As discussões foram conduzidas, transcritas e analisadas pelo investigador. Os procedimentos para a análise dos dados foram análise comportamental, o sumário etnográfico e a codificação dos dados via análise de conteúdo. De acordo com o modelo, as expectativas iniciais dos pais, cujos filhos nunca tinham feito fisioterapia respiratória são essencialmente categorias do tipo idealista ou do tipo vagas ou sem uma ideia pré-concebida. As idealistas estão relacionadas com o desejo de melhoria do bebé e do retorno às rotinas, ou são baseadas em construções falsas ou exageradas face à técnica aplicada na FRI. As vagas ou sem um ideia pré-concebida foram motivadas por não haver conhecimento ou experiência anterior de FRI. A estruturação mental das crenças e percepções associadas à FRI antes do tratamento é um processo individual e multifactorial. Foram identificados alguns géneros de crença: crenças ligadas à patologia, crenças ligadas à técnica de FRI e a crença que a saúde é controlada por factores externos. Identificou-se ainda uma construção mental definida como a percepção da importância atribuída à (falta de) saúde da criança e há ainda a considerar factores inerentes à criança e aos pais. No final do tratamento as expectativas são sobretudo do tipo preditivo (os pais procuram resultados) e do tipo afectivas ou emocionais. As preditivas estão relacionadas com a percepção dos benefícios e com o conhecimento adquirido no decorrer do contacto com a fisioterapia. A categoria do tipo afectivo ou emocional foi adicionada ao modelo inicial e, está relacionada com as expectativas relativas ao perfil do fisioterapeuta. Foram identificadas várias barreiras, que terão que ser valorizadas à luz do novo contexto sociopolítico tais como políticas de saúde, comparticipações e recursos humanos. O contacto com a FRI permitiu aos pais o conhecimento dos locais, do processo e o ganho de empowerment, que lhes permitirá reduzir a ansiedade e melhorar quer a sua capacidade interventiva no processo quer o desenvolvimento de competências de participação na resolução do problema do seu filho.

Infecção por Cryptosporidium parvum: resposta imunitária e tecnologia de anticorpos monoclonais para o diagnóstico

Cryptosporidium parvum é um protozoário intracelular, de distribuição ubiquitária, que causa enterite em humanos e animais. A diarreia é autolimitada em indivíduos imunocompetentes, podendo ser fatal em imunocomprometidos. Actualmente não existem terapêuticas específicas ou preventivas disponíveis, e o elevado custo dos actuais métodos de diagnóstico, sustentam a importância do desenvolvimento de novas abordagens. Vários estudos salientam a importância das células T CD4+ na resposta imunitária à infecção por C. parvum; outros direccionam a sua atenção para as células reguladoras (Treg); e outros tentam esclarecer qual o papel das citocinas específicas produzidas pelas células Th1 e Th2, na regulação da resposta imune, acompanhada pela produção de imunoglobulinas particulares. Na área do diagnóstico, vários e diferentes métodos têm sido utilizados, variando entre a rapidez de execução, especificidade e custo. Várias questões colocam-se, relacionadas com as características das células envolvidas na resposta à infecção e com a especificidade/sensibilidade de cada técnica. Com o objectivo de estudar a resposta imunitária de longo-termo à infecção por C. parvum, no modelo animal imunocompetente, murganhos Balb/c foram inoculados por via oral com oocistos de C. parvum, e efectivadas colheitas e análise de amostras fecais, intestino, sangue e baço, segundo um protocolo previamente definido. A caracterização das populações celulares do sangue e baço foi feita por citometria de fluxo e a identificação e quantificação de imunoglobulinas e citocinas no soro, por tecnologia xMAP® Luminex. A análise por citometria de fluxo não revelou diferenças estatisticamente significativas entre os murganhos infectados e os controlos, tendo sido apenas observado um aumento do número de neutrófilos e eosinófilos circulantes, e a sua posterior diminuição, no primeiro grupo de murganhos. Associada à elevada variabilidade observada após a reinfecção, tais variações são sugeridas como sendo o perfil exibido por estas populações de células no contexto de infecção por C. parvum no organismo imunocompetente, particularmente os eosinófilos, que apresentam um comportamento idêntico em infecção por outros parasitas. O aumento da secreção de TNF-α e IFN-γ (citocinas Th1) nos murganhos infectados, comparativamente com os grupos controlo, para além da secreção de citocinas Th2, como IL-4, IL-5 e IL-10, após a reinfecção, sugere um balanço entre as respostas Th1, para controlar o crescimento do parasita, e Th2, para limitar a patologia. A IgG1 foi o isotipo predominante ao longo de toda a infecção e reinfecção, tendo-se observado um pico de IgG2a após a reinfecção, seguido de diminuição. Esta variação poderá estar relacionada com a função da IgG1 e da IgG2a, ao nível da opsonização e neutralização dos agentes patogénicos, respectivamente. A obtenção de hibridomas secretores de anticorpos específicos para antigénios de C. parvum, por fusão celular, permitiu obter anticorpos e testar a sua aplicação à detecção de oocistos de C. parvum, em amostras fecais humanas e de animais (bovinos). Em resumo, os resultados obtidos permitem sugerir o perfil de imunoglobulinas e citocinas envolvido na resposta à infecção por C. parvum no modelo roedor imunocompetente, assim como desenvolver um futuro “kit” para detecção de C. parvum em amostras biológicas, por técnicas de imunofluorescência

Microanálise de cálculos urinários por espectrometria de massa de iões secundários

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Desnaturação de alta resolução aplicada ao diagnóstico genético de miocardiopatia hipertrófica

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia