Diagnóstico molecular da tuberculose bovina

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Desenvolvimento de novos métodos analíticos para controle da qualidade de alimentos - análise de micotoxinas

Dissertação apresentada para obtenção do grau de Mestre em Bioorgânica

Sistema de programação e controle de estações robóticas: uma arquitectura baseada em conhecimento

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Informática pela Universidade Nova de Lisboa,Faculdade de Ciências e Tecnologia

Controlo da tuberculose em Portugal : papel e qualidade da detecção de casos

RESUMO - A impressionante evolução da incidência notificada desde 1950 evidencia o quanto o sistema de informação é sensível ao esforço de notificação, reflectindo ainda o impacte das medidas de controlo que foram sendo introduzidas, bem como alguma melhoria nas condições sociais com efeito favorável sobre a doença (Briz, 2005). Sendo a tuberculose uma doença de notificação obrigatória, nos termos da Portaria n.º 766/86, de 26 de Dezembro, os casos deverão ser sempre comunicados à Autoridade de Saúde, em impresso aprovado. O facto de a tuberculose ter um sistema de informação próprio tem permitido um conhecimento relativamente completo da situação epidemiológica. (DGS, 1995) Pretende-se caracterizar o perfil de distribuição da incidência notificada da tuberculose pulmonar, em Portugal Continental, nomeadamente a nível distrital, no período compreendido entre 2000 e 2008, inclusive, partindo-se depois para um estudo mais pormenorizado, relacionado com a sensibilidade do sistema de notificação da tuberculose, no sentido de se quantificarem os problemas de subnotificação. Para validação da notificação, serão utilizados os dados de 2007 e 2008. Procurar-se-á depois obter o perfil da incidência ajustada para a detecção em cada um desses anos, avançando-se de seguida para a identificação e caracterização de parâmetros complementares e de acesso fácil que contribuam para interpretar a distribuição geográfica da incidência notificada, em função da sua provável validade. Perante o eventual confronto com o problema da subnotificação, a identificação das razões da menor adesão à notificação de casos de tuberculose pulmonar apresenta-se quase como inevitável, sendo feita através do recurso a entrevistas a informadores-chave. --------------------------------------ABSTRACT - The impressive development of the incidence reported since 1950 shows how the system is sensitive to the effort of notification, still reflects the impact of control measures have been introduced, and some improvement in social conditions with favorable effect on the disease ( Briz, 2005). As tuberculosis a notifiable disease, according to Ordinance No. 766/86, December 26, cases should be reported to the Health Authority, approved in print. The fact that tuberculosis have an information system itself has allowed a relatively complete knowledge of the epidemiological situation. (DGS, 1995) The aim is to characterize the distribution profile of the reported incidence of pulmonary tuberculosis, in Portugal, particularly at district level in the period between 2000 and 2008, starting from then to a more detailed study, related to the sensitivity of the system notification of tuberculosis, in order to quantify the problems of underreporting. For validation of the notification, we used the data from 2007 and 2008. Search will then obtain the profile of the adjusted incidence for detection in each of those years, advancing is then for the identification and characterization of additional parameters and easy access to contribute to interpret the geographical distribution of reported incidence in according to their likely validity. Given the eventual confrontation with the problem of underreporting, the identification of reasons for the lower adherence to reporting cases of pulmonary tuberculosis has become almost as inevitable, being made through the use of interviews with key informants.

Estratigrafia sismica do cenozóico na plataforma continental algarvia: interpretação do controle tectónico da sedimentação

The interpretation of 64 seismic reflection profiles in the Algarve continental platform (36º 20'-37º 00' paralels and 7º 20'-8º 40' meridians) calibrated with five petroleum exploration wells, with the identification of the geometric relations between six Cenozoic seismic units (B to G) and tectonic structures, allowed the construction of sucessive time-isopach maps (twt/s) and detailed interpretation of the geologic evolution. Two major tectonic structures were identified: a) the Portimão-Monchique fracture zone (striking N-S); b) an off-shore NW-SE fault zone, probably the S. Marcos-Quarteira fault. This accident separates two tectonic domains: the western domain (with N-S and E-W predominant structures and, secondarily, NW-SE and NE-SW) and the eastern domain (dominated by WSW-ENE, NW-SE, NE-SW, NNE-SSW and NNW-SSE structures). A persistent halokinetic activity had two major moments: a) sin-C unit; b) sin- and post-E unit. An increasing flexuration of the margin was identified, with spacial and temporal variation of the subsidence. The tectonic regime is considered as generally compressive, but the interpretation of the successíve stress-fields is rendered dificult by the existence of tectonic sub-domains and evaporitic structures.

Sucesso terapêutico no controlo da tuberculose em Portugal : determinantes do resultado do tratamento e a sua capacidade preditiva

RESUMO - Enquadramento/objectivos: Apesar do elevado nível de comprometimento em estratégias eficazes para o controlo da tuberculose, em todo o mundo, esta constitui ainda um sério problema de Saúde Pública, com uma estimativa global de 9,4milhões de casos novos em 2008 e 1,8milhões de mortes/ano. O reduzido conhecimento das barreiras e facilitadores para o sucesso terapêutico constitui um importante obstáculo na procura de soluções eficazes de melhoramento da qualidade dos programas de controlo da tuberculose. Este estudo procura contribuir para a identificação atempada de doentes com perfis preditivos de insucesso terapêutico, através da identificação inicial de potenciais determinantes do resultado, com base num modelo epidemiológico e estatístico. Métodos: Foi desenvolvido um estudo de caso-controlo para a população de casos notificados ao Programa Nacional de Controlo da Tuberculose (n=24491), entre 2000-2007. Os factores preditivos de insucesso terapêutico foram identificados na análise bivariada e multivariada, com um nível de significância de 5%; a regressão logística foi utilizada para estimar a odds ratio de insucesso terapêutico, em comparação com o sucesso terapêutico, para diversos factores identificados na literatura, e para os quais os dados se encontravam disponíveis. Resultados: A dependência alcoólica (OR=2,889), o país de origem (OR=3,910), a situação sem-abrigo (OR=3.919), a co-infecção pelo VIH (OR=5,173), a interrupção (OR=60.615) ou falha terapêutica no tratamento anterior (OR=67.345) e a duração do tratamento inferior a 165 dias (OR=1930,133) foram identificados como factores preditivos de insucesso terapêutico. A duração do tratamento inferior a 165 dias provou ser o mais importante determinante do resultado terapêutico. Conclusões: Os resultados sugerem que um doente imigrante, em situação de sem-abrigo, dependente alcoólico, com tratamentos anteriores para a tuberculose e co-infectado pelo VIH apresenta uma elevada probabilidade de insucesso terapêutico. Assim, deverão ser definidas estratégias específicas, centradas no doente por forma a impedir este resultado. A base de dados (SVIG-TB), provou ser uma ferramenta de qualidade para a investigação sobre diversos aspectos do controlo da tuberculose. ------------------------------- ABSTRACT - Background/Objective: Despite the high commitment in good strategies for tuberculosis control worldwide, this is still a serious Public Health problem, with global estimates of 9,4million new cases in 2008 and 1,8million deaths/year. The poor understanding of the barriers and facilitators to treatment success is a major obstacle to find effective solutions to improve the quality of tuberculosis programs. This study tries to contribute to the timely identification of patients with predictive profiles of unsuccessful treatment outcomes, through the initial identification of characteristics probably affecting treatment outcome, found on the basis of an epidemiological and statistical model. Methods: A case-control study was conducted for the population of cases notified to the National Program for Tuberculosis Control (n=24 491), between 2000-2007. Predictive factors for unsuccessful outcome were assessed in a bivariate and multivariate analysis, using a significance level of 5%; a logistic regression was used to estimate the odds-ratio of unsuccessful, as compared to successful outcome, for several factors identified in the literature and to which data was available. Results: Alcohol abuse (OR=2,889), patient´s foreign origin (OR=3,910), homelessness (OR=3,919), HIV co-infection (OR=5,173), interruption (OR=60,615) or unsuccessful outcome in the previous treatment (OR=67,345) and treatment duration below 165 days (OR=1930,133) were identified as predictive of unsuccessful outcomes. A low treatment duration proved to be the most powerful factor affecting treatment outcome. Conclusions: Results suggest that a foreign-born patient, alcohol abuser, who has had a previous treatment for tuberculosis and is co-infected with HIV is very likely to have an unsuccessful outcome. Therefore, specific, patient-centered strategies should be taken to prevent an unsuccessful outcome. The database (SVIG-TB), has proved to be a quality tool on research of various aspects of tuberculosis control.

O controlo da tuberculose em Portugal : uma apreciação crítica epidemiológica gl

RESUMO - Com tanto ruído informativo e peças de informação incompletas e descontextualizadas, relativos ao controlo da tuberculose em Portugal, a chegarem ao cidadão e aos profissionais de saúde, não é fácil que eles disponham do conhecimento necessário ao desempenho dos respectivos papéis nesse controlo. O presente artigo pretende contribuir para um ganho real em conhecimento quanto (1) ao progresso no controlo da tuberculose em Portugal, enquadrado na evolução desse controlo noutras regiões pertinentes, e (2) aos aspectos do conhecimento disponível e da intervenção na população portuguesa que suscitem especial atenção, para melhoria no futuro imediato. Tem como estratégia integrar, e elevar ao nível de conhecimento, a informação disponibilizada nas fontes mais credíveis e pertinentes, valorizada no contexto da validade das mesmas fontes e da coerência dos diversos componentes. Relata o resultado de um exercício independente de apreciação crítica, com uma perspectiva epidemiológica. São observados: a situação actual, sobretudo a relativa aos anos de 2006 e 2007, e o desempenho do Programa Nacional de Controlo da Tuberculose (PNT), ambos relativizados à evolução recente e ao panorama internacional. O exercício de observação e revisão independentes baseia-se numa selecção de informação oficial e segue o mesmo método de abordagem que a O.M.S. faz nos seus relatórios anuais, à semelhança de outros exercícios já antes realizados. O controlo da tuberculose tem prosseguido a sua tímida, mas firme, evolução favorável, aproximando-se do nível já conseguido nos países seus vizinhos da Europa Ocidental. Em 2007, Portugal contribuiu para os 9 milhões de casos novos anuais, estimados no mundo, com 2916 casos notificados. A este número corresponde a taxa de incidência notificada de 25,7 por 100 000 habitantes e uma redução de 14% em relação ao ano anterior. Esta evolução afigura-se animadora, ainda que seja desejável um impacte mais acentuado do PNT, conforme é de esperar considerando o grau de desenvolvimento do País. A taxa de detecção de casos novos estimada é elevada e continua uma das melhores da Europa Ocidental — o que desfavorece artificialmente a imagem notificada do País, relativamente aos países com pior capacidade de detecção. A taxa de sucesso terapêutico melhorou de novo, situando- -se acima da meta de 85% preconizada pela O.M.S, para um bom controlo da tuberculose. Uma das consequências importantes é que se consegue um melhor aproveitamento da detecção habitualmente alcançada. O conhecimento no seu conjunto aponta para que o grau de controlo possa e deva realmente ser melhorado, sendo imperiosa a discriminação positiva das áreas geográficas e dos grupos populacionais em que tende a concentrar-se a emergência de maior número de casos e de resistências aos medicamentos. Deverão assim ser reforçados selectivamente tanto os meios de detecção e de intervenção clínica, como a qualidade da organização local da intervenção, para o cumprimento efectivo da estratégia DOTS. Enquanto programa vertical que atravessa os diversos níveis do sistema de cuidados de saúde, o desempenho do PNT sofre os efeitos das atribulações desses serviços, sobretudo os de cuidados primários, funcionando como uma «situação-marcadora» quanto ao desempenho do sistema de saúde. A evidência é de que é nesta primeira linha de cuidados que se decide o sucesso na detecção e no tratamento dos casos de tuberculose, reflectindo-se também aí o grau de desenvolvimento social e os comportamentos das populações, por sua vez determinantes do risco de doença e do sucesso terapêutico. ------------------- ABSTRACT - It is not easy that both the citizen and health professionals get enabled with the required knowledge, in order do play the corresponding roles in the control of tuberculosis, considering all the information noise and incomplete, out of context information pieces about the subject, that reach them. This paper is envisaging to contribute for a real gain in knowledge, regarding: (1) the progress in tuberculosis control in Portugal, framed by the evolution of such control in other pertinent regions and (2) the available knowledge and intervention aspects in the Portuguese population that require a special attention, for improvement. The article’s strategy is to integrate, and raise to a knowledge level, information provided by the most accredited and pertinent sources, interpreted as a function of the validity context of the same sources and of the coherence of the several components. Two aspects are observed: the current situation, in particular concerning years 2006 and 2007, and the performance of the National Programme for the Tuberculosis Control (PNT), both made relative to the recent evolution and to the international panorama. This independent observation and revision exercise is based on a selection of official information and follows the same approach that the World Health Organization (W.H.O.) uses in its annual reports, like other similar exercises previously undertaken. The control of tuberculosis is evolving in a shy, but firm, fashion, getting closer to the level already attained by the neighbor countries, in Western Europe. Portugal has contributed with 2916 new notified cases, to the 9 million annual cases estimated in the world, in 2007. This number corresponds to an incidence rate, for notified cases, of 25.7 per 100000 population, and to a reduction of 14% in one year. Such evolution seems encouraging, although a greater impact of PNT is desirable, as expected in relation to the degree of the Country development. Estimated new cases detection rate is high and keeps being one of the best in Western Europe — and this artificially disadvantages the notified image of the Country, as compared with other countries having a worst detection capacity. Treatment success rate has improved again and it is above the 85% target proposed by W.H.O., so that a good control of the disease is achieved. One of the important consequences is a better use of the attained detection. Altogether, knowledge suggests that the degree of control can and must be in fact better; and that a positive discrimination of geographic areas and population groups, in which a greater number of new cases and drug resistances tend to concentrate, is mandatory. Therefore, either clinical detection and intervention resources, or the quality of the local intervention organization have to be reinforced, if a total fulfillment of DOTS strategy is to be obtained. As a vertical programme that crosses the several levels of the health care system, PNT performance suffers the effects of services tribulations, mainly primary care, thus acting as a «markersituation » as to this system performance. Evidence shows that it is in this first line of care that success in both detection and treatment of tuberculosis cases is decided; and that this level also reveals the degree of social developmen

Controle de qualidade do TPS Gamma Plan

Dissertação para obtenção de grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Tuberculose nos imigrantes : análise comparativa entre os biénios 2000-2001 e 2008-2009 das características sóciodemográficas e clínicas dos casos de tuberculose em Portugal Continental

RESUMO - Objectivos: Este estudo pretende caracterizar os casos de Tuberculose notificados em Portugal Continental, em função das suas características sociodemográficas e clínicas, aferir a sua evolução através da comparação dos biénios 2000/2001 e 2008/2009 e a possibilidade de existência de diferenças entre os casos de Tuberculose na população imigrante e não imigrante. Métodos: Foi desenvolvido um estudo descritivo de casos notificados nos biénios 2000/2001 (n= 9182) e 2008/2009 (n= 6087). A fonte de dados foi o Sistema De Vigilância Intrínseco ao Programa Nacional de Luta contra a Tuberculose (SVIG-TB). Para calcular as incidências foram utilizados os dados disponibilizados pelo Instituto Nacional de Estatística e pelo Serviço de Estrangeiros e Fronteiras referentes à população não imigrante e imigrante residente em Portugal. Foi utilizado o teste do Qui-quadrado e o teste exacto de Fisher para analisar possíveis relações entre variáveis qualitativas. O teste de Mann-Whitney foi utilizado para comparação da distribuição entre variáveis quantitativas nos dois grupos. A odds ratio foi determinada para aferir a força de associação entre as variáveis e a condição de imigrante. Resultados: No biénio 2000/2001, 10,2% dos casos notificados eram de imigrantes e no biénio 2008/2009 aumentou para 13,3%. Relativamente às características sociodemográficas dos pacientes, observaram-se diferenças estatisticamente significativas apenas na idade. Nas características clínicas observaram-se diferenças significativas em algumas patologias associadas, nomeadamente na infecção VIH (p <0,001: OR=1,696).Quanto aos factores de risco, observaram-se diferenças no consumo do tabaco (p <0,001: OR= 0,499) e drogas (p <0,001; OR= 0,582). Relativamente à situação final de tratamento existem diferenças significativas nas categorias em tratamento (p <0,001;OR=0,661), tratamento completo (p <0,001;OR =1,293) e morte (p <0,001; OR=1,806). Conclusões: O número de casos de Tuberculose em Portugal, bem como a taxa de incidência, diminuíram do biénio 2000/2001 para o biénio 2008/2009 em ambos os grupos. Os imigrantes são mais jovens, têm maior risco de infecção VIH e menor risco de patologias crónicas.

Tuberculose e infecção VIH/SIDA : uma análise comparativa em Portugal continental no biénio 2008-2009

RESUMO - Introdução: Actualmente 11,3 milhões de indivíduos estão co-infectados pela Tuberculose/Vírus Imunodeficiência Humana (TB/VIH), uma das principais causas de incapacidade e morte no mundo. É determinada pela exposição dos indivíduos aos factores de risco e condições/determinantes sociais de saúde. Várias são as medidas criadas a nível nacional e internacional na luta contra TB e a infecção VIH. Objectivo: Caracterizar e comparar os casos de TB entre os indivíduos não infectados com VIH e os infectados com VIH, considerando as características sócio-demográficas, o tratamento, patologias associadas e factores de risco. Método: Estudo descritivo, quantitativo e observacional. A informação foi obtida a partir da base de dados do Sistema Nacional de Vigilância Epidemiológica da Tuberculose dos casos de TB notificados entre 1 de Janeiro de 2008 a 31 de Dezembro de 2009. Para tratamento e análise estatística (descritiva e inferencial) o programa usado foi o SPSS versão 18,0. Resultados: 12,8% dos indivíduos estavam co-infectados com TB/VIH e 87,2% não estavam co-infectados. A presença de VIH nos casos de tuberculose apresenta evidência de relação com quase todas variáveis em estudo (p<0,00) excepto a presença de insuficiência renal (p<0,307). Apresentam maior probalidade de risco da co-infecção TB/VIH os homens, a faixa etária [35;44[, os estrangeiros, os desempregados, estar em retratamento e fumar. Os indivíduos com Doença Hepática (OR= 5,238; IC95%: 3,706;7,403; ORA = 3,104; IC95%: 2,164;4,454), patologias associadas (OR=13,199; IC95%: 11,246; 15,491; ORA=21,348; IC95%:17,569; 25,940) e factores de risco (OR=3,237; IC95%: 2,968; 3,531; ORA=2,644; IC95%: 2,414; 2,985) tem maior probalidade da co-infecção TB/VIH. O ajustamento para o sexo e a idade interferiu em todas variáveis em estudo. Conclusão: Os homens, da faixa etária [35;44 [, desempregados, estrangeiros, em retratamento, fumadores apresentam maior probalidade de risco de estar co-infectado com TB/VIH.

Demora desde o aparecimento dos primeiros sintomas até ao diagnóstico da tuberculose pulmonar em Portugal : análise de sobrevivência

RESUMO - O presente estudo tem como objetivo contribuir para a Saúde Pública no controlo da tuberculose pulmonar (TBP), estudando a demora desde o aparecimento dos primeiros sintomas até ao diagnóstico da doença. As consequências da demora no diagnóstico podem ser fatais para os doentes e intensificar a proliferação do bacilo, influenciando a incidência da doença. Este estudo analisou os casos notificados com TBP pelo SVIG-TB, em Portugal Continental, no período de 2000 a 2009, com demora no diagnóstico de 1 a 365 dias. Foram utilizadas técnicas de estatística clássica para caracterização da base de dados e de análise de sobrevivência para caracterizar a demora até ao diagnóstico e modelar o risco de diagnóstico. As variáveis incluídas no estudo foram: género, idade, grupo etário, distrito de residência, área crítica de incidência da tuberculose, presença ou ausência da infeção pelo VIH, caso novo e reincidência, número de tratamentos anteriores, presença ou ausência de fatores de risco (álcool, tabaco, outras drogas, reclusão e sem-abrigo) e número de fatores de risco. Verificou-se que nos 35 711 casos notificados a mediana da demora até ao diagnóstico foi de 55 dias. Todas as variáveis referidas anteriormente demostraram estar correlacionadas com a demora, exceto no que diz respeito às áreas críticas ou não críticas e aos sem-abrigo. No modelo de Cox as variáveis que se mostraram relevantes ao diagnóstico foram o género em 10,2%, grupos etários, distritos, presença ou ausência de VIH em 12%, dependência alcoólica em 6,3% e dependência de tabaco em 8,8%. Estes resultados apontam para a efetividade de medidas de controlo da tuberculose, principalmente no caso de a pessoa apresentar alguns fatores de risco.

Realidade aumentada aplicada a BIM para a monitorização do progresso e controle de produção na construção

Dissertação para obtenção do Grau Mestre em Engenharia Civil – Perfil de Construção

Novas estratégias no combate à tuberculose: a NADH-MENAQUINONA desidrogenase do tipo II de Mycobacterium tuberculosis

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Microbiologia Médica

Controle óptimo de fluidos não newtonianos

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Matemática

Caracterização clínica e radiológica da tuberculose pulmonar em crianças infectadas e não infectadas por VIH na Guiné-Bissau

A incidência de tuberculose em crianças em 2011, segundo dados da Organização Mundial de Saúde, foi estimada em 490000, 6% da incidência total. Ao “potencial” epidémico da tuberculose, associa-se a dificuldade diagnóstica pela inespecificidade clínica, radiológica e pela baixa sensibilidade dos exames microbiológicos disponíveis em países em vias de desenvolvimento. Nas crianças, a elevada prevalência de outras causas de infecção respiratória e a dificuldade na colheita de amostras biológicas são com frequência fonte de atraso no diagnóstico. A co-infecção com o vírus da imunodeficiência humana (VIH) condiciona a orientação diagnóstica, pela sua incidência e apresentação clínica e radiológica atípica, e terapêutica, pelas interacções farmacológicas. O estudo realizado teve como principal objectivo identificar critérios clínicos, laboratoriais e radiológicos para diagnóstico de tuberculose em crianças e adolescentes entre os seis meses e os 17 anos infectadas e não infectadas por VIH. Este trabalho teve um componente retrospectivo (crianças diagnosticadas entre Janeiro de 2011 e Dezembro de 2013) e um componente prospectivo (diagnóstico efectuado entre Janeiro e Abril de 2014). Após dois meses de tratamento as crianças foram reavaliadas clínica e radiologicamente. Foram colhidos dados retrospectivos de 103 crianças, acompanhadas 9 crianças em tratamento e efectuado o diagnóstico de tuberculose pulmonar a 6 crianças. No estudo retrospectivo verificou-se que 29,4% apresentaram serologia positiva para infecção VIH. Foram identificados critérios clínicos de tuberculose nas crianças infectadas VIH e não infectadas, cujos resultados são comparáveis a estudos efectuados em África e na América Latina. Em critérios como a perda de peso e a descoloração cutâneo-mucosa as crianças VIH apresentaram frequências estatisticamente superiores às das não infectadas. Os padrões radiológicos mais frequentes nesta amostra foram a consolidação unilateral e o infiltrado micronodular bilateral, menos frequentes em outros estudos. A identificação do M. tuberculosis foi possível em 30% das crianças VIH e em 22,2% das não infectadas VIH. Foi realizada a prova tuberculínica em todas as crianças com diagnóstico de Tuberculose entre Janeiro e Abril de 2014, observando-se menor enduração na criança VIH positiva. Pretendeu-se com este estudo identificar e analisar os critérios clínicos, radiológicos e bacteriológicos das crianças observadas por Tuberculose no Hospital de Cumura entre Janeiro de 2011 e Abril de 2014 e propor estratégias para aumento da efectividade diagnóstica.