Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet

Proteiinit ovat elämälle välttämättömiä orgaanisia yhdisteitä, jotka koostuvat yhdestä tai useammasta aminohappoketjusta. Proteiinien toiminnan määrää niiden kolmiulotteinen rakenne, joka taas riippuu pitkälti proteiinien aminohappojärjestyksestä, sekvenssistä. Proteiinien tunnettujen sekvenssien määrä kasvaa DNA-sekvensoinnin tuloksena selvästi nopeammin kuin selvitettyjen kolmiulotteisten rakenteiden, konformaatioiden, määrä. Proteiinien rakenteitakin tunnetaan jo lähes 45 000, joten niiden tilastollisella analyysillä on yhä merkittävämpi osuus uusien proteiinien rakenteen määrittämisessä, ennustamisessa ja suunnittelussa. Työssä etsittiin pentapeptidejä (viiden aminohapon pituisia ketjuja), joilla on sama konformaatio kaikissa tunnetuissa proteiinien rakenteissa. Näitä rakennuspalikoita voisi käyttää suoraviivaisessa proteiinien suunnittelussa halutun kolmiulotteisen rakenteen aikaansaamiseksi. Aineistona käytettiin proteiinitietopankin joulukuussa 2007 sisältämiä rakenteita, joihin kuului lähes 45 000 proteiinin kolmiulotteista rakennetta. Aineiston laajuuden takia rakennuspalikoita etsittiin kahdessa vaiheessa vertailemalla pentapeptidien rakenteen keskeisten atomien (CA, CB, O, C ja N) sijaintia proteiinien aminohappoketjuissa. Työssä löytyi yli 9000 rakennuspalikkaa, pentapeptidiä, joista jokaisella oli sama konformaatio yli 12 eri rakennetiedostossa, niissä ilmoitettujen tarkkuuksien rajoissa. Löydetyistä rakennuspalikoista 48:lla oli täysin sama konformaatio kaikkialla, mistä ne löydettiin. Näistä useimmin esiintyneitä voi käyttää suoraan proteiinien rakenneanalyysissä valmiina kolmiulotteisen rakenteen osina. Eri konformaatioihin laskostuvia identtisiä pentapeptidejä löytyi yli 266 000 kappaletta. Rakennuspalikoiden stabiiliudesta johtuen ne saattavat olla tärkeitä proteiinien fysikaalisen mallinnuksen tutkimus- ja vertailukohteina. Käytännön kannalta työn lupaavin tulos oli se, että rakennuspalikoita löytyi eri vasta-aineiden rakennetiedostoista. Ehkäpä juuri vasta-aineita voitaisiin suunnitella työssä esitetyillä menetelmillä.

Therapeutic hypothermia after cardiac arrest : Studies on neurological and cardiological outcome and prediction of outcome in hypothermia-treated patients resuscitated from out-of-hospital cardiac arrest

The outcome of the successfully resuscitated patient is mainly determined by the extent of hypoxic-ischemic cerebral injury, and hypothermia has multiple mechanisms of action in mitigating such injury. The present study was undertaken from 1997 to 2001 in Helsinki as a part of the European multicenter study Hypothermia after cardiac arrest (HACA) to test the neuroprotective effect of therapeutic hypothermia in patients resuscitated from out-of-hospital ventricular fibrillation (VF) cardiac arrest (CA). The aim of this substudy was to examine the neurological and cardiological outcome of these patients, and especially to study and develop methods for prediction of outcome in the hypothermia-treated patients. A total of 275 patients were randomized to the HACA trial in Europe. In Helsinki, 70 patients were enrolled in the study according to the inclusion criteria. Those randomized to hypothermia were actively cooled externally to a core temperature 33 ± 1ºC for 24 hours with a cooling device. Serum markers of ischemic neuronal injury, NSE and S-100B, were sampled at 24, 36, and 48 hours after CA. Somatosensory and brain stem auditory evoked potentials (SEPs and BAEPs) were recorded 24 to 28 hours after CA; 24-hour ambulatory electrocardiography recordings were performed three times during the first two weeks and arrhythmias and heart rate variability (HRV) were analyzed from the tapes. The clinical outcome was assessed 3 and 6 months after CA. Neuropsychological examinations were performed on the conscious survivors 3 months after the CA. Quantitative electroencephalography (Q-EEG) and auditory P300 event-related potentials were studied at the same time-point. Therapeutic hypothermia of 33ºC for 24 hours led to an increased chance of good neurological outcome and survival after out-of-hospital VF CA. In the HACA study, 55% of hypothermia-treated patients and 39% of normothermia-treated patients reached a good neurological outcome (p=0.009) at 6 months after CA. Use of therapeutic hypothermia was not associated with any increase in clinically significant arrhythmias. The levels of serum NSE, but not the levels of S-100B, were lower in hypothermia- than in normothermia-treated patients. A decrease in NSE values between 24 and 48 hours was associated with good outcome at 6 months after CA. Decreasing levels of serum NSE but not of S-100B over time may indicate selective attenuation of delayed neuronal death by therapeutic hypothermia, and the time-course of serum NSE between 24 and 48 hours after CA may help in clinical decision-making. In SEP recordings bilaterally absent N20 responses predicted permanent coma with a specificity of 100% in both treatment arms. Recording of BAEPs provided no additional benefit in outcome prediction. Preserved 24- to 48-hour HRV may be a predictor of favorable outcome in CA patients treated with hypothermia. At 3 months after CA, no differences appeared in any cognitive functions between the two groups: 67% of patients in the hypothermia and 44% patients in the normothermia group were cognitively intact or had only very mild impairment. No significant differences emerged in any of the Q-EEG parameters between the two groups. The amplitude of P300 potential was significantly higher in the hypothermia-treated group. These results give further support to the use of therapeutic hypothermia in patients with sudden out-of-hospital CA.

Cattle Teeth in Graves : Interpretations of animal bones found in Finnish inhumation graves (ca AD 550-1700)

The nature of a burial is always ritualistic. This is often forgotten when dealing with Finnish inhumation burials containing animal bones. Only the animal bones found close to the deceased have traditionally been thought to have a ritualistic purpose. The animal bones found in the filling of the grave, which is still part of the burial, has on the other hand, often been neglected in the previous research. In this Master s thesis I will discuss the function and interpretation of animal bones in graves. The base of this study is six sites, all of different nature, from Finland. Luistari in Eura is from the western coast and is dated to Late Iron Age (and possibly Medieval period), the Medieval hamlet of Finno is situated in Espoo which is situated on the southern coast. Two town burials, Turku and Porvoo, are also included in this study. The graves from Turku are dated to Late Medieval period and Early Renaissance, whereas the cemetery in Porvoo is from the 18th century. Visulahti in Mikkeli is from the Late Iron Age and represents Eastern Finnish burial tradition, the same as Suotniemi from Käkisalmi parish, which is nowadays part of Russia. While parts of the animal bones had already been analysed before, the author also analysed animal bones for the purpose of the present Master´s thesis. The bones were compared to the burial contexts, when possible. Based on the comparisons I have made interpretations which might explain the existence of animal bones in the graves. The interpretations are among others sacrifice, commemoration meals and animal burials. The site could also have been a settlement site prior to the graves, thus the bones in the graves would belong to the settlement phase. When comparing the date of the studied sites, the town burials are later and the animal bones are probably related to previous or contemporary use of the sites as graveyards. On top of this there does not seem to be much difference in burial tradition between Eastern and Western Finland, although at least from the hamlet burials of Finno there are aspects that could be linked to Eastern burials. In making the interpretations I have taken into consideration the aspects of belief during different time periods when they could be accounted as relevant. Also the problems with bone preservation were relevant and challenging for the study. Often only the hardest substance of the skeleton, namely teeth, has been preserved. For this reason the quality of the archaeological documentation was a key issue in this study. In producing quality interpretations of the animal bones in graves, the bones, contexts and their relationship to the surrounding site should be documented with care.

Familjära förmaksflimrets karaktär i långtids EKG registrering

Målsättningen med denna studie var att karaktärisera familjära fall av förmaksflimmer (FA) och bestämma förekomsten av fokalt fött FA i detta material. Undersökningsmaterialet bestod av FA patienter på Mejlans rytmkardiologiska klinik, samt familjemedlemmar till dessa. För detta arbete analyserades 24 eller 48 timmars ambulatoriskt EKG på 42 personer. Bland dessa fanns 17 familjer av flera generationer vilka studerades närmare, främst med avseende på förekomsten av fokala triggrar. 40% av FA fallen uppfyllde de uppställda kriterierna för fokalt FA. Denna siffra är signifikant lägre än de ca 80% som tidigare rapporterats vid non-familjärt enskilt FA. Detta kunde tyda på en vid familjärt FA ökad känslighet i förmaken för ändå förekommande men lågfrekventa fokala triggrar. Undersökningen visade att en detaljanalys av 24 timmars Holter registrering är ett användbart sätt att kartlägga förmaksflimrets bakgrund.

De "de" : Estudio histórico-comparativo de los usos y la semántica de la preposición "de" en español

El presente estudio supone un intento de describir y analizar el uso de la preposición "de" sobre la base de un corpus diacrónico, con énfasis en las diferentes relaciones semánticas que establece. Partiendo de un total de más de 16.000 casos de "de" hemos establecido 48 categorías de uso, que corresponden a cuatro tipos de construcción sintáctica, a saber, el uso de "de" como complemento de nombres (CN), verbos (CV), adjetivos (CA) y, finalmente, su uso como núcleo de expresiones adverbiales independientes (CI). El estudio consta de tres partes fundamentales. En la parte I, se introduce la Lingüística Cognitiva, que constituye la base teórica esencial del trabajo. Más exactamente, se introducen conceptos como la teoría del prototipo, la teoría de las metáforas conceptuales y la gramática cognitiva, especialmente las ideas de "punto de referencia" y "relación intrínseca" (Langacker 1995, 1999). La parte II incluye el análisis de las 48 categorías. En esta parte se presentan y comentan casi 2.000 ejemplos del uso contextual de "de" extraídos del corpus diacrónico. Los resultados más importantes del análisis pueden resumirse en los siguientes puntos: El uso de "de" sigue siendo esencialmente el mismo en la actualidad que hace 800 años, en el sentido de que todas las 48 categorías se identifican en todas las épocas del corpus. El uso de "de" como complemento nominal va aumentando, al contrario de lo que ocurre con su uso como complemento verbal. En el contexto nominal son especialmente las relaciones posesivas más abstractas las que se hacen más frecuentes, mientras que en el contexto verbal las relaciones que se hacen menos frecuentes son las de separación/alejamiento, causa, agente y partitivo indefinido. Destaca la importancia del siglo XVIII como época de transición entre un primer estado de las cosas y otro posterior, en especial en relación con el carácter cada vez más abstracto de las relaciones posesivas así como con la disminución de las categorías adverbales de causa, agente y partitivo. Pese a la variación en el contexto inmediato de uso, el núcleo semántico de "de" se mantiene inalterado. La parte III toma como punto de partida los resultados del análisis de la parte II, tratando de deslindar el aporte semántico de la preposición "de" a su contexto de uso del valor de la relación en conjunto. Así, recurriendo a la metodología para determinar el significado básico y la metodología para determinar lo que constituyen significados distintos de una preposición (Tyler , Evans 2003a, 2003b), se llega a la hipótesis de que "de" posee cuatro significados básicos, a saber, 'punto de partida', 'tema/asunto', 'parte/todo' y 'posesión'. Esta hipótesis, basada en las metodologías de Tyler y Evans y en los resultados del análisis de corpus, se intenta verificar empíricamente mediante el uso de dos cuestionarios destinados a averiguar hasta qué punto las distinciones semánticas a las que se llega por vía teórica son reconocidas por los hablantes nativos de la lengua (cf. Raukko 2003). El resultado conjunto de los dos acercamientos tanto refuerza como especifica la hipótesis. Los datos que arroja el análisis de los cuestionarios parecen reforzar la idea de que el núcleo semántico de "de" es complejo, constando de los cuatro valores mencionados. Sin embargo, cada uno de estos valores básicos constituye un prototipo local, en torno al cual se construye un complejo de matices semánticos derivados del prototipo. La idea final es que los hablantes son conscientes de los cuatro postulados valores básicos, pero que también distinguen matices más detallados, como son las ideas de 'causa', 'agente', 'instrumento', 'finalidad', 'cualidad', etc. Es decir, "de" constituye un elemento polisémico complejo cuya estructura semántica puede describirse como una semejanza de familia centrada en cuatro valores básicos en torno a los cuales se encuentra una serie de matices más específicos, que también constituyen valores propios de la preposición. Creemos, además, que esta caracterización semántica es válida para todas las épocas de la historia del español, con unas pequeñas modificaciones en el peso relativo de los distintos matices, lo cual está relacionado con la observada variación diacrónica en el uso de "de".