丙型肝炎病毒(HCV)株的全基因组序列测定: 完成HCV 基因型6 全套17 个亚型基因组的测序

丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）的全基因组序列测定，曾经由于许多方面 的条件限制而难于完成。但是，其对于研究HCV 分子病毒学、流行病学、进化和致 病性却至关重要，特别是在临床应用中，不同序列的基因型决定α-干扰素治疗的不同 效果。在本研究完成之前，HCV 基因型6 仅有6 个亚型有其全基因组序列。因此， 本研究的主要目的在于，测定HCV 变异株代表基因型6 其余的11 个亚型和新亚型的 全基因组序列，并深入分析。 本研究从样品分别来自于中国、泰国，和在美国及加拿大生活的东南亚国家移民 的HCV 感染者。因为样品有限，改良传统的PCR 方法，摸索出“桥”和“岛”DNA 全序列扩增法，从每例样品100μl 血清或从100μl 血清中获得的cDNA 中测定了13 个HCV 全基因组核苷酸序列。 以来源于Genbank 的已知基因型6 的七个全长序列为参考对所测定的13 个亚型 全序列进行共同分析显示，这些全基因组核苷酸的两两比较相似率变化范围为 71.9%--82.7%，著地， 这四对序列间的相同率高于标准定义的HCV 基因亚型之间的 范围值75%-80%。为了进一步理解和证实这些亚型间的遗传相似性，本研究还测定 了代表这4 对亚型的病毒原型株的全基因序列，结果显示了相同的核苷酸水平上的变 异范围，这为HCV 基因亚型的分类提供了新的认识，亦强调了全长序列对于分类的 重要性。 从系统发育方面的分析证实，本研究所测得的13 个分离株都属于基因型6。在系 统发育树上，每个病毒株代表一个独立的枝。并形成了高度分化的HCV 基因型6 分 枝，从而清楚显示，各亚型的独立分布。本研究至此完成了基因型6 中17 个亚型的 全序列测定，而km41 和gz52557 因缺乏其临床上和流行病学上的多个感染病例的证 实，而继续保留其亚型未命名状态。结合来源于Los Alamos HCV database 的基因型6 的已知部分序列的变异株进一步分析，发现各相近亚型变异株均来自东南亚或东南亚国家移民，这提示了这些HCV 的相同感染源。 为了探讨HCV 夫妻间传播的可能性，本研究还测定了来自于泰国的两位感染 HCV 的献血员及其感染HCV 的配偶。这4 个基因序列C-0044 和C-0046 之间核苷 酸相同率为98.1%，而C-0185 和 C-0192 之间为97.8%。文献研究感染HCV 的夫妇 间的部分亚基因序列的相同率为96.3%至100%，本研究结果与此范围相符，并第一 次用全基因组序列提示了HCV 在夫妻间传播的可能性。 本研究还测定了基因型6 的另一个变异株的全基因组序列：HK6554，香港的某患 者，与上文中的GX004 一起，均为静脉吸毒者，并共同感染了HCV 和HIV-1。分析 结果还表明了一种趋势，即是在中国南方，基因亚型6e 有从以前的地方性传播方式 转为现有的流行性传播方式。这种转变可能由于静脉吸毒感染HCV 的人群的网络传 播而加快。 综上，本研究用传统PCR、简并引物结合链特异引物的方法有效地测定了共21 个病毒株的全基因序列。该方法也可用于其它分子流行病学的研究，特别在测定珍贵 的病毒序列然而样品量又受限时。本研究所测定的全基因组序列代表HCV 中最古老、 分化最多、地方性传播、又可能动物源性的基因型6 的全套17 个亚型。这有助于进 一步理解HCV 基因亚型的分类意义、更准确评价HCV 的进化和起源，亦有助于发 现HCV 新的变异株和提高临床诊断、治疗，为将来HCV 的流行及公众健康的预测、 预防和疫苗的制备奠定了坚实的分子遗传学基础。

Room-Temperature Continuous-Wave Operation of InGaN-Based Blue-Violet Laser Diodes with a Lifetime of 15.6 Hours

We report our recent progress of investigations on InGaN-based blue-violet laser diodes (LDs). The room-temperature (RT) cw operation lifetime of LDs has extended to longer than 15.6 h. The LD structure was grown on a c-plane free-standing (FS) GaN substrate by metal organic chemical vapor deposition (MOCVD). The typical threshold current and voltage of LD under RT cw operation are 78 mA and 6.8 V, respectively. The experimental analysis of degradation of LD performances suggests that after aging treatment, the increase of series resistance and threshold current can be mainly attributed to the deterioration of p-type ohmic contact and the decrease of internal quantum efficiency of multiple quantum well (MQW), respectively.

Calculation of Valence Subband Structures for Strained Quantum-Wells by Plane Wave Expansion Method Within 6 * 6 Luttinger-Kohn Model

The valence subband energies and wave functions of a tensile strained quantum well are calculated by the plane wave expansion method within the 6 * 6 Luttinger-Kohn model. The effect of the number and period of plane-waves used for expansion on the stability of energy eigenvalues is examined. For practical calculation, it should choose the period large sufficiently to ensure the envelope functions vanish at the boundary and the number of plane waves large enough to ensure the energy eigenvalues keep unchanged within a prescribed range.

In_(0.4)Ga_(0.6)As/GaAs自组织量子点的光伏谱温度特性

采用无需在样品上制备电极的电容耦合的光伏谱方法,实验测量了In_(0.4)Ga_(0.6)As/GaAs自组织量子点在不同的温度下的光伏谱,对测量谱峰进行了指认,研究了量子点谱峰能量位置随温度的依赖关系。实验结果表明,量子点具有与体材料及二维体系不同的温度特性,对实验所测样品,其激子峰能量随温度增加而红移的速率约为GaAs体材料带隙变化的1.4倍。

GaAs/Al（0.4）Ga（0.6）As多量子肼红外探测器光吸收计算

于2010-11-23批量导入

2-C-支链-1,6-脱水吡喃葡萄糖的开环反应及吡喃烯糖的合成研究

在糖化学合成中，1,6-脱水吡喃糖不仅是合成具有生物活性低聚糖、糖共体、抗原、抗体以及天然产物等化合物重要原料，而且还是许多具有生物活性的天然产物的结构单元。同时，它还具有[3,2,1]的双环缩醛结构，使其在糖化学合成中具有高的立体选择性和区域选择性，同时减少了C-1 和C-6 位的保护和去保护的优点。此外，环内的缩醛开环后，又可以相应地在C-1 和C-6 位进行官能团转化以及糖苷化反应。 本文报道了一种新的1,6-脱水吡喃糖的合成方法，并设计合成了2-C-支链-1,6-脱水吡喃葡萄糖1-195、1-197、1-198 以及2-C-支链-6-硫代1,6-脱水吡喃葡萄糖1-225。到目前为止，1,6-脱水糖开环并进行糖苷化反应，存在选择性较差、产率低的缺点。我们发现，在乙腈做溶剂的条件下，NiCl5 能高立体选择性高产率地催化化合物1-195、1-197、1-198 开环并与ROH、RSH 发生糖苷化反应。在NiCl5-乙腈条件下，合成了一系列2-C-支链-α-糖苷和2-C-支链-β-硫代糖苷，并对2-C-支链1,6-脱水吡喃葡萄糖的生成机理以及开环机理进行了探讨。 烯糖在糖化学合成中是重要的起始原料，从Fischer 首次合成烯糖至今，一直不断地有新的合成方法出现。但目前文献报道的方法存在所用试剂有毒、价格贵和操作繁琐等缺点。我们对Fischer-Zach 方法进行了改进， 发现Zn-NaH2PO4-H2O 和Zn-PEG600-H2O 体系都能很好地合成烯糖。该方法具有条件温和、绿色环保、操作简单的优点。在Zn-NaH2PO4 溶液或Zn-PEG600 条件下，以溴代糖为原料，高产率地合成一系列的烯糖。 The 1,6-anhydrohexopyranoses are crucial subunits of myriad bioactive nature products, as well as important syntons of carbohydrate chemistry which have been extensively used to prepare the biologically potential oligosaccharides, glycoconjugates, antibiotics, and structurally varied nature products. Their particular [3.2.1] bicyclic skeleton makes them have high regio- and stereo-control in a variety of reactions, and such structure avoids protecting hydroxyl groups at C1 and C6.Additionally, the cleavage of the internal acetal under acidic conditions could be beneficial for further transformations of functional group and glycosylation of the corresponding pyranosyl sugar at the C6 or C1 site. Herein we developed a novel approach to prepare the 1,6-anhydrohexopyranose, and synthesized the 2-C-branched-1,6-anhydrohexopyranose 1-195, 1-197, 1-198 and 2-C-branched-6-thio-1,6-anhydrohexopyranose 1-225. Until now, glycosylation of 1,6-anhydrohexopyranoses has been limited because of the low yields and low stereoselectivity. In this paper, we found that NiCl5-MeCN system could selectively cleave the ring of 1,6-anhydrohexopyranoses with alcohols and thiols at room temperature in high yields. A series of 2-C-branched-α-glycosides and 2-C-branched-β-thioglycosides have been synthesized via NiCl5-catalyzed. Furthermore, we investigated the formation and ring-opening mechanism of 2-C-acetylmethyl-1,6-anhydrohexopyranose. Glycals are significant starting material in carbohydrate chemistry. After the Fischer-Zach method for forming glucal was reported for the first time, the numerous synthetic methods for glycals have been explored. However, there are several drawbacks in the existing methods, such as the usage of very expensive and toxic reagents, intricate operation, and the influence of acid-sensitive and base-sensitive functional group. We improved the Fischer-Zach method and developed a facile, mild and environmentally benign methodology towards the synthesis of the glycals in Zn-NaH2PO4-H2O or Zn-PEG600-H2O system. Our method involves the treatment of glycosyl bromides with Zn in NaH2PO4 aqueous solution or PEG600-H2O at room temperature, affording various glycals in excellent yields.