丙型肝炎病毒(HCV)株的全基因组序列测定: 完成HCV 基因型6 全套17 个亚型基因组的测序

丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）的全基因组序列测定，曾经由于许多方面 的条件限制而难于完成。但是，其对于研究HCV 分子病毒学、流行病学、进化和致 病性却至关重要，特别是在临床应用中，不同序列的基因型决定α-干扰素治疗的不同 效果。在本研究完成之前，HCV 基因型6 仅有6 个亚型有其全基因组序列。因此， 本研究的主要目的在于，测定HCV 变异株代表基因型6 其余的11 个亚型和新亚型的 全基因组序列，并深入分析。 本研究从样品分别来自于中国、泰国，和在美国及加拿大生活的东南亚国家移民 的HCV 感染者。因为样品有限，改良传统的PCR 方法，摸索出“桥”和“岛”DNA 全序列扩增法，从每例样品100μl 血清或从100μl 血清中获得的cDNA 中测定了13 个HCV 全基因组核苷酸序列。 以来源于Genbank 的已知基因型6 的七个全长序列为参考对所测定的13 个亚型 全序列进行共同分析显示，这些全基因组核苷酸的两两比较相似率变化范围为 71.9%--82.7%，著地， 这四对序列间的相同率高于标准定义的HCV 基因亚型之间的 范围值75%-80%。为了进一步理解和证实这些亚型间的遗传相似性，本研究还测定 了代表这4 对亚型的病毒原型株的全基因序列，结果显示了相同的核苷酸水平上的变 异范围，这为HCV 基因亚型的分类提供了新的认识，亦强调了全长序列对于分类的 重要性。 从系统发育方面的分析证实，本研究所测得的13 个分离株都属于基因型6。在系 统发育树上，每个病毒株代表一个独立的枝。并形成了高度分化的HCV 基因型6 分 枝，从而清楚显示，各亚型的独立分布。本研究至此完成了基因型6 中17 个亚型的 全序列测定，而km41 和gz52557 因缺乏其临床上和流行病学上的多个感染病例的证 实，而继续保留其亚型未命名状态。结合来源于Los Alamos HCV database 的基因型6 的已知部分序列的变异株进一步分析，发现各相近亚型变异株均来自东南亚或东南亚国家移民，这提示了这些HCV 的相同感染源。 为了探讨HCV 夫妻间传播的可能性，本研究还测定了来自于泰国的两位感染 HCV 的献血员及其感染HCV 的配偶。这4 个基因序列C-0044 和C-0046 之间核苷 酸相同率为98.1%，而C-0185 和 C-0192 之间为97.8%。文献研究感染HCV 的夫妇 间的部分亚基因序列的相同率为96.3%至100%，本研究结果与此范围相符，并第一 次用全基因组序列提示了HCV 在夫妻间传播的可能性。 本研究还测定了基因型6 的另一个变异株的全基因组序列：HK6554，香港的某患 者，与上文中的GX004 一起，均为静脉吸毒者，并共同感染了HCV 和HIV-1。分析 结果还表明了一种趋势，即是在中国南方，基因亚型6e 有从以前的地方性传播方式 转为现有的流行性传播方式。这种转变可能由于静脉吸毒感染HCV 的人群的网络传 播而加快。 综上，本研究用传统PCR、简并引物结合链特异引物的方法有效地测定了共21 个病毒株的全基因序列。该方法也可用于其它分子流行病学的研究，特别在测定珍贵 的病毒序列然而样品量又受限时。本研究所测定的全基因组序列代表HCV 中最古老、 分化最多、地方性传播、又可能动物源性的基因型6 的全套17 个亚型。这有助于进 一步理解HCV 基因亚型的分类意义、更准确评价HCV 的进化和起源，亦有助于发 现HCV 新的变异株和提高临床诊断、治疗，为将来HCV 的流行及公众健康的预测、 预防和疫苗的制备奠定了坚实的分子遗传学基础。

Room-Temperature Continuous-Wave Operation of InGaN-Based Blue-Violet Laser Diodes with a Lifetime of 15.6 Hours

We report our recent progress of investigations on InGaN-based blue-violet laser diodes (LDs). The room-temperature (RT) cw operation lifetime of LDs has extended to longer than 15.6 h. The LD structure was grown on a c-plane free-standing (FS) GaN substrate by metal organic chemical vapor deposition (MOCVD). The typical threshold current and voltage of LD under RT cw operation are 78 mA and 6.8 V, respectively. The experimental analysis of degradation of LD performances suggests that after aging treatment, the increase of series resistance and threshold current can be mainly attributed to the deterioration of p-type ohmic contact and the decrease of internal quantum efficiency of multiple quantum well (MQW), respectively.

Calculation of Valence Subband Structures for Strained Quantum-Wells by Plane Wave Expansion Method Within 6 * 6 Luttinger-Kohn Model

The valence subband energies and wave functions of a tensile strained quantum well are calculated by the plane wave expansion method within the 6 * 6 Luttinger-Kohn model. The effect of the number and period of plane-waves used for expansion on the stability of energy eigenvalues is examined. For practical calculation, it should choose the period large sufficiently to ensure the envelope functions vanish at the boundary and the number of plane waves large enough to ensure the energy eigenvalues keep unchanged within a prescribed range.

In_(0.4)Ga_(0.6)As/GaAs自组织量子点的光伏谱温度特性

采用无需在样品上制备电极的电容耦合的光伏谱方法,实验测量了In_(0.4)Ga_(0.6)As/GaAs自组织量子点在不同的温度下的光伏谱,对测量谱峰进行了指认,研究了量子点谱峰能量位置随温度的依赖关系。实验结果表明,量子点具有与体材料及二维体系不同的温度特性,对实验所测样品,其激子峰能量随温度增加而红移的速率约为GaAs体材料带隙变化的1.4倍。

GaAs/Al（0.4）Ga（0.6）As多量子肼红外探测器光吸收计算

于2010-11-23批量导入

禄春安息香种子和攀援孔药花全草的化学成分研究

本文对禄春安息香（Styrax macranthus）种子和攀援孔药花（Porandra scandens）全草的化学成分进行了研究，共获得30个化合物，其中2个为新化合物。 从禄春安息香种子95%乙醇提取物中分离并鉴定了12个化合物，其中2个新化合物鉴定为3-[7-methoxy-2-(3,4-methylenedioxy phenyl) benzofuran-5-yl] propyl 3-[7-methoxy-2-(3,4-methylenedioxyphenyl)benzofuran-5-yl] propanoate (1) 和去甲氧基-egonol-龙胆双糖甙 (2)；已知化合物分别为2-(3,4-二氧亚甲基苯基)-5-甲酰基-7-甲氧基-苯并呋喃 (3)、egonol (4)、去甲氧基-egonol (5)、去甲基-egonol (6)、egonol-葡萄糖甙 (7)、egonol-龙胆双糖甙 (8)、egonol-龙胆三糖甙 (9)、豆甾醇 (10)、二十四烷酸 1-甘油酯 (11) 和胡萝卜甙 (12)。生物活性测试发现，化合物2具有促进雌激素E2合成的作用。 从攀援孔药花全草95%乙醇提取物中分离并鉴定了19个化合物：(2S,3S,4R)-2-[(2R)-2-羟基-二十一烷酰基氨基]-二十一烷-1,3,4-三醇 (13)、(2S,3S,4R)–2–二十四烷酰基氨基-十八烷-1,3,4-三醇 (14)、胡萝卜甙 (12)、β-谷甾醇 (15)、(20S,22E,24R)-5α,8α-表二氧-麦角甾-6,22-二烯-3β-醇 (16)、6β-羟基-豆甾-4-烯-3-酮 (17)、十六烷酸 1-甘油酯 (18)、桦木酸 (19)、大黄素 (20)、二十二烷酸 1-甘油酯 (21)、对羟基苯甲醛 (22)、十七烷酸 1-甘油酯 (23)、金色酰胺醇乙酸酯(24)、十九烷酸 1-甘油酯 (25)、棕榈酸 (26)、(E)-p-香豆酸 (27)、(22E,24S)-24-麦角甾醇-7,22-二烯-3β,5α,6β-三醇 (28)、2-去氧-β-蜕皮激素 (29)和auranamide (30)。 综述了近十年来发现的2－芳基苯并呋喃类新木脂素的结构特征、来源、生物活性和化学全合成。 Phytochemical investigation on the seeds of Styrax macranthus and the whole plants of Porandra scandens led to the isolation of thirty compounds, two of which were new ones. Two new 2-aryl benzofuran derivatives, 3-[7-methoxy-2-(3,4-methylenedioxy phenyl) benzofuran-5-yl]propyl 3-[7-methoxy-2-(3,4-methylenedioxyphenyl)benzo furan-5-yl]propanoate (1) and demethoxy egonol gentiobioside (2), were isolated from the 95% aqueous ethanolic extract of the seeds of Styrax macranthus, together with 7-methoxy-2-(3,4-methylenedioxyphenyl) benzofuran-5-carbaldehyde (3), egonol (4), demethoxy egonol (5), demethyl egonol (6), egonol glucoside (7), egonol gentiobioside (8), egonol gentiotrioside (9), stigmasterol (10), 2,3-dihydroxypropyl tetracosoate (11), and daucosterol (12). In vitro test, compound 2 promote the synthesis of estrogen E2. Nineteen compounds were isolated from the 95% aqueous ethanolic extract of the whole plant of Porandra scandens for the first time. Their structures were identified as (2S,3S,4R)-2-[(2R)-2-hydroxy-heneicosanoylamino]-1,3,4- heneicosanetriol (13), (2S,3S,4R)-2-tetracosanoylamino-1,3,4-octadecanetriol (14), daucosterol (15), β-sitosterol (12), (20S,22E,24R)-5α,8α-epidioxy-ergosta-6,22-diene- 3β-ol (16), 6β-hydroxylstigmast-4-en-3-one (17), 1-glycerol-1-hexadecoate (18), betulinic acid (19), emodin (20), 1-glycerol-1-docosoate (21), p-hydroxybenzaldehyde (22), 1-glycerol-1-heptadecoate (23), aurantiamide acetate (24), 1-glycerol-1- nonadecoate (25), palmatic acid (26), (E)-p-coumaric acid (27), (22E,24S)- 24-metbylcbolesta-7,22-diene-3β,5α,6β-triol (28), 2-deoxycrustecdysone (29), and auranamide (30). The characteristic, natural resource, bioactivity, and the total synthesis of 2-aryl benzofurans were reviewed.

具有环氧化酶-2选择性抑制活性的多取代蒽醌的合成

1-甲基-2-甲氧羰基-3, 6, 8-三羟基-7-甲氧基蒽醌是从唐菖蒲干球茎中分离到的具有环氧化酶-2选择性抑制活性的多取代蒽醌类化合物。本文试图合成该化合物，实现了其类似物的合成，同时发现了几个未见报道的反应。 1．通过Diels-Alder 反应合成了关键中间体——3-甲基-5-羟基-1, 2, 4-苯三甲酸三甲酯，1-COOMe选择性水解产物与1, 2, 3-三甲氧基苯进行分子间Friedel-Crafts反应的产物再进行分子内Friedel-Crafts反应得到了目标产物的类似物1-甲基-2-甲氧羰基-3-羟基-6，7，8-三甲氧基蒽醌（路线1）。目标产物及其它类似物的合成正在进行中。 2．以乙酰乙酸甲酯和巴豆醛为原料，经过Michael加成、分子内的Aldol反应、芳香化、选择性甲酰化和还原反应，得到关键中间体2-甲基-3-羟甲基-6-甲氧基苯甲酸甲酯及其衍生物。通过该化合物与3，4，5-三甲氧基苯甲酸甲酯进行Friedel-Crafts烷基化反应得到了多取代的二苯基甲烷衍生物，拟进一步关环合成目标化合物（路线2）。 3．发现邻甲氧基苯甲酸甲酯中酯甲基可以被正丁基锂和仲丁基锂中烷基交换生成相应的酯，反应的机理不明确。当使用叔丁基锂时，得到的是邻甲氧基苯基叔丁酮，这个方法可以用来合成芳基叔丁酮类化合物。 4．以2-苄氧基-6-甲基苯甲酸甲酯为原料进行氯甲基化反应时，以苯和二氯乙烷作溶剂，发生了苄基的迁移和芳环的偶联，分别得到2，2'-二甲基-3，3'-二甲氧羰基-4，4'-二羟基联苯和2，2'-二甲基-3，3'-二甲氧羰基-4，4'-二羟基-5，5'-二苄基联苯。这是对称联苯合成的新方法。 5．水杨酸羟基邻对位的选择性甲酰化可以分别通过水杨酸和水杨酸甲酯用HMTA/CF3COOH来实现。 6．Lewis酸催化3，4，5-三甲氧基苄醇环化成1, 2, 3, 6, 7, 8, 11, 12, 13-nonamethoxyl-10,15-dihydro-5H-trbibenzo [a, d, g] cyclononene (NDTC)，产率(54%)高于已有方法（12%）。 Methyl 3,6,8-trihydroxy-7-methoxy-1-methylanthraquinone-2-carboxylate is a new COX-2 selective inhibitor isolated from Gladiolus gandavensis. Two strategies were investigated to synthesis this compound, in which some important reactions were discovered. 1. The key intermediate 5-hydroxy-3-methylbenzene-1,2,4-tricarboxylic acid 2,4-dimethyl ester was prepared via Diels-Alder reaction followed by selective hydrolysis of 1-COOMe. This compound was coupled with 1,2,3-trimethoxybenzene and the product undergo intramolecular Friedel-Crafts reaction to give methyl 3-hydroxy-5,6,7-trimethoxy-1-methylanthraquinone-2-carboxylate (1st route). The target compound and other analogues are being prepared with the same procedure. 2. The key intermediates methyl 3-hydroxymethyl-6-methoxy-2-methylbenzoate and its derivatives were prepared starting from crotonaldehyde and methyl acetoacetate via Michael addition, intramolecular aldol reaction, aromatization, formylation and reduction. The intermediates were coupled respectively with derivatives of gallic acid to give polysubstituted diphenylmethane. However, attempts to cyclize these compounds to the target compounds and analogues were not successful (2nd route). 3. In the process for ortho-lithiation of methyl 2-methoxybenzoate, the substrate converted respectively to n-butyl 2-methoxybenzoate and sec-butyl 2-methoxybenzoate when n-BuLi and sec-BuLi were used. However, tert-BuLi reacted with methyl 2-methoxybenzoate afford 2-methoxyphenyl tert-butyl ketone, which could be used to synthesize aryl tert-butyl ketones. 4. The transformtion of methyl 2-benzoxy-6-methylbenzoate to dimethyl 4,4'-dihydroxy-2,2'-dimethylbiphenyl-3,3'-dicarboxylate in benzene, and dimethyl 5,5'-dibenzyl-4,4'-dihydroxy-2,2'-dimethylbiphenyl-3,3'-dicarboxylate in 1,2-dichloroethane in the presence of ZnCl2 provides a new method for the synthesis of symmetric biphenyl. 5. The formylation of salicylic acid at C-5 and methyl 2-hydroxybenzoate at C-3 could be regioselectively realized by using HMTA/CF3COOH. 6. Racemic 1, 2, 3, 6, 7, 8, 11, 12, 13-nonamethoxyl-10, 15-dihydro-5H-trbibenzo [a, d, g] cyclononene was prepared via Lewis acids catalyzed trimerization of 3, 4, 5-trimethoxylbenzyl alcohol with yield (54%) higher than the reported procesure (12%).