Detecção dos genes integron, invA e spvC em Salmonella Enteritidis proveniente de material avícola e transferência horizontal do gene integron entre enterobactérias

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ

Introdução, estabelecimento e adaptação de Bradirrizóbios simbiontes da soja em a solos brasileiros.

Rizóbios microssimbiontes da soja; Introdução de estirpes nos solos brasileiros; Adaptação das estirpes de B. japonicum / B. elkanii aos solos brasileiros; Competitividade das estirpes de B elkanii SEMIA 587 e 29 W; Competitividade das estirpes do sorogrupo SEMIA 566 de B. japonicum; Variabilidade nas estirpes de Bradyrhizobium após a introdução nos solos brasileiros; Transferência horizontal de genes entre estirpes inoculantes e rizóbios indígenas ou naturalizados nos solos brasileiros.

Parasitóides de Phyllcnistis citrella stainton (Lepidóptera: gracillariidae) em pomares de citros em Montenegro, RS

Este trabalho integrou um projeto mais amplo, envolvendo uma equipe multidisciplinar da UFRGS, contando com o apoio da EMATER/RS e da ECOCITRUS, intitulado "Produção de mudas e frutas cítricas, com manejo ecológico, em viveiros e pomares contaminados com cancro cítrico". O principal objetivo do projeto foi estudar a viabilidade da produção de citros com manejo ecológico. Para isto, além da dinâmica populacional do minador dos citros e seus inimigos naturais, foram estudadas doenças foliares, fungos associados a cochonilhas, fungos micorrízicos e a dinâmica populacional da mosca-das-frutas (Dip.: Tephritidae) nos mesmos pomares. Baseado na idéia de pesquisa participativa, que busca a ação social através da transferência horizontal de conhecimento entre produtores e pesquisadores (Cooper & Denning, 2001), foram avaliadas alternativas de controle das principais pragas e/ou doenças com a associação de novas tecnologias e o resgate da cultura regional.

Avaliação da presença dos elementos transponíveis P e GYPSY em ácaros parasitas e microhimenópteros parasitóides de Drosophila

Na tentativa de identificar possíveis vetores para transferência horizontal (fenômeno que vem sendo cada vez mais bem documentado) de elementos transponíveis entre espécies reprodutivamente isoladas de Drosophilidae, foi investigada a presença dos elementos transponíveis P e gypsy no genoma de quatro ácaros (parasitas ou potencialmente parasitas) e nove microhimenópteros parasitóides de Drosophila, através das técnicas de PCR e Southern blot. Estes organismos são parte integrante das guildas de invertebrados, cuja riqueza na Região Neotropical é particularmente expressiva. Em dois dos ácaros analisados (Proctolaelaps sp. e Macrocheles muscaedomesticae), reconhecidamente predadores de ovos de Drosophila, foram identificadas sequências com homologia a ambos os transposons, cuja forma de mobilização é diferente: gypsy é um retroelemento, com características de infectividade similares à dos retrovírus e P é um transposon de DNA, que usa uma transposase para mediar sua movimentação dentro e entre genomas. Embora seja ainda necessário isolar e clonar estas seqüências, de forma a permitir a sua comparação com os elementos P e gypsy de Drosophila, sugere-se a potencialidade destes ácaros como vetores de transferência horizontal. Dos genomas de oito entre os nove microhimenópteros (vespas) parasitóides de pupas de Drosophila estudados, foram amplificadas seqüências homólogas tanto com P, quanto com gypsy. Dada a compatibilidade ecológica e a íntima relação estabelecida entre essas vespas e Drosophila, a potencialidade desses organismos como vetores de transferência lateral entre taxa reprodutivamente isolados também é proposta.

Proteômica diferencial da Chromobacterium violaceum em resposta ao estresse oxidativo induzido por peróxido de hidrogênio

The β-proteobacterium Chromobacterium violaceum is a Gram-negative, free-living, saprophytic and opportunistic pathogen that inhabits tropical and subtropical ecosystems among them, in soil and water of the Amazon. It has great biotechnological potential, and because of this potential, its genome was completely sequenced in 2003. Genome analysis showed that this bacterium has several genes with functions related to the ability to survive under different kinds of environmental stresses. In order to understand the physiological response of C. violaceum under oxidative stress, we applied the tool of shotgun proteomics. Thus, colonies of C. violaceum ATCC 12472 were grown in the presence and absence of 8 mM H2O2 for two hours, total proteins were extracted from bacteria, subjected to SDS-PAGE, stained and hydrolysed. The tryptic peptides generated were subjected to a linear-liquid chromatography (LC) followed by mass spectrometer (LTQ-XL-Orbitrap) to obtain quantitative and qualitative data. A shotgun proteomics allows to compare directly in complex samples, differential expression of proteins and found that in C. Violaceum, 131 proteins are expressed exclusively in the control condition, 177 proteins began to be expressed under oxidative stress and 1175 proteins have expression in both conditions. The results showed that, under the condition of oxidative stress, this bacterium changes its metabolism by increasing the expression of proteins capable of combating oxidative stress and decreasing the expression of proteins related processes bacterial growth and catabolism (transcription, translation, carbon metabolism and fatty acids). A tool with of proteomics as an approach of integrative biology provided an overview of the metabolic pathways involved in the response of C. violaceum to oxidative stress, as well as significantly amplified understanding physiological response to environmental stress. Biochemical and "in silico" assays with the hypothetical ORF CV_0868 found that this is part of an operon. Phylogenetic analysis of superoxide dismutase, protein belonging to the operon also showed that the gene is duplicated in genome of C. violaceum and the second copy was acquired through a horizontal transfer event. Possibly, not only the SOD gene but also all genes comprising this operon were obtained in the same manner. It was concluded that C. violaceum has complex, efficient and versatile mechanisms in oxidative stress response

Evolução do reparo por excisão de nucleotídeo

The phylogeny is one of the main activities of the modern taxonomists and a way to reconstruct the history of the life through comparative analysis of these sequences stored in their genomes aimed find any justification for the origin or evolution of them. Among the sequences with a high level of conservation are the genes of repair because it is important for the conservation and maintenance of genetic stability. Hence, variations in repair genes, as the genes of the nucleotide excision repair (NER), may indicate a possible gene transfer between species. This study aimed to examine the evolutionary history of the components of the NER. For this, sequences of UVRA, UVRB, UVRC and XPB were obtained from GenBank by Blast-p, considering 10-15 as cutoff to create a database. Phylogenetic studies were done using algorithms in PAUP programs, BAYES and PHYLIP package. Phylogenetic trees were build with protein sequences and with sequences of 16S ribosomal RNA for comparative analysis by the methods of parsimony, likelihood and Bayesian. The XPB tree shows that archaeal´s XPB helicases are similar to eukaryotic helicases. According to this data, we infer that the eukaryote nucleotide excision repair system had appeared in Archaea. At UVRA, UVRB and UVRC trees was found a monophyletic group formed by three species of epsilonproteobacterias class, three species of mollicutes class and archaeabacterias of Methanobacteria and Methanococci classes. This information is supported by a tree obtained with the proteins, UVRA, UVRB and UVRC concatenated. Thus, although there are arguments in the literature defending the horizontal transfer of the system uvrABC of bacteria to archaeabacterias, the analysis made in this study suggests that occurred a vertical transfer, from archaeabacteria, of both the NER genes: uvrABC and XPs. According the parsimony, this is the best way because of the occurrence of monophyletic groups, the time of divergence of classes and number of archaeabacterias species with uvrABC system

Identificação da bactéria endossimbionte Wolbachia em populações de moscas-das-frutas do complexo Anastrepha fraterculus (Diptera: Tephritidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Dinâmica evolutiva de DNAs repetitivos com ênfase em espécies da tribo Phanaeini

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Elementos de transposição no gênero Zaprionus (Diptera, Drosophilidae): estudos genômicos e evolutivos em ênfase nos retrotensposons copia, gypsy e micropia

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Pesquisa docluster de imuno evasão e tipagem molecular em Staphylococcus aureus meticilina-sensíveis (MSSA), osolados de maipladores de alimentos

Pós-graduação em Biologia Geral e Aplicada - IBB

Análise de diversidade e expressão de retrotransposons ativos em espécies de Coffea

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise de diversidade e expressão de retrotransposons ativos em espécies de Coffea

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Proteômica diferencial da Chromobacterium violaceum em resposta ao estresse oxidativo induzido por peróxido de hidrogênio

The β-proteobacterium Chromobacterium violaceum is a Gram-negative, free-living, saprophytic and opportunistic pathogen that inhabits tropical and subtropical ecosystems among them, in soil and water of the Amazon. It has great biotechnological potential, and because of this potential, its genome was completely sequenced in 2003. Genome analysis showed that this bacterium has several genes with functions related to the ability to survive under different kinds of environmental stresses. In order to understand the physiological response of C. violaceum under oxidative stress, we applied the tool of shotgun proteomics. Thus, colonies of C. violaceum ATCC 12472 were grown in the presence and absence of 8 mM H2O2 for two hours, total proteins were extracted from bacteria, subjected to SDS-PAGE, stained and hydrolysed. The tryptic peptides generated were subjected to a linear-liquid chromatography (LC) followed by mass spectrometer (LTQ-XL-Orbitrap) to obtain quantitative and qualitative data. A shotgun proteomics allows to compare directly in complex samples, differential expression of proteins and found that in C. Violaceum, 131 proteins are expressed exclusively in the control condition, 177 proteins began to be expressed under oxidative stress and 1175 proteins have expression in both conditions. The results showed that, under the condition of oxidative stress, this bacterium changes its metabolism by increasing the expression of proteins capable of combating oxidative stress and decreasing the expression of proteins related processes bacterial growth and catabolism (transcription, translation, carbon metabolism and fatty acids). A tool with of proteomics as an approach of integrative biology provided an overview of the metabolic pathways involved in the response of C. violaceum to oxidative stress, as well as significantly amplified understanding physiological response to environmental stress. Biochemical and "in silico" assays with the hypothetical ORF CV_0868 found that this is part of an operon. Phylogenetic analysis of superoxide dismutase, protein belonging to the operon also showed that the gene is duplicated in genome of C. violaceum and the second copy was acquired through a horizontal transfer event. Possibly, not only the SOD gene but also all genes comprising this operon were obtained in the same manner. It was concluded that C. violaceum has complex, efficient and versatile mechanisms in oxidative stress response

Microbiologia ambiental.

Impacto de mudanças climáticas globais sobre a microbiota terrestre - Raquel Ghini. Impacto de xenobióticos e metais pesados na microbiota do solo - Célia Maria Maganhotto de Souza Silva e Rosana Faria Vieira. Microrganismos, minerais e metais - Oswaldo Garcia Jr. e Denise Bevilaqua. Bioprospecção da diversidade microbiana cultivável e não cultivável - Raquel Silva Peixoto, Alexandre Soares Rosado e Rodrigo Gouvêa Taketani. Técnicas moleculares aplicadas aos estudos de ecologia microbiana: A PCR em tempo real - Paulo Teixeira Lacava e João Lúcio de Azevedo. Biofilmes microbianos - René P Schneider. Biossurfactantes - Fátima Menezes Bento, Flavio A. de Oliveira Camargo e Christine Claire Gaylarde. Importância ambiental da biocatálise - Viridiana Santana Ferreira-Leitão, Maria Antonieta Ferrara e Elba P S. Bom. Estratégias de isolamento de microrganismos envolvidos na degradação de xenobióticos - Itamar Soares de Melo e João Lúcio de Azevedo. Biodegradação anaeróbia - Rosana Filomena Vazoller, Márcia Helena Rissato Zamariolli Damianovic e Juliana Calábria Araújo. Biodegradação de compostos aromáticos - Aneli de Melo Barbosa, Ellen Cristine Giese e Luiz Gustavo Covizzi. Biodegradação de organoclorados no solo por basidiomicetos lignovelulolíticos - Vera Lúcia Ramos Bonomi, Kátia Maria Gomes Machado, Dácio Roberto Mateus e Vera Maria Vitali. Biodegradação de lignina e tratamento de efluentes por fungos ligninolíticos: atualização - Nelson Durán e Elisa Esposito. Biodegradação de corantes têxteis - Priscila Maria Dellamatrice, Regina Teresa Rosim Monteiro e Doralice de Souza Luro Balan. Biodegradação de superfícies pintadas - Denise de Souza Saad. Biodegradação de polímeros sintéticos - Sandra Mara Martins Franchetti, José Carlos Marconato e Adriana de Campos. Biodegradação de fungicidas - Célia Maria Maganhotto de Souza Silva, Elisabeth Francisconi Fay e Rosângela Blotta Abakerli. Biodegradação de monoterpenos - Lucia Regina Durrant. Degradação de cafeína por bactérias - Paulo Mazzafera e Dirce Mithico Yamaoka-Yano. Degradação abiótica de xenobióticos - Elisabeth Francisconi Fay, Célia Maria Maganhotto de Souza Silva e Itamar Soares de Melo. Biodeterioração no ambiente construído - Márcia A. Shirakawa, Vanderley M. John e Maria Alba Cincotto. Biodeterioração de monumentos históricos - Maria Aparecida de Resende. Biodeterioração de monumentos históricos - Maria Aparecida de Resende. Biorremediação de solos contaminados por petróleo e derivados - Paulo Negrais Seabra. Fitorremediação de metais - Marcia Pletsch, Á ndrea C. A. Barros e Brancilene S. de Araujo. Importância da rizosfera na biodegradação de xenobióticos - Itamar Soares de Melo. Microbiologia aquática marinha - Irnia Nelly G. Rivera, Claudete Rodrigues Paula e Claudiana Paula de Souza. Transferência horizontal de genes de plantas geneticamente modificadas: avaliação dos riscos para as comunidades microbianas - Welington Luiz Araújo, Priscilla de Barros Rossetto e Júlia Ifuklinsky-Sobral.