Evolução do reparo por excisão de nucleotídeo

The phylogeny is one of the main activities of the modern taxonomists and a way to reconstruct the history of the life through comparative analysis of these sequences stored in their genomes aimed find any justification for the origin or evolution of them. Among the sequences with a high level of conservation are the genes of repair because it is important for the conservation and maintenance of genetic stability. Hence, variations in repair genes, as the genes of the nucleotide excision repair (NER), may indicate a possible gene transfer between species. This study aimed to examine the evolutionary history of the components of the NER. For this, sequences of UVRA, UVRB, UVRC and XPB were obtained from GenBank by Blast-p, considering 10-15 as cutoff to create a database. Phylogenetic studies were done using algorithms in PAUP programs, BAYES and PHYLIP package. Phylogenetic trees were build with protein sequences and with sequences of 16S ribosomal RNA for comparative analysis by the methods of parsimony, likelihood and Bayesian. The XPB tree shows that archaeal´s XPB helicases are similar to eukaryotic helicases. According to this data, we infer that the eukaryote nucleotide excision repair system had appeared in Archaea. At UVRA, UVRB and UVRC trees was found a monophyletic group formed by three species of epsilonproteobacterias class, three species of mollicutes class and archaeabacterias of Methanobacteria and Methanococci classes. This information is supported by a tree obtained with the proteins, UVRA, UVRB and UVRC concatenated. Thus, although there are arguments in the literature defending the horizontal transfer of the system uvrABC of bacteria to archaeabacterias, the analysis made in this study suggests that occurred a vertical transfer, from archaeabacteria, of both the NER genes: uvrABC and XPs. According the parsimony, this is the best way because of the occurrence of monophyletic groups, the time of divergence of classes and number of archaeabacterias species with uvrABC system

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

A filogenômica estuda os organismos através de análises comparativas das seqüências conservadas presentes em seus genomas visando encontrar alguma justificativa para a origem ou a evolução dos mesmos. Dentre as seqüências com elevado nível de conservação encontram-se os genes de reparo, pois são importantes para a conservação e manutenção da estabilidade genética. Por isso, variações em genes de reparo, como os da via de excisão de nucleotídeos (REN), podem indicar uma possível transferência gênica entre espécies. O presente trabalho teve o objetivo de analisar a história evolutiva dos componentes do REN. Para isso, seqüências de UVRA, UVRB, UVRC e XPB foram obtidas a partir do GenBank por Blast-p, considerando-se 10-15 como limiar, com o fim de criar um banco de dados. Estudos filogenéticos foram feitos utilizando algoritmos presentes nos programas PAUP, BAYES e no pacote PHYLIP. Foram construídas árvores com seqüências protéicas e com seqüências de RNA ribossômico 16S para análises comparativas através dos métodos de parcimônia, verossimilhança e bayesiano. De acordo com a árvore de XPB, as helicases dos eucariotos são similares as das arqueobactérias e apresentam comportamento semelhante ao longo da evolução, ou seja, compartilham um mesmo ancestral. Nas filogenias feitas para cada proteína do sistema uvrABC, foram encontradas três espécies da classe epsilonproteobacterias, três espécies da classe mollicutes e arqueobacterias das classes Methanobacteria e Methanococci formando um grupo monofilético. Esse dado é fortalecido através de uma árvore obtida com as proteínas, UVRA, UVRB e UVRC concatenadas. Assim, embora existam argumentos, na literatura, defendendo a transferência horizontal do sistema uvrABC de bactérias para arqueobactérias, a análise feita neste estudo sugere que a transferência vertical, tendo arquebacterias como origem, tanto do sistema uvrABC quanto dos genes XP, seja o caminho mais parcimonioso, considerando a ocorrência de grupos monofiléticos, o tempo de divergência das classes e o número de espécies e arqueobactérias portadoras dos genes do sistema uvrABC