Extension of the core map of common bean with EST-SSR, RGA, AFLP, and putative functional markers

Microsatellites and gene-derived markers are still underrepresented in the core molecular linkage map of common bean compared to other types of markers. In order to increase the density of the core map, a set of new markers were developed and mapped onto the RIL population derived from the `BAT93` x `Jalo EEP558` cross. The EST-SSR markers were first characterized using a set of 24 bean inbred lines. On average, the polymorphism information content was 0.40 and the mean number of alleles per locus was 2.7. In addition, AFLP and RGA markers based on the NBS-profiling method were developed and a subset of the mapped RGA was sequenced. With the integration of 282 new markers into the common bean core map, we were able to place markers with putative known function in some existing gaps including regions with QTL for resistance to anthracnose and rust. The distribution of the markers over 11 linkage groups is discussed and a newer version of the common bean core linkage map is proposed.

Identification and characterization of a resistance gene analog (RGA) from the Caricaceae Dumort family

The majority of cloned resistance (R) genes characterized so far contain a nucleotide-binding site (NBS) and a leucine-rich repeat (LRR) domain, where highly conserved motifs are found. Resistance genes analogs (RGAs) are genetic markers obtained by a PCR-based strategy using degenerated oligonucleotide primers drawn from these highly conserved "motifs". This strategy has the advantage of the high degree of structural and amino acid sequence conservation that is observed in R genes. The objective of the present study was to search for RGAs in Carica papaya L. and Vasconcellea cauliflora Jacq. A. DC. Out of three combinations of primers tested, only one resulted in amplification. The amplified product was cloned in pCR2.1TOPO and than sequenced using M13 forward and reverse primers. Forty-eight clones were sequenced from each species. The 96 sequences generated for each species were cleaned of vector sequences and clustered using CAP3 assembler. From the GENEBANK, one RGA was identified in C. papaya showing a BlastX e-value of 2x10-61 to the gb|AAP45165.1| putative disease resistant protein RGA3 (Solanum bulbocastanum). To the extent of our knowledge this is the first report of a RGA in the Caricaceae Dumort family. Preliminary structural studies were performed to further characterize this putative NBS-LRR type protein. Efforts to search for other RGAs in papaya should continue, mostly to provide basis for the development of transgenic papaya with resistance to diseases.

Special passcharta öfwer een deel af Österjöön begynnandes ifrån Elsnabben att utwysa Stockholms-Skärgården medh heela cousten intill Gefle, samt och den Finska Skärgården till Åbo jemwäl heela Åland

Julkaisussa: General hydrographisk chart-book öfwer Östersjön och Katte-Gatt till sin raetta figur och stoorleek

O abolicionista : órgão da Sociedade Brasileira contra a Escravidão.

Mode of access: Internet.

Rosen på Tistelön; berättelse från västra skärgården; med illus. af Jenny Nyström-Stoopendaal.

Mode of access: Internet.

An apparatus for in situ spectroscopy of radiation damage of polymers by bombardment with high-energy heavy ions

A new target station providing Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy and residual gas analysis (RGA) for in situ observation of ion-induced changes in polymers has been installed at the GSI Helmholtz Centre for Heavy Ion Research. The installations as well as first in situ measurements at room temperature are presented here. A foil of polyimide Kapton HN (R) was irradiated with 1.1 GeV Au ions. During irradiation several in situ FT-IR spectra were recorded. Simultaneously outgassing degradation products were detected with the RGA. In the IR spectra nearly all bands decrease due to the degradation of the molecular structure. In the region from 3000 to 2700 cm(-1) vibration bands of saturated hydrocarbons not reported in literature so far became visible. The outgassing experiments show a mixture of C(2)H(4), CO, and N(2) as the main outgassing components of polyimide. The ability to combine both analytical methods and the opportunity to measure a whole fluence series within a single experiment show the efficiency of the new setup. (C) 2011 American Institute of Physics. [doi:10.1063/1.3571301]

The expression of Delta NTP73, TATP73 and TP53 genes in acute myeloid leukaemia is associated with recurrent cytogenetic abnormalities and in vitro susceptibility to cytarabine cytotoxicity

TP73 encodes for two proteins: full-length TAp73 and Delta Np73, which have little transcriptional activity and exert dominant-negative function towards TP53 and TAp73. We compared TATP73 and Delta NTP73 expression in acute myeloid leukaemia (AML) samples and normal CD34(+) progenitors. Both forms were more highly expressed in leukaemic cells. Amongst AML blasts, TATP73 was more expressed in AML harbouring the recurrent genetic abnormalities (RGA): PML-RARA, RUNX1-RUNX1T1 and CBFB-MYH11, whereas higher Delta NTP73 expression was detected in non-RGA cases. TP53 expression did not vary according to Delta NTP73/TATP73 expression ratio. Leukaemic cells with higher Delta NTP73/TATP73 ratios were significantly more resistant to cytarabine-induced apoptosis.

Modelització i control d'un reactor de producció d'hidrogen per a l'alimentació de piles de combustible

Les piles de combustible permeten la transformació eficient de l’energia química de certs combustibles a energia elèctrica a través d’un procés electroquímic. De les diferents tecnologies de piles de combustible, les piles de combustible de tipus PEM són les més competitives i tenen una gran varietat d’aplicacions. No obstant, han de ser alimentades únicament per hidrogen. Per altra banda, l’etanol, un combustible interessant en el marc dels combustibles renovables, és una possible font d’hidrogen. Aquest treball estudia la reformació d’etanol per a l’obtenció d’hidrogen per a alimentar piles de combustible PEM. Només existeixen algunes publicacions que tractin l’obtenció d’hidrogen a partir d’etanol, i aquestes no inclouen l’estudi dinàmic del sistema. Els objectius del treball són el modelat i l’estudi dinàmic de reformadors d’etanol de baixa temperatura. Concretament, proposa un model dinàmic d’un reformador catalític d’etanol amb vapor basat en un catalitzador de cobalt. Aquesta reformació permet obtenir valors alts d’eficiència i valors òptims de monòxid de carboni que evitaran l’enverinament d’una la pila de combustible de tipus PEM. El model, no lineal, es basa en la cinètica obtinguda de diferents assaigs de laboratori. El reformador modelat opera en tres etapes: deshidrogenació d’etanol a acetaldehid i hidrogen, reformat amb vapor d’acetaldehid, i la reacció WGS (Water Gas Shift). El treball també estudia la sensibilitat i controlabilitat del sistema, caracteritzant així el sistema que caldrà controlar. L’anàlisi de controlabilitat es realitza sobre la resposta de dinàmica ràpida obtinguda del balanç de massa del reformador. El model no lineal és linealitzat amb la finalitat d’aplicar eines d’anàlisi com RGA, CN i MRI. El treball ofereix la informació necessària per a avaluar la possible implementació en un laboratori de piles de combustibles PEM alimentades per hidrogen provinent d’un reformador d’etanol.

U.S. National Parks and "The Tragedy of the Commons" : A contribution to the characterization of U.S. mountain guides' professional practice

This paper aims at presenting the stakes related to the access to protected land in the United States and to its conservation, through the analysis of the professional practice of U.S. mountain guides. From a methodological standpoint, this research is based both on a theoretical analysis grounded in the field of environmental economics and on an empirical study. The authors' starting point is Garrett Hardin's paper, "The Tragedy of the Commons" (Science, 1968), even if it introduces some confusion on the notion of common goods. So as to avoid this confusion, the authors use two theoretical tools pertaining to a typology of common goods and the different property rights that can be applied in National Parks. Finally, they apply this framework to the observations made on the field in Colorado in July 2009.

Industrie laitière : de la vache à la fromagerie, identification des tâches générant de fortes quantités de bioaérosols

La France possède le plus grand cheptel bovin d'Europe, dont environ la moitié de vaches laitières (82 000 exploitations de vaches laitières avec 45 vaches en moyenne (RGA 2010, agreste)). La forte densité des animaux, l'utilisation de litière d'origine organique (copeaux de bois, paille), la distribution de fourrage sec (foin, grain) et l'accumulation d'excréments génèrent d'énormes quantités de poussières organiques. De plus, la taille des exploitations a tendance à s'agrandir avec une mise à l'herbe des animaux de moins en moins importante et donc une exposition des travailleurs plus importante à la poussière organique. Cette poussière peut être très riche en endotoxines(1) issues de la membrane cellulaire de certaines bactéries. Les effets sur la santé d'une exposition chronique aux endotoxines sont bien connus et concernent principalement des atteintes du système respiratoire (1-4) ainsi que des atteintessystémiques, avec l'apparition d'un état fébrile, lors d'exposition aiguë à de fortes concentrations. La plupart du temps, les études ayant mesuré l'exposition des fermiers aux endotoxines n'ont pas déterminé précisément quelle(s) tâche(s) spécifique(s) ou quelles caractéristiques de l'élevage étaient associées avec la plus forte exposition. Pourtant, une meilleure identification de ces tâches est essentielle à la mise en place de mesures de prévention ciblée. La première étude présentée a analysé, à l'aide d'outils statistiques performants, les déterminants de l'exposition personnelle à la poussière inhalable et aux endotoxines des travailleurs de fermes de vaches laitières. La seconde étude s'est intéressée à l'exposition aux bioaérosols lors des étapes de maturation du fromage. En effet, celle-ci nécessite l'utilisation délibérée de bactéries et de moisissures spécifiques qui sont facilement aérosolisées. L'exposition des travailleurs à ces microorganismes peut être responsable de maladies respiratoires de type allergique (5-7) dont la maladie des laveurs de fromages.

Reliable detection of directional couplings using rank statistics

To detect directional couplings from time series various measures based on distances in reconstructed state spaces were introduced. These measures can, however, be biased by asymmetries in the dynamics' structure, noise color, or noise level, which are ubiquitous in experimental signals. Using theoretical reasoning and results from model systems we identify the various sources of bias and show that most of them can be eliminated by an appropriate normalization. We furthermore diminish the remaining biases by introducing a measure based on ranks of distances. This rank-based measure outperforms existing distance-based measures concerning both sensitivity and specificity for directional couplings. Therefore, our findings are relevant for a reliable detection of directional couplings from experimental signals.

What can spike train distances tell us about the neural code?

Time scale parametric spike train distances like the Victor and the van Rossum distancesare often applied to study the neural code based on neural stimuli discrimination.Different neural coding hypotheses, such as rate or coincidence coding,can be assessed by combining a time scale parametric spike train distance with aclassifier in order to obtain the optimal discrimination performance. The time scalefor which the responses to different stimuli are distinguished best is assumed to bethe discriminative precision of the neural code. The relevance of temporal codingis evaluated by comparing the optimal discrimination performance with the oneachieved when assuming a rate code.We here characterize the measures quantifying the discrimination performance,the discriminative precision, and the relevance of temporal coding. Furthermore,we evaluate the information these quantities provide about the neural code. Weshow that the discriminative precision is too unspecific to be interpreted in termsof the time scales relevant for encoding. Accordingly, the time scale parametricnature of the distances is mainly an advantage because it allows maximizing thediscrimination performance across a whole set of measures with different sensitivitiesdetermined by the time scale parameter, but not due to the possibility toexamine the temporal properties of the neural code.

Análise Económica de quatro explorações Agrícolas na Ilha de Santiago – Cabo Verde

Cabo verde é um País pobre do ponto de vista agrícola, pois as condições edafo-climáticas condicionam o desenvolvimento desse sector. Apesar desses constrangimentos, o sector agrícola desempenha um papel socioeconómico muito importante para o mundo rural, pois contribui significativamente para a melhoraria das condições de vida dos camponeses, diminuir o desemprego rural e estimula a actividade pecuária. Pratica-se em Cabo Verde dois tipos de agricultura: A de sequeiro praticadas sobretudo na época das as águas, e a agricultura de regadio, praticadas na época seca. Apesar das suas limitações sobretudo no que toca a produção de sequeiro, elas são actividades importantes para a população rural cabo-verdiana, pois são através delas que a população rural na sua maioria garante a sua sobrevivência (53,9% das explorações agrícolas, na Ilha de Santiago tem como fonte de rendimento o sector agro-pecuário RGA, 2004). Essa actividade é rotina tanto na época das chuvas com as culturas pluviais como na época seca com as culturas irrigadas, aproveitando as águas subterrâneas. São actividades praticadas por toda a população do meio rural, mas, sem uma análise em termos numéricos dos custos e benefícios que uma exploração agrícola possa trazer para uma família camponesa. Tendo em conta essa situação, a partir de Julho 2009 iniciou-se os trabalhos de inquérito à exploração agrícola privada nas diferentes zonas da Ilha de Santiago com o objectivo de recolher dados que nos permitem: i) caracterizar a exploração agrícola; ii) determinar em termos percentuais a participação de cada sector de actividade no rendimento dos agricultores e analisar a rentabilidade da exploração agrícola cabo-verdiana durante o exercício, 2009/2010. Para isso Foram elaborados os orçamentos anuais de actividades para cada sector, para análise da rentabilidade das actividades agro-pecuária, realizadas durante o período referido.

Relatório de Estimativa da Produção Agro - Pecuário - 2013

Este relatório apresenta a estimativa da produção agropecuária relativamente ao ano 2013. São apresentadas as estimativas de produção de (i) Hortícolas; (ii) Raízes e Tubérculos; (iii) Frutas; (iv) Culturas de Renda; (v) Culturas de Sequeiro; (vi) Produtos Pecuários; e (vii) Produtos Silvícolas. Tem havido grande aumento na produção de hortícolas ao longo dos últimos anos graças às tecnologias mais produtivas, introduzidas na horticultura, nomeadamente: a adopção massiva de novas tecnologias de rega, a ampla utilização de sementes híbridas, o aumento do número de estufas e sistemas hidropónicos instalados, entre outras. Estas tecnologias, conjuntamente com o aumento na disponibilidade de água, têm contribuído para o aumento da produção e para o abastecimento do mercado de forma mais regular, com produtos mais diversificados e de maior qualidade. As estimativas de produção referentes aos últimos 5 anos apontam para uma média à volta de 47.000 toneladas de hortícolas produzidas anualmente, sendo a produção de 2013 estimada em 51.265 toneladas, correspondendo a um aumento de 5% relativamente à produção estimada para 2012. A produção de raízes e tubérculos tem também aumentado consideravelmente. A produção de 2013 é estimada em 27.163 toneladas, equivalente a um aumento de cerca de 25% relativamente ao ano anterior. Refira-se que a importação de raízes e tubérculos nos últimos 5 anos, que se restringe quase que exclusivamente à batata comum, tem registado uma tendência decrescente. Segundo os dados divulgados pelo INE, de 2009 a 2013 a importação de batata comum (fresca) desceu de 9.032 toneladas, em 2009, para 5.238 toneladas, em 2013, ou seja uma diminuição de 42%. Outro dado digno de destaque é a descida contínua no preço médio anual tanto da mandioca como da batata-doce, no mercado nacional, nos últimos 5 anos, embora este último tenha aumentado ligeiramente em 2013.A produção de frutas em 2013 foi estimada à volta de 17.000 toneladas, correspondendo a um aumento de cerca de 4% em relação ao ano precedente. A introdução das culturas de banana “in vitro” a partir de 2009, a introdução de novas tecnologias de rega, novas variedades de papaia e manga bem como o aumento da área cultivada destas frutas em pomar, e o número de plantas fixadas de outras espécies fruteiras, apontam para um acréscimo significativo da produção frutícola nos últimos anos. As intervenções levadas a cabo neste subsector ao longo dos anos têm sido refletidas claramente nas quantidades disponíveis no mercado bem como na baixa dos preços que se tem verificado, principalmente no que diz respeito à banana e à papaia, embora esta última tenha registado uma ligeira subida no preço médio em 2013 (1,27%). Não se faz importação de banana desde 2009, inclusive; a importação de papaia, embora apresentando algumas oscilações, baixou consideravelmente no período 2009 a 2011, voltando porém a subir em 2012 e novamente em 2013, de forma acentuada; a importação de manga também apresenta flutuações, tendo aumentado em 2012 e em 2013. Contudo, as quantidades importadas de papaia e manga são muito reduzidas (48 toneladas e 44 toneladas, respetivamente, em 2013), representando apenas uma ínfima percentagem da oferta total destas frutas ao nível nacional (apenas 1,4% e 2%, respectivamente). Dos contactos que a DSEGI fez as empresas importadoras de manga e papaia obtivemos informação que as mesmas, estão localizadas nas ilhas do Sal e da Boa Vista e, que a quantidade importada se justifica pelo facto, de não existir uma rede de transportes permanente, capaz de dar resposta as necessidades das ilhas turísticas, no que respeita ao escoamento dos produtos, das ilhas de maior produção para as de fraca produção. Entretanto, graças às melhorias registadas na produção hortofrutícola, tem-se verificado que a produção nacional vem conquistando paulatinamente o mercado turístico, tendo as vendas aos hotéis aumentado cerca de dez vezes mais, no período de 2010 a 2013, passando de 57 toneladas para 608 toneladas. Outros produtos como ovos e queijos vêm igualmente conquistando esse mercado, não obstante os problemas de transporte inter-ilhas que continuam constituindo um entrave no escoamento dos produtos agrícolas entre as ilhas. No que toca às culturas de renda, as estimativas da produção anual de uvas apontam para sucessivos aumentos, tendo atingido 346 toneladas em 2013, na maioria destinada à produção de vinhos. A produção de café sofreu uma diminuição em 2013, à volta de 30%, relacionada com a problemática da safra/contrassafra. A produção estimada de cana-de-açúcar manteve-se estável em 28.375 toneladas. Os produtos tradicionais de sequeiro, milho e feijões, dependentes da aleatoriedade das chuvas, sofreram um ligeiro decréscimo em 3013, respetivamente 3,6% e 0,1%. Os produtos pecuários cujas estimativas de produção baseiam-se em dados que carecem de atualização (dados sobre o número de efectivos que remontam ao RGA 2004, e coeficientes zootécnicos provenientes do Plano Director da Pecuária), apresentam ligeiros aumentos na produção estimada para 2013, com excepção da produção de ovos em que os dados fornecidos pelos produtores indicam uma ligeira diminuição à volta de 3% (alguns produtores justificam a diminuição da produção pela falta de transportes inter-ilhas). A seguir se apresenta um resumo dos resultados da estimativa de produção 2013.

Plano de Acção para o Desenvolvimento de Agricultura da Ilha de são Nicolau 2009-2012

A Republica de Cabo Verde é um arquipélago saheliano de 10 ilhas, do qual 8 são habitadas, com uma superfície de 4.033 Km², situada no Oceano Atlântico a cerca de 500 Km a Oeste da costa do Senegal. O clima é do tipo tropical seco. As duas estações são as ditas “estação das chuvas” que vai de Agosto a Outubro e “estação seca” (ou dos ventos) que vai de Dezembro a Junho. A pluviometria é fraca e muito aleatória em todo o País. O arquipélago é caracterizado por factores de vulnerabilidade estrutural: insularidade, descontinuidade do território, persistência da seca, fragilidade dos ecossistemas e escassez dos recursos naturais nomeadamente água e terra arável. A área total cultivável é de 44.531 ha, ( RGA 2004) da qual 99,6% pertence às explorações agrícolas familiares. Desta área, 90,8% são terras de sequeiro, 7,8% de regadio e 1,3% de regadio e sequeiro. A produção alimentar em Cabo Verde cobre apenas 10 a 15 % das necessidades alimentares do país. De acordo com ISVAF 2005, 20 % das famílias no meio rural sofrem de insegurança alimentar e as principais ilhas agrícolas (Santiago, Santo Antão e Fogo) encontram-se nos grupos mais afectados, devido a dependência da agricultura de sequeiro marcada pela incerteza e a falta de capacidade de diversificação de fontes de rendimentos. Em 2007 a população residente de Cabo Verde foi estimada em 491.419, sendo 51,6% mulheres e 60% com idade inferior a 25 anos. A capital é a cidade da Praia, com 25 % da população, localizada na ilha de Santiago, ilha onde se concentra mais de metade da população do País. A urbanização aumentou de forma substancial nos últimos anos, passando de 54% em 2000 para 60% em 2007. A taxa de crescimento anual médio natural é 1,93 e a densidade média da população é de 124 hab/Km². O índice de fecundidade é de 2,89 crianças por mulher. A população agrícola é predominantemente feminina, constituindo 52,3% do total. As explorações agrícolas familiares, mais de metade (50.5%) são chefiadas por mulheres. Mais de metade dos chefes das famílias agrícolas caboverdianas têm idades a partir dos 44 anos. Cabo Verde é tradicionalmente um país de emigração, verificando-se contudo uma diminuição dos fluxos, devido às restrições impostas pelos países de acolhimento tradicionais. Cabo Verde tem tido um crescimento económico anual médio de 5,7% no período 2000-2005, atingindo 10,8% em 2006 e para 2007 as projecções indicam um crescimento de 7%. A economia é dominada pelo sector dos serviços mais de 70% do PIB em 2006, orientada essencialmente para o mercado interno, o sector secundário (industria e construção) representa cerca de 16,9%, enquanto que o sector primário, fortemente condicionado pela fraqueza dos recursos naturais e pelas aleatoriedades climáticas representa 9,0%. A taxa de crescimento real do Produto Interno Bruto (PIB) foi em média superior a 5,5% por ano entre 2001 e 2006. A taxa media de inflação é da ordem de 2,5%. A taxa de desemprego em 2007 é de 21,7% contra 24,0% em 2005. De realçar a taxa de desemprego entre as mulheres ser o dobro que os homens, 25,7% e 18% respectivamente e 41,8% dos desempregados são jovens com idade compreendida entre os 15-24 anos (QUIBB 2007,INE). O nível da pobreza em Cabo Verde diminuiu em cerca de 10 pontos percentuais passando de 36,7% em 2001/02 para 26,6% em 2007, dos quais 33,0% mulheres e 21,3% homens chefe do agregado familiar (QUIBB 2007). Essa diminuição é mais acentuada no meio urbano do que no meio rural 12 e 7 pontos percentuais respectivamente. Contudo a situação de pobreza em Cabo Verde continua significativa e decorre essencialmente da fragilidade do tecido produtivo e da sua fraca capacidade de gerar emprego, rendimentos e bem estar às populações. Aspecto género, as mulheres representam 51,6% da população do país. Cabo Verde já atingiu a igualdade de género no que se refere ao acesso hoje ao ensino básico, mas ainda há desigualdades subsistentes. Segundo dados do QUIBB, cerca de 34% dos chefes de agregado familiar não sabem ler nem escrever, o analfabetismo tem maior incidência entre os chefes do agregado do sexo feminino (49%) do que entre os do sexo masculino (23%). A integração da abordagem de género em Cabo Verde tem sido um desafio face às percepções sócio-culturais ainda subsistentes na sociedade e que muitas vezes constituem entrave ao desenvolvimento, formulação e implementação de políticas, mesmo tendo um contexto legal favorável, já que a Constituição da República como o Código Penal, a Lei Eleitoral, o Código Laboral e o Código da Família consagram a igualdade de género, tendo sido realizados progressos consideráveis nos últimos anos muito em especial na área da educação.