Crescimento de larvas de Sardina pilchardus e Engraulis encrasicolus e dieta de Sardina pilchardus na Baía de Biscaia (NE Atlântico)

Dissertação de mest., Aquacultura e Pescas (Pescas), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Júdice Fialho, o maior industrial conserveiro do Algarve

A figura mais notável da História da Indústria Conserveira no Algarve, foi sem sombra para dúvidas João António Júdice Fialho, um homem inteligente e empreendedor, que nas primeiras décadas do século XX conseguiu conquistar os principais mercados europeus com as suas conservas de atum e de sardinha, mas também com as suas massas alimentícias, compotas e marmeladas. Foi dos poucos industriais das pescas que há mais de um século atrás soube visionar o conceito de globalização à escala atlântica, investindo na aquisição de modernos meios de transformação industrial do pescado, cujos avultados lucros lhe permitiram diversificar a produção e reinvestir noutros segmentos de mercado.

Biologia pesqueira e dinâmica populacional de Diplodus vulgaris (geoffr.) e Spondyliosoma cantharus (L.) (pisces, sparidae) na costa sudoeste de Portugal

As espécies da família Sparidae ocupam um lugar de destaque na actividade pesqueira da Costa Sudoeste de Portugal, sendo das principais subsidiárias da pesca artesanal nesta região. Com o presente trabalho pretendeu-se clarificar aspectos básicos da biologia de dois esparídeos, Diplodus vulgaris (safia) e Spondyliosoma cantharus (choupa), nas áreas da ecologia alimentar, reprodução, idade, crescimento e mortalidade; estimar os parâmetros de selectividade das artes de pesca mais importantes sobre estas espécies e avaliar preliminarmente o estado da pescaria destes dois esparídeos. Para atingir estes objectivos cumpriu-se um plano de amostragem de frequências de comprimento nas lotas de Sagres e Sines, de Julho de 1992 a Março de 1994; estudos laboratoriais com amostras recolhidas em Sagres de Dezembro de 1992 a Março de 1994 e um estudo de selectividade de aparelho de anzol e redes de emalhar realizado em 1997/98. Os hábitos alimentares foram estudados a partir da análise de conteúdos estomacais, utilizando-se 3 métodos de avaliação da composição da dieta, 5 índices combinados da bibliografia e 3 propostos. Da análise comparativa entre os vários índices concluiu-se que o índice de importância relativa (IRI) e o índice de alimentação ponderado (IPO2) serão os mais adequados para descrever as dietas destas espécies. Registaram-se elevados coeficientes de vacuidade, motivados em grande parte pela natureza da arte de pesca. A dieta de D. vulgaris é composta essencialmente por ofiurídeos, poliquetas, anfípodes e equinóides, enquanto que S. cantharus consome principalmente poliquetas, anfípodes e hidrozoários. As duas dietas são significativamente diferentes, principalmente pelo maior consumo de equinodermes no caso de D. vulgaris. A estrutura e dimensões da boca nestes esparídeos são distintas, podendo influenciar o seu comportamento trófico. À semelhança de grande parte dos esparídeos, D. vulgaris e S. cantharus são espécies bentívoras, que adoptam uma estratégia alimentar generalista, com fortes afinidades com o alimento disponível no meio. Da análise do ciclo reprodutivo verificou-se que as épocas de postura são extensas: D. vulgaris: Dezembro a Março com maior intensidade em Janeiro/Fevereiro; S. cantharus: Fevereiro a Abril, com máxima intensidade em Março. Não existiram diferenças significativas na proporção entre os sexos (M:F = 1.01) ao longo do ano e por tamanho em D. vulgaris, enquanto que em S. cantharus as fêmeas foram mais abundantes ao longo do ano (M:F=0.57) e nas classes de comprimento inferiores. Os tamanhos de 1ª maturação (L50%) para o conjunto dos sexos e indivíduos indeterminados foram de: D. vulgaris, 18.33 cm, não existindo diferenças significativas entre machos e fêmeas; S. cantharus, 20.10 cm, existindo diferenças significativas entre machos (22.41 cm, TL) e fêmeas (19.98 cm, TL). Os tamanhos de 1ª maturação estimados foram consideravelmente superiores aos tamanhos mínimo legais de desembarque (TML) em Portugal, para D. vulgaris (TML=15.0 cm) e ligeiramente inferiores no caso de S. cantharus (TML=23 cm). A fecundidade média absoluta (Fa) e a fecundidade relativa (Fr) foram de: D. vulgaris - Fa = 131127 ovos; Fr = 526 ovos/g; S. cantharus - Fa = 61396 ovos; Fr = 346 ovos/g. As relações entre a fecundidade absoluta e o comprimento total (TL) e o peso somático (SW) foram as seguintes: D. vulgaris: Fa = 0.1853TL4.1903; Fa = 57.715SW1.4067; S. cantharus: Fa = 436.27TL1.5747; Fa = 2979.7SW0.585. A estratégia reprodutiva destas espécies é caracterizada por hermafroditismo, rudimentar com eventual protândria parcial em D. vulgaris e protogínia em S. cantharus. A determinação da idade foi efectuada pela análise de estruturas duras, otólitos para D. vulgaris e otólitos e escamas para S. cantharus. As estimações do comprimento à idade ajustaram-se bem ao modelo de Von Bertalanffy. De entre os métodos de estimação dos parâmetros de crescimento, escolheu-se o ajuste não linear aplicado a todos os pares de comprimentos à idade, sendo esta corrigida pela data de captura. Para além do maior rigor desta análise, os resultados produzidos foram considerados os mais aproximados da realidade: D. vulgaris (otólitos): L=28.1 cm K=0.30 ano-1 e t0= -1.618 anos (validade: 12.5-30.5 cm; 1-10 anos); S. cantharus (escamas): L=35 cm, K=0.32 ano-1 e t0=-0.481 anos (validade: 14.3-33.5 cm; 1-9 anos). A análise de distribuição de frequências de comprimento, apresentou um L mais próximo da realidade: L=39.6 cm, K=0.32 ano-1 e t0=-0.481 anos (D. vulgaris); L=40.0 cm, K=0.24 ano-1 e t0=-0.646 anos (S. cantharus). As relações peso-comprimento de D. vulgaris e S. cantharus para a Costa Sudoeste foram do tipo potencial W=a Lb, sendo definidas pelos seguintes parâmetros: a=0.0223 e b= 2.895, r2=0.89 (D. vulgaris); a=0.0106 e b= 3.085, r2= 0.89 (S. cantharus). Os valores de mortalidade natural (M), estimados por métodos indirectos, para D. vulgaris e S. cantharus foram de 0.39 e 0.30 ano-1, respectivamente. O valor de M de esparídeos pode ser estimado preliminarmente mediante a utilização de uma regressão multilinear que integra as três variáveis (M, K e L): M = -0.162 + 1.714K + 0.00273L (r2=0.77). A análise das curvas de captura permitiu obter os seguintes valores de mortalidade total (Z): D. vulgaris: Z=0.642 (otólitos) e 0.727 ano-1 (frequências de comprimento); S. cantharus: Z=0.676 (escamas) e 0.576 ano-1 (frequências de comprimento). As artes de pesca mais importantes para D vulgaris e S. cantharus e para a região considerada são, por ordem de grandeza, o aparelho de anzol e redes de emalhar, e em menor escala a arte do cerco. Os esparídeos diversos e dentro destes a choupa, que deveria ser discriminada nas estatísticas oficiais, constituíram os únicos esparídeos que apresentaram uma evolução com tendência negativa de 1987 a 1998. A estrutura demográfica de desembarques de safia é caracterizada por cerca de 86.9 % indivíduos entre 20.5 a 27.5 cm (2 a 6 anos), enquanto que para a choupa, 85.0% dos indivíduos desembarcados estão compreendidos entre 21.5 e 27.5 cm (2 a 6 anos). No estudo de selectividade foram realizadas 40 pescas experimentais em que se testaram 4 tamanhos de anzol (nº11, 12, 13 e 15) e de malha (80, 70, 60 e 50mm). D. vulgaris e S. cantharus são das espécies mais abundantes na pescaria com aparelho de anzol, tendo uma representação inferior quer em termos relativos, quer absolutos nas capturas das redes de emalhar. Existiu um decréscimo geral das taxas de captura com o tamanho do anzol e uma maior eficiência para os tamanhos intermédios da malha nas redes de emalhar. Paralelamente, existiu para ambas as espécies uma sobreposição de comprimentos médios com o tamanho dos anzóis e uma separação clara de comprimentos médios de ambas as espécies com a malhagem. Adoptaram-se, com bom ajuste, uma curva de selectividade do tipo logística para o aparelho de anzol e normal para as redes de emalhar, para ambas as espécies. Atendendo a uma eventual revisão dos tamanhos mínimos legais de desembarque, em função dos tamanhos de primeira maturação e à estrutura das capturas, as malhas de 70 e 80mm são as mais adequadas na pescaria de D. vulgaris e S. cantharus, respectivamente. O anzol número 13 será o mais apropriado a D. vulgaris, dada a pouca praticabilidade do anzol 15. Em relação a S. cantharus o anzol nº 11 apresenta a menor proporção de indivíduos com tamanho ilegal, sendo então o mais indicado à pescaria desta espécie. Para o aparelho de anzol e de acordo com os modelos de rendimento por recruta a pescaria de safia processa-se de forma moderada, a níveis inferiores a uma taxa de exploração máxima (Emax) suportável pelo "stock". A pescaria de choupa apresenta indícios de uma exploração intensa, próxima dos valores máximos comportados pelo "stock". Uma alteração nos valores actuais da taxa de exploração e/ou de comprimento de 1ª captura terá de ter em consideração o carácter multiespecifico desta pescaria. Visando a gestão destes recursos pesqueiros, dever-se-á controlar principalmente o nível do esforço de pesca praticado e rever os tamanhos mínimos de desembarque, de modo a evitar que esta pescaria entre numa fase de sobreexploração. O estabelecimento de reservas marinhas e de recifes artificiais poderá ser um contributo para uma exploração pesqueira sustentada e para a conservação da biodiversidade.

Dietary biodiesel-derived crude glycerol in gilthead seabream juveniles (Sparus aurata): effects on growth performance and metabolism

In the European Union the turn towards renewable energy sources has increased the production of biodiesel from rapeseed oil, leaving glycerol (also known as glycerin) as a valuable by-product. For every litre of biodiesel produced, approximately 79 g of crude glycerol are generated. As the biodiesel production grows, the quantity of crude glycerol generated will be considerable and its utilization will become an urgent topic. One possibility is the use of crude glycerol on animal feeds. Glycerol has been evaluated as a dietary energy source for several farm animals, including fish. A study was undertaken to assess the effect of dietary biodiesel-derived glycerol (from rapeseed oil) on the overall growth performance, digestive capacity and metabolic nutrient utilization in juvenile gilthead seabream fed a low fishmeal level diet. Two practical diets were formulated to be isonitrogenous (crude protein, 45.4% DM), isolipidic (18.5% DM) and isoenergetic (gross energy, 21.3 kJ/g DM). The control diet (CTRL) was formulated with intermediate levels of marine-derived proteins (19%). In the same basal formulation, 5% glycerol (GLY) was incorporated at the expenses of wheat. Each dietary treatment was tested in triplicate tanks over 63 days, with 20 gilthead seabream (Sparus aurata), with a mean initial body weight (IBW) of 27.9  0.12 g. At the end of the trial, fish fed the CTRL diet reached a final body weight of 84.3  2.2 g (more than 3-fold increase of initial body weight). Fish fed the GLY diet showed a significantly higher (P<0.05) growth, expressed in terms of final body weight and specific growth rate. Voluntary feed intake was similar between the two treatments, but both feed efficiency and protein efficiency ratio were significantly improved (P<0.05) in fish fed the GLY diet. Dietary glycerol had no effect (P>0.05) on the apparent digestibility of protein. In comparison to the control treatment, dietary glycerol significantly improved (P<0.05) protein and fat retention. Activities of digestive enzymes were significantly affected by the various dietary treatments. Fish fed the GLY diet showed an enhanced activity of alkaline phosphatase (ALP) and pepsin, while activities of lipase and leucine-alanine peptidase (LAP) were little affected by dietary glycerol. Fish show the ability to use crude glycerol as a dietary energy substrate.

An integrated and comparative approach to genetic selection of the aquaculture species Dicentrarchus labrax

The European sea bass, Dicentrarchus labrax, is one of the most important marine species cultivated in Southern Europe and has not benefited from selective breeding. One of the major goals in the sea bass (D. labrax) aquaculture industry is to understand and control the complexity of growth associated traits. The aim of the methodology developed for the studies reported in the thesis was not only to establish genetic and genomic resources for sea bass, but to also develop a conceptual strategy to efficiently create knowledge in a research environment that can easily be transferred to the aquaculture industry. The strategy involved; i) establishing an annotated sea bass transcriptome and then using it to, ii) identify new genetic markers for target QTL regions so that, iii) new QTL analysis could be performed and marker based resolution of the DNA regions of interest increased, and then iv) to merge the linkage map and the physical map in order to map the QTL confidence intervals to the sea bass genome and identify genes underlying the targeted traits. Finally to test if genes in the QTL regions that are candidates for divergent growth phenotypes have modified patterns of transcription that reflects the modified whole organism physiology SuperSAGE-SOLiD4 gene expression was used with sea bass with high growth heterogeneity. The SuperSAGE contributed to significantly increase the transcriptome information for sea bass muscle, brain and liver and also led to the identification of putative candidate genes lying in the genomic region of growth related QTL. Lastly all differentially expressed transcripts in brain, liver and muscle of the European sea bass with divergent specific growth rates were mapped to gene pathways and networks and the regulatory pathways most affected identified and established the tissue specific changes underlying the divergent SGR. Owing to the importance of European sea bass to Mediterranean aquaculture and the developed genomics resources from the present thesis and from other studies it should be possible to implement genetic selection programs using marker assisted selection.

Estrutura de comunidades de peixes, amostradas por SVSI - sistema de vídeo subaquático iscado, na Costa Sul de Portugal

Desenvolveu-se um Sistema de Vídeo Submerso Iscado (SVSI) viavelmente adaptado para caracterizar comunidades de peixes do substrato rochoso subtidal (forma não-destrutiva e não-invasiva), entre 5 e 50 metros, na costa sul de Portugal (Algarve). Entre Junho e Julho de 2013, amostraram-se 15 pontos na zona Greta (Praia de Faro), divididos em 3 Amostragens (A1, A2, A3) com isco sardinha, mexilhão e sem isco. Captaram-se foto-sequências de intervalo 1 segundo durante 60 minutos e as imagens resultantes processadas qualitativa e quantitativamente para obtenção de resultados. Registaram-se 32 espécies no total. Os tempos de entrada do 1º indivíduo de cada espécie permitiram aferir 30 minutos máximos de filmagem SVSIs para resultados viáveis, enquanto abundâncias por número de indivíduos comprovaram o isco sardinha como mais eficaz e com maior poder atrativo (do que mexilhão). As espécies Coris julis, Diplodus vulgaris, Diplodus cervinus, Diplodus sargus e Serranus cabrilla foram as mais interventivas no estudo, cujo intervalo de tempo entre contagens se adequou em 30 segundos. O estudo de índices de abundâncias e Nmax mostraram não existirem diferenças entre as comunidades ictiológicas de cada tipo de iscagem, contudo existem diferenças dentro da comunidade geral em si do substrato rochoso. A análise alimentar pelo menor tempo de 1ª alimentação indicou Coris julis, Diplodus vulgaris, Serranus cabrilla e Octopus vulgaris como as espécies mais rápidas a morder os iscos. No geral, 69% das espécies preferiram isco sardinha. Comportamentos como a passagem esporádica, territorialidade e interações com a câmara foram as ações dominantes na análise comportamental. Esta técnica e respetiva metodologia foram o primeiro estudo do género nesta região, que de forma simples, se mostrou uma boa ferramenta metodológica para estudos marinhos sobre comunidades, suas preferências alimentares, abundâncias e tempos de reação, aconselhando-se o seu desenvolvimento tecnológico e melhoramento metodológico analítico dos resultados no futuro.

The effect of conservation measures on the spatial and temporal variation of rocky fish assemblages in the Arrábida Marine Park

Marine protected areas (MPAs) have been widely proposed for conservation purposes and as a tool for fisheries management. The Arrábida Marine Park is the first MPA in continental Portugal having a management plan, fully implemented since 2009. The main objective of this study was to evaluate the effect of protection measures on rocky reef fish assemblages and target invertebrates through before-after and control-effect (no-take vs. fished areas) underwater visual surveys and analysis of landings trends. Second, we used surveys before, during and after implementation of the management plan to understand fishers‟ preferences for fishing grounds and adaptation to the new rules, and evaluated the reserve effect through analysis of both ecological responses and fishing effort density. Third, we identified the main oceanographic drivers influencing the structure of reef fish assemblages and predicted the community structure for the last 50 years, in light of climatic change. Overall results suggest positive responses in biomass but not yet in numbers of some commercial species, with no effects on non-target species. The reserve effect is reinforced by the increase in landings of commercial species, despite increased fishing effort density in some areas, especially with octopus traps. Fishing grounds are mainly chosen based on the distribution of target species and associated habitats, but distance to port, weather conditions and safety also influence fishers‟ choices. Moreover, different fisheries respond differently to the protection measures, and within each fishery, individual fishers show distinct strategies, with some operating in a broader area whereas others keep preferred territories. Our results also show that wind stress and temperature are the main oceanographic drivers for rocky reef fish assemblages, with tropicalization of assemblages and polewards movements of species over the last 50 years consistent with temperature trends. We believe this study provides significant lessons for marine conservation and management of coastal systems.

Recreational shore fishing in southern Portugal: biological and socio-economic aspects and perspectives for management

Although overfishing is a concern for many fish stocks, it was for a long time only associated with commercial fishing exploitation, with less or no attention being given to the recreational fisheries. Recent research has shown however that the impact of recreational fishing on particular species can be considerable, and that the recreational harvest needs to be taken into account if fisheries are to be accurately assessed and effectively managed. In Portugal, the first recreational fishing regulations were only recently implemented. However, mirroring other European countries, regulations lacked scientific support, and specific knowledge of the activity was limited to a few studies with limited coverage. This thesis aimed to characterize the biological and socioeconomic aspects of the recreational shore angling activity in southern Portugal, to investigate whether the regulations in place were adequate and effective, and to provide recommendations for improved management and conservation of the inshore fisheries resources. A combined aerial-roving survey was conducted to gather data on fishing effort, catch, fishing trips and socioeconomic aspects (including anglers’ perceptions of regulations) of the recreational angling activity. The analysis of anglers’ catches suggested that compliance with daily bag limits was high, with less than 0.5% of creels exceeding the 10 kg angler-1 day-1 bag limit. Overall, 11.5% of the retained fishes were undersized, but non-compliance with minimum size limits was found to be high for some species (e.g. seabass, 73% undersized). In terms of the impact of recreational shore angling, the total estimated catches corresponded to less than 1% of the commercial landings for the same period (shared species). However, shore angling catches for white sea bream (Diplodus sargus) were found to be considerable, corresponding to 65% of the commercial landings (39.4% of total catch). In terms of anglers’ perceptions about the recreational fishing regulations in Portugal, the present study has shown that the majority of anglers accepted the existence of some kind of SRF regulations, but in general there was a partial or total disagreement with the recreational fishing restrictions recently put in place. Most anglers perceived themselves as not being involved in the decision-making process and claimed that some restrictions lacked a meaningful rationale (e.g. prohibition of fishing from piers/jetties). Fishers’ awareness with regard to specific aspects of the restrictions (such as the rationale for minimum size limits) was found to be very limited. During the same period, catches from sport fishing competitions were examined to test for differences with the recreational activity in terms of catches, and evaluate long term trends in catch and mean size of fish. Catches of the sport fishing competitions were found to be different from those observed for recreational fishing, being dominated by different species (e.g. garfish, mullets), and suggesting different fishing strategies of the the two types of anglers. High percentages of undersized fish were observed to be captured (and retained) during the competitions (in particular seabass, with 100% undersized), probably as a result of a single allowable minimum size (AMS) of 15 cm for all species in use in competitions. Lastly, catch and release fishing experiments were carried out to assess post-release mortality of three recreationally important species: two banded sea bream Diplodus vulgaris; black sea bream Spondyliosoma cantharus; and gilthead sea bream Sparus aurata. Post-release mortalities were found to be low (0-12%). The main predictor of mortality for Sparus aurata was anatomical hooking location, with 63% of the fishes that died being deeply hooked. The results support the release of fish, either from mandatory (e.g. minimum landing sizes) or voluntary practices. In summary, this thesis has demonstrated that the impact of recreational fishing for particular species is significant and needs to be taken into account for more effective management and stock assessment purposes. It has also highlighted several management issues that should be addressed in order to promote more adequate regulations in the future and prevent noncompliance issues. A periodic monitoring of the recreational fishing activity including all fishing modes (i.e. spear fishing, boat, and shore angling) would also be beneficial to ensure a timely knowledge on the global recreational fishing activity and support future management actions.

The importance of the pelagic larval phase of the wedge shell Donax trunculus (L.): implications for the management of the fishery

The wedge shell, Donax trunculus, inhabits high energy environment of exposed sandy beaches from the Atlantic coast of France to Senegal. Like all Donacidae, it is relative small, flat-shaped with elongated solid shells. It is a highly demanded and valuable species mainly in Algarve, with the dredge fleet increasing the pressure on species stocks. In 1986 the Portuguese Institute for the Ocean and Atmosphere (IPMA) initiated a bivalve survey program to evaluate the stock status of species with economical valuable but always on the adult population. Since then, several managing measures were implemented to guarantee bivalves’ sustainable exploitation. Despite the available information on the abundance and distribution of the wedge shell along the Algarve coast, no information on the larval planktonic phase is available. To fill in this gap, the present study aimed at obtaining, for the first time information on the broodstock condition and on the pelagic phase of the wedge shell in the Algarve coast.

A produção de culturas ao ar livre em modo de produção biológico, no Algarve: um diagnóstico do sector e contas de cultura

Dissertação de mestrado, Hortofruticultura, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Assessing soil erosion due to land use change at the Alqueva reservoir surrounding area

Tese de doutoramento, Ciências do Mar, da Terra e do Ambiente, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Otimização da fragmentação e dos processos de fixação na reprodução assexuada do coral mole Sarcophyton sp.

Dissertação de mestrado, Aquacultura e Pescas (Aquacultura), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Relatório de atividade profissional

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Contamination of farmed gilthead sea bream (Sparus aurata, Linnaeus, 1758) by the parasite Amyloodinium ocellatum: a proteomic approach

Dissertação de mestrado, Aquacultura e Pescas, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Uniersidade do Algarve, 2015

Study of the expression of different genes of long-chain polyunsaturated fatty acids (LC-PUFA) metabolism during the early paralarval development of the common octopus (Octopus vulgaris)

Dissertação de mestrado, Aquacultura e Pescas, Faculdade de Ciências e Tecnologias, Universidade do Algarve, 2015