Efeitos genotóxicos e indução do SOS em mutantes derivados de Escherichia coli K-12 durante o processo de interação com superfícies bióticas e abióticas

A célula epitelial é o primeiro contato entre os micro-organismos e o hospedeiro. Essa interação pode levar a produção de diversas citocinas, quimiocinas, moléculas inflamatórias e também estimular a geração de espécies reativas de oxigênio (ERO). Neste trabalho avaliamos se a interação com as células HEp-2 poderia ser genotóxica para os mutantes derivados de Escherichia coli K-12 deficientes em algumas enzimas que fazem parte do sistema de reparo por excisão de base (BER). Além disto, avaliamos a expressão do sistema SOS, que é induzido pela presença de danos no genoma bacteriano. Os resultados obtidos mostraram a presença de filamentos, na interação com células HEp-2, principalmente, no mutante xthA (BW9091) e no triplo mutante xthA nfo nth (BW535). Quando a interação foi quantificada na ausência da D-manose, observamos um aumento das bactérias aderidas. Além disto, a quantidade e o tamanho dos filamentos também aumentaram, mostrando que as adesinas manose-sensíveis estavam envolvidas na filamentação bacteriana. Para comprovar se o aumento da filamentação observada neste ensaio foram uma consequência da indução do sistema SOS, desencadeada pela interação com as células HEp-2, quantificamos a expressão do SOS, na presença e na ausência da D-manose. De fato, observamos que a indução do SOS na ausência da D-manose foi maior, quando comparada, com o ensaio realizado na presença de D-manose. Além disto, observamos que a ausência de xthA foi importante para o aumento da filamentação observada na ausência de D-manose. Diante destes resultados, verificamos se a resposta de filamentação ocorreria quando as bactérias interagiam com uma superfície abiótica como o vidro. Observamos também inúmeros filamentos nos mutantes BER, BW9091 e BW535, quando comparados a cepa selvagem AB1157. Essa filamentação foi associada à indução do SOS, em resposta a interação das bactérias com o vidro. Em parte a filamentação e a indução do SOS observadas na interação ao vidro, foram associadas à produção de ERO. Quantificamos também o número de bactérias aderidas e observamos que as nossas cepas formavam biofilmes moderados. Contudo, a formação de biofilme dependia da capacidade da bactéria induzir o sistema SOS, tanto em aerobiose como em anaerobiose. A tensão do oxigênio foi importante para interação dos mutantes BER, uma vez que os mutantes BW9091 e BW535 apresentaram uma quantidade de bactérias aderidas menor em anaerobiose. Contudo, a diminuição observada não estava vinculada a morte dos mutantes BER. Também realizamos microscopia de varredura na cepa selvagem e nos mutantes, BW9091 e BW535 e confirmamos que as três cepas formavam biofilmes tanto em aerobiose como em anaerobiose. Observamos uma estrutura sugestiva de matriz extracelular envolvendo os biofilmes da cepa selvagem AB1157 e do mutante BW9091. No entanto, a formação desta estrutura por ambas as cepas dependia da tensão de oxigênio, pois nos biofilmes formados em anaerobiose essa estrutura estava ausente. Em conclusão, mostramos que na interação das bactérias com a superfície biótica e abiótica, ocorreu lesão no genoma, com indução do SOS e a resposta de filamentação associada.

Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa

O objetivo deste trabalho foi desenvolver um oligonucleotídeo iniciador para reação em cadeia da polimerase (PCR) específico para as estirpes de Xylella fastidiosa que causam o mal de Pierce (PD) em videira (Vitis vinifera). Amplificações de DNA de 23 diferentes hospedeiros, usando o conjunto de oligonucleotídeos REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') e REP 2 (5'-ICGICTTATCI GGCCTAC-3') utilizando o programa: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produziu um fragmento de 630 pb que diferenciou as estirpes de videiras dos demais. Entretanto, padrões de bandeamento REP não são considerados confiáveis para detecção devido ao par de oligonucleotídeos REP 1 e REP 2 corresponderem a seqüências repetitivas encontradas por todo o genoma bacteriano. Desse modo, o produto amplificado de 630 pb foi eluído do gel de agarose, purificado e seqüenciado. A informação da seqüência nucleotídica foi usada para identificar e sintetizar um oligonucleotídeo específico para o isolado de X. fastidiosa causadora do mal de Pierce denominado Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3'), que foi utilizado juntamente com o oligonucleotídeo REP-2 nas condições 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. Os DNAs das estirpes de X. fastidiosa de outros hospedeiros [amêndoa (Prumus amygdalus), citros (Citrus spp.), café (Coffea arabica), olmo (Ulmus americana), amora (Morus rubra), carvalho (Quercus rubra), vinca (Catharantus roseus), ameixa (Prunus salicina) e ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] e de bactérias Gram negativas e positivas foram submetidos a amplificação com o conjunto de oligonucleotídeos Xf-1/REP 2. Um fragmento, de aproximadamente 350 pb, foi amplificado apenas com o DNA de X. fastidiosa isolada de videira.

Mapeamento global de interações proteicas nas vias de sinalização mediadas por c-di-GMP de Pseudomonas aeruginosa

A persistência bacteriana correlacionada à formação de biofilmes bacterianos é, há algum tempo, fonte de grande preocupação médica em virtude de sua ampla associação com a dificuldade de tratamento de infecções crônicas. Por outro lado, as perspectivas de utilização de biofilmes bacterianos em novas aplicações biotecnológicas e até mesmo para fins terapêuticos são promissoras. Há, portanto, grande interesse em compreender os mecanismos que levam as células bacterianas a deixar o estado planctônico, de vida livre, e associarem-se nesses conglomerados celulares altamente complexos. Ao longo das últimas décadas, o segundo mensageiro c-di-GMP – em conjunto com as moléculas que catalisam sua síntese (diguanilato ciclases) e sua degradação (fosfodiesterases) e seus receptores – estabeleceu-se como um elemento central de regulação de uma série de respostas celulares que determinam a formação ou a dispersão de biofilmes. Curiosamente, as proteínas que participam do metabolismo deste segundo mensageiro estão, frequentemente, codificadas múltiplas vezes em um mesmo genoma bacteriano. Em vista dessa observação, estudos mais recentes apontam que, para reger paralelamente uma variedade tão ampla de fenótipos, este sistema opera em modo de alta especificidade de sinalização e que, portanto, o sinal metabolizado por determinados conjuntos de diguanilato ciclases e fosfodiesterases tem alvos celulares específicos. Evidências robustas, porém isoladas até o momento, apontaram que um dos meios pelo qual ocorre a segregação entre sinal produzido e alvo específico é a interação direta entre as proteínas componentes das vias de sinalização. Mais, demonstrou-se que, em algumas vias, a transmissão de sinal ocorre exclusivamente via interação proteica, dispensando a intermediação do sinalizador em si. Para avaliar a validade e relevância global deste mecanismo, propôs-se, neste estudo, a investigação da rede total de interações entre as proteínas tipicamente associadas às vias de sinalização por c-di-GMP em Pseudomonas aeruginosa, utilizando ensaios de duplo-hibrido bacteriano. Para tanto, foram construídas duas bibliotecas de DNA direcionadas e foram feitos testes de interação de forma estratégica para possibilitar o esgotamento e averiguação de todas as possíveis interações entre as proteínas alvo identificadas. O resultado obtido, um mapa inicial, porém abrangente, da rede de interações proteicas em P. aeruginosa, indica uma grande probabilidade de que os mecanismos previamente descritos sejam realmente recorrentes e relevantes para o intermédio da sinalização nesse organismo. Algumas das interações mais robustas encontradas são bastante interessantes e serão, em estudos futuros, mais extensivamente estudadas.

Evaluación del efecto de cal y urea en la sobrevivencia de P. solanacearum E.F. Smith raza dos causante del moko bacteriano en musáceas

Con el objetivo de determinar el efecto de cal, urea y la combinación de ambos en la sobrevivencia del moko bacteriano en plantaciones de Musáceas, se desarrolló en la finca TICOMO en el Km 9 carretera Managua-El Crucero en el período de Octubre del 95 a Julio del 96 el presente estudio de investigación, el cual se dividió en dos etapas: una etapa de campo que incluyó metodología para la realización de los tratamientos, formas de muestreo de suelo y período para muestrear. La otra etapa se realizó en Laboratorio y consistió en la realización de pruebas bioquímicas para la identificación de la bacteria, métodos de siembra y conteos de colonias. Dentro del mismo período se realizó una encuesta a los productores del departamento de Rivas. Se realizaron análisis económicos de los tratamientos y se compararon con el producto químico Glifosato. Como resultado final de la Evaluación se obtuvo que la urea reduce en un 93.89% las colonias de bacterias iniciales, en segundo termino la cal disminuyó las colonias de bacterias en un 88.29%, la combinación de ambos tratamientos aminoró en un 86.5% el número de colonias de bacterias y el testigo redujo el 71.86% de la población. En general la Urea P.S el tratamiento más eficaz para bajar las poblaciones de bacterias en menor tiempo comparado con los otros tratamientos; cabe señalar que con sólo el saneamiento en la plantación la bacteria sin ningún tipo de tratamiento puede disminuir sus poblaciones, pero significará esperar mayor tiempo para que la bacteria descienda sus poblaciones y se atrasaría la época de resiembra, quedando a criterio del productor el utilizar o no sólo el saneamiento. Los resultados de las encuestas reflejan que los productores reconocen la enfermedad en sus distinto síntomas, la mayoría sabe como se transmite y como se puede prevenir pero no cómo controlar. Sin la debida Asistencia Técnica y la falta de información acerca de las enfermedades e indicarles la importancia de las medidas fitosanitarias, los productores tendrán siempre los mismos problemas de enfermedades en sus plantaciones

Organización espacial y funcional del genoma en células aneuploides

198 p.

Análise da região 5 não traduzida (5 utr) em sequências anotadas como trans-sialidase no genoma de Trypanosoma cruzi

A transsialidase é uma glicoproteína de membrana pertencente a uma família de genes de cópia múltipla, envolvida no processo de invasão celular do Trypanosoma cruzi no hospedeiro vertebrado. Esta dissertação foi concebida com um amplo componente analítico que dependia de dados publicamente disponíveis, ou seja, as sequências oriundas do projeto genoma de T. cruzi e cDNAs de trans-sialidase depositadas no Genbank-dbEST. Este componente analítico necessitou ser complementado e ampliado com a obtenção experimental de novas sequências, a partir da metodologia baseada na transcrição reversa acoplada a PCR. Os fragmentos obtidos de cepas de T. cruzi Dm28c (T. cruzi I), Y (T. cruzi II), CL-Brener (T. cruzi II, cepa híbrida), INPA4167 (zimodema III), 3663 (zimodema III) e Colombiana (zimodema III) foram clonados, sequenciados e analisados composicionalmente. Essas sequências foram editadas e alinhadas usando-se o software CLUSTAL X. Em uma seção específica do Genbank, denominada dbEST, buscamos os cDNAs homólogos a trans-sialidase. Esta busca por similaridade foi realizada individualmente com os números de acesso referentes às seqüências supracitadas contra o dbEST utilizando o BLAST a fim de obtermos informações funcionais e evolutivas. Em seguida, desenvolvemos metodologias experimentais que nos permitiu avaliar segmentos da 5 UTR, tais como os sítios de trans-splicing adicionais ou múltiplos em TS e seus respectivos sinais (região rica em polipirimidina), variação composicional e tamanho da região das sequências entre diferentes linhagens de T. cruzi. O resultado dessa averiguação também nos mostrou a quantidade de cDNAs relacionados com a transsialidase no dbEST bem como a relação desses cDNAs com o mini-exon. As cepas do zimodema III apresentaram tamanho médio dos fragmentos de 312 bases, enquanto T. cruzi I e T. cruzi II apresentaram, respectivamente 209 e 218. Trans splicing adicional ou duplicações gênicas com mutações no sítio primário de trans splicing não parece ser um fenômeno exclusivo de algum grupo populacional, embora seja mais evidente em T. cruzi zimodema III.

Aplicaciones de nanoparticulas de magnetita de origen bacteriano

Uso de nanopartículas magnéticas extraídas de bacterias magnetotácticas para su estudio y aplicación en la hipertermia magnética. Idioma Castellano

Estudo do crescimento bacteriano e da aplicação de procedimentos de limpeza e desinfecção no aço inoxidável 304L

Técnicas de limpeza química ou mecânica são comumente empregadas para evitar a formação de biofilmes e problemas associados com a colonização de superfícies por micro-organismos. Neste trabalho, amostras de aço inox 304L foram submetidas a ensaios acelerados de crescimento de biofilme, o qual foi posteriormente removido por tratamentos de limpeza e desinfecção (choque térmico com água a 70C por 1h, limpeza com ácido fosfórico 20 % v/v por 30min e desinfecção com peróxido de hidrogênio 0,17 % v/v por 1h). Com o objetivo de verificar a influência destes tratamentos na remoção do biofilme, este foi caracterizado (por quantificação microbiana e análises de espectroscopia de impedância eletroquímica - EIE), antes e após a aplicação dos tratamentos. Dois casos foram estudados. No primeiro caso, simularam-se condições presentes em tubulações de ambientes hospitalares e sistemas de distribuição de água quente. O micro-organismo utilizado foi a bactéria Serratia marcences. O processo de formação de biofilme e posterior limpeza e desinfecção foi realizado de modo contínuo durante 15 semanas. Os resultados de quantificação microbiana e de EIE mostraram que desde a primeira semana de exposição e ao longo dos ensaios, formou-se um biofilme aderente à superfície do aço e que o emprego dos tratamentos de limpeza e desinfecção não foi eficaz na remoção do biofilme. Em um segundo caso, simularam-se condições presentes em tubulações da indústria de água mineral, empregando-se a bactéria Pseudomonas aeruginosa. Neste caso, as técnicas de limpeza e desinfecção foram aplicadas individualmente e em conjunto. A aplicação de choque térmico, assim como da limpeza ácida, sobre um biofilme com 72 h de formação foi capaz de eliminar as bactérias viáveis, presentes na superfície do aço. Entretanto, a desinfecção com peróxido de hidrogênio não foi capaz de eliminá-las. Nas duas condições, porém, as análises de EIE do sistema aço/biofilme mostraram que o mesmo não foi completamente removido da superfície do metal. Correlacionando os dois casos, pode-se inferir que a superfície do aço inox 304L é rapidamente colonizada pelas duas espécies microbianas e que as técnicas de limpeza e desinfecção são capazes de reduzir e até eliminar as células viáveis, embora não removam completamente o biofilme da superfície. Por outro lado, é importante ressaltar que fatores como a arquitetura, espessura e porosidade do biofilme, e propriedades intrínsecas da superfície, são fatores que afetam os valores de impedância medidos, sendo necessário considerá-los na análise, tanto da formação do biofilme, quanto dos efeitos dos procedimentos de limpeza e desinfecção

Remodelação alveolar e perfil bacteriano em implantes instalados em diferentes níveis relacionados à crista óssea

A substituição clínica de dentes naturais perdidos por implantes osteointegrados tem representado uma das primeiras opções terapêuticas para a reabilitação de pacientes total ou parcialmente edêntulos. Apesar dos excelentes índices de sucesso demonstrados pelas restaurações implanto-suportadas, alguns fatores permanecem não esclarecidos, principalmente no que diz respeito à remodelação óssea ao redor dos implantes osteointegrados. Desta forma, o objetivo deste estudo foi avaliar a relação do nível de instalação dos implantes dentários com os parâmetros clínicos, com a remodelação óssea peri-implantar e com a colonização bacteriana, em implantes de plataforma regular, submetidos à carga imediata. Implantes de plataforma regular foram instalados em dois diferentes níveis em relação à crista óssea ao nível ósseo e supra ósseo (1 mm). No total, trinta e cinco implantes em 9 pacientes (idade média de 62,4 11,2 anos) foram avaliados radiograficamente no momento da instalação dos implantes (T1) e 6 meses após (T2), momento no qual também foram feitas análises clínicas e coleta de amostras para o teste microbiológico. Nos exames radiográficos foram analisadas a perda óssea, a partir de mensurações lineares da distância entre um ponto fixo do componente protético e o ponto mais coronário do contato osso-implante, e a densidade óptica alveolar obtida a partir de regiões ósseas de interesse (ROIs). As análises clínicas consistiram na avaliação da profundidade de sondagem e na mensuração do volume do fluido gengival peri-implantar. O perfil bacteriano dos sítios avaliados foi caracterizado por meio do método de análise de checkerboard DNA-DNA hybridization. Os testes estatísticos realizados mostraram não haver relação entre o nível de instalação dos implantes em relação à crista óssea e a remodelação óssea alveolar, tanto com relação à perda óssea (p = 0,725), como com relação à densidade óptica alveolar (p = 0,975). Também não foi possível estabelecer uma correlação entre a remodelação óssea e parâmetros clínicos como profundidade de sondagem e volume do fluido gengival peri-implantar. Com relação ao perfil bacteriano, não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas entre os grupos avaliados para nenhuma das 40 bactérias analisadas.

Presencia de Xanthomonas campestris pv. undulosa agente causal del rayado bacteriano en cultivos de trigo bajo riego

p.211-212

Sequênciação e análise do genoma de um presumível flavivírus isolado de Aedes (Ochlerotatus) Caspius

O género Flavivirus (Flaviviridae) inclui mais de setenta vírus com genoma a RNA de cadeia simples, muitos dos quais são importantes agentes patogénicos para o Homem e os outros animais. A maioria dos flavivírus pode ser transmitidos por carraças, mosquitos ou, aparentemente, restringir-se a vertebrados (Cook e Holmes, 2006). No entanto, um grupo de flavivírus designados “não clássicos”, não parece ter hospedeiro vertebrado conhecido. Estes últimos são comumente colocados junto à raiz de árvores filogenéticas do género Flavivirus, sendo frequentemente isolados em mosquitos, justificando a sua designação de vírus específicos de insectos (ISF, do inglês insect-specific flaviviruses) (Farfan-Ale et al., 2009). A classificação dos ISF como flavivírus tem sido suportada por semelhanças ao nível da sua organização genómica, perfil de hidropatia proteica, locais de clivagem conservados da sequência da poliproteína que codificam, e domínios enzimáticos. No entanto, são distintos em termos antigénicos, partilhando o mesmo nível de distância genética quando comparados com outros membros do género que quando comparados com outros dois outros géneros da família Flaviviridae (Cook e Holmes, 2006; Gould et al., 2003). Esta tese apresenta uma caracterização inicial, que inclui a obtenção da sequência genómica quase completa, de um novo ISF. Este vírus, com a designação proposta de OCFVPt, foi isolado de mosquitos adultos classificados como Aedes (Ochlerotatus) caspius (Pallas, 1771), os quais são encontrados em densidades elevadas nas zonas costeiras estuarinas dos distritos de Faro e Setúbal (Almeida et al., 2008). Este vírus replica rapidamente na linha celular C6/36 (derivada de Aedes albopictus), e, como esperado, não replica em células Vero. Contrariamente a outros ISF, o OCFVPt aparentemente causa efeito citopático óbvio em células C6/36, as quais, depois de infectadas, rapidamente se separam do suporte sólido da placa de crescimento, ficando pequenas e redondas. Análises por microscopia electrónica de secções finas de células C6/36 48h após infecção com OCFVPt revelaram uma hiperplasia nuclear acentuada com aumento do espaço entre as cisternas da membrana nuclear, no qual podem ainda ser encontradas vesículas de várias dimensões. O genoma do OCFVPt tem, no mínimo, 9.839 nt e codifica para uma única poliproteína com as caraterísticas normalmente associadas aos membros do género Flavivirus. As árvores filogenéticas geradas após alinhamento de sequências virais mostram que o OCFVPt forma, juntamente com HANKV (Huhtamo et al., 2012) um grupo monofilético distinto dentro da radiação dos ISF.

Caracterización del genoma del virus like-MMTV integrado en la línea del celular de adenocarcinoma pulmonar humano INER-51y análisis de su expresión.

Tesis (Maestría en Ciencias con Acentuación en Microbiología) UANL, 2012.

Análisis del estatus del genoma viral en mujeres infectadas con el virus del papiloma humano.

Tesis (Maestría en Ciencias con Orientación Terminal en Biología Molecular e Ingeniería Genética) UANL, 2011.

Ensamblaje del genoma de una levadura cervecera tipo lager (Saccharmoyces cerevisiae var. uvarum).

Tesis (Maestría en Ciencias con Acentuación en Microbiología) UANL, 2014.

Secuenciación del genoma de una clona de mycobacterium tuberculosis resistente a todos los medicamentos antituberculosis de primera línea.

Tesis (Maestría en Ciencias con orientación en Biología Molecular e Ingeniería Genética) UANL, 2014.