Elucidating the host–pathogen interaction between human colorectal cells and invading Enterovirus 71 using transcriptomics profiling

Enterovirus 71 (EV71) is one of the main etiological agents for Hand, Foot and Mouth Disease (HFMD) and has been shown to be associated with severe clinical manifestation. Currently, there is no antiviral therapeutic for the treatment of HFMD patients owing to a lack of understanding of EV71 pathogenesis. This study seeks to elucidate the transcriptomic changes that result from EV71 infection. Human whole genome microarray was employed to monitor changes in genomic profiles between infected and uninfected cells. The results reveal altered expression of human genes involved in critical pathways including the immune response and the stress response. Together, data from this study provide valuable insights into the host–pathogen interaction between human colorectal cells and EV71.

Cotton root systems and recovery of applied P and K fertilisers

With potential to accumulate substantial amounts of above-ground biomass, at maturity an irrigated cotton crop can have taken up more than 20 kg/ha phosphorus and often more than 200 kg/ha of potassium. Despite the size of plant accumulation of P and K, recovery of applied P and K fertilisers by the crop in our field experiment program has poor. Processing large amounts of mature cotton plant material to provide a representative sample for chemical analysis has not been without its challenges, but the questions regarding mechanism of where, how and when the plant is acquiring immobile nutrients remain. Dry matter measured early in the growing season (squaring, first white flower) have demonstrated a 50% increase in crop biomass to applied P (in particular), but it represents only 20% of the total P accumulation by the plant. By first open boll (and onwards), no response in dry matter or P concentration could be detected to P application. A glasshouse study indicated P recovery was greater (to FOB) where it was completely mixed through a profile as opposed to a banded application method suggesting cotton prefers a more diffuse distribution. The relative effects of root morphology, mycorrhizal fungi infection, seasonal growth patterns and how irrigation is applied are areas for future investigation on how, when and where cotton acquires immobile nutrients.

Crystal structure of a putative aspartic proteinase domain of the Mycobacterium tuberculosis cell surface antigen PE_PGRS16

We report the crystal structure of the first prokaryotic aspartic proteinase-like domain identified in the genome of Mycobacterium tuberculosis. A search in the genomes of Mycobacterium species showed that the C-terminal domains of some of the PE family proteins contain two classic DT/SG motifs of aspartic proteinases with a low overall sequence similarity to HIV proteinase. The three-dimensional structure of one of them, Rv0977 (PE_PGRS16) of M. tuberculosis revealed the characteristic pepsinf-old and catalytic site architecture. However, the active site was completely blocked by the N-terminal His-tag. Surprisingly, the enzyme was found to be inactive even after the removal of the N-terminal His-tag. A comparison of the structure with pepsins showed significant differences in the critical substrate binding residues and in the flap tyrosine conformation that could contribute to the lack of proteolytic activity of Rv0977. (C) 2013 The Authors. Published by Elsevier B.V. on behalf of Federation of European Biochemical Societies. All rights reserved.

Interaction of Sesbania mosaic virus (SeMV) RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) with the p10 domain of polyprotein 2a and its implications in SeMV replication

Identification of viral encoded proteins that interact with RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is an important step towards unraveling the mechanism of replication. Sesbania mosaic virus (SeMV) RdRp was shown to interact strongly with p10 domain of polyprotein 2a and moderately with the protease domain. Mutational analysis suggested that the C-terminal disordered domain of RdRp is involved in the interaction with p10. Coexpression of full length RdRp and p10 resulted in formation of RdRp-p10 complex which showed significantly higher polymerase activity than RdRp alone. Interestingly, C Delta 43 RdRp also showed a similar increase in activity. Thus, p10 acts as a positive regulator of RdRp by interacting with the C-terminal disordered domain of RdRp. (C) 2014 The Authors. Published by Elsevier B.V.

Functional roles of N-terminal and C-terminal domains in the overall activity of a novel single-stranded DNA binding protein of Deinococcus radiodurans

Single-stranded DNA binding protein (Ssb) of Deinococcus radiodurans comprises N- and C-terminal oligonucleotide/oligosaccharide binding (OB) folds connected by a beta hairpin connector. To assign functional roles to the individual OB folds, we generated three Ssb variants: Ssb(N) (N-terminal without connector), Ssb(NC) (N-terminal with connector) and Ssb(C) (C-terminal), each harboring one OB fold. Both Ssb(N) and Ssb(NC) displayed weak single-stranded DNA (ssDNA) binding activity, compared to the full-length Ssb (Ssb(FL)). The level of ssDNA binding activity displayed by SsbC was intermediate between Ssb(FL) and Ssb(N). Ssb(C) and Ssb(FL) predominantly existed as homo-dimers while Ssb(NC)/Ssb(N) formed different oligomeric forms. In vitro, Ssb(NC) or Ssb(N) formed a binary complex with Ssb(C) that displayed enhanced ssDNA binding activity. Unlike Ssb(FL), Ssb variants were able to differentially modulate topoisomerase-I activity, but failed to stimulate Deinococcal RecA-promoted DNA strand exchange. The results suggest that the C-terminal OB fold is primarily responsible for ssDNA binding. The N-terminal OB fold binds weakly to ssDNA but is involved in multimerization. (C) 2015 The Authors. Published by Elsevier B.V. on behalf of the Federation of European Biochemical Societies. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license.

用光纤生物传感器检测炭疽杆菌、鼠疫杆菌及葡萄球菌肠毒素B

目的：用新研制的光纤生物传感器FOB-3检测多种病原微生物及细菌毒素.方法：利用双抗体夹心法,优化免疫反应的时间和浓度后,用FOB-3分别检测炭疽芽孢及繁殖体、鼠疫F1抗原和葡萄球菌肠毒素B.为便于结果判定,确定截断（cutoff）值,并以Ssignal与NNnoise差值的形式消除荧光信号中的噪声.结果：使用光纤生物传感器FOB-3,在20 min内可分别检测到50～1000 ng/mL的鼠疫F1抗原、0.1～100μg/mL的葡萄球菌肠毒素B、3×10^1～3×10^6 CFU/mL的炭疽杆菌繁殖体和

Direct detection of Yersinia pestis from the infected animal specimens by a fiber optic biosensor

The FOB-3, anew type fiber optic biosensor, is designed to rapidly detect a variety of biological agents or analytes with better stability, sensitivity and specificity. In order to detect Y. Pestis, a sandwich immunoassay was developed by using the purified antibody against antigen FI immobilized on polystyrene probes as the capture antibody and the monoclonal antibody-Cy5 conjugate as the detector. After a series of optimization for the stability, sensitivity and specificity of the FOB-3, 50-1000 ng/ml of antigen FI and 6 x 10(1)-6 x 10(7) CFU/ml Y. pestis could be detected constantly in about 20 min, and Y pestis could be detected specifically from Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica, B. anthracis and E. coli. Then, 39 blind samples, including 27 tissues of mice infected with Y pestis and 12 tissues of healthy mice as negative control, were detected with the FOB-3. 92.6% infected tissues were identified from the tissues of healthy mice and the tissues containing more than 100 CFU/ml bacteria could be detected by the biosensor. The results demonstrated the feasibility of the FOB-3 as an effective method to detect Y. pestis rapidly and directly from the infected animal specimens with the advantage of portability, simple-operation as well as high sensitivity and specificity. (c) 2006 Elsevier B.V. All rights reserved.

Escenario comercial del sector del Pisco peruano

El Pisco es una bebida espirituosa obtenida de la destilación de jugo de uvas pisqueras recientemente fermentadas. Esta bebida ha sido reconocida por el estado peruano y la Organización Mundial de la Propiedad Intelectual como una denominación de origen peruana. En los últimos años, el mercado de pisco ha tenido un crecimiento constante en respuesta a la demanda de productos diferenciados y de alta calidad, consecuencia del fortalecimiento del ambiente institucional y el desarrollo de estrategias de promoción por parte del estado. En este sentido, el objetivo del presente trabajo es describir el ambiente comercial nacional e internacional del Pisco peruano, con la finalidad de identificar nuevas oportunidades de mercado. La metodología usada fue el modelo de las tres vías propuesto por Joskow, con foco en dos de ellas: la Vía del Ambiente Institucional y la Vía de la Moderna Organización Industrial. Los resultados del estudio indicarían que el marco institucional en la que se apalanca el sector del Pisco, es adecuado, es decir, sus políticas están orientadas a impulsar la inversión y el fomento de las exportaciones, puesto que permitió el impulso de la producción y exportación del pisco, así como la protección de los derechos de propiedad, como la denominación de origen del Pisco. En la moderna organización industrial, los resultados arrojan una demanda interna incipiente, sin embargo la demanda externa ha mostrado un alentador crecimiento en países donde su economía se proyecta un gran crecimiento. Asimismo la producción en el Perú, mostró un gran desempeño en los años 2001-2012, cuya tasa acumulada de crecimiento anual fue del 13.29 por ciento, superior a las de Chile, principal competidor en la producción y comercialización de Pisco. En cuando a las exportaciones, Perú, asumió el liderazgo desde el 2008, donde por primera vez, las exportaciones peruanas superaron a las chilenas en relación al valor de las exportaciones, debido a un mayor precio FOB percibido. De esta manera, se deduce que para el Perú se presenta un escenario optimista y de oportunidades en relación al sector del Pisco, puesto que tiene mejores condiciones para la producción y comercio de esta bebida, lo que conlleva a la conquista de nuevos mercados y la inserción del Pisco tanto en el mercado mundial como nacional.

Logística externa de exportación de Quinua : estudio comparativo entre Perú y Bolivia

En los últimos años la quinua se ha constituido en un alimento de gran demanda por sus bondades nutritivas, con un elevado contenido proteico que fluctúa entre 13 a 20 por ciento el cual supera cualitativamente y cuantitativamente a otros cereales como el arroz, avena, cebada, etc. (7 a 11 por ciento). El ciclo de producción de la quinua se encuentra en un proceso de crecimiento exponencial en el cual, Perú viene posicionándose como principal productor y exportador mundial de quinua (50 por ciento), superando a Bolivia (49 por ciento) e ingresando a más de 45 mercados, con una demanda liderada por Estados Unidos. Cabe resaltar que el precio de comercialización de quinua viene siendo determinado por el mercado internacional por cuanto la quinua ha tendido a convertirse en un `commodity` y no varía de manera substancial, si proviene de Bolivia (US$ 6,64 por Kg.) o Perú (US$ 5,64 por Kg.), por lo cual estos costos serán variables de acuerdo a la eficiencia logística de proceso y distribución que permita generar una diferencia competitiva en el mercado. El objetivo de este trabajo es describir y comparar el sistema logístico de exportación de la Quinua peruana y boliviana, con la finalidad de identificar la diferencia competitiva en el mercado internacional utilizando indicadores logísticos emitidos por el Banco mundial, apoyado del diamante de Porter con énfasis en dos determinantes que son la condición de los factores y de la demanda. De acuerdo a los resultados obtenidos Perú en infraestructura, comercio exterior, idoneidad logística, trazabilidad y justo a tiempo; posee mejor desempeño comparado a Bolivia. Además, en los fletes internos (terrestres) y externos (marítimo) de quinua a mercados como EE.UU (Los Ángeles) y España (Puerto de Barcelona), el Perú tiene menores costos de exportación (US$/contenedor 890) que Bolivia (US$/contenedor 1.440), pero mayores al promedio de Latinoamérica. Uno de los factores que se apalancó para esta competitividad, son sus ventajas comparativas (cercanía de Puerto con zonas productoras), y competitivas (modernización del puerto de Callo). Además la iniciativa que ha tenido el estado peruano en la concesión de sus puertos para la modernización y la reducción de trámite documentario, así como el TLC con EE.UU que permitió a Perú tener mejores relaciones comerciales (52 ranking de 144 países evaluados) comparado con Bolivia (82). Y por último se concluye de manera general que el sistema logístico de quinua de Perú logísticamente es más competitivo que el sistema logístico de quinua de Bolivia, ya que obtuvo 10 por ciento más de ampliación de mercado externo, creando una ventaja diferenciada respecto a Bolivia que al 2014 disminuyo en un 15 por ciento en sus exportaciones con respecto al 2013. Asimismo, cerca del 70 por ciento del valor total exportado de la quinua de Perú representa quinua convencional y el otro 30 por ciento quinua orgánica, siendo esta última en promedio un 10 por ciento mejor pagada que el producto convencional. Y que generalmente la mercancía es despachada y puesta a disposición al importador generalmente dado por precio FOB.

Análisis de la incidencia de la producción de biocombustibles a través de cultivos transgénicos en la seguridad alimentaria. Estudio de caso: Cultivos de soja transgénica en Argentina

La búsqueda de los Estados por mitigar su dependencia energética de las fuentes fósiles, ha traído consigo la búsqueda de energías alternativas, desencadenando en el uso y producción de biocombustibles. A su vez, la producción de estos últimos a través de cultivos transgénicos ha ido cobrando importancia en el escenario internacional. Esta opción se ha considerado como una salida al dilema de utilización de tierras "Biocombustible vs. Alimentos". En este contexto, el caso de Argentina, como uno de los mayores productores de cultivos transgénicos del mundo, entre los cuales se destaca la soja, se analiza en esta investigación por ser importante para determinar cuál es el impacto de los biocombustibles producidos a través de cultivos transgénicos en la seguridad alimentaria de la población.

Propuesta de comercialización de panela desde Chitaraque Boyacá, hacia Estados Unidos

En Colombia la producción de panela es básicamente artesanal, por lo cual no se registra un gran volumen de exportaciones. Este producto es comúnmente conocido como sustituto del azúcar y dentro del país su consumo es casi igual a su producción. A pesar de lo anterior, con el presente proyecto estamos buscando abrir espacios de comercialización de la panela hacia el exterior, más específicamente con destino a la ciudad de New York – Estados Unidos, dirigido a la población latina que se encuentra en dicha ciudad. Para incentivar las ventas de nuestro producto, haremos énfasis en los beneficios nutricionales y medicinales de la panela, que aún no son conocidos por el mercado objetivo. Además, según el estudio de mercados realizado, las presentaciones con mayor acogida por los consumidores son: panela granulada y panela en cubitos, que se comercializarán en frascos plásticos y en cajas de cartón respectivamente. Para ambas referencias las presentaciones serán identificadas con el logo de la empresa, además de la bandera de nuestro país. El empaque en su etiqueta mostrará la tabla nutricional como su forma de preparación, la etiqueta estará en los dos idiomas: inglés y español. Finalmente, el término de negociación utilizado será FOB puerto colombiano, con medio de pago carta de crédito ya que brinda la confianza y seguridad de llevar a feliz término el acuerdo pactado en una negociación de comercio exterior.

Perfil logístico de Colombia sector minero

El proyecto “Perfil logístico de Colombia” tiene como objetivo poder suplir las falencias de información que existen actualmente en Colombia a la hora de proyectar el proceso logístico de un bien o servicio. Las empresas colombianas cuentan con pocos recursos para llevar la materia prima de forma eficaz a su fin o punto de consumo. Dentro de este proyecto se analizará el sector Minero en Colombia, donde este presenta un alto reconocimiento a nivel mundial. Posee metales preciosos y metales básicos, su principal producción es el carbón térmico, ferroníquel, oro y esmeraldas. De esta manera, la minería en mediana y pequeña escala presenta un alto potencial, el cual si es aprovechado de una manera adecuada puede llegar a convertirse en una fuente muy importante y representativa para el país en cuanto a ingresos y empleos. De acuerdo a los últimos años Colombia se ha convertido en un país atractivo en cuanto a la inversión de explotación minera, gracias al incremento de precios internacionales de los minerales y el desarrollo de la seguridad en Colombia. Se realizará un análisis global en el cual se mostrará la posición de Colombia frente a la situación internacional, esto se investigará de acuerdo a los diferentes indicadores como el PIB, índice global de competitividad, productividad, y balanza comercial. Así mismo, se examinará el nivel de infraestructura logística que promueve la planeación de los flujos logísticos teniendo variables de costo, tiempo, y transporte. Además se tendrán en cuenta factores como cadena de suministro, problemática del sector minero con el gobierno, caracterización mundial, panorama nacional, VSM (proveedores, productores, almacenamiento, distribución y logística inversa) y gremios.

Análisis de la incidencia del White Paper, como herramienta de Política Exterior China, en las relaciones económicas y comerciales Sino-colombianas. Periodo 2008–2012

El propósito de este trabajo es analizar cuál ha sido la incidencia del White Paper, como herramienta de política exterior china, en las relaciones económicas y comerciales sino-colombianas entre los años 2008 y 2012. La mayoría del análisis se enfoca en los intercambios comerciales reflejados en la balanza comercial de ambos países y la incidencia que ha tenido el White Paper para la estabilización de una relación de acuerdo a los principios de su política exterior. Este trabajo busca describir los orígenes y la evolución de la relación económica y comercial bilateral y otros aspectos como los sectores que dinamizan tal relación de acuerdo a los intereses de China. Este trabajo describe las razones por las que, aunque la relación se ha fortalecido, hecho evidenciado en el incremento del flujo comercial, ésta sigue siendo desequilibrada y de dependencia.