Estrategias estadístico-computacionales avanzadas para análisis de expresión de proteínas/genes en cáncer. Advanced statistical and computational strategies for protein/gene expression analysis in cancer.

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cancer, es el análisis y caracterización a través modelos estadísticos con efectos mixtos y técnicas de aprendizaje automático, de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabolicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnias de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subycente y así perder informacion relavante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimieto de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo.

The involvement of thaumatin-like proteins in plant food cross-reactivity: a multicenter study using a specific protein microarray

Cross-reactivity of plant foods is an important phenomenon in allergy, with geographical variations with respect to the number and prevalence of the allergens involved in this process, whose complexity requires detailed studies. We have addressed the role of thaumatin-like proteins (TLPs) in cross-reactivity between fruit and pollen allergies. A representative panel of 16 purified TLPs was printed onto an allergen microarray. The proteins selected belonged to the sources most frequently associated with peach allergy in representative regions of Spain. Sera from two groups of well characterized patients, one with allergy to Rosaceae fruit (FAG) and another against pollens but tolerant to food-plant allergens (PAG), were obtained from seven geographical areas with different environmental pollen profiles. Cross-reactivity between members of this family was demonstrated by inhibition assays. Only 6 out of 16 purified TLPs showed noticeable allergenic activity in the studied populations. Pru p 2.0201, the peach TLP (41%), chestnut TLP (24%) and plane pollen TLP (22%) proved to be allergens of probable relevance to fruit allergy, being mainly associated with pollen sensitization, and strongly linked to specific geographical areas such as Barcelona, Bilbao, the Canary Islands and Madrid. The patients exhibited >50% positive response to Pru p 2.0201 and to chestnut TLP in these specific areas. Therefore, their recognition patterns were associated with the geographical area, suggesting a role for pollen in the sensitization of these allergens. Finally, the co-sensitizations of patients considering pairs of TLP allergens were analyzed by using the co-sensitization graph associated with an allergen microarray immunoassay. Our data indicate that TLPs are significant allergens in plant food allergy and should be considered when diagnosing and treating pollen-food allergy.

Análisis experimental del concepto de madurez lectoescritora : sexo y tipo de enseñanza pública y privada en la madurez lectoescritora.

Demostrar que el aprendizaje no está sujeto a la relación edad-madurez y que se deben crear las oportunas condiciones humanas y estructurales que posibiliten el acceso de los niños a la lectoescritura en función de sus posibilidades y no de su edad. 732 niños malagueños de los cuales 423 son chicos y 306 chicas, de edades comprendidas entre los 5 y 6 años asistentes al segundo curso de Prescolar. 394 son de colegios privados y 335 de estatales. Consulta a fuentes bibliográficas, recogida de datos, formulación de hipótesis, elaboración de diseño, comprobación de hipótesis y evaluación de los resultados. Fuentes bibliográficas, tests y entrevistas. Análisis de varianza, análisis de clasificación múltiple, análisis factorial, matrices de correlación de Pearson y Spearman, análisis de elementos y de validez interna y predictiva de los tests ABC. En las pruebas de ajuste a la normalidad se encuentra que, a excepción de las variables de pronunciación y memoria motora, las variables se ajustan a la normalidad. Los tests ABC no aportan un criterio de contrastación y evaluación que permita referenciar a los sujetos con un grupo de sujetos de iguales características, pero son un elemento de elevada precisión en sus estimaciones. Las matrices de correlación de Pearson revelan valores bajos, excepto en las variables de coordinación viso-motora y memoria motora. Por otra parte, la matriz de Spearman confirma los datos obtenidos con el coeficiente de Pearson. Al determinar el índice de dificultad, se ha comprobado que para las variables de los tests ABC, hay un índice bajo, lo que significa que son pruebas difíciles o muy difíciles. En cuanto a la homogeneidad, cuanto mayor sea ésta, mayor será la precisión de los tests, pero menor su validez. Referente a esta última, es preciso destacar que los tests ABC no son un instrumento de pronóstico válido, son necesarias pruebas que observen variables de percepción y discriminación visual y auditiva y de vocabulario, al tiempo que se deben suprimir pruebas de coordinación motora y atención por su dificultad, los resultados obtenidos con el análisis de varianza demuestran que las niñas no 'maduran' antes que los niños y existen diferencias en el aprendizaje lectoescritor teniendo en cuenta los factores socioeconómicos y culturales. La coordinación dinámica, la percepción, la organización espacio-temporal y el lenguaje son los factores en los que descansa el concepto de madurez, que no pueden ser comprendidos sin un quinto factor formado por las condiciones económicas y culturales en que haya tenido lugar su desarrollo.

Valoración del rendimiento de centros docentes de Educación General Básica.

Se pretende descubrir las variables que condicionan positiva o negativamente el funcionamiento global de un centro para hacer más viable ese intento de evaluación que necesitan nuestros colegios. Mejorar la calidad de los centros escolares y beneficiar con ello a los alumnos y profesores. Identificar los rasgos que se deben considerar obligatoriamente a la hora de comprobar el rendimiento de un colegio. Se tomó a 262 profesores de EGB y a otros 162 que desempeñaban el cargo de director interino y director por oposición en su centro de destino. De ellos habia 102 de las siguientes provincias: Avila, Salamanca, León, Oviedo y Cáceres. Se tomó como variable dependiente el rendimiento de los centros de EGB y como variables independientes positivas o negativas: -El rendimiento medio del alumnado en su vida profesional y académica. -Titulación académica del profesorado. -Relación numérica alumno-profesor. -Disponibilidad y utilización de medios y métodos de enseñanza modernos, instalaciones y actividades docentes, culturales y deportivas. -Los servicios de orientación pedagógica y la formación y experiencia del equipo directivo del centro y la relación centro escolar-familia y centro escolar-comunidad. Estas variables se agruparon en cuatro factores principales: técnicos, material, personal y rendimiento. Antes de que respondieran a las preguntas de la encuesta, se les explicó verbalmente la finalidad de la misma y la conveniencia de no repetir la contestación. Encuesta basada en el método de incidentes críticos. Matriz de correlación, análisis de matrices factoriales rotadas, método de prolongación de vectores para la ponderación de las distintas variables. Analizadas las diferentes respuestas se confirmó la influencia del factor personal, material y técnico y de rendimiento en la organización y rendimiento final de los centros de EGB. El factor personal es el que tiene mayor significación -34 el factor material presenta el nivel de ponderación más elevado las buenas instalaciones y disponibilidad de material es un factor importante que las familias consideran y beneficia a los alumnos y profesores. En el factor rendimiento la variable que se refiere a resultados académicos presenta mayor coeficiente ponderal. El rendimiento está íntimamente relacionado con el nivel socio-familiar, especialización del profesorado, el servicio de orientación pedagógica. Las variables con mayor ponderación son las cualidades humanas del profesor y las relaciones de este con el director. Es necesario controlar nuestros centros de EGB con una finalidad de diagnóstico para detectar posibles defectos y actuar en consecuencia para mejorar la organizacion y rendimiento final. La dirección y el profesorado han de conocer el resultado de esta valoración y las previsiones formuladas para mejorar. Hay necesidad de fomentar el espiritu de equipo y colaboración entre los profesores, en el sistema educativo en general.

Propuesta de reestructuración del currículo de matemáticas en la Unidad Académica de Ingeniería Civil , Arquitectura y Diseño de la Universidad Católica de Cuenca

RESUMEN La presente propuesta, nace por las dificultades de las matemáticas en los estudiantes, dicho tema después deun análisis previo,matrices, encuestas, revisión de información, reglamentos, etc., dio como resultado que se tenía que reformar el currículo de las matemáticas, para lo cual utilizando las directrices de las instituciones de Educación Superior, se generó el presente trabajo. En este proceso se tuvo que revisar y analizar el macro currículoponiendo mucho énfasis en el enfoque pedagógico, la visión y misión de la universidad, la carreras estas deberán estar enlazadaentre ellas y deben ser coherentes entre sí como eje fundamental para establecer los perfiles. Usando los Perfil Consultado, resultados de aprendizaje (Perfil de egreso), que no es más que los procesos que el estudiante logra como resultado de su aprendizaje y Perfil profesional capacidades y competencias que identifican la formación, estos deben demostrar que han sido definidos en base a estudios de las necesidades de la sociedad, esto es conocido como el meso currículo. Una vez que existe la conexión entre el perfil profesional, el perfil de egreso y la misión de la carrera, se procedió cumplir con el proceso de desarrollar el respectivo análisis del diseño curricular de la carrera. Finalmente se analizó el micro currículo, los resultados de aprendizaje del área de matemáticas y se dio un modelo de silabo y plan de aula.

Bioinformática: base de datos de matrices de expresión génica para su análisis vía web

El IBB ha desarrollado un servidor de aplicaciones: http://revolutionresearch.uab.es para el análisis de microarrays. Estas microarrays las obtienen y las suben a la base de datos local los usuarios de la aplicación. En la presente memoria se detalla el proceso realizado para automatizar la subida de microarrays públicas a la base de datos local. Estas microarrays se obtendrán del NCBI. El proceso de descarga de microarrays se realizará cada dos meses y estará sincronizado con un proceso de descarga de genes marcadores de microarrays del NCBI. En la memoria también se describen las fases realizadas para crear la interfaz web para gestionar estas microarrays públicas y las modificaciones realizadas sobre el aplicativo web para permitir realizar análisis con estas microarrays.

Análisis de estabilidad de sistemas lineales invariantes en el tiempo y representados por matrices intervalo [por] Juan José Darío Delgado Romero

Tesis (Doctor en Ing. Eléctrica) U.A.N.L.

Análisis de la respuesta metabólica involucrada en la optimización de condiciones de cultivo para incrementar la producción de proteínas heterólogas en la levadura metilotrófica pichia pastoris.

Tesis (Doctor en Ciencias con especialidad en Biotecnología) UANL,2014.

Análisis de sistemas de secreción de proteínas de BRADYRHIZOBIA aislados de LUPINUS spp. de la península ibérica

Análisis de sistemas de secreción de proteínas tipo III y VI

Análisis de las relaciones morfología-propiedades en nanocompuestos basados en matrices de copolímeros de bloque

El objetivo principal de la presente investigación ha sido desarrollar una nueva clase de materiales nanocompuestos orgánicos-inorgánicos basados en la capacidad de los copolímeros de bloque de auto-organizarse promoviendo la dispersión de nanopartículas, así como relacionar las diferentes morfologías obtenidas con las propiedades finales de los nanocompuestos. Para generar la nanoestructuración de estos nanocompuestos basados en copolímeros de bloque, como el poli(estireno-b-isopreno-b-estireno) (SIS) y el poli(estireno-b-butadieno-b-estireno) (SBS) en nanopartículas de plata, se han utilizado los conceptos de compatibilización y confinamiento. Es decir, las nanopartículas inorgánicas se confinaron en una sola fase del copolímero de bloque mediante tratamientos superficiales y su funcionalización física. En particular, se utilizaron surfactantes (el cloruro de tetrametilamonio, TMAC, y el dodecanotiol, DT) para favorecer la interacción entre las nanopartículas inorgánicas y la matriz polimérica. Teniendo en cuenta los cálculos teóricos de los parámetros de solubilidad obtenidos mediante la teoría de Hoftizer-Van Krevelen, y la electronegatividad propia de los diferentes elementos, los dos surfactantes elegidos tienen una muy buena compatibilidad con el bloque de estireno favoreciendo la localización de las nanopartículas de plata en este bloque.

Estudio proteómico de las vesículas extracelulares y del secretoma de "Candida albicans" y análisis funcional de proteínas de superficie celular

Candida albicans es un importante patógeno oportunista en humanos, que puede causar distintos tipos de infecciones, desde micosis superficiales hasta sistémicas. La candidiasis invasiva es una enfermedad que puede causar mortalidad en pacientes inmunocomprometidos. Para causar daño en el hospedador, C. albicans cuenta con una serie de factores de virulencia. Entre ellos destaca la capacidad de cambiar su forma de crecimiento de levadura a hifa. La superficie celular es la estructura más externa de la célula y el punto de contacto entre el hongo y el hospedador. Las proteínas de superficie tienen un papel importante en la integridad estructural de la célula y en la adherencia e invasión de células del hospedador. Una de las proteínas localizadas en la superficie celular es Ecm33, una proteína de pared celular con anclaje glicosilfosfatidilinositol (GPI). La deleción de esta proteína afecta a la morfología tanto de levaduras como de hifas, dando como resultado células con la pared celular alterada y virulencia reducida tanto en condiciones in vitro como in vivo. El secretoma o las proteínas secretadas por C. albicans son también relevantes en la interacción patógeno-hospedador. C. albicans secreta muchas proteínas importantes relacionadas con diferentes procesos, entre los que se incluyen la formación de biofilms, la adquisición de nutrientes y el mantenimiento de la integridad de la pared celular. Muchas de estas proteínas secretadas, como las pertenecientes a las familias de aspartil proteasas (Sap) y la familia de fosfolipasas B (Plb), también han sido detectadas en la pared celular, ya que deben pasar a través de ella en su tránsito hacia el medio extracelular. Estas proteínas tienen un péptido señal en el extremo N-terminal que es el responsable de dirigirlas a la ruta clásica de secreción. Sin embargo, cerca de un tercio de las proteínas identificadas en el medio extracelular de C. albicans no poseen dicho péptido señal en su secuencia...

Development of nanohydrogels as a vehicle for the release of bioactive compounds in food matrices

PhD in Chemical and Biological Engineering

Métodos estadístico-computacionales para la caracterización de patrones de expresión de proteínas en 2D-DIGE

El volumen de datos provenientes de experimentos basados en genómica y poteómica es grande y de estructura compleja. Solo a través de un análisis bioinformático/bioestadístico eficiente es posible identificar y caracterizar perfiles de expresión de genes y proteínas que se expresan en forma diferencial bajo distintas condiciones experimentales (CE). El objetivo principal es extender las capacidades computacionales y analíticos de los softwares disponibles de análisis de este tipo de datos, en especial para aquellos aplicables a datos de electroforésis bidimensional diferencial (2D-DIGE). En DIGE el método estadístico más usado es la prueba t de Student cuya aplicación presupone una única fuente de variación y el cumplimiento de ciertos supuestos distribucionales de los datos (como independencia y homogeneidad de varianzas), los cuales no siempre se cumplen en la práctica, pudiendo conllevar a errores en las estimaciones e inferencias de los efectos de interés. Los modelos Generalizados lineales mixtos (GLMM) permiten no solo incorporar los efectos que, se asume, afectan la variación de la respuesta sino que también modelan estructuras de covarianzas y de correlaciones más afines a las que se presentan en la realidad, liberando del supuesto de independencia y de normalidad. Estos modelos, más complejos en esencia, simplificará el análisis debido a la modelización directa de los datos crudos sin la aplicación de transformaciones para lograr distribuciones más simétricas. Produciendo también a una estimación estadísticamente más eficiente de los efectos presentes y por tanto a una detección más certera de los genes/ proteínas involucrados en procesos biológicos de interés. La característica relevante de esta tecnología es que no se conoce a priori cuáles son las proteínas presentes. Estas son identificadas mediante otras técnicas más costosas una vez que se detectó un conjunto de manchas diferenciales sobre los geles 2DE. Por ende disminuir los falsos positivos es fundamental en la identificación de tales manchas ya que inducen a resultados erróneas y asociaciones biológica ficticias. Esto no solo se logrará mediante el desarrollo de técnicas de normalización que incorporen explícitamente las CE, sino también con el desarrollo de métodos que permitan salirse del supuesto de gaussianidad y evaluar otros supuestos distribucionales más adecuados para este tipo de datos. También, se desarrollarán técnicas de aprendizaje automática que mediante optimización de funciones de costo específicas nos permitan identificar el subconjunto de proteínas con mayor potencialidad diagnóstica. Este proyecto tiene una alta componente estadístico/bioinformática, pero creemos que es el campo de aplicación, es decir la genómica y la proteómica, los que mas se beneficiarán con los resultados esperados. Para tal fin se utilizarán diversas bases de datos de distintos experimentos provistos por distintos centros de investigación nacionales e internacionales

Desarrollo de metodología e instrumentación para el análisis de compuestos de interés biológico en sistemas de flujo continuo

La cromatogafía líquida de alta perfomance (HPLC) se ha transformado en una de las herramientas analíticas preferidas en el ámbito académico, tecnológico e industrial. Aunque la técnica data de fin de la década del ´60, no ha sido hasta mediado de los años '70 que la misma ganó popularidad, fundamentalmente por los avances logrados en la reproducibilidad de la fabricación de fases estacionarias, mejores bombas de alta presión y el desarrollo de detectores más sensibles. La cromatografía líquida de alta performance es en la actualidad una técnica de gran utilidad en la química clínica y en la bioquímica. Esta técnica resulta muy útil para el análisis de compuestos a nivel de trazas dentro de las complejas matrices biológicas. El objetivo principal del presente proyecto es realizar investigaciones en el área de la Química Analítica, específicamente química bioanalítica, a fin de desarrollar metodologías y detectores electroquímicos altamente sensibles y selectivos para el análisis de compuestos de interés biológico mediante cromatografía líquida de alta presión. El proyecto comprende tres líneas íntimamente relacionadas: A) Análisis de metabolitos de catecolaminas por HPLC con apareamiento iónico, en orina de ratas cuyas madres han sido sometidas a estrés por inmovilización; esto permitirá correlacionar el efecto del estrés prenatal en los niveles de catecolaminas presentes en las crías. Esta línea está comprendida en un objetivo más amplio que es correlacionar el efecto del estrés prenatal sobre la madurez sexual de las crías. B) Análisis de antibióticos del grupo de las fluoroquinolonas mediante técnicas electroquímicas y de HPLC. Se pretenden elucidar los procesos de electrodo que ocurren durante la electrorreducción de antibióticos del grupo de las fluoroquinolonas, para de esta manera desarrollar detectores electroquímicos para sistemas de flujo continuo. C) Desarrollo de un micropotenciostato computarizado para la detección en sistemas de flujo continuo. (...) También se pretende implementar el uso de un microelectrodo anular desarrollado en la Comisión Nacional de Energía Atómica.

Expresión de genes placentarios y análisis de sus productos proteicos: Relación con genes homólogos bacterianos

La diferenciación celular es la resultante del control de la expresión de un conjunto de genes específicos que determinan las características funcionales y morfológicas de una célula. Diversas causas inductoras de tumores alteran el control genético en células completamente diferenciadas, promoviendo entre los numerosos disturbios moleculares, la activa expresión de genes que deberían estar reprimidos. En las etapas prematuras de su desarrollo la placenta humana posee propiedades biológicas que se asemejan a las de un tumor, como por ejemplo el activo crecimiento tisular, la invasividad y la expresión de proteínas que no se encuentran habitualmente en tejidos normales sino solamente en condiciones de transformación tumoral. En condiciones normales sintetiza y secreta una variedad de esteroides (progesterona y estradiol), enzimas involucradas en su síntesis (3beta-SDH, aromatasa), hormonas peptídicas (HCG, HPL) y proteínas específicas del embarazo, entre ellas las denominadas PSG. Objetivos Generales: Comprende el estudio de la expresión, regulación y probable funcionalidad de genes placentales tanto en condiciones fisiológicas como patológicas. Se caracterizarán secuencias de DNA y proteínas que intervienen en el control de esos genes. Se analizarán algunos genes que determinan la patogénesis bacteriana. Objetivos Específicos. Comprende las siguientes actividades: Tema 1: Expresión y funcionalidad de genes PSG y de 3beta-SDH. Tema 2: Expresión diferencial de genes en tumores trofoblásticos (Mola Hidatiforme). Tema 3: Caracterización topográfica-funcional de 3beta-SDH. Relación con otras enzimas esteroidogénicas. Tema 4: Estudios de genes y productos de organismos procariotas. Tema 5: Aplicaciones de la Biología Molecular en: a) Diagnóstico de enfermedades Hematológicas y Endocrinológicas. b) Tipificación de bacterias patógenas