Semi-algebraic methods for symbolic analysis of complex reaction networks

The identification of chemical mechanism that can exhibit oscillatory phenomena in reaction networks are currently of intense interest. In particular, the parametric question of the existence of Hopf bifurcations has gained increasing popularity due to its relation to the oscillatory behavior around the fixed points. However, the detection of oscillations in high-dimensional systems and systems with constraints by the available symbolic methods has proven to be difficult. The development of new efficient methods are therefore required to tackle the complexity caused by the high-dimensionality and non-linearity of these systems. In this thesis, we mainly present efficient algorithmic methods to detect Hopf bifurcation fixed points in (bio)-chemical reaction networks with symbolic rate constants, thereby yielding information about their oscillatory behavior of the networks. The methods use the representations of the systems on convex coordinates that arise from stoichiometric network analysis. One of the methods called HoCoQ reduces the problem of determining the existence of Hopf bifurcation fixed points to a first-order formula over the ordered field of the reals that can then be solved using computational-logic packages. The second method called HoCaT uses ideas from tropical geometry to formulate a more efficient method that is incomplete in theory but worked very well for the attempted high-dimensional models involving more than 20 chemical species. The instability of reaction networks may lead to the oscillatory behaviour. Therefore, we investigate some criterions for their stability using convex coordinates and quantifier elimination techniques. We also study Muldowney's extension of the classical Bendixson-Dulac criterion for excluding periodic orbits to higher dimensions for polynomial vector fields and we discuss the use of simple conservation constraints and the use of parametric constraints for describing simple convex polytopes on which periodic orbits can be excluded by Muldowney's criteria. All developed algorithms have been integrated into a common software framework called PoCaB (platform to explore bio- chemical reaction networks by algebraic methods) allowing for automated computation workflows from the problem descriptions. PoCaB also contains a database for the algebraic entities computed from the models of chemical reaction networks.

Maygen: A Symbolic Debugger Generation System

With the development of high-level languages for new computer architectures comes the need for appropriate debugging tools as well. One method for meeting this need would be to develop, from scratch, a symbolic debugger with the introduction of each new language implementation for any given architecture. This, however, seems to require unnecessary duplication of effort among developers. This paper describes Maygen, a "debugger generation system," designed to efficiently provide the desired language-dependent and architecture-dependent debuggers. A prototype of the Maygen system has been implemented and is able to handle the semantically different languages of C and OPAL.

The Kineticist's Workbench: Combining Symbolic and Numerical Methods in the Simulation of Chemical Reaction Mechanisms

The Kineticist's Workbench is a program that simulates chemical reaction mechanisms by predicting, generating, and interpreting numerical data. Prior to simulation, it analyzes a given mechanism to predict that mechanism's behavior; it then simulates the mechanism numerically; and afterward, it interprets and summarizes the data it has generated. In performing these tasks, the Workbench uses a variety of techniques: graph- theoretic algorithms (for analyzing mechanisms), traditional numerical simulation methods, and algorithms that examine simulation results and reinterpret them in qualitative terms. The Workbench thus serves as a prototype for a new class of scientific computational tools---tools that provide symbiotic collaborations between qualitative and quantitative methods.

La construcción de sentido del inicio de un cambio estratégico en las organizaciones: el caso de la Universidad del Rosario

A través de un caso de estudio se explora cómo la construcción de sentido de un grupo de directivos, bajo una misma inspiración, generó el inicio de un cambio estratégico en una prestigiosa y reconocida universidad colombiana, la Universidad del Rosario. Una institución que en un momento determinado notó que estaba siendo percibida dentro del sector de la educación superior como pequeña, estática en el avance de algunas disciplinas del conocimiento y conservadora; en otras palabras, que estaba perdiendo el reconocimiento que usualmente la había acompañado. A través del estudio de este caso se utilizó la técnica de análisis de discurso para comprender la construcción de sentido del inicio de un cambio estratégico en las organizaciones. Esta técnica permitió analizar la información cualitativa derivada de las entrevistas que se realizaron en profundidad a la cúpula de directivos de la institución y a algunos destacados representantes del sector de la Educación Superior en Colombia. Los resultados sugieren que se hicieron presentes, efectivamente, algunas condiciones específicas que marcaron el inicio de un cambio estratégico en la institución y un viraje en su identidad e imagen. Hechos que se sustentaron en los miembros de un equipo que procuró interpretar y comprender los cambios existentes en el entorno global y local, y asimilar, igualmente, algunos destacados retos que se planteaban por aquella época, al interior de la propia Universidad

WAIS seminar: Computer Science, the Revolution in Schools

Tuesday 22nd April 2014 Speaker(s): Sue Sentance Organiser: Leslie Carr Time: 22/04/2014 15:00-16:00 Location: B32/3077 File size: 698 Mb Abstract Until recently, "computing" education in English schools mainly focused on developing general Digital Literacy and Microsoft Office skills. As of this September, a new curriculum comes into effect that provides a strong emphasis on computation and programming. This change has generated some controversy in the news media (4-year-olds being forced to learn coding! boss of the government’s coding education initiative cannot code shock horror!!!!) and also some concern in the teaching profession (how can we possibly teach programming when none of the teachers know how to program)? Dr Sue Sentance will explain the work of Computing At School, a part of the BCS Academy, in galvanising universities to help teachers learn programming and other computing skills. Come along and find out about the new English Computing Revolution - How will your children and your schools be affected? - How will our University intake change? How will our degrees have to change? - What is happening to the national perception of Computer Science?

Revolution in France : the era of the French Revolution and Napoleon, 1789-1815.

Texto adaptado al currículo nacional inglés en la materia de historia, estudia los acontecimientos ocurridos en Francia desde finales del siglo XVIII hasta la caída del imperio napoleónico a principios del siglo siguiente; así como la pervivencia, hasta nuestros días, del legado de la Revolución Francesa y de la época napoleónica.

Russia in war and revolution : Russia 1900-1924.

Se examinan las malas condiciones de vida en las que se encontraba la población rusa a principios del siglo XX, y lo poco que el gobierno zarista hizo para mejorarlas. Se describen los acontecimientos que llevaron a los bolcheviques al poder en 1917 y cómo Lenin obtuvo el control del país, introdujo una nueva política económica y una nueva constitución. Incluye fragmentos de fuentes históricas originales, así como, material de aprendizaje activo: ejercicios, preguntas, y pruebas.

Evolution revolution : from Darwin to DNA.

La evolución explica cómo llegamos a existir. Más de ciento cincuenta años más tarde de las teorías de Darwin, sus ideas se han hecho más convincentes, aunque siguen siendo controvertidas en algunas partes del mundo. Este conocimiento nos ayuda a comprender la enfermedad y la salud, nuestros instintos, emociones y, por encima de todo, a reconocer lo próximos que estamos de otros organismos vivos.

Citizens' minds : the French Revolution.

Ayuda a los alumnos a entender la mentalidad de las personas que vivieron la Revolución Francesa. Para lo cual estudia las condiciones sociales, políticas y económicas de Francia y de sus ciudadanos en los años previos a la Revolución, durante la fase del Terror y en la era napoleónica. Cada sección se estructura como una investigación histórica, para que cada estudiante seleccione, ordene y clasifique la información y aprenda a relacionar las cuestiones clave. Su contenido se adapta al curriculum nacional inglés.

Citizens' minds. Teacher's book : the French Revolution.

Es un recurso para el profesor basado en el libro del alumno, que le ayuda a planificar el estudio. Utiliza preguntas de carácter muy general, para dar a los estudiantes una visión de conjunto y en profundidad de los acontecimientos históricos.

Renaissance, revolution and reformation : Britain, 1485-1750.

Esta adaptado a la enseñanza de la historia en la etapa 3 (key stage 3) de secundaria. Incluye nuevos temas respecto de la anterior edición; una sección general que explica como abordar los conceptos clave y los procesos; tareas y actividades, en las que se destaca el trabajo en equipo; y el desarrollo de habilidades históricas como formas para aprovechar las pruebas, su interpretación y significado; y la comprensión de la cronología utilizando fechas precisas, el vocabulario correcto y términos cronológicos.

France in revolution.

Se adapta su contenido a las especificaciones AS y A2 de 2008 de todos los tribunales examinadores. Estudia las causas de la Revolución Francesa, su impacto político, social y económico y el establecimiento del Terror. También, se incluye un capítulo adicional sobre el dominio napoleónico en Francia entre 1799 y 1815. Contiene fechas clave, términos y temas, perfiles biográficos, resúmenes esquemáticos, fuentes literarias y síntesis de los principales debates historiográficos.

Edexcel AS History: Russia in Revolution 1881-1924 , from Autocracy to Dictatorship.

Esta guía ha sido escrita por un examinador y explica los requisitos de cada unidad, resume el contenido relevante de cada unidad e incluye una serie de preguntas y respuestas. Cumple los requisitos establecidos para aprobar el examen de historia del nivel Edexcel AS que pertenece al segundo ciclo de enseñanza secundaria. El tema principal del libro es Rusia en la revolución, 1881-1924, de la autocracia a la dictadura, los otros temas del libro son: Rusia en 1881, la realización de la revolución 1881-1905, la revolución de 1905, la caída del régimen zarista 1905-17, el fracaso del gobierno provisional de 1917, Lenin en el poder: 1917-24.