Caratterizzazione mediante HPLC-MS di modifiche post-trasduzionali di proteine istoniche

Gli istoni sono proteine basiche che possono essere classificate in varie classi: H1, H2A, H2B, H3 e H4. Queste proteine formano l’ottamero proteico attorno al quale si avvolge il DNA per formare il nucleosoma che è l’unità fondamentale della cromatina. A livello delle code N-terminali, gli istoni possono essere soggetti a numerose modifiche posttraduzionali quali acetilazioni, metilazioni, fosforilazioni, ADP-ribosilazioni e ubiquitinazioni. Queste modifiche portano alla formazione di diversi siti di riconoscimento per diversi complessi enzimatici coinvolti in importanti processi come la riparazione e la replicazione del DNA e l’assemblaggio della cromatina. La più importante e la più studiata di queste modifiche è l’acetilazione che avviene a livello dei residui amminici della catena laterale dell’amminoacido lisina. I livelli corretti di acetilazione delle proteine istoniche sono mantenuti dall’attività combinata di due enzimi: istone acetil transferasi (HAT) e istone deacetilasi (HDAC). Gli enzimi appartenenti a questa famiglia possono essere suddivisi in varie classi a seconda delle loro diverse caratteristiche, quali la localizzazione cellulare, la dimensione, l’omologia strutturale e il meccanismo d’azione. Recentemente è stato osservato che livelli aberranti di HDAC sono coinvolti nella carcinogenesi; per questo motivo numerosi gruppi di ricerca sono interessati alla progettazione e alla sintesi di composti che siano in grado di inibire questa classe enzimatica. L’inibizione delle HDAC può infatti provocare arresto della crescita cellulare, apoptosi o morte cellulare. Per questo motivo la ricerca farmaceutica in campo antitumorale è mirata alla sintesi di inibitori selettivi verso le diverse classi di HDAC per sviluppare farmaci meno tossici e per cercare di comprendere con maggiore chiarezza il ruolo biologico di questi enzimi. Il potenziale antitumorale degli inibitori delle HDAC deriva infatti dalla loro capacità di interferire con diversi processi cellulari, generalmente non più controllati nelle cellule neoplastiche. Nella maggior parte dei casi l’attività antitumorale risiede nella capacità di attivare programmi di differenziamento, di inibire la progressione del ciclo cellulare e di indurre apoptosi. Inoltre sembra essere molto importante anche la capacità di attivare la risposta immunitaria e l’inibizione dell’angiogenesi. Gli inibitori delle HDAC possono essere a loro volta classificati in base alla struttura chimica, alla loro origine (naturale o sintetica), e alla loro capacità di inibire selettivamente le HDAC appartenenti a classi diverse. Non è ancora chiaro se la selettività di queste molecole verso una specifica classe di HDAC sia importante per ottenere un effetto antitumorale, ma sicuramente inibitori selettivi possono essere molto utili per investigare e chiarire il ruolo delle HDAC nei processi cellulari che portano all’insorgenza del tumore. Nel primo capitolo di questa tesi quindi è riportata un’introduzione sull’importanza delle proteine istoniche non solo da un punto di vista strutturale ma anche funzionale per il destino cellulare. Nel secondo capitolo è riportato lo stato dell’arte dell’analisi delle proteine istoniche che comprende sia i metodi tradizionali come il microsequenziamento e l’utilizzo di anticorpi, sia metodi più innovativi (RP-LC, HILIC, HPCE) ideati per poter essere accoppiati ad analisi mediante spettrometria di massa. Questa tecnica consente infatti di ottenere importanti e precise informazioni che possono aiutare sia a identificare gli istoni come proteine che a individuare i siti coinvolti nelle modifiche post-traduzionali. Nel capitolo 3 è riportata la prima parte del lavoro sperimentale di questa tesi volto alla caratterizzazione delle proteine istoniche mediante tecniche cromatografiche accoppiate alla spettrometria di massa. Nella prima fase del lavoro è stato messo a punto un nuovo metodo cromatografico HPLC che ha consentito di ottenere una buona separazione, alla linea di base, delle otto classi istoniche (H1-1, H1-2, H2A-1, H2A-2, H2B, H3-1, H3-2 e H4). La separazione HPLC delle proteine istoniche ha permesso di poter eseguire analisi accurate di spettrometria di massa mediante accoppiamento con un analizzatore a trappola ionica tramite la sorgente electrospray (ESI). E’ stato così possibile identificare e quantificare tutte le isoforme istoniche, che differiscono per il tipo e il numero di modifiche post-traduzionali alle quali sono soggette, previa estrazione da colture cellulari di HT29 (cancro del colon). Un’analisi così dettagliata delle isoforme non può essere ottenuta con i metodi immunologici e permette di eseguire un’indagine molto accurata delle modifiche delle proteine istoniche correlandole ai diversi stadi della progressione del ciclo e alla morte cellulare. Il metodo messo a punto è stato convalidato mediante analisi comparative che prevedono la stessa separazione cromatografica ma accoppiata a uno spettrometro di massa avente sorgente ESI e analizzatore Q-TOF, dotato di maggiore sensibilità e risoluzione. Successivamente, per identificare quali sono gli specifici amminoacidi coinvolti nelle diverse modifiche post-traduzionali, l’istone H4 è stato sottoposto a digestione enzimatica e successiva analisi mediante tecniche MALDI-TOF e LC-ESI-MSMS. Queste analisi hanno permesso di identificare le specifiche lisine acetilate della coda N-terminale e la sequenza temporale di acetilazione delle lisine stesse. Nel quarto capitolo sono invece riportati gli studi di inibizione, mirati a caratterizzare le modifiche a carico delle proteine istoniche indotte da inibitori delle HDAC, dotati di diverso profilo di potenza e selettività. Dapprima Il metodo messo a punto per l’analisi delle proteine istoniche è stato applicato all’analisi di istoni estratti da cellule HT29 trattate con due noti inibitori delle HDAC, valproato e butirrato, somministrati alle cellule a dosi diverse, che corrispondono alle dosi con cui sono stati testati in vivo, per convalidare il metodo per studi di inibizione di composti incogniti. Successivamente, lo studio è proseguito con lo scopo di evidenziare effetti legati alla diversa potenza e selettività degli inibitori. Le cellule sono state trattate con due inibitori più potenti, SAHA e MS275, alla stessa concentrazione. In entrambi i casi il metodo messo a punto ha permesso di evidenziare l’aumento dei livelli di acetilazione indotto dal trattamento con gli inibitori; ha inoltre messo in luce differenti livelli di acetilazione. Ad esempio il SAHA, potente inibitore di tutte le classi di HDAC, ha prodotto un’estesa iperacetilazione di tutte le proteine istoniche, mentre MS275 selettivo per la classe I di HDAC, ha prodotto modifiche molto più blande. E’ stato quindi deciso di applicare questo metodo per studiare la dose e la tempo-dipendenza dell’effetto di quattro diversi inibitori delle HDAC (SAHA, MS275, MC1855 e MC1568) sulle modifiche post-traduzionali di istoni estratti da cellule HT29. Questi inibitori differiscono oltre che per la struttura chimica anche per il profilo di selettività nei confronti delle HDAC appartenenti alle diverse classi. Sono stati condotti quindi studi di dose-dipendenza che hanno consentito di ottenere i valori di IC50 (concentrazione capace di ridurre della metà la quantità relativa dell’istone meno acetilato) caratteristici per ogni inibitore nei confronti di tutte le classi istoniche. E’ stata inoltre calcolata la percentuale massima di inibizione per ogni inibitore. Infine sono stati eseguiti studi di tempo-dipendenza. I risultati ottenuti da questi studi hanno permesso di correlare i livelli di acetilazione delle varie classi istoniche con la selettività d’azione e la struttura chimica degli inibitori somministrati alle cellule. In particolare, SAHA e MC1855, inibitori delle HDAC di classi I e II a struttura idrossamica, hanno causato l’iperacetilazione di tutte le proteine istoniche, mentre MC1568 (inibitore selettivo per HDAC di classe II) ha prodotto l’iperacetilazione solo di H4. Inoltre la potenza e la selettività degli inibitori nel provocare un aumento dei livelli di acetilazione a livello delle distinte classi istoniche è stata correlata al destino biologico della cellula, tramite studi di vitalità cellulare. E’ stato osservato che il SAHA e MC1855, inibitori potenti e non selettivi, somministrati alla coltura HT29 a dose 50 μM producono morte cellulare, mentre MS275 alla stessa dose produce accumulo citostatico in G1/G0. MC1568, invece, non produce effetti significatici sul ciclo cellulare. Questo studio ha perciò dimostrato che l’analisi tramite HPLC-ESI-MS delle proteine istoniche permette di caratterizzare finemente la potenza e la selettività di nuovi composti inibitori delle HDAC, prevedendone l’effetto sul ciclo cellulare. In maggiore dettaglio è risultato che l’iperacetilazione di H4 non è in grado di provocare modifiche significative sul ciclo cellulare. Questo metodo, insieme alle analisi MALDI-TOF e LC-ESI-MSMS che permettono di individuare l’ordine di acetilazione delle lisine della coda N-terminale, potrà fornire importanti informazioni sugli inibitori delle HDAC e potrà essere applicato per delineare la potenza, la selettività e il meccanismo di azione di nuovi potenziali inibitori di questa classe enzimatica in colture cellulari tumorali.

Sviluppo di metodologie di localizzazione nel contesto del Comprehensive Nuclear Test-Ban Treaty

Since the first underground nuclear explosion, carried out in 1958, the analysis of seismic signals generated by these sources has allowed seismologists to refine the travel times of seismic waves through the Earth and to verify the accuracy of the location algorithms (the ground truth for these sources was often known). Long international negotiates have been devoted to limit the proliferation and testing of nuclear weapons. In particular the Treaty for the comprehensive nuclear test ban (CTBT), was opened to signatures in 1996, though, even if it has been signed by 178 States, has not yet entered into force, The Treaty underlines the fundamental role of the seismological observations to verify its compliance, by detecting and locating seismic events, and identifying the nature of their sources. A precise definition of the hypocentral parameters represents the first step to discriminate whether a given seismic event is natural or not. In case that a specific event is retained suspicious by the majority of the State Parties, the Treaty contains provisions for conducting an on-site inspection (OSI) in the area surrounding the epicenter of the event, located through the International Monitoring System (IMS) of the CTBT Organization. An OSI is supposed to include the use of passive seismic techniques in the area of the suspected clandestine underground nuclear test. In fact, high quality seismological systems are thought to be capable to detect and locate very weak aftershocks triggered by underground nuclear explosions in the first days or weeks following the test. This PhD thesis deals with the development of two different seismic location techniques: the first one, known as the double difference joint hypocenter determination (DDJHD) technique, is aimed at locating closely spaced events at a global scale. The locations obtained by this method are characterized by a high relative accuracy, although the absolute location of the whole cluster remains uncertain. We eliminate this problem introducing a priori information: the known location of a selected event. The second technique concerns the reliable estimates of back azimuth and apparent velocity of seismic waves from local events of very low magnitude recorded by a trypartite array at a very local scale. For the two above-mentioned techniques, we have used the crosscorrelation technique among digital waveforms in order to minimize the errors linked with incorrect phase picking. The cross-correlation method relies on the similarity between waveforms of a pair of events at the same station, at the global scale, and on the similarity between waveforms of the same event at two different sensors of the try-partite array, at the local scale. After preliminary tests on the reliability of our location techniques based on simulations, we have applied both methodologies to real seismic events. The DDJHD technique has been applied to a seismic sequence occurred in the Turkey-Iran border region, using the data recorded by the IMS. At the beginning, the algorithm was applied to the differences among the original arrival times of the P phases, so the cross-correlation was not used. We have obtained that the relevant geometrical spreading, noticeable in the standard locations (namely the locations produced by the analysts of the International Data Center (IDC) of the CTBT Organization, assumed as our reference), has been considerably reduced by the application of our technique. This is what we expected, since the methodology has been applied to a sequence of events for which we can suppose a real closeness among the hypocenters, belonging to the same seismic structure. Our results point out the main advantage of this methodology: the systematic errors affecting the arrival times have been removed or at least reduced. The introduction of the cross-correlation has not brought evident improvements to our results: the two sets of locations (without and with the application of the cross-correlation technique) are very similar to each other. This can be commented saying that the use of the crosscorrelation has not substantially improved the precision of the manual pickings. Probably the pickings reported by the IDC are good enough to make the random picking error less important than the systematic error on travel times. As a further justification for the scarce quality of the results given by the cross-correlation, it should be remarked that the events included in our data set don’t have generally a good signal to noise ratio (SNR): the selected sequence is composed of weak events ( magnitude 4 or smaller) and the signals are strongly attenuated because of the large distance between the stations and the hypocentral area. In the local scale, in addition to the cross-correlation, we have performed a signal interpolation in order to improve the time resolution. The algorithm so developed has been applied to the data collected during an experiment carried out in Israel between 1998 and 1999. The results pointed out the following relevant conclusions: a) it is necessary to correlate waveform segments corresponding to the same seismic phases; b) it is not essential to select the exact first arrivals; and c) relevant information can be also obtained from the maximum amplitude wavelet of the waveforms (particularly in bad SNR conditions). Another remarkable point of our procedure is that its application doesn’t demand a long time to process the data, and therefore the user can immediately check the results. During a field survey, such feature will make possible a quasi real-time check allowing the immediate optimization of the array geometry, if so suggested by the results at an early stage.

Razionalizzazione di un magazzino slow moving in una azienda metalmeccanica

ABSTRACT In passato valeva il motto “grande è meglio”. Le aziende avevano enormi magazzini che riempivano fino a che questi riuscivano a contenere merce. Ciò avveniva nella convinzione che gli alti costi della gestione delle scorte sarebbero stati superati dalle vendite. Negli ultimi anni le aziende hanno però radicalmente cambiato il loro approccio alla gestione delle rimanenze: queste, vengono considerate un eccesso e i magazzini con elevate scorte vengono visti come un‟opportunità mancata e capitale sprecato. I produttori sono sempre più consapevoli della necessità di minimizzare l‟inventario e massimizzare la rotazione dei prodotti. In questo contesto si inseriscono le problematiche connesse alla gestione delle scorte, con particolare riferimento al fenomeno dello slow moving, espressione che indica tutti i materiali a lenta movimentazione stoccati a magazzino. Questi spesso rappresentano un importante onere finanziario per le aziende: si sostengono costi di immobilizzo del capitale, di stoccaggio del materiale oltre a quelli connessi al rischio di obsolescenza. Molto spesso si tende a trascurare il problema, fino a quando le dimensioni di quest‟ultimo si ingrandiscono al punto di diventare una priorità aziendale da cui si cerca una rapida soluzione. L‟elaborato presenta un preliminare studio di caso che ha costituito il punto di partenza per la progettazione di un action plan per la riduzione e lo smaltimento degli item obsoleti e a bassa movimentazione di una realtà aziendale italiana del settore metalmeccanico di cui si presentano anche i primi risultati dell‟implementazione. Dopo aver fornito una panoramica teorica sul ruolo e la gestione delle scorte, si passa ad analizzare il problema dello slow moving in una particolare realtà aziendale, la Biffi s.r.l. di Fiorenzuola d‟Arda (Piacenza), un‟ impresa che dal 1955 produce attuatori per valvole. Esaminato il mercato di riferimento, il tipo di prodotto e il processo di fabbricazione, si passa all‟as-is del magazzino. Attraverso tale analisi, vengono poste in risalto le problematiche legate all‟identificazione, classificazione e gestione dei codici slow moving. E‟ stato proprio lo studio di questi dati che ha posto le basi per lo sviluppo dell‟action plan per la razionalizzazione delle giacenze a magazzino. Nell‟ultima parte dell‟elaborato ho quindi descritto le azioni intraprese e presentato i risultati ottenuti, che hanno consentito risparmi significativi senza effettuare investimenti , ma semplicemente utilizzando al meglio le risorse già disponibili.

La traduzione intralinguistica, interlinguistica e intercodica della trilogia marsigliese di Jean Claude Izzo

Il testo ripercorre le origini del romanzo poliziesco, la sua struttura, le tecniche narrative utilizzate e l’evoluzione del genere che ha condotto alla nascita del Noir francese e del Noir Mediterraneo. Arrivando ad osservare che per le sue caratteristiche, la letteratura noir in generale presenta specificità di tipo culturale, ambientale e linguistico, che risultano molto evidenti nell’opera di Izzo, si giunge a considerare come sia necessario per il traduttore porsi rispetto all’opera come un antropologo o un etnologo, di farsi cioè interprete di una “cultura”. Nella terza parte del lavoro vengono presentati la Trilogia di Izzo, la struttura narrativa e gli elementi socio-culturali presenti nell’opera. La quarta parte propone le teorie relative sia al problema della traduzione interlinguistica, sia a quello della traduzione intralinguistica e successivamente dopo una analisi della traduzione italiana dei testi, presenta, in appendice, una possibile traduzione del prologo di Total Khéops, inteso come sintesi delle caratteristiche narrative e culturali dell’autore. La parte conclusiva di questo lavoro riguarda la traduzione intercodica e, seguendo la linea di pensiero che ha governato l’analisi della Trilogia vengono presi in esame e messi a confronto col testo narrativo alcuni dialoghi significativi dell’adattamento per la televisione.

Le traduzioni italiane d'autore di Madame Bovary di Flaubert

Confrontarsi con lo stile di un autore e riuscire a trasferirlo con tutte le sue sfumature in un’altra lingua rappresenta da sempre per il traduttore una sfida di non poco conto, soprattutto se le peculiarità stilistiche da riprodurre sono quelle di un autore come Flaubert. È nell’incredibile universo racchiuso negli studi e nelle ricerche relative alla traduzione, nel quale, timidamente, ci proponiamo di inoltrarci, attraverso uno dei capolavori della letteratura mondiale, Madame Bovary, e in particolare attraverso un’indagine critica di alcune traduzioni italiane realizzate da scrittori in proprio: Diego Valeri (1936), Oreste del Buono (1965), Natalia Ginzburg (1983) e Maria Luisa Spaziani (1997). Focalizzeremo la nostra attenzione innanzitutto sulla traduzione d’autore, nella quale, più che in ogni altra tipologia di atto traspositivo, si intersecano fedeltà e tradimento, creatività e interventismo, letteralità e rielaborazione. Proseguiremo con un’ampia e articolata analisi del testo di partenza, in cui verranno messe in luce le principali peculiarità del romanzo e dello stile autoriale. Entrando poi nella specificità delle diverse traduzioni, procederemo a un esame comparativo della resa di alcuni tratti caratteristici del romanzo da parte dei vari traduttori, in particolare circa le metafore e le similitudini; la terminologia specialistica, che denota il realismo flaubertiano; i vocaboli appartenenti a diversi livelli linguistici, attinti sia dalle varietà diacroniche sia da quelle sincroniche del francese e infine, alcune configurazioni frastiche particolari del testo, quelle che, anziché improntarsi alla varietas grammaticale, mostrano una monotonia grammaticale voluta, con la funzione di riprodurre a livello sintattico quanto espresso semanticamente. Seguirà l’analisi del contesto socio-letterario in cui si collocano le traduzioni oggetto di studio, articolata in un’indagine comparativa sullo stadio della lingua italiana, sullo statuto della traduzione e sulle attitudini traspositive riguardo a certi elementi del discorso. La determinazione del quadro d’insieme, unitamente agli aspetti estrapolati nel corso della trattazione, consentirà la definizione di ogni sujet traduisant e della sua position traductive circa il significato, le finalità, le forme e i modi del tradurre, nel tentativo di ricondurre le variazioni apportate al testo originale allo stile di ogni singolo scrittore in proprio. A completamento del lavoro inseriremo in appendice la nostra proposta traduttiva degli atti del processo a Madame Bovary.

Strategie di elaborazione di tracciati GPS per reti veicolari

Il proliferare di dispositivi di elaborazione e comunicazione mobili (telefoni cellulari, computer portatili, PDA, wearable devices, personal digital assistant) sta guidando un cambiamento rivoluzionario nella nostra società dell'informazione. Si sta migrando dall'era dei Personal Computer all'era dell'Ubiquitous Computing, in cui un utente utilizza, parallelamente, svariati dispositivi elettronici attraverso cui può accedere a tutte le informazioni, ovunque e quantunque queste gli si rivelino necessarie. In questo scenario, anche le mappe digitali stanno diventando sempre più parte delle nostre attività quotidiane; esse trasmettono informazioni vitali per una pletora di applicazioni che acquistano maggior valore grazie alla localizzazione, come Yelp, Flickr, Facebook, Google Maps o semplicemente le ricerche web geo-localizzate. Gli utenti di PDA e Smartphone dipendono sempre più dai GPS e dai Location Based Services (LBS) per la navigazione, sia automobilistica che a piedi. Gli stessi servizi di mappe stanno inoltre evolvendo la loro natura da uni-direzionale a bi-direzionale; la topologia stradale è arricchita da informazioni dinamiche, come traffico in tempo reale e contenuti creati dagli utenti. Le mappe digitali aggiornabili dinamicamente sono sul punto di diventare un saldo trampolino di lancio per i sistemi mobili ad alta dinamicità ed interattività, che poggiando su poche informazioni fornite dagli utenti, porteranno una moltitudine di applicazioni innovative ad un'enorme base di consumatori. I futuri sistemi di navigazione per esempio, potranno utilizzare informazioni estese su semafori, presenza di stop ed informazioni sul traffico per effettuare una ottimizzazione del percorso che valuti simultaneamente fattori come l'impronta al carbonio rilasciata, il tempo di viaggio effettivamente necessario e l'impatto della scelta sul traffico locale. In questo progetto si mostra come i dati GPS raccolti da dispositivi fissi e mobili possano essere usati per estendere le mappe digitali con la locazione dei segnali di stop, dei semafori e delle relative temporizzazioni. Queste informazioni sono infatti oggi rare e locali ad ogni singola municipalità, il che ne rende praticamente impossibile il pieno reperimento. Si presenta quindi un algoritmo che estrae utili informazioni topologiche da agglomerati di tracciati gps, mostrando inoltre che anche un esiguo numero di veicoli equipaggiati con la strumentazione necessaria sono sufficienti per abilitare l'estensione delle mappe digitali con nuovi attributi. Infine, si mostrerà come l'algoritmo sia in grado di lavorare anche con dati mancanti, ottenendo ottimi risultati e mostrandosi flessibile ed adatto all'integrazione in sistemi reali.

Buoni cibi per buoni pensieri. Rituali di consumo alimentare tra flussi di globalizzazione e pratiche di localizzazione

La tesi di dottorato “Buoni cibi per buoni pensieri. Rituali di consumo alimentare tra flussi di globalizzazione e pratiche di localizzazione” verte attorno allo studio e all’approfondimento della sociologia dei consumi, con particolare riferimento alle relazioni che si possono instaurare tra i comportamenti alimentari collettivi a livello locale e il sistema globale. Il focus dell’analisi si incentra sulla sostenibilità dei consumi, fenomenologia esemplificativa di una modalità di rapporto degli uomini con i cibi innovativa e al contempo nient’affatto scontata: non soltanto a livello individual-collettivo come strumento di intelligibilità sociale e costruzione di senso, ma anche sul piano sistemico come rapporto con l’ambiente e il mondo circostante. In effetti, il percorso di studi che ha condotto all’elaborazione teorica ed empirica della tesi di dottorato, pur muovendo da studi radicati nella letteratura socio-antropologica come il consumo dei cibi e la cultura da essi veicolata, viene oggi inquadrata all’interno di nuovi scenari sullo sfondo del mutamento socioeconomico: le pratiche di sostenibilità causate dalle ambivalenti ripercussioni giocate dalla globalizzazione sui sistemi sociali. Se è vero infatti che oggi si vive in una società complessa, caratterizzata dalla crescente centralità del sistema del consumo rispetto agli altri sottosistemi, è evidente come una ri-lettura critica delle sue dimensioni simboliche ed intersoggettive nel senso del ridimensionamento degli aspetti legati alla mercificazione e al materialismo, faccia sì che la tesi dottorale si orienti sulla ricerca di una sostenibilità oggi tanto diffusa, da sostanziarsi sempre più anche nelle pratiche di consumo alimentare. Oggetto specifico di questo lavoro sono dunque, senza pretesa di esaustività ma rappresentative del contesto spaziale preso in esame, fenomenologie del consumo alimentare italiano all’interno di uno scenario globale: in particolare, si affronta la nuova cultura della sostenibilità che nasce dall’incontro fra i cittadini-consumatori e le complesse tematiche emergenti del sistema sociale di riferimento.