The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases.

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) provides world-class bioinformatics databases, software tools, services and training to the international life science community in academia and industry. These solutions allow life scientists to turn the exponentially growing amount of data into knowledge. Here, we provide an overview of SIB's resources and competence areas, with a strong focus on curated databases and SIB's most popular and widely used resources. In particular, SIB's Bioinformatics resource portal ExPASy features over 150 resources, including UniProtKB/Swiss-Prot, ENZYME, PROSITE, neXtProt, STRING, UniCarbKB, SugarBindDB, SwissRegulon, EPD, arrayMap, Bgee, SWISS-MODEL Repository, OMA, OrthoDB and other databases, which are briefly described in this article.

The Art & Science of Learning Design

We live in an era defined by a wealth of open and readily available information, and the accelerated evolution of social, mobile and creative technologies. The provision of knowledge, once a primary role of educators, is now devolved to an immense web of free and readily accessible sources. Consequently, educators need to redefine their role not just ¿from sage on the stage to guide on the side¿ but, as more and more voices insist, as ¿designers for learning¿.The call for such a repositioning of educators is heard from leaders in the field of technology-enhanced learning (TEL) and resonates well with the growing culture of design-based research in Education. However, it is still struggling to find a foothold in educational practice. We contend that the root causes of this discrepancy are the lack of articulation of design practices and methods, along with a shortage of tools and representations to support such practices, a lack of a culture of teacher-as-designer among practitioners, and insufficient theoretical development.The Art and Science of Learning Design (ASLD) explores the frameworks, methods, and tools available for teachers, technologists and researchers interested in designing for learning Learning Design theories arising from findings of research are explored, drawing upon research and practitioner experiences. It then surveys current trends in the practices, methods, and methodologies of Learning Design. Highlighting the translation of theory into practice, this book showcases some of the latest tools that support the learning design process itself.

Pk-yrityksen menestystekijät kansainvälistymisprosessissa

Tutkielman tarkoitus oli selvittää, mitkä tekijät määrittelevät kansainvälistymisprosessin potentiaalista menestyjää. Aihetta on tutkittu paljon, mutta laajempi kokonaiskuva kansainvälistymisen menestystekijöistä puuttui. Tutkielman näkökulma on holistinen: Siinä yhdistettiin useampi linssi eri näkökulmia menestymiseen kansainvälistymisessä ja eri tutkimusmetodeja kvalitatiivisista kvantitatiivisiin. Tutkimuksessa käytettiin teoriasidonnaista lähestymistapaa ja konstruktiivista tutkimusotetta, jonka avulla Finpro ry:lle rakennettiin usean tutkimusvaiheen aikana potentiaalisia menestystapauksia tunnistava työkalu. Tutkimus toteutettiin neljässä vaiheessa, joissa rakennettiin kunkin vaiheen testituloksien mukainen konstruktio. Ensimmäisessä vaiheessa teemahaastattelulla selvitettiin konstruktion tarvepohja sekä rajaehdot. Konstruktion pohjaksi taulukoitiin 2001–2012 vuosien tutkimuksien tutkituimmat menestystekijät ja siihen lisättiin kansainvälistymisprosessin asiantuntijoiden korostamat menestystekijät. Tulokset yhdistettiin rakentamalla Konstruktio1. Toisessa vaiheessa Konstruktio1:sta kyselyn ja eksploratiivisen faktorianalyysin avulla faktoroitiin tärkeimmät menestymisen taustalla olevat ilmiöt, joista rakennettiin Konstruktio2. Kolmannessa vaiheessa kahden riippumattomien otosten ttestin avulla selvitettiin, mitkä Konstruktio2:n menestysfaktorit ovat tärkeimpiä ICT- ja life science -toimialoilla toimiville yrityksille ja mitä ilmiöitä yrityksen johto tai sijoittajat pitävät tärkeinä. Tuloksien pohjalta Konstruktio2 kehitettiin Konstruktio3:ksi. Neljännessä vaiheessa Konstruktio3:n pätevyyttä testattiin peilaamalla sen menestysfaktoreita kuuteen menestyjiksi todettuun tapaukseen, ja sen toimivuus selvitettiin kuuden avoimen haastattelun avulla. Tuloksien avulla Konstruktio3:sta rakennettiin Konstruktio4. Tutkimukset osoittivat, että menestystekijät vaihtelevat yrityksen kansainvälistymispolun ja eri näkökulmien mukaan. Tutkimus loi vahvan teoreettisen ja liiketoiminnallisen kontribuution. Tutkimusvaiheiden avulla hahmotettiin kansainvälistymisessä menestymisen kokonaisuus ja luottiin uusi näkemys pk-yrityksen menestymisestä. Toisaalta päästiin myös heti käyttövalmiiseen lopputulokseen, joka auttaa Finpron konsultteja ja myyjiä ymmärtämään menestymistä kansainvälistymisprosessissa ja löytämään potentiaalisia menestyjiä.

Hands-On: Interlinking Institutional Repositories and Europe PubMed Central

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Value perceptions of measurement and monitoring system customers

The value that the customer perceives from a supplier’s offering, impacts customer’s decision making and willingness to pay at the time of the purchase, and the overall satisfaction. Thus, for a business supplier, it is critical to understand their customers’ value perceptions. The objective of this thesis is to understand what measurement and monitoring system customers value, by examining their key purchasing criteria and perceived benefits. Theoretical part of this study consists on reviewing relevant literature on organizational buying behavior and customer perceived value. This study employs a qualitative interview research method. The empirical part of this research consisted of conducting 20 in-depth interviews with life science customers in USA and in Europe. Quality and technical features are the most important purchasing criteria, while product-related benefits seem to be the most important perceived benefits. At the marketing of the system, the emphasis should be at which regulations the system complies with, references of supplier’s prior experience, the reliability and usability of the system, and total costs. The benefits that should be emphasized are the better control of customer’s process, and the proof of customer’s product quality

Perceived modifiability of self-blame attributions for negative life events : implications for well-being /

Research suggests that self-blame attributions are important in the process of adjustment to negative life events. Much of the research originates from JanofTBulman's (1979) theory regarding behavioural and characterological self-blame. She argued that attributing negative events to one's behaviour is adaptive because behavioural self-blame involves attributions to a modifiable source, which implies that a similar event can be avoided in the future. In contrast, attributing negative events to one's character is believed to be maladaptive because character is seen as relatively stable and unmodifiable. Unfortunately, the empirical literature does not show consistent relations between these two types of self-blame attributions and well-being as predicted by Janoff-Bulman. For this thesis, I proposed that one reason for this inconsistency is that Janoff-Bulman's assumption about the perceived modifiability of behavioural versus characterological causes is incorrect — people often dlo perceive character (as well as behaviour) to be modifiable. Sixty-two participants completed a questionnaire regarding a recent negative life event and its impact on their well-being. Consistent with my argument, I found that both behavioural and characterological self-blame attributions following a negative life event were seen as modifiable. As hypothesized, perceived modifiability of causes v^as related to well-being. For example, overall modifiability was related to greater coping efficacy, less social dysfunction, less severe depression, and greater positive affect; however. contrary to predictions, the relation between perceived modifiability of causes and wellbeing was not mediated by the perception that similar events could be avoided in the future. Individual differences in attributional style were also assessed in this study. An attributional style that tended to be more internal, stable, and specific was related to wellbeing as expected; however, neither the perceived modifiability of blame attributions nor the perceived avoidability of similar future events mediated this relation. Implications for professionals dealing with trauma victims and potential directions for future research are discussed.

An inquiry into the barriers to participation within the fitness industry for people living with mobility challenges

This qualitative study was designed to inquire about the barriers to participation within the fitness industry for people living with mobility challenges. i\n examination of the insights, stolies~ and experiences with barriers through interviews gi ven by 4 people living with mobility challenges (PMC) formed the core of the research. An analysis of the interviews from the 4 PMC informants was performed at t\\/O levels. First, a content analysis served to identify general and specific categories related to barrier issues within various fitness environments. Secondly, in-depth thematic analyses of the entries related to the insights and stories from the 4 informants which emerged from the content analysis of the data gave rise to fi ve thematic statements. From the thematic statements a fitness industry awareness protocol was created in the fonn of a statement response questionnaire. The protocol, which was given to 4 fitness assessors/trainers, \vas used to provide a snapshot of the fitness industry's readiness to work vvith disability. Throughout the process, the four PNIC informants formed a collaborati vely involved group of coresearchers, adding their voices to the narrative of the fitness-barrier experience. The result of the study suggests that barriers to participation within the fitness industry for PMC exist in various forms and levels of severity. The results also suggest that the fitness industry needs to better prepare their people and environment for working with people with physical disabilities, such as PMC, and provide a more open and positi ve environment for participation. Within the context of any fitness-related environment, recognizing that barriers to participation do exist, and acknowledging and accepting people with disabilities for who they are as indi viduals, will serve to develop a relationship where fitness practitioners and people with disabilities can work towards creating an inviting, inclusive, accessible, and barrier-free fitness environment for all.

Exploring the impact of a hands-on intervention on grade 7 girls and their feelings about self, mathematics, science, technology and related careers

Forty-five 12- and 13-year-old females attending Grade 7 in North York, Ontario were randomly selected from a group of 100 females who had volunteered to participate in a oneday hands-on workshop called It's Your Choice at Seneca College. The goals of this intervention were to broaden the career horizons of these students and to help them realize the need to continue mathematics and science through high school in order to keep occupational options unlimited. The young women were given a pre- and post-attitude survey to provide background information. In the month following participation in the workshop the students were interviewed in small groups (S students per group) to discover their perceptions of the impact of the workshop. The interviews revealed that participants felt that after the workshop their feelings of self-confidence increased, specifically with respect to working with their hands. Participants felt more aware of the usefulness and importance of the study of mathematics, science and technology, They also felt that It's Your Choice increased their interest in careers in these domains and helped them to see that these careers are viable choices for females. The interviews also revealed that many of the participants felt that in this society their roles and their choices were influenced and probably limited by the fact that they are female.

Health-related quality of life among patients attending cardiovascular rehabilitation

Purpose: f i rst , an investigation of baseline differences in Health-Related Quality of l i fe (HRQOl) among adhere and non-adhere patients of Phase III cardiac rehabilitation (CR) was examined. Second, among patients who adhered to the program, effectiveness of t reatment based on HRQOl was evaluated. Methods: Data was collected by the Brock University Heart Institute. Participants completed a questionnaire battery at baseline and again at six months i f they were still a client. Results: The physical dimension of HRQOl differed at baseline between the adhere and non-adhere groups. for everyone point increase in physical HRQOl scores there was an associated 1.06 times greater likelihood that an individual would adhere to the program. Second, in those who adhered to the program for six months, physical HRQOl scores improved 3.18 points. Conclusions: Phase III CR significant improves HRQOl in patients suffering f rom cardiovascular disease.

The Influence of Male Diet on Life History Traits of Female Mosquitoes

In the field, mosquitoes characteristically feed on sugars soon after emergence and intermittently during their adult lives. Sugar meals are commonly derived from plant nectar and homopteran honeydew, and without them, adults can only survive for a few days on larval reserves. In addition to sugar, females of most species rely on blood for the initiation and maintenance of egg development; thus their reproductive success depends to some extent on the availability of blood hosts. Males, on the other hand, feed exclusively on sugars. Consequently, their sexual maturation and reproductive success is largely dependent upon access to sugar sources. Plant nectar and homopteran honeydew are the two main sugar sources utilized by mosquitoes in the wild. Previous laboratory studies had shown that differences between nectar sources can affect the survivorship and biting frequency of disease vectoring mosquitoes. However, little is known on how sugar composition influence the reproductive processes in male mosquitoes. Male mosquitoes transfer accessory gland proteins and other hormones to their mates along with sperm during mating. In the female, these seminal fluid constituents exert their influence on reproductive genes that control ovulation and vitellogenesis. The present study tests the hypothesis that the mates of males consuming different sugar meals will exhibit varying levels of induction of vitellogenin (a gene which regulates the expression of egg yolk precursor proteins). Real-time quantitative RT-PCR was used to investigate how each sugar meal indirectly influences vitellogenin mRNA abundance in female Anopheles stephensi following mating. Results indicate that mates of nectar-fed males exhibit 2-fold greater change in vitellogenin expression than the mates of honeydew-fed males. However, this response did not occur in non-blood fed controls. These findings suggest that the stimulatory effect of mating on vitellogenesis in blood meal-reliant (i.e. anautogenous) mosquitoes may only be synergistic in nature. The present study also sought to compare the potential fitness costs of mating incurred by females that do not necessarily require a blood meal to initiate a reproductive cycle (i.e., exhibit autogeny). Females of the facultatively autogenous mosquito, Culex molestus were allowed to mate with males sustained on either nectar or honedyew. Mean lifetime fecundity and survivorship of females under the two different mating regimes were then recorded. Additionally, one-dimensional gel electrophoresis was used to verify the transfer of male accessory gland proteins to the sperm storage organs of females during mating.While there was no significant difference in survival between the test treatments, the mates of nectar-fed males produced 11% more eggs on average than mates of honeydew-fed males. However, additional data are needed to justify the extrapolation of these findings to natural settings. These findings prompt further investigation as the differences caused by diet variation in males may be reflected across other life history traits such as mating frequency and insemination capacity.

The Influence of Burnout Symptoms on the Relationship between Work-Life Balance and Self-Rated Health

The effects of stress at work are estimated to cost Canadian employers more than 20 billion dollars annually through absenteeism, sick leave and decreased productivity. Over the past two decades, Canadians have reported higher stress levels, increased work hours and more work performed outside of normal business hours. This work-life imbalance has far-reaching repercussions–affecting an employee’s performance as well as their health. Chronic exposure to these high levels of stress can also lead to burnout. The primary purpose of this study was to determine the magnitude in which burnout symptoms influence the relationship between work-life balance and self-rated health. The secondary purpose of this study was to determine if gender and age interactions exist in the relationship between burnout, work-life balance, and self-rated health. This cross-sectional study involved secondary analysis of 220 managers, workers and human service professionals who completed an Occupational Health Clinics for Ontario Workers’ Mental Injury Toolkit (MIT) survey for the launch of the MIT. The MIT survey is a modified form of the short version of the Copenhagen Psychosocial Questionnaire and includes expanded questioning around burnout, stress, sleep troubles, cognitive, and somatic symptoms. There were no significant differences in self-rated health based on a respondent’s gender or age, indicating that no interaction of gender and age would be required. Respondents with low self-rated health reported significantly higher burnout and work-life imbalance compared to those with high self-rated health. The regression analysis demonstrated that the magnitude in which burnout mediates the relationship between work-life balance and self-rated health was 96%. These findings support previous studies that associate high levels of work-life imbalance or burnout with poor self-rated health or health outcomes. In this study, the shared variance between work-life balance and burnout also supports recent efforts to redefine the context and causes of burnout to include non-work factors. Based on our findings, the potential exists for the development of workplace health promotion strategies that address maintaining a balance between work and home as they may improve employee health and reduce burnout.

Perceptions de personnes vivant avec une MPOC sévère au regard de leur fin de vie

Vivre avec une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), c’est vivre avec une maladie chronique, dégénérative et irréversible. La dyspnée qui l’accompagne demande une adaptation continuelle à de multiples incapacités. La qualité de vie des personnes vivant avec la MPOC s’en trouve compromise. Au Québec, le taux de mortalité de la MPOC a doublé depuis 20 ans. Si plusieurs études se sont intéressées à la symptomatologie vécue dans la dernière année de vie, aucune n’a abordé spécifiquement les perceptions de personnes vivant avec une MPOC sévère au regard de leur fin de vie. La présente étude avait justement pour but de décrire ces perceptions dans la perspective de la théorie de l’humain en devenir. Cette étude qualitative descriptive fut réalisée auprès de six personnes dans un centre hospitalier universitaire de la région de Montréal. L’analyse des entrevues a été réalisée selon la méthode de Miles et Huberman (2003) à partir de la transcription intégrale des entrevues. Cette analyse a permis de dégager quatre thèmes qui reflètent les perceptions des participants au regard de leur fin de vie, soit: 1) vivre et se voir décliner, 2) vivre et se préparer à mourir, 3) mourir d’une MPOC c’est étouffer et 4) mourir entouré à l’hôpital. Cette étude a mis en évidence que les personnes vivant avec une MPOC sévère souhaitent mourir à l’hôpital entouré de leurs proches. Cette étude contribue à une connaissance plus globale de l’expérience de fin de vie. De plus, elle propose des recommandations pour la recherche, la pratique, la formation et la gestion infirmière.

Développement et caractérisation d’une méthode photonique pour créer des distributions spatiales de protéines

Les cellules sont capables de détecter les distributions spatiales de protéines et ainsi de migrer ou s’étendre dans la direction appropriée. Une compréhension de la réponse cellulaire aux modifications de ces distributions spatiales de protéines est essentielle pour l’avancement des connaissances dans plusieurs domaines de recherches tels que le développement, l’immunologie ou l’oncologie. Un exemple particulièrement complexe est le guidage d’axones se déroulant pendant le développement du système nerveux. Ce dernier nécessite la présence de plusieurs distributions de molécules de guidages étant attractives ou répulsives pour connecter correctement ce réseau complexe qu’est le système nerveux. Puisque plusieurs indices de guidage collaborent, il est particulièrement difficile d’identifier la contribution individuelle ou la voie de signalisation qui est déclenchée in vivo, il est donc nécessaire d’utiliser des méthodes pour reproduire ces distributions de protéines in vitro. Plusieurs méthodes existent pour produire des gradients de protéines solubles ou liées aux substrats. Quelques méthodes pour produire des gradients solubles sont déjà couramment utilisées dans plusieurs laboratoires, mais elles limitent l’étude aux distributions de protéines qui sont normalement sécrétées in vivo. Les méthodes permettant de produire des distributions liées au substrat sont particulièrement complexes, ce qui restreint leur utilisation à quelques laboratoires. Premièrement, nous présentons une méthode simple qui exploite le photoblanchiment de molécules fluorescentes pour créer des motifs de protéines liées au substrat : Laser-assisted protein adsorption by photobleaching (LAPAP). Cette méthode permet de produire des motifs de protéines complexes d’une résolution micrométrique et d’une grande portée dynamique. Une caractérisation de la technique a été faite et en tant que preuve de fonctionnalité, des axones de neurones du ganglion spinal ont été guidés sur des gradients d’un peptide provenant de la laminine. Deuxièmement, LAPAP a été amélioré de manière à pouvoir fabriquer des motifs avec plusieurs composantes grâce à l’utilisation de lasers à différentes longueurs d’onde et d’anticorps conjugués à des fluorophores correspondants à ces longueurs d’onde. De plus, pour accélérer et simplifier le processus de fabrication, nous avons développé LAPAP à illumination à champ large qui utilise un modulateur spatial de lumière, une diode électroluminescente et un microscope standard pour imprimer directement un motif de protéines. Cette méthode est particulièrement simple comparativement à la version originale de LAPAP puisqu’elle n’implique pas le contrôle de la puissance laser et de platines motorisées, mais seulement d’envoyer l’image du motif désiré au modulateur spatial. Finalement, nous avons utilisé LAPAP pour démontrer que notre technique peut être utilisée dans des analyses de haut contenu pour quantifier les changements morphologiques résultant de la croissance neuronale sur des gradients de protéines de guidage. Nous avons produit des milliers de gradients de laminin-1 ayant différentes pentes et analysé les variations au niveau du guidage de neurites provenant d’une lignée cellulaire neuronale (RGC-5). Un algorithme pour analyser les images des cellules sur les gradients a été développé pour détecter chaque cellule et quantifier la position du centroïde du soma ainsi que les angles d’initiation, final et de braquage de chaque neurite. Ces données ont démontré que les gradients de laminine influencent l’angle d’initiation des neurites des RGC-5, mais n’influencent pas leur braquage. Nous croyons que les résultats présentés dans cette thèse faciliteront l’utilisation de motifs de protéines liées au substrat dans les laboratoires des sciences de la vie, puisque LAPAP peut être effectué à l’aide d’un microscope confocal ou d’un microscope standard légèrement modifié. Cela pourrait contribuer à l’augmentation du nombre de laboratoires travaillant sur le guidage avec des gradients liés au substrat afin d’atteindre la masse critique nécessaire à des percées majeures en neuroscience.

Strategies of empirical justification in experimental science

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Impacts des TIC sur la motivation des étudiants à l’apprentissage des mathématiques à l’Université Abdou Moumouni au Niger

Cette recherche porte sur l’amélioration de la motivation à l’apprentissage des mathématiques à l’Université Abdou Moumouni. Elle se situe dans une dynamique globale de mise au point d’actions pédagogiques pour remédier au problème préoccupant de la motivation à l’apprentissage des sciences. Plus spécifiquement, il s’agit de prospecter si les environnements virtuels d’apprentissage peuvent contribuer à l’amélioration de la transmission des savoirs dans un contexte universitaire au Niger. Ainsi, notre recherche vise à mieux comprendre l’impact de l’intégration des TIC sur la motivation chez des étudiants à apprendre les mathématiques au Niger. Les trois objectifs spécifiques de notre recherche sont : explorer les impacts sur le sentiment de compétence chez des étudiants à l’apprentissage des mathématiques dans un contexte d’intégration pédagogique des TIC; mieux comprendre le changement des types de motivations autodéterminées à l’apprentissage des mathématiques chez des étudiants exposés à une intégration pédagogique des TIC; comprendre les perceptions de l’usage d’un environnement virtuel à l’apprentissage des mathématiques chez des étudiants et l’évolution de leurs motivations autodéterminées. Se fondant sur une méthodologie de type mixte, cette recherche quasi-expérimentale a consisté en la collecte de données quantitatives au moyen de 2 questionnaires sur la motivation (sentiment de compétence et sentiment d’autodétermination) en pré-test et en post-test. Pour les données qualitatives, nous avons eu recours à des entrevues dirigées auprès de 9 participants. Au total 61 étudiants inscrits en science de la vie et de la terre, dont 51 hommes, ont participé à la recherche. La thèse respecte le mode de présentation par articles. Chacun des trois articles est en lien avec un des trois objectifs de la recherche, dans l’ordre cité plus haut. Les principaux résultats indiquent un impact positif sur la motivation à travers un recul du sentiment négatif de compétence chez les étudiants ayant bénéficié de l’apport des TIC comparativement aux étudiants ordinaires. En ce qui concerne le sentiment d’autodétermination, chez les étudiants ayant bénéficié de l’apport pédagogique des TIC, il est mis en évidence une stagnation ou une légère baisse des motivations peu ou pas autodéterminées et une légère hausse ou une stagnation des motivations autodéterminées chez les étudiants ayant bénéficié de l’apport des TIC. Finalement, la recherche a permis de mettre en relief l'existence de corrélations positives entre l’augmentation des motivations autodéterminées et la perception d’une qualité positive de l’expérience d'innovation pédagogique que représente l’environnement virtuel d’apprentissage des mathématiques. En définitive, cette recherche fait ressortir l’importance de l'intégration pédagogique des TIC pour améliorer les pratiques pédagogiques actuelles, et satisfaire deux besoins psychologiques fondamentaux, notamment le sentiment de compétence et le sentiment d’autodétermination, deux composantes essentielles de la motivation selon la théorie de l’autodétermination de Deci et Ryan. Les résultats obtenus dégagent des perspectives intéressantes en vue de renforcer les recours aux environnements virtuels d'apprentissage au profit de la motivation à l'apprentissage des mathématiques. Les forces et les limites de la recherche sont discutées et un ensemble de recommandations sont émises à l’intention des acteurs académiques, notamment les perspectives assez prometteuses de l’intégration pédagogique des TIC au service de l'apprentissage des sciences en Afrique, et au Niger en particulier.