De la lecture à la production verbale écrite, et réciproquement

L’objectif du chapitre consiste à dresser un bilan des acquis concernant les relations entre lecture-compréhension et écriture-rédaction. Deux approches sont envisagées. La première s’appuie sur des évaluations globales des dimensions relatives dites au bas niveau (au code : écriture et décodage) et des dimensions de haut niveau (compréhension et production textuelle). Elle met en évidence des relations fortes entre les premières, mais plutôt faibles entre les secondes. La seconde approche procède à la mise en relation entre composantes des deux activités : lexique (en lecture et en production), syntaxe, structure des textes, etc. Elle fait apparaître une plus grande complexité des relations et une relative indépendance des composantes. Elle conduit à reposer la question des impacts respectifs et réciproques de la lecture-compréhension sur l’écriture-rédaction. Elle amène à s’interroger sur ce que seraient les effets d’une pratique accordant une priorité à la production plutôt qu’à la lecture-compréhension et à rechercher les modalités d’intervention visant à améliorer l’une à partir de l’autre, et réciproquement.

La lecture d’oeuvres littéraires complètes au collégial: des cas de pratiques d’enseignement dans le cours d’Écriture et Littérature

La recherche porte sur le premier cours obligatoire de français au collégial, Écriture et littérature, au cours duquel les étudiants – en majorité jugés faibles lecteurs par leurs professeurs – font face à des défis de lecture importants lorsqu’il s’agit de lire des œuvres littéraires complètes, dont le programme d’études impose la lecture. Lire une œuvre complète exige non seulement du temps, mais aussi la mise en relation complexe et constamment réévaluée de détails avec l’ensemble de l’œuvre. De plus, les titres imposés à l’entrée au cégep présentent aussi des différences notables avec les œuvres généralement lues au secondaire. Dans ce contexte, différents acteurs du milieu collégial questionnent les pratiques d’enseignement mises en œuvre, mais ils infèrent surtout ces pratiques au départ de leur expérience professionnelle; notre recension des écrits montre que l’enseignement de l’o.c. au collégial n’est pas documenté sur le plan scientifique, en dehors des résultats obtenus par l’équipe de Dezutter et al. (2009-2012), qui a mené une recherche sur la place de cette œuvre complète dans les trois cours de français confondus. Nous avons ainsi opté pour l’exploitation secondaire des données collectées spécifiquement dans le cours Écriture et littérature pour décrire les pratiques d’enseignement mises en œuvre par trois professeurs autour de la lecture d’une œuvre littéraire complète choisie par eux. Notre étude multicas, descriptive et exploratoire, est centrée sur le registre épistémique des pratiques d’enseignement, que Vinatier (2007) définit comme « ce qui s’enseigne et comment ». À partir de trois séquences d’enseignements filmées, une analyse thématique a été réalisée. Les angles d’entrée dans l’œuvre, la place laissée à celle-ci et quatre formes de savoirs (sur la littérature, sur la langue, sur les processus de lecture et sur le monde) ont été examinés afin de déterminer ce qui s’enseigne. La notion de rôles, croisée ultérieurement avec les savoirs convoqués, a permis de décrire comment cela s’enseigne. Les résultats obtenus montrent que la proportion de l’œuvre exploitée est très variable et que les trois professeurs adoptent surtout un rôle d’expert de savoirs sur le monde pour la traiter. Les savoirs sur les processus cognitifs ne sont presque jamais convoqués, et nous n’avons pu observer aucune manifestation évidente de rôles soutenant le développement de la lecture comme activité cognitive. La place laissée à la subjectivité des lecteurs s’avère ténue, et la lecture implicitement convoquée s’éloigne largement de celle susceptible d’être mise en œuvre en contexte extrascolaire, bien que certains liens soient plus souvent établis par l’un des professeurs avec la culture première des étudiants. En conformité avec le programme d’études, les activités entourant l’œuvre littéraire complète semblent au final souvent au service de l’évaluation de l’écriture, ce qui fait plutôt de la lecture de l’œuvre littéraire complète un prétexte à d’autres apprentissages.

Missale romanum.

F. 1 Séquence et messe de la Fête-Dieu. F. 2 Calendrier romain, avec additions des Chartreux de Sainte-Croix de Jérusalem à Rome. F. 8-134 et 151v-197v Temporal : « Ordo missalis romane curie » : — Exultet (122v). F. 134v « Ordo missae. » F. 199-255v Sanctoral : Vig. s. André (199) ; — ste Catherine (255) ; — ste Claire (255v). F. 255v Commun des saints. F. 277v Messes votives. F. 290 Bénédiction de l'eau (incompl. de la fin).

Pontificale Christiani, archiepiscopi Moguntini.

F. 1 Oraison « Panis sancte, panis vive, panis pulcher... » F. 1v Ordo missae (Martène, De ant. eccl. rit., I, 600). F. 16-112 Pontifical : — Benedictio lapidis itinerarii (89v), — olei (90). F. 112v Bénédictions épiscopales.

A Escrita em Língua Francesa no 2º Ciclo do Ensino Secundário em Cabo Verde: Análise do Manual Escolar e de Concepções e Práticas dos Supervisores

A relevância do ensino da escrita na educação em línguas estrangeiras decorre do papel que ela assume no desenvolvimento expressivo e cognitivo do aluno, sendo fundamental para a sua integração em diversos contextos sociais, incluindo o contexto escolar. No entanto, o processo de aprendizagem da escrita não ocorre espontaneamente e requer um ensino explícito e sistematizado, o que nem sempre acontece. O estudo efectuado centra-se em concepções e práticas de escrita em língua estrangeira – Francês – no contexto do ensino secundário em Cabo Verde. O programa de Língua Francesa para este nível de ensino reconhece a importância da escrita, mas não a perspectiva como processo nas propostas de actividades de produção textual que apresenta. O estudo incide na análise do manual adoptado e nas concepções de supervisores de estágio, no sentido de compreender em que medida num e noutro caso se atende a uma concepção actualizada da escrita. Teve como objectivos: 1. Caracterizar as propostas de aprendizagem da escrita num manual escolar de Francês do 2º ciclo do ensino secundário; 2. Caracterizar as concepções de escrita de um grupo de supervisores de estágio de Francês, da universidade e da escola; 3. Comparar as concepções de escrita patentes no manual analisado com as concepções de escrita dos supervisores; 4. Caracterizar práticas supervisivas de promoção do ensino da escrita. Os resultados obtidos na análise do manual evidenciam o predomínio de uma concepção redutora das práticas de escrita, essencialmente concebida como produto, em detrimento da escrita como processo, com provável reflexo nas práticas pedagógicas dos professores. As concepções dos supervisores aproximam-se de uma visão mais actual da escrita, mas verifica-se algum desfasamento entre essas concepções e as suas percepções das práticas supervisivas, nomeadamente no que diz respeito a alguma falta de apoio aos estagiários em termos de informação sobre a escrita e análise de práticas à luz de referenciais teóricos. Concluindo, verifica-se a necessidade de maior formação neste domínio, que possibilite um olhar crítico sobre os manuais e as práticas escolares, por referência a uma concepção actualizada do que significa ensinar e aprender a escrever.

Cristallographie(s). (Montesquieu, Certeau, Deleuze, Foucault, Valéry)

Les imaginaires explorés par ce livre ont ceci de commun qu'ils tentent de s'en tenir à la matérialité du monde, de ses corps, de ses images, de ses lois. Ils affirment chacun à sa manière le monde et sa fable. Ils y construisent la figure d'un à-côté, d'une fuite, d'une déviation ou d'un renversement. Un coup d'oeil persan. Lois et calculs ; clôtures et braconnages ; lignes de fuites ; histoire(s). Les noms que ce livre convoque forment des cristaux, quelque(s) cristallographie(s). La lumière s'y dévie, s'y diffracte, révèle ses palettes de couleur, butte contre les grains obscurs de la matière, comme une matière elle-même concentrée et diffractée. Cette constellation se rend visible autant par la littérature (Kawabata, Kafka, Proust, etc.) que par la peinture (Bosch, Velàzquez, etc.), comme autant d'images projetées. Cette lumière prend des corps et une écriture, rythmicité opaque et clarifiante, sans mystères. Les cristaux qu'elle traverse sont des corps imaginaires, politiques, érotiques : la lumière s'y projette en corps à corps, à peau contre peau. Blessante, coupante, rasante, douce ou crue. Les catastrophes conceptuelles s'y aggravent ou en diffèrent. De Montesquieu à Valéry, de Certeau à Deleuze et à Foucault, les imaginaires (d'émancipation, de liberté, d'invention en jeux d'obsessions, de confrontations, de contraintes et de problèmes) se croisent et s'interrogent, se reflètent autrement (Spinoza, Kofman, Agamben, Malabou, Nietzsche, Derrida) se regardent sans se répondre, par des jeux de miroirs superposés. Une autre manière de partager, en rythmes et en images, quelques pratiques d'écriture et de pensée.

Femmes dans le journalisme sportif en Suisse. Comment s'ajuster aux passions masculines ?

Cet article présente les résultats d'une enquête socio-ethnographique (entretiens et observations) au sein de la presse quotidienne sportive romande. Il révèle deux registres vocationnels au sein des journalistes de sport, dans un contexte de féminisation de ce groupe professionnel: là où les hommes évoquent une vocation pour le journalisme sportif, déclinée sur le mode de la passion sportive, les femmes revendiquent plus volontiers un amour de l'écriture et du journalisme. Liés à des modalités d'accès à la profession, des ressources et des socialisations professionnelles bien différenciés, ils induisent d'une part des modes d'investissement de la profession différents et d'autre part expliquent en grande part les ségrégations horizontales et verticales auxquelles les femmes journalistes doivent faire face.

Autorité du discours - discours d'autorité : les manuels d'histoire vaudois (1938-1998)

Compte tenu des relations étroites existant entre le pouvoir politique et l'histoire - et plus particulièrement l'enseignement de l'histoire à l'école - , les manuels constituent un objet d'étude privilégié de l'évolution des relations pouvoir/enseignement. Ils fournissent un lieu de médiation privilégié entre les savoirs savants et les savoirs scolaires institutionnels ; ils permettent d'observer les conceptions didactiques préconisées par l'institution scolaire. Si, sous l'égide de l'Etat-nation au 19e siècle, les savoirs savants historiques et les savoirs scolaires étaient entremêlés, les rapports se sont complexifiés durant le 20e siècle en raison notamment de la prise de distance progressive de l'histoire savante à l'égard du pouvoir. Petit à petit, à partir des années 1930, le concept d'histoire- problème, initié par l'école historique des Annales, dépasse l'histoire-récit de l'école historique positiviste (méthodique) du 19e siècle et sa traduction du récit- national au coeur de la leçon d'histoire. Cependant, si après 1945, l'école des Annales, puis la Nouvelle histoire, tendent à s'imposer dans le champ de l'histoire savante francophone, elles se heurtent à une tradition scolaire bien établie et modifient peu et tardivement les curricula, les manuels et les pratiques enseignantes. Progressivement donc, une fracture apparaît entre l'histoire savante et l'histoire scolaire. Dans cette étude, notre travail envisage l'analyse du manuel d'histoire en tant qu'objet hybride. Il est à la fois porteur d'un texte historien, ouvrage de vulgarisation et de référence, ainsi qu'outil pédagogico-didactique. Par ailleurs, le manuel d'histoire a la charge de transmettre des valeurs, car les finalités attribuées par l'autorité politique, via les autorités scolaires, à l'histoire scolaire comportent toujours une dimension forte de formation du futur citoyen. Au texte de départ sont associés des documents textuels ou iconiques, des résumés, des questions regroupées par chapitre, un glossaire ou une chronologie générale. De plus, ce texte est encadré d'un dispositif didactique plus ou moins explicite : préface, numérotation par paragraphe correspondant à la leçon du jour, dates mises en évidence, aide-mémoire et questions. Par ailleurs, les découpages en livres ou en parties peuvent correspondre à des années (ou parties d'années) de programme. Il sera donc également étudié pour les spécificités d'un sous-genre de discours à définir : les manuels - d'histoire - produits (et utilisés) dans le canton de Vaud au 20e siècle. En conséquence, notre travail se propose d'observer et d'analyser les manuels d'histoire vaudois sous deux modalités préférentielles. Premièrement, celle des formes constitutives et évolutives prises par le manuel pour se construire comme un discours légitimé (deuxième partie : écriture et mise en scène de l'histoire). Deuxièmement, celle de la mise en scène d'une histoire à visée pseudo- pédagogique masquant l'intégration du discours de l'autorité politique (troisième partie : comment l'autorité vient au discours). Site internet : http://manuelshistoire.ch

Role of neutrophils in "Leishmania" infection

Résumé : Dans le modèle murin d'infection avec le parasite protozoaire Leishmania major (L. major), la souche de souris C57BL/6 est résistante a |'infection et développe une réponse protectrice Thelper (Th) 1. Inversement, les souris de la souche BALB/c développent une réponse Th2 et sont sensibles a cette infection. A la suite d'une infection avec ce parasite, les neutrophiles sont les premières cellules présentes au site d'infection et sont recrutées de manière égale dans les souches résistantes et sensibles à L. major, Néanmoins, trois jours après l'infection, la majorité des neutrophiles disparaissent du site d'infection chez les souris C57BL/6, tandis que ils restent jusqu'a dix jours chez les souris BALB/c. Un rôle crucial des neutrophiles a été démontré durant l'infection avec L. major. En effet, la déplétion de ces cellules avant |'infection dans les souris BALB/c, conduit a une réduction du développement des lésions, associée à une baisse de la charge parasitaire et a une modification de la réponse immunitaire vers une réponse Th1 dans des souris normalement sensibles a |'infection, suggérant un rôle immunorégulateur de ces neutrophiles durant les premiers jours de l'infection. Dans la première partie de cette thèse, nous avons étudié le rôle des neutrophiles suite à l'infection avec L. major. Nous avons démontré que le parasite induisait des phénotypes de neutrophiles distincts chez les souris résistantes ou sensibles à L. major. Suite à l'exposition au parasite, les neutrophiles de souris C57BL/6 ont montré une expression élevée des récepteurs Toll-like 2, 7 et 9 ainsi que la sécrétion d'lL-12p7O et d'lL-10, alors que ceux de souris BALB/c sécrétaient de l'IL-12p40 et du TGFB. Nous avons ensuite démontré qu'en réponse à L. major, au contraire des neutrophiles de BALB/c, les neutrophiles de souris résistantes C57BL/6, libéraient la chimiokine CCL3 attirant les cellules dendritiques. Le rôle crucial de cette chimiokine dans la migration de la première de vague de cellules dendritiques au site d'infection ainsi que son rôle dans le développement de la réponse immunitaire subséquente a été établi. Ces résultats démontrent que les neutrophiles, suite a |'infection avec le parasite L. major, créent un microenvironnement capable de déterminer le développement d'une réponse immunitaire spécifique a un antigène. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés au rôle des neutrophiles suite a l'infection avec d'autres espèces de Leishmania: L, doriovani et L. mexicaria, agents responsables de leishmaniose viscérale et cutanée chronique respectivement. Un rôle crucial des neutrophiles a été démontré dans la réponse protectrice suite a l'infection avec L. donovani, l'absence de ces cellules amenant à une susceptibilité au parasite accrue, associée avec une induction préférentielle d'une réponse Th2. Inversement, la déplétion des neutrophiles lors de l'infection avec L. mexicaria aboutit a une résistance accrue, comme constaté par la baisse dela charge parasitaire, la hausse de la réponse Th1 ainsi la baisse de la réponse Th2 dans les souris déplétées en neutrophiles. Néanmoins, malgré le rôle délétère des neutrophiles sur le développement d'une réponse protectrice suite à |'infection avec L. mexicana, ces cellules sont nécessaires pour une résolution correcte dela réponse inflammatoire. En résumé, cette étude révèle un rôle majeur des neutrophiles lors de |'infection avec plusieurs especes de Leishmania. Résumé pour un large public : Les neutrophiles font partie de la famille des globules blancs. A la suite d'une infection, ces cellules sont les premières a être recrutées au site d'infection et sont impliquées dans |'élimination des pathogènes. Dans cette thèse, nous nous somme donc intéressés au rôle que pouvaient jouer ces neutrophiles durant l'infection avec le parasite protozoaire Leishmania major (L. major). Dans le modèle murin d'infection avec L. major, la majorité des souches de souris utilisées dans la recherche, dont les souris de la souche C57BL/6, développent de petites lésions qui guérissent spontanément après quelques semaines (souris résistantes). ll existe néanmoins, quelques souches de souris, dont la souche de souris BALB/c, qui développent des lésions qui ne guérissent pas (souris sensibles). Il a été observé que lors de l'lnfection avec ce parasites les neutrophiles étaient les premières cellules recrutées au site de l'lnfection dans toutes les souches de souris, toutefois trois jours après le début dela réaction immunitaire, la majorité des neutrophiles disparaissent chez les souris C57BL/6, tandis qu'ils restent jusqu'à dix jours chez les souris BALB/c. De plus, un rôle crucial des neutrophiles a été démontré durant l'infection avec L. major. En effet, l'absence de neutrophiles durant les trois premiers jours de l'infection chez les souris sensibles à |'infection, rend ces souris résistantes. Ces résultats suggèrent donc un rôle régulateur de la réponse immunitaire des neutrophiles durant les premiers jours de l'infection. Dans la première partie de cette thèse, nous avons étudié le rôle des neutrophiles suite à l'infection avec L. major. Nous avons donc analysé la sécrétion des cytokines, molécules essentielles qui déterminent la réponse immunitaire, par les neutrophiles. Nous avons démontré que le parasite induisait une sécrétion de cytokines différente entre les souris résistantes ou sensibles a L. major. Nous avons ensuite démontré que seule la souche de souris résistante sécrétait la chimiokine CCL3, connue pour être impliquée dans le recrutement de différentes cellules au site d'infecti0n, dont les cellules dendritiques. Les cellules dendritiques sont un élément fondamental pour un bon déroulement d'une réponse immunitaire, de par leur rôle décisif de liaison entre une réponse précoce non-spécifique au pathogène et une réponse plus tardive spécifique au pathogène et nécessaire pour |'élimination de dernier. Nous avons démontré que les neutrophiles de souris résistantes sécrétaient CCL3 et recrutaient les cellules dendritiques au site d'infecti0n, jouant de ce fait un rôle essentiel dans le développement de la réponse immunitaire. Ces résultats démontrent que les neutrophiles, suite à l'infection avec le parasite L. major, créent un microenvironnement capable de déterminer le développement d'une réponse immunitaire. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés au rôle des neutrophiles suite à l'lnfection avec d'autres espèces de Leishmania, L. donovani et L. mexicana. Nous avons pu montrer un rôle crucial de ces cellules dans la réponse à ces deux parasites. En effet, suite à |'infection avec L. donovani, un rôle protecteur des neutrophiles a été observé, leur absence menant à une susceptibilité accrue aux parasites. Dans le cas de l'infection avec L. mexicana, une réduction de |'infection a été observée en absence de neutrophiles, avec néanmoins une augmentation de la lésion, suggérant un rôle important de ces cellules dans le développement de la réponse immunitaire ainsi que dans le contrôle de la réponse inflammatoire. En résumé, cette étude révèle un rôle majeur des neutrophiles lors de l'lnfection avec plusieurs membres de la famille Leishrnania. Summary : Upon infection with the protozoan parasite Leishmania major (L. major), C57BL/6 mice show a resistant phenotype, developing a protective Thelper (Th) 1 response. ln contrast, BALB/c mice develop a Th2 response and are susceptible to infection. Following inoculation with the parasite, neutrophils are the first cells migrating at the site of infection and are equally recruited in both L. major- resistant and susceptible mouse strains. However, after three days of infection, almost all neutrophils disappear from the site of infection in C57BL/6 mice, while they persist until ten days in BALB/c mice. Neutrophils were shown to play a crucial role during infection with L. major. indeed, depletion of these cells in BALB/c mice prior to infection with the parasite led to a lower Iesion development, associated with a lower parasite burden and a modification in the immune response towards a Th1 response in these otherwise susceptible mice, suggesting an immunomodulatory role for neutrophils during the first days of infection. ln the first part of this thesis, we were interested in better understanding the role of neutrophils in infection with L. major. \/\/e found that this parasite was inducing distinct neutrophil phenotypes in L. major-resistant and susceptible mice. Upon exposition with L. major, C57BL/6 neutrophils were reported to express high level of Toll-like receptors 2, 7, 9 mRNA and secrete IL-12p70 and IL-10, while BALB/c neutrophils secreted homodimers of IL-12p40, and TGFB. We then demonstrated that in response to L. major, neutrophils from L. major-resistant C57BL/6 mice release the CCL3 dendritic cell attracting chemokine, which is critical for the first wave of dendritic cell migration to the site of infection and in the development of the subsequent immune response. Altogether, these results demonstrated that upon infection with L. major, neutrophils create a microenvironment that can determine the development of an antigen-specific immune response. ln the second part of the thesis we were interested in understanding the role of neutrophils upon infection with of other species of Leishmania: L. donovani causing visceral leishmaniasis and L. mexicana, agent of chronic cutaneous leishmaniasis. Upon infection with L. donovani, neutrophils were found to play a crucial role in the early protective response, their absence leading to an increased susceptibility to the parasite, associated with the preferential induction of a Th2 response. ln contrast, depletion of these cells early in infection with L. mexicana was leading to an increased resistance, as observed by a decreased parasite burden, increased Th1 and decreased Th2 response in neutrophil-depleted mice. However, despite the deleterious role of neutrophils on the development of a protective immune response upon L. mexicana infection, these cells were required for the proper resolution of the inflammatory response. Altogether, these results highlight a major immunomodulatory role for neutrophils in infection with several species of Leishmania.

Computational and statistical analysis of copy number variants in normal and cancer genomes

AbstractAlthough the genomes from any two human individuals are more than 99.99% identical at the sequence level, some structural variation can be observed. Differences between genomes include single nucleotide polymorphism (SNP), inversion and copy number changes (gain or loss of DNA). The latter can range from submicroscopic events (CNVs, at least 1kb in size) to complete chromosomal aneuploidies. Small copy number variations have often no (lethal) consequences to the cell, but a few were associated to disease susceptibility and phenotypic variations. Larger re-arrangements (i.e. complete chromosome gain) are frequently associated with more severe consequences on health such as genomic disorders and cancer. High-throughput technologies like DNA microarrays enable the detection of CNVs in a genome-wide fashion. Since the initial catalogue of CNVs in the human genome in 2006, there has been tremendous interest in CNVs both in the context of population and medical genetics. Understanding CNV patterns within and between human populations is essential to elucidate their possible contribution to disease. But genome analysis is a challenging task; the technology evolves rapidly creating needs for novel, efficient and robust analytical tools which need to be compared with existing ones. Also, while the link between CNV and disease has been established, the relative CNV contribution is not fully understood and the predisposition to disease from CNVs of the general population has not been yet investigated.During my PhD thesis, I worked on several aspects related to CNVs. As l will report in chapter 3, ! was interested in computational methods to detect CNVs from the general population. I had access to the CoLaus dataset, a population-based study with more than 6,000 participants from the Lausanne area. All these individuals were analysed on SNP arrays and extensive clinical information were available. My work explored existing CNV detection methods and I developed a variety of metrics to compare their performance. Since these methods were not producing entirely satisfactory results, I implemented my own method which outperformed two existing methods. I also devised strategies to combine CNVs from different individuals into CNV regions.I was also interested in the clinical impact of CNVs in common disease (chapter 4). Through an international collaboration led by the Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) and the Imperial College London I was involved as a main data analyst in the investigation of a rare deletion at chromosome 16p11 detected in obese patients. Specifically, we compared 8,456 obese patients and 11,856 individuals from the general population and we found that the deletion was accounting for 0.7% of the morbid obesity cases and was absent in healthy non- obese controls. This highlights the importance of rare variants with strong impact and provides new insights in the design of clinical studies to identify the missing heritability in common disease.Furthermore, I was interested in the detection of somatic copy number alterations (SCNA) and their consequences in cancer (chapter 5). This project was a collaboration initiated by the Ludwig Institute for Cancer Research and involved other groups from the Swiss Institute of Bioinformatics, the CHUV and Universities of Lausanne and Geneva. The focus of my work was to identify genes with altered expression levels within somatic copy number alterations (SCNA) in seven metastatic melanoma ceil lines, using CGH and SNP arrays, RNA-seq, and karyotyping. Very few SCNA genes were shared by even two melanoma samples making it difficult to draw any conclusions at the individual gene level. To overcome this limitation, I used a network-guided analysis to determine whether any pathways, defined by amplified or deleted genes, were common among the samples. Six of the melanoma samples were potentially altered in four pathways and five samples harboured copy-number and expression changes in components of six pathways. In total, this approach identified 28 pathways. Validation with two external, large melanoma datasets confirmed all but three of the detected pathways and demonstrated the utility of network-guided approaches for both large and small datasets analysis.RésuméBien que le génome de deux individus soit similaire à plus de 99.99%, des différences de structure peuvent être observées. Ces différences incluent les polymorphismes simples de nucléotides, les inversions et les changements en nombre de copies (gain ou perte d'ADN). Ces derniers varient de petits événements dits sous-microscopiques (moins de 1kb en taille), appelés CNVs (copy number variants) jusqu'à des événements plus large pouvant affecter des chromosomes entiers. Les petites variations sont généralement sans conséquence pour la cellule, toutefois certaines ont été impliquées dans la prédisposition à certaines maladies, et à des variations phénotypiques dans la population générale. Les réarrangements plus grands (par exemple, une copie additionnelle d'un chromosome appelée communément trisomie) ont des répercutions plus grave pour la santé, comme par exemple dans certains syndromes génomiques et dans le cancer. Les technologies à haut-débit telle les puces à ADN permettent la détection de CNVs à l'échelle du génome humain. La cartographie en 2006 des CNV du génome humain, a suscité un fort intérêt en génétique des populations et en génétique médicale. La détection de différences au sein et entre plusieurs populations est un élément clef pour élucider la contribution possible des CNVs dans les maladies. Toutefois l'analyse du génome reste une tâche difficile, la technologie évolue très rapidement créant de nouveaux besoins pour le développement d'outils, l'amélioration des précédents, et la comparaison des différentes méthodes. De plus, si le lien entre CNV et maladie a été établit, leur contribution précise n'est pas encore comprise. De même que les études sur la prédisposition aux maladies par des CNVs détectés dans la population générale n'ont pas encore été réalisées.Pendant mon doctorat, je me suis concentré sur trois axes principaux ayant attrait aux CNV. Dans le chapitre 3, je détaille mes travaux sur les méthodes d'analyses des puces à ADN. J'ai eu accès aux données du projet CoLaus, une étude de la population de Lausanne. Dans cette étude, le génome de plus de 6000 individus a été analysé avec des puces SNP et de nombreuses informations cliniques ont été récoltées. Pendant mes travaux, j'ai utilisé et comparé plusieurs méthodes de détection des CNVs. Les résultats n'étant pas complètement satisfaisant, j'ai implémenté ma propre méthode qui donne de meilleures performances que deux des trois autres méthodes utilisées. Je me suis aussi intéressé aux stratégies pour combiner les CNVs de différents individus en régions.Je me suis aussi intéressé à l'impact clinique des CNVs dans le cas des maladies génétiques communes (chapitre 4). Ce projet fut possible grâce à une étroite collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) et l'Impérial College à Londres. Dans ce projet, j'ai été l'un des analystes principaux et j'ai travaillé sur l'impact clinique d'une délétion rare du chromosome 16p11 présente chez des patients atteints d'obésité. Dans cette collaboration multidisciplinaire, nous avons comparés 8'456 patients atteint d'obésité et 11 '856 individus de la population générale. Nous avons trouvés que la délétion était impliquée dans 0.7% des cas d'obésité morbide et était absente chez les contrôles sains (non-atteint d'obésité). Notre étude illustre l'importance des CNVs rares qui peuvent avoir un impact clinique très important. De plus, ceci permet d'envisager une alternative aux études d'associations pour améliorer notre compréhension de l'étiologie des maladies génétiques communes.Egalement, j'ai travaillé sur la détection d'altérations somatiques en nombres de copies (SCNA) et de leurs conséquences pour le cancer (chapitre 5). Ce projet fut une collaboration initiée par l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer et impliquant l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les Universités de Lausanne et Genève. Je me suis concentré sur l'identification de gènes affectés par des SCNAs et avec une sur- ou sous-expression dans des lignées cellulaires dérivées de mélanomes métastatiques. Les données utilisées ont été générées par des puces ADN (CGH et SNP) et du séquençage à haut débit du transcriptome. Mes recherches ont montrées que peu de gènes sont récurrents entre les mélanomes, ce qui rend difficile l'interprétation des résultats. Pour contourner ces limitations, j'ai utilisé une analyse de réseaux pour définir si des réseaux de signalisations enrichis en gènes amplifiés ou perdus, étaient communs aux différents échantillons. En fait, parmi les 28 réseaux détectés, quatre réseaux sont potentiellement dérégulés chez six mélanomes, et six réseaux supplémentaires sont affectés chez cinq mélanomes. La validation de ces résultats avec deux larges jeux de données publiques, a confirmée tous ces réseaux sauf trois. Ceci démontre l'utilité de cette approche pour l'analyse de petits et de larges jeux de données.Résumé grand publicL'avènement de la biologie moléculaire, en particulier ces dix dernières années, a révolutionné la recherche en génétique médicale. Grâce à la disponibilité du génome humain de référence dès 2001, de nouvelles technologies telles que les puces à ADN sont apparues et ont permis d'étudier le génome dans son ensemble avec une résolution dite sous-microscopique jusque-là impossible par les techniques traditionnelles de cytogénétique. Un des exemples les plus importants est l'étude des variations structurales du génome, en particulier l'étude du nombre de copies des gènes. Il était établi dès 1959 avec l'identification de la trisomie 21 par le professeur Jérôme Lejeune que le gain d'un chromosome supplémentaire était à l'origine de syndrome génétique avec des répercussions graves pour la santé du patient. Ces observations ont également été réalisées en oncologie sur les cellules cancéreuses qui accumulent fréquemment des aberrations en nombre de copies (telles que la perte ou le gain d'un ou plusieurs chromosomes). Dès 2004, plusieurs groupes de recherches ont répertorié des changements en nombre de copies dans des individus provenant de la population générale (c'est-à-dire sans symptômes cliniques visibles). En 2006, le Dr. Richard Redon a établi la première carte de variation en nombre de copies dans la population générale. Ces découvertes ont démontrées que les variations dans le génome était fréquentes et que la plupart d'entre elles étaient bénignes, c'est-à-dire sans conséquence clinique pour la santé de l'individu. Ceci a suscité un très grand intérêt pour comprendre les variations naturelles entre individus mais aussi pour mieux appréhender la prédisposition génétique à certaines maladies.Lors de ma thèse, j'ai développé de nouveaux outils informatiques pour l'analyse de puces à ADN dans le but de cartographier ces variations à l'échelle génomique. J'ai utilisé ces outils pour établir les variations dans la population suisse et je me suis consacré par la suite à l'étude de facteurs pouvant expliquer la prédisposition aux maladies telles que l'obésité. Cette étude en collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois a permis l'identification d'une délétion sur le chromosome 16 expliquant 0.7% des cas d'obésité morbide. Cette étude a plusieurs répercussions. Tout d'abord elle permet d'effectuer le diagnostique chez les enfants à naître afin de déterminer leur prédisposition à l'obésité. Ensuite ce locus implique une vingtaine de gènes. Ceci permet de formuler de nouvelles hypothèses de travail et d'orienter la recherche afin d'améliorer notre compréhension de la maladie et l'espoir de découvrir un nouveau traitement Enfin notre étude fournit une alternative aux études d'association génétique qui n'ont eu jusqu'à présent qu'un succès mitigé.Dans la dernière partie de ma thèse, je me suis intéressé à l'analyse des aberrations en nombre de copies dans le cancer. Mon choix s'est porté sur l'étude de mélanomes, impliqués dans le cancer de la peau. Le mélanome est une tumeur très agressive, elle est responsable de 80% des décès des cancers de la peau et est souvent résistante aux traitements utilisés en oncologie (chimiothérapie, radiothérapie). Dans le cadre d'une collaboration entre l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer, l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les universités de Lausanne et Genève, nous avons séquencés l'exome (les gènes) et le transcriptome (l'expression des gènes) de sept mélanomes métastatiques, effectués des analyses du nombre de copies par des puces à ADN et des caryotypes. Mes travaux ont permis le développement de nouvelles méthodes d'analyses adaptées au cancer, d'établir la liste des réseaux de signalisation cellulaire affectés de façon récurrente chez le mélanome et d'identifier deux cibles thérapeutiques potentielles jusqu'alors ignorées dans les cancers de la peau.

La vie "fantastique" des frères Grimm: une biographie fictive par Terry Gilliam

« The Brothers Grimm » (2005) n'est pas un biopic de Terry Gilliam sur Jacob et Wilhelm Grimm, auteurs du célèbre livre Contes de l'enfance et du foyer (Kinder- und Hausmärchen, 1812), mais un film fantastique s'inspirant du monde merveilleux associé à leurs noms. Cet article étudie la manière dont les auteurs allemands et leurs textes sont représentés dans le film, souvent au travers de phénomènes de réception dus en grande partie aux adaptations pour enfants, à l'instar des dessins animés de Walt Disney. Il analyse ensuite la façon dont l'intrigue convoque le genre du conte de fées tout en exploitant les codes du film fantastique, et décrit la mise en scène de l'écriture et de l'objet livre qui fait de The Brothers Grimm une sorte de récit de la genèse des Contes de l'enfance et du foyer.

Biblia sacra, pars.

Avec prologues. Evang. Matthaei (2), Marci (45v), Lucae (72v), Johannis (116) ; Actus Apost. (148v) ; Apocalypsis (186v) ; VII Epist. canon. (205) ; XIV Epist. Pauli (222). F. 1v Addition : Ezechiel, XXXV, 1-5 et Jeremias, IV, 7. F. 305 Calendrier de Florence, avec des additions (dans le sens dominicain).

Psalterium ad usum ecclesiae Sarisburiensis.

F. 1 Calendrier de Salisbury, avec addition d'obits de Jean Cokayn, justicier du roi (22 juin 1429) et de sa femme Ide (1er juin 1426). F. 23 Psautier, cantiques, litanies de Salisbury. F. 207 Office des morts.

Legendarius per circulum anni, pars.

Légendier disposé dans l'ordre du calendrier liturgique du 20 juillet au 25 novembre et contenant les saints suivants: ss. Margarita, Maria Magdelene, Jacobus major ap., Stephanus, Laurentius, Hippolytus, assumptio b. Mariae, Bartholomaeus, Augustinus, Johannes Baptista, Aegidius, nativitas b. Mariae, Gorgonius, Protus et Hyacinthus, exaltatio s. Crucis, Euphemia, Matthaeus, Mauritius, Cosmas et Damianus, Michael archangelus, Hieronymus, Leodegarius, Dionysius, Lucas, Simon et Judas, Martinus, Caecilia, Clemens, Catharina. F. 1-130. Legendarius. F. 1-3v. "... passio sancte Margarete virginis"; cf. B.H.L. n° 5306. F. 3v-6v. "... vita sancte Marie Magdalene" [ODO Cluniacensis abbas, sermo 2, excerptum] (P.L. 133, 714B-719C); cf. B.H.L. n° 5440. F. 6v-8v. "... passio sancti Jacobi [majoris] apostoli" incomplet des lignes finales par lacune matérielle, à partir de "decollandi erant dixit [Jacobus...]" [Virtutes apostolorum, de s. Jacobo majore] (Mombritius, 2a ed., II, 37-40 lig. 15); cf. B.H.L. n° 4057; C.A.N.T. n° 272. F. 9-12. "Inventio sancti Stephani prothomartyris" [LUCIANUS presbyter, interprete AVITO presbytero Bracarensi ]. "Domino venerabili Nimpsio [sic] episcopo... [Julianus exponctué et corrigé en] Lucianus... Revelationem que mihi ostensa est...-... aperire dignatus est..." recensio mixta suivie d'un court épilogue: "Bovem appellatum... declarata sunt"; cf. C.P.L. n° 575; B.H.L. Suppl. n° 7851n (E. Vanderlinden, Rev. des études byzantines, IV, 1946, 190-216, version A'; ne fait pas partie des mss. recensés pour l'édition). F. 12-16. "... passio sancti [Sixti et sancti] Laurentii". "In illo tempore Decius Caesar et Valerianus prefectus jusserunt...-... participati sunt omnes"; cf. B.H.L. Suppl. n° 7801 avec var. incipit et n° 4754. F. 16-18. "... passio sancti Ypoliti et sociorum ejus". "Egressus itaque Ypolitus post tercium diem...-... vivere male et regnare cum Christo "; cf. B.H.L. n° 3961 avec var. incipit et explicit. F. 18-31. "... [sermo] beati Ieronimi in assumptione sancte Virginis" [PASCHASIUS RADBERTUS, De Adsumptione b. Mariae] (C.C.C.M., LVI C 109-162; édité aussi parmi les apocryphes de saint Jérôme, P.L., XXX, 126-147); cf. C.P.L. n° 633, ep. 9 (18-29). F. 29-31. Addition contemporaine : "In vigilia assumptionis beate Marie legatur: Secundum Lucam (Lc 11, 27). [M]agne devocionis et fidei...-... ubera que suxisti" [BEDA, In Lc, l. IV, excerptum] divisé en trois paragraphes, correspondant sans doute à trois leçons (P.L., XCII, 479 C-480 B; C.C.S.L., CXX, 236-237 lig. 213-244) (29). — "Sermo iste legatur in nativitate beate Marie virginis"; cf. infra f. 56v. "[A]pprobate consuetudinis est apud christianos...-... pacta cessare" [FULBERTUS CARNOTENSIS, sermo 4] incomplet de la fin qui a été laissée en blanc (P.L. CXLI, 320-324 A; J.M. Canal, dans Rech. théol. anc. méd., XXX (1963), 56-61 lig. 168); ne fait pas partie des mss. répertoriés par J.M. Canal, ibid., XXIX (1962), 36-37; division marginale en neuf, puis en trois fois trois leçons; en marge du titre, une note difficilement lisible identifie l'auteur: "sermo Fulberti ep. Carnotensis" (29v-31). F. 32-35. "... vita [sic pro passio] sancti Bartholomei apostoli" [Virtutes apostolorum, de s. Bartholomaeo]; cf. B.H.L. Suppl. n° 1002a; C.A.N.T. n° 259. F. 35-49v. "[Vita s.] Augustini episcopi", sans prologue [POSSIDIUS]. "Ex provincia affricana civitate...-... perfruar"; cf. B.H.L. n° 785; C.P.L. n° 358 (35-49a lig. 7); suivi de la liste des livres de s. Augustin dans l'ordre des Retractations : "Libros vero quod edidit hic breviter enumerare vel annotare non omissi. Et hoc indicium librorum omnium sancti Augustini. Contra paganos achademicos [sic] libri III. De beata vita liber I. De ordine sacro libri II. De soliloquiis...-... et gratia liber. Requievit autem... V. kal. septembris..." (C.C.S.L., LVII (1984), 1-4, var.); texte proche du ms. lat. 5276, ff. 136v-137, répertorié par A. Wilmart, Miscellanea Agostiniana, Roma, 1931, 157 (Testi e studi, 2) (49a lig. 7-49v). F. 49v-52v. "Inventio capitis sancti Johannis Baptiste"; cf. B.H.L. n° 4296 (49v-51). — "De translatione ejusdem [Angeriacum]"; cf. B.H.L. n° 4297 (51-52v). F. 52v-56v. "... vita sancti Egidii"; cf. B.H.L. n° 93. F. 56v-59v. "De nativitate sancte Marie". "Petis a me petitiunculam opere...-... prefationem habuisse"; cf. B.H.L. Suppl. n° 5345 (56v a-b lig. 27) ; suivi de: "Petitis a me...-... scribi potuerunt. Igitur beata et gloriosissima semper virgo Maria..-... docuerunt Dominum..." (éd. parmi les apocryphes de s. Jérôme, P.L., XXX, 2a ed., 307-317); cf. B.H.L. n° 5344-5343; C.P.L., n° 633, ep. 50 (56v b lig. 27-59v). L'attribution à Paschase Radbert des deux lettres regroupées en une seule faite par C. Lambot, dans Rev. bénéd., XLVI (1934), 271-282, est réfutée par R. Beyers, dans Rev. Théol. et Philos., CXXII (1990), 171-188. Voir sa nouv. éd. dans CC Apocrypha, 10. F. 59v-61v. "Passio sancti Gorgonii [et Dorothei]; cf. B.H.L. n° 3617. F. 61v-62. "[Passio ss.] Prothi et Jacincti"; cf. B.H.L. n° 6977. F. 62-63v. "De exaltatione sancte Crucis". "Tempore illo postquam Constantino Augusto contra Maxentium..."; cf. B.H.L. n° 4178, avec var. incipit. F. 64-68v. "[Passio s.] Eufemie virginis". "Quinto persecutionis anno Diocletiani...-... Completum est autem martyrium... Prisco proconsule Europe..."; cf. B.H.L. n° 2709, avec var. explicit. F. 68v-72v. "[Passio] sancti Mathei apostoli" [Virtutes apostolorum, de s. Jacobo majore]; cf. C.A.N.T. n° 270; B.H.L. n° 5690, avec var. explicit de l'épilogue: "Zaroes autem...-... passio eorum ostendit". F. 72v-76. "[Passio s.] [Marcii corrigé en] Mauricii con [sic] sociis suis" [s. EUCHERIUS LUGDUNENSIS] sans le prologue; cf. B.H.L. n° 5738; C.P.L. n° 490. F. 76-79v. "[Passio ss.] Cosme et Damiani"; cf. B.H.L. Suppl. n° 1975. F. 79v-80. "[In festivitate s.] Michaelis archangeli". "Angelorum quippe et hominum naturam...-... medicina Dei." [GREGORIUS MAGNUS, Hom. in Ev., 34, excerptum]; C.P.L. n° 1711 (P.L., LXXVI, 1249 C-1251 A, §§ 6, fin-9 début) divisé en 8 paragraphes; une interpolation a été ajoutée dans la marge inférieure du f. 79v par une main contemporaine qui a également numéroté les paragraphes en IX leçons, le texte ajouté formant la lectio IIa : "[N]ovem esse angelorum ordines ad Dei judicia...-... principantur."; il s'agit d'un court extrait du sermon Legimus in ecclesiasticis historiis édité par J. E. Cross, dans Traditio, 33 (1977), 108-109 lig. 41-47 (Beda, Homilia subditia 71, P.L., XCIV, 453 C); cf. C.P.P.M., I, 4046. F. 80-82v. "[Vita s.] Jeronimi presbiteri". "Hieronimus noster [corrigé en: presbiter] in oppido Stridonis...-... etatis sue anno in Domino requievit cui..." extraits de la Vie apocryphe de Gennadius (P.L., XXII, 175-184, passim, avec var.); cf. C.P.L. n° 623; B.H.L. n° 3869; Lambert, B.H.M., IIIA, 630 (80-81b lig. 26); suivi du miracle du lion extrait de la Vie du Ps. Sebastianus Casinensis: "Contigit autem hujusmodi miraculum in monasterio... Quadam namque die ingens leo... - asserendo narrantur" (P.L., XXII, 210 lig. 11-213 lig. 11); cf. C.P.L. n° 622; B.H.L. n° 3872 avec var. incipit; Lambert, B.H.M., IIIA, 630 (81b lig. 26-82v). F. 82v-88v. "[Vita s.] Leodegarii". "Igitur sanctus Leodegarius ex progenie...-... postmodum cecum. ... adnecteret opera ibidem" [URSINUS LOGOGIACENSIS] sans le prologue et incomplet de la fin (C.C.S.L., CXVII, 589-632 lig. 14, avec var.); cf. C.P.L. n° 1079a; B.H.L. n° 4851; suivi d'un court extrait omis à sa place plus haut dans le texte: "Deinde vero ire ceperunt... Dei opera ibidem" (ed. cit., 631 § 31 lig. 3-7). F. 88v-98. "[Passio] sancti Dyonisii martyris", texte incomplet par suite de la perte de 2 ff. entre les ff. 96 et 97, le texte s'arrête à "...fideliter adhe[-rebat]" et reprend à "[Domitia-]no per tres Cesares..." (P.L., CVI, 23-40 C et 48 A-50); cf. B.H.L. n° 2175. F. 98-100v. "[Laudatio s.] Luce evvangeliste". "Gloriosus igitur evvangelista Jhesu Christi Lucas natione Syrus...-... ubique confluunt qui ..." [PAULUS DIACONUS, hom. 59] incomplet du prologue (P.L., XCV, 1530-1535, avec var.); cf. B.H.L. n° 4974, d'après ce ms. F. 100v-106. "[Passio ss.] Symonis et Jude apostolorum" avec l'épilogue [ABDIAS, Virtutes Simonis et Judae Thaddaei]; cf. B.H.L. n° 7750-7751; C.A.N.T. n° 284. F. 106-107v. "[Laudatio] sancti Martini archiepiscopi" [ALCUINUS, De vita s. Martini, pars I]; cf. B.H.L. n° 5625. — GREGORIUS TURONENSIS, De virtutibus s. Martini; cf. B.H.L. n° 5618; seule l'adresse du prologue, introduite par une initiale filigranée, a été copiée au bas du f. 107v, col. b: "Domnis sanctis et in Christi amore dulcissimis fratribus... Gregorius peccator", le texte lui-même manque, soit en raison de la perte du cahier suivant, soit qu'il n'ait pas été copié. F. 108-115v. "[Passio s.] Cecilie virginis et martyris"; cf. B.H.L. Suppl. n° 1495a. F. 115v-118v. "[Passio s.] Clementis pape". [Prologus] "Postquam igitur beatus Petrus apostolus in Antiochia cathedram... -... passio secuta est"; cf. B.H.L. Suppl. n° 1849, d'après ce ms. (115v-116a, lig. 11); — "Tunc sanctus Clemens romane ecclesie episcopus disciplinam...-... Cersone Licie provincie"; C.P.L. n° 2177; B.H.L. n° 1848 (Mombritius, 2a ed., I, 341-344, var. à l'incipit et à l'explicit); suivi de: "Oremus fratres ut Dominus... participes. Per..." (116a, lig. 11-118v). F.118v-130. "[Passio] sancte Katerine virginis et martyris"; cf. B.H.L. n° 1663, sans le prologue. F. 130-130v. Additions. Table des saints contenus dans le volume, XIVe s. (130). — Prière latine en 10 strophes de deux vers, XVe s.: "Jhesu tue matris prece ab Orci me serva nece...-... ab inferi atris" (130v).

治民西學Zhi min xi xue.Sur le gouvernement en Occident.

Sans nom d'auteur ni date.