Tasa de mineralización del nitrógeno en el suelo bajo diferentes manejos agroforestales con café (Coffea arabica L.) realizado 2002 y 2006 en el Pacífico Sur de Nicaragua

La presente investigación se realizo en sistemas agroforestales con café (Coffea arábica L.) en el Municipio de Masatepe, Departamento de Masaya, Nicaragua, con el propósito de determinar las tasas de mineralización del nitrógeno en el suelo entre los años 2002 y 2006 a la profundidad de 0 a 10 cm, y se correlacionaron con la producción de grano oro del ciclo 2005–2006, el total de la producción de cuatro ciclos y los aportes de nitrógeno hechos por fertilización y residuos vegetales. Se estableció en un diseño de BCA en parcela dividida en tres repeticiones y distribuido los 14 tratamientos. Se evaluaron el factor A. -Tipo de sombra: Combinando especies de árboles leguminosas y/o maderables para sombra de café (Inga laurina, Simarouba glauca, Samanea samma, Tabebuia rocea) y una parcela a pleno sol; el factor B.-Niveles de insumos (Moderado y alto convencional, Intensivos y Extensivo Orgánico) y el factor C.-Sitio de muestreo (muestreo en calle e hilera de los cafetos). Se ubicaron 6 puntos de muestreo de 60 x 60 cm en el área útil de la subparcela. Se extrajeron tres submuestras por punto de muestreo utilizando tubos pvc (1/2 pulgs de diámetro); se obtuvo una muestra compuesta por subparcela homogenizada de 0.5 kg. de suelo fresco. Sedeterminó el contenido deamonio mineralizado a los 0 y 7 días después de la incubación anaeróbica a partir de una solución extraída. Los datos se les sometieron un ANDEVA y separación de medias por Diferencia Mínimas Significativas (LSD). Los resultados obtenidos en el 2006 mostraron un incremento en la tasas de mineralización del Ncon respecto al año 2002. En 2006, el nivel de sombra no afecto significativamente la mineralización de N. Con respecto al nivel de insumos, el MO (Intensivo orgánico) proporciono la mayor tasa de nitrógeno mineralizado con 27.06 mg Nkg-1 por día, que AC (Alto convencional) y MC (Moderado convencional). No hubo interacción significativa en sombra e insumos. Cabe destacar que en sitio calle, se obtuvo una mayor tasa de mineralización del N en el suelo con 24.22 mg N kg-1 contra hilera. No hubo regresión y correlación positiva con respecto a las variables de producción de grano, residuos vegetales y las adiciones de fertilizantes.

Efecto de la combinación de árboles de sombra con manejo orgánico y manejo convencional sobre el banco de semillas de malezas en café (Coffea arabica L.), Masatepe, Masaya 2009

En búsqueda de métodos más eficientes, rentables y eco amigables para el control de malezas dentro de plantaciones de café agroforestal, se estableció un experimento en diseño de Parcelas Divididas con distribución en Bloques Completamente al Azar (BCA), con tres repeticiones. En las parcelas grandes fueron distribuidos los niveles del factor A: Tipo de sombra (a1: Inga laurina + Simarouba glauca; a2: Inga laurina + Samanea saman; a3: Tabebuina rosea + Samanea saman; a4: Tabebuina rosea + Simarouba glauca; a5: café a plena exposición solar). En las sub parcelas fueron distribuidos los niveles del factor B: niveles de insumos (corresponden al uso de diferentes dosis fertilizantes sintéticos, herbicidas, fungicidas e insecticidas) tales como: b1: convencional intensivo, b2: convencional moderado, b3: orgánico intensivo, b4: orgánico moderado. Las variables estudiadas fueron: abundancia, diversidad de especies y producción de biomasa por especie en condición de campo e invernadero. Los tratamientos bajo combinaciones de sombra: I. laurina + S. glauca, y niveles de insumos orgánico moderado, en condiciones de campo e invernadero presentan la menor abundancia y diversidad de especies de malezas. Con respecto al resto de tratamientos; Oplismenus burmannii (Rets.) P. Beauv., fue la especie de maleza benéfica dominante en todos los tratamientos estudiados mostrando una dominancia superior bajo la combinación de sombra T. rosea+ S. glauca, al igual que en el nivel de insumo orgánico moderado, donde cuatro meses después de haber realizado el primer recuento se encontraron menos especies; por la mayor incidencia de malezas en café a pleno sol fueron los que recibieron un control de malezas.

Dinámica de crecimiento de dos especies forestales del bosque seco deciduo del refugio de vida silvestre Chacocente

El presente trabajo se realizó en las parcelas de muestreo permanente establecidas en 1989, en el refugio de vida silvestre Chococente por la Escuela de Ciencias Forestales de la Universidad Nacional Agraria. El objetivo principal del estudio fue evaluar la dinámica de crecímiento del Cortes (Tabebuia ochracaea neocrysantha) y Laurel (Cordia Alliodora) entre 1994 y el año 2000 (intervalo de seis años). Cuatro parcelas permanentes de muestreos fueron re inventariadas, dos parcelas en el Bosque Seco Caducífolio y dos parcelas en el Bosque de Galería. Cada parcela de muestreo se divide en 25 cuadriculas para el muestreo de la vegetación con diámetro a la altura del pecho mayor o igual a·¡ O centímetros. Se logró determinar que tanto la disminución de la abundancia como del área basal están directamente relacionadas a un incremento de la mortalidad en el periodo de los 6 años; sin embargo para ambas especies el reclutamiento balanceó casi en igual cantidad a la mortalidad. El incremento periódico anual (IPA) demostró alta varia~ bilidad entre las especies, aunque también mostraron consi· derable potencialidad de manejo. Para el área de estudio se determinó que las causas principales de mortalidad son las actividades cotidianas que la pob1ación de Chococente realiza, lo que a largo plazo disminuye la capacidad de recuperación del bosque.

Factores a considerar en la regeneración natural del bosque tropical seco en Nicaragua

En el presente estudio se analizó el banco de semillas del suelo en un ecosistema de bosque seco secundario en Nandarola, Nandaime, departamento de Granada. La investigación tuvo por objetivos estimar composición florística y densidad de semillas presentes en el banco de semillas de suelo. Se recolectaron muestras de suelo que incluían la capa litter y tres capas de suelo mineral sucesivas (de 0-3, 3-6 y 6-9 cms). El número total de especies presente en el banco de semillas del suelo fue de 33 especies, distribuidas en 23 familias. El número total de semillas presente fue 240 semillas por metro cuadrado. Tambien se hizo otro estudio sobre la regeneración natural de tres especies: Lysiloma divaricatum (Jacq.), Tabebuia ochracea (Cham.) and Lonchocarpus minimiflorus (Donn. Sm.) en un periodo de tres años en la Reserva Natural de Chacocente. Los resultados obtenidos señalan que la densidad de las especies varía significativamente durante el periodo de estudio. La regeneración natural por si sola no es suficiente para mantener el número adecuado de plántulas, por lo tanto se deben de tomar medidas para incrementar la regeneración de las especies.

Interceptación del agua de lluvia en sistema de café (Coffea arábica L) en monocultivo y agroforestal, CENECOOP, Masaya, Nicaragua, 2013

La intercepción de lluvia por el dosel de la vegetación es uno de los factores que intervienen en la humedad del suelo y escurrimiento, debido a que gran parte retorna a la atmosfera en forma de evaporación. El estudio tiene como propósito analizar la distribución del agua de lluvia a través del proceso de intercepción por dosel en un sistema de café agroforestal y a pleno sol. Los indicadores evaluados fuero el flujo cortical y traslocacion, Índice de área foliar por el método directo en cafetos e indirecto con fotografías hemisféricas en árboles. Se instalaron un total de 76 pluviómetros a 1.80 m. de altura y 54 pluviómetros distribuidos debajo de los arbustos de café, se monitoreo el flujo cortical en árboles y cafetos, en un sistema de tres parcelas bajo sombra y una parcela a pleno sol. Un total de 36 eventos, fueron analizados, eliminando los datos de escurrimiento de fuste que rebasaron su capacidad de almacenamiento. Como resultado en los árboles de roble (T. rosea) presentaron mayor flujo cortical que el acetuno (S. glauca), debido a la arquitectura del dosel y las características de la corteza del fuste del árbol. El flujo de translocación del roble fue similar al del acetuno. Y la interceptación en Roble fue (30,5 mm), mayor al de acetuno con (28,8 mm). La interceptación en los arbustos de café fue mayor bajo sombra con (105,3 mm) a los cafetos a pleno sol con (62,47 mm). Este estudio preliminar sugiere continuar desarrollando esta metodología para obtener balances hídricos en sistemas agroforestales con café.

Diversidade e padrões estruturais da vegetação halófila-psamófila das restingas do Rio de Janeiro

As restingas do Estado do Rio de Janeiro são áreas de sedimentação predominantemente quaternária, descontínuas geograficamente, formadas em função das mudanças paleoclimáticas, flutuações do nível do mar e transporte longitudinal de sedimentos. A diversidade e a estrutura da vegetação halófila-psamófila presente nestas restingas são os principais focos deste estudo, onde foram analisadas a similaridade florística, as formas de vida e síndrome de dispersão, o padrão de riqueza e diversidade, a distribuição das espécies e os parâmetros de cobertura vegetal, serrapilheira, solo desnudo e salinidade da água do mar. Foram amostradas nove áreas de restinga, a saber, Praia do Sul, Marambaia, Grumari, Marapendi, Maricá, Massambaba, Barra de São João, Jurubatiba e São João da Barra. Foram encontradas 90 espécies, distribuídas em 33 famílias, 69 gêneros, sendo as famílias de maior riqueza específica: Asteraceae (10), Poaceae (9 espécies), Fabaceae (9) e Rubiaceae (6). Foi registrada uma baixa riqueza de espécies nas áreas avaliadas, variando de 25 a 48. Somente 11 espécies ocorreram em todas as áreas (Alternanthera maritima, Blutaparon portulacoides, Canavalia rosea, Cereus fernambucensis, Euphorbia hyssopifolia, Ipomoea imperati, Ipomoea pes-caprae, Panicum racemosum, Remirea maritima, Sporobolus virginicus, Stenotaphrum secundatum), e 12 são dominantes, em uma ou mais áreas (Allagoptera arenaria, Alternanthera maritima, Blutaparon portulacoides, Canavalia rosea, Ipomoea imperati, Ipomoea pes-caprae, Mollugo verticillata, Panicum racemosum, Remirea maritima, Spermacoce capitata, Sporobolus virginicus, Stenotaphrum secundatum), existindo um grande número de espécies raras. O índice de diversidade de Shannon variou de 1,49 a 2,40, e a equabilidade de Pielou de 0,82 a 0,60. O agrupamento formou dois grandes grupos, sendo o primeiro constituído por Barra de São João, Praia do Sul, Marambaia, Grumari e Marapendi, e o segundo por Jurubatiba, São João da Barra, Maricá e Massambaba. As áreas mais similares floristicamente foram Maricá e Massambaba (58%), Grumari e Marapendi (56%), e Barra de São João e Praia do Sul (50%). A vegetação apresenta uma flora característica, com diferença na composição entre as áreas, e similaridade entre áreas geograficamente mais próximas. Um terço das espécies identificadas são caméfitos (34,56%), seguida por fanerófitos (20,98%), geófitos (16,04%), hemicriptófitos (12,34%), terófitos (13,58%) e duas lianas. Na dispersão predomina a autocoria (41,97%), anemocoria (33,33%) e zoocoria (24,69%). O tamanho das áreas perpendicularmente ao mar não está relacionado com aumento da riqueza, nem apresenta o padrão de aumento com o distanciamento do mar. Existem diferenças da riqueza e da diversidade entre as áreas, não havendo uma homogeneidade ao longo do litoral. Há uma zonação, com espécies distribuídas próximas ao mar (Allagoptera arenaria, Alternanthera maritima, Blutaparon portulacoides, Canavalia rosea, Cassytha filiformis, Cereus fernambucensis, Hydrocotyle bonariensis, Ipomoea pes-caprae, Schinus terebinthifolia, Sophora tomentosa, Stenotaphrum secundatum, Cyrtocymura scorpioides), e ao longo do gradiente perpendicular ao mar (Chamaecrista flexuosa, Euphorbia hyssopifolia, Ipomoea imperati, Mollugo verticillata, Panicum racemosum, Paspalum maritimum, Remirea maritima, Sporobolus virginicus). O modelo de série logarítmica é o que melhor representa a vegetação, independente da diversidade ou riqueza. A cobertura vegetal variou entre as áreas. A serrapilheira e o solo desnudo estão estreitamente relacionados com a cobertura vegetal, havendo variação entre as áreas.

萱草属的进化与分类

根据现有记载，萱草属约有20种，主要分布在东亚，由于种间在外部形态和核型上的高度相似性，加之长期人工栽培，使本属植物的分类成为一个难题，我们做了大量的野外调查和温室栽培试验，获得了一些有意义的观察结果，对核型变异做了详细定量分析：系统观察了花粉扫描电镜特征，为了揭示属内可能的表征和分支关系，运用聚类分析，主成分分析及简约分析对属下类群做了定量研究．本文得到如下主要结论． 1．虽然迄今为止许多核型观察结果未能得到有分类学意义的结论，运用数量分析方法比较各分类群核型定量变异结果表明，其分类学意义是明显的，例如，北黄花菜、黄花菜和小黄花菜三者外部形态很一致，核型亦高度相似：大苞萱草和多花萱草的核型公式虽与前三者相同，但已出现明显的数量变异．同样，北萱草，折叶萱草和西南萱草虽有相同核型公式，亦出现明显数量变异．萱草则与所有其他类群的核型均有明显差别．核型对称性分析表明，臂比不对称性出现一个由低到高的演变序列：但长度不对称性与此无明显相关性．萱草和折叶萱草的臂比不对称性最低，西南萱草和北萱草升高，黄花菜，大苞萱草和多花萱草等最高． 2．观察到三种类型花粉;舟形具网纹，舟形具疣纹和亚球形具疣纹．萱草，北萱草，大苞萱草，北黄花菜，黄花菜，小黄花菜及多花萱草具第一种类型花粉;折叶萱草和西南萱草具第2种类型花粉;矮萱草具第三种花粉．以广义百合科其他类群作为复合外类群进行比较，推测花粉形态的演化序列为：舟形具网纹一舟形具疣纹一亚球形具疣纹． 3．在外部形态上，萱草因具二叉分枝花序，叶型苞片，根膨大适中，花蕾顶部绿色及花筒占花被比例较小等原始性状状态，结合不对称性较低的核型特征和舟形具网纹花粉特征，是现存种类中最原始类群;折叶萱草及北萱草等具较短的花筒，二叉分枝花序，单色花被及花蕾部绿色等特征显得进化程度不高．黄花菜因具夜间开花习性，长花筒，叶鞘红色等状态被认为是进化类群，大苞萱草高度压缩的花序形成头状花序，具总苞状宽大苞片及绳索状根被认为是特化类群，矮萱草个体矮小，单花，具亚球形疣纹花粉亦被认为是高度特化类群．外部形态，花粉特征，核型及地理分布之间存在着相关性;随地理水平分布由南向北，外部形态特征由原始到进化，核型不对称性由低到高：随地理垂直分布由低向高，形态特征由复杂到简化，核型不对称性由低到高，花粉形态由舟形具网纹到舟形具疣纹再到亚球形具疣纹，这两种趋势结合起来构画出了本属植物演化和地理分布的基本轮廊． 4．萱草是一个孤立的属，没有明确的外类群可供比较．在现存类群中．Dahlgren等(1985)认为本属与分布在非洲，地中海地区，西亚及中亚的Asphodeloideae（亚科）有较多的共有特征．本文比较了两个类群之后发现，萱草不但在许多一般特征上与Asphodeloideae -致，而且在小孢子同时型发生及含蒽醌等被认为是Asphodeloideae典型属性的特征上亦与后者相同．这些共有特征显示出二 者在系统发育上一定的联系．进一步比较发现两者在有差异的特征中，萱草属显得较为进化．二者的分布区是完全不同的;Asphodeloideae分布在中亚及其以西地区和非洲，而本属分布在东亚，延及西伯利亚，据本文分析，欧洲生长的一个种(H.lilioasphodelus，北黄花菜)是归化类群．北美和台湾没有自然分布，但栽培植物均生长良好，而且已有归化植物．由此似乎可以推测，本届的祖先与Asphodeloideae的祖先有亲缘关系，这种关系似可远溯到第三纪古地中海时期，或许当时与Asphodeloideae祖先有关系的一个分支分布于古地中海东南缘的康滇古陆，即与现今横断山地区相应的地区，由于喜玛拉雅造山运动引起的地质，地理和气候剧变，某些类群灭绝了，一个类群发展成现今的萱草属． 5．由于本属各分类群间形态及核型相似性程度较高，种间极易（人工）杂交，似无必要在属与种间增设组或系，根据本文研究结果及参考有关分类文献（国外种类），我们将萱草属处理为10种2亚种13变种：H.darrowiana Hu;小萱草(H.dumortieri Morr.)及北萱草(var. esculenta (Koidz.) Kitamura;西南萱草(H.forrestii Diels);萱草(H.fulva (L.) L.)及var. aurantiaca (Baker) Hotta, var. disticha (Donn.) Baker，重瓣萱草(var. kwanso Regel)，var. littorea (Makino)Hotta，长菅萱草(var. longituba (Miq.) Maxim，var. maculata Baroni，var. pauciflora Hotta et Matsuoka, var. rosea Stout, var. sempervirens (Araki) Hotta; H. hakuunensis Nakai;北黄花菜 (H. lilioasphodelus L. Var. lilioasphodelus)及黄花菜(ssp. citrina (Baroni) Xiong)，小黄花菜(ssp. minor(Mill.) Xiong)，var. corcana (Nakai) Xiong;大苞萱草 (H. middendorfii Trautv. et Mey var. middendorfii)及var. exaltata (Stout) Kitamura，长苞萱草(var. longibracteata Xiong);多花萱草(H. multiflora Stout);矮萱草(H. nana Smith ct Forrest);折叶萱草(H.plicata Stapf)。

Changes in the structure of a zooplankton community during a Ceratium (dinoflagellate) bloom in a eutrophic fishless pond

The community structure of zooplankton was studied in a eutrophic, fishless Japanese pond. The ecosystem was dominated by a dinoflagellate, Ceratium hirundinella, two filter-feeding cladocerans, Daphnia rosea and Ceriodaphnia reticulata, and an invertebrate predator, the dipteran Chaoborus flavicans. The midsummer zooplankton community showed a large change in species composition (the Daphnia population crashed) when a heavy Ceratium bloom occurred. It is shown that (i) the rapid density decline of D.rosea in mid-May was mainly caused by a shortage of edible phytoplankton, which was facilitated by the rapid increase in C.hirundinella abundance; (ii) the low density of D.rosea in June-July was considered to be mainly caused by the blooming of Ceratium hirundinella (which may inhibit the feeding process of D.rosea), while predation by C.flavicans larvae, the changing temperature, the interspecific competition and the scarcity of edible algae were not judged to be important; (iii) the high summer biomass of the planktonic C.flavicans larvae was maintained by the bloom of C.hirundinella, because >90% of the crop contents of C.flavicans larvae were C.hirundinella during this period. The present study indicates that the large-sized cells or colonies of phytoplankton are not only inedible by most cladocerans, but the selective effect of the blooming of these algae can also influence the composition and dominance of the zooplankton community, especially for the filter-feeding Cladocera, in a similar way as the selective predation by planktivorous fish. The large-sized phytoplankton can also be an important alternative food for ominivorous invertebrate predators such as Chaoborus larvae, and thus may affect the interactions between these predators and their zooplanktonic prey. In this way, such phytoplankton may play a very important role in regulating the dynamics of the aquatic food web, and become a driving force in shaping the community structure of zooplankton.

Psilídeos no Brasil: 5-Trioza tabebuiae em ipês.

2009

Phytophthora nicotianae e Rhizoctonia solani: dois novos patógenos da vinca no Brasil.

2007

Controle biológico da podridão de raízes causada por Pythium spp. em cultivos hidropônicos.

2009

Tentacular diversity in deep-sea deposit-feeding holothurians: implications for biodiversity in the deep sea

The tentacles of deep-sea holothurians show a wide range of morphological diversity. The present paper examines gross tentacle morphology in surface deposit feeding holothurians from a range of bathymetric depths. Species studied included the elasipods: Oneirophanta mutabilis, Psychropotes longicauda and Benthogone rosea and the aspidochirotids: Paroriza prouhoi, Pseudostichopus sp., Bathyplotes natans and Paroriza pallens. The sympatric abyssal species Oneirophanta mutabilis, Psychropotes longicauda and Pseudostichopus sp. show subtle differences in diet and the structure and filling patterns of the gut that suggest differences in feeding strategies which may represent one mechanism to overcome competition for food resources in an environment where nutrient resources are considered to be, at least periodically, limiting. Interspecific differences in tentacle functional morphology and digestive strategies, which reflects taxonomic diversity could be explained in terms of Sanders'; Stability–Time Hypothesis. Since different tentacle types will turn over sediments to different extents, their impact on sedimentary communities will be enormous so that high diversity in meiofaunal communities may be explained most simply by Dayton and Hessler's Biological Disturbance Hypothesis.

Ecological interactions between zooplankton and photosynthetic bacteria in Crawford Lake, Ontario

The present study was carried out to test the hypothesis that photosynthetic bacteria contribute a large portion of the food of filter feeding zooplankton populations in Crawford Lake, Ontario. The temporal and spatial variations of both groups of organisms are strongly dependent on one another. 14 By using C-Iabelled photosynthetic bacteria. the ingestion and clearance rates of Daphnia pulex, ~. rosea, and Keratella spp were estimated during summer and fall of 1982. These quantitative estimations of zooplankton ingestion and clearence rates on photosynthetic bacteria comprised an original addition to the literature. Photosynthetic bacteria comprised a substantial portion of the diet of all four dominant zooplankton species. The evidence for this is based on the ingestion and clearance rates of the dominant zooplankton species. Ingestion rates of D. pulex and D. rosea ranged 5 5 -1 -1 - -- 5 - -- 5 from 8.3X10 -1 to 14.6XlO -1 cells.ind. hr and 8.1X10 to 13.9X10 cells.ind. hr • Their clearance rates ranged from 0.400 to 1.000 -1 -1 -1 -1 ml.ind. hr. and 0.380 to 0.930 ml.ind. hr • The ingestion and clearance -1 -1 -1 -1 rates of Keratella spp were 600 cell.ind. hr and 0.40 ul.ind. hr respectively. Clearance rates were inversely proportional to the concentration of food cells and directly proportional to the body size of the animals. It is believed that despite the very short reg~neration times of photosynthetic bacteria (3-8 hours) their population densities were controlled in part by the feeding rates of the dominant zooplankton in Crawford Lake. By considering the regeneration times of photosynthetic bacteria and the population clearance rates of zooplankton, it was estimated that between 16 to 52% and 11 to 35% of the PHotosynthetic bacteria were' consumed· by Daphnia· pulex. and Q.. rosea per day. The temporal and spatial distribution of Daphnia pulex, !.. rosea, Keratella quadrata, K. coChlearis and photosynthetic bacteria in Crawford Lake were also investigated during the period of October, 1981 to December, 1982. The photosynthetic bacteria in the lake, constituted a major food source for only those zooplankton Which tolerate anaerobic conditions. Changes in temperature and food appeared to correlate with the seasonal changes in zooplankton density. All four dominant species of zooplankton were abundant at the lake's surface (O-4m) during winter and spring and moved downwards with the thermocline as summer stratification proceeded. Photosynthetic bacteria formed a 2 m thick layer at the chemocline. The position of this photosynthetic bacterial J-ayer changed seasonally. In the summer, the bacterial plate moved upwards and following fall mixing it moved downwards. A vertical shift of O.8m (14.5 to 15.3m) was recorded during the period of June to December. The upper limit of the photosynthetic bacteria in the water column was controlled by dissolved oxygen, and sulfide concentrations While their lower limit was controlled by light intensity. A maximum bacterio- 1 chlorophyll concentration of 81 mg Bchl.l was recorded on August 9, 1981. The seasonal distribution of photosynthetic bacteria was controlledinpart' by ·theg.-"z1ai'_.Q;~.zoopl. ank:tCm;-.Qther -ciactors associated with zooplankton grazing were oxygen and sulfide concentrations.

Diversité des champignons endophytes mycorhiziens et de classe II chez le pois chiche, et influence du génotype de la plante

réalisé en cotutelle avec la Faculté des Sciences de Tunis, Université Tunis El Manar.

Comparative mitochondrial genomics toward understanding genetics and evolution of arbuscular mycorrhizal fungi

Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sont très répandus dans le sol où ils forment des associations symbiotiques avec la majorité des plantes appelées mycorhizes arbusculaires. Le développement des CMA dépend fortement de la plante hôte, de telle sorte qu'ils ne peuvent vivre à l'état saprotrophique, par conséquent ils sont considérés comme des biotrophes obligatoires. Les CMA forment une lignée évolutive basale des champignons et ils appartiennent au phylum Glomeromycota. Leurs mycélia sont formés d’un réseau d’hyphes cénocytiques dans lesquelles les noyaux et les organites cellulaires peuvent se déplacer librement d’un compartiment à l’autre. Les CMA permettent à la plante hôte de bénéficier d'une meilleure nutrition minérale, grâce au réseau d'hyphes extraradiculaires, qui s'étend au-delà de la zone du sol explorée par les racines. Ces hyphes possèdent une grande capacité d'absorption d’éléments nutritifs qui vont être transportés par ceux-ci jusqu’aux racines. De ce fait, les CMA améliorent la croissance des plantes tout en les protégeant des stresses biotiques et abiotiques. Malgré l’importance des CMA, leurs génétique et évolution demeurent peu connues. Leurs études sont ardues à cause de leur mode de vie qui empêche leur culture en absence des plantes hôtes. En plus leur diversité génétique intra-isolat des génomes nucléaires, complique d’avantage ces études, en particulier le développement des marqueurs moléculaires pour des études biologiques, écologiques ainsi que les fonctions des CMA. C’est pour ces raisons que les génomes mitochondriaux offrent des opportunités et alternatives intéressantes pour étudier les CMA. En effet, les génomes mitochondriaux (mt) publiés à date, ne montrent pas de polymorphismes génétique intra-isolats. Cependant, des exceptions peuvent exister. Pour aller de l’avant avec la génomique mitochondriale, nous avons besoin de générer beaucoup de données de séquençages de l’ADN mitochondrial (ADNmt) afin d’étudier les méchanismes évolutifs, la génétique des population, l’écologie des communautés et la fonction des CMA. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de doctorat consiste à: 1) étudier l’évolution des génomes mt en utilisant l’approche de la génomique comparative au niveau des espèces proches, des isolats ainsi que des espèces phylogénétiquement éloignées chez les CMA; 2) étudier l’hérédité génétique des génomes mt au sein des isolats de l’espèce modèle Rhizophagus irregularis par le biais des anastomoses ; 3) étudier l’organisation des ADNmt et les gènes mt pour le développement des marqueurs moléculaires pour des études phylogénétiques. Nous avons utilisé l’approche dite ‘whole genome shotgun’ en pyroséquençage 454 et Illumina HiSeq pour séquencer plusieurs taxons de CMA sélectionnés selon leur importance et leur disponibilité. Les assemblages de novo, le séquençage conventionnel Sanger, l’annotation et la génomique comparative ont été réalisés pour caractériser des ADNmt complets. Nous avons découvert plusieurs mécanismes évolutifs intéressant chez l’espèce Gigaspora rosea dans laquelle le génome mt est complètement remanié en comparaison avec Rhizophagus irregularis isolat DAOM 197198. En plus nous avons mis en évidence que deux gènes cox1 et rns sont fragmentés en deux morceaux. Nous avons démontré que les ARN transcrits les deux fragments de cox1 se relient entre eux par épissage en trans ‘Trans-splicing’ à l’aide de l’ARN du gene nad5 I3 qui met ensemble les deux ARN cox1.1 et cox1.2 en formant un ARN complet et fonctionnel. Nous avons aussi trouvé une organisation de l’ADNmt très particulière chez l’espèce Rhizophagus sp. Isolat DAOM 213198 dont le génome mt est constitué par deux chromosomes circulaires. En plus nous avons trouvé une quantité considérable des séquences apparentées aux plasmides ‘plasmid-related sequences’ chez les Glomeraceae par rapport aux Gigasporaceae, contribuant ainsi à une évolution rapide des ADNmt chez les Glomeromycota. Nous avons aussi séquencé plusieurs isolats de l’espèces R. irregularis et Rhizophagus sp. pour décortiquer leur position phylogénéque et inférer des relations évolutives entre celles-ci. La comparaison génomique mt nous montré l’existence de plusieurs éléments mobiles comme : des cadres de lecture ‘open reading frames (mORFs)’, des séquences courtes inversées ‘short inverted repeats (SIRs)’, et des séquences apparentées aux plasimdes ‘plasmid-related sequences (dpo)’ qui impactent l’ordre des gènes mt et permettent le remaniement chromosomiques des ADNmt. Tous ces divers mécanismes évolutifs observés au niveau des isolats, nous permettent de développer des marqueurs moléculaires spécifiques à chaque isolat ou espèce de CMA. Les données générées dans mon projet de doctorat ont permis d’avancer les connaissances fondamentales des génomes mitochondriaux non seulement chez les Glomeromycètes, mais aussi de chez le règne des Fungi et les eucaryotes en général. Les trousses moléculaires développées dans ce projet peuvent servir à des études de la génétique des populations, des échanges génétiques et l’écologie des CMA ce qui va contribuer à la compréhension du rôle primorial des CMA en agriculture et environnement.