SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.

Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.

Weigh2go: A Peripatetic Level 1 Weight Management Service

The aim of this intervention is to increase the accessibility of appropriate evidence based support to people who are clinically obese to enable them to make lifestyle changes that will lead to weight loss. Objectives1. Identify patients whose lifestyle put them at risk of obesity and poor health outcomes and provide them with advice and support along with signposting to specific services and activities. 2. Identify patients who are overweight or obese and offer them a structured multi-component programme of support for them to loose weight. 3. Through the use of software collect data to monitor outcomes at individual and practice levels.

Diseño y Desarrollo de un cliente Web Processing Service (WPS) para gvSIG

Estudi dels estàndards definits per l'Open Geospatial Consortium, i més concretament en l'estàndard Web Processing Service (wps). Així mateix, ha tingut una component pràctica que ha consistit en el disseny i desenvolupament d'un client capaç de consumir serveis Web creats segons wps i integrat a la plataforma gvSIG.

Análisis y diseño de un software de gestión de incidencias técnicas adaptado a la ISO/IEC 20000

El propósito de diseñar esta aplicación, es facilitar una herramienta a los usuarios de una red informática que gestione la resolución de incidencias técnicas con el objetivo que el servicio se vea interrumpido el menor tiempo posible.

Open to the users' needs : combining user-centered design, standards and open source software

This case study introduces our continuous work to enhance the virtual classroom in order to provide faculty and students with an environment open to their needs, compliant with learning standards and, therefore compatible with other e-learning environments, and based on open source software. The result is a modulable, sustainable and interoperable learning environment that can be adapted to different teaching and learning situations by incorporating the LMS integrated tools as well as wikis, blogs, forums and Moodle activities among others.

Proyecto de dirección de sistemas de información : Open Service Center

El objetivo de este proyecto, Open Service Center, ha consistido en la definición de la arquitectura para una plataforma integrada de herramientas de Software Libre que den soporte a la gestión de servicios TI de diferentes áreas de negocio.

Pleasure-suffering indicators of nursing work in a hemodialysis nursing service

OBJECTIVE To measure the pleasure and suffering indicators at work and relate them to the socio-demographic and employment characteristics of the nursing staff in a hemodialysis center in southern Brazil. METHOD Quantitative research, with 46 workers. We used a self-completed form with demographic and labor data and the Pleasure and Suffering Indicators at Work Scale (PSIWS). We conducted a bivariate and correlation descriptive analysis with significance levels of 5% using the Epi-Info® and PredictiveAnalytics Software programs. RESULTS Freedom of Speech was considered critical; other factors were evaluated as satisfactory. The results revealed a possible association between sociodemographic characteristics and work, and pleasure and suffering indicators. There was a correlation between the factors evaluated. CONCLUSION Despite the satisfactory evaluation, suffering is present in the studied context, expressed mainly by a lack of Freedom of Speech, with the need for interventions to prevent injury to the health of workers.

A Widely Used Machine Translation Service and its Migration to a Free/Open-Source Solution : the Case of Softcatalà

Softcatalà is a non-profit associationcreated more than 10 years ago to fightthe marginalisation of the Catalan languagein information and communicationtechnologies. It has led the localisationof many applications and thecreation of a website which allows itsusers to translate texts between Spanishand Catalan using an external closed-sourcetranslation engine. Recently,the closed-source translation back-endhas been replaced by a free/open-sourcesolution completely managed by Softcatalà: the Apertium machine translationplatform and the ScaleMT web serviceframework. Thanks to the opennessof the new solution, it is possibleto take advantage of the huge amount ofusers of the Softcatalà translation serviceto improve it, using a series ofmethods presented in this paper. In addition,a study of the translations requestedby the users has been carriedout, and it shows that the translationback-end change has not affected theusage patterns.

Dynamic Runtime Variation and Branding in S60 Software

Diplomityössä tutkitaan keinoja brändätä ja varioida S60-ohjelmistoja dynaamisesti ja ajonaikaisesti. S60 on kehitysalusta, jota käyttävät useat puhelinvalmistajat ja heidän puhelimiaan käyttävät lukuisat eri operaattorit. Operaattorit haluavat puhelimiensa tai osan puhelimen sovelluksista erottuvan kilpailijoista heidän omalla brändillään ja tämän takia täytyy olla keinot joko koko puhelimen, tai valittujen sovellusten brändäykselle. Osa sovelluksista saatetaan haluta vaihtavan käytettyä brändiä sen käyttämien resurssien, kuten verkkopalvelimen, mukaan. Variointidataa tulee myös pystyä jakamaan eri sovellusten tai sovellusten osien kesken. Työssä esitellään Symbian käyttöjärjestelmä ja S60 kehitysympäristö, sekä pohditaan Symbianin turvallisuuskäytäntöjen tuomia haasteita variointidatan jakamiseen eri sovellusten välillä. Olemassaolevia variointitapoja tutkitaan työn mahdolliseksi pohjaksi. Työ sisältää esittelyn projektista, jossa kehitettiin erään S60 sovelluksen dynaaminen brändäystoteutus, joka myös mahdollistaa variointidatan jakamisen eri sovellusten kanssa.

Global Distributed Delivery Model for Internet Service Provider

Globaalin talouden rakenteet muuttuvat jatkuvasti. Yritykset toimivat kansainvälisillä markkinoilla aiempaa enemmän. Tuotannon lisäämiseksi monet yritykset ovat ulkoistaneet tuotteidensa tuki- ja ylläpitotoiminnot halvan työvoiman maihin. Yritykset voivat tällöin keskittää toimintansa ydinosamiseensa. Vapautuneita resursseja voidaan käyttää yrityksen sisäisessä tuotekehityksessä ja panostaa seuraavan sukupolven tuotteiden ja teknologioiden kehittämiseen. Diplomityö esittelee Globaalisti hajautetun toimitusmallin Internet-palveluntarjoajalle jossa tuotteiden tuki- ja ylläpito on ulkoistettu Intiaan. Teoriaosassa esitellään erilaisia toimitusmalleja ja keskitytään erityisesti hajautettuun toimitusmalliin. Tämän lisäksi luetellaan valintakriteerejä joilla voidaan arvioida projektin soveltuvuutta ulkoistettavaksi sekä esitellään mahdollisuuksia ja uhkia jotka sisältyvät globaaliin ulkoistusprosessiin. Käytäntöosassa esitellään globaali palvelun toimittamisprosessi joka on kehitetty Internet-palveluntarjoajan tarpeisiin.

Terrestrial Trunked Radio - verkossa toimivan reaaliaikaisen Short Data Service - viesteihin perustuvan telemetriasovelluksen ohjelmistokehitys

Tämä diplomityö tarkastelee TETRA-verkon soveltuvuutta turvallisuusviranomaisille tarkoitettuun telemetriasovellukseen, jossa erilaiset mittausdatat ja hälytystiedot kulkevat verkon yli SDS-viestiliikenteenä. Diplomityön tarkoituksena on tehdä kaksi sulautettua ohjelmistoa sekä yksi PCohjelmisto, joita käytetään rakennettavassa demolaitteistossa. Lisäksi selvitetään TETRA-verkon toimivuus ja rajoitukset sovelluksessa eri olosuhteissa ja eri kuormitustilanteissa. Diplomityön teoriaosassa käydään läpi työn määrittely ja ohjelmistonkehitysprosessin läpivienti eri osa-alueilla. Loppuosassa kuvataan tehdyt ohjelmistot erikseen ja yhdessä suunnittelusta toteutukseen, sekä lopullisen järjestelmän testaus.

Managing an intellectual property right portfolio in the software industry

Tutkimuksen tavoitteena oli määrittää etuja, joita huolellinen immateriaali-oikeussalkun hallinnointi ohjelmistoalalla luo yritykselle. Tutkimusaineisto on kerätty haastattelemalla eri asemissa olevia ihmisiä kolmesta suomalaisesta ohjelmistoalan tuote- ja palveluyrityksestä. Tutkimuksesta käy ilmi, että ohjelmistoyritysten immateriaalioikeussalkut koostuvat liikesalaisuuksista, tekijänoikeudesta, tavaramerkeistä, verkkotunnuksista ja muutamista patenteista. Kiinnostus patentteihin ohjelmistoalalla on kasvanut erityisesti niiden tuoman tekijänoikeutta vahvemman suojan takia. Tällä hetkellä Euroopassa suhtautuminen ohjelmistopatentteihin on kuitenkin vielä käymistilassa. Jos ohjelmistopatentit hyväksytään, immateriaalioikeussalkun strateginen merkitys kasvaa. Tällöin salkunn hallinnointi tukee yrityksen tavoitteita - esimerkiksi oman toimintavapauden turvaamista - avustaen hakemus-prosessissa, tarkkaillen markkinoita sekä arvioiden yrityksen oman immateriaalioikeussalkun erilaisia hyväksikäyttömahdollisuuksia.

Value added logistical support service. Part 1 : Trends and new concept model

The aim of `Valssi' study was to find out the service requirements in `business-to-business' (B2B) markets and to present a new logistics service concept, where the traditional logistics service is expanded with significant manufacturing and value addedfacilities. The traditional third-party logistics service providers are not necessarily able to offer services, which cover widely the needs of potential customers. The study has been outlined to spare part markets in metal industry. In the second phase of the Valssi-project the aim is to examine the economical conditions and potentiality of the new logistics business concept. This research report (Part 1) concentrates on examining current trends in global and domestic logistics markets. Based on detailed survey among the participating companies, the study presents basis for a new logistics business concept model. The developed concept consists of 12 different service modules, which are split into deeper details of processes. The integration of worldwide supplier and service provider network together with customer companies systems is a challenge. The report focuses on evaluating the requirements for the new business concept from the customer-companies point of view. The study paints an overall picture of distribution and service provider network including an abstract about the software and system integration possibilities. As a result of the survey, it can be concluded that thereis need for the new business concept among the participating companies, and a modular service concept meets the requirements of them, because the new sophisticated concept considers the specialities involved in spare part logistics in metal industry.

Aplicación SaaS para la gestión de pequeñas empresas

Trabajo final de carrera en el área de ingeniería del software donde se realiza el análisis y diseño de una solución tecnológica que cubra las necesidades de gestión de una pequeña empresa, en concreto de un centro de belleza.

THE IMPACT OF ARCHITECTURAL DESIGN ON SOFTWARE DEVELOPMENT

Tässä työssä tutkitaan ohjelmistoarkkitehtuurisuunnitteluominaisuuksien vaikutusta erään client-server –arkkitehtuuriin perustuvan mobiilipalvelusovelluksen suunnittelu- ja toteutusaikaan. Kyseinen tutkimus perustuu reaalielämän projektiin, jonka kvalitatiivinen analyysi paljasti arkkitehtuurikompponenttien välisten kytkentöjen merkittävästi vaikuttavan projektin työmäärään. Työn päätavoite oli kvantitatiivisesti tutkia yllä mainitun havainnon oikeellisuus. Tavoitteen saavuttamiseksi suunniteltiin ohjelmistoarkkitehtuurisuunnittelun mittaristo kuvaamaan kyseisen järjestelmän alijärjestelmien arkkitehtuuria ja luotiin kaksi suunniteltua mittaristoa käyttävää, työmäärää (komponentin suunnittelu-, toteutus- ja testausaikojen summa) arvioivaa mallia, joista toinen on lineaarinen ja toinen epälineaarinen. Näiden mallien kertoimet sovitettiin optimoimalla niiden arvot epälineaarista gloobaalioptimointimenetelmää, differentiaalievoluutioalgoritmia, käyttäen, niin että mallien antamat arvot vastasivat parhaiten mitattua työmäärää sekä kaikilla ominaisuuksilla eli attribuuteilla että vain osalla niistä (yksi jätettiin vuorotellen pois). Kun arkkitehtuurikompenttien väliset kytkennät jätettiin malleista pois, mitattujen ja arvoitujen työmäärien välinen ero (ilmaistuna virheenä) kasvoi eräässä tapauksessa 367 % entisestä tarkoittaen sitä, että näin muodostettu malli vastasi toteutusaikoja huonosti annetulla ainestolla. Tämä oli suurin havaitu virhe kaikkien poisjätettyjen ominaisuuksien kesken. Saadun tuloksen perusteella päätettiin, että kyseisen järjestelmän toteutusajat ovat vahvasti riippuvaisia kytkentöjen määrästä, ja näin ollen kytkentöjen määrä oli mitä todennäköisemmin kaikista tärkein työmäärään vaikuttava tekijä tutkitun järjestelmän arkkitehtuurisuunnittelussa.