GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE.

BACKGROUND: The GENCODE consortium was formed to identify and map all protein-coding genes within the ENCODE regions. This was achieved by a combination of initial manual annotation by the HAVANA team, experimental validation by the GENCODE consortium and a refinement of the annotation based on these experimental results. RESULTS: The GENCODE gene features are divided into eight different categories of which only the first two (known and novel coding sequence) are confidently predicted to be protein-coding genes. 5' rapid amplification of cDNA ends (RACE) and RT-PCR were used to experimentally verify the initial annotation. Of the 420 coding loci tested, 229 RACE products have been sequenced. They supported 5' extensions of 30 loci and new splice variants in 50 loci. In addition, 46 loci without evidence for a coding sequence were validated, consisting of 31 novel and 15 putative transcripts. We assessed the comprehensiveness of the GENCODE annotation by attempting to validate all the predicted exon boundaries outside the GENCODE annotation. Out of 1,215 tested in a subset of the ENCODE regions, 14 novel exon pairs were validated, only two of them in intergenic regions. CONCLUSION: In total, 487 loci, of which 434 are coding, have been annotated as part of the GENCODE reference set available from the UCSC browser. Comparison of GENCODE annotation with RefSeq and ENSEMBL show only 40% of GENCODE exons are contained within the two sets, which is a reflection of the high number of alternative splice forms with unique exons annotated. Over 50% of coding loci have been experimentally verified by 5' RACE for EGASP and the GENCODE collaboration is continuing to refine its annotation of 1% human genome with the aid of experimental validation.

Erään hienopaperikoneen paksuusprofiilin hallinta

Työn kirjallisuusosassa perehdytään paperikoneen online-mittarien toimintaan, poikkisuuntaisten profiilien säätämiseen ja kalanterointiin. Työn tavoitteena oli löytää syyt erään hienopaperikoneen heikkoon paksuusprofiiliin ja siitä aiheutuvaan suureen rullahylkymäärään. Syitä heikkoon paksuusprofiiliin on haettu kalanterin, päällystysasemien ja laatusäätöjärjestelmän toiminnoista. Työssä on tutkittu myös karheusprofiilin vaikutusta paksuusmittaukseen. Työssä löydettiin selvä yhteys paperin karheusprofiilin ja paperikoneen paksuusmittarin mittaaman paksuusprofiilin välille. Radan reuna-alueiden karheus suurentaa online-paksuusmittarin mittaustulosta. Karheusprofiili ei kuitenkaan vaikuta laboratoriomittareilla mitattuun paksuusprofiiliin. Paperikoneen onlinepaksuusmittarin mittausvirhe on kompensoitava, jotta paperin todellinen paksuusprofiili saadaan suoraksi. Työssä tehtyjen tutkimusten perusteella muodostettiin ajomalli, jolla ajettiin koeajojakso. Ajomallin päällimmäinen tarkoitus oli kompensoida paperikoneen online- paksuusmittarin mittausvirhe. Koeajo onnistui hyvin. Koeajojakson profiilivioista johtuva rullahylyn määräoli merkittävästi pienempi kuin referenssijakson profiilivioista johtuva rullahylyn määrä.

Release Process Effectiveness - Case of Operating Room Management Software

Työn päätavoitteena oli tuoda esiin tärkeimmät julkistamisprosessin tehokkuuteen vaikuttavat tekijät. Tutkimuksessa tarkasteltiin aihetta julkistamisprojektien vetäjän näkökulmasta. Kirjallinen selvitys kattaa keskeisimmät ohjelmistoprosessin, palvelun laadun sekä projektihallinnan teoriat. Kokeellisena aineistona käytettiin asiakkailta ja myynnin sekä käyttöönoton organisaatioilta tullutta palautetta ja asiantuntijahaastatteluita. Case-tuotteena tarkasteltiin suuren kansainvälisen yrityksen jälleenmyymää leikkaussalihallinnan ohjelmistoa. Tärkeimpiä julkistamisprosessin tehokkuuteen vaikuttavia tekijöitä ovat tiekartan ja julkistamispakettien sisällön hallinta, projektin aikataulujen pitäminen, rehellinen ja nopea kommunikaatio myyntikanavaan ja asiakkaille, sekä hyvin toteutettu testaus. Työssä käydään läpi esimerkkistrategioita kehittymiseen näillä alueilla.

Characteristics of a good customer reference for a process equipment supplier

Työn tavoitteena oli tutkia hyvän asiakasreferenssin ominaisuuksia suodatinvalmistaja Laroxin myynnin ja huollon sekä yrityksen asiakkaiden näkökulmasta. Larox voi käyttää saatua tietoa referenssien tehokkaampaan valintaan ja hyödyntämiseen. Kaksi internet-kyselyä toteutettiin, välineenä Webropol. Alustava kysely sunnattiin Laroxin myynnille ja huollolle. Kysely koostui viidestä kategoriasta asiakasreferenssejä, joiden tärkeyttä arvioitiin, sekä vapaista vastauksista. Tunnistettuja hyvän asiakasreferenssin ominaisuuksia ovat hyvä suhde referenssiasiakkaaseen, positiiviset jarehelliset suosittelut asiakkaalta, referenssilaitteen hyvä toimintakyky ja asiakas joka ymmärtää huollon tärkeyden. Pääkysely suunnattiin Laroxin asiakkaille. Tilastollisilla analyyseilla tutkittiin koetun riskin mallinmuuttujien välisiä yhteyksiä. Analyysit eivät paljastaneet merkittäviä riippuvuuksia asiakasreferenssin ominaisuuksien tärkeydessä eritaustaisten vastaajien tai tilannetekijöiden välillä, mutta asiakasreferenssin ominaisuuksien faktorit tukevat mallia. Referenssilaitteiden toimintakyky vaikuttaa tärkeimmältä ja huollon tärkeys on myös merkittävä.

Automated User Interface testing in Symbian Operating System

Tässä diplomityössä tutkitaan automatisoitua testausta ja käyttöliittymätestauksen tekemistä helpommaksi Symbian-käyttöjärjestelmässä. Työssä esitellään Symbian ja Symbian-sovelluskehityksessä kohdattavia haasteita. Lisäksi kerrotaan testausstrategioista ja -tavoista sekä automatisoidusta testaamisesta. Lopuksi esitetään työkalu, jolla testitapausten luominen toiminnalisuus- ja järjestelmätestaukseen tehdään helpommaksi. Graafiset käyttöliittymättuovat ainutlaatuisia haasteita ohjelmiston testaamiseen. Ne tehdään usein monimutkaisista komponenteista ja niitä suunnitellaan jatkuvasti uusiksi ohjelmistokehityksen aikana. Graafisten käyttöliittymien testaukseen käytetään usein kaappaus- ja toistotyökaluja. Käyttöliittymätestauksen testitapausten suunnittelu ja toteutus vaatii paljon panostusta. Koska graafiset käyttöliittymät muodostavat suuren osan koodista, voitaisiin säästää paljon resursseja tekemällä testitapausten luomisesta helpompaa. Käytännön osuudessa toteutettu projekti pyrkii tähän tekemällä testiskriptien luomisesta visuaalista. Näin ollen itse testien skriptikieltä ei tarvitse ymmärtää ja testien hahmottaminen on myös helpompaa.

Common snook fed in alternate and continuous regimens with diet supplemented with Bacillus subtilis probiotic

The objective of this work was to evaluate the addition of Bacillus subtilis probiotic to the feed of common snook (Centropomus undecimalis) fingerlings, in alternate and continuous regimens. Six hundred and sixty fish, with average length of 5.90±0.88 cm and weight of 1.92±0.28 g, were stocked in 12 cages of 1.0 m3, with 55 fish each. The experimental design was completely randomized, with three treatments and four replicates. The treatments consisted of diet with the addition of probiotic, provided in alternate regimen for 7 days and in continuous regimen; besides a control without probiotic in the feed. Zootechnical performance, body composition, immune response, and blood parameters were evaluated. No significant differences were observed in zootechnical performance indexes and in body composition of fish treated with probiotic, when compared to the control. Fish from the alternate regimen showed an increment in respiratory burst and a lower total erythrocyte count than fish from the continuous regimen and the control. Fish from the continuous regimen did not differ from those of the control. The addition of Bacillus subtilis does not increase growth rates of common snook fingerlings; however, it has an immunostimulant action when supplied in alternate regimen.

Disposition of valganciclovir during continuous renal replacement therapy in two lung transplant recipients.

OBJECTIVES: To determine whether valganciclovir 450 mg every 48 h for cytomegalovirus (CMV) prophylaxis provides appropriate ganciclovir exposure in solid organ transplant recipients during continuous renal replacement therapy (CRRT). PATIENTS AND METHODS: Ganciclovir pharmacokinetics was intensively studied in two lung transplant recipients under valganciclovir 450 mg every 48 h over one dosing interval. In vitro experiments using blank whole blood spiked with ganciclovir further investigated exchanges between plasma and erythrocytes. RESULTS: Ganciclovir disposition was characterized by apparent total body clearance of 3.3 and 5.8 L/h, terminal half-life of 16.9 and 14.1 h, and apparent volume of distribution of 60.3 and 104.9 L in Patients 1 and 2, respectively. The observed sieving coefficient was 1.05 and 0.96, and the haemofiltration clearance was 3.3 and 3.1 L/h. In vitro experiments confirmed rapid efflux of ganciclovir from red blood cells into plasma, increasing the apparent efficacy of haemofiltration. CONCLUSIONS: A valganciclovir dosage of 450 mg every 48 h appears adequate for patients under CRRT requiring prophylaxis for CMV infection, providing concentration levels in the range reported for 900 mg once daily dosing outside renal failure.

Business competence and training needs in Finnish companies operating in the Leningrad Region

Tässä pro gradu -työssä tutkitaan Leningradin alueella, Venäjällä, toimivien suomalaisyritysten liiketoimintaosaamisen koulutustarpeita. Tavoitteena on ollut tutkia, millaisia yritysten koulutustarpeet ovat, sekä lisäksi selvittää yleisemmällä tasolla, miten liiketoimintaosaaminen määritellään. Useat tutkimusta varten haastatellut johtajat pitävät liiketoimintaosaamista erityisesti markkinoilla toimimiseen liittyvänä osaamisena. Myös johtaminen, sekä tuotteet ja teknologia nähdään liiketoimintaosaamisen tärkeinä osina. Yrityksillä on koulutustarpeita seuraavilla alueilla: johtaminen; myynti, markkinat ja asiakkaat; yrityksen sisäinen yhteistyö; kielet, sekä juridiikka ja laskentatoimi. Haastateltavien mukaan markkinoiden nopea kehitys sekä yrityksen kasvu luovat yrityksille koulutustarpeita. Yllättäen myös Venäjän koulutusjärjestelmää itsessään pidetään koulutustarpeiden syynä. Tutkimuksessa mukana olleiden yritysten koulutuskäytännöt ovat keskenään melko erilaisia: koulutusbudjetti, koulutuspäivien määrä ja koulutusorganisaation valintakriteerit vaihtelevatyrityksestä riippuen. Joka tapauksessa yleisin koulutusmuoto näyttää olevan yrityksen sisäinen koulutus. Monet haastateltavat painottavat suuresti uusien työntekijöiden kouluttamista. Selvästikin rekrytointi ja uusien työntekijöiden koulutus vievät suuren osan tutkimusta varten haastateltujen johtajien ajasta. Tärkeä huomio koulutusmarkkinoihin liittyen on se, että lyhyiden, kaikille avoimien koulutusten kohdalla markkinat ovat Pietarissa täynnä. Suurimpana uhkana nähdään alalla vallitseva kouluttajapula.

Clinical chemistry variables in normal elderly and healthy ambulatory populations: comparison with reference values.

Laboratory values of the most commonly assayed clinical chemistry variables were determined in selected elderly and healthy ambulatory populations. The upper and lower limits (2.5 and 97.5 fractiles) were compared with the adult reference values in use in university hospitals of Switzerland. The results suggest that conventional adult reference values can be used for most variables in the elderly and that these values are also useful in an ambulatory population.

Continuous positive airway pressure causes lung injury in a model of sepsis.

Continuous positive airway pressure, aimed at preventing pulmonary atelectasis, has been used for decades to reduce lung injury in critically ill patients. In neonatal practice, it is increasingly used worldwide as a primary form of respiratory support due to its low cost and because it reduces the need for endotracheal intubation and conventional mechanical ventilation. We studied the anesthetized in vivo rat and determined the optimal circuit design for delivery of continuous positive airway pressure. We investigated the effects of continuous positive airway pressure following lipopolysaccharide administration in the anesthetized rat. Whereas neither continuous positive airway pressure nor lipopolysaccharide alone caused lung injury, continuous positive airway pressure applied following intravenous lipopolysaccharide resulted in increased microvascular permeability, elevated cytokine protein and mRNA production, and impaired static compliance. A dose-response relationship was demonstrated whereby higher levels of continuous positive airway pressure (up to 6 cmH(2)O) caused greater lung injury. Lung injury was attenuated by pretreatment with dexamethasone. These data demonstrate that despite optimal circuit design, continuous positive airway pressure causes significant lung injury (proportional to the airway pressure) in the setting of circulating lipopolysaccharide. Although we would currently avoid direct extrapolation of these findings to clinical practice, we believe that in the context of increasing clinical use, these data are grounds for concern and warrant further investigation.

Effects of nasal continuous airway pressure on pulmonary and systemic output in preterm infants

Objective: Respiratory assistance with nasal continuous positive airway pressure (n-CPAP) is an effective treatment in premature newborns presenting respiratory distress. The aim of the study was to depict cardiac function, systemic (Qs) and pulmonary output (Qp) by echocardiography in stable premature infants requiring prolonged n-CPAP. Our hypothesis was that n-CPAP could reduce pulmonary blood flow. Patients and methods: All premature infants < 32 weeks gestation, > 7 days-old, requiring n-CPAP without severe respiratory compromise nor need for additional oxygen were prospectively included. Every patient had a first echocardiography while on n-CPAP. N-CPAP was then discontinued for two hours and a second echocardiography was performed. Results: 17 premature infants were included. Mean gestational age was 28 ± 2 weeks and mean weight 1.1 ± 0.3 kg. Following retrieval of n-CPAP we observed an increase in Qp of 53 ml/kg/min (95% CI 19-87 ml/kg/min), but no significant change in Qs. Consecutively a significant increase in Qp/Qs ratio of 16% was found (95% CI 7-29%). Conclusions: Nasal continuous positive airway pressure has hemodynamic effects in preterm infants in stable pulmonary and cardiac conditions. It reduces pulmonary output without interference with systemic output.

An experience beyond continuous assessment activities: virtual tour to the medieval medicinal plant garden of the Pedralbes monastery

[eng] The group of teaching innovation in the area of Botany (GIBAF), University of Barcelona (UB), is raised each year to design new accreditation activities under continuous evaluation framework. We present the experience carried out during the academic year 2008-09 in the course of Pharmaceutical Botany. The aim has been to involve students for a semester in the authorship of a tutored project immediately useful and of easy permanence, beyond its assessment proving usefulness. The Medicinal Plants Garden of the Monastery of Pedralbes has been used as a resource and a collaboration agreement has been signed between the UB faculty and the Institute of Culture of Barcelona. The students have developed the work using the Moodle platform CampusvirtualUB into five stages which included preparation of files by students that have been modified in some steps following the various feedbacks from teachers. At the beginning of the activity, students were provided with a complete schedule of activities, the schedule for its implementation, and a total of 18 forced-use library resources. Finally, through Google sites, a website has been implemented, allowing for a virtual tour of the garden, documenting by referenced literature 50 medicinal plants for their nomenclature, botanical description, distribution, uses historical, current and future) and toxicity. The result of the activity was presented at a public ceremony in the Monastery of Pedralbes and is available at: http://sites.google.com/site/jardimedievalpedralbes/ [spa] El grupo de innovación docente integrado por profesores del área de Botánica (GIBAF) de la Universidad de Barcelona (UB) se plantea cada curso el diseño de nuevas actividades acreditativas en el marco de la evaluación continuada. Se presenta la experiencia llevada a cabo durante el curso 2008-09 en la asignatura Botánica Farmacéutica. El objetivo ha sido implicar durante un semestre a los estudiantes en la autoría de un proyecto tutorizado de inmediata utilidad y clara perdurabilidad, más allá de su utilidad acreditativa. Como recurso se ha utilizado el Jardín de Plantas Medicinales del Monasterio de Pedralbes y se ha firmado un convenio de colaboración docente entre la UB y el Instituto de Cultura de Barcelona. Los estudiantes han realizado el trabajo utilizando la plataforma Moodle del Campus virtual de la UB en cinco etapas que han incluido la confección de unas fichas que se han ido modificando en función de las diversas retroacciones de los profesores. Al inicio de la actividad, se facilitó a los estudiantes el cronograma completo de la actividad, la pauta para su realización, así como un total de 18 recursos bibliográficos de uso obligado. Finalmente, a través de GoogleSites, se ha realizado una web que permite realizar un paseo virtual por el jardín, documentando de forma referenciada para las 50 plantas medicinales su nomenclatura, descripción botánica, distribución, usos (históricos, actuales y futuros) y toxicidad. El resultado de la actividad fue presentado en un acto público en el Monasterio de Pedralbes y puede consultarse en: http://sites.google.com/site/jardimedievalpedralbes/

Test-retest repeatability of the pupil light response to blue and red light stimuli in normal human eyes using a novel pupillometer.

In this study, we evaluated the repeatability of pupil responses to colored light stimuli in healthy subjects using a prototype chromatic pupillometer. One eye of 10 healthy subjects was tested twice in the same day using monochromatic light exposure at two selected wavelengths (660 and 470 nm, intensity 300 cd/m(2)) presented continuously for 20 s. Pupil responses were recorded in real-time before, during, and after light exposure. Maximal contraction amplitude and sustained contraction amplitude were calculated. In addition, we quantified the summed pupil response during continuous light stimulation as the total area between a reference line representing baseline pupil size and the line representing actual pupil size over 20 s (area under the curve). There was no significant difference in the repeated measure compared to the first test for any of the pupil response parameters. In conclusion, we have developed a novel prototype of color pupillometer which demonstrates good repeatability in evoking and recording the pupillary response to a bright blue and red light stimulus.

Cardiorespiratory and Cardiac Autonomic Responses to 30-15 Intermittent Fitness Test in Team Sport Players

Buchheit, M, Al Haddad, H, Millet GP, Lepretre, PM, Newton, M, and Ahmaidi, S. Cardiorespiratory and cardiac autonomic responses to 30-15 Intermittent Fitness Test in team sport players. J Strength Cond Res 23(1): xxx-xxx, 2009-The 30-15 Intermittent Fitness Test (30-15IFT) is an attractive alternative to classic continuous incremental field tests for defining a reference velocity for interval training prescription in team sport athletes. The aim of the present study was to compare cardiorespiratory and autonomic responses to 30-15IFT with those observed during a standard continuous test (CT). In 20 team sport players (20.9 +/- 2.2 years), cardiopulmonary parameters were measured during exercise and for 10 minutes after both tests. Final running velocity, peak lactate ([La]peak), and rating of perceived exertion (RPE) were also measured. Parasympathetic function was assessed during the postexercise recovery phase via heart rate (HR) recovery time constant (HRRtau) and HR variability (HRV) vagal-related indices. At exhaustion, no difference was observed in peak oxygen uptake (&OV0312;o2peak), respiratory exchange ratio, HR, or RPE between 30-15IFT and CT. In contrast, 30-15IFT led to significantly higher minute ventilation, [La]peak, and final velocity than CT (p < 0.05 for all parameters). All maximal cardiorespiratory variables observed during both tests were moderately to well correlated (e.g., r = 0.76, p = 0.001 for &OV0312;o2peak). Regarding ventilatory thresholds (VThs), all cardiorespiratory measurements were similar and well correlated between the 2 tests. Parasympathetic function was lower after 30-15IFT than after CT, as indicated by significantly longer HHRtau (81.9 +/- 18.2 vs. 60.5 +/- 19.5 for 30-15IFT and CT, respectively, p < 0.001) and lower HRV vagal-related indices (i.e., the root mean square of successive R-R intervals differences [rMSSD]: 4.1 +/- 2.4 and 7.0 +/- 4.9 milliseconds, p < 0.05). In conclusion, the 30-15IFT is accurate for assessing VThs and &OV0312;o2peak, but it alters postexercise parasympathetic function more than a continuous incremental protocol.