Convergent evolution of PICIs-mediated phage interference

Staphylococcal pathogenicity islands (SaPIs), the prototype members of the family of phage inducible chromosomal islands (PICIs), are extremely mobile phage satellites, which are transferred between bacterial hosts after their induction by a helper phage. The intimate relationship between SaPIs and their helper phages is one of the most studied examples of virus satellite interactions in prokaryotic cells. SaPIs encode and disseminate virulence and fitness factors, representing a driving force for bacterial adaptation and pathogenesis. Many SaPIs encode a conserved morphogenetic operon, including a core set of genes whose function allows them to parasitize and exploit the phage life cycle. One of the central mechanisms of this molecular piracy is the specific packaging of the SaPI genomes into reduced sized capsid structures derived from phage proteins. Pac phages were classically thought to be the only phages involved in the mobilisation of phage-mediated virulence genes, including the transfer of SaPIs within related and non-related bacteria. This study presents the involvement of S. aureus cos phages in the intra- and intergeneric transfer of cos SaPIs for the first time. A novel example of molecular parasitism is shown, by which this newly characterised group of cos SaPIs uses two distinct and complementary mechanisms to take over the helper phage packaging machinery for their own reproduction. SaPIbov5, the prototype of the cos SaPIs, does not encode the characteristic morphogenetic operon found in pac SaPIs. However, cos SaPIs features both pac and cos phage cleavage sequences in their genome, ensuring SaPI packaging in small- and full-sized phage particles, depending on the helper phage. Moreover, cos-site packaging in S. aureus was shown to require the activity of a phage HNH nuclease. The HNH protein functions together with the large terminase subunit, triggering cleavage and melting of the cos-site sequence. In addition, a novel piracy strategy, severely interfering with the helper phage reproduction, was identified in cos SaPIs and characterised. This mechanism of piracy depends on the cos SaPI-encoded ccm gene, which encodes a capsid protein involved in the formation of small phage particles, modifying the assembling process via a scaffolding mechanism. This strategy resembles the ones described for pac SaPIs and represents a remarkable example of convergent evolution. A further convergent mechanism of capsid size-reduction was identified and characterised for the Enterococcus faecalis EfCIV583 pathogenicity island, another member of the PICI family. In this case, the self-encoded CpmE conducts this molecular piracy through a putative scaffolding function. Similar to cos SaPIs, EfCIV583 carries the helper phage cleavage sequence in its genome enabling its mobilisation by the phage terminase complex. The results presented in this thesis show how two examples of non-related members of the PICI family follow the same evolutionary convergent strategy to interfere with their helper phage. These findings could indicate that the described strategies might be widespread among PICIs and implicate a significant impact of PICIs mediated-virulence gene transfer in bacterial evolution and the emergence of pathogenic bacteria.

Emprendimiento NORNA

La creación de Norna Ltda., motivada por la expansión mundial de la idea del cuidado por el planeta, junto con el avance económico de Colombia se implanta como la base de un movimiento social y cultural que pretende expandirse por el país. Para la empresa, el objetivo principal es realzar el valor de la conservación del medio ambiente, a través de un bien tangible, para evitar la perpetuación de la sostenibilidad ecológica e inclusión social como una idea impalpable. Para confrontar el Statu Quo de la moda rápida que regularmente se encuentra acompañada por condiciones laborales lamentables, Norna ltda., confecciona y distribuye chaquetas a base de algodón orgánico a través de su página virtual en Colombia.

Seguridad del monitoreo hemodinámico invasivo versus mínimamente invasivo en pacientes con choque cardiogénico en cuidado intensivo adultos. Revisión sistemática

Introducción: El monitoreo hemodinámico es una herramienta para diagnosticar el choque cardiogénico y monitorear la respuesta al tratamiento; puede ser invasivo, mínimamente invasivo o no invasivo. Se realiza rutinariamente con catéter de arteria pulmonar (CAP) o catéter de Swan Ganz; nuevas técnicas de monitoreo hemodinámico mínimamente invasivo tienen menor tasa de complicaciones. Actualmente se desconoce cuál técnica de monitoreo cuenta con mayor seguridad en el paciente con choque cardiogénico. Objetivo: Evaluar la seguridad del monitoreo hemodinámico invasivo comparado con el mínimamente invasivo en pacientes con choque cardiogénico en cuidado intensivo adultos. Diseño: Revisión sistemática de la literatura. Búsqueda en Pubmed, EMBASE, OVID - Cochrane Library, Lilacs, Scielo, registros de ensayos clínicos, actas de conferencias, repositorios, búsqueda de literatura gris en Google Scholar, Teseo y Open Grey hasta agosto de 2016, publicados en inglés y español. Resultados: Se identificó un único estudio con 331 pacientes críticamente enfermos que comparó el monitoreo hemodinámico con CAP versus PiCCO que concluyó que después de la corrección de los factores de confusión, la elección del tipo de monitoreo no influyó en los resultados clínicos más importantes en términos de complicaciones y mortalidad. Dado que se incluyeron otros diagnósticos, no es posible extrapolar los resultados sólo a choque cardiogénico. Conclusión: En la literatura disponible no hay evidencia de que el monitoreo hemodinámico invasivo comparado con el mínimamente invasivo, en pacientes adultos críticamente enfermos con choque cardiogénico, tenga diferencias en cuanto a complicaciones y mortalidad.

Plan de mejoramiento a la Supply Chain de BCD TRAVEL Colombia

Mediante el acercamiento que se hizo al área corporativa de BCD TRAVEL COLOMBIA y considerando el importante crecimiento actual del Sector Turismo y más precisamente de los viajes con motivo corporativo en el país, surge la necesidad del presente trabajo. Al hacer un análisis interno en la organización y de su entorno, se evidenció que la compañía tiene carencia en procesos y establecimiento de nuevas estrategias que le permitan identificar y potencializar oportunidades en su mercado objetivo y en torno a sus clientes y proveedores, lo cual, puede amenazar y comprometer la estabilidad y prestigio de empresa y así mismo su perdurabilidad. Se elaborará un propuesta de mejora en torno a el área de mercadeo y de logística con el fin de estructurar herramientas que le permitan a la compañía tener un horizonte definido, conocer su posición estratégica en el mercado actual, a donde quiere llegar y que debe hacer para lograr los objetivos establecidos en su unidad de negocio corporativa, la cual representa el mayor porcentaje de ingresos para la compañía. . Se espera que los planes de mejora y estrategias establecidas generen servicios de valor agregado e impacten positivamente a lo largo de la cadena de suministro logrando mayor rentabilidad, competitividad y seguimiento de todos los procesos de esta unidad de negocio.

The Ribatejano pig – rebirth of a local pig population? First results

A former cross between Alentejano (AL) and Bísaro (BI) breeds, called Ribatejano pig (RI), was quite spread in Ribatejo region until half of the last century and was raised in both borders of Tagus River. Besides the renewed interest of this cross nowadays, no performance data is available regarding the RI (ALxBI and BIxAL) animals or their products, which were studied in the frame of project TREASURE1. In order to assess the productive performance of the RI pig, castrated AL, BI, ALxBI and BIxAL pigs (10 from each genotype) raised in traditional free-range system and fed commercial diets ad libitum, were slaughtered at ~65kg LW.

Solar and thermal radiative effects during the 2011 extreme desert dust episode over Portugal

This paper analyses the influence of the extreme Saharan desert dust (DD) event on shortwave (SW) and longwave (LW) radiation at the EARLINET/AERONET Évora station (Southern Portugal) from 4 up to 7 April 2011. There was also some cloud occurrence in the period. In this context, it is essential to quantify the effect of cloud presence on aerosol radiative forcing. A radiative transfer model was initialized with aerosol optical properties, cloud vertical properties and meteorological atmospheric vertical profiles. The intercomparison between the instantaneous TOA shortwave and longwave fluxes derived using CERES and those calculated using SBDART, which was fed with aerosol extinction coefficients derived from the CALIPSO and lidar-PAOLI observations, varying OPAC dataset parameters, was reasonably acceptable within the standard deviations. The dust aerosol type that yields the best fit was found to be the mineral accumulation mode. Therefore, SBDART model constrained with the CERES observations can be used to reliably determine aerosol radiative forcing and heating rates. Aerosol radiative forcings and heating rates were derived in the SW (ARFSw, AHRSw) and LW (ARFLw, AHRLw) spectral ranges, considering a cloud-aerosol free reference atmosphere. We found that AOD at 440 nm increased by a factor of 5 on 6 April with respect to the lower dust load on 4 April. It was responsible by a strong cooling radiative effect pointed out by the ARFSw value (−99 W/m2 for a solar zenith angle of 60°) offset by a warming radiative effect according to ARFLw value (+21.9 W/m2) at the surface. Overall, about 24% and 12% of the dust solar radiative cooling effect is compensated by its longwave warming effect at the surface and at the top of the atmosphere, respectively. Hence, larger aerosol loads could enhance the response between the absorption and re-emission processes increasing the ARFLw with respect to those associated with moderate and low aerosol loads. The unprecedented results derived from this work complement the findings in other regions on the modifications of radiative energy budget by the dust aerosols, which could have relevant influences on the regional climate and will be topics for future investigations.

Zonage viticole des surfaces potentielles dans la valle centrale de Tarija, Bolivie.

La présente étude de zonage viticole a été faite dans la région de la vallée Central de Tarija(VCT), dans la ville de Tarija, au Sud de la Bolivie; une région avec plus de 400 années de tradition qui présente une vitiviniculture de haute qualité. La Vallée possède une surface total de 332 milles ha.; existant des vignobles entre 1660 y 2300 m.s.n.m. et dans ce rang d?altitude il existe 91 mille ha. avec un haut potentiel pour la culture de la vigne. Pour la détermination des surfaces homogènes de la région ont été considérés les aspects d?environnement avec l?aide d?images satellitaires, des cartes topographiques, des données climatologiques et des cartes géologiques ; pour déterminer les caractéristiques de la région pour la culture de la vigne. Au niveau climatique furent appliqués les indices du Système CCM Géo viticole développés par Tonietto & Carbonneau (2004), lesquelles considèrent des éléments thermiques (Indice Héliothermique), hydriques (Indice de sécheresse) et nictothermiques (Indice de Froid nocturne); nous avons identifié 8 types des climats différents dans toute la région. Dans les particularités du sol furent déterminés la morphologie et il a été géo référencié tous ses caractéristiques (analyses chimique et physique). S?ai fait une classification spécifique des critères de culture de la vigne pour déterminer l?aptitude du sol, en même temps ont été identifié les surfaces avec des limitants pour le conduit des vignobles. L?étude a pour objectif d?identifié les zones potentielles pour la culture de la vigne et de cette façon orienté son élargissement avec le support des politiques d?état et pertinente assistance technique au producteurs de cette région. MOTS CLES: Zonage ? grappe ? viticulture d?altitude ? altitude - Système CCM ? aptitude ? Bolivie

Valorização do ecossistema: importância da regionalização vitivinícola na produção de vinhos de qualidade .

Resumo ? A importância da valorização do ecossistema para uma viticultura de qualidade é abordada, incluindo referenciais de métodos para a caracterização do meio geográfico, como o ?Sistema CCM Geovitícola?. A grande variabilidade das condições ecológicas das regiões de produção na América do Sul, atuando como fator determinante de diferenciação dos vinhos, em temos de qualidade/tipicidade, é apresentada. O trabalho analisa a contribuição do zoneamento vitivinícola para a caracterização das regiões vitivinícolas e para a gestão do trinômio ?terroir-videira-vinho?. A regionalização vitivinícola e a implementação de indicações geográficas visando agregar originalidade e aumentar a valorização aos vinhos das diferentes regiões de produção, em particular para os países do Novo Mundo, são abordados. Palavras-chave: terroir, zoneamento vitivinícola, tipicidade, qualidade, indicações geográficas, denominações de origem.

Climats et paysages viticoles.

Le climat est um des éléments les plus importants des facteurs naturels du milieu viticole. Em viticulture, le climat est em interaction avec le sol, le cépage et les pratiques agronomiques concernant la vigne. Cet ensemble conditionne la qualité du raisin de cuve. Les caractéristiques chimiques et sensorielles des vins.

L'effet du climat viticole sur la typicité des vins rouges: caractérisation au niveau des régions viticoles Ibéro-Americaines.

RÉSUMÉ Il n?existe presque pas d?études qui caractérisent l?effet du climat viticole sur la typicité des vins en considérant les différents types de climats à l?échelle mondiale. Cette étude fait partie d?un projet CYTED de zonage vitivinicole. L?objectif a été de caractériser l?effet du climat viticole sur la typicité des vins sur une macro région viticole du monde. La méthodologie a été appliquée à un ensemble de 45 régions viticoles situées sur 6 pays Ibéro-Américains : Argentine, Bolivie, Brésil, Chili, Espagne et Portugal. Le climat viticole de chaque région viticole a été caractérisé para les 3 indices climatiques viticoles du Système CCM Géoviticole : IH (Indice Héliothermique de Huglin), (IF) Indice de Fraîcheur des Nuits) et IS (Indice de Sécheresse). Les principales caractéristiques sensorielles observées de façon fréquente sur des vins rouges représentatifs élaborés avec des raisins-de-cuve de chacune des ces 45 régions viticoles ont été décrites pour des ?nologues de chaque pays, an utilisant la méthodologie proposée par Zanus & Tonietto (2007). L?évaluation sensorielle réalisée concerne l?intensité de perception de la Couleur (Cou), de l?Arôme Total (Ar), de l?Arôme ? fruit mûr (Ar-Fm), de la Concentration (Con), de l?Alcool (Al), des Tanins (Tan), de l?Acidité (Ac) et la Longueur en bouche (Lon). Les données ont été soumises à l?analyse des corrélations pour l?ensemble des variables et à l?ACP. L?étude indique qu?une partie de la typicité des vins es déterminée par le climat viticole des régions et que les indices du Système CCM Géoviticole sont pertinents pour relier aux caractéristiques sensorielles des vins. Le déterminisme de l?IH, de l?IS et de l?IF à été mis en évidence. MOTS CLÉS : climat viticole, indice climatique, Système CCM, vin, typicité.

Informe final del estudio: zonificación del territorio de la denominación de origen Pisco.

El presente estudio, denominado ?Zonificación del territorio de denominación de origen pisco? tiene como objetivo general realizar una zonificación del área de cultivo de vides pisqueras en la zona de denominación de origen Pisco, utilizando para ello el Sistema de Clasificación Climática Multicriterio (CCM), que a diferencia de estudios anteriores incluye, además de la temperatura diaria, otros índices que también influyen en la calidad de los productos que se obtengan. Con los resultados del estudio se pretende caracterizar la zona en función de las condiciones climáticas, de cultivo y manejo agronómico y definir zonas homogéneas de producción.

Régime thermique en période de maturation du raisin dans le géoclimat viticole.

Mots clés :indice de fraîcheur des nuits, amplitude thermique, Système CCM Géoviticole, zonage, qualité. Key words: cool night index, thermal amplitude, MCC System for World Viticulture, zoning, quality. RESUME Le régime thermique en période de maturation du raisin est l?une des variables déterminantes de la coloration du raisin et de la richesse en arômes, anthocyanes et polyphénols des vins. L?objectif du travail est de caractériser le régime thermique, notamment la fraîcheur des nuits et l?amplitude thermique au cours de la maturation, au niveau du climat viticole mondial, sur une base des données de 100 régions viticoles dans 30 pays, obtenue par l?intermédiaire de l?Organisation Mondiale de la Météorologie - OMM. Plusieurs indices climatiques viticoles ont été calculés: l?Indice de Fraîcheur des Nuits ?IF (ºC), l?Indice Héliothermique de Huglin ?IH (ºC) et l?Indice de Sécheresse ?IS (mm) du Système de Classification Climatique Multicritères Géoviticole, et l?amplitude thermique moyenne en août et septembre Aa-s (ºC). Egalement, sur la période véraison-récolte ?v-r(moyenne des 30 jours précédant la date de récolte, estimée sur la base d?un Indice Héliothermique de HUGLIN égal à 1.900 - approximatif pour la maturation du Cabernet-Sauvignon): la fraîcheur des nuits (FNv -r), la température moyenne de l?air (Tv-r), la température maximale de l?air (Txv-r) et l?amplitude thermique (Av-r). Les résultats montrent que IH est corrélé avec Tv-r (r=0,79**) et avec Txv-r (r=0,80**). IH représente donc bien les conditions thermiques générales de la période de maturation en ce qui concerne la température moyenne et maximale de l?air. Mais IH n?est pas corrélé ni avec Aa-s ni avec Av-r. Par contre, IF est corrélé avec Aa-s (r=-0,70**) et FNv-r est corrélé avec Av-r (r=-0,69**). Cette corrélation doit justifier, en partie, l?usage assez courant de l?amplitude thermique comme indicateur de bonnes conditions thermiques de maturation pour les régions qui présentent des valeurs élevées. Mais ce raisonnement peut amener à des caractérisations erronées. Le travail met en évidence, également, ?importance de considérer le bilan hydrique des régions (IS) dans l?analyse du régime thermique sur la qualité du raisin. On peut onclure que pour avoir une bonne caractérisation du régime thermique en période de maturation il faut considérer la fraîcheur des nuits (IF étant un bon indicateur de FNv-r moyen des régions, avec un r=0,80**), caractérisation qui peut être améliorée avec l?information des températures maximales et de sur 11l?amplitude thermique en période de maturation du raisin. Les éléments présentés peuvent servir à améliorer les indices climatiques pour estimer le potentiel qualitatif du raisin des différentes régions viticoles, notamment en complément de IF. ABSTRACT The thermal conditions during the grape ripening period are important variables related to colour of the grapes, anthocyanins, polyphenols and flavour of the wine. The main purpose of this work was to characterise the thermal conditions, especially the night coolness and the thermal amplitude during maturation, in the geoclimate of the world vine culture. A database of 100 grape-growing regions of 30 countries obtained from the World Meteorology Organisation (WMO) was used. Some climatic indexes were calculated: Cool Night Index ?IF (°C), Huglin?s Heliothermal Index ?IH (°C) and Dryness Index ?IS (mm), from the Multicriteria Climatic Classification System for World Viticulture, and the thermal amplitude in August and September Aa-s (°C). Over véraison-harvest period ?v-r(mean of the 30 days before harvesting date, estimated on the basis of HUGLIN Heliothermal Index equal to 1,900 ? approximately value to ripen Cabernet-Sauvignon) similar indexes were obtained: the cool night (FNv-r), the mean air temperature (Tv-r), the maximal air temperature (Txv-r) and the thermal amplitude (Av-r). The results showed that IH is positively correlated with Tv-r (r=0.79**), Txv-r (r=0.80)and IF (r=0.67**). Therefore, IH represents well the general thermal conditions during maturation period, specially concerning the mean and the maximal air temperature. owever, IH was correlated neither with Aa-s nor to Av-r. IF was negatively correlated with Aa-s (r= -0.70**) and FNv-r was negatively correlated with Av-r (r=-0.69**). The correlation to some extent explains the current use of the thermal amplitude to predict good ripening thermal conditions for those regions that show high values. As here we have described, this thinking may give incorrect results. This work has also showed the importance to consider the water balance of the regions (IS) in the effect of the thermal conditions in grape quality. We conclude that the characterisation of the thermal conditions during the ripening period do need the cool night index (in this case, IFis a good index to provide the mean FNv-r of the regions, r=0,80**). Factors other than cool night which influence this characterisation are both maximal air temperature and thermal amplitude data. The elements presented in this work, in addition to IF , may improve the climatic indexes to be used to predict the qualitative potential of grapes from different regions.

Effect of seasons on enteric methane emissions from cattle grazing Urochloa brizantha.

Abstract: The objective of this study was to evaluate the effect of seasons under a tropical climate on forage quality, aswell the effect of an Urochloa brizantha cv. Marandu grazing system on enteric methane (CH4) emissions fromNellore cattle in the Southeast region of Brazil. Sixteen Nellore steers (18 months old and initial weight 318.0 ± 116.59 kg of LW; final weight 469 ± 98.50 kg of LW) were used for a trial period of 10 months, with four collection periods in winter (August), spring (December), summer (February) and autumn (May). Each collection period consisted of 28 days, corresponding to the representative month of each season where the last six days were designed for methane data collection. Animals were randomly distributed within 16 experimental plots, distributed in four random blocks over four trial periods. CH4 emissions were determined using the sulphur hexafluoride (SF6) tracer gas technique measured by gas chromatography and fluxes of CH4 calculated. The forage quality was characterized by higher CP and IVDMD and lower lignin contents in spring, differing specially from winter forage. Average CH4 emissions were between 102.49 and 220.91 g d-1 (37.4 to 80.6 kg ani-1 yr-1); 16.89 and 30.20 g kg-1 DMI; 1.35 and 2.90 Mcal ani-1 d-1; 0.18 and 0.57 g kg-1 ADG-1 and 5.05 and 8.76% of GE. Emissions in terms of CO2 equivalents were between 4.68 and 14.22 g CO2-eq-1 g-1 ADG. Variations in CH4 emissions were related to seasonal effect on the forage quality and variations in dry matter intake.

Sistema de classificação climática multicritérios geovitícola para o estado do Paraná.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar o potencial climático do estado do Paraná para a vitivinicultura. A partir de séries de dados históricos foram gerados os índices climáticos vitícolas do Sistema CCM Geovitícola: Índice Heliotérmico (IH), Índice de Frio Noturno (IF) e Índice de Seca (IS) para os períodos de outubro a março e abril a setembro. As análises mostraram que os diferentes ambientes climáticos no estado do Paraná apresentam classes geovitícolas com potencial de produção de vinhos finos.