Seawater acidification by CO2 in a coastal lagoon environment: Effects on life history traits of juvenile mussels Mytilus galloprovincialis

The carbonate chemistry of seawater fromthe Ria Formosa lagoon was experimentallymanipulated, by diffusing pure CO2, to attain two reduced pH levels, by−0.3 and−0.6 pH units, relative to unmanipulated seawater. After 84 days of exposure, no differences were detected in terms of growth (somatic or shell) or mortality of juvenile mussels Mytilus galloprovincialis. The naturally elevated total alkalinity of the seawater (≈3550 μmol kg−1) prevented under-saturation of CaCO3, evenunder pCO2 values exceeding 4000 μatm, attenuating the detrimental effects on the carbonate supply-side. Even so, variations in shell weight showed that net calcification was reduced under elevated CO2 and reduced pH, although the magnitude and significance of this effect varied among size-classes. Most of the loss of shell material probably occurred as post-deposition dissolution in the internal aragonitic nacre layer. Our results show that, even when reared under extreme levels of CO2- induced acidification, juvenileM. galloprovincialis can continue to calcify and grow in this coastal lagoon environment. The complex responses of bivalves to ocean acidification suggest a large degree of interspecific and intraspecific variability in their sensitivity to this type of perturbation. Further research is needed to assess the generality of these patterns and to disentangle the relative contributions of acclimation to local variations in seawater chemistry and genetic adaptation.

Estudo da qualidade bioquímica das posturas de progenitores "selvagens" de amêijoa-macha Venerupis senegalensis (Gmelin, 1791)

Dissertação de mest., Aquacultura e Pescas (Aquacultura), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Estudo da deterioração da amêijoa-boa Ruditapes decussatus (Linnaeus, 1758)

Dissertação de mest., Tecnologia de Alimentos, Instituto Superior de Engenharia, Univ. do Algarve, 2013

Evolution of the extracellular matrix in deuterostomes and the influence of calcitropic hormones

Tese de dout., Biologia (Biologia Molecular), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Contribuição para a elaboração de um plano de gestão integrada dos campos de Z. noltii na Ria Formosa

Este trabalho representa uma contribuição para a elaboração de um Plano de Gestão Integrada dos campos de Zostera noltii na Ria Formosa. Utilizando como ferramenta os Sistemas de Informação Geográfica (SIG) e através de foto-interpretação, foram cartografados os campos de Z. noltii na zona de sedimentos intertidais da Ria Formosa. Foi criado um modelo SIG para a análise da cartografia obtida com outros dados relevantes para gestão deste recurso natural, nomeadamente, as áreas intertidais cedidas para a cultura de moluscos bivalves, o Plano de Ordenamento da Orla Costeira Vilamoura – Vila Real de Santo António e o Plano de Ordenamento do Parque Natural da Ria Formosa (POPNRF). Considerando a importância da vertente social num sistema de apoio à decisão considerou-se relevante a análise da actividade de cultura de bivalves pela perspectiva dos profissionais (viveiristas) quanto à importância da Z. noltii no ecossistema e a gestão da actividade. Realizou-se entrevistas semi – dirigidas aos actores chave, inquéritos à comunidade de produtores de moluscos bivalves e observação não participada. Os dados obtidos foram manipulados com recurso ao modelo de Estratégia de Actores. Verificou-se que área total de Z. noltii na zona intertidal da Ria Formosa é cerca de 1304 ha, o que corresponde a 45% da área total intertidal. Nas classes de espaço do POPNRF 25% da área ocupada por Z. noltii está incluída em classes onde a acessibilidade é condicionada. A maioria dos viveiristas manifestou o seu descontentamento pela actual gestão da actividade com consequências na sua produtividade. Relativamente a Z. noltii a maioria dos profissionais desconhece a sua função no ecossistema, não considerando necessário implementar medidas de conservação. São propostas como linhas orientadoras de gestão: a implementação de um modelo de gestão participada da actividade de cultivo de bivalves, o desenvolvimento de programas de monitorização participada dos campos de Z. noltii e das áreas de cultivo de bivalves.

Exploring an uncommon host-parasite interaction to unveil the uniqueness of Perkinsus sp as a model organism

We report the exploration of some unique metabolic pathways in Perkinsus olseni a marine protist parasite, responsible to significant mortalities in mollusks, especially in bivalves all around the world. In Algarve, south of Portugal carpet shell clam Ruditapes decussatus mortalities can reach up to 70%, causing social and economic losses. The objective of studying those unique pathways, is finding new therapeutic strategies capable of controlling/eliminating P. olseni proliferation in clams. In that sense metabolic pathways, were explored, and drugs affecting these cycles were tested for activity. The first step involved the identification of the genes behind those pathways, the reconstitution of the main steps, and molecular characterization of those genes and later on, the identification of possible targets within the genes studied. Metabolic cycles were screened due to the fact of not being present in host or differ in a critical way, such as the following pathways: shikimate, MEP-­‐ isoprenoids, Leloir cycle for chitin production, purine biosynthesis (unique among protists), the de novo synthesis of folates (absent in metazoa) and some unique genes like, the alternative oxidase (a branch of respiratory chain) and the hypoxia sensor HPH. All those pathways were covered and possible chemical inhibition using therapeutic drugs was tested with positive results. The relation between the common host Ruditapes decussatus and P. olseni was also explored in a dimension not possible some years ago. With the accessibility to second generation sequencers and microarray analysis platforms, genes involved in host defense or parasite virulence and resistance to the host were deciphered, allowing aiming to new targets (mechanisms and pathways), offering new possibilities for the control of Perkinsus in close environments. The thousands of genes, generated by this work, sequenced and analyzed from this commercial valuable clam and for Perkinsus olseni will be an important and value tool for the scientific community, allowing a better understanding of host-­‐parasite interactions, promoting the usage of P. olseni as an emerging model for alveolata parasites.

Influência de plumas de água doce na hidrodinâmica do estuário da Ria de Arousa (NW Espanha), uma abordagem de modelação matemática

Localizada na parte sul da costa da Galiza, a ria de Arousa, tem um interesse particular devido à sua importante indústria de exploração de marisco, especialmente culturas de bivalves. O crescimento, qualidade e mortalidade destes bivalves não só são afetados por possíveis incidentes de poluição, mas também por episódios de grande run-off, que podem produzir decréscimos sazonais significativos de salinidade. Neste contexto, a presente dissertação pretende contribuir para uma melhor compreensão de como as plumas de água doce provenientes dos rios vão influenciar os gradientes de salinidade e temperatura no estuário da ria de Arousa. O objetivo é proceder a uma melhoria da previsão hidrodinâmica do modelo operacional oceanográfico desta ria, que é executado diariamente pela MeteoGalicia. Para atingir esse objectivo executaram-se simulações numéricas para diferentes cenários de forçamento. Foram escolhidos dois períodos com diferentes condições meteorológicas: um período de inverno, coincidindo com chuvas fortes e um período de verão, coincidindo com a ausência de precipitação. Foi aplicado o modelo hidrodinâmico MOHID (Hydrodynamic Model) para simular os processos físicos da ria de Arousa, utilizando a metodologia de modelos encaixados. O forçamento para a superfície foi imposto através do modelo atmosférico WRF (Weather Regional Forecast), que fornece as variáveis meteorológicas necessárias. Para fronteira terra, uma ferramenta hidrológica foi implementada, o modelo SWAT (Soil water Assessment Tool), este providencia as descargas de água doce para os principais rios da região. É feita neste trabalho uma descrição da implementação deste sistema, assim como a caracterização da área de estudo. Os resultados do modelo foram comparados com medidas provenientes de bóias oceanográficas e perfis de CTDs (Conductivity-Temperature-Depth instrument) em diferentes localizações.

The importance of the pelagic larval phase of the wedge shell Donax trunculus (L.): implications for the management of the fishery

The wedge shell, Donax trunculus, inhabits high energy environment of exposed sandy beaches from the Atlantic coast of France to Senegal. Like all Donacidae, it is relative small, flat-shaped with elongated solid shells. It is a highly demanded and valuable species mainly in Algarve, with the dredge fleet increasing the pressure on species stocks. In 1986 the Portuguese Institute for the Ocean and Atmosphere (IPMA) initiated a bivalve survey program to evaluate the stock status of species with economical valuable but always on the adult population. Since then, several managing measures were implemented to guarantee bivalves’ sustainable exploitation. Despite the available information on the abundance and distribution of the wedge shell along the Algarve coast, no information on the larval planktonic phase is available. To fill in this gap, the present study aimed at obtaining, for the first time information on the broodstock condition and on the pelagic phase of the wedge shell in the Algarve coast.

Contamination of farmed gilthead sea bream (Sparus aurata, Linnaeus, 1758) by the parasite Amyloodinium ocellatum: a proteomic approach

Dissertação de mestrado, Aquacultura e Pescas, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Uniersidade do Algarve, 2015

Spatial and temporal variation of commercially important bivalve species in the Algarve coast, Portugal

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Ecologic zonation model of the benthic foraminifera and thecamoebians of Guadiana river estuary and application in paleoenvironmental reconstruction

Tese de doutoramento, Ciências do Mar ( Processos de Ecossistemas Marinhos), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2012

Conception d’un nouveau type de concentrateur solaire réduisant le besoin de suivi du soleil

Depuis longtemps, le Soleil est vu comme une source renouvelable d’intérêt pour combler nos besoins en énergie. Or, le coût prohibitif de l’énergie solaire a jusqu’à maintenant rendu celle-ci peu utilisée. Pour accroître son adoption, il faut absolument rendre son coût concurrentiel avec celui des énergies fossiles. Pour cela, plusieurs possibilités existent. L’une d’elles est l’utilisation d’un système optique pour concentrer la lumière. Cette thèse présente donc une solution basée sur la conception d’un nouveau type de concentrateur solaire de basse-moyenne concentration fait de polymère dans le but de réduire son coût de fabrication. Les performances de ce système compact utilisant des microlentilles ont ensuite été améliorées par l’ajout d’un gradient d’indice de réfraction dans la matrice polymérique. Une analyse sommaire du coût de l’énergie produite par de tels dispositifs permet ensuite de conclure que les systèmes développés dans le cadre de ce projet de recherche ont un potentiel commercial. Pour cette raison, le concept le plus prometteur basé sur l’utilisation d’un gradient d’indice afin d’accroître les performances a fait état du dépôt d’une demande de brevet.

New synthetic methodologies from biorenewable resources

Tese de doutoramento, Farmácia (Química Farmacêutica e Terapêutica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2014

Clams from Tagus estuary : microbiological, physiological and chemical responses to depuration, transpot and environmental stress

Tese de doutoramento, Biologia (Biologia Marinha e Aquacultuta), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

New synthetic methodologies for the transformation of biomass derived intermediates to valuable molecules

Tese de doutoramento, Farmácia (Química Farmacêutica e Terapêutica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2014