Tissue-Specific Evolution of Protein Coding Genes in Human and Mouse.

Protein-coding genes evolve at different rates, and the influence of different parameters, from gene size to expression level, has been extensively studied. While in yeast gene expression level is the major causal factor of gene evolutionary rate, the situation is more complex in animals. Here we investigate these relations further, especially taking in account gene expression in different organs as well as indirect correlations between parameters. We used RNA-seq data from two large datasets, covering 22 mouse tissues and 27 human tissues. Over all tissues, evolutionary rate only correlates weakly with levels and breadth of expression. The strongest explanatory factors of purifying selection are GC content, expression in many developmental stages, and expression in brain tissues. While the main component of evolutionary rate is purifying selection, we also find tissue-specific patterns for sites under neutral evolution and for positive selection. We observe fast evolution of genes expressed in testis, but also in other tissues, notably liver, which are explained by weak purifying selection rather than by positive selection.

Paikkatiedon kerääminen ja hyödyntäminen WLAN-verkossa

Työn teoriaosuudessa tutustutaan ensin yleisimpiin paikannusmenetelmiin. Käsiteltävänä ovat GPS-satelliittipaikannus sekä radiosoluverkkojen paikannusmenetelmät solupaikannuksesta monimutkaisempiin signaalin ominaisuuksia tutkiviin menetelmiin. Teoriaosuudessa käsitellään myös IEEE 802.11 –standardin PHY- ja MAC-kerrosten toimintaa sekä WLAN-verkon siirtotien ominaisuuksia paikannuksen kannalta. Ennen paikannusjärjestelmän toteuttamista työssä esitellään menetelmiä ja tuloksia muista tutkimuksista samalta tutkimusalueelta. Työssä toteutetaan paikannusjärjestelmä sekä solupaikannusta että signaalitasopaikannusta hyödyntäen. Solupaikannusjärjestelmälle määritellään palvelurajapinta, jonka kautta paikannuspalvelua voidaan hyödyntää muissa palveluissa. Kaksi paikannuspalvelun päälle luotua palvelua esitellään lyhyesti malliesimerkkeinä. Signaalitasopaikannuksen osalta kuvataan kaksi menetelmään kuuluvaa vaihetta ja yksittäisten komponenttien toiminta näissä vaiheissa. Paikannusmenetelmien tarkkuutta tutkitaan mittausten avulla ja testituloksista muodostetaan paikannustarkkuutta kuvaavat tilastot. Solupaikannuksen keskimääräinen virhe on ±50 metriä. Vastaavasti signaalitasopaikannuksen virhe on ±4 metriä ja parannettua algoritmia käyttäen ±3 metriä.

Dynamic Criteria: a Longitudinal Analysis of Professional Basketball Players" Outcomes

This paper describes the fluctuations of temporal criteria dynamics in the context of professional sport. Specifically, we try to verify the underlying deterministic patterns in the outcomes of professional basketball players. We use a longitudinal approach based on the analysis of the outcomes of 94 basketball players over ten years, covering practically players" entire career development. Time series were analyzed with techniques derived from nonlinear dynamical systems theory. These techniques analyze the underlying patterns in outcomes without previous shape assumptions (linear or nonlinear). These techniques are capable of detecting an intermediate situation between randomness and determinism, called chaos. So they are very useful for the study of dynamic criteria in organizations. We have found most players (88.30%) have a deterministic pattern in their outcomes, and most cases are chaotic (81.92%). Players with chaotic patterns have higher outcomes than players with linear patterns. Moreover, players with power forward and center positions achieve better results than other players. The high number of chaotic patterns found suggests caution when appraising individual outcomes, when coaches try to find the appropriate combination of players to design a competitive team, and other personnel decisions. Management efforts must be made to assume this uncertainty.

Defining supply chain service level priorities in an international polyolefin company

Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, ovatko asiakkaiden kanssa sovitut kaupintavarastojärjestelyt liiketoiminnallisesti oikeutettuja vai ovatko ne pääasiassa vain asiakkaan palvelua. Tavoitteiksi asetettiin tutkia logististen palveluiden tärkeyttä, etsiä eri näkökohtia asiakaskohtaisten varastojen ja varastopalveluiden tarjoamiselle, löytää mahdollisia korvaavia tai vastaavia palveluita, sekä esitellä menetelmä toimitusketjun palvelutason priorisoimiseksi ja hallitsemiseksi. Työhön tarvittu kaupallinen aineisto koskien tuotteita ja asiakaita saatiin yrityksen tietojärjestelmästä. Muut taustatiedot kerättiin yrityksen toimintaohjeista, keskustelemalla ja haastattelemalla henkilöstöä, sekä seuraamalla yrityksen toimintaa työnteon ohessa. Tutkimus on jaettu kirjallisuus- ja case-osuuteen. Työn case-tulokset osoittavat, että nykyiset kaupintavarastoasiakkaat pääosin ansaitsevat lisäarvoa tuottavan varastopalvelun. Tutkimuksesta saadut kokemukset ja tiedot auttavat tekemään lisäarviointeja, koskien myös yrityksen muita tuotantolaitoksia. Työstä saatuja kokonaishyötyjä on vielä tässä vaiheessa vaikea arvioida.

Causality and Contagion in EMU Sovereign Debt Markets

This paper contributes to the literature by applying the Granger causality approach and endogenous breakpoint test to offer an operational definition of contagion to examine European Economic and Monetary Union (EMU) countries public debt behaviour. A database of yields on 10-year government bonds issued by 11 EMU countries covering fourteen years of monetary union is used. The main results suggest that the 41 new causality patterns, which appeared for the first time in the crisis period, and the intensification of causality recorded in 70% of the cases, provide clear evidence of contagion in the aftermath of the current euro debt crisis.

Causality and Contagion in EMU Sovereign Debt Markets

This paper contributes to the literature by applying the Granger causality approach and endogenous breakpoint test to offer an operational definition of contagion to examine European Economic and Monetary Union (EMU) countries public debt behaviour. A database of yields on 10-year government bonds issued by 11 EMU countries covering fourteen years of monetary union is used. The main results suggest that the 41 new causality patterns, which appeared for the first time in the crisis period, and the intensification of causality recorded in 70% of the cases, provide clear evidence of contagion in the aftermath of the current euro debt crisis.

Diversity of the Quality Criteria in Qualitative Research in the Health Sciences: Lessons from a Lexicometric Analysis Composed of 133 Guidelines

A review of health sciences literature shows a substantial increase in qualitative publications. This work incorporates a certain number of research quality guidelines. We present the results of the Alceste® lexicometric analysis, which includes 133 quality grids for qualitative research covering five disciplinary fields of the health sciences: medicine and epidemiology, public health and health education, nursing, health sociology and anthropology, psychiatry and psychology. This analysis helped to cross-check the disciplinary fields with the various objectives assigned to the different criteria in the grids examined. The results obtained with Alceste® show the variability of the objectives sought by the authors of the guidelines. These discrepancies are not directly associated to disciplinary fields, and appear to be more closely linked to different qualitative research conceptualizations within the disciplines, and with essential qualitative research validation criteria. These conceptualizations must be clarified to help users better understand the objectives targeted by the grids, and promote more appreciation for qualitative research in the health sciences.

Interviewing Carol Maier: a woman in translation

En un article posterior a les seves traduccions a la llengua anglesa de Memorias de Leticia Valle de Rosa Chacel i de Delirio y destino de María Zambrano, Carol Maier apunta el que penso que hauria de constituir una de les màximes més determinants en la pràctica de la traducció (1996, 209): «…it is not only in the ‘text’ of a work but precisely in the notes, introductions, and afterwards meant to ensure a work’s recovery that the most decided re-covering often occurs.» Per a Maier, traductora literària, teòrica i professora de traducció, la responsabilitat de l’activitat traductològica no es limita a una mera (re)escriptura del text originari. Cal que el traductor i la traductora s’impliquin, abandonin les distàncies crítiques i portin a la visibilitat el que pensen sobre la teoria i la pràctica de la traducció. I és precisament aquesta crida de Maier a l’expansió del terme «responsabilitat» en traducció la que m’invita a presentar potser d’una altra manera aquesta entrevista amb ella. Maier ens ofereix ara i aquí un espai de debat, de diàleg i de reflexió per a totes les persones que volem pensar sobre les paradoxes i les contradiccions derivades de (re)escriure una textualitat en una altra llengua. En definitiva, estic convençuda que les seves afirmacions, pensaments i comentaris sobre les interseccions entre el gènere i la traducció es guanyaran merescudament el sobrenom de «responsables» per al qual ella lluita tan enèrgicament.

Development of e-Service tools for customer services and processes, Case: KONE Oyj Finland

Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää miten kehittää yrityksen nykyistä e-palvelujärjestelmää, Internet -teknologiaan perustuvaa sähköisiä kommunikaatio- ja tiedonjakojärjestelmää, yrityksen business-to-business asiakkuuksien johtamisessa. Tavoitteena oli myös luoda ehdotukset uusista e-palvelusopimusmalleista. Tutkimuksen teoriaosuudessa pyrittiin kehittämään aikaisempiin tutkimuksiin, tietokirjallisuuteen ja asiantuntijoihin perustuva viitekehysmalli. Empiirisessä osassa tutkimuksen tavoitteisiin pyrittiin haastattelemalla yrityksen asiakkaita ja henkilöstöä, sekä tarkastelemalla asiakaskontaktien nykyistä tilaa ja kehittymistä. Näiden tietojen perusteella selvitettiin e-palvelun käyttäjien tarpeita, profiilia ja valmiuksia palvelun käyttöön sekä palvelun nykyistä houkuttelevuutta. Tutkimuksen teoriaosan lähdeaineistona käytettiin kirjallisuutta, artikkeleita ja tilastoja asiakashallinnasta sekä e-palveluiden, erityisesti Internet ja verkkopalveluiden markkinoinnista, nykytilasta sekä palveluiden kehittämisestä. Lisäksi tutkittiin kirjallisuutta arvoverkostoanalyysistä, asiakkaan arvosta, informaatioteknologiasta, palvelun laadusta ja asiakastyytyväisyydestä. Tutkimuksen empiirinen osa perustuu yrityksen henkilöstöltä sekä asiakkailta haastatteluissa kerättyihin tietoihin, yrityksen ennalta keräämiin materiaaleihin sekä Taloustutkimuksen keräämiin tietoihin. Tutkimuksessa käytettiin case -menetelmää, joka oli yhdistelmä sekä kvalitatiivista että kvantitatiivista tutkimusta. Casen tarkoituksena oli testata mallin paikkansapitävyyttä ja käyttökelpoisuutta, sekä selvittää onko olemassa vielä muita tekijöitä, jotka vaikuttavat asiakkaan saamaan arvoon. Kvalitatiivinen aineisto perustuu teemahaastattelumenetelmää soveltaen haastateltuihin asiakkaisiin ja yrityksen työntekijöihin. Kvantitatiivinen tutkimus perustuu Taloustutkimuksen tutkimukseen ja yrityksen asiakaskontakteista kerättyyn tietoon. Haastatteluiden perusteella e-palvelut nähtiin hyödyllisinä ja tulevaisuudessa erittäin tärkeinä. E-palvelut nähdään yhtenä tärkeänä kanavana, perinteisten kanavien rinnalla, tehostaa business-to-business -asiakkuuksien johtamista. Tutkimuksen antamien tulosten mukaan asiakkaiden palveluun liittyvän tieto-, taito-, tarpeellisuus- ja kiinnostavuustasojen vaihtelevaisuus osoittaa selvän tarpeen eritasoisille e-palvelupaketti ratkaisuille. Tuloksista muodostettu ratkaisuehdotus käsittää neljän eri e-palvelupaketin rakentamisen asiakkaiden eri tarpeita mukaillen.

Tutkielman nimi: Strategisten allianssien rakentaminen, johtaminen ja hallinnointi

Työn tavoitteet Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää strategisten allianssien rakentamiseen, johtamiseen ja hallinnointiin liittyviä ongelmia sekä toteutusmalleja. Tarkoituksena oli laatia case -yritykselle toimintaehdotus teorian ja tutkijan muodostaman näkemyksen pohjalta. Tutkimusmetodologia ja -menetelmät Tutkimusote on konstruktiivinen, vaikkakin se sisältää vahvasti käsiteanalyyttisiä piirteitä. Toimeksiantajana tutkimukselle oli Neste Markkinointi Oy, jonka kahden kumppanin kanssa muodostamia alliansseja tarkasteltiin erillisinä. Tutkimuksen empiirinen osa perustui teemahaastatteluihin. Tulokset ja päätelmät Strategisten allianssien muodostaminen vaatii yrityksiltä paljon työtä. Tutkimuksen tuloksena yritykselle esitettiin näkemys toiminnasta tulevaisuudessa sillä jo olevien kumppaneiden kanssa. Tehdyt havainnot liittyivät pääosin yhteistyön todelliseen aloittamiseen. Empiirinen osa vahvisti teoriassa muodostunutta näkemystä kumppanuuden rakentamisen vaikeudesta ja todellisen yhteistyön problematiikasta. Yleisesti teorian ja tutkimuksen pohjalta voidaan todeta strategisten allianssien olevan yksi mahdollinen avain yrityksen ylivoimaiseen kilpailukykyyn.

Informaatioteknologiayritysten tutkimus- ja tuotekehitysyhteistyö: tulosten juridinen suojaaminen ja jakaminen

Pro gradu-tutkielman tavoitteena on selvittää, mitä juridisia seikkoja informaatioteknologia-alan yritysten tutkimus- ja tuotekehitysyhteistyön onnistumisen turvaamiseksi on huomioitava. Koska erityisesti tulosten suojaaminen ja jakaminen on usein osoittautunut yhteistyön kriittisimmäksi osa-alueeksi, tutkimuksessa perehdytään näihin kysymyksiin liittyvään normiympäristöön. Tutkimus on toteutettu pääosin kirjallisuustutkimuksena, nojautuen vahvasti mm. lakiteksteihin ja lainvalmisteluaineistoon. Käytännön ja teorian yhdistämiseksi tutkimuksessa on käytetty tausta-aineistona yritysten välisiä sopimuksia sekä informaatioteknologiayrityksissä työskentelevien henkilöiden kanssa käytyjä keskusteluja. Myös oikeuskäytäntöä on hyödynnetty tutkimuksen lähdeaineistona. Tutkimuksessa on kartoitettu yritysten yhteishankkeita säätelevää normiympäristöä sekä sen tarjoamia mahdollisuuksia ja rajoituksia. Tämän kartoituksen valossa voidaan paremmin ymmärtää sopimuksien tekemisen ja erilaisten suojauskeinojen hallinnan tärkeys.

Evaluation and realisation of a market entry method: The entry of a small high technology company into the British construction software markets

Tutkielman tavoitteena on tutkia, mikä olisi parhaiten case-yritykselle sopiva menetelmä tulla tekemään kauppaa ulkomaan markkinoille. Kaikki yleiset kansainvälisille markkinoilletulomenetelmät esitetään ja niiden edut ja haitat tuodaan esille. Selvittäessä tehtävänantajayrityksen resurssit, odotukset ja vaatimukset todetaan, että yhteistyössä tehtävä markkinoilletulo on pätevin vaihtoehto. Tämän jälkeen valitaan parhaiten tarkoitukseen sopiva yritys ennalta valitusta yritysvaihtoehtojen ryhmästä ja testataan tämän yrityksen yhteistyösopivuus case-yrityksen kanssa. Yritysten välinen yhteistyösopivuus arvioidaan analysoimalla yritykset haastattelujen avulla ja tutkielmassa esitettyjen teorioiden avulla. Sopivuus todetaan hyväksi, kattaen 71 prosenttia analysoiduista kohdista. Kaksikymmentäyhdeksän prosenttia kohdista todetaan kohdiksi, joissa yritysten välinen yhteisymmärrys ei ole toimeksiantajayrityksen minimivaatimukset täyttävää. Näitä kohtia tullaan käyttämään suunnittelun pohjana kun suunnitellaan jatkoneuvotteluja yhteistyön käynnistämiseksi.

Diverse set of Turing nanopatterns coat corneae across insect lineages.

Nipple-like nanostructures covering the corneal surfaces of moths, butterflies, and Drosophila have been studied by electron and atomic force microscopy, and their antireflective properties have been described. In contrast, corneal nanostructures of the majority of other insect orders have either been unexamined or examined by methods that did not allow precise morphological characterization. Here we provide a comprehensive analysis of corneal surfaces in 23 insect orders, revealing a rich diversity of insect corneal nanocoatings. These nanocoatings are categorized into four major morphological patterns and various transitions between them, many, to our knowledge, never described before. Remarkably, this unexpectedly diverse range of the corneal nanostructures replicates the complete set of Turing patterns, thus likely being a result of processes similar to those modeled by Alan Turing in his famous reaction-diffusion system. These findings reveal a beautiful diversity of insect corneal nanostructures and shed light on their molecular origin and evolutionary diversification. They may also be the first-ever biological example of Turing nanopatterns.

A new multidisciplinary home care telemedicine system to monitor stable chronic human immunodeficiency virus-infected patients: a randomized study.

Background: Antiretroviral therapy has changed the natural history of human immunodeficiency virus (HIV) infection in developed countries, where it has become a chronic disease. This clinical scenario requires a new approach to simplify follow-up appointments and facilitate access to healthcare professionals. Methodology: We developed a new internet-based home care model covering the entire management of chronic HIV-infected patients. This was called Virtual Hospital. We report the results of a prospective randomised study performed over two years, comparing standard care received by HIV-infected patients with Virtual Hospital care. HIV-infected patients with access to a computer and broadband were randomised to be monitored either through Virtual Hospital (Arm I) or through standard care at the day hospital (Arm II). After one year of follow up, patients switched their care to the other arm. Virtual Hospital offered four main services: Virtual Consultations, Telepharmacy, Virtual Library and Virtual Community. A technical and clinical evaluation of Virtual Hospital was carried out. Findings: Of the 83 randomised patients, 42 were monitored during the first year through Virtual Hospital (Arm I) and 41 through standard care (Arm II). Baseline characteristics of patients were similar in the two arms. The level of technical satisfaction with the virtual system was high: 85% of patients considered that Virtual Hospital improved their access to clinical data and they felt comfortable with the videoconference system. Neither clinical parameters [level of CD4 + T lymphocytes, proportion of patients with an undetectable level of viral load (p = 0.21) and compliance levels 90% (p = 0.58)] nor the evaluation of quality of life or psychological questionnaires changed significantly between the two types of care. Conclusions: Virtual Hospital is a feasible and safe tool for the multidisciplinary home care of chronic HIV patients. Telemedicine should be considered as an appropriate support service for the management of chronic HIV infection.

Phenol-Explorer 3.0: a major update of the Phenol-Explorer database to incorporate data on the effects of food processing on polyphenol content

Polyphenols are a major class of bioactive phytochemicals whose consumption may play a role in the prevention of a number of chronic diseases such as cardiovascular diseases, type II diabetes and cancers. Phenol-Explorer, launched in 2009, is the only freely available web-based database on the content of polyphenols in food and their in vivo metabolism and pharmacokinetics. Here we report the third release of the database (Phenol-Explorer 3.0), which adds data on the effects of food processing on polyphenol contents in foods. Data on >100 foods, covering 161 polyphenols or groups of polyphenols before and after processing, were collected from 129 peer-reviewed publications and entered into new tables linked to the existing relational design. The effect of processing on polyphenol content is expressed in the form of retention factor coefficients, or the proportion of a given polyphenol retained after processing, adjusted for change in water content. The result is the first database on the effects of food processing on polyphenol content and, following the model initially defined for Phenol-Explorer, all data may be traced back to original sources. The new update will allow polyphenol scientists to more accurately estimate polyphenol exposure from dietary surveys. Database URL: http://www.phenol-explorer.eu