955 resultados para RT-qPCR


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在植物中大多数功能基因是以基因家族的形式存在的,而基因重复则是基因家族的一种重要的进化方式。很多基因往往是由重复事件产生形成不同的拷贝,进而分化形成基因家族。谷胱甘肽转移酶(GSTs)是一类古老、庞大、行使解毒、抗逆、信号转导等多种功能的一个基因家族。本研究以栽培水稻(Oryza sativa ssp. japonica c.v. Nipponbare)为研究材料,以栽培水稻的Phi类GST的5个基因(OsGSTF3、OsGSTF6、OsGSTF14、OsGSTF15、OsGSTF16)为研究对象,分析了它们的系统发生和起源历史、不同组织的差异性表达、编码蛋白质的功能差异等问题,探讨了基因重复后5个基因的功能变化,主要结果如下: 1. OsGSTF3、OsGSTF14、OsGSTF15、OsGSTF16由串联重复产生,而OsGSTF6则由DNA转座产生;它们起源时间早在稻属(Oryza)分化之前。 2. 对水稻不同部位组织的RT-PCR结果表明这5个基因在水稻中的特异性表达组织部位有较大差异:OsGSTF3基因在叶、叶鞘、茎、根4个部位均有大量表达;OsGSTF6基因仅在叶中有表达;OsGSTF14基因在叶鞘、茎2个部位中有表达;OsGSTF15基因在茎、根2个部位中有表达;OsGSTF16则在叶、茎、根3个部位中有表达。 3. 将这5个基因连接原核表达载体PET30a并转化大肠杆菌BL21(DE3),获得了高表达菌株。将表达菌株进行大量表达,表达形式分析显示OsGSTF3蛋白是可溶性表达,而其余4个蛋白以包涵体的形式表达。通过亲和层析获得了纯化的OsGSTF3融合蛋白,OsGSTF3融合蛋白对底物CDNB和NBD-Cl具有高活性,酶动力学分析显示OsGSTF3融合蛋白对GSH与NBD-Cl有较高的亲和力,热力学分析显示该蛋白在40℃以下是热稳定的。通过对包涵体进行洗涤、亲和层析获得了纯化的OsGSTF6、OsGSTF14、OsGSTF15、OsGSTF16的融合蛋白,OsGSTF14融合蛋白对NBD-Cl有微弱活性,OsGSTF15融合蛋白对NBC有较高的活性,而没有检测到OsGSTF6与OsGSTF16融合蛋白的活性。

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第三纪末期和第四纪的气候变冷使广泛分布于北半球的暖温带/亚热带生物区系的分布区破碎化,形成了各种洲际间断分布格局。其中东亚—北美东部间断分布最为常见,自林奈时代起就吸引了植物学家们的关注。为了探讨这一地理分布格局的形成过程,前人开展了大量的研究工作,包括间断类群分布的比较、种间关系的经典分类学和化学分类学研究、地理分布的分支分析、遗传距离的估算等。随着分子系统学的发展,在各级分类阶元水平上探讨植物系统发育关系的研究取得了重大进展,很多植物类群的系统发育得到了重建,这使东亚-北美间断分布类群的历史生物地理学研究变得更为切实可行。同时,生物地理学的理论有了新的发展,新的分析方法不断涌现,化石记录及古气候和古地质资料得到大量积累,为深入探讨东亚—北美间断分布提供了条件。目前,已有20 多个东亚-北美间断分布的植物类群被详细研究,丰富了我们对这一现象的认知。然而,以往的研究多基于单亲遗传的叶绿体基因和(或)PCR 直接测序所得的nrDNA ITS 序列,在探讨杂交和网状进化方面存在较大的局限性。在本研究中,我们选取了崖柏属(Thuja L.)这一典型东亚—北美间断分布类群,用来自叶绿体和细胞核的多个基因序列重建其系统发育,探讨其地理分布格局的形成过程,并讨论不同遗传体系的多基因联合分析在植物生物地理学研究中的应用。此外,我们还初步探讨了低拷贝核基因4CL 在广义柏科的进化式样。 1、崖柏属的系统发育和生物地理学研究 崖柏属共 5 种,其中3 种分布于东亚,2 种分别分布于北美东、西部。我们用5 个叶绿体DNA 片段(rpl16 内含子, atpI-rpoC1、trnS-trnfM 和trnS-trnG 基因间区以及trnT-trnF 区)和3 个核基因片段(ITS,LEAFY,4CL)的序列重建了崖柏属的系统发育。发现:(1)基因树拓扑结构的冲突存在于叶绿体基因和核基因之间,甚至不同的核基因之间,说明崖柏属曾发生多次种间杂交并导致网状进化;(2)崖柏属中存在两个种对,即日本香柏-崖柏和朝鲜崖柏-北美香柏;(3)朝鲜崖柏在叶绿体和核基因树上位于不同的位置,可能因古老的杂交和叶绿体捕获所致;(4)北美乔柏的叶绿体基因存在镶嵌式的变异,可能在物种形成过程中发生了叶绿体重组。根据分子钟度量结果,崖柏属两个种对的分化时间为51.1±3.96 Mya,日本香柏和崖柏的分化时间为23.7±5.04 Mya,朝鲜崖柏和北美乔柏的分化时间为14.7±6.06 Mya。 基于多个基因的系统发育分析、DIVA 分析、化石证据和分子钟度量,我们推测崖柏属在古新世或更早的时候起源于北美高纬度地区,并通过白令陆桥扩散到东亚,然后通过隔离分化形成日本香柏-崖柏这一种对。白令陆桥和阿留申陆桥可能在崖柏属的进一步迁移中起了重要介导作用,使崖柏属内发生了多次种间杂交事件,并导致了崖柏-日本香柏和朝鲜崖柏-北美香柏这两种主要的叶绿体类型间的重组以及朝鲜崖柏对北美香柏叶绿体基因的捕获。携带重组叶绿体DNA 的杂交个体迁入北美西部,产生了北美乔柏。根据分子钟估算结果,该迁移事件可能发生在中新世。 鉴于以往对东亚—北美间断分布植物类群的分子系统学研究多基于单亲遗传的叶绿体基因和(或)PCR 直接测序的ITS 数据,这些类群中的网状进化事件可能被低估。同时,我们的结论也部分解释了为什么东亚、北美东部、北美西部三者间的关系存在很多争议:频繁的杂交和渐渗模糊了种间的系统发育关系。因此,我们建议在生物地理学研究中用来源于多个基因组的多基因分析,特别是用单/低拷贝核基因。 2、广义柏科4CL 基因进化的初步研究 广义柏科是松杉类植物中唯一在南、北半球广泛分布的类群,该科中既有古老的孑遗属和寡种属,也有第三纪起源、呈南北半球间断分布的类群。研究4CL 基因在这一类群中的进化,有助于探讨低拷贝核基因在松杉类植物中的进化式样和规律。4CL 在植物次生化合物的生物合成中起重要作用,它催化激活4-香豆酸和一些相关的底物形成不同的辅酶A,促进各种苯丙烷类的代谢。 我们从广义柏科 17 个属中扩增并克隆到23 条4CL 基因序列。基因结构和系统发育分析表明,4CL 在广义柏科中分为4CLI 和4CL II 两大类,二者间的序列相似性为67-70%,进化速率也有很大差异。RT-PCR 结果证明这两种类型均能转录,推测它们都具有功能,且基因结构的差异和序列之间的高度分化暗示这两大类可能执行不同的功能。在4CL 基因树中,落羽杉亚科、北美红杉亚科、狭义柏科的单系都得到了支持。尽管4CL 在广义柏科中的类型及拷贝数还有待研究,但4CLI 很可能以单拷贝或低拷贝存在,其高变的内含子序列可以用来探讨种间的系统发育关系。

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被子植物菊亚纲原始类群的花为辐射对称花,伴随着适应性进化和传粉者的专性化,两侧对称花随之出现并快速进化和多样化。与花对称性相关的基因首先在模式植物金鱼草中被分离出来,它们包括TCP 基因家族的两个基因Cycloidea(CYC)和Dichotama(DICH),MYB 基因家族的两个基因Radialis(RAD)和Divaricata(DIV)。模式植物金鱼草的分子发育与遗传学研究初步揭示出在花对称性形成过程中相关调控基因的功能、表达模式及其相互作用机制。研究表明,金鱼草花中CYC 和DICH 基因只在背部表达,控制背部属性。DIV基因早期在所有部位表达,但只影响腹部属性。CYC 和DICH 通过激活与DIV具有颉抗作用的RAD 基因在背部的表达来抑制DIV 基因在背部的作用从而构建了金鱼草的两侧对称花。但是,被子植物繁杂多样的花对称性远非一种模式植物所能概括。此外,被子植物花对称性的演化也是一个悬而未决的问题。要全面了解被子植物花对称性的起源、多样化及其背后的决定机制,有必要进一步研究不同类群中花对称性相关基因的功能变化和进化式样。 苦苣苔科(Gesneriaceae)与金鱼草所属的车前科(Plantaginaceae)同属于菊亚纲的广义唇形目。研究表明广义唇形目的祖先已经具有了两侧对称花,苦苣苔科是广义唇形目的基部类群,具有与唇形目两侧对称花早期分化相关的各种两侧对称花类型。因此,在苦苣苔科选择两侧对称花代表类群开展花对称性的进化发育生物学研究十分有助于探讨苦苣苔科花对称性基因在两侧对称花类群的调控进化,从而揭示广义唇形目基部类群花对称性的进化发育模式。我们选择苦苣苔科两侧对称花类群烟叶唇柱苣苔(Chirita heterotricha)为主要研究材料。烟叶唇柱苣苔是苦苣苔科两侧对称性比较强烈的类群,主要体现在其只有腹部两枚雄蕊能育,背部和侧部雄蕊均败育,与金鱼草的近亲沙漠幽灵花(Mohaveae confertiflora)的形态类似。在沙漠幽灵花中CYC 类基因的表达从背部延伸到了侧部,但是在烟叶唇柱苣苔中是否遵循同一模式还是存在其他途径这是我们的主要研究目的。此外,我们发现在烟叶唇柱苣苔花序的顶花中偶尔会发生腹部化的辐射对称突变花。在金鱼草和柳穿鱼中,CYC 类基因的失活导致了辐射对称突变花的产生,而在豆科植物Cadia purpurea 中,CYC 类基因的活性从背部延伸到了侧部和腹部,导致了辐射对称花的形成。烟叶唇柱苣苔中的情形则值得我们关注。再者,革叶粗筒苣苔(Briggisia mihieri)是烟叶唇柱苣苔的近缘类群,但它具有四枚能育雄蕊(侧部和腹部各两枚)。苦苣苔科两能育雄蕊类群被认为起源于四能育雄蕊类群。我们在烟叶唇柱苣苔野生型两侧对称花和辐射对称突变花中开展花对称性基因的表达模式研究,结合在革叶粗筒苣苔中的研究,试图揭示烟叶唇柱苣苔两雄蕊类两侧对称花形成的分子机制和进化发育途径。 本研究从烟叶唇柱苣苔中分离到4 个CYC 类基因(ChCYC1C,ChCYC1D,ChCYC2A,ChCYC2B),2 个DIV 类基因(ChDIV1,ChDIV2)和2 个RAD 类基因(ChRAD1,ChRAD2)。从革叶粗筒苣苔中分离到4 个CYC 类基因(BmCYC1C,BmCYC1D,BmCYC2A,BmCYC2B),2 个DIV 类基因(BmDIV1,BmDIV2)和1 个RAD 类基因(BmRAD1)。序列和系统发育分析结果显示它们均为花对称性基因。进一步的表达分析显示结果表明:(1)不同拷贝CYC 类基因的表达存在着分化,与其氨基酸序列的分化一致;烟叶唇柱苣苔的CYC 类基因表达从背部延伸到了侧部而革叶粗筒苣苔的CYC 类基因仅在背部表达,与它们的形态分化密切相关。(2)DIV 类基因在种内两个拷贝以及种间的表达无明显的分化,在花的各个部位都有表达。(3)烟叶唇柱苣苔两个拷贝的RAD 类基因的表达存在分化;两个种的同类RAD 类基因的表达也存在分化。这些花对称性基因的表达模式分析揭示了它们在烟叶唇柱苣苔和革叶粗筒苣苔两侧对称花形态建成以及二者花形态的演化中具有重要作用。 同时,我们对烟叶唇柱苣苔的辐射对称突变花进行了自交和F1 代培育,但是F1 代没有出现稳定的辐射对称突变株。我们从辐射对称突变花中分离到的CYC 类、DIV 类和RAD 类基因的核苷酸序列与野生型的完全一致。说明突变体的产生与序列变异无关。RT-PCR 分析表明突变花中CYC 类基因全部失活,而DIV 类基因和在腹部表达的RAD 类基因的表达信号有所增强,这与其腹部化辐射对称的形态相一致。这进一步证实了花对称性基因在烟叶唇柱苣苔花形态建成中的作用。

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Vibrio vulnificus is a gram-negative pathogenic bacterium endemic to coastal waters worldwide, and a leading cause of seafood related mortality. Because of human health concerns, understanding the ecology of the species and potentially predicting its distribution is of great importance. We evaluated and applied a previously published qPCR assay to water samples (n = 235) collected from the main-stem of the Chesapeake Bay (2007 – 2008) by Maryland and Virginia State water quality monitoring programs. Results confirmed strong relationships between the likelihood of Vibrio vulnificus presence and both temperature and salinity that were used to develop a logistic regression model. The habitat model demonstrated a high degree of concordance (93%), and robustness as subsequent bootstrapping (n=1000) did not change model output (P > 0.05). We forced this empirical habitat model with temperature and salinity predictions generated by a regional hydrodynamic modeling system to demonstrate its utility in future pathogen forecasting efforts in the Chesapeake Bay.

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低温是限制植物分布和生物产量的一个重要环境因子。低温的危害也是农业生产上经常遭受的主要自然灾害之一。改良作物的抗寒性是植物科学研究的一个重要课题。植物基因工程的兴起为此目的提供了有力的手段。 大量的研究证明,低温对植物的伤害,首先是使生物膜发生相变和相分离。因此,保持低温下生物膜功能性的液晶态是抗寒的重要机制。研究表明,生物膜这种具流动性的功能态的保持,是与其组成上的膜脂脂肪酸的不饱和度成正相关的。 已有几个关于通过提高膜脂脂肪酸不饱和度的基因操作而增加植物抗寒性的报道。在众多的植物脂肪酸去饱和酶中,硬脂酰ACP去饱和酶(SAD)是最为关键的酶之一。它催化脂肪酸的第一步去饱和反应:18:0-18:l¨。多不饱和脂肪酸是在1 8:1 中由其他去饱和酶再加入双键而生成的。因此,SAD的活性水平是决定植物膜脂不池和度的一个关键因素。 本研究以酸酚法提取的菠菜总RNA为材料,采用反转录一PCR的方法,克隆得到SAD基因,经定向缺失法获得一套该基因的缺失突变体后,用DNA 自动测序仪和双脱氧链终止法测序。获得的SAD基因序列与Nishlda(1992)等发表的菠菜sADcDNA核苷酸序列比较。两者的编码SAD的ORF都为ll97bp,核苷酸差异仅为8bp。但令人惊奇的是我们克隆到的基因,其5‘端上游还存在-个小的ORF,长30bp.编码10个氨基酸。其他报道的SAD基因中都没有这个ORF。 将克隆到的SAD基因构建成两个植物双元表达载体:正义的pB112-13和反义的pB112-6。用叶盘法转化烟草。DNA点杂交和Southern杂交筛选出转基因植株。抗寒性测定表明:当植株置于6'C40小时,转基因植株和对照的相对电导率比较一致,无明显改变;而在88小时,pB121-6转化植株和对照的相对电导率明显升高,以pB1121-6植株升高更多,但pB1121-13转化植株的相对电导率始终保持在较低水平。短暂冰冻处理(-20'C,4O分钟)后置室温下4天,pBl121-6转化烟草总叶绿素含量损失最多,对照次之,而pB1121-13转化烟草中多数植株总叶绿素损伤量都低于其他两种烟草。从这两个抗寒性测定实验,可判定pBl l 2 l—I 3烟株最抗寒,对照次之,而pB1121-6烟株最不抗寒。 由于pB1121-13是增强转基因烟草中SAD活性,而pB1121-6是削弱SAD基因的表达,因此.本研究首次证明通过SAD的基因工程可以改变植物的抗寒性。

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本文用三种方法分离纯化沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)叶片抗冻蛋白质。从70%硫酸铵沉淀后的上清液中得到了一种碱性的小分子物质,UiS,具有较高的溶解度( 260 mg/ml)和较强的降低溶液冰点的能力(200 mg/ml,冰点小于-20℃):从10%硫酸铵和26%氯化铵共沉淀物中分离到一种抗冻蛋白-B3,B3分子量为39.8 kDa,热滞活性为0.45℃(10 mg/ml):从沙冬青叶片热稳定蛋白质中用双向电泳一电泳回收法分离到afp,其分子量为40 kDa,pl为9.0。热滞活性为0.9℃(20 mg/ml),和其他抗冻蛋白质进行比较,没有发现相同的类型。afp和uis在叶片含量都很高,可能是沙冬青抗冻生理过程中两种主要物质,它们对于沙冬青抵御-20℃左右的冷冻温度具有重要的意义。afp N端序列为SDDL SFTF NKFV PCQT DILF,据此合成了六段5’引物和一段3’引物,用RT - PCR方法从叶片中扩增出一段200 bp左右的片段。

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直到九十年代,以利用拟南芥菜和金鱼草突变体克隆到花器官发育基因为重要标志的植物发育研究取得了重大突破。但由于开花决定过程分子控制机理研究进展却较为缓慢。以mRNA人手利用差异筛选技术获得春化相关基因克隆(verc203,verc17),Northem blot初步证明这些克隆对春化处理的特异性。根据反义RNA理论和技术对克隆化verc203基因功能进行研究。另外,从纯化蛋白人手,在金针菇中克隆到新的溶血性毒蛋白编码基因,并在细菌中得到表达,这一实验为利用此途径来克隆发育调控蛋白的编码基因进行了有益的技术路线探索。本研究的具体结果如下: 1. 春化相关基因(verc203)对冬小麦花发育调控 根据反义RNA的理论和技术进一步证明verc203在冬小麦开花启动和花发育过程中的可能控制作用。将verc203 DNA序列插入带有CaMV35S启动子和GUS基因的pBI221表达载体, 使之能在植物中高效表达反义RNA,并以转正义基因植株作为对照。通过花粉管途径转基因方法,得到326粒反义质粒冬小麦转化种子和1 98粒正义质粒冬小麦转化种子.所有转化处理种子和正常小麦种子萌发后,经春化处理,与未春化冬小麦植株一起培养直到对照植株达到成熟期。实验观察发现,转反义基因植株的抽穗受到明显的阻抑,开花过程大大推迟。其中表达较强的6株转基因植株甚至晚花五十多天。还发现一些表达较弱的植株尽管晚花20到30天,但花器官发育却受到影响,如,雄蕊缺失,穗发育异常等。Southemblot和PCR实验结果表明外源基因整合到转基因植株基因组。 Northrenblot以及报告基因(GUS)活性等实验证明反义基因在转反义基因植株RNA水平上得到高效表达。同时,GUS基因在蛋白质水平上得到表达。基于上述实验,有理由认为ver203基因可能是控制冬小麦春化诱导的成花启动和花发育过程中的主要基因之一。 2. 金针菇毒蛋白flammutoxin编码基因的克隆及其在细菌中的表达 利用色谱分离技术及SDS.PAGE电泳技术从金针菇(Flammuleina velutips)分离得到一种分子量为31 kDa、对人血红细胞具有溶血活性的蛋白质(flammutoxin),通过蛋白质序列微量分析技术测得其N-端3 1个氨基酸顺序。利用氨基酸序列推测其编码基因序列信息,通过RT - PCR克隆到一个由973个核苷酸组成的编码基因,5’端93个核苷酸编码肽链序列与测得flammutoxin N-端氨基酸序列完全相同。基因序列同源性分析表明在GenBank (USA),EMBL Database (Europe)和DDBJ (Japan)基因序列数据库中未找到与之同源的基因序列。这个基因与载体p-半乳糖苷酶部分基因编码的融合蛋白在E coli细胞中有效地得到表达。表达产物的SDS-PAGE,Western blot和溶血活性实验表明它是flammutoxin蛋白原编码基因。并对融合蛋白的溶血活性降低原因作了讨论。

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本论文由三部分内容组成,一、药用青蒿的遗传转化,即根癌农杆菌和发 根农杆菌介导的转化系统的建立及其影响参数的研究。二、青蒿素生物合成的 分子调控。三、倍半萜生物合成相关基因的克隆。 一、药用青蒿的遗传转化。建立了Ri质粒介导和Ti质粒介导的两种转基因系统, 其中Ri质粒介导青蒿转基因系统的建立是国际上首次报道;以GFP基因为报 告基因,首次获得高效表达的青蒿转绿色荧光蛋白基因的丛生芽,并对GFP基 因的表达进行了组织和细胞水平的定位。此外,对影响两种转基因系统的主要 参数进行了较为详细的研究。上述研究为青蒿素生物合成的分子调控奠定了坚 实的基础。 二、青蒿素生物合成的分子调控。为探索提高青蒿植株或组织和器官中的青蒿 素含量,首次以棉花中克隆的杜松烯合成酶和法呢基焦磷酸合成酶的 cDNA 为 目的基因导入青蒿,对青蒿中青蒿素的生物合成进行了分子调控研究的尝试。 通过已建立的两种转基因系统,将从棉花中克隆的杜松烯合成酶和法呢基焦磷 酸合成酶的 cDNA 导入青蒿,获得转基因发根和转基因植株。结果表明,外源 基因的表达能够影响青蒿素的生物合成,其中法呢基焦磷酸合成酶基因的过量 表达能够促进青蒿素的生物合成,提高转基因发根和植株中的青蒿素的含量。 转基因发根F-26系中青蒿素含量最高达3.01 mg/g.DW,与对照相比青蒿素含量 提高3~4倍;转基因植株的青蒿素含量最高达10.08 mg/g.DW,与对照相比, 转基因植株的青蒿素产物提高2~3倍。此外,研究还表明,在转基因的发根C -37株系中,外源杜松烯合成酶基因的导入和表达可能相应地促进青蒿转基因 发根自身的法昵基焦磷酸基因的表达。 三、倍半萜生物合成相关基因的克隆。采用 RT-PCR 技术,从马铃薯 (Solanum tuberosum L.) 幼叶中克隆了 HMGRII 亚基因家族的一个新的成员 HMGR-c2(GenBank accession No.AF 096838Southem);杂交分析表明,该基因至少以 两个拷贝以上形式存在于马铃薯基因组中;RT-PCR分析表明,HMGR -c2的 表达在幼苗期无组织特异性,广泛地存在于根、茎、叶等组织中。以青蒿001 株系的苗期叶片为材料,构建了青蒿苗期的λgtll cDNA文库,以PCR筛库方 法从青蒿中克隆一个法呢基焦磷酸合成酶cDNA (Artfps2 GenBank accession No. AF136602)和一个HMGR cDNA(GenBank accession No.AF142473);以青蒿 025株系的苗期叶片为材料,构建了青蒿苗期部分质粒文库以 PCR 筛库方法从 青蒿中克隆一个法昵基焦磷酸合成酶 cDNA (Artfpsl GenBank accession No.AF112881);此外,还从青蒿中克隆了倍半萜合成酶的 cDNA 片段(GenBank accession No.AF156854)。其中青蒿倍半萜合成酶基因的克隆是目前国际上本研 究领域最受关注的焦点和难点之一。至此,本研究已将与青蒿素生物合成相关 的三个重要的关键酶基因基本克隆,这无疑将加速青蒿素生物合成的基础和应 用研究的进程。

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聚-β-羟基链烷酸(PHA)是许多微生物作为碳源、能源的一类贮藏性聚酯,具有广泛的应用价值。该聚酯可被微生物完全降解且有与塑料相似的性质,因而研究并提高PHA在植物中的合成为解决环境污染提供了新的解决途径。 聚-β-羟基于酸酯(PHB)是研究的最早、研究的最清楚的一种PHA。用聚合酶链式反应扩增并克隆了真养产碱杆菌(Alcaligenes eutrophus)中合成PHB的一个关键酶——3-酮硫裂解酶基因phbA。DNA序列分析表明所克隆的基因与国外报道序列同源性很高,只有一个碱基对的区别。为了检测该基因的功能及导肽的定位效率,构建了带有导肽基因的组成型表达载体,由根癌农杆菌介导转化烟草(Nicotiana tabacum cv. Wisconsin 38)得到转基因植株。蛋白质电泳结果表明导肽可以将外源蛋白定位于质体,phbA基因能翻译成相应大小的蛋白。酶活性分析证实了转基因烟草中phbA编码的3-酮硫裂解酶可以催化乙酰-CoA合成乙酰乙酰-CoA。 将携有导肽序列的phbC(编码PHB合酶)和phbB(编码乙酰乙酰-CoA还原酶)连入pBIB-HYG得到组成型表达载体pZCB,用冻融法转入根癌农杆菌,介导转化烟草。烟草为已获得的具有卡那霉素抗性整合并表达phbA的转基因烟草。通过二次转化将携有潮霉素抗性的phbB基因和phbC基因导入已整合phbA的烟草,各基因均由质体导肽控制,最后得到整合PHB合成的三个酶基因的转基因烟草。转基因烟草经PCR、PCR-Southern检测,初步确定整合phbB和phbC烟草植株。以气相色谱初步分析,转基因烟草中PHB的含量可达鲜重的0.233%。 结果表明phbB和phbC基因可以在真核表达系统中编码相应的蛋白。通过色素分析、荧光动力学等手段分析了PHB在叶绿体中的累积对其功能的影响。 为了提高底物乙酰-CoA的供应能力及减少惰性聚酯对植物体的伤害,分离了种子特异性启动子和质体导肽序列,利用忆经克隆的合成PHB的三个关键酶基因,通过一系列DNA重组,分别构建了含有种子特异性启动子的嵌合phbC、phbB的二价表达载体pSCB及嵌合phbC、phbA、phbB的三价表达载体pSCAB,并由导肽将基因表达产物定位于质体。经根癌农杆菌介导转化油菜(Brassica napus L.) H165,获得转基因油菜植株,并进行了PCR、Southern blot及RT-PCR-DNA杂交等分检测。结果表明,三基因已经分别整合到相应的转基因油菜中,并已在转录水平表达。同时转化了油菜不育系、恢复系和保持系,获得批量转化株,并移入温室栽培。

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本论文主要包括以下两部分内容: 一、真菌诱导子对青蒿发根生长和青蒿素生物合成的影响 用3种真菌诱导子[大丽花轮枝孢(Verticillium dahliae Kleb.)、葡枝根霉(Rhizopus stolonifer (Ehrenb. ex Fr.) Vuill)和束状刺盘孢(Colleto trichumdematium (Pers.) Grove)]分别处理青蒿(Ar temisia annuaL.)的发根,这3种真菌诱导子均能促进发根中青蒿素的合成,其中以大丽花轮枝孢的诱导效果最好;对细胞生长均没有明显影响。经大丽花轮枝孢处理的发根中青蒿素含量达1. 12 mg/gDW,比对照(0. 77 mg/g DW)提高45%。诱导子的作用效果与诱导子浓度、诱导子作用时间及发根的生长状态有关。对大丽花轮枝孢来说,诱导子作用的最适浓度为每毫升培养基含糖0.4 mg;发根在指数生长末期对诱导作用最敏感:在加入诱导子4d后收获发根,发根中的青蒿素含量最高。 二、早花基因FPF1、co对青蒿开花时间的影响及开花与青蒿素生物合成的相关性 1.将来源于拟南芥的早花基因Flowering Promoting Factorl (FPFl)插入到植物表达载体pBI121中,构建CaMV 35S启动子控制下含FPFl基因的植物表达载体pBI121FPF/,用含有pBI121FPF/质粒的根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)LBA4404感染青蒿(Artemisia annua L.)叶片并诱导丛生芽,经卡那霉素筛选,获得转基因抗性植株。PCR、 PCR-Southem blot及Southern blot检测表明,外源基因FPFI已整合到青蒿基因组中:RT-PCR及RT-PCR Southern blot分析表明,外源基因在转录水平上已有表达。在短日照条件下,FPF1转基因植株的开花时间较对照提前20天左右,但提早开花的转基因植株与未开花的对照其青蒿素含量无明显差异,即提早开花并不能使开花植株的青蒿素含量有所提高,开花与青蒿素合成之间可能没有直接的关系。 2.将拟南芥的早花基因CONSTANS (CO)置于CaMV 35S启动子之下,通过根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)LBA4404介导转入青蒿(Artemisia annuaL.),使之在青蒿中表达,并得到了抗性植株。PCR、PCR-Southem blot及Southemblot检测表明,外源基因co已整合到青蒿基因组中;RT-PCR及RT-PCR Southemblot分析表明,外源基因在转录水平上已有表达。在短日照条件下,co转基因植株的开花时间较对照提前2周左右,但提早开花的转基因植株的青蒿素含量与未丌花的对照无明显差异,即植株开花前青蒿素含量的提高并不是由于开花本身引起的,再次证明,开花与青蒿素合成之间可能没有直接的关系。

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第一部分:青蒿开花与青蒿素生物合成相关性的研究 青蒿素是从中药青蒿中分离出的倍半萜内酯化合物,目前是世界上唯一有效的治疗脑型疟疾和抗氯喹恶性疟疾的药物。青蒿植株中青蒿素含量在开花期最高,但是目前尚不清楚开花与青蒿素生物合成的关系。为此,我们用光周期(短日照)诱导青蒿提前开花,不仅同时获得了开花与不开花的青蒿植株,而且还成功地在同一植株上诱导部分分枝开花,另一部分分枝保持营养生长状态。这一实验体系为研究青蒿开花与青蒿素生物合成的相关性奠定了基础。实验结果表明,开花与不开花青蒿植株青蒿素含量有明显差异。开花植株的青蒿素含量在前2周内逐渐提高,第三周(开花期)达到最高,并保持一周左右,在随后的2周内下降。青蒿植株开花后,叶片便开始老化变黄,逐渐死亡。未开花青蒿植株的青蒿素含量动态在前三周内与开花植株类似,但是这种高青蒿素含量状态能保持较长时间,至少在随后的2周内没有下降。未开花植株的叶片依然保持绿色。这一结果表明,开花不是导致青蒿素含量提高的直接原因。 扫描电镜观察结果表明,幼嫩叶片上的毛状腺体( trichrome)结构是完整的,而在老化的叶片上,则观察到了相当比例(40-50%)破损的腺体。这可能是导致青蒿素含量下降的直接原因。 不同生态型青蒿对光周期的反应是不同的。在北京地区,本地青蒿在8月初便开始开花,而来自四川武陵的青蒿则要到9月份才能开花。根据这一特性,采用“南蒿北栽”的方法,能够使青蒿保持较长时间的营养生长状态,延长适于采收的时间。 第二部分:金丝桃和百金花二苯甲酮合酶基因的克隆,异源表达及功能分析 植物次生代谢物山屯酮( Xanthones)仅存在于龙胆科和藤黄科植物中。它们具有抑制单胺氧化酶,细胞毒素及抗肿瘤活性。 含有1 3个碳原子的二苯甲酮是山屯酮生物合成的中间产物,是由二苯甲酮合酶催化合成的,这一反应是山屯酮生物合成的关键步骤。二苯甲酮合酶已经在金丝桃和百金花细胞悬浮培养系统中检测到,并进行了细致的生化水平上的研究。本研究是在上述研究的基础上,进一步克隆该酶的基因,并进行异源表达及功能分析工作,以便更好地了解和调控山屯酮的生物合成。 用PCR和RT-PCR技术,从金丝桃cDNA文库和逆转录产物中分别克隆到一个基因HBPS1和HBPS2,从百金花cDNA文库中克隆到一个基因CBPS1。HBPS1含有1402个碱基,其开放阅读框架编码390个氨基酸,分子量为42.7 kDa,等电点为6.55。HBPS2含有1398个碱基,其开放阅读框架编码395个氨基酸,分子量为42.8 kDa,等电点为5.78。CBPS1含有1383个碱基,其开放阅读框架编码389个氨基酸,分子量为42.7 kDa,等电点为7.88。与GenBank中序列同源性比较结果表明:在氨基酸水平上,HBPS1与茶(Camellia sinensis)查尔酮合酶的同源性高达92%,HBPS2与萝卜(Raphanus sativus)查尔酮合酶的同源性为64%,CBPS1与茶(Camellia sinensis)查尔酮合酶的同源性为71%。HBPS1与HBPS2的同源性仅为62%。 将三个新克隆的基因的ORF整合到载体pGEX-G上的谷胱甘肽还原酶S基因下游,构建成转化质粒,并在大肠杆菌中诱导表达。结果表明,这三个基因的ORF片段均能被表达成约68 kDa的产物,这与期望的结果一致。 活性检测结果表明,HBPS1是查尔酮合成酶,其底物为香豆酰辅酶A和丙二酸单酰辅酶A,对这两种底物的亲和性KM分别为:香豆酰辅酶A 2.8μM,丙二酸单酰辅酶A,11.2μM。最适反应条件是350C,pH7.0,DTT浓度10 μM。 HBPS2是二苯甲酮合酶,其底物是苯甲丙氨酰辅酶A,和丙二酸单酰辅酶A,对这两种底物的亲和性KM分别为:苯甲丙氨酰辅酶A 2.4 μM,丙二酸单酰辅酶A 9.6μM。最适反应条件是350C,pH 6.5,DTT浓度50 μM。而CBPS1则没有检测到任何活性。从同一种植物中同时获得了查尔酮合酶和二苯甲酮合酶,对研究这两种十分相近的酶的差异表达,酶促反应机制等问题将非常有利。

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木质素是植物体中具重要生物功能的次生代谢产物。然而纸浆生产主要是将原料中的木质素与用于造纸的纤维素分离,该工艺过程产生了造纸工业的主要污染废液,并且增加造纸成本。本研究目的在于利用反义RNA技术,在分子水平调节木质素的生物合成,降低中国特有造纸树种毛白杨的木质素含量,培育更适于我国造纸工业的原料树种。以下为本研究已取得的相关研究进展: 1.通过RT-PCR技术,从毛白杨中克隆了木质素生物合成的三个相关酶的cDNAs,它们分别为咖啡酸甲基转移酶(caffeic acid O-methyltransferase,COMT)、咖啡酰CoA甲基转移酶(caffeoyl Co-enzyme A O-methyltransferase,CCoAOMT)及香豆酸:辅酶A连接酶(4-coumarate: CoA ligase,4CL)。序列分析显示了毛白杨这三个基因与杨属中其它种的相应基因cDNA核苷酸序列高度同源。Northern点杂交分析表明,COMT、CCoAOMT及4CL基因在毛白杨正在生长的次生木质部中高水平表达,其表达高峰与树木的木质化进程同步;而在叶与叶柄中,这三个基因均不表达。COMT、CCoAOMT及4CL是木质素生物合成的相关酶,该表达特征与其基因功能相一致。本研究克隆的COMT、CCoAOMT及4CL基因的cDNAs已在GenBank注册登记,接受号分别为AF237777、AF240466、AF314180 (publish on Jan l,2002)。 2.通过一系列的DNA重组,构建了携带反义COMT、CCoAOMT或4CLcDNA的反义表达载体以及同时整合反义COMT与CCoAOMT cDNA的双价反义表达载体,PCR扩增与酶切检测确证构建无误。 3.以田间取材的速生三倍体毛白杨B19、B331及B304的茎尖、叶片与嫩茎为外殖体,首次获得了三倍体毛白杨的组培再生试管苗,并建立了速生三倍体毛白杨的组培再生系统,为通过基因工程改良其造纸性能奠定了基础。 4.农杆菌介导转化烟草,PCR与PCR-Southern检测表明我们获得了整合反义COMT、CCoAOMT cDNA及反义COMT及CCoAOMT cDNA共整合的转基因烟草。以Digoxigenin标记的对应于反义链的单链RNA为探针与转基因烟草的总RNA进行NoIthern点杂交,结果表明整合到其中的反义cDNA均已表达。转基因烟草的木质素分析将有助于对COMT及CCoAOMT两个甲基化酶功能的认识。 5.通过农杆菌介导,将反义CCoAOMT cDNA转入欧洲山杨与银白杨的杂交杨(P tremulaXP.alba)。经PCR,PCR-Southern及Southern检测,确认获得了转基因植株。以Digoxigenin标记的对应于CCoAOMT cDNA反义链的单链RNA为探针与转基因杂交杨总RNA进行Northern点杂交,结果表明整合到其中的反义cDNA已在转录水平表达。测定生长5-6个月的转基因杨树下部茎杆的Klason木质素含量,结果显示其中一个株系的Klason木质素含量比野生型对照下降17.9%,表明抑制杨树内源CCoAOMT基因表达可有效降低转基因植株的木质素含量。

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系统获得性抗性(Systematic acquired resistance, SAR)是植物抵御病原菌侵染的最有效手段,利用基因工程技术导入SAR信号发生过程中的关键基因后,植物的SAR基因表达量提高并且对病原菌侵染的反应速度加快,因此植物的抗病性得以增强,与传统的抗病基因工程技术相比它对病原菌没有专一性,许多学者称之为广谱抗病基因工程,该领域已成为目前抗病基因工程研究的热点和前沿。 NDR1和NPR1基因在植物的SAR发生中起着重要的作用,前者功能定位在ROS(reactive oxygen species)的激活和随后的水杨酸(SA)诱导合成之间,突变株病原菌诱导后SA合成能力降低,SAR发生减弱,目前还没有对该基因进行过量表达分析的报道;后者功能定位在SAR信号转导级联反应之中的SA积累和随后的SAR基因表达之间。该突变株在病原菌侵染时不产生病程相关蛋白(PRs),表现为感病,而对照抗病;过量表达该基因的转基因拟南芥对多种病原菌的侵染产生抗性,PR1等PRs蛋白的表达量也提高,异源表达该基因的水稻对白叶枯病的抗性也提高。本研究利用RT-PCR方法从拟南芥中克隆了这两种基因,序列分析表明拟南芥Wassilewskija生态型的NDR1基因与Columbia生态型相比,共有7处碱基不同,引起编码氨基酸变化4处,而NPR1基因与报道的Wassilewskija生态型来源的NPR1基因完全相同。 我们构建了35S启动子驱动的NDR1和NPR1基因的植物组成型高效表达载体,利用农杆菌介导法转化烟草,PCR和Southern鉴定外源基因已经整合到植物基因组中。抗病性分析显示过量表达NDR1和NPR1基因的烟草对晚疫病和赤星病的抗性都有明显提高,说明这两个基因的在其它植物中异源表达后,都能提高植物对多种病原菌的抗性。 本论文提出了利用这两个基因来培育抗黄萎病棉花的设想,一方面为解决这个“世纪性”难题积累新的资料,另一方面也为其它作物的抗病基因工程提供新的经验。利用35S启动子驱动的NDR1和NPR1基因的植物组成型表达载体分别对陆地棉品种石远321进行花粉管通道法转化。同时,还探讨了这两个基因在棉花中的共转化实验,希望它们的“协同增效”能进一步提高棉花的抗病性。对其中2001年夏天在南京注射所获得的5,000粒种子在三亚进行100 g/ml卡那霉素筛选,初步鉴定分别获得转NDR1和NPR1基因株系26和24棵,PCR进一步鉴定其中分别有12和7棵为转基因阳性,转基因频率分别为0.50%和0.27%,目前利用营养钵蘸根法对其二代进行抗枯、黄萎病鉴定,结果显示有转基因植株对枯、黄萎病的抗性都明显增强,进一步的鉴定正在进行中。2002年初海南注射分别获得转NDR1和NPR1基因以及共转化种子22,000、10,500和12,500粒种子,2002年夏在中国农科院植保所黄萎菌病圃筛选抗黄萎病单株,并利用100 g/ml卡那霉素初步筛选出了一批抗性植株,每种转基因株系随机挑选5株进行PCR鉴定,结果显示为阳性。进一步的抗黄萎病鉴定和筛选以及分子分析正在进行中。 同时,本文还探讨了病原菌诱导型启动子在广谱抗病基因工程应用的可能性。根据烟草的Pr1-a启动子已知序列设计引物,PCR扩增启动子序列后,构建病原菌诱导型NPR1基因植物表达载体,并对棉花进行转化,获得种子11,500粒,利用同上的筛选方法,获得了一致的结果,目前抗黄萎病鉴定、分子检测以及生物学分析正在进行中。 最后,鉴于抗生素标记在转基因植物的应用引起了许多“安全性”争论的事实,还构建了无筛选标记的表达载体对抗虫棉进行转化,这样在生产上可以直接获得抗虫棉抗黄萎病棉花新材料,也为其它作物抗病基因工程积累经验。 本研究还提出了一种较为有效的提取高质量棉花总RNA的方法,与原来一些棉花RNA纯化方法相比,该方法所用都为常规试剂,易于重复,质量高。并且利用获得的总RNA构建了黄萎菌激发子诱导的cDNA文库,滴度测定为1╳107pfμ/μg,插入片段大小在5 00~2 000 bp范围内。 鉴于NPR1基因研究的重要性,本研究还利用简并引物PCR技术从海岛棉和陆地棉的基因组中都分离到了NPR1基因的同源片段,大小都为208 bp,与拟南芥NPR1基因的相应部分的同源性分别为66%和65%,它们之间的同源性为87%,目前该基因的全长正在分离鉴定中。 多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIPs)在植物的防御反应中起着重要的作用,通过分析已知20余种pgip基因序列的保守区,设计简并引物,PCR扩增海岛棉(Gossypium barbadense)7124 cDNA文库,得到一条长561 bp的片段,序列测定后分析确认为pgip基因的一部分。根据此序列和棉花病原菌诱导的cDNA文库载体中已知部分设计RACE引物,扩增后,5’和3’RACE分别得到666bp和906 bp的片段。序列分析表明它具有完整的编码框,产物为330 aa的蛋白质。序列分析该蛋白具有10个串联的LRR(leucine-rich repeat)区,与柑桔(Citrus)和枳(Poncirus)的pgip基因的同源性分别为69.2%和68.7%。进一步PCR扩增得到该基因的全长阅读框,并且获得了相应的基因组片段,序列分析发现该基因没有内含子。这是从棉属植物中克隆的第一个pgip基因。

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利用现代分子生物学和基因工程技术手段,克隆青蒿素生成途径的关键酶基因,研究关键酶基因对青蒿素生物合成的调控规律,是打破青蒿素生物合成的限速步骤,大幅度提高青蒿素含量,最终达到利用植物生物技术工业化生产青蒿素的目的必须解决的关键问题。本论文基于此目的,开展了青蒿素生物合成相关基因的分子克隆工作。 用RACE方法从青蒿高产株系001中克隆了一个新的1886bp的全长倍半萜合酶cDNA。克隆的倍半萜合酶氨基酸序列与烟草马兜铃烯合酶、莨菪岩兰螺旋二烯合酶、棉花杜松烯合酶的一致性分别为39%,38%和41%;与青蒿柏木脑合酶、紫穗槐二烯合酶和一个推测的倍半萜合酶克隆cASC125的一致性为50%,48%和59%。cDNA编码区序列被克隆进原核表达载体pET-30a,并在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,但过量表达的蛋白主要是以不溶性蛋白形式存在。RT-PCR分析表明此基因在茎、叶和花中表达,在根中没有表达。 用RT/PCR方法从青蒿高产株系001中克隆了amorpha-4, 11-diene合酶cDNA。将该cDNA插入原核表达载体pET3d并在大肠杆菌BL21(DE3)中过量表达。Southern blot分析表明AMS基因在青蒿基因组中至少有3个拷贝。AMS基因组DNA有一个复杂的结构,包含有7个外显子和6个内含子。RT/PCR分析表明AMS基因在叶片、茎和花中表达,而在根中没有表达。 用RACE方法首次从青蒿中克隆了一个1539 bp全长鲨烯合酶cDNA。青蒿鲨烯合酶氨基酸序列与拟南芥、烟草、人类、酵母鲨烯合酶的一致性分别为70%、77%、44%、39%。青蒿鲨烯合酶基因组DNA有一个复杂的结构,包括14个外显子和13个内含子。全长的或C末端截短的鲨烯合酶cDNA被克隆进原核表达载体pET30a并在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达。但在含有全长的鲨烯合酶cDNA的大肠杆菌中并没有观察到预期大小的鲨烯合酶表达,而C末端截短30个疏水氨基酸的鲨烯合酶可在大肠杆菌中过量表达。

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聚 3 一控基丁酸酯 (Poly – 3 - hydroxybutyrate,PHB) 及其它类型的聚 3-泾基链烷酸醋同属于聚酯类物质 , 是自然界中多种细菌的碳源及能源储备物。这种聚酯的物理化学特性与传统塑料相似 , 并具有生物可降解性 , 如能取代化学合成塑料将减少环境中的塑料废弃物 , 从源头治理 " 白色污染 " 问题。微生物发酵法生产的 PHB 价格过高 , 无法在市场上与化学合成塑料竞争。随着分子生物学的发展 , 人们逐渐将视线转向植物生物反应器。转基因植物能够利用二氧化碳为碳源、太阳能为能源合成目的产物 , 大大降低生产成本 , 为生产具有市场 竞争力的新型生物可降解塑料提供可行途径。在此领域虽然己取得一定进展 , 但远未达到商业化生产水平。大规模商业化生产要求转基因植物能够在确保环 境安全性的前提下高效、稳定地生产 PHB 。本文尝试改善植物中 PHB 的生产体系 ,为环保型塑料早日进入市场作出努力。 1. 由于表达框架中多次使用同一启动子会导致基因沉默 , 本文克隆了另一 种子特异性启动子 nap300, 以替换重复使用的7S启动子,减轻“共抑制”。将 nap300 与 GUS 基因相连进行功能鉴定。荧光检测和组织化学染色的结果都证明此仅 30Obp 的 DNA 序列足以调控基因进行种子特异性表达。尽管 B 盒作为 高度保守区在种子特异性表达中起重要作用 , 位于此处的两个碱基替代型突变 并未使 nap300 的活性明显降低 , 对启动子的时空表达模式也无明显影响。将 nap300 、 7S 分别与 phbA 基因 ( 编码 3-酮硫裂解酶) 相连 , 在相似表达环境中 对二者功能进行比较 , 发现两个启动子表达模式基本相同并在同一时期达到活 性高峰 , 因此 nap300 可用于改善 PHB 合成基因在植物体内的表达调控。通过 对种子特异性启动子的比较可加深对其表达模式的了解 , 为植物基因工程中的 精细调控提供依据。 2. 叶绿体基因工程是随着植物遗传转化技术发展刚刚兴起的生物技术 , 具 有超量表达外源基因 , 为原核基因提供适宜表达环境 , 消除 “位置效应”和基因沉默 , 环境安全性好等优点 , 较更适合用于植物生物反应器方面的研究。本研究在国内率先探讨将叶绿体转化技术引入植物生产生物可降解塑料这一领域 的可行性 ( 国外仅有日本一例 ), 构建了叶绿体转化及表达载体 pTRV-PHB, 通过基因枪法将 PHB 合成相关基因导入烟草叶绿体基因组。转基因烟草顺利达到同质化,其形态和生长发育均无异常。 Northern 点杂交检测表明与 PHB 合成相关的三个基因均能在转录水平表达 , 未出现核转化中经常发生的“基因沉默”现象。通过 RT-PCR 进一步检测表明叶绿体型转基因烟草中目的基因的表达水平明显比核转化植株中相应基因的表达水平高。气相色谱分析确证转基因植株具有合成 PHB 的能力。这些都表明叶绿体转化适合用于转基因植物生产 PHB的研究。虽然叶绿体型转基因烟草中产物含量偏低 , 并未达到预期结果 , 但经进一步改进与完善 , 终将会成功地用于生产高附加值产品的植物基因工程中。 3. 为初步探讨叶绿体转化中在同源重组反应介导下整合外源基因的机理 , 从油菜叶绿体基因组中分离两段序列作为同源片段 , 基因枪法转化烟草 , 结果显示即使供体所含同源片段与受体叶绿体基因组相应区域差异高达 10%, 转化效率也无降低。这一现象的发现有助于促进“通用载体” 的改进 , 扩展叶绿体转化受体范围乃至达到商业化应用水平。 4. 成功地通过二次转化获得整合并表达多基因的转基因烟草 , 缩短了研究周期 , 对相关转基因植物的研究有一定参考价值。本文还优化了油菜转化体系 , 使转基因油菜同时整合三个 PHB 合成相关基因的效率由 7.69% 增加至 16.0% 。 田间试验与产物分析正在进行中。