Analysis of viral and cellular parameters which affect the fusion process of influenza viruses

In the present investigation we studied the fusogenic process developed by influenza A, B and C viruses on cell surfaces and different factors associated with virus and cell membrane structures. The biological activity of purified virus strains was evaluated in hemagglutination, sialidase and fusion assays. Hemolysis by influenza A, B and C viruses ranging from 77.4 to 97.2%, from 20.0 to 65.0%, from 0.2 to 93.7% and from 9.0 to 76.1% was observed when human, chicken, rabbit and monkey erythrocytes, respectively, were tested at pH 5.5. At this pH, low hemolysis indexes for influenza A, B and C viruses were observed if horse erythrocytes were used as target cells for the fusion process, which could be explained by an inefficient receptor binding activity of influenza on N-glycolyl sialic acids. Differences in hemagglutinin receptor binding activity due to its specificity to N-acetyl or N-glycolyl cell surface oligosaccharides, density of these cellular receptors and level of negative charges on the cell surface may possibly explain these results, showing influence on the sialidase activity and the fusogenic process. Comparative analysis showed a lack of dependence between the sialidase and fusion activities developed by influenza B viruses. Influenza A viruses at low sialidase titers (<2) also exhibited clearly low hemolysis at pH 5.5 (15.8%), while influenza B viruses with similarly low sialidase titers showed highly variable hemolysis indexes (0.2 to 78.0%). These results support the idea that different virus and cell-associated factors such as those presented above have a significant effect on the multifactorial fusion process

Energianmuuntimen valmistettavuuden kehittäminen

Diplomityön tavoitteena oli selvittää energianmuuntimen kaupallistamiseksi kannattavin valmistuskonsepti. Työssä esitettiin energianmuuntimelle kaksi mahdollista valmistuskonseptia; hitsattu rakenne ja tuotteen rungon valaminen. Tuotteen uuden rakenteen suunnittelu suoritettiin DFMA -projektin etenemisjärjestyksen mukaisesti. Uuden rakenteen suunnittelun tuloksena DFMA -projektille asetetut tavoitteet saavutettiin. Työssä valittiin rungon valamiseen soveltuvat valumenetelmät, joita ovat hiekkavalu, Lost Foam ja Replicast CS. Kappaleen valettavuudelle suoritettiin analyysi, jonka perusteella ennen diplomityön aloittamista suunniteltu valurunko ei ole valmistettavissa työssä esitettynä konstruktiona. Johtopäätöksenä rungon valamisesta todettiin, että valurunko on suunniteltava uudestaan huomioimalla diplomityössä esitetyt toimenpiteet valmistettavuuden parantamiseksi. Mikäli tuotekehitysprosessia ei jatketa valurungon sunnittelun osalta, valitaan hitsattu rakenne energianmuuntimen valmistuskonseptiksi.

Further analysis of open-respirometry systems: an a-compartmental mechanistic approach

A system is said to be "instantaneous" when for a given constant input an equilibrium output is obtained after a while. In the meantime, the output is changing from its initial value towards the equilibrium one. This is the transient period of the system and transients are important features of open-respirometry systems. During transients, one cannot compute the input amplitude directly from the output. The existing models (e.g., first or second order dynamics) cannot account for many of the features observed in real open-respirometry systems, such as time lag. Also, these models do not explain what should be expected when a system is speeded up or slowed down. The purpose of the present study was to develop a mechanistic approach to the dynamics of open-respirometry systems, employing basic thermodynamic concepts. It is demonstrated that all the main relevant features of the output dynamics are due to and can be adequately explained by a distribution of apparent velocities within the set of molecules travelling along the system. The importance of the rate at which the molecules leave the sensor is explored for the first time. The study approaches the difference in calibrating a system with a continuous input and with a "unit impulse": the former truly reveals the dynamics of the system while the latter represents the first derivative (in time) of the former and, thus, cannot adequately be employed in the apparent time-constant determination. Also, we demonstrate why the apparent order of the output changes with volume or flow.

Reporting on methods of subgroup analysis in clinical trials: a survey of four scientific journals

Results of subgroup analysis (SA) reported in randomized clinical trials (RCT) cannot be adequately interpreted without information about the methods used in the study design and the data analysis. Our aim was to show how often inaccurate or incomplete reports occur. First, we selected eight methodological aspects of SA on the basis of their importance to a reader in determining the confidence that should be placed in the author's conclusions regarding such analysis. Then, we reviewed the current practice of reporting these methodological aspects of SA in clinical trials in four leading journals, i.e., the New England Journal of Medicine, the Journal of the American Medical Association, the Lancet, and the American Journal of Public Health. Eight consecutive reports from each journal published after July 1, 1998 were included. Of the 32 trials surveyed, 17 (53%) had at least one SA. Overall, the proportion of RCT reporting a particular methodological aspect ranged from 23 to 94%. Information on whether the SA preceded/followed the analysis was reported in only 7 (41%) of the studies. Of the total possible number of items to be reported, NEJM, JAMA, Lancet and AJPH clearly mentioned 59, 67, 58 and 72%, respectively. We conclude that current reporting of SA in RCT is incomplete and inaccurate. The results of such SA may have harmful effects on treatment recommendations if accepted without judicious scrutiny. We recommend that editors improve the reporting of SA in RCT by giving authors a list of the important items to be reported.

What can digital transcript profiling reveal about human cancers?

Important biological and clinical features of malignancy are reflected in its transcript pattern. Recent advances in gene expression technology and informatics have provided a powerful new means to obtain and interpret these expression patterns. A comprehensive approach to expression profiling is serial analysis of gene expression (SAGE), which provides digital information on transcript levels. SAGE works by counting transcripts and storing these digital values electronically, providing absolute gene expression levels that make historical comparisons possible. SAGE produces a comprehensive profile of gene expression and can be used to search for candidate tumor markers or antigens in a limited number of samples. The Cancer Genome Anatomy Project has created a SAGE database of human gene expression levels for many different tumors and normal reference tissues and provides online tools for viewing, comparing, and downloading expression profiles. Digital expression profiling using SAGE and informatics have been useful for identifying genes that have a role in tumor invasion and other aspects of tumor progression.

Profitability differences between online and offline retailers -An empirical study on European SMEs

Tämän pro gradu tutkielman tarkoituksena oli selvittää jos ja miten kannattavuus eroaa verkko- ja kivijalkakauppojen välillä. Lisäksi pyrittiin selvittämään onko näiden erojen syitä mahdollista selvittää yritysten taloudellisten tunnuslukujen avulla. Tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja kvantitatiivisesta tutkimuksesta. Kirjallisuuskatsaus antaa yleiskuvan siitä miten verkkokaupan toiminta eroaa kivijalkaliikkeen toiminnasta ja mitkä ovat näistä eroista koituvat hyödyt ja yleisimmät sudenkuopat. Kvantitatiivisessa tutkimuksessa käytetään Amadeus tietokannasta kerättyjä taloudellisia tietoja Eurooppalaisista verkko- ja kivijalkakaupoista. Tutkimuksessa löydettiin tilastollisesti merkitseviä eroja verkko- ja kivijalkakauppojen kannattavuudessa. Verkkokauppojen todettiin olevan kivijalkakauppoja kannattavampia, mutta taloudellisten tunnuslukujen tilastollisella analysoinnilla ei kyetty löytämään yksittäisiä selittäviä tekijöitä näille eroille.

An analysis of the electrocardiogram QT interval

No reports testing the efficacy of the use of the QT/RR ratio <1/2 for detecting a normal QTc interval were found in the literature. The objective of the present study was to determine if a QT/RR ratio <=1/2 can be considered to be equal to the normal QTc and to compare the QT and QTc measured and calculated clinically and by a computerized electrocardiograph. Ratios (140 QT/RR) of 28 successive electrocardiograms obtained from 28 consecutive patients in a tertiary level teaching hospital were analyzed clinically by 5 independent observers and by a computerized electrocardiograph. The QT/RR ratio provided 56% sensitivity and 78% specificity, with an area under the receiver operator characteristic curve of 75.8% (95%CI: 0.68 to 0.84). The divergence in QT and QTc interval measurements between clinical and computerized evaluation were 0.01 ± 0.03 s (95%CI: 0.04-0.02) and 0.01 ± 0.04 s (95%CI: -0.05-0.03), respectively. The QT and QTc values measured clinically and by a computerized electrocardiograph were similar. The QT/RR ratio <=1/2 was not a satisfactory index for QTc evaluation because it could not predict a normal QTc value.

Naisjohtajat – miksi heitä ei ole ja mitä siitä? - miesjohtajien ja ei-johtavassa asemassa olevien naisten näkemyksiä case-yritys x:ssä

Joidenkin tutkimusten mukaan naisten vähäinen määrä johdossa voi olla uhka organisaatiolle. Lasikattoilmiöllä tarkoitetaan naisten urakehityksen katkeamista tietylle tasolle ylimmän johdon alapuolelle ikään kuin naisten ja tuon ylimmän tason välissä olisi lasinen, näkymätön katto, sukupuolistereotypioiden muodostama este. Yksi yleinen lasikaton selitysten kolmijako on henkilökohtaiset, organisatoriset ja yhteiskunnalliset tekijät. (Lämsä & Hautala 2004, 252). Hoyt (2007, 270-278) tekee kolmijaon seuraavasti: inhimillinen pääoma, sukupuolierot ja ennakkoluulot. Yritys X:n keskijohdossa työskentelee yksi nainen, ylimmässä johdossa ei yhtäkään. Tutkimuksessa halu-taan selvittää miesjohtajien ja ei-johtavassa asemassa olevien naisten käsitystä siitä, onko yritys x:ssä lasi-kattoa, miksi naisjohtajia on niin vähän ja "mitä siitä" ts. onko mitään ongelmaa olemassakaan. Tässä tutkimuksessa pohditaan diskurssianalyysin keinoin, miten yritys X:ssä puhutaan naisjohtajuusaiheesta, millai-seksi sukupuolen merkitys työelämässä määritellään ja mitä ajatellaan naisten kykenevyydestä johtajiksi. Naturalisoiva diskurssi oli vahva niin miesjohtajien ja ei-johtavassa asemassa olevien naisten puheessa. Sen lisäksi hahmotellaan familistista, empiiristä, humanistista ja historiallista diskurssia naisjohtajuuspuheesta. Diskurssien yhteenkietominen hegemonisoimisstrategiana kuvaa tapaa, jolla palasia muista diskursseista käytetään tukemaan tiettyä toista diskurssia (Jokinen et al. 1993c, 95) Miesjohtajien puheessa naisten keskeiset, ominaisuudet - liiallinen tarkkuus ja huolellisuus yhdistettynä epävarmuuteen - ovat ongelmallisia johtajanuran kannalta. Jos näistä johtajuuden kannalta negatiivisista ominaisuuksista ei jostain syystä kuitenkaan muodostuisi uralla etenemisen estettä, äitiys ja perheellisyys "luonnollisesti" tekee tämän. Aiheet myös kietoutuvat yhteen: äitiys ja vastuu perheestä lisäävät naisten huolellisuutta, tarkkuutta ja epävarmuutta entisestään. Lisäksi äitiyslomat ja työhön käytettävissä oleva aika ja puut-tuva halu käyttää elämästä iso osa uranluomiseen ovat johtajaksi etenemisen esteitä. Miesjohtajien mukaan tämä on jossain määrin ongelma, kun heterogeenisyyttä johtamiseen kuitenkin tarvittaisiin, mutta loppujen lopuksi kuitenkin melko epäkiinnostava ja pieni ongelma; ongelma ei miesten mielestä johdu miesten tai yhteiskunnallisista asenteista, vaan naisista itsestään ja he tarvitsevat uralla edetäkseen tukea, rohkaisua ja henkilöstöpankkeja, joita miesjohtajat voivat tuottaa. Johtaminen ylipäänsä ei ole miesjohtajien mielestä hirveän kiinnostavaa. Jos naiset (kaikesta edellä sanotusta huolimatta) etenevät yritysten johtoon, eivät he tule siellä toimeen keskenään. Kaiken kaikkiaan koko naisjohtajuusaihe ei ole kovin kiinnostava ja naisjohtajuuden vähäisyyden (mahdollisen) ongelman ratkaisee aika uuden, tasa-arvoisemman sukupolven myötä. Naishaastateltujen näkökulmasta sen sijaan naisilla on pyrkyä johtotehtäviin - joskaan ei samassa määrin kuin miehillä. Naishaastateltujen mukaan miehet suosivat toisiaan työelämässä ja naiset kohtaavat asenteita, joita vastaan joutuvat taistelemaan ja tästä syystä johtajien joukossa on niin vähän naisia. Historialliset tekijät pitävät asenteita yllä. Perheellisyys on naisille suurempi uraeste kuin miehille, "luonnollisesti". Naishaastateltujen mielestä naisten vähäisyys johdossa on merkittävä ongelma, koska naisilla on erityislaatuisia ominaisuuksia, joista olisi hyötyä tehtävässä. Naishaastateltujen puheessa miesten ominaisuuksia vastaavasti vähäteltiin. Naisjohtajien vähäisyyden ongelmalle ei naishaastateltujen mielestä kuitenkaan ole tehtävissä paljonkaan: miesten ja yhteiskunnan asenteiden pitäisi muuttua, mutta keinoja tähän ei esitetä, sen sijaan naisten itsensä pitäisi vain "yrittää vielä kovemmin".

What about Th1/Th2 in cutaneous leishmaniasis vaccine discovery?

The T helper cell type 1 (Th1) response is essential to resist leishmaniasis, whereas the Th2 response favors the disease. However, many leishmanial antigens, which stimulate a Th1 immune response during the disease or even after the disease is cured, have been shown to have no protective action. Paradoxically, antigens associated with an early Th2 response have been found to be highly protective if the Th1 response to them is generated before infection. Therefore, finding disease-associated Th2 antigens and inducing a Th1 immune response to them using defined vaccination protocols is an interesting unorthodox alternative approach to the discovery of a leishmania vaccine.

Suomen mahdollisuudet vaikuttaa Euroopan unionin lainsäädäntömenettelyyn

Väitöstutkimuksen kohteena on säädösten valmistelu ja niitä koskevaa päätöksenteko Euroopan unionissa erityisesti siitä näkökulmasta, miten Suomen kaltainen pieni jäsenvaltio voi vaikuttaa EU-säädöksiin. Väitöskirjassa analysoidaan unionin toimielinten välillä vallitsevaa dynamiikkaa ja Suomen asemaa erityisesti EUT-sopimuksen 289 artiklan 1 kohdan ja 294 artiklan mukaisessa tavallisessa lainsäätämisjärjestyksessä. Lissabonin sopimuksen voimaantulon jälkeen tavallinen lainsäätämisjärjestys, joka aiemmin tunnettiin yhteispäätösmenettelynä, on selvästi yleisin lainsäädäntömenettely unionissa. Väitöskirja koostuu kuudesta erillisjulkaistusta pääosin vertaisarvioidusta artikkelista ja niitä täydentävästä ja kokoavasta yhteenveto-osasta. Kirjan tämä painos sisältää vain yhteenvetoluvun, ei erikseen julkaistuja artikkeleita. Väitöskirjassa hyödynnetään eurooppaoikeuden ja politiikan tutkimuksen kirjallisuutta. Metodologisesti väitöstutkimus edustaa empiiristä oikeustutkimusta, jossa yhdistyy lainopillinen analyysi ja empiiristen, tässä tapauksessa lähinnä laadullisten aineistojen analyysi. Yhteenvedossa on seurattu lainsäädäntömuutoksia ja oikeuskäytäntöä 10. huhtikuuta 2015 asti. Väitöskirjatutkimuksen kantavana teemana on oikeuden ja politiikan suhde EUlainsäätämisessä. Artikkeleita ja yhteenvetoa sitovat yhteen kaksi yleisen tason argumenttia. Ensiksi, EU:n lainsäädäntömenettelyä koskevat oikeussäännöt ja institutionalisoituneet käytännöt luovat kehikon toimielinten sisäiselle päätöksenteolle sekä niiden välisille poliittisluonteisille neuvotteluille, vaikkakaan sääntöihin ja käytäntöihin ei yleensä ole tarvetta nimenomaisesti vedota menettelyn kuluessa. Toiseksi, koska Suomen kaltaisen pienen jäsenvaltion muodollinen valta – siis äänimäärä neuvostossa – on hyvin rajallinen, suomalaisten ministerien ja virkamiesten tulisi hyödyntää erilaisia epävirallisia vaikuttamiskanavia, jos halutaan vahvistaa Suomen tosiasiallista vaikutusvaltaa menettelyssä. Unionin lainsäädäntötoiminta ei tyypillisesti ole rationaalisen mallin mukaan etenevää päätöksentekoa, vaan tempoilevaa ja vaikeasti ennakoitavaa kamppailua eri preferenssejä edustavien toimijoiden välillä. Väitöskirjan ensimmäisessä artikkelissa analysoidaan säädösvalmistelua ja lainsäätämismenettelyä unionissa vaihe vaiheelta. Johtopäätöksenä todetaan, että unioniin on syntynyt yhteispäätösmenettelyn, sittemmin tavallisen lainsäätämisjärjestyksen myötä uudenlainen lainsäätämiskulttuuri, jolle on leimallista tiiviit yhteydet komission, Euroopan parlamentin ja neuvoston välillä. Toimielimet ottavat nykyisin joustavasti huomioon toistensa kantoja menettelyn edetessä, mikä mahdollistaa sen, että valtaosa EU-säädöksistä voidaan hyväksyä jo ensimmäisessä käsittelyssä. Toisessa tutkimusartikkelissa analysoidaan komission asemaa unionin toimielinrakenteessa. Artikkelissa tarkastellaan komission aloiteoikeutta sekä komission puheenjohtajan ja sen jäsenten valintamenettelyjä siitä näkökulmasta, edistääkö komissio todella unionin yleistä etua itsenäisenä ja riippumattomana, kuten EU-sopimuksen 17 artiklassa edellytetään. Tiettyjen järjestelyjen myötä Euroopan parlamentin ja komission suhde on kehittynyt siihen suuntaan, että komissio toimii jossain määrin parlamentille vastuunalaisena hallituksena. Artikkelissa kritisoidaan, että kehitys ei välttämättä lähennä kansalaisia unionin toimielimiin ja että kehitys omiaan vaarantamaan komission aseman verrattain riippumattomana välittäjänä trilogeissa. Kolmas artikkeli sisältää tapaustutkimuksen kuluttajille myönnettäviä luottoja sääntelevän direktiivin (2008/48/EY) valmisteluvaiheista. Tapaustutkimus konkretisoi Suomen hallituksen edustajien tekemän EU-vaikuttamisen keinoja, vahvuuksia ja kehittämiskohteita. Artikkelissa todetaan, että Suomelle aivan keskeinen vaikuttamisresurssi ovat sellaiset virkamiehet, jotka hallitsevat niin käsiteltävän säädöshankkeen sisältökysymykset kuin unionin päätöksentekomenettelyt ja toimielinten institutionalisoituneet käytännöt. Artikkelissa tehdyt empiiriset havainnot jäsenvaltioiden välillä käydyistä neuvotteluista tukevat konstruktiivisen mallin perusoletuksia. Neljännessä artikkelissa, joka on laadittu yhteistyönä professori Tapio Raunion kanssa, analysoidaan unioniasioiden kansallista valmistelua ja tarkemmin ottaen sitä, miten Suomen neuvottelukannat muotoutuvat valtioneuvoston yhteensovittamisjärjestelmän ylimmällä tasolla EU-ministerivaliokunnassa. Artikkelissa todetaan laajan pöytäkirja-aineiston ja sitä täydentävän haastatteluaineiston pohjalta, että EUministerivaliokunnan asialistan laadinta on delegoitu kokonaisuudessaan asiantuntijavirkamiehille. Lisäksi asialistan muotoutumiseen vaikuttaa luonnollisesti unionin toimielinten, erityisesti Eurooppa-neuvoston agenda. Toisaalta, EU-ministerivaliokunnan kokouksissa ministerit yksin tekevät päätöksiä ja linjaavat Suomen EU-politiikkaa. Viidennessä artikkelissa selvitetään, miten olisi toimittava, jos pyritään siihen, että uusi tai muutettu EU-säädös vastaisi mahdollisimman pitkälti Suomen kansallisesti määriteltyä neuvottelukantaa. Tehokkainta on vaikuttaa aloiteoikeutta lainsäädäntömenettelyssä käyttävään komissioon, tarvittaessa myös virkahierarkian ylimmillä tasoilla, sekä tehdä yhteistyötä muiden jäsenvaltioiden kanssa, erityisesti puheenjohtajavaltion, tulevien puheenjohtajavaltioiden ja suurten jäsenvaltioiden kanssa. Mikäli käsittelyssä oleva EU-säädöshanke arvioidaan kansallisesti erityisen tärkeiksi tai ongelmalliseksi, tulisi vaikuttamistoimia laajentaa kattamaan myös Euroopan parlamentin avainhenkilöitä. Kuudennessa artikkelissa analysoidaan suomalaisen kansalaisyhteiskunnan ja etujärjestöjen vaikutusmahdollisuuksia EU-asioiden valmistelussa. Johtopäätöksenä todetaan, että muodollinen yhteensovittaminen EU-valmistelujaostojen laajan kokoonpanon kokouksissa ei ole sidosryhmille ensisijainen eikä tehokkain vaikuttamisen keino. Sen sijaan korostuvat epäviralliset yhteydet toimivaltaisen ministeriön vastuuvirkamieheen kotimaassa ja vaikuttaminen eurooppalaisen kattojärjestön välityksellä. Väitöskirjan yhteenveto-osassa on eritelty, missä EU:n säädösvalmistelun ja lainsäätämismenettelyn vaiheissa Suomen kaltaisella pienellä jäsenvaltiolla on parhaat edellytykset vaikuttaa valmisteltavana olevaan säädökseen. Parhaat vaikutusmahdollisuudet ovat aivan EU-säädöksen elinkaaren alkuvaiheessa, kun komissio on vasta käynnistämässä uutta säädösvalmistelua. Väitöstutkimuksessa todetaan, että varhaista kannanmuodostusta ja sen mahdollistamaa ennakkovaikuttamista on Suomessa kyetty kehittämään etenkin niissä poliittisesti, taloudellisesti tai oikeudellisesti tärkeissä hankkeissa, joissa hallituksen kannanmuodostus tapahtuu EU-ministerivaliokunnassa. Muissa unionin säädöshankkeissa ennakollisen vaikuttamisen intensiteetti näyttäisi vaihtelevan, riippuen muun muassa toimivaltaisen ministeriön keskijohdon ja ylimmän johdon sitoutumisesta. Toinen Suomelle otollinen vaikuttamisen ajankohta on silloin, kun komission antamaa ehdotusta käsitellään asiantuntijavirkamiesten kesken neuvoston työryhmässä. Tehokas vaikuttaminen edellyttää, että Suomea neuvotteluissa edustavat henkilöt kokoavat ”samanmielisistä” jäsenvaltioista kaksoisenemmistösäännön mukaisen voittavan koalition. Viimeinen vaikuttamisen ikkuna aukeaa silloin, kun Coreper-komiteassa laaditaan neuvoston puheenjohtajalle neuvottelumandaattia toimielinten välisiin trilogeihin tavallisen lainsäätämisjärjestyksen ensimmäisessä käsittelyssä. Tässä varsin myöhäisessä menettelyvaiheessa vaikuttaminen on pienen jäsenvaltion näkökulmasta jo selvästi vaikeampaa. Väitöskirja sijoittuu luontevasti osaksi valtiotieteellistä eurooppalaistumis-kirjallisuutta siltä osin, kuin siinä on tutkittu EU-jäsenyyden vaikutuksia kotimaisiin hallinnon rakenteisiin ja politiikan asialistaan. Kuten tunnettua, Suomen EU-politiikka rakentuu eduskunnalle vastuullisen valtioneuvoston varaan. Väitöskirjassa ei kuitenkaan ole otettu erityiseen tarkasteluun perustuslakiin sidottua eduskunnan ja hallituksen yhteistoimintaa EU-asioissa. Sen sijaan on tutkittu unioniasioiden valmistelua ja yhteensovittamista valtioneuvoston sisällä. Kun EU-asioiden yhteensovittamisjärjestelmää luotiin, pidettiin tärkeänä, että jokaisessa säädöshankkeessa ja politiikkahankkeessa kyetään muodostamaan kansallisesti yksi ja yhtenäinen neuvottelupositio. Yhtenäisen kansallisen linjan ajamisen katsottiin parantavan Suomen asemaa unionin päätöksenteossa. Väitöskirjassa todetaan johtopäätöksenä, että EU-asioiden kansallinen valmistelujärjestelmä toteuttaa sille asetetut tavoitteet käytännössä varsin hyvin. Merkittävin kehittämiskohde liittyy kansallisen EU-valmistelun reaktiivisuuteen. Jos Suomi haluaa vaikuttaa yhä vahvemmin EU-lainsäätämiseen, Suomelle tärkeät hankkeet pitäisi tunnistaa jo varhaisessa vaiheessa ja priorisoida selkeästi niiden hoitamista ministeriöissä.

Texture analysis of computed tomography images of acute ischemic stroke patients

Computed tomography (CT) images are routinely used to assess ischemic brain stroke in the acute phase. They can provide important clues about whether to treat the patient by thrombolysis with tissue plasminogen activator. However, in the acute phase, the lesions may be difficult to detect in the images using standard visual analysis. The objective of the present study was to determine if texture analysis techniques applied to CT images of stroke patients could differentiate between normal tissue and affected areas that usually go unperceived under visual analysis. We performed a pilot study in which texture analysis, based on the gray level co-occurrence matrix, was applied to the CT brain images of 5 patients and of 5 control subjects and the results were compared by discriminant analysis. Thirteen regions of interest, regarding areas that may be potentially affected by ischemic stroke, were selected for calculation of texture parameters. All regions of interest for all subjects were classified as lesional or non-lesional tissue by an expert neuroradiologist. Visual assessment of the discriminant analysis graphs showed differences in the values of texture parameters between patients and controls, and also between texture parameters for lesional and non-lesional tissue of the patients. This suggests that texture analysis can indeed be a useful tool to help neurologists in the early assessment of ischemic stroke and quantification of the extent of the affected areas.

Long-term social recognition memory in adult male rats: factor analysis of the social and non-social behaviors

A modified version of the intruder-resident paradigm was used to investigate if social recognition memory lasts at least 24 h. One hundred and forty-six adult male Wistar rats were used. Independent groups of rats were exposed to an intruder for 0.083, 0.5, 2, 24, or 168 h and tested 24 h after the first encounter with the familiar or a different conspecific. Factor analysis was employed to identify associations between behaviors and treatments. Resident rats exhibited a 24-h social recognition memory, as indicated by a 3- to 5-fold decrease in social behaviors in the second encounter with the same conspecific compared to those observed for a different conspecific, when the duration of the first encounter was 2 h or longer. It was possible to distinguish between two different categories of social behaviors and their expression depended on the duration of the first encounter. Sniffing the anogenital area (49.9% of the social behaviors), sniffing the body (17.9%), sniffing the head (3%), and following the conspecific (3.1%), exhibited mostly by resident rats, characterized social investigation and revealed long-term social recognition memory. However, dominance (23.8%) and mild aggression (2.3%), exhibited by both resident and intruders, characterized social agonistic behaviors and were not affected by memory. Differently, sniffing the environment (76.8% of the non-social behaviors) and rearing (14.3%), both exhibited mostly by adult intruder rats, characterized non-social behaviors. Together, these results show that social recognition memory in rats may last at least 24 h after a 2-h or longer exposure to the conspecific.

Issues in the Transatlantic Trade and Investment Partnership: A critical discourse analysis

Negotiating trade agreements is an important part of government trade policies, economic planning and part of the globally operating trading system of today. European Union and the United States have been active in the formation of trade agreements in global comparison. Now these two economic giants are engaged in negotiations to form their own trade agreement, the so called Transnational Trade and Investment Partnership (TTIP). The purpose of this thesis is to understand the reasons for making a trade agreement between two economic areas and understanding the issues it may include in the case of the TTIP. The TTIP has received a great deal of attention in the media. The opinions towards the partnership have been extreme, and the debate has been heated. The purpose of this study is to introduce the nature of the public discussion regarding the TTIP from Spring 2013 until 2014. The research problem is to find out what are the main issues in the agreement and what are the values influencing them. The study was conducted applying methods of critical discourse analysis to the chosen data. This includes gathering the issues from the data based on the attention each has received in the discussion. The underlying motives for raising different issues were analysed by investigating the authors’ position in the political, economic and social circuits. The perceived economic impacts of the TTIP are also under analysis with the same criteria. Some of the most respected economic newspapers globally were included in the research material as well as papers or reports published by the EU and global organisations. The analysis indicates a clear dichotomy of the attitudes towards the TTIP. Key problems include lack of transparency in the negotiations, the misunderstood investor-state dispute settlement, the constantly expanding regulatory issues and the risk of protectionism. The theory and data does suggest that the removal of tariffs is an effective tool for reaching economic gains in the TTIP and even more effective would be the reducing of non-tariff barriers, such as protectionism. Critics are worried over the rising influence of corporations over governments. The discourse analysis reveals that the supporters of the TTIP have values related to increasing welfare through economic growth. Critics do not deny the economic benefits but raise the question of inequality as a consequence. Overall they represent softer values such as sustainable development and democracy as a counter-attack to the corporate values of efficiency and the maximising of profits.

Analysis of Phase Separator Design Criteria Using Computational Fluid Dynamics

Gravitational phase separation is a common unit operation found in most large-scale chemical processes. The need for phase separation can arise e.g. from product purification or protection of downstream equipment. In gravitational phase separation, the phases separate without the application of an external force. This is achieved in vessels where the flow velocity is lowered substantially compared to pipe flow. If the velocity is low enough, the denser phase settles towards the bottom of the vessel while the lighter phase rises. To find optimal configurations for gravitational phase separator vessels, several different geometrical and internal design features were evaluated based on simulations using OpenFOAM computational fluid dynamics (CFD) software. The studied features included inlet distributors, vessel dimensions, demister configurations and gas phase outlet configurations. Simulations were conducted as single phase steady state calculations. For comparison, additional simulations were performed as dynamic single and two-phase calculations. The steady state single phase calculations provided indications on preferred configurations for most above mentioned features. The results of the dynamic simulations supported the utilization of the computationally faster steady state model as a practical engineering tool. However, the two-phase model provides more truthful results especially with flows where a single phase does not determine the flow characteristics.

Bayesian analysis of SEIR epidemic models

This thesis concerns the analysis of epidemic models. We adopt the Bayesian paradigm and develop suitable Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithms. This is done by considering an Ebola outbreak in the Democratic Republic of Congo, former Zaïre, 1995 as a case of SEIR epidemic models. We model the Ebola epidemic deterministically using ODEs and stochastically through SDEs to take into account a possible bias in each compartment. Since the model has unknown parameters, we use different methods to estimate them such as least squares, maximum likelihood and MCMC. The motivation behind choosing MCMC over other existing methods in this thesis is that it has the ability to tackle complicated nonlinear problems with large number of parameters. First, in a deterministic Ebola model, we compute the likelihood function by sum of square of residuals method and estimate parameters using the LSQ and MCMC methods. We sample parameters and then use them to calculate the basic reproduction number and to study the disease-free equilibrium. From the sampled chain from the posterior, we test the convergence diagnostic and confirm the viability of the model. The results show that the Ebola model fits the observed onset data with high precision, and all the unknown model parameters are well identified. Second, we convert the ODE model into a SDE Ebola model. We compute the likelihood function using extended Kalman filter (EKF) and estimate parameters again. The motivation of using the SDE formulation here is to consider the impact of modelling errors. Moreover, the EKF approach allows us to formulate a filtered likelihood for the parameters of such a stochastic model. We use the MCMC procedure to attain the posterior distributions of the parameters of the SDE Ebola model drift and diffusion parts. In this thesis, we analyse two cases: (1) the model error covariance matrix of the dynamic noise is close to zero , i.e. only small stochasticity added into the model. The results are then similar to the ones got from deterministic Ebola model, even if methods of computing the likelihood function are different (2) the model error covariance matrix is different from zero, i.e. a considerable stochasticity is introduced into the Ebola model. This accounts for the situation where we would know that the model is not exact. As a results, we obtain parameter posteriors with larger variances. Consequently, the model predictions then show larger uncertainties, in accordance with the assumption of an incomplete model.