Protein oligomers studied by solid-state NMR the case of the full-length nucleoid-associated protein histone-like nucleoid structuring protein

Members of the histone-like nucleoid structuring protein (H-NS) family play roles both as architectural proteins and as modulators of gene expression in Gram-negative bacteria. The H-NS protein participates in modulatory processes that respond to environmental changes in osmolarity, pH, or temperature. H-NS oligomerization is essential for its activity. Structural models of different truncated forms are available. However, high-resolution structural details of full-length H-NS and its DNA-bound state have largely remained elusive. We report on progress in characterizing the biologically active H-NS oligomers with solid-state NMR. We compared uniformly ((13)C,(15)N)-labeled ssNMR preparations of the isolated N-terminal region (H-NS 1-47) and full-length H-NS (H-NS 1-137). In both cases, we obtained ssNMR spectra of good quality and characteristic of well-folded proteins. Analysis of the results of 2D and 3D (13)C-(13)C and (15)N-(13)C correlation experiments conducted at high magnetic field led to assignments of residues located in different topological regions of the free full-length H-NS. These findings confirm that the structure of the N-terminal dimerization domain is conserved in the oligomeric full-length protein. Small changes in the dimerization interface suggested by localized chemical shift variations between solution and solid-state spectra may be relevant for DNA recoginition.

Homonymous Ganglion Cell Layer Thinning After Isolated Occipital Lesion: Macular OCT Demonstrates Transsynaptic Retrograde Retinal Degeneration.

A 48-year-old man was examined 24 months after medial and surgical treatment of an isolated well-circumscribed right occipital lobe abscess. An asymptomatic residual left homonymous inferior scotoma was present. Fundus examination revealed temporal pallor of both optic discs, and optical coherence tomography (OCT) revealed mild temporal loss of retinal nerve fiber layer in both eyes. No relative afferent pupillary defect was present. Assessment of the retinal ganglion cell layer demonstrated homonymous thinning in a pattern corresponding to the homonymous visual field loss. There were no abnormalities of the lateral geniculate nuclei or optic tracts on review of the initial brain computed tomography and follow-up magnetic resonance imaging. We believe our patient showed evidence of transsynaptic retrograde degeneration after an isolated right occipital lobe lesion, and the homonymous neuronal loss was detected on OCT by assessing the retinal ganglion cell layer.

Sterolin valmistus selluprosessin yhteydessä

Työssä tutkittiin UPM-Kymmene Oyj Kaukaan kemiallisella tehtaalla käytössä olevia steroliprosesseja. Steroleita erotetaan sulfaattiselluloosan keitossa syntyvasta suovasta uutetusta neutraaliainejakeesta. Neutraaliaine sisältää β-sitosterolia, α-sitosterolia ja kampesterolia yhteensä noin 20 p-%. Primal-laadun valmistus perustuu neste-nesteuuttoon sekä kiteytykseen ja Ultra-laadun kaksivaiheiseen suorakiteytykseen. Työn kirjallisessa osassa perehdytään sterolien kemiaan sekä neste-nesteuuttoon ja kiteytykseen erotus- ja puhdistusmenetelminä. Laboratoriokokeissa tutkittiin kolmen eri alkoholin ja kahden eri hiilivetyliuottimen soveltuvuutta Primal-sitosterolin uuttoon ja kiteytykseen. Lisaksi tutkittiin liuotinseoksen vesipitoisuuden vaikutusta. Tavoitteena oli löytää uuttoliuottimien koostumus, jolla uuton sterolisaanto ja sterolikiteiden puhtaus olisivat mahdollisimman korkeat. Havaittiin, että uuton sterolisaanto voitiin maksimoida pitämällä uuttoalkoholin vesipitoisuus niin alhaisena, että faasit juuri ja juuri erottuvat toisistaan. Laboratoriokokeissa saatujen tulosten perusteella tehtiin tehdasmittakaavan koeajo Primal-sitosterolin valmistuslaitteistolla UPM-Kymmene Oyj Kaukaan kemiallisella tehtaalla. Talloin uutossa saavutettiin noin 50 %:n sterolisaanto. Ultra-sitosterolin laboratoriomittakaavaisissa kiteytyskokeissa vertailtiin neljän eri alkoholin ja kahden muun orgaanisen liuottimen soveltuvuutta kiteytysliuoksen komponenteiksi. Lisaksi tutkittiin vesipitoisuuden liuotinseoksen vaikutusta. Tarkoituksena oli löytää se liuotinkoostumus, jolla sterolikiteiden saanto ja puhtaus olisivat mahdollisimman korkeat. Sopivalla kiteytysliuoksen koostumuksella saavutettiin melko hyvä sterolisaanto ja lähes 98 %:n puhtaus.

Gas exchange, phisiological indexes and ionic accumulation in Annona emarginata (Schltdl.) H. Rainer seedlings in nutrients solution

"Araticum-de-terra-fria" (Annona emarginata (Schltdl.) H. Rainer) has been consider a good alternative in rootstock production for the main commercial Annonaceae species. Although this species develops in different soil and climate conditions, there is no understanding by the physiological responses of this species at different nutritional levels. Thus, the objective of this study was to evaluate the influence of different ionic strengths on development of vegetative species known as "Araticum-de-terra-fria". It was evaluated in seedlings grown in different ionic strengths (25% I, 50% I, 75% I and 100% I) of the complete nutrient solution Hoagland and Arnon (1950) nº 2, for 140 days, the following characteristics: Gas Exchange (CO2 assimilation rate, stomatal conductance, internal CO2 concentration, transpiration rate, water use efficiency, Rubisco carboxylation efficiency); Vegetative growth characteristics (diameter, leaf number, dry matter); Physiological Indexes (leaf area ratio, specific leaf area, relative growth rate, net assimilation rate, leaf weight ratio) and Ionic Accumulation (nutrients leaf analysis). Seedlings grown under 50% I showed the highest values of Leaf CO2 assimilation rate, water use efficiency, carboxylation efficiency, growth, relative growth rate, net assimilation rate and ionic accumulation in the total dry matter. So it is concluded that "Araticum-de-terra-fria" seedlings grown under intermediate nutrient concentrations of complete nutrient solution Hoagland and Arnon (1950) nº 2, explored more adequately their physiological potential that justify their adaptation in different nutritional conditions and allow reducing the amount of mineral nutrition of seedlings production.

Characterization of nutrient deficiency in Hancornia speciosa Gomes seedlings by omitting micronutrients from the nutrient solution

Hancornia speciosa Gomes (Mangaba tree) is a fruit tree belonging to the Apocynaceae family and is native to Brazil. The production of seedlings of this species is limited by a lack of technical and nutritional expertise. To address this deficiency, this study aimed to characterize the visual symptoms of micronutrient deficiency and to assess growth and leaf nutrient accumulation in H. speciosa seedlings supplied with nutrient solutions that lack individual micronutrients. H. speciosa plants were grown in nutrient solution in a greenhouse according to a randomized block design, with four replicates. The treatments consisted of a group receiving complete nutrient solution and groups treated with a nutrient solution lacking one of the following micronutrients: boron (B), copper (Cu), iron (Fe), manganese (Mn), zinc (Zn), and molybdenum (Mo). The visual symptoms of nutrient deficiency were generally easy to characterize. Dry matter production was affected by the omission of micronutrients, and the treatment lacking Fe most limited the stem length, stem diameter, root length, and number of leaves in H. speciosa seedlings as well as the dry weight of leaves, the total dry weight, and the relative growth in H. speciosa plants. The micronutrient contents of H. speciosa leaves from plants receiving the complete nutrient solution treatment were, in decreasing order, Fe>Mn>Cu>Zn>B.

Draft genome sequence of Aeromonas molluscorum strain 848TT, isolated from bivalve molluscs

We report here the draft genome sequence of Aeromonas molluscorum 848T, the type strain of this Aeromonas species, which was isolated from wedge shells (Donax trunculus) obtained from a retail market in Barcelona, Spain, in 1997.

Railway Wagon Market Analysis and New Multi-Purpose Wagon Solution for Freight Transports - Finnish Manufacturing Perspective

Rautateillä käytettävät tavaravaunut ovat vanhenemassa hyvin nopeasti; tämä koskee niin Venäjää, Suomea, Ruotsia kuin laajemminkin Eurooppaa. Venäjällä ja Euroopassa on käytössä runsaasti vaunuja, jotka ovat jo ylittäneet niille suositeltavan käyttöiän. Silti niitä käytetään kuljetuksissa, kun näitä korvaavia uusia vaunuja ei ole tarpeeksi saatavilla. Uusimmat vaunut ovat yleensä vaunuja vuokraavien yritysten tai uusien rautatieoperaattorien hankkimia - tämä koskee erityisesti Venäjää, jossa vaunuvuokraus on noussut erittäin suosituksi vaihtoehdoksi. Ennusteissa kerrotaan vaunupulan kasvavan ainakin vuoteen 2010 saakka. Jos rautateiden suosio rahtikuljetusmuotona kasvaa, niin voimistuva vaunukysyntä jatkuu huomattavan paljon pidemmän aikaa. Euroopan ja Venäjän vaunukannan tilanne näkyy myös sitä palvelevan konepajateollisuuden ongelmina - yleisesti ottaen alan eurooppalaiset yritykset ovat heikosti kannattavia ja niiden liikevaihto ei juuri kasva, venäläiset ja ukrainalaiset yritykset ovat olleet samassa tilanteessa, joskin aivan viime vuosina tilanne on osassa kääntynyt paremmaksi. Kun näiden maanosien yritysten liikevaihtoa, voittoa ja omistaja-arvoa verrataan yhdysvaltalaisiin kilpailijoihin, huomataan että jälkimmäisten suoriutuminen on huomattavan paljon parempaa, ja näillä yrityksillä on myös kyky maksaa osinkoja omistajilleen. Tutkimuksen tarkoituksena oli kehittää uuden tyyppinen kuljetusvaunu Suomen, Venäjän sekä mahdollisesti myös Kiinan väliseen liikenteeseen. Vaunutyypin tarkoituksena olisi kyetä toimimaan monikäyttöisenä, niin raaka-aineiden kuin konttienkin kuljetuksessa, tasapainottaen kuljetusmuotojen aiheuttamaa kuljetuspaino-ongelmaa. Kehitystyön pohjana käytimme yli 1000 venäläisen vaunutyypin tietokantaa, josta valitsimme Data Envelopment Analysis -menetelmällä soveliaimmat vaunut kontinkuljetukseen (lähemmin tarkastelimme n. 40 vaunutyyppiä), jättäen mahdollisimman vähän tyhjää tilaa junaan, mutta silti kyeten kantamaan valitun konttilastin. Kun kantokykyongelmia venäläisissä vaunuissa ei useinkaan ole, on vertailu tehtävissä tavarajunan pituuden ja kokonaispainon perusteella. Simuloituamme yhdistettyihin kuljetuksiin soveliasta vaunutyyppiä käytännössä löytyvässä kuljetusverkostossa (esim. raakapuuta Suomeen tai Kiinaan ja kontteja takaisin Venäjän suuntaan), huomasimme lyhemmän vaunupituuden sisältävän kustannusetua, erityisesti raakaainekuljetuksissa, mutta myös rajanylityspaikkojen mahdollisesti vähentyessä. Lyhempi vaunutyyppi on myös joustavampi erilaisten konttipituuksien suhteen (40 jalan kontin käyttö on yleistynyt viime vuosina). Työn lopuksi ehdotamme uuden vaunutyypin tuotantotavaksi verkostomaista lähestymistapaa, jossa osa vaunusta tehtäisiin Suomessa ja osa Venäjällä ja/tai Ukrainassa. Vaunutyypin tulisi olla rekisteröity Venäjälle, sillä silloin sitä voi käyttää Suomen ja Venäjän, kuten myös soveltuvin osin Venäjän ja Kiinan välisessä liikenteessä.

Significance of an isolated new right bundle branch block in a patient with chest pain.

Chest pain is a common presenting symptom in emergency departments, and a typical manifestation of acute myocardial infarction (AMI). Recognition of ECG changes in AMI is essential for timely diagnosis and treatment. Right bundle branch block (RBBB) may be an isolated sign of AMI, and was previously considered as a criterion for fibrinolytic therapy. Since the most recent European Society of Cardiology and American Heart Association guidelines in 2013, RBBB alone is no longer considered a diagnostic criterion of AMI, even if it occurs in the context of acute chest pain, as RBBB does not usually interfere with the interpretation of ST-segment alteration. Our case illustrates an acute septal myocardial infarction with an isolated RBBB, and thus the importance of recognising this pattern in order to permit timely diagnosis and treatment.

Occurrence and new mutations involved in rifampicin-resistant Propionibacterium acnes strains isolated from biofilm or device-related infections.

We described for the first time the amino acid substitutions conferring rifampicin resistance in eight Propionibacterium acnes strains isolated from patients with biofilm or device-related infections. We identified different mutations in cluster I and one mutation, never reported, in cluster II of the rpoB gene (I480V) associated with the most frequent one in cluster I (S442L). Half of the patients previously received treatment with rifampicin.