Multi-scale systems analysis of plant development : beyond cellular signaling and tissue morphodynamics

Les plantes sont essentielles pour les sociétés humaines. Notre alimentation quotidienne, les matériaux de constructions et les sources énergétiques dérivent de la biomasse végétale. En revanche, la compréhension des multiples aspects développementaux des plantes est encore peu exploitée et représente un sujet de recherche majeur pour la science. L'émergence des technologies à haut débit pour le séquençage de génome à grande échelle ou l'imagerie de haute résolution permet à présent de produire des quantités énormes d'information. L'analyse informatique est une façon d'intégrer ces données et de réduire la complexité apparente vers une échelle d'abstraction appropriée, dont la finalité est de fournir des perspectives de recherches ciblées. Ceci représente la raison première de cette thèse. En d'autres termes, nous appliquons des méthodes descriptives et prédictives combinées à des simulations numériques afin d'apporter des solutions originales à des problèmes relatifs à la morphogénèse à l'échelle de la cellule et de l'organe. Nous nous sommes fixés parmi les objectifs principaux de cette thèse d'élucider de quelle manière l'interaction croisée des phytohormones auxine et brassinosteroïdes (BRs) détermine la croissance de la cellule dans la racine du méristème apical d'Arabidopsis thaliana, l'organisme modèle de référence pour les études moléculaires en plantes. Pour reconstruire le réseau de signalement cellulaire, nous avons extrait de la littérature les informations pertinentes concernant les relations entre les protéines impliquées dans la transduction des signaux hormonaux. Le réseau a ensuite été modélisé en utilisant un formalisme logique et qualitatif pour pallier l'absence de données quantitatives. Tout d'abord, Les résultats ont permis de confirmer que l'auxine et les BRs agissent en synergie pour contrôler la croissance de la cellule, puis, d'expliquer des observations phénotypiques paradoxales et au final, de mettre à jour une interaction clef entre deux protéines dans la maintenance du méristème de la racine. Une étude ultérieure chez la plante modèle Brachypodium dystachion (Brachypo- dium) a révélé l'ajustement du réseau d'interaction croisée entre auxine et éthylène par rapport à Arabidopsis. Chez ce dernier, interférer avec la biosynthèse de l'auxine mène à la formation d'une racine courte. Néanmoins, nous avons isolé chez Brachypodium un mutant hypomorphique dans la biosynthèse de l'auxine qui affiche une racine plus longue. Nous avons alors conduit une analyse morphométrique qui a confirmé que des cellules plus anisotropique (plus fines et longues) sont à l'origine de ce phénotype racinaire. Des analyses plus approfondies ont démontré que la différence phénotypique entre Brachypodium et Arabidopsis s'explique par une inversion de la fonction régulatrice dans la relation entre le réseau de signalisation par l'éthylène et la biosynthèse de l'auxine. L'analyse morphométrique utilisée dans l'étude précédente exploite le pipeline de traitement d'image de notre méthode d'histologie quantitative. Pendant la croissance secondaire, la symétrie bilatérale de l'hypocotyle est remplacée par une symétrie radiale et une organisation concentrique des tissus constitutifs. Ces tissus sont initialement composés d'une douzaine de cellules mais peuvent aisément atteindre des dizaines de milliers dans les derniers stades du développement. Cette échelle dépasse largement le seuil d'investigation par les moyens dits 'traditionnels' comme l'imagerie directe de tissus en profondeur. L'étude de ce système pendant cette phase de développement ne peut se faire qu'en réalisant des coupes fines de l'organe, ce qui empêche une compréhension des phénomènes cellulaires dynamiques sous-jacents. Nous y avons remédié en proposant une stratégie originale nommée, histologie quantitative. De fait, nous avons extrait l'information contenue dans des images de très haute résolution de sections transverses d'hypocotyles en utilisant un pipeline d'analyse et de segmentation d'image à grande échelle. Nous l'avons ensuite combiné avec un algorithme de reconnaissance automatique des cellules. Cet outil nous a permis de réaliser une description quantitative de la progression de la croissance secondaire révélant des schémas développementales non-apparents avec une inspection visuelle classique. La formation de pôle de phloèmes en structure répétée et espacée entre eux d'une longueur constante illustre les bénéfices de notre approche. Par ailleurs, l'exploitation approfondie de ces résultats a montré un changement de croissance anisotropique des cellules du cambium et du phloème qui semble en phase avec l'expansion du xylème. Combinant des outils génétiques et de la modélisation biomécanique, nous avons démontré que seule la croissance plus rapide des tissus internes peut produire une réorientation de l'axe de croissance anisotropique des tissus périphériques. Cette prédiction a été confirmée par le calcul du ratio des taux de croissance du xylème et du phloème au cours de développement secondaire ; des ratios élevés sont effectivement observés et concomitant à l'établissement progressif et tangentiel du cambium. Ces résultats suggèrent un mécanisme d'auto-organisation établi par un gradient de division méristématique qui génèrent une distribution de contraintes mécaniques. Ceci réoriente la croissance anisotropique des tissus périphériques pour supporter la croissance secondaire. - Plants are essential for human society, because our daily food, construction materials and sustainable energy are derived from plant biomass. Yet, despite this importance, the multiple developmental aspects of plants are still poorly understood and represent a major challenge for science. With the emergence of high throughput devices for genome sequencing and high-resolution imaging, data has never been so easy to collect, generating huge amounts of information. Computational analysis is one way to integrate those data and to decrease the apparent complexity towards an appropriate scale of abstraction with the aim to eventually provide new answers and direct further research perspectives. This is the motivation behind this thesis work, i.e. the application of descriptive and predictive analytics combined with computational modeling to answer problems that revolve around morphogenesis at the subcellular and organ scale. One of the goals of this thesis is to elucidate how the auxin-brassinosteroid phytohormone interaction determines the cell growth in the root apical meristem of Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), the plant model of reference for molecular studies. The pertinent information about signaling protein relationships was obtained through the literature to reconstruct the entire hormonal crosstalk. Due to a lack of quantitative information, we employed a qualitative modeling formalism. This work permitted to confirm the synergistic effect of the hormonal crosstalk on cell elongation, to explain some of our paradoxical mutant phenotypes and to predict a novel interaction between the BREVIS RADIX (BRX) protein and the transcription factor MONOPTEROS (MP),which turned out to be critical for the maintenance of the root meristem. On the same subcellular scale, another study in the monocot model Brachypodium dystachion (Brachypodium) revealed an alternative wiring of auxin-ethylene crosstalk as compared to Arabidopsis. In the latter, increasing interference with auxin biosynthesis results in progressively shorter roots. By contrast, a hypomorphic Brachypodium mutant isolated in this study in an enzyme of the auxin biosynthesis pathway displayed a dramatically longer seminal root. Our morphometric analysis confirmed that more anisotropic cells (thinner and longer) are principally responsible for the mutant root phenotype. Further characterization pointed towards an inverted regulatory logic in the relation between ethylene signaling and auxin biosynthesis in Brachypodium as compared to Arabidopsis, which explains the phenotypic discrepancy. Finally, the morphometric analysis of hypocotyl secondary growth that we applied in this study was performed with the image-processing pipeline of our quantitative histology method. During its secondary growth, the hypocotyl reorganizes its primary bilateral symmetry to a radial symmetry of highly specialized tissues comprising several thousand cells, starting with a few dozens. However, such a scale only permits observations in thin cross-sections, severely hampering a comprehensive analysis of the morphodynamics involved. Our quantitative histology strategy overcomes this limitation. We acquired hypocotyl cross-sections from tiled high-resolution images and extracted their information content using custom high-throughput image processing and segmentation. Coupled with an automated cell type recognition algorithm, it allows precise quantitative characterization of vascular development and reveals developmental patterns that were not evident from visual inspection, for example the steady interspace distance of the phloem poles. Further analyses indicated a change in growth anisotropy of cambial and phloem cells, which appeared in phase with the expansion of xylem. Combining genetic tools and computational modeling, we showed that the reorientation of growth anisotropy axis of peripheral tissue layers only occurs when the growth rate of central tissue is higher than the peripheral one. This was confirmed by the calculation of the ratio of the growth rate xylem to phloem throughout secondary growth. High ratios are indeed observed and concomitant with the homogenization of cambium anisotropy. These results suggest a self-organization mechanism, promoted by a gradient of division in the cambium that generates a pattern of mechanical constraints. This, in turn, reorients the growth anisotropy of peripheral tissues to sustain the secondary growth.

Caracterización de la organización del trabajo bajo los principios del lean production: una propuesta de indicadores referidos a los trabajadores de planta.

La metodología lean production tiene una extensión creciente en todo el mundo. Las principalesobras sobre la metodología no definen en detalle las prácticas de organización del trabajo propia.Los objetivos finales del método se pueden resumir en conseguir la producción en flujo y en lamejora continua. Ambos fines necesitan una organización del trabajo apropiada. Se deducen de laliteratura siete principios que habrá de cumplir: estandarización y control, la formación, laparticipación y el empowermen, el trabajo en equipo, la polivalencia y la adaptabilidad, laimplicación con los valores de la empresa y remuneración y promociones que apoyen laimplantación del lean producción. Estos principios de concretan en políticas y prácticas que hande definir la concreción de esos principios. Finalmente, las políticas y prácticas se relacionan conindicadores. Ello ha de permitir valorar las características y el nivel de una determinadaimplantación del lean production. Se proponen posteriores investigaciones que han de suponer elanálisis de una o más factorías lean con el uso de los indicadores obtenidos.

Compensación por derechos de autor: una aproximación

La Ley de Propiedad Intelectual reconoce a los autores de obras literarias, científicas o artísticas una serie de derechos personalísimos entre los que se encuentran el de decidir sobre la divulgación de su obra, exigir el respeto a la integridad de la misma o retirarla del comercio. La solución de compromiso que contempla la ley es la de reconocer a los autores del derecho a ser compensados económicamente por el menoscabo que en sus legítimos derechos patrimoniales sobre su obra produce su reproducción -siempre sin ánimo de lucro- para fines de investigación o para el uso privado.

Kuivatuksen hallintaparametrien vaikutus sellun paperiteknisiin ominaisuuksiin

Sellun kuivatuksesta ei löydy paljoa tutkimustietoa. Työn tarkoituksena on antaa lyhyt teoriakuvaus sellun kuivatuksesta, kuivatukseen vaikuttavista tekijöistä jasellun kuivatuksen vaikutuksesta sellun laatuun. Käytännön osassa tutkittiin kuivauskoneen poikkiradan hienoainepitoisuuden ja vetolujuussuhteiden vaihtelua, suihkusuhteiden, kenkäpuristimen viivakuorman sekä paalipuristimen puristusvoimanvaikutusta sellun paperiteknisiin ominaisuuksiin. Sellun kuivauskone koostuu perälaatikosta, viiraosasta, puristinosasta sekä kuivausosasta.Perälaatikon tehtävä on syöttää massa tasaisesti viiraosalle. Viiraosalla poistuu suurin osa vedestä (noin 94 %) ja viiraosalla tapahtuu pohjan muodostus. Tässä työssä tutkittu suihkusuhde on yksi rainan muodostukseen vaikuttava tekijä. Puristinosalla voidaan sellun ominaisuuksiin vaikuttaa puristuksen voimalla ja kestolla ja tätä työssä tutkittiin kenkäpuristimen viivakuormaa muuttamalla. Varsinainen kuivatus voi tapahtua joko kuumia sylinteripintoja tai ilmaa hyödyntäen. Kuivauskoneen jälkeen on leikkuri, paalauspöytä ja paalipuristin. Paalipuristuksen vaikutusta sellun ominaisuuksiin tutkittiin keventämällä paalipuristusta nykyisestä.

Pulp Fractionation in a Pilot Paper Machine

Tämän diplomityön tarkoituksena on tutkia paperimassan jakautumiseen vaikuttavia tekijöitä paperinvalmistusprosessissa. Työn empiirisen osan tavoitteena on analysoida perälaatikon hienoainepitoisuuden ja paperimassan virtausnopeuden vaikutusta paperimassan jakautumiseen pilottipaperikoneessa, sekä selvittää voidaanko näitä prosessiparametreja optimoimalla saavuttaa merkittävää retention, vedenpoiston ja kaksipuolisuuden parantumista. Työn teoreettinen osa sisältää kirjallisuuskatsauksen märänpään kemiasta ja yhteenvedon aikaisemmasta tutkimuksesta koskien paperimassan jakautumista paperinvalmistusprosessissa. Työn empiirisessä osassa on tutkittu perälaatikon hienoainepitoisuuden ja paperimassan virtausnopeuden vaikutusta retentioon, vedenpoistoon ja paperimassan jakautumiseen Papricanin pilottipaperikoneessa. Analyysissä on käytetty yhteensovitettua dataa, joka on saatu kattavien pilottipaperikonekokeiden ja taulukkolaskentaohjelmalla toteutettujen staattisten simulointimallien avulla. Simulointimalleissa perälaatikon hienoainepitoisuus on 30-55%, sekä paperimassan virtausnopeudet ovat 2470 L/min, 3870 L/min ja 5230 L/min. Muut prosessiparametrit on vakioitu, eikä retentioainetta käytetty. Retentio pilottipaperikoneessa oli 55-82% riippuen perälaatikon hienoainepitoisuudesta ja paperimassan virtausnopeudesta. Perälaatikon hienoainepitoisuuden ja retention välillä oli voimakas negatiivinen korrelaatio. Myös paperimassan virtausnopeuden ja retention välillä oli negatiivinen korrelaatio. Mitä alhaisempi retentio, sitä enemmän hienoainesta kerääntyi systeemiin. Hienoaineen huuhtoutuminen paperirainasta korreloi vedenpoistoon: pienemmällä paperimassan virtausnopeudella enemmän sekä vettä että hienoainetta poistui viirapuolelta, ja suuremmalla paperimassan virtausnopeudella saman verran sekä vettä että hienoainetta poistui rainan molemmilta puolilta. Paras paperirainan kaksipuolisuus saavutettiin korkeilla perälaatikon hienoainepitoisuuksilla (50% ja 55%) suurilla paperimassan virtausnopeuksilla (3870 L/min ja 5230 L/min).

Quasi real-time Raman studies on the growth of Cu-In-S thin films

In this work annealing and growth of CuInS2 thin films is investigated with quasireal-time in situ Raman spectroscopy. During the annealing a shift of the Raman A1 mode towards lower wave numbers with increasing temperature is observed. A linear temperature dependence of the phonon branch of ¿2 cm¿1/100 K is evaluated. The investigation of the growth process (sulfurization of metallic precursors) with high surface sensitivity reveals the occurrence of phases which are not detected with bulk sensitive methods. This allows a detailed insight in the formation of the CuInS2 phases. Independent from stoichiometry and doping of the starting precursors the CuAu ordering of CuInS2 initially forms as the dominating ordering. The transformation of the CuAu ordering into the chalcopyrite one is, in contrast, strongly dependent on the precursor composition and requires high temperatures.

Estímulos y obstáculos al avance de la propiedad campesina (el baix Empordà, 1860-1940)

The aim of this article is to think about the expansion in peasant property detectable from the end of nineteeth to the middle of twenteeth centuries. The research is centred around one particular Catalan region, the Baix Empordà. The main parts of the process were the break-up and, the sale of old estates, as well as its purchase —fragmented— by peasant sectors. Some explanatory elements are set, both related to the behaviour of landed sectors, and to the means that make possible the expansion of a significant group of peasant properties

Up-conversion effect of Er- and Yb-doped ZnO thin films

Visible up-conversion in ZnO:Er and ZnO:Er:Yb thin films deposited by RF magnetron sputtering under different O2-rich atmospheres has been studied. Conventional photoluminescence (325 nm laser source) and up-conversion (980 nm laser source) have been performed in the films before and after an annealing process at 800 °C. The resulting spectra demonstrate that the thermal treatment, either during or post-deposition, activates optically the Er3+ ions, being the latter process much more efficient. Moreover, the atmosphere during deposition was also found to be an important parameter, as the deposition under O2 flow increases the optical activity of Er+3 ions. In addition, the inclusion of Yb3+ ions into the films has shown an enhancement of the visible up-conversion emission at 660 nm by a factor of 4, which could be associated to either a better energy transfer from the 2F5/2 Yb level to the 4I11/2 Er one, or to the prevention of having Er2O3 clustering in the films.

Recargos e intereses en la nueva Ley General Tributaria

El presente comentario tiene por objeto ofrecer un esquema general a través del cual se muestre el juego de recargos, intereses y sanciones que se derivan del incumplimiento de las obligaciones formales y/o materiales del tributo, atendiendo al período de tiempo en el que se produzcan.

Innovar, renovar, avaluar

[eng] The new educational context in which we are involved and the facilities of the TIC (Communication Information Technologies) have led to the necessary modification of didactic approach that during years has been used for Pharmaceutical Technology teaching. However, changes/updating and innovation require a simultaneous reflection in order to avoid excessive dispersion of the approach and to channel adequately the pedagogic and didactic effort. On the other hand, it is necessary to evaluate the above initiatives to determinate if these one are on the right track. The Pharmaceutical Technology Teaching Innovation Group of the University of Barcelona has been formed and consolidated in this point of view. In this work, a review of studies carried on by the group, in the exposed purposes, from the beginning of their activities is presented. [spa] El nuevo contexto docente en el que estamos inmersos así como las posibilidades de las TIC (Tecnologías de la Información y de la Comunicación) han conllevado la necesaria modificación de los planteamientos didácticos que durante años han servido de base para las enseñanzas de la Tecnología Farmacéutica. Sin embargo, la renovación/actualización e innovación precisan de una simultánea reflexión a fin de evitar una excesiva dispersión del enfoque y para encauzar adecuadamente el esfuerzo pedagógico y didáctico. Por otra parte, es necesario evaluar dichas iniciativas para determinar si están bien encaminadas. El Grupo de Innovación Docente de Tecnología Farmacéutica de la Universidad de Barcelona se ha creado y consolidado desde esta óptica. En este trabajo se presentan un conjunto de estudios que el grupo ha llevado a cabo, con los fines expuestos, desde el comienzo de sus actividades.

Diseño de un robot móvil para aplicaciones docentes

El presente proyecto trata de diseñar, fabricar y construir un robot móvil para fines educativos que deberá incorporar distintos sensores y actuadores para facilitar su utilización docente y la interacción con el entorno. Además crea un diseño con unas relaciones geométricas basadas en el número áureo.

Comisiones de la verdad y justicia penal en contextos de transición

Una de las cuestiones más controvertidas en la problemática de la justicia de transición es la relativa a las Comisiones de la Verdad. En este artículo se analizan estos órganos de investigación desde el prisma de la obligación de proveer justicia ante las graves violaciones de derechos humanos y se plantea en qué condiciones una fórmula basada en la verdad y la reparación puede servir a los fines de la justicia penal.

Areas de evaluación en el peritaje judicial psicológico en derecho penal: aportaciones de interés

Se hace referencia a la labor de evaluación del psicólogo forense en base a instrumentos psicométricos de uso clínico y a técnicas específicas para la medida de las habilidades cognitivas y personalidad. Al contrario de la gran cantidad de instrumentos de evaluación encontrados en la bibliografía anglosajona, en nuestro ámbito no existen apenas técnicas de evaluación psicológica válidas y fiables para ser aplicadas por el psicólogo forense, al margen de las habituales utilizadas en psicología clínica. Se ofrecen datos de varios cuestionarios para la evaluación de la personalidad desinhibida y antisocial obtenidos en muestras españolas de delincuentes y no delincuentes; los cuales pueden servir de referencia, en base a las teorías que los suscentan, para la valoración de delincuentes con fines de peritaje forense.

Morphological and functional variability in the root system of Quercus ilex L. subject to confinement: consequences for afforestation

We examined root morphological and functional differences caused by restrictions imposed to vertical growth in the root system of holm oak (Quercus ilex L.) seedlings to assess the consequences of using nursery containers in the development of a confined root system for this species. Thus, root morphological, topological and functional parameters, including hydraulic conductance per leaf unit surface area (K $_{\rm RL})$, were investigated in one-year seedlings cultivated in three PVC tubes differing in length (20, 60 and 100 cm). Longer tubes showed greater projected root area, root volume, total and fine root lengths, specific root length (SRL) and K$_{\rm RL}$ values than did shorter tubes. On the other hand, the length of coarse roots (diameter > 4.5 mm) and the average root diameter were greater in shorter tubes. The strong positive correlation found between K$_{\rm RL}$ and SRL (r=+0.69; P<0.001) indicated that root thickness was inversely related to water flow through the root system. We concluded that root systems developed in longer tubes are more efficient for plant water uptake and, therefore, changes in root pattern produced in standard forest containers (i.e. about 20 cm length) may in fact prevent a proper establishment of the holm oak in the field, particularly in xeric environments.

Sodoma, del Viejo al Nuevo Mundo

Las primeras obras historiográficas castellanas que relatan la “Conquista” de América ofrecen una de las mejores vías para comprender los discursos, religiosos y políticos, en torno a la sexualidad europea a fines de la Edad Media, especialmente relevante si analizamos las representaciones de la sodomía y del homoerotismo. A partir de textos de Bernal Díaz del Castillo, Bernardino de Sahagún, Gonzalo Fernández de Oviedo y Bartolomé de Las Casas, en este artículo se reflexiona sobre las significaciones de Sodoma (como geografía cultural e ideológica) en el contexto ibérico posterior a la “Reconquista”.