Fine mapping and functional analysis of the multiple sclerosis risk gene CD6.

CD6 has recently been identified and validated as risk gene for multiple sclerosis (MS), based on the association of a single nucleotide polymorphism (SNP), rs17824933, located in intron 1. CD6 is a cell surface scavenger receptor involved in T-cell activation and proliferation, as well as in thymocyte differentiation. In this study, we performed a haptag SNP screen of the CD6 gene locus using a total of thirteen tagging SNPs, of which three were non-synonymous SNPs, and replicated the recently reported GWAS SNP rs650258 in a Spanish-Basque collection of 814 controls and 823 cases. Validation of the six most strongly associated SNPs was performed in an independent collection of 2265 MS patients and 2600 healthy controls. We identified association of haplotypes composed of two non-synonymous SNPs [rs11230563 (R225W) and rs2074225 (A257V)] in the 2(nd) SRCR domain with susceptibility to MS (P max(T) permutation = 1×10(-4)). The effect of these haplotypes on CD6 surface expression and cytokine secretion was also tested. The analysis showed significantly different CD6 expression patterns in the distinct cell subsets, i.e. - CD4(+) naïve cells, P = 0.0001; CD8(+) naïve cells, P<0.0001; CD4(+) and CD8(+) central memory cells, P = 0.01 and 0.05, respectively; and natural killer T (NKT) cells, P = 0.02; with the protective haplotype (RA) showing higher expression of CD6. However, no significant changes were observed in natural killer (NK) cells, effector memory and terminally differentiated effector memory T cells. Our findings reveal that this new MS-associated CD6 risk haplotype significantly modifies expression of CD6 on CD4(+) and CD8(+) T cells.

Human endogenous retrovirus HERV-Fc1 association with multiple sclerosis susceptibility: a meta-analysis.

BACKGROUND Human endogenous retroviruses (HERVs) are repetitive sequences derived from ancestral germ-line infections by exogenous retroviruses and different HERV families have been integrated in the genome. HERV-Fc1 in chromosome X has been previously associated with multiple sclerosis (MS) in Northern European populations. Additionally, HERV-Fc1 RNA levels of expression have been found increased in plasma of MS patients with active disease. Considering the North-South latitude gradient in MS prevalence, we aimed to evaluate the role of HERV-Fc1on MS risk in three independent Spanish cohorts. METHODS A single nucleotide polymorphism near HERV-Fc1, rs391745, was genotyped by Taqman chemistry in a total of 2473 MS patients and 3031 ethnically matched controls, consecutively recruited from: Northern (569 patients and 980 controls), Central (883 patients and 692 controls) and Southern (1021 patients and 1359 controls) Spain. Our results were pooled in a meta-analysis with previously published data. RESULTS Significant associations of the HERV-Fc1 polymorphism with MS were observed in two Spanish cohorts and the combined meta-analysis with previous data yielded a significant association [rs391745 C-allele carriers: pM-H = 0.0005; ORM-H (95% CI) = 1.27 (1.11-1.45)]. Concordantly to previous findings, when the analysis was restricted to relapsing remitting and secondary progressive MS samples, a slight enhancement in the strength of the association was observed [pM-H = 0.0003, ORM-H (95% CI) = 1.32 (1.14-1.53)]. CONCLUSION Association of the HERV-Fc1 polymorphism rs391745 with bout-onset MS susceptibility was confirmed in Southern European cohorts.

Selected ABCB1, ABCB4 and ABCC2 Polymorphisms Do Not Enhance the Risk of Drug-Induced Hepatotoxicity in a Spanish Cohort.

BACKGROUND AND AIMS Flawed ABC transporter functions may contribute to increased risk of drug-induced liver injury (DILI). We aimed to analyse the influence of genetic variations in ABC transporters on the risk of DILI development and clinical presentations in a large Spanish DILI cohort. METHODS A total of ten polymorphisms in ABCB1 (1236T>C, 2677G>T,A, 3435T>C), ABCB4 (1954A>G) and ABCC2 (-1774G>del, -1549A>G, -24C>T, 1249G>A, 3972C>T and 4544G>A) were genotyped using Taqman 5' allelic discrimination assays or sequencing in 141 Spanish DILI patients and 161 controls. The influence of specific genotypes, alleles and haplotypes on the risk of DILI development and clinical presentations was analysed. RESULTS None of the individual polymorphisms or haplotypes was found to be associated with DILI development. Carriers homozygous for the ABCC2 -1774del allele were however only found in DILI patients. Hence, this genotype could potentially be associated with increased risk, though its low frequency in our Spanish cohort prevented a final conclusion. Furthermore, carriers homozygous for the ABCC2 -1774G/-1549A/-24T/1249G/3972T/4544G haplotype were found to have a higher propensity for total bilirubin elevations when developing DILI. CONCLUSIONS Our findings do not support a role for the analysed polymorphisms in the ABCB1, ABCB4 and ABCC2 transporter genes in DILI development in Spanish patients. The ABCC2 -1774deldel genotype was however restricted to DILI cases and could potentially contribute to enhanced DILI susceptibility.

No evidence of association between common autoimmunity STAT4 and IL23R risk polymorphisms and non-anterior uveitis.

OBJECTIVE: STAT4 and IL23R loci represent common susceptibility genetic factors in autoimmunity. We decided to investigate for the first time the possible role of different STAT4/IL23R autoimmune disease-associated polymorphisms on the susceptibility to develop non-anterior uveitis and its main clinical phenotypes. METHODS Four functional polymorphisms (rs3821236, rs7574865, rs7574070, and rs897200) located within STAT4 gene as well as three independent polymorphisms (rs7517847, rs11209026, and rs1495965) located within IL23R were genotyped using TaqMan® allelic discrimination in a total of 206 patients with non-anterior uveitis and 1553 healthy controls from Spain. RESULTS No statistically significant differences were found when allele and genotype distributions were compared between non-anterior uveitis patients and controls for any STAT4 (rs3821236: P=0.39, OR=1.12, CI 95%=0.87-1.43; rs7574865: P=0.59 OR=1.07, CI 95%=0.84-1.37; rs7574070: P=0.26, OR=0.89, CI 95%=0.72-1.10; rs897200: P=0.22, OR=0.88, CI 95%=0.71-1.08;) or IL23R polymorphisms (rs7517847: P=0.49, OR=1.08, CI 95%=0.87-1.33; rs11209026: P=0.26, OR=0.78, CI 95%=0.51-1.21; rs1495965: P=0.51, OR=0.93, CI 95%=0.76-1.15). CONCLUSION Our results do not support a relevant role, similar to that described for other autoimmune diseases, of IL23R and STAT4 polymorphisms in the non-anterior uveitis genetic predisposition. Further studies are needed to discard a possible weak effect of the studied variant.

Response to Infliximab in Crohn's Disease: Genetic Analysis Supporting Expression Profile.

Substantial proportion of Crohn's disease (CD) patients shows no response or a limited response to treatment with infliximab (IFX) and to identify biomarkers of response would be of great clinical and economic benefit. The expression profile of five genes (S100A8-S100A9, G0S2, TNFAIP6, and IL11) reportedly predicted response to IFX and we aimed at investigating their etiologic role through genetic association analysis. Patients with active CD (350) who received at least three induction doses of IFX were included and classified according to IFX response. A tagging strategy was used to select genetic polymorphisms that cover the variability present in the chromosomal regions encoding the identified genes with altered expression. Following genotyping, differences between responders and nonresponders to IFX were observed in haplotypes of the studied regions: S100A8-S100A9 (rs11205276* G/rs3014866* C/rs724781* C/rs3006488* A; P = 0.05); G0S2 (rs4844486* A/rs1473683* T; P = 0.15); TNFAIP6 (rs11677200* C/rs2342910* A/rs3755480* G/rs10432475* A; P = 0.10); and IL11 (rs1126760* C/rs1042506* G; P = 0.07). These differences were amplified in patients with colonic and ileocolonic location for all but the TNFAIP6 haplotype, which evidenced significant difference in ileal CD patients. Our results support the role of the reported expression signature as predictive of anti-TNF outcome in CD patients and suggest an etiological role of those top-five genes in the IFX response pathway.

Spacial debris collector robot : An AI-based and autonomous debris collector satellite simulation

In this paper the core functions of an artificial intelligence (AI) for controlling a debris collector robot are designed and implemented. Using the robot operating system (ROS) as the base of this work a multi-agent system is built with abilities for task planning.

Isolamento e Caracterização Fenotípica e Molecular de Parasitos Leishmania sp. de Pacientes com Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) Atendidos no Hospital Universitário Lauro Wanderley da Universidade Federal da Paraíba

As leishmanioses são um complexo de doenças infecto-parasitárias endêmicas em 88 países que constituem um grave problema de saúde pública. Diversas espécies do gênero Leishmania são os agentes causadores da doença, dentre elas a espécie L. (V.) braziliensis associada a diferentes quadros clínicos da Leishmaniose Tegumentar Americana. No presente trabalho foram obtidos nove isolados de Leishmania sp. oriundos de LTA, sendo sete isolados (87%) oriundos de pacientes residentes no município de Pilões, um (13%) da cidade de João Pessoa, ambas regiões, do estado da Paraíba. Todos os nove isolados foram identificados como sendo da espécie L. (V.) braziliensis através de PCR específica. As análises de caracterização molecular pela técnica de RAPD-PCR mostraram que esses isolados compartilharam 62,63% revelando diferenças genotípicas entre elas. Contudo, os isolados AF e JSL, ambos provenientes de lesões disseminadas, tiveram o maior percentual de bandas compartilhadas dentre os isolados. Outra técnica molecular utilizada foi o SSR-PCR com o iniciador K7 que também foi capaz de demontrar polimorfismo entre os isolados. Nas análises de PCR-RLFP das regiões ITS1, foram encontradas perfis diferentes entre os isolados, onde MRSS, JMTS, AF, JCTS, JRL apresentaram o mesmo perfil de bandas e os isolados JSL, JCNS, MFTS e JAS tiveram, cada um, perfis de bandas distintos. Na análise de PCR-RLFP da região do gene hsp70, JSL, AF, JCTS, JRL, MFTS apresentaram o mesmo perfil de bandas e os isolados, MRSS, JMTS, JCNS e JAS perfis de bandas distintos. Adicionalmente foram também observadas diferenças fenotípicas entre estes isolados, visto que em dado momento de cultivo, todos apresentaram comportamento diferenciado, além de demonstrarem diferenças quanto à sensibilidade às drogas utilizadas na terapêutica das leishmanioses. Portanto estes estudos revelam que os isolados de L. (V.) braziliensis obtidos no estado da Paraíba demonstraram um significativo polimorfismo genético, revelando um alto nível de variação intraespecífica.

Pecuária - Ontem - Hoje e Amanhã

A ctividade pecuária em Cabo Verde, sobretudo dos ruminantes está estreitamente associada à agricultura de sequeiro praticada pelas explorações familiares. Mais de 99% das unidades de exploração pecuária são do tipo familiar tradicional, que praticam a pequena pecuária como actividade complementar à agricultura. Um dos condicionantes maiores para produção e a produtividade da pecuária nacional é a existência de um défice forrageiro estrutural que condiciona a actividade pecuária, sobretudo dos ruminantes, fazendo com que as necessidades do efectivo pecuário ultrapasse a capacidade de produção forrageira do país. Esta situação é ainda mais preocupante pelo facto dos resíduos da agricultura de sequeiro constituírem, de uma maneira geral, a principal fonte de matéria seca para a alimentação animal. Para além da sua importância histórica a actividade pecuária é de uma importância fundamental para a segurança alimentar da população rural Cabo-verdiana, e constitui também um forte potencial na dinâmica de desenvolvimento socioeconómico das ilhas e particularmente na economia rural. A aposta feita nos últimos anos na melhoria das condições de exploração pecuária (manejo, instalações adequadas, sanidade, alimentação e introdução de raças, etc.) tem permitido, aumentar a produtividade do rebanho e o surgimento de pequenos negócios ligados à comercialização de carnes, leite e seus derivados podendo ter aberto o caminho para a dinamização deste sector com forte potencial para o desenvolvimento socioeconómico da actividade caprina nacional. O fomento de alguma actividade de transformação de produtos da pecuária, com algum esforço na proliferação de queijarias familiares, que produzem queijos de boa qualidade para o mercado interno e a possibilidade de se continuar com a introdução de tecnologias reprodutivas (Inseminação artificial) viradas para o melhoramento genético e à melhoria da produtividade dos rebanhos promete vir a ter um papel preponderante nessa aposta que é colocada em matéria de inovação no sector pecuário. As estratégias de intervenção definidas estão baseadas na abordagem participativa e na descentralização das responsabilidades na implementação das medidas que se impõem ao desenvolvimento do sector, onde o envolvimento e participação efectiva dos criadores , das instituições e das organizações privadas, cooperativas e locais são os principais parceiros na implementação desta estratégia e como tal deverá privilegiar intervenções, que: * Aumentem e preservem a capacidade produtiva dos recursos utilizados na alimentação animal, * Sustentem um programa de melhoramento animal com implicações no aumento da produtividade e diminuição do efectivo animal (sobretudo dos ruminantes) , * Equacionem o enquadramento e a assistência técnica, definindo um quadro de responsabilidade e de participação das unidades familiares de exploração pecuária, das instituições e das organizações privadas, cooperativas e locais. João Fonseca Coordenador Nacional da Pecuária.

Experiencias en sistema controlado para la obtención de semillas de concha de abanico Argopecten purpuratus (Lamarck, 1819) . Ilo, Moquegua

IMARPE Ilo obtuvo financiamiento del Gobierno Regional de Moquegua en base al proyecto "Mejoramiento de infraestructura e implementació n de laboratorio de investigació n de molusc"os, para construir un laboratorio experimental con el objetivo de desarrollar técnicas de reproducción artificial de moluscos nativos de la Región, para la obtención de semillas principalmente de macha Mesodesma donacium, chanque Concholepas concholepas y pulpo Octopus mimus. Este informe contiene el resultado de las actividades realizadas el 2007,en relación a la aplicación de técnicas de cultivo de microalgas (alimento vivo) y obtención de semillas de concha de abanico.

Compendio metodológico para la reproducción del "Lenguado" Paralichthys adspersus en cautiverio

La acuicultura se está convirtiendo en una actividad de desarrollo importante para Perú, teniendo un crecimiento a una tasa de 20% anual. Existe una gran variedad de especies con potencial acuícola, como es el lenguado (P. adspersus). En tal sentido, en el presente compendio se describen los procedimientos para la reproducción del lenguado en condiciones de cautiverio, desde la captura hasta métodos de evaluación de la calidad de puestas, a fin de contribuir al desarrollo de la tecnología de cultivo de esta especie. Este documento es resultado de las experiencias realizadas en el proyecto: “Producción de semilla del lenguado Paralichthys adspersus en cautiverio: I Mejoramiento de la calidad y cantidad de desoves”- Contrato Nº051-FINCyT-PIBAP-2009”, ejecutado en el Instituto del Mar del Perú (IMARPE).

Mejora en la construcción y operatividad de espineles de fondo mediante aplicación tecnológica

Al analizar los diferentes armados y disposición de espineles de fondo, se detectó que el 45% de la captura total, se compone de anguila (Ophichthus remiger), el 6% de congrio rojo (Brotula clarkae) y 12% de congrio gato (Lepophidium negropinna). El descarte representó el 59% de la captura, con especies no comerciales (anguila juvenil, morena, bio bio, y pez iguana). La correlación entre la captura y el tiempo de reposo, muestra que a menor tiempo de espera es mayor la captura. Durante el cobrado del espinel de fondo, se producen algunas dificultades cuando se captura morena y anguila, que al tratar de escapar se enredan en el reinal. Se logró el mejoramiento de la operatividad del espinel con adición de giratorios y, con el uso de un modelo de espinel tipo avión, con el que se logra que la línea madre quede cerca al fondo.

Formação de ectomicorrizas por monocários e dicários de Pisolithus sp. e interações nutricionais em Eucalyptus grandis

A germinação de basidiósporos de Pisolithus spp. dá origem a monocários, caracterizados por possuírem um único núcleo haplóide por célula. No campo, o eucalipto associa-se a micélios dicarióticos de Pisolithus spp., não havendo relatos sobre a capacidade dos monocários em estabelecer a associação ectomicorrízica com a planta hospedeira nessas condições. Embora os monocários de Pisolithus sp. sejam capazes de formar a associação ectomicorrízica in vitro, nada se sabe sobre a capacidade dessas estirpes em promover a absorção de nutrientes e o crescimento do eucalipto. O objetivo deste trabalho foi estudar a formação de ectomicorrizas por isolados monocarióticos e dicarióticos de Pisolithus sp. em Eucalyptus grandis, sob condições de casa de vegetação, bem como investigar as relações entre o estabelecimento da associação e o crescimento e a absorção de P, Ca, Mg, K, Cu e Zn pelas plantas. Caracterizou-se, também, a produção de massa seca micelial e a absorção de nutrientes pelos isolados fúngicos in vitro. Os isolados monocarióticos e dicarióticos testados variaram na produção de massa seca micelial e na capacidade de absorção de nutrientes. Em geral, os monocários apresentaram maiores índices de eficiência de utilização de nutrientes do que os dicários. Todos os isolados monocarióticos e dicarióticos formaram ectomicorrizas típicas quando associados com E. grandis. A presença dos isolados fúngicos monocarióticos associados às raízes laterais resultou em aumento do diâmetro radial das células da epiderme radicular, característico das ectomicorrizas de eucalipto, indicando que os monocários, à semelhança dos dicários, são capazes de produzir reguladores de crescimento. As médias de percentagem de colonização das raízes pelos isolados monocarióticos e dicarióticos variaram de 12 a 76 %. A absorção de Ca, Mg e K foi estimulada de forma expressiva pela presença das ectomicorrizas, com aumentos de até 760 vezes, demonstrando a relevância dessa associação no suprimento desses macronutrientes, especialmente o Ca. Alguns isolados monocarióticos são tão eficientes quanto os dicários na colonização radicular e na absorção de nutrientes. A caracterização dos monocários de Pisolithus sp. é necessária para se estabelecer a seleção e o cruzamento dos isolados com características desejáveis, visando ao melhoramento genético e à maior eficiência da associação simbiótica. Este trabalho constitui o primeiro relato das interações nutricionais entre monocários de Pisolithus sp. e a planta hospedeira.

Comunidades microbianas, atividade enzimática e fungos micorrízicos em solo rizosférico de "Landfarming" de resíduos petroquímicos

As raízes das plantas podem estimular a microbiota do solo, a qual pode contribuir para o aumento da eficiência do processo de remediação. Assim, avaliar a magnitude dos efeitos das raízes sobre a microbiota do solo é de grande interesse e de relevância prática e ecológica. Neste trabalho, avaliaram-se a densidade microbiana, a atividade enzimática, a estrutura da comunidade bacteriana e a presença de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) na rizosfera de plantas de ocorrência espontânea em solo de sistema de "landfarming" de resíduos petroquímicos. Avaliaram-se também solos rizosféricos de cinco plantas e solo-controle sem planta por meio de contagens de microrganismos em placas, eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) de fragmentos do gene rRNA 16S, seqüenciamento genético, atividades enzimáticas, percentagem de colonização radicular e contagem e identificação de esporos de FMAs. As plantas estimularam a densidade microbiana total e da população de degradadores de antraceno, com contagens médias de 1,5 x 10(6) e 2,2 x 10(6) UFC g-1 no solo seco, respectivamente, enquanto, no solo sem planta, essas contagens foram de 5,7 x 10(5) e 2,9 x 10(5) UFC g-1 no solo seco para os respectivos grupos microbianos. As espécies de maior efeito foram Bidens pilosa e Eclipta alba. Entretanto, esses efeitos estimulantes não foram verificados para a atividade enzimática do solo. A colonização micorrízica das raízes (em torno de 40 %) e a densidade de esporos nos solos rizosféricos foram elevadas (entre 900 e 4.800 esporos por 50 cm³ de solo), sendo maior na Brachiaria decumbens. Foram identificadas quatro espécies de FMAs: Acaulospora morrowiae, Glomus intraradices, Paraglomus occultum e Archaeospora trappei. Com exceção de G. intraradices, essas espécies não foram observadas em áreas contaminadas por hidrocarbonetos de petróleo. A análise por DGGE revelou que os solos rizosféricos apresentaram comunidades bacteriana diferente do solo sem plantas. As bactérias degradadoras de antraceno isoladas apresentaram relação filogenética com os gêneros Streptomyces, Nocardioides, Arthrobacter, Pseudoxanthomonas e com gêneros não identificados das famílias Cellulomonadaceae, Xanthomonadaceae e Rhodobacteraceae, sendo quatro destes isolados pertencentes aos actinomicetos. Apenas Nocardioides e o gênero relacionado com a família Cellulomonadaceae foram relatados em áreas brasileiras contaminadas com hidrocarbonetos de petróleo. Conclui-se que as plantas estimulam o aumento da densidade de células bacterianas e alteram a comunidade microbiana do solo de "landfarming" de resíduo petroquímico.

Aptidão agrícola e algoritmos genéticos na organização espacial em projetos de reforma agrária

A definição das parcelas familiares em projetos de reforma agrária envolve questões técnicas e sociais. Essas questões estão associadas principalmente às diferentes aptidões agrícolas do solo nestes projetos. O objetivo deste trabalho foi apresentar método para realizar o processo de ordenamento territorial em assentamentos de reforma agrária empregando Algoritmo Genético (AG). O AG foi testado no Projeto de Assentamento Veredas, em Minas Gerais, e implementado com base no sistema de aptidão agrícola das terras.

Critérios morfológicos e taxonômicos de Latossolo e Nitossolo validados por propriedades físicas mensuráveis analisadas em parte pela geoestatística

A morfologia e a classificação do solo estabelecem referenciais em atributos do solo que podem ser usados para inferência de propriedades ou para correlacionar sistemas e resultados de manejo entre sítios sob mesmas condições. Apesar das evidências nesse sentido, atributos morfológicos ainda são criticados por sua subjetividade. O objetivo deste estudo foi validar o uso de atributos morfológicos do solo, usados na taxonomia, como preditores de propriedades físicas mensuráveis e analisadas pela geoestatística, particularmente aquelas que diferenciam horizontes B níticos de B latossólicos. Três perfis de solo selecionados em áreas manejadas com sistema de plantio direto e em preparo convencional sob pousio foram descritos morfologicamente e classificados. Os perfis estudados foram classificados como Latossolo Vermelho distroférrico típico, tanto no sistema de plantio direto (LD) como no cultivo convencional (LC), e como Nitossolo Vermelho distroférrico latossólico (ND), todos de textura muito argilosa. Amostras foram coletadas por horizonte genético, para caracterização físico-hídrica (curva de retenção de água, porosidade e densidade do solo), química e granulométrica. Em uma das paredes do perfil (0,40 x 1,5 m), em uma grade de 80 pontos distanciados de 10 cm, foram realizadas medições de resistência do solo à infiltração de água e de resistência do solo à penetração, para análise de dependência espacial utilizando geoestatística. A estrutura menos desenvolvida e a menor espessura do horizonte A do solo sob plantio convencional refletiram o revolvimento excessivo e a eliminação da cobertura do solo. O Nitossolo Vermelho distroférrico latossólico diferiu dos demais por apresentar estrutura forte e em blocos desde a superfície até a profundidade de 1,0 m, caracterizando, em associação com sua cerosidade, horizonte B nítico sobrejacente a B latossólico. A estrutura do horizonte nítico condicionou não apenas a classificação do solo, mas também a resistência do solo à penetração e à infiltração de água e a retenção de água do solo. Os limites verticais dos horizontes diagnósticos de superfície e subsuperfície definidos por critérios morfológicos, como estrutura e consistência, mostraram estreita associação com as propriedades físicas mensuradas em campo e analisadas geoestatisticamente, validando os critérios morfológicos na separação de camadas de solo com propriedades físicas diferenciadas. A mensuração das propriedades físico-hídricas dos solos discriminou os horizontes diagnósticos B latossólicos do B nítico, mostrando a validade dos critérios morfológicos e taxonômicos para discriminação desses horizontes diagnósticos nos solos estudados e consolidando o uso desses critérios como indicadores de propriedades físicas diferenciadas dos solos.