Investigations of Pyrrole-Imidazole Polyamide Effects on DNA Replication

Pyrrole–Imidazole polyamides are programmable, cell-permeable small molecules that bind in the minor groove of double-stranded DNA sequence-specifically. Polyamide binding has been shown to alter the local helical structure of DNA, disrupt protein-DNA interactions, and modulate endogenous gene expression. Py–Im polyamides targeted to the androgen receptor-DNA interface have been observed to decrease expression of androgen-regulated genes, upregulate p53, and induce apoptosis in a hormone-sensitive prostate cancer cell line. Here we report that androgen response element (ARE)-targeted polyamides induced DNA replication stress in a hormone-insensitive prostate cancer cell line. The ATR checkpoint kinase was activated in response to this stress, causing phosphorylation of MCM2, and FANCD2 was monoubiquitinated. Surprisingly, little single-stranded DNA was exhibited, and the ATR targets RPA2 and Chk1 were not phosphorylated. We conclude that polyamide induces relatively low level replication stress, and suggest inhibition of the replicative helicase as a putative mechanism based on in vitro assays. We also demonstrate polyamide-induced inhibition of DNA replication in cell free extracts from X. laevis oocytes. In this system, inhibition of chromatin decondensation is observed, preventing DNA replication initiation. Finally, we show that Py-Im polyamides targeted to the ARE and ETS binding sequence downregulate AR- and ERG-driven signaling in a prostate cancer cell line harboring the TMPRSS2-ERG fusion. In a mouse xenograft model, ARE-targeted polyamide treatment reduced growth of the tumor.

Fracasso escolar e adolescentes infratores: a vulnerabiblidade social de adolescentes de baixa escolaridade

O presente trabalho investigou a relação entre a baixa escolaridade e a prática de atos infracionais, procurando entender alguns fatores associados ao fracasso escolar de adolescentes que passaram pela Vara da Infância e da Juventude de Duque de Caxias. Em especial, buscou entender o fenômeno da exclusão social como elemento relevante relacionado ao tema fracasso escolar: em que medida é possível afirmar que a baixa escolaridade coloca estes adolescentes em situação de vulnerabilidade em relação a práticas ilícitas? Os dados da pesquisa foram obtidos por meio de um questionário e de entrevistas aplicados aos adolescentes infratores seus responsáveis. No total, a pesquisa trabalhou com as respostas de 262 adolescentes infratores que tiveram passagem pela Justiça Infanto-Juvenil de Duque de Caxias, no período compreendido entre maio de 2006 e maio de 2008. Esta pesquisa teve por base principal as idéias de Maria Helena Patto, a respeito da construção do fracasso escolar; Miriam Abramovay, com sua contribuição sobre vulnerabilidade social; Aldaíza Spozati e Miguel Arroyo, que alertam para as questões relacionadas ao acesso, permanência, sucesso e não-fracasso na escola; Alex Eduardo Gallo e Lúcia Cavalcanti de Albuquerque Williams, a respeito do perfil dos adolescentes infratores. A pesquisa revelou que a baixa escolaridade coloca os adolescentes em situação de vulnerabilidade social e que a escola pode ser um fator de proteção à criminalidade.

Análise das estimativas de emissão de metano por aterros sanitários em projetos de MDL no Brasil.

Para a maioria dos municípios brasileiros, a instalação de um aterro sanitário é um desafio, sendo uma das dificuldades o custo elevado. Existem algumas formas de mitigar estes custos e uma delas é através do mercado de emissões. Com planejamento prévio suficiente, é possível queimar o metano gerado através da degradação do resíduo, podendo resultar em benefícios para o aterro tanto através do aproveitamento (geração de energia ou venda direta) quanto recebimento de algum tipo de certificado de emissões negociável. Incluído neste planejamento prévio suficiente está a realização da estimativa ex-ante de emissão de metano para saber previamente qual será o aproveitamento mais indicado e a eventual receita oriunda da queima. Quando analisados os projetos de MDL feitos em aterros sanitários, pode ser notado que estas estimativas são muitas vezes mal feitas, gerando valores estimados muito acima do realmente observado durante a operação. Este erro acarreta uma perda de credibilidade deste tipo de projeto, já que o número esperado é raramente alcançado. Existem alguns fatores que contribuem para esta discrepância de valores, sendo problemas operacionais (como exemplo podem ser citados deficiência no sistema de captura do biogás e problemas na captação e recirculação de lixiviado) e de modelagem (utilização de valores de entrada experimentais obtidos sob situações muito diferentes das encontradas nos aterros brasileiros, por exemplo) os possíveis principais vilões. Este trabalho visa apresentar e discutir os principais problemas na realização de estimativas prévias de emissão de metano em aterros sanitários utilizando projetos brasileiros de MDL registrados e que estejam atualmente emitindo créditos de carbono como base para analisar a qualidade das estimativas feitas atualmente. Além disto, busca-se também entrevistar profissionais da área para tentar obter diferentes pontos de vista sobre esta questão. Fica claro que os valores estimados, de um modo geral, são entre 40 e 50% superiores aos observados. Metade dos especialistas aponta problemas operacionais diversos como os principais contribuintes desta diferença, mas problemas na modelagem parecem influenciar decisivamente na realização das estimativas. A utilização de valores de entrada no modelo precisa ser criteriosamente analisada e devem ser utilizados números obtidos através de pesquisas que representem a realidade do aterro em questão.

Transparência no Setor Público: uma análise do nível de transparência dos relatórios de gestão dos entes públicos federais no exercício de 2010

Essa dissertação objetiva oferecer uma contribuição acadêmica sobre o nível de transparência pública federal nos relatórios de gestão anuais e os incentivos (político, institucional, governamental, social e financeiro) associados à divulgação da informação. Aborda-se, a perspectiva do conflito de agência, assimetria informacional e public accountability na divulgação da informação pública, isto é, os gestores governamentais tendem a disponibilizar uma informação assimétrica ao cidadão. A pesquisa é empírico-analítica com regressão linear múltipla e análise de corte transversal nos relatórios de gestão de 2010 de 115 entes públicos federais. Para tanto foi construído um índice de transparência pública federal (total, obrigatório e voluntário) dicotômico (binário) e policotômico (ponderado), baseado em estudos anteriores e na legislação nacional, adaptado ao cenário brasileiro. Os resultados apontam um baixo nível de transparência pública federal (50%) dos itens de evidenciação, deficiência de compliance com as práticas de evidenciação obrigatória (80%) e baixa aderência às práticas de evidenciação voluntária (19%). Ademais se verificou uma uniformidade na divulgação da informação pública (total, obrigatória e voluntária) entre os entes públicos da administração indireta (autarquias 54% e fundações 55%), mas diferenças estatísticas significativas quando considerados estes e os entes da administração direta (órgãos públicos 46%), que tendem a divulgar menos informação. Relativo aos incentivos se observa uma relação positiva do tipo do ente (incentivo governamental), da acessibilidade (incentivo social) e da demografia de pessoal (incentivo institucional) com o índice de transparência pública federal, enquanto a burocracia pública (incentivo governamental) apresenta uma relação negativa. Todavia o porte (incentivo político), tamanho do núcleo de gestão (incentivo institucional), receita orçamentária e dependência federal (incentivo financeiro) não apresentaram relação com o índice. Assim, a contribuição do estudo é revelar o atual estágio da transparência pública dos entes públicos federais, bem como os incentivos associados, e estas informações, podem ser oportunidades de melhorias na evidenciação da informação pública nos relatórios de gestão anuais.

Environmental friendly aquaculture key to sustainable fish farming development in Nigeria

Aquaculture production in Nigeria has increased tremendously in recent times; along with this increase is the rise in the level of waste outputs from aquaculture practices. The discharge of waste from aquaculture operations on continuous basis leads to eutrophication and destruction of natural ecosystem in receiving water body. Controlled wastes production strategies is necessary to maintain sustainable aquaculture growth into the future, as long-term sustainability of fish culture systems depends on their ability to reduce their waste outputs. The release of solid wastes is mainly a function of the digestibility of various dietary components while the release of dissolved wastes is mainly a function of the metabolism of nutrients by the fish. This paper critically reviews the impacts of aquaculture wastes on the environment and the strategies to mitigate the effect of these impacts. Future trends and research needs on aquaculture induced effluents are outlined. As the amount of nutrient discharge is typically site and operation specific, effective farm management has been identified as the most important factor to avoid effluent pollution.

Análisis de dos economías de la Unión Europea: Alemania y España

CASTELLANO. Alemania, un país muy afectado tras el nazismo y las diferentes guerras en las cuales se vio involucrado, adoptó una Economía Social de Mercado (ESM) en 1948, que le permitió abrir sus puertas hacia la internacionalización, lo cual había estado fuertemente regulado hasta entonces. Esta apertura de fronteras ha favorecido al comercio exterior el cual está muy desarrollado. Además, una moderada inflación, un bajo nivel de deuda pública, alta cualificación de la población, el potente desarrollo industrial manufacturero y su capacidad de recuperación de la crisis económica que estalló en 2007, entre otros, hace de Alemania un país muy próspero. España, tras su recuperación de la época del franquismo la cual había castigado de forma severa a este país, se recuperó hasta niveles superiores a Alemania en cuestión de confianza empresarial. En cambio, en 2007, momento de estallido de crisis, la producción de varios sectores se vio muy reducida (principalmente el sector de la construcción), la tasa de desempleo aumentó de forma descontrolada… Actualmente, este país se encuentra en proceso de recuperación el cual se basa mucho en el turismo y por consiguiente en el sector servicios que año tras año ha ido evolucionando hasta convertirse en uno de los motores de esta economía.

Advanced techniques for diagnostics and control applied to particle accelerators

201 p.

Filogenia de Mycalina Hajdu, van Soest & Hooper, 1994 (Poecilosclerida, Demospongiae): dados morfológicos e moleculares

principalmente pelo baixo grau de complexidade de especialização, escassez de caracteres distintivos e a elevada plasticidade morfológica. A partir do século XIX emergiram classificações mais robustas. O que conhecemos hoje como Ordem Poecilosclerida só começou a ser delineado pela iniciativa de Zittel (1878) com o reconhecimento de Monaxonida, ou seja, reconhecimento de um padrão de simetria nas categorias de espículas. Ridley e Dendy (1887) apresentaram uma nova classificação para as esponjas do grupo Monaxonida utilizada por Topsent (1894) para criação da Familia Poeciloscleridae, eregida a ordem por este último autor em 1928, enfatizando a presença das quelas como microscleras. Posteriormente, van Soest (1984) e Bergquist e Fromont (1988) empreenderam discussões dessa classificação com base em uma perspectiva filogenética. Uma classificação robusta e de consenso só foi conseguida a partir dos trabalhos de Hajdu e colaboradores (1994a, 1994b) e Hajdu (1994, 1995), com o estabelecimento das Subordens: Mycalina, Myxillina e Microcionina. Apesar disso, as relações internas das famílias da Subordem Mycalina permaneciam com dúvidas, principalmente no tocante à inclusão de Podospongiidae, Isodictyidae, e a relação de Poecilosclerida com a Ordem Haplosclerida. Neste trabalho foi proposto a revisão da classificação da Subordem Mycalina com base em dados morfológicos e moleculares. Foram feitas análises filogenéticas em três níveis taxonômicos, espécie, gênero e família, com base em dados morfológicos. Além disso, foi feita uma análise filogenética molecular utilizando sequências parciais da subunidade maior do RNA ribossomal (LSU do RNAr). As amostras de Mycalina foram amplificadas via PCR e posteriormente sequenciadas. Com base nestes resultados foi concluído que: as Familias Cladorhizidae, Guitarridae, Mycalidae e Hamacanthidae são monofiléticas. Para esta última foi confirmada a série de transformação sigmancistra > cirtancistra > diâncistra > clavidisco. A posição da Familia Podospongiidae dentro de Mycalina está bem corroborada, porém, precisa ser melhor estudada com dados moleculares para determinar, ou não, o seu monofiletismo. A Familia Esperiopsidae precisa ser melhor estudada com base em dados morfológicos e o gênero Amphilectus precisa ser revisado, provavelmente uma parte deste estaria melhor alocado em Haplosclerida junto com Isodictyidae. A Familia Desmacellidae não é monofilética, bem como Biemna e Neofibularia, provavelmente, não são Poecilosclerida e deveriam ser transferidas para uma posição próxima de Tetractinellida. Desmacella provavelmente é uma Mycalina com posição basal na Subordem. Os demais gêneros precisam ser estudados com base em dados moleculares. A Ordem Haplosclerida provavelmente é o grupo irmão de Poecilosclerida e a série de transformação sigmas > quelas foi confirmada com base em dados morfológicos e moleculares. A Subordem Mycalina não é monofilética como definida em Hajdu e van Soest (2002a). Palavras-chave: Sistemática. Porifera. Evolução.

Characterization of LaF3 coatings prepared at different temperatures and rates

LaF3 thin films were prepared by thermal boat evaporation at different substrate temperatures and various deposition rates. X-ray diffraction (XRD), Lambda 900 spectrophotometer and X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) were employed to study crystal structure, transmittance and chemical composition of the coatings, respectively. Laser-induce damage threshold (LIDT) was determined by a tripled Nd:YAG laser system with a pulse width of 8 ns. It is found that the crystal structure became more perfect and the refractive index increased gradually with the temperature rising. The LIDT was comparatively high at high temperature. In the other hand, the crystallization status also became better and the refractive index increased when the deposition rate enhanced at a low level. If the rate was super rapid, the crystallization worsened instead and the refractive index would lessen greatly. On the whole, the LIDT decreased with increasing rate. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

Caracterização da resistência a quinolonas em Mycobacterium abscessus subsp. bolletii e outras micobactérias de crescimento rápido relacionadas

Em diversos estados do Brasil, foram relatadas epidemias de infecções causadas por micobactérias de crescimento rápido (MCR) desde o ano 2000. A maioria dos casos foi principalmente associada ao clone BRA100 de Mycobacterium massiliense, recentemente renomeada para Mycobacterium abscessus subsp. bolletii, isolado de pacientes submetidos a procedimentos invasivos nos quais os instrumentos médicos não foram adequadamente esterilizados e/ou desinfetados. Sendo as quinolonas uma opção no tratamento de infecções por MCR e sugerida para esquemas terapêuticos para esses surtos, foram avaliadas nesse trabalho as atividades in vitro de quatro gerações de quinolonas para cepas clinicas e de referência de MCR através da microdiluição em caldo. Também foram analisadas as sequências peptídicas das regiões determinantes da resistência a quinolonas (RDRQ) das subunidades A e B da DNA gyrase (GyrA e GyrB) após o seqüenciamento de DNA seguido pela tradução da sequência de aminoácidos. Cinquenta e quatro cepas de M. abscessus subsp bolletii, incluindo o clone BRA100, isoladas em diferentes estados do Brasil, e 19 cepas de referência de MCR foram caracterizadas. Todas as 54 cepas clínicas de M. abscessus subsp. bolletii foram resistentes a todas as gerações de quinolonas e mostraram o mesmo resíduo nas RDRQ, incluindo Ala-83 em GyrA, Arg-447 e Asp-464 em GyrB, descritos como sendo responsáveis por gerar um baixo nível de resistência a quinolonas em micobactérias. Porém, outras espécies de MCR apresentaram diferentes susceptibilidade e padrões de mutações contrários aos classicamente já definidos, sugerindo que outros mecanismos de resistência, diferentes de mutações em gyrA e gyrB também possam estar envolvidos na alta resistência a quinolonas.

Genetic variation between outer-coastal and fjord populations of Pacific herring (Clupea pallasii) in the eastern Gulf of Alaska

Pacific herring (Clupea pallasii) from the Gulf of Alaska were screened for temporal and spatial genetic variation with 15 microsatellite loci. Thirteen collections were examined in this study: 11 from Southeast Alaska and 2 from Prince William Sound, Alaska. Although FST values were low, a neighbor-joining tree based on genetic distance, homogeneity, and FST values revealed that collectively, the Berners Bay and Lynn Canal (interior) collections were genetically distinct from Sitka Sound and Prince of Wales Island (outer-coastal) collections. Temporal genetic variation within regions (among three years of Berners Bay spawners and between the two Sitka Sound spawners) was zero, whereas 0.05% was attributable to genetic variation between Berners Bay and Sitka Sound. This divergence may be attributable to environmental differences between interior archipelago waters and outer-coast habitats, such as differences in temperature and salinity. Early spring collections of nonspawning Lynn Canal herring were nearly genetically identical to collections of spawning herring in Berners Bay two months later—an indication that Berners Bay spawners over-winter in Lynn Canal. Southeast Alaskan herring (collectively) were significantly different from those in Prince William Sound. This study illustrates that adequate sample size is needed to detect variation in pelagic fish species with a large effective population size, and microsatellite markers may be useful in detecting low-level genetic divergence in Pacific herring in the Gulf of Alaska.

RF kabitate baterako LLRF sistema baten azterketa eta simulazioak

LLRF sistema baten deskribapena eta simulaketa

Biological reference points for managing kingfish, Scomberomorus commerson, in Oman

The 1987-1995 length composition of quarterly catches of Scomberomorus commerson (Lacepede 1800) was analyzed to determine various biological reference points for management purposes. These include: fishing mortality producing maximum yield-per-recruit in weight (F sub(max)), fishing mortality producing 50% relative mean mature biomass (F sub(50)), and fishing mortality producing recruits that would exactly replace their parent stock (F sub(rep)). F sub(max) provided misleading suggestions to increase fishing mortality on the stock which is currently at a low level. On the other hand, both F sub(50) and F sub(rep) provided acceptable results, suggesting reduction on the current fishing mortality by 17-40%.

Contribuições para a construção de políticas públicas direcionadas à redução do lixo marinho em enseadas urbanas: estudo de caso na microbacia contribuinte do Canal de São Francisco e da Enseada de Jurujuba Niterói/ RJ.

Fonte de riquezas supostamente inesgotáveis, os oceanos e as zonas costeiras há muito tempo servem de depósito para todo tipo de resíduo produzido pelo homem, desde águas residuais a todo tipo de resíduos sólidos descartados inadequadamente e que acabam por originar o lixo marinho. A Baía de Guanabara é um reflexo histórico dessas ações mal geridas em terra e que acabam refletidas em seu espelho dágua. O presente estudo procura fazer uma analise sobre as origens do lixo marinho na Enseada de Jurujuba, localizada na Baía de Guanabara, e seu principal canal de drenagem, o Canal de São Francisco (CSF), com ênfase ao descarte de resíduos nas comunidades localizadas a montante do canal. Apresenta também uma avaliação da experiência de projetos de intervenção e prevenção à geração do lixo marinho, com destaque a um projeto de coleta de lixo flutuante com uso de embarcação, bem como a iniciativa da Prefeitura de Niterói em um Projeto de Gestão Integrada de Resíduos no alto da bacia contribuinte ao CSF. O trabalho foi estruturado através de observações de campo, entrevistas, analise de relatórios dos projetos envolvidos, bem como consulta a sites e blogs relacionados ao assunto. O fato de resíduos sólidos terminarem em um corpo hídrico torna sua retirada e destinação adequadas muito mais complicadas do que em terra, evidenciando a complexidade do lixo marinho. Os resultados apontam para a necessidade de mais estudos nas áreas periféricas, que abrangem a maior parte da população, com vista à integração de politicas públicas no planejamento de ações por bacias ou microbacias hidrográficas e como forma de prevenção à geração do lixo marinho e melhora da qualidade de vida dessas populações.

Política Municipal de Alimentação e Nutrição da Cidade do Rio de Janeiro: uma narrativa sobre seu processo de formulação

Em junho de 2009, deflagrou-se oficialmente o processo de formulação da Política Municipal de Alimentação e Nutrição (PMAN) do Rio de Janeiro. Liderada pelo Instituto de Nutrição Annes Dias (INAD), órgão da Secretaria Municipal de Saúde (SMS) e Área Técnica de Alimentação e Nutrição desse município, o documento foi finalizado em dezembro de 2011. Foi então encaminhado à aprovação pela SMS, o que ainda não ocorreu. Este trabalho analisou o processo de formulação da PMAN, buscando caracterizar o contexto político-institucional de sua elaboração. Partindo de uma visão construcionista sobre ciência, foram realizadas análise documental e entrevistas com atores inseridos nesta trajetória. Os documentos analisados foram diários de campo, advindos da participação da pesquisadora como colaboradora deste processo; registros de reuniões; versões do documento nas diversas fases de sua elaboração; entre outros. As entrevistas incluíram gestores do INAD e da SMS, profissionais de diversas áreas e representantes da sociedade civil e dos Conselhos Municipais de Saúde e de Segurança Alimentar e Nutricional (SAN). A análise revela o reconhecimento da singularidade do INAD como área técnica e de sua consolidada trajetória na área de alimentação e nutrição, protagonizando ricos processos de discussão no município. Aponta, ainda, uma relativa autonomia decisória para implementação de suas ações. No entanto, paralelamente, as entrevistas revelaram que o INAD parece enfrentar, especialmente na gestão atual da SMS, certa fragilidade institucional, expressa por possíveis mudanças em sua inserção formal no arranjo institucional da Prefeitura; pela atual posição no organograma da SMS, aquém de suas atribuições, e também pela morosidade na aprovação da PMAN. Este contexto político-institucional não foi um fator determinante para a formulação da PMAN, embora as entrevistas sugiram que foi considerado para pensar o processo de construção no sentido de fortalecer uma rede de apoio político. Apesar de a opção inicial do INAD ter sido por um processo coletivo de participação, as entrevistas revelaram baixo nível de informação sobre o documento final da PMAN e sobre o andamento de sua aprovação, o que parece sinalizar que o processo decisório sobre as propostas apresentadas pelos atores centralizou-se no INAD no decorrer do tempo. Apesar da demora na aprovação da PMAN, não parece haver uma rede de pressão pela sua assinatura por parte dos atores envolvidos, dependendo exclusivamente das mediações internas do INAD na SMS. A análise desta experiência permite identificar dificuldades e tensões que instituições com caráter intersetorial podem enfrentar, tendo em vista o limite setorial no qual estão inseridas, num dado contexto político-institucional. Além disso, aponta as estratégias políticas que atores sustentam nos processos de militância e os desafios para fomentar a participação social.