Neural basis of visual deficits recovery: visual residual functions and multisensory integration.

The ability of integrating into a unified percept sensory inputs deriving from different sensory modalities, but related to the same external event, is called multisensory integration and might represent an efficient mechanism of sensory compensation when a sensory modality is damaged by a cortical lesion. This hypothesis has been discussed in the present dissertation. Experiment 1 explored the role of superior colliculus (SC) in multisensory integration, testing patients with collicular lesions, patients with subcortical lesions not involving the SC and healthy control subjects in a multisensory task. The results revealed that patients with collicular lesions, paralleling the evidence of animal studies, demonstrated a loss of multisensory enhancement, in contrast with control subjects, providing the first lesional evidence in humans of the essential role of SC in mediating audio-visual integration. Experiment 2 investigated the role of cortex in mediating multisensory integrative effects, inducing virtual lesions by inhibitory theta-burst stimulation on temporo-parietal cortex, occipital cortex and posterior parietal cortex, demonstrating that only temporo-parietal cortex was causally involved in modulating the integration of audio-visual stimuli at the same spatial location. Given the involvement of the retino-colliculo-extrastriate pathway in mediating audio-visual integration, the functional sparing of this circuit in hemianopic patients is extremely relevant in the perspective of a multisensory-based approach to the recovery of unisensory defects. Experiment 3 demonstrated the spared functional activity of this circuit in a group of hemianopic patients, revealing the presence of implicit recognition of the fearful content of unseen visual stimuli (i.e. affective blindsight), an ability mediated by the retino-colliculo-extrastriate pathway and its connections with amygdala. Finally, Experiment 4 provided evidence that a systematic audio-visual stimulation is effective in inducing long-lasting clinical improvements in patients with visual field defect and revealed that the activity of the spared retino-colliculo-extrastriate pathway is responsible of the observed clinical amelioration, as suggested by the greater improvement observed in patients with cortical lesions limited to the occipital cortex, compared to patients with lesions extending to other cortical areas, found in tasks high demanding in terms of spatial orienting. Overall, the present results indicated that multisensory integration is mediated by the retino-colliculo-extrastriate pathway and that a systematic audio-visual stimulation, activating this spared neural circuit, is able to affect orientation towards the blind field in hemianopic patients and, therefore, might constitute an effective and innovative approach for the rehabilitation of unisensory visual impairments.

Die Bürokratisierung von Kultur: Ein staatliches Kulturzentrum in Nordghana /// Arbeitspapiere / Institut für Ethnologie und Afrikastudien ; 98

Die vorliegende Magisterarbeit beschäftigt sich mit der Produktivitaet bürokratischer Routinen am Centre for National Culture in Wa, Nordwestghana. Staat, Nation und nationale Kultur sind keine fest umgrenzten Entitäten, sondern entstehen in einem andauernden Prozess der Aushandlung und Bedeutungszuschreibung und in der permanenten Reproduzierung ihrer Grenzen und Kategorien. Bürokratische Routinen und administrativen Prozesse werden als jene Praktiken betrachtet, die Kultur nationalisieren. Die Arbeit geht der Frage nach, wie sich die stete Reproduktion der räumlichen Verortung des Staats durch bürokratische Routinen auf die Grenzen von Kultur und die Kategorien, in denen Kultur gedacht wird, auswirkt. Das wichtigste Schlagwort ghanaischer Kulturpolitik ist „unity in diversity“. Einer Vielzahl „lokaler Kulturen“ soll ihr rechtmäßiger Platz im nationalen Potpourri eingeräumt werden, aber die gewünschte Vielfalt darf keine politische Sprengkraft entwickeln. Die zentrale Aufgabe staatlicher Kulturinstitutionen in Ghana ist daher, die „rohe Kultur“ (die im Dorf verortet wird), zu choreographieren. Die Verwaltungspraxis der Kulturbeamten unterstellt die Einheit lokaler Kulturgrenzen (wo auch immer man die ziehen würde) mit den politisch-administrativen Grenzen, nach denen die Kulturinstitutionen organisiert sind, und trägt auf diese Weise zur Naturalisierung staatlicher Kulturgrenzen bei.

NEW TOOLS FOR MONITORING GAMMA CAMERA UNIFORMITY

Detector uniformity is a fundamental performance characteristic of all modern gamma camera systems, and ensuring a stable, uniform detector response is critical for maintaining clinical images that are free of artifact. For these reasons, the assessment of detector uniformity is one of the most common activities associated with a successful clinical quality assurance program in gamma camera imaging. The evaluation of this parameter, however, is often unclear because it is highly dependent upon acquisition conditions, reviewer expertise, and the application of somewhat arbitrary limits that do not characterize the spatial location of the non-uniformities. Furthermore, as the goal of any robust quality control program is the determination of significant deviations from standard or baseline conditions, clinicians and vendors often neglect the temporal nature of detector degradation (1). This thesis describes the development and testing of new methods for monitoring detector uniformity. These techniques provide more quantitative, sensitive, and specific feedback to the reviewer so that he or she may be better equipped to identify performance degradation prior to its manifestation in clinical images. The methods exploit the temporal nature of detector degradation and spatially segment distinct regions-of-non-uniformity using multi-resolution decomposition. These techniques were tested on synthetic phantom data using different degradation functions, as well as on experimentally acquired time series floods with induced, progressively worsening defects present within the field-of-view. The sensitivity of conventional, global figures-of-merit for detecting changes in uniformity was evaluated and compared to these new image-space techniques. The image-space algorithms provide a reproducible means of detecting regions-of-non-uniformity prior to any single flood image’s having a NEMA uniformity value in excess of 5%. The sensitivity of these image-space algorithms was found to depend on the size and magnitude of the non-uniformities, as well as on the nature of the cause of the non-uniform region. A trend analysis of the conventional figures-of-merit demonstrated their sensitivity to shifts in detector uniformity. The image-space algorithms are computationally efficient. Therefore, the image-space algorithms should be used concomitantly with the trending of the global figures-of-merit in order to provide the reviewer with a richer assessment of gamma camera detector uniformity characteristics.

Improving the accuracy of radiation pneumonitis dose response models

The prognosis for lung cancer patients remains poor. Five year survival rates have been reported to be 15%. Studies have shown that dose escalation to the tumor can lead to better local control and subsequently better overall survival. However, dose to lung tumor is limited by normal tissue toxicity. The most prevalent thoracic toxicity is radiation pneumonitis. In order to determine a safe dose that can be delivered to the healthy lung, researchers have turned to mathematical models predicting the rate of radiation pneumonitis. However, these models rely on simple metrics based on the dose-volume histogram and are not yet accurate enough to be used for dose escalation trials. The purpose of this work was to improve the fit of predictive risk models for radiation pneumonitis and to show the dosimetric benefit of using the models to guide patient treatment planning. The study was divided into 3 specific aims. The first two specifics aims were focused on improving the fit of the predictive model. In Specific Aim 1 we incorporated information about the spatial location of the lung dose distribution into a predictive model. In Specific Aim 2 we incorporated ventilation-based functional information into a predictive pneumonitis model. In the third specific aim a proof of principle virtual simulation was performed where a model-determined limit was used to scale the prescription dose. The data showed that for our patient cohort, the fit of the model to the data was not improved by incorporating spatial information. Although we were not able to achieve a significant improvement in model fit using pre-treatment ventilation, we show some promising results indicating that ventilation imaging can provide useful information about lung function in lung cancer patients. The virtual simulation trial demonstrated that using a personalized lung dose limit derived from a predictive model will result in a different prescription than what was achieved with the clinically used plan; thus demonstrating the utility of a normal tissue toxicity model in personalizing the prescription dose.

El espacio narrativo en Revelaciones de un manuscrito, de Bernabé Demaría

Bernabé Demaría (1824-1910), escritor, político y pintor argentino, es autor de una única novela, Revelaciones de un manuscrito (1869). En sus páginas, el espacio geográfico -Europa en la primera parte; la Argentina, en la segunda- funciona como elemento estructurador, pues la novela está concebida como un Bildungsroman, donde el motivo del viaje articula tanto el desplazamiento horizontal (espacial) como el vertical (espiritual y social) del protagonista, Florencio Indarte. Junto a los tópicos del más definido romanticismo, se descubren rasgos realistas: una cuidadosa localización espacial de la acción, la acumulación de detalles tendientes a reforzar el efecto de realidad, el discurso didáctico, de registro aparentemente objetivo, portador de una copiosa enciclopedia científica. La olvidada novela de Bernabé Demaría debe ser tenida en cuenta muy especialmente en toda indagación de los orígenes del realismo en la novela argentina.

Análisis y comentarios de fuentes para el estudio de la tierra en los partidos de Chascomús, Ranchos y Monte 1779-1850

El objetivo de esta comunicación es revisar las fuentes utilizadas por los historiadores y relacionarlas mediante series completas de datos en un período más amplio de tiempo, con el fin de abarcar todas las alternativas legales para la adquisición de la tierra. Para fijar espacialmente la cuestión y determinar la ubicación de las parcelas se reconstruye el Registro Gráfico de 1830, complementando las deficiencias de información con expedientes de Escribanía Mayor de Gobierno, libros de Mensuras Antiguas y Duplicados de Mensura. Se pondera el grado de exactitud de la información que contiene la fuente, se completan las áreas vacías y, por último, se utiliza el resultado final para producir dos registros gráficos que reflejen la ocupación y propiedad legal de la tierra para 1822 y 1850, con el fin de verificar el grado de subdivisión parcelaria. El espacio trabajado se circunscribe a los actuales partidos de Chascomús, General Paz y Monte al noreste del río Salado

Análisis y comentarios de fuentes para el estudio de la tierra en los partidos de Chascomús, Ranchos y Monte 1779-1850

El objetivo de esta comunicación es revisar las fuentes utilizadas por los historiadores y relacionarlas mediante series completas de datos en un período más amplio de tiempo, con el fin de abarcar todas las alternativas legales para la adquisición de la tierra. Para fijar espacialmente la cuestión y determinar la ubicación de las parcelas se reconstruye el Registro Gráfico de 1830, complementando las deficiencias de información con expedientes de Escribanía Mayor de Gobierno, libros de Mensuras Antiguas y Duplicados de Mensura. Se pondera el grado de exactitud de la información que contiene la fuente, se completan las áreas vacías y, por último, se utiliza el resultado final para producir dos registros gráficos que reflejen la ocupación y propiedad legal de la tierra para 1822 y 1850, con el fin de verificar el grado de subdivisión parcelaria. El espacio trabajado se circunscribe a los actuales partidos de Chascomús, General Paz y Monte al noreste del río Salado

Análisis y comentarios de fuentes para el estudio de la tierra en los partidos de Chascomús, Ranchos y Monte 1779-1850

El objetivo de esta comunicación es revisar las fuentes utilizadas por los historiadores y relacionarlas mediante series completas de datos en un período más amplio de tiempo, con el fin de abarcar todas las alternativas legales para la adquisición de la tierra. Para fijar espacialmente la cuestión y determinar la ubicación de las parcelas se reconstruye el Registro Gráfico de 1830, complementando las deficiencias de información con expedientes de Escribanía Mayor de Gobierno, libros de Mensuras Antiguas y Duplicados de Mensura. Se pondera el grado de exactitud de la información que contiene la fuente, se completan las áreas vacías y, por último, se utiliza el resultado final para producir dos registros gráficos que reflejen la ocupación y propiedad legal de la tierra para 1822 y 1850, con el fin de verificar el grado de subdivisión parcelaria. El espacio trabajado se circunscribe a los actuales partidos de Chascomús, General Paz y Monte al noreste del río Salado

Fast coral reef calcifiers are more sensitive to ocean acidification in short-term laboratory incubations

To identify the properties of taxa sensitive and resistant to ocean acidification (OA), we tested the hypothesis that coral reef calcifiers differ in their sensitivity to OA as predictable outcomes of functional group alliances determined by conspicuous traits. We contrasted functional groups of eight corals and eight calcifying algae defined by morphology in corals and algae, skeletal structure in corals, spatial location of calcification in algae, and growth rate in corals and algae. The responses of calcification to OA were unrelated to morphology and skeletal structure in corals; they were, however, affected by growth rate in corals and algae (fast calcifiers were more sensitive than slow calcifiers), and by the site of calcification and morphology in algae. Species assemblages characterized by fast growth, and for algae, also cell-wall calcification, are likely to be ecological losers in the future ocean. This shift in relative success will affect the relative and absolute species abundances as well as the goods and services provided by coral reefs.

Community Structure in Soil Porous System

Diffusion controls the gaseous transport process in soils when advective transport is almost null. Knowledge of the soil structure and pore connectivity are critical issues to understand and modelling soil aeration, sequestration or emission of greenhouse gasses, volatilization of volatile organic chemicals among other phenomena. In the last decades these issues increased our attention as scientist have realize that soil is one of the most complex materials on the earth, within which many biological, physical and chemical processes that support life and affect climate change take place. A quantitative and explicit characterization of soil structure is difficult because of the complexity of the pore space. This is the main reason why most theoretical approaches to soil porosity are idealizations to simplify this system. In this work, we proposed a more realistic attempt to capture the complexity of the system developing a model that considers the size and location of pores in order to relate them into a network. In the model we interpret porous soils as heterogeneous networks where pores are represented by nodes, characterized by their size and spatial location, and the links representing flows between them. In this work we perform an analysis of the community structure of porous media of soils represented as networks. For different real soils samples, modelled as heterogeneous complex networks, spatial communities of pores have been detected depending on the values of the parameters of the porous soil model used. These types of models are named as Heterogeneous Preferential Attachment (HPA). Developing an exhaustive analysis of the model, analytical solutions are obtained for the degree densities and degree distribution of the pore networks generated by the model in the thermodynamic limit and shown that the networks exhibit similar properties to those observed in other complex networks. With the aim to study in more detail topological properties of these networks, the presence of soil pore community structures is studied. The detection of communities of pores, as groups densely connected with only sparser connections between groups, could contribute to understand the mechanisms of the diffusion phenomena in soils.

Diseño de una interfaz de representación gráfica de la base de datos de HRTF

El actual proyecto consiste en la creación de una interfaz gráfica de usuario (GUI) en entorno de MATLAB que realice una representación gráfica de la base de datos de HRTF (Head-Related Transfer Function). La función de transferencia de la cabeza es una herramienta muy útil en el estudio de la capacidad del ser humano para percibir su entorno sonoro, además de la habilidad de éste en la localización de fuentes sonoras en el espacio que le rodea. La HRTF biaural (terminología para referirse al conjunto de HRTF del oído izquierdo y del oído derecho) en sí misma, posee información de especial interés ya que las diferencias entre las HRTF de cada oído, conceden la información que nuestro sistema de audición utiliza en la percepción del campo sonoro. Por ello, la funcionalidad de la interfaz gráfica creada presenta gran provecho dentro del estudio de este campo. Las diferencias interaurales se caracterizan en amplitud y en tiempo, variando en función de la frecuencia. Mediante la transformada inversa de Fourier de la señal HRTF, se obtiene la repuesta al impulso de la cabeza, es decir, la HRIR (Head-Related Impulse Response). La cual, además de tener una gran utilidad en la creación de software o dispositivos de generación de sonido envolvente, se utiliza para obtener las diferencias ITD (Interaural Time Difference) e ILD (Interaural Time Difference), comúnmente denominados “parámetros de localización espacial”. La base de datos de HRTF contiene la información biaural de diferentes puntos de ubicación de la fuente sonora, formando una red de coordenadas esféricas que envuelve la cabeza del sujeto. Dicha red, según las medidas realizadas en la cámara anecoica de la EUITT (Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica de Telecomunicación), presenta una precisión en elevación de 10º y en azimut de 5º. Los receptores son dos micrófonos alojados en el maniquí acústico llamado HATS (Hats and Torso Simulator) modelo 4100D de Brüel&Kjaer. Éste posee las características físicas que influyen en la percepción del entorno como son las formas del pabellón auditivo (pinna), de la cabeza, del cuello y del torso humano. Será necesario realizar los cálculos de interpolación para todos aquellos puntos no contenidos en la base de datos HRTF, este proceso es sumamente importante no solo para potenciar la capacidad de la misma sino por su utilidad para la comparación entre otras bases de datos existentes en el estudio de este ámbito. La interfaz gráfica de usuario está concebida para un manejo sencillo, claro y predecible, a la vez que interactivo. Desde el primer boceto del programa se ha tenido clara su filosofía, impuesta por las necesidades de un usuario que busca una herramienta práctica y de manejo intuitivo. Su diseño de una sola ventana reúne tanto los componentes de obtención de datos como los que hacen posible la representación gráfica de las HRTF, las HRIR y los parámetros de localización espacial, ITD e ILD. El usuario podrá ir alternando las representaciones gráficas a la vez que introduce las coordenadas de los puntos que desea visualizar, definidas por phi (elevación) y theta (azimut). Esta faceta de la interfaz es la que le otorga una gran facilidad de acceso y lectura de la información representada en ella. Además, el usuario puede introducir valores incluidos en la base de datos o valores intermedios a estos, de esta manera, se indica a la interfaz la necesidad de realizar la interpolación de los mismos. El método de interpolación escogido es el de la ponderación de la distancia inversa entre puntos. Dependiendo de los valores introducidos por el usuario se realizará una interpolación de dos o cuatro puntos, siendo éstos limítrofes al valor introducido, ya sea de phi o theta. Para añadir versatilidad a la interfaz gráfica de usuario, se ha añadido la opción de generar archivos de salida en forma de imagen de las gráficas representadas, de tal forma que el usuario pueda extraer los datos que le interese para cualquier valor de phi y theta. Se completa el presente proyecto fin de carrera con un trabajo de investigación y estudio comparativo de la función y la aplicación de las bases de datos de HRTF dentro del marco científico y de investigación. Esto ha hecho posible concentrar información relacionada a través de revistas científicas de investigación como la JAES (Journal of the Audio Engineering Society) o la ASA (Acoustical Society of America), además, del IEEE ( Institute of Electrical and Electronics Engineers) o la “Web of knowledge” entre otras. Además de realizar la búsqueda en estas fuentes, se ha optado por vías de información más comunes como Google Académico o el portal de acceso “Ingenio” a los todos los recursos electrónicos contenidos en la base de datos de la universidad. El estudio genera una ampliación en el conocimiento de la labor práctica de las HRTF. La mayoría de los estudios enfocan sus esfuerzos en mejorar la percepción del evento sonoro mediante su simulación en la escucha estéreo o multicanal. A partir de las HRTF, esto es posible mediante el análisis y el cálculo de datos como pueden ser las regresiones, siendo éstas muy útiles en la predicción de una medida basándose en la información de la actual. Otro campo de especial interés es el de la generación de sonido 3D. Mediante la base de datos HRTF es posible la simulación de una señal biaural. Se han diseñado algoritmos que son implementados en dispositivos DSP, de tal manera que por medio de retardos interaurales y de diferencias espectrales es posible llegar a un resultado óptimo de sonido envolvente, sin olvidar la importancia de los efectos de reverberación para conseguir un efecto creíble de sonido envolvente. Debido a la complejidad computacional que esto requiere, gran parte de los estudios coinciden en desarrollar sistemas más eficientes, llegando a objetivos tales como la generación de sonido 3D en tiempo real. ABSTRACT. This project involves the creation of a Graphic User Interface (GUI) in the Matlab environment which creates a graphic representation of the HRTF (Head-Related Transfer Function) database. The head transfer function is a very useful tool in the study of the capacity of human beings to perceive their sound environment, as well as their ability to localise sound sources in the area surrounding them. The binaural HRTF (terminology which refers to the HRTF group of the left and right ear) in itself possesses information of special interest seeing that the differences between the HRTF of each ear admits the information that our system of hearing uses in the perception of each sound field. For this reason, the functionality of the graphic interface created presents great benefits within the study of this field. The interaural differences are characterised in space and in time, varying depending on the frequency. By means of Fourier's transformed inverse of the HRTF signal, the response to the head impulse is obtained, in other words, the HRIR (Head-Related Impulse Response). This, as well as having a great use in the creation of software or surround sound generating devices, is used to obtain ITD differences (Interaural Time Difference) and ILD (Interaural Time Difference), commonly named “spatial localisation parameters”. The HRTF database contains the binaural information of different points of sound source location, forming a network of spherical coordinates which surround the subject's head. This network, according to the measures carried out in the anechoic chamber at the EUITT (School of Telecommunications Engineering) gives a precision in elevation of 10º and in azimuth of 5º. The receivers are two microphones placed on the acoustic mannequin called HATS (Hats and Torso Simulator) Brüel&Kjaer model 4100D. This has the physical characteristics which affect the perception of the surroundings which are the forms of the auricle (pinna), the head, neck and human torso. It will be necessary to make interpolation calculations for all those points which are not contained the HRTF database. This process is extremely important not only to strengthen the database's capacity but also for its usefulness in making comparisons with other databases that exist in the study of this field. The graphic user interface is conceived for a simple, clear and predictable use which is also interactive. Since the first outline of the program, its philosophy has been clear, based on the needs of a user who requires a practical tool with an intuitive use. Its design with only one window unites not only the components which obtain data but also those which make the graphic representation of the HRTFs possible, the hrir and the ITD and ILD spatial location parameters. The user will be able to alternate the graphic representations at the same time as entering the point coordinates that they wish to display, defined by phi (elevation) and theta (azimuth). The facet of the interface is what provides the great ease of access and reading of the information displayed on it. In addition, the user can enter values included in the database or values which are intermediate to these. It is, likewise, indicated to the interface the need to carry out the interpolation of these values. The interpolation method is the deliberation of the inverse distance between points. Depending on the values entered by the user, an interpolation of two or four points will be carried out, with these being adjacent to the entered value, whether that is phi or theta. To add versatility to the graphic user interface, the option of generating output files in the form of an image of the graphics displayed has been added. This is so that the user may extract the information that interests them for any phi and theta value. This final project is completed with a research and comparative study essay on the function and application of HRTF databases within the scientific and research framework. It has been possible to collate related information by means of scientific research magazines such as the JAES (Journal of the Audio Engineering Society), the ASA (Acoustical Society of America) as well as the IEEE (Institute of Electrical and Electronics Engineers) and the “Web of knowledge” amongst others. In addition to carrying out research with these sources, I also opted to use more common sources of information such as Academic Google and the “Ingenio” point of entry to all the electronic resources contained on the university databases. The study generates an expansion in the knowledge of the practical work of the HRTF. The majority of studies focus their efforts on improving the perception of the sound event by means of its simulation in stereo or multichannel listening. With the HRTFs, this is possible by means of analysis and calculation of data as can be the regressions. These are very useful in the prediction of a measure being based on the current information. Another field of special interest is that of the generation of 3D sound. Through HRTF databases it is possible to simulate the binaural signal. Algorithms have been designed which are implemented in DSP devices, in such a way that by means of interaural delays and wavelength differences it is possible to achieve an excellent result of surround sound, without forgetting the importance of the effects of reverberation to achieve a believable effect of surround sound. Due to the computational complexity that this requires, a great many studies agree on the development of more efficient systems which achieve objectives such as the generation of 3D sound in real time.

Evaluación cuantitativa de pérdidas por peligros geológicos. Caso del archipiélago de Canarias: Inundaciones, sismicidad y vulcanismo

Existe una creciente preocupación por las catástrofes de origen natural que están por llegar, motivo por el que se están realizando estudios desde prácticamente todas las ramas de la ciencia. La razón para ello se puede encontrar en el miedo a que los eventos futuros puedan dificultar las actividades humanas, aunque no es el único factor. Por todo ello, se produce una dispersión muy importante incluso en los conceptos más elementales como qué debe ser considerado o cómo debe llamarse y catalogarse uno u otro elemento. En consecuencia, los métodos para comprender los riesgos naturales también son muy diferentes, rara vez encontrándose enfoques realmente multidisciplinares. Se han realizado algunos esfuerzos para crear un marco de entendimiento común como por ejemplo, la "Directiva sobre inundaciones" o, más recientemente, la Directiva Inspire. Las entidades aseguradoras y reaseguradoras son un actor importante entre los muchos involucrados en los estudios de riesgos. Su interés radica en el hecho de que terminan pagando la mayor parte de la factura, si no toda. Pero, a cuánto puede ascender esa factura, no es una pregunta fácil de responder aún en casos muy concretos, y sin embargo, es la pregunta que constantemente se plantea por parte de los tomadores de decisiones a todos los niveles. Este documento resume las actividades de investigación que han llevado a cabo al objeto de sentar un marco de referencia, implementando de enfoques numéricos capaces de hacer frente a algunas de las cuestiones más relevantes que se encuentran en casi todos los estudios de riesgos naturales, ensayando conceptos de manera pragmática. Para ello, se escogió un lugar experimental de acuerdo a diferentes criterios, como la densidad de población, la facilidad de proporcionar los límites geográficos claros, la presencia de tres de los procesos geológicos más importantes (inundaciones, terremotos y vulcanismo) y la disponibilidad de datos. El modelo aquí propuesto aprovecha fuentes de datos muy diversas para evaluar los peligros naturales, poniendo de relieve la necesidad de un enfoque multidisciplinar y emplea un catálogo de datos único, unificado, independiente (no orientado), coherente y homogéneo para estimar el valor de las propiedades. Ahora bien, los datos se explotan de manera diferente según cada tipo de peligro, manteniendo sin variación los conceptos subyacentes. Durante esta investigación, se ha encontrado una gran brecha en la relación entre las pérdidas reales y las probabilidades del peligro, algo contrario a lo que se ha pensado que debía ser el comportamiento más probable de los riesgos naturales, demostrando que los estudios de riesgo tienen vida útil muy limitada. En parte debido ello, el modelo propuesto en este estudio es el de trabajar con escenarios, fijando una probabilidad de ocurrencia, lo que es contrario al modelo clásico de evaluar funciones continuas de riesgo. Otra razón para abordar la cuestión mediante escenarios es forzar al modelo para proporcionar unas cifras creíbles de daño máximo fijando cuestiones como la ubicación espacial de un evento y sus probabilidades, aportando una nueva visión del "peor escenario posible” de probabilidad conocida. ABSTRACT There is a growing concern about catastrophes of natural origin about to come hence many studies are being carried out from almost any science branch. Even though it is not the only one, fear for the upcoming events that might jeopardize any given human activity is the main motive. A forking effect is therefore heavily present even on the basic concepts of what is to be considered or how should it be named and catalogued; as a consequence, methods towards understanding natural risks also show great differences and a multidisciplinary approach has seldomly been followed. Some efforts were made to create a common understanding of such a matter, the “Floods Directive” or more recently the Inspire Directive, are a couple of examples. The insurance sector is an important actor among the many involved. Their interest relies on the fact that, eventually, they pay most of the bill if not all. But how much could that be is not an easy question to be answerd even in a very specific case, and it is almost always the question posed by decision makers at all levels. This document summarizes research activities that have being carried out in order to put some solid ground to be followed, implementing numerical approaches that are capable of coping with some of the most relevant issues found in almost all natural risk studies, testing concepts pragmatically. In order to do so, an experimental site was selected according to different criteria, such as population density, the ease of providing clear geographical boundaries, the presence of three of the most important geological processes (floods, earthquakes and volcanism) and data availability. The model herein proposed takes advantage of very diferent data sources in the assessment of hazard, pointing out how a multidisciplinary approach is needed, and uses only one unified, independent, consistent, homogeneous (non objective driven) source for assessing property value. Data is exploited differently according to each hazard type, but the underlying concepts remain the same. During this research, a deep detachment was found between actual loss and hazard chances, contrarily to what has been thought to be the most likely behaviour of natural hazards, proving that risk studies have a very limited lifespan. Partially because of such finding, the model in this study addresses scenarios with fixed probability of occurrence, as opposed to studying a continuous hazard function as usually proposed. Another reason for studying scenarios was to force the model to provide a reliable figure after a set of given parameters where fixed, such as the spatial location of an event and its chances, so the “worst case” of a given return period could be found.

Application of Independent Components Analysis with the JADE algorithm and NIR hyperspectral imaging for revealing food adulteration

In recent years, Independent Components Analysis (ICA) has proven itself to be a powerful signal-processing technique for solving the Blind-Source Separation (BSS) problems in different scientific domains. In the present work, an application of ICA for processing NIR hyperspectral images to detect traces of peanut in wheat flour is presented. Processing was performed without a priori knowledge of the chemical composition of the two food materials. The aim was to extract the source signals of the different chemical components from the initial data set and to use them in order to determine the distribution of peanut traces in the hyperspectral images. To determine the optimal number of independent component to be extracted, the Random ICA by blocks method was used. This method is based on the repeated calculation of several models using an increasing number of independent components after randomly segmenting the matrix data into two blocks and then calculating the correlations between the signals extracted from the two blocks. The extracted ICA signals were interpreted and their ability to classify peanut and wheat flour was studied. Finally, all the extracted ICs were used to construct a single synthetic signal that could be used directly with the hyperspectral images to enhance the contrast between the peanut and the wheat flours in a real multi-use industrial environment. Furthermore, feature extraction methods (connected components labelling algorithm followed by flood fill method to extract object contours) were applied in order to target the spatial location of the presence of peanut traces. A good visualization of the distributions of peanut traces was thus obtained

Patrones y procesos espaciales en poblaciones y comunidades vegetales: nuevas herramientas e hipótesis

Generalmente los patrones espaciales de puntos en ecología, se definen en el espacio bi-dimensional, donde cada punto representado por el par ordenado (x,y), resume la ubicación espacial de una planta. La importancia de los patrones espaciales de plantas radica en que proceden como respuesta ante importantes procesos ecológicos asociados a la estructura de una población o comunidad. Tales procesos incluyen fenómenos como la dispersión de semillas, la competencia por recursos, la facilitación, respuesta de las plantas ante algún tipo de estrés, entre otros. En esta tesis se evalúan los factores y potenciales procesos subyacentes, que explican los patrones de distribución espacial de la biodiversidad vegetal en diferentes ecosistemas como bosque mediterráneo, bosque tropical y matorral seco tropical; haciendo uso de nuevas metodologías para comprobar hipótesis relacionadas a los procesos espaciales. En este trabajo se utilizaron dos niveles ecológicos para analizar los procesos espaciales, el nivel de población y el nivel de comunidad, con el fin de evaluar la importancia relativa de las interacciones intraespecíficas e interespecíficas. Me centré en el uso de funciones estadísticas que resumen los patrones de puntos para explorar y hacer inferencias a partir de datos espaciales, empezando con la construcción de un nuevo modelo nulo para inferir variantes del síndrome de dispersión de una planta parásita en España central. Se analizó la dependencia de los patrones espaciales tanto de los hospedantes afectados como de los no-afectados y se observó fuerte dependencia a pequeña y mediana distancia. Se utilizaron dos funciones (kernel) para simular la dispersión de la especie parásita y se identificó consistencia de estos modelos con otros síndromes de dispersión adicionalmente a la autodispersión. Un segundo tema consistió en desarrollar un método ANOVA de dos vías? para patrones de puntos replicados donde el interés se concentró en evaluar la interacción de dos factores. Este método se aplicó a un caso de estudio que consitió en analizar la influencia de la topografía y la altitud sobre el patrón espacial de un arbusto dominante en matorral seco al sur del Ecuador, cuyos datos provienen de patrones de puntos replicados basados en diseño. Partiendo de una metodología desarrollada para procesos uni-factoriales, se construyó el método para procesos bi-factoriales y así poder evaluar el efecto de interacción. Se observó que la topografía por sí sola así como la interacción con la altitud presentaron efecto significativo sobre la formación del patrón espacial. Un tercer tema fue identificar la relación entre el patrón espacial y el síndrome de dispersión de la comunidad vegetal en el bosque tropical de la Isla de Barro Colorado (BCI), Panamá. Muchos estudios se han desarrollado en este bosque tropical y algunos han analizado la relación síndrome-patrón espacial, sin embargo lo novedoso de nuestro estudio es que se evaluaron un conjunto amplio de modelos (114 modelos) basados en procesos que incorporan la limitación de la dispersión y la heterogeneidad ambiental, y evalúan el efecto único y el efecto conjunto, para posteriormente seleccionar el modelo de mejor ajuste para cada especie. Más de la mitad de las especies presentaron patrón espacial consistente con el efecto conjutno de la limitación de la dispersión y heterogeneidad ambiental y el porcentaje restante de especies reveló en forma equitativa el efecto único de la heterogeneidad ambiental y efecto único de limitación de la dispersión. Finalmente, con la misma información del bosque tropical de BCI, y para entender las relaciones que subyacen para mantener el equilibrio de la biodiversidad, se desarrolló un índice de dispersión funcional local a nivel de individuo, que permita relacionar el patrón espacial con cuatro rasgos funcionales clave de las especies. Pese a que muchos estudios realizados involucran esta comunidad con la teoría neutral, se encontró que el ensamble de la comunidad de BCI está afectado por limitaciones de similaridad y de hábitat a diferentes escalas. ABSTRACT Overall the spatial point patterns in ecology are defined in two-dimensional space, where each point denoted by the (x,y) ordered pair, summarizes the spatial location of a plant. The spatial point patterns are essential because they arise in response to important ecological processes, associated with the structure of a population or community. Such processes include phenomena as seed dispersal, competition for resources, facilitation, and plant response to some type of stress, among others. In this thesis, some factors and potential underlying processes were evaluated in order to explain the spatial distribution patterns of plant biodiversity. It was done in different ecosystems such as Mediterranean forest, tropical forest and dry scrubland. For this purpose new methodologies were used to test hypothesis related to spatial processes. Two ecological levels were used to analyze the spatial processes, at population and community levels, in order to assess the relative importance of intraspecific and interspecific interactions. I focused on the use of spatial statistical functions to summarize point patterns to explore and make inferences from spatial data, starting with the construction of a new null model to infer variations about the dispersal syndrome of a parasitic plant in central Spain. Spatial dependence between point patterns in a multivariate point process of affected and unaffected hosts were analyzed and strong dependence was observed at small and medium distance. Two kernel functions were used to simulate the dispersion of parasitic plant and consistency of these models with other syndromes was identified, in addition to ballistic dispersion. A second issue was to analyze altitude and topography effects on the spatial population structure of a dominant shrub in the dry ecosystem in southern Ecuador, whose data come from replicated point patterns design-based. Based on a methodology developed for uni-factorial process, a method for bi-factorial processes was built to assess the interaction effect. The topography alone and interacting with altitude showed significant effect on the spatial pattern of shrub. A third issue was to identify the relationship between the spatial pattern and dispersal syndromes of plant community in the tropical forest of Barro Colorado Island (BCI), Panamá. Several studies have been developed in this tropical forest and some focused on the spatial pattern-syndrome relationship; however the novelty of our study is that a large set of models (114 models) including dispersal limitation and environmental heterogeneity were evaluated, used to identify the only and joint effect to subsequently select the best fit model for each species. Slightly more than fifty percent of the species showed spatial pattern consistent with only the dispersal limitation, and the remaining percentage of species revealed the only effect of environmental heterogeneity and habitat-dispersal limitation joined effect, equitably. Finally, with the same information from the tropical forest of BCI, and to understand the relationships underlying for balance of biodiversity, an index of the local functional dispersion was developed at the individual level, to relate the spatial pattern with four key functional traits of species. Although many studies involve this community with neutral theory, the assembly of the community is affected by similarity and habitat limitations at different scales.

Automated detection and classification of brain injury lesions on structural magnetic resonance imaging

El daño cerebral adquirido (DCA) es un problema social y sanitario grave, de magnitud creciente y de una gran complejidad diagnóstica y terapéutica. Su elevada incidencia, junto con el aumento de la supervivencia de los pacientes, una vez superada la fase aguda, lo convierten también en un problema de alta prevalencia. En concreto, según la Organización Mundial de la Salud (OMS) el DCA estará entre las 10 causas más comunes de discapacidad en el año 2020. La neurorrehabilitación permite mejorar el déficit tanto cognitivo como funcional y aumentar la autonomía de las personas con DCA. Con la incorporación de nuevas soluciones tecnológicas al proceso de neurorrehabilitación se pretende alcanzar un nuevo paradigma donde se puedan diseñar tratamientos que sean intensivos, personalizados, monitorizados y basados en la evidencia. Ya que son estas cuatro características las que aseguran que los tratamientos son eficaces. A diferencia de la mayor parte de las disciplinas médicas, no existen asociaciones de síntomas y signos de la alteración cognitiva que faciliten la orientación terapéutica. Actualmente, los tratamientos de neurorrehabilitación se diseñan en base a los resultados obtenidos en una batería de evaluación neuropsicológica que evalúa el nivel de afectación de cada una de las funciones cognitivas (memoria, atención, funciones ejecutivas, etc.). La línea de investigación en la que se enmarca este trabajo de investigación pretende diseñar y desarrollar un perfil cognitivo basado no sólo en el resultado obtenido en esa batería de test, sino también en información teórica que engloba tanto estructuras anatómicas como relaciones funcionales e información anatómica obtenida de los estudios de imagen. De esta forma, el perfil cognitivo utilizado para diseñar los tratamientos integra información personalizada y basada en la evidencia. Las técnicas de neuroimagen representan una herramienta fundamental en la identificación de lesiones para la generación de estos perfiles cognitivos. La aproximación clásica utilizada en la identificación de lesiones consiste en delinear manualmente regiones anatómicas cerebrales. Esta aproximación presenta diversos problemas relacionados con inconsistencias de criterio entre distintos clínicos, reproducibilidad y tiempo. Por tanto, la automatización de este procedimiento es fundamental para asegurar una extracción objetiva de información. La delineación automática de regiones anatómicas se realiza mediante el registro tanto contra atlas como contra otros estudios de imagen de distintos sujetos. Sin embargo, los cambios patológicos asociados al DCA están siempre asociados a anormalidades de intensidad y/o cambios en la localización de las estructuras. Este hecho provoca que los algoritmos de registro tradicionales basados en intensidad no funcionen correctamente y requieran la intervención del clínico para seleccionar ciertos puntos (que en esta tesis hemos denominado puntos singulares). Además estos algoritmos tampoco permiten que se produzcan deformaciones grandes deslocalizadas. Hecho que también puede ocurrir ante la presencia de lesiones provocadas por un accidente cerebrovascular (ACV) o un traumatismo craneoencefálico (TCE). Esta tesis se centra en el diseño, desarrollo e implementación de una metodología para la detección automática de estructuras lesionadas que integra algoritmos cuyo objetivo principal es generar resultados que puedan ser reproducibles y objetivos. Esta metodología se divide en cuatro etapas: pre-procesado, identificación de puntos singulares, registro y detección de lesiones. Los trabajos y resultados alcanzados en esta tesis son los siguientes: Pre-procesado. En esta primera etapa el objetivo es homogeneizar todos los datos de entrada con el objetivo de poder extraer conclusiones válidas de los resultados obtenidos. Esta etapa, por tanto, tiene un gran impacto en los resultados finales. Se compone de tres operaciones: eliminación del cráneo, normalización en intensidad y normalización espacial. Identificación de puntos singulares. El objetivo de esta etapa es automatizar la identificación de puntos anatómicos (puntos singulares). Esta etapa equivale a la identificación manual de puntos anatómicos por parte del clínico, permitiendo: identificar un mayor número de puntos lo que se traduce en mayor información; eliminar el factor asociado a la variabilidad inter-sujeto, por tanto, los resultados son reproducibles y objetivos; y elimina el tiempo invertido en el marcado manual de puntos. Este trabajo de investigación propone un algoritmo de identificación de puntos singulares (descriptor) basado en una solución multi-detector y que contiene información multi-paramétrica: espacial y asociada a la intensidad. Este algoritmo ha sido contrastado con otros algoritmos similares encontrados en el estado del arte. Registro. En esta etapa se pretenden poner en concordancia espacial dos estudios de imagen de sujetos/pacientes distintos. El algoritmo propuesto en este trabajo de investigación está basado en descriptores y su principal objetivo es el cálculo de un campo vectorial que permita introducir deformaciones deslocalizadas en la imagen (en distintas regiones de la imagen) y tan grandes como indique el vector de deformación asociado. El algoritmo propuesto ha sido comparado con otros algoritmos de registro utilizados en aplicaciones de neuroimagen que se utilizan con estudios de sujetos control. Los resultados obtenidos son prometedores y representan un nuevo contexto para la identificación automática de estructuras. Identificación de lesiones. En esta última etapa se identifican aquellas estructuras cuyas características asociadas a la localización espacial y al área o volumen han sido modificadas con respecto a una situación de normalidad. Para ello se realiza un estudio estadístico del atlas que se vaya a utilizar y se establecen los parámetros estadísticos de normalidad asociados a la localización y al área. En función de las estructuras delineadas en el atlas, se podrán identificar más o menos estructuras anatómicas, siendo nuestra metodología independiente del atlas seleccionado. En general, esta tesis doctoral corrobora las hipótesis de investigación postuladas relativas a la identificación automática de lesiones utilizando estudios de imagen médica estructural, concretamente estudios de resonancia magnética. Basándose en estos cimientos, se han abrir nuevos campos de investigación que contribuyan a la mejora en la detección de lesiones. ABSTRACT Brain injury constitutes a serious social and health problem of increasing magnitude and of great diagnostic and therapeutic complexity. Its high incidence and survival rate, after the initial critical phases, makes it a prevalent problem that needs to be addressed. In particular, according to the World Health Organization (WHO), brain injury will be among the 10 most common causes of disability by 2020. Neurorehabilitation improves both cognitive and functional deficits and increases the autonomy of brain injury patients. The incorporation of new technologies to the neurorehabilitation tries to reach a new paradigm focused on designing intensive, personalized, monitored and evidence-based treatments. Since these four characteristics ensure the effectivity of treatments. Contrary to most medical disciplines, it is not possible to link symptoms and cognitive disorder syndromes, to assist the therapist. Currently, neurorehabilitation treatments are planned considering the results obtained from a neuropsychological assessment battery, which evaluates the functional impairment of each cognitive function (memory, attention, executive functions, etc.). The research line, on which this PhD falls under, aims to design and develop a cognitive profile based not only on the results obtained in the assessment battery, but also on theoretical information that includes both anatomical structures and functional relationships and anatomical information obtained from medical imaging studies, such as magnetic resonance. Therefore, the cognitive profile used to design these treatments integrates information personalized and evidence-based. Neuroimaging techniques represent an essential tool to identify lesions and generate this type of cognitive dysfunctional profiles. Manual delineation of brain anatomical regions is the classical approach to identify brain anatomical regions. Manual approaches present several problems related to inconsistencies across different clinicians, time and repeatability. Automated delineation is done by registering brains to one another or to a template. However, when imaging studies contain lesions, there are several intensity abnormalities and location alterations that reduce the performance of most of the registration algorithms based on intensity parameters. Thus, specialists may have to manually interact with imaging studies to select landmarks (called singular points in this PhD) or identify regions of interest. These two solutions have the same inconvenient than manual approaches, mentioned before. Moreover, these registration algorithms do not allow large and distributed deformations. This type of deformations may also appear when a stroke or a traumatic brain injury (TBI) occur. This PhD is focused on the design, development and implementation of a new methodology to automatically identify lesions in anatomical structures. This methodology integrates algorithms whose main objective is to generate objective and reproducible results. It is divided into four stages: pre-processing, singular points identification, registration and lesion detection. Pre-processing stage. In this first stage, the aim is to standardize all input data in order to be able to draw valid conclusions from the results. Therefore, this stage has a direct impact on the final results. It consists of three steps: skull-stripping, spatial and intensity normalization. Singular points identification. This stage aims to automatize the identification of anatomical points (singular points). It involves the manual identification of anatomical points by the clinician. This automatic identification allows to identify a greater number of points which results in more information; to remove the factor associated to inter-subject variability and thus, the results are reproducible and objective; and to eliminate the time spent on manual marking. This PhD proposed an algorithm to automatically identify singular points (descriptor) based on a multi-detector approach. This algorithm contains multi-parametric (spatial and intensity) information. This algorithm has been compared with other similar algorithms found on the state of the art. Registration. The goal of this stage is to put in spatial correspondence two imaging studies of different subjects/patients. The algorithm proposed in this PhD is based on descriptors. Its main objective is to compute a vector field to introduce distributed deformations (changes in different imaging regions), as large as the deformation vector indicates. The proposed algorithm has been compared with other registration algorithms used on different neuroimaging applications which are used with control subjects. The obtained results are promising and they represent a new context for the automatic identification of anatomical structures. Lesion identification. This final stage aims to identify those anatomical structures whose characteristics associated to spatial location and area or volume has been modified with respect to a normal state. A statistical study of the atlas to be used is performed to establish which are the statistical parameters associated to the normal state. The anatomical structures that may be identified depend on the selected anatomical structures identified on the atlas. The proposed methodology is independent from the selected atlas. Overall, this PhD corroborates the investigated research hypotheses regarding the automatic identification of lesions based on structural medical imaging studies (resonance magnetic studies). Based on these foundations, new research fields to improve the automatic identification of lesions in brain injury can be proposed.