Semi-algebraic methods for symbolic analysis of complex reaction networks

The identification of chemical mechanism that can exhibit oscillatory phenomena in reaction networks are currently of intense interest. In particular, the parametric question of the existence of Hopf bifurcations has gained increasing popularity due to its relation to the oscillatory behavior around the fixed points. However, the detection of oscillations in high-dimensional systems and systems with constraints by the available symbolic methods has proven to be difficult. The development of new efficient methods are therefore required to tackle the complexity caused by the high-dimensionality and non-linearity of these systems. In this thesis, we mainly present efficient algorithmic methods to detect Hopf bifurcation fixed points in (bio)-chemical reaction networks with symbolic rate constants, thereby yielding information about their oscillatory behavior of the networks. The methods use the representations of the systems on convex coordinates that arise from stoichiometric network analysis. One of the methods called HoCoQ reduces the problem of determining the existence of Hopf bifurcation fixed points to a first-order formula over the ordered field of the reals that can then be solved using computational-logic packages. The second method called HoCaT uses ideas from tropical geometry to formulate a more efficient method that is incomplete in theory but worked very well for the attempted high-dimensional models involving more than 20 chemical species. The instability of reaction networks may lead to the oscillatory behaviour. Therefore, we investigate some criterions for their stability using convex coordinates and quantifier elimination techniques. We also study Muldowney's extension of the classical Bendixson-Dulac criterion for excluding periodic orbits to higher dimensions for polynomial vector fields and we discuss the use of simple conservation constraints and the use of parametric constraints for describing simple convex polytopes on which periodic orbits can be excluded by Muldowney's criteria. All developed algorithms have been integrated into a common software framework called PoCaB (platform to explore bio- chemical reaction networks by algebraic methods) allowing for automated computation workflows from the problem descriptions. PoCaB also contains a database for the algebraic entities computed from the models of chemical reaction networks.

Maygen: A Symbolic Debugger Generation System

With the development of high-level languages for new computer architectures comes the need for appropriate debugging tools as well. One method for meeting this need would be to develop, from scratch, a symbolic debugger with the introduction of each new language implementation for any given architecture. This, however, seems to require unnecessary duplication of effort among developers. This paper describes Maygen, a "debugger generation system," designed to efficiently provide the desired language-dependent and architecture-dependent debuggers. A prototype of the Maygen system has been implemented and is able to handle the semantically different languages of C and OPAL.

The Kineticist's Workbench: Combining Symbolic and Numerical Methods in the Simulation of Chemical Reaction Mechanisms

The Kineticist's Workbench is a program that simulates chemical reaction mechanisms by predicting, generating, and interpreting numerical data. Prior to simulation, it analyzes a given mechanism to predict that mechanism's behavior; it then simulates the mechanism numerically; and afterward, it interprets and summarizes the data it has generated. In performing these tasks, the Workbench uses a variety of techniques: graph- theoretic algorithms (for analyzing mechanisms), traditional numerical simulation methods, and algorithms that examine simulation results and reinterpret them in qualitative terms. The Workbench thus serves as a prototype for a new class of scientific computational tools---tools that provide symbiotic collaborations between qualitative and quantitative methods.

La arte-terapia como camino de transformación espiritual

Desde el abordaje de la arte-terapia y de la espiritualidad, es posible hallar la relación que ambos conceptos entrañan, relacionado con el significado simbólico y universal que el arte (a través de todas su manifestaciones), puede brindar al espíritu para alcanzar su transformación (personal y transpersonal), sea ésta comprendida desde un marco de intervención en patología o en disfuncionalidad, así como desde el marco de promoción en salud, teniendo en cuenta el carácter holístico de todo ser humano. ¿Qué tiene el arte que "cura" a los pacientes? Mediante una revisión de la literatura que tiene en cuenta las características específicas de la intersección de estos dos campos, tales como la relación terapéutica, el acto creativo, los niveles transpersonales del desarrollo y la imaginación, se aborda este interrogante.

La construcción de sentido del inicio de un cambio estratégico en las organizaciones: el caso de la Universidad del Rosario

A través de un caso de estudio se explora cómo la construcción de sentido de un grupo de directivos, bajo una misma inspiración, generó el inicio de un cambio estratégico en una prestigiosa y reconocida universidad colombiana, la Universidad del Rosario. Una institución que en un momento determinado notó que estaba siendo percibida dentro del sector de la educación superior como pequeña, estática en el avance de algunas disciplinas del conocimiento y conservadora; en otras palabras, que estaba perdiendo el reconocimiento que usualmente la había acompañado. A través del estudio de este caso se utilizó la técnica de análisis de discurso para comprender la construcción de sentido del inicio de un cambio estratégico en las organizaciones. Esta técnica permitió analizar la información cualitativa derivada de las entrevistas que se realizaron en profundidad a la cúpula de directivos de la institución y a algunos destacados representantes del sector de la Educación Superior en Colombia. Los resultados sugieren que se hicieron presentes, efectivamente, algunas condiciones específicas que marcaron el inicio de un cambio estratégico en la institución y un viraje en su identidad e imagen. Hechos que se sustentaron en los miembros de un equipo que procuró interpretar y comprender los cambios existentes en el entorno global y local, y asimilar, igualmente, algunos destacados retos que se planteaban por aquella época, al interior de la propia Universidad

La otra mirada de las calles: análisis del graffiti en Bogotá, en el caso del beso de los invisibles, país de mierda de Jaime Garzón y las víctimas, responsable a teoría política de Estesis de Ranciere

El interés de esta monografía es realizar un análisis del arte callejero o graffiti desde la teoría política de Jacques Rancière. Para ello se tomaron como unidades de análisis tres graffitis de la ciudad de Bogotá: El Beso de los Invisibles, País de Mierda de Jaime Garzón y Las Victimas, que, por sus características, permiten la aplicación de las categorías fundamentales de la esthesis política del autor. Los puntos de partida que guían a esta monografía se centra en la transformación de la ciudad a partir del arte urbano y en cómo los graffitis se han convertido en una forma de comunicación alternativa que se presenta en la ciudad. También se establece como premisa fundamental la importancia de ver otras maneras del hacer político, ya que muestra cómo a través del arte callejero se puede crear una transgresión, una subversión del sentido original para llegar así a la reivindicación de nuevos sujetos políticos

Meanings and metaphors : activities to practise figurative language.

Para estudiantes de nivel intermedio y superior estas treinta y cuatro unidades, cada una centrada en un tema diferente relacionado con el lenguaje figurado. Algunas se centran principalmente en las habilidades en el trabajo, otras en buscar los conceptos generales relativos al lenguaje figurado, hacer frente a otros muy específicos del idioma y participar en las comparaciones entre culturas. En ocasiones, el mismo tema se trata en distintos niveles con el objetivo de dar a los estudiantes la oportunidad de volver a examinarlo y ampliar su vocabulario en la materia. Puede utilizarse para complementar la mayoría de los libros de texto y en distintos entornos de enseñanza.

Museums, memories and social movements

From modernity to the contemporary world, museums have been acknowledged for their power to produce metamorphoses of meanings and functions, for their ability to adapt historic and social determination, and for their calling for cultural mediation. They derive from creating gestures which bind the symbolic and the material, which bind what is sensitive and what is intelligible. For this very reason the bridge metaphor fits them well, a bridge cast between different times, spaces, individuals, social groups and cultures, a bridge that is built with images and which holds a special place in the imaginary.

Multiple meanings of words in arithmetic textbooks

This paper discusses the differences among arithmetic textbooks and how this poses problems for hearing impaired children.

Non-commutative symbolic coding

We give a non-commutative generalization of classical symbolic coding in the presence of a synchronizing word. This is done by a scattering theoretical approach. Classically, the existence of a synchronizing word turns out to be equivalent to asymptotic completeness of the corresponding Markov process. A criterion for asymptotic completeness in general is provided by the regularity of an associated extended transition operator. Commutative and non-commutative examples are analysed.

The symbolic value of grafting in ancient Rome

Some scholars have read Virgil’s grafted tree (G. 2.78–82) as a sinister image, symptomatic of man’s perversion of nature. However, when it is placed within the long tradition of Roman accounts of grafting (in both prose and verse), it seems to reinforce a consistently positive view of the technique, its results, and its possibilities. Virgil’s treatment does represent a significant change from Republican to Imperial literature, whereby grafting went from mundane reality to utopian fantasy. This is reflected in responses to Virgil from Ovid, Columella, Calpurnius, Pliny the Elder, and Palladius (with Republican context from Cato, Varro, and Lucretius), and even in the postclassical transformation of Virgil’s biography into a magical folktale.