LIVIA - um software para classificação não supervisionada de áreas foliares infectadas pela ferrugem do café.

O objetivo deste comunicado é apresentar a implementação JavaTM do software LIVIA (Library for Visual Image Analysis). Trata-se de um módulo de processamento de imagens digitais aplicado à agricultura, desenvolvido na Embrapa Informática Agropecuária (Campinas/SP), sob demanda da Embrapa Meio Ambiente (Jaguariúna/SP).

Reconhecimento de padrões de pontes de hidrogênio ? preliminares do desenvolvimento de uma metodologia baseada em TI para a predição da posição de átomos de hidrogênio em proteínas.

Os primeiros resultados do desenvolvimento de um novo método para a localização do átomo de hidrogênio contido em grupos hidroxila da cadeia lateral dos aminoácidos é apresentado neste artigo. Os métodos existentes utilizam campos de força para esse problema de localização. Os autores propõem uma abordagem computacional para esse problema, pelo reconhecimento de padrões de pontes de hidrogênio agrupados por similaridade em clusters.

Uso da função discriminante linear na classificação dos fatores que determinam o êxodo rural.

A presente aplicacao da funcao discriminante linear na classificacao de fatores que determinam o exodo rural foi realizada a partir dos dados coletados em pequenas propriedades na regiao de Ouricuri, no alto sertao de Pernambuco. Dentro do complexo de problemas que condicionam o exodo rural foi escolhido um conjunto de variaveis que explicariam o fenomeno. Estas variaveis foram estudadas em duas populacoes (com exodo rural e sem exodo), para verificar em que grau se explica esse fenomeno. O objetivo do trabalho consistiu em testar instrumentos tecnicos e metodos estatisticos sobre problemas socio-economicos que possam ser usados posteriormente pelos orgaos de desenvolvimento.

O clima de São Joaquim para a viticultura de vinhos finos: classificação pelo sistema CCM Geovitícola.

2004

Estudo expedito de solos da bacia do rio Paraguai no Brasil, para fins de classificação, correlação e legenda preliminar.

A presente publicacao constitui o informe tecnico do estudo expedito de solos realizado na parte norte da bacia do Paraguai, compreendendo a parte meridional da folha ao milionesimo SD-21 e borda setentrional da folha SE-21. Foi executado por equipe de tecnicos do SNLCS da Embrapa e da Divisao de Pedologia do Projeto RADAMBRASIL (Base de Apoio de Goiania). Sua realizacao se deveu ao proposito de dar inicio aos trabalhos de execucao conjunta de levantamento de solos pelo SNLCS e RADAMBRASIL na Regiao Centro Oeste do pais. Os trabalhos de campo realizados tiveram duracao de 16 dias, num percurso de aproximadamente 2.950 km, durante o qual foram estudados 174 perfis de solos. Para verificacao de caracteristicas fisicas, quimicas e mineralogicas foram amostradosparcialmente 22 perfis de solos em cortes recentes de estradas ou atraves de tradagens, totalizando 29 amostras. Na area investigada foi feita a identificacao de diversas unidades de solos, estudaram-se sumariamente suas caracteristicas morfologicas, fisicas, quimicas e mineralogicas e realizaram-se observacoes sobre vegetacao, relevo e altitude, geologia e material originario, e uso agricola dos diversos solos. Os registros das observacoes realizadas, referentes aos perfis estudados e condicoes do meio ambiente em que se encontram, sao apresentados de forma condensada no presente relatorio.

V Reunião de Classificação, Correlação e Aplicação de Levantamentos de solos.

1998

Avaliação de impacto social - o caso do Sistema Brasileiro de Classificação de Solos-SiBCS.

Este documento apresenta os resultados da pesquisa de impactos sociais do Sistema Brasileiro de Classificação de Solos - SiBCS. Observou-se que a contribuição do SiBCS para a sociedade brasileira se mostra de forma muito abrangente, não apenas no ensino das ciências do solo, como nos múltiplos usos do conhecimento gerado, os quais se enquadram no componente da metodologia de avaliação denominado Compromisso Social do Desenvolvimento Agrícola, contribuindo assim para o desenvolvimento sustentável nos múltiplos desdobramentos das suas possibilidades de aplicação.

Caracterização de ambientes na Chapada dos Veadeiros e Vale do Rio Paranã: contribuição para a Classificação Brasileira de Solos.

2001

Matéria orgânica e a relação com os solos da Reunião Brasileira de Classificação e Correlação: Pantanal e Cerrado do Estado do Mato Grosso do Sul.

A matéria orgânica é um importante elemento para a separação e classificação de horizontes dos solos nos diversos sistemas taxonômicos, devido à relação com a morfologia, atributos químicos, físicos e mineralógicos. Este trabalho teve como objetivo avaliar os teores de carbono orgânico e as rações húmicas dos horizontes superficiais e subsuperficiais dos solos da X Reunião Brasileira de Classificação e Correlação. Foram selecionados perfis e nestes, horizontes superficiais e subsuperficias que identificam as classes de solo. Em amostras de terra, foram determinados os teores do carbono orgânico do solo e das frações húmicas. A fração humina predominou, seguido da fração ácidos húmicos nos pedoambientes Salina e Capão (sedimentos arenosos e calcário), enquanto, para os demais pedoambientes a fração humina é seguida da fração ácidos fúlvicos. Exceção com o predomínio das frações alcalinosolúveis no horizonte A2 do perfil MS03 (Capão) e horizontes A2 e Bw1 do perfil MS17 (Planalto). Com base na distribuição das frações húmicas não foi detectado acúmulo das frações alcalinosolúveis para os horizontes subsuperficiais caracterizados como Bh dos perfis MS01 e MS12 (Salina).

Participación de la familia génica GPC sobre la concentración de proteínas y nutrientes en el grano y su relación con la senescencia foliar en plantas de trigo

La removilización de nutrientes al grano y la senescencia son procesos extremadamente interconectados en trigo que determinan la calidad nutricional y panadera. Mientras que el nitrógeno (N) afecta la concentración de proteínas en grano (CPG), en donde alta CPG generan productos panificables con una calidad superior, los micronutrientes como el hierro (Fe) y el Zinc (Zn) afectan la calidad nutricional. Por lo tanto, el mejoramiento de la calidad en trigo requiere un profundo entendimiento de las redes génicas que regulan y controlan la senescencia y la removilización de nutrientes al grano. El gen GPC-B1, proveniente del trigo silvestre Triticum turgidum var. diccocoides, pertenece a la familia de factores de transcripción NAC y es la primer fuente de variación para CPG y micronutrientes identificada en trigo. Los objetivos de esta tesis fueron: estudiar el efecto de la introgresión de GPC-B1 sobre la CPG, concentración de micro y macronutrientes y diferentes parámetros agronómicos en germoplasma argentino; profundizar, mediante análisis transcriptómicos y el uso de plantas mutantes para los genes GPC el entendimiento de la regulación génica que ocurre durante la senescencia y finalmente identificar nuevos genes de transporte de N, Fe y Zn al grano mediante genómica comparativa con arroz. Cuando GPC-B1 se introdujo en germoplasma de origen argentino la CPG se incrementó entre 3 a 8,11 g kg-1 a través de diferentes cultivares y ambientes. A pesar del efecto negativo del gen sobre el tamaño de granos y una aceleración en la senescencia, no se observaron diferencias significativas en rendimiento. El incremento en la CPG se explicó por una mayor proteólisis y eficiencia en el transporte de aminoácidos al grano. Cuando se analizó la concentración de nutrientes, se observaron incrementos consistentes en Fe. La combinación de análisis transcriptómicos y plantas mutantes permitió identificar 3888 genes diferencialmente expresados durante la senescencia y 340 genes modulados por la familia GPC. A su vez, se han identificado 21 genes relacionados con el transporte de N al grano y se han caracterizado nueve familias génicas relacionadas con el transporte de Fe y Zn al grano que pueden utilizarse en programas de mejoramiento para incrementar la calidad nutricional en trigo.

Relación específica de las proteínas de reserva en el maíz (Zea mays) y sus parientes silvestres

p.255-263

A experiência no NAE à luz da classificação internacional da funcionalidade, incapacidade e saúde - uma análise crítica

A Classificação Internacional da Funcionalidade, Incapacidade e Saúde é uma classificação que utiliza uma abordagem biopsicossocial para se compreender e explicar a incapacidade e a funcionalidade. A utilização desta nova abordagem poderá contribuir para se perceber quais os fatores que intervêm na promoção da participação e da realização de tarefas pelas pessoas com necessidades especiais. Este relatório tem como objetivo descrever e analisar críticamente o trabalho realizado no âmbito do apoio aos estudantes com necessidades educativas especiais na Universidade de Évora até 2008. A análise crítica é perspetivada à luz da CIF, procurando identificar os contextos académicos que se constituem como barreiras à participação e atividade destes estudantes, identificando também as estratégias que foram desenvolvidas para as ultrapassar. É ainda abordada a inclusão como única forma para se alcançar uma sociedade mais equitativa que promova o respeito da cidadania e da qualidade de vida de todos. A aposta na formação, como agente de mudança das forma de estar, pensar, sentir e agir e na procura incessante pelo desenvolvimento de uma universidade mais justa e mais humana, parece ser o caminho para alcançar o desiderato duma universidade inclusiva; ABSTRACT: The International Classification of Functioning, Disability and Health is a classification that uses a bio psychosocial approach to understand and explain disability and functioning. Using this new approach could help to understand the factors involved in promoting participation and perform tasks for people with special needs. This report aims to describe and crítically analyze the work done in support of students with special needs at the University of Évora until 2008. The review is taken using of CIF, trying to identify the academic contexts which constitute barriers to participation and activity of these students, also by identifying the strategies that have been developed to overcome them. It also discusses the inclusion as the only way to achieve a more equitable society that promotes respect of citizenship and quality of life for all. A focus on training as an agent of change in the form of being, thinking, feeling and acting and the relentless pursuit by the development of a university fairer and more humane, seems to be the way to achieve the desideratum of an inclusive university.

Classificação automática de documentos de arquivo corrente: estudo de caso sobre a Câmara Municipal de Palmela

Esta dissertação tem como propósito averiguar a aplicabilidade das metodologias de categorização ou classificação automática à classificação em arquivo corrente nas Câmaras Municipais, partindo do Município de Palmela como estudo de caso. A classificação continua a ser de fundamental importância numa época de proliferação de documentos eletrónicos e de sistemas informáticos que os gerem e uma solução que a simplifique e agilize mantendo a sua eficiência seria uma mais-valia. Os objetivos, numa primeira parte, serão caracterizar a classificação em arquivo e a importância da sua definição e implementação desde a origem e incluída em sistemas informáticos, e numa segunda parte caracterizar a tarefa de categorização ou classificação automática, a sua possível relação com a classificação em arquivo e a possibilidade de a automatizar. Para tal, foi realizado um teste e avaliação de resultados. Os resultados experimentais permitiram validar a hipótese colocada. /ABSTRACT - This essay has as intention to inquire the applicability of automatic categorization or classification methodologies to the classification of current archives of the City councils, having the City council of Palmela as case study. Classification continues to be of basic importance at a time of proliferation of electronic documents and informatics systems that manage them and a solution that simplifies and speeds it maintaining its efficiency would be of major value. The purposes will be, in the first chapters, to characterize classification in archives and the importance of its definition and implementation since the origin, in City councils and enclosed in those systems, and in the last chapters, to characterize the task of automatic categorization or classification, its possible relation with archival classification and the possibility of automatizing it. A test and evaluation of its results were made. The experimental results validate the hypothesis placed.

Expressão das proteínas da matriz na discondroplasia da tíbia

A discondroplasia da tíbia (TD) em aves consiste numa anomalia do esqueleto onde existe uma falha nos processos normais da ossificação endocondral. Esta patologia é caracterizada pela formação de uma cartilagem não vascularizada e não mineralizada que se estende até à metáfise. Uma vez que existem várias anomalias do esqueleto em mamíferos com lesões semelhantes às apresentadas pela TD, este trabalho teve como objectivo a caracterização desta patologia em termos das moléculas que podem estar envolvidas no seu desenvolvimento. Assim, foi estudada a expressão das macromoléculas da matriz extracelular, das enzimas degradadoras da matriz (metaloproteinases da matriz: MMPs), bem como das moléculas envolvidas na proliferação e diferenciação celular, na angiogénese e apoptose. A expressão génica foi realizada, por PCR quantitativo em tempo real, em placas de crescimento normais e discondroplásicas obtidas a partir de frangos de carne (broilers) da estirpe Cobb. Os níveis proteicos de algumas MMPs foram analisados por immunoblotting e zimografia de gelatina. No presente estudo não se verificou alteração na expressão dos genes dos colagénios do tipo II, IX, X e XI, bem como do agrecano, nas lesões discondroplásicas. Observou-se uma redução acentuada nos níveis de mRNA da gelatinase-B (MMP-9), da colagenase-3 (MMP-13) e das estromalisinas -2 (MMP-10) e -3 (MMP-11), bem como nos níveis proteicos da gelatinase-A (MMP-2) e da MMP-13. Por outro lado, a MMP-7 aumentou drasticamente a expressão do seu gene. As moléculas envolvidas na proliferação e diferenciação dos condrócitos, tais como a PTHrP, o Ihh, o Cbfa-1 e o Sox-9, mantiveram a sua expressão génica nas lesões. Por outro lado, o TGF-β reduziu a sua expressão. A caspase-3 também dimimuiu a sua expressão na patologia. Em relação aos factores angiogénicos, o FGF manteve a sua expressão e o VEGF aumentou significativamente nas lesões. Este aumento do VEGF juntamente com o aumento da MMP-7 sugere um aumento da hipoxia nas lesões. Os nossos resultados sugerem que a acumulação da cartilagem observada na discondroplasia é devida a uma diminuição da proteólise da matriz, resultado de uma sub-expressão das MMPs, e não de um aumento da produção das macromoléculas da matriz. Desta forma, os nossos resultados sugerem que a falha na expressão e/ou activação das MMPs poderá estar associada ao desenvolvimento da discondroplasia da tíbia em aves. Finalmente, os nossos resultados vêm suportar os resultados anteriores que sugerem uma ligação entre a expressão das MMPs e anomalias no processo de ossificação endocondral.

Metabonomics of human amniotic fluid for prenatal diagnostics

O trabalho apresentado nesta tese teve como principais objectivos contribuir para o conhecimento da composição do líquido amniótico humano (LA), colhido no 2º trimestre de gravidez, assim como investigar possíveis alterações na sua composição devido à ocorrência de patologias pré-natais, recorrendo à metabonómica e procurando, assim, definir novos biomarcadores de doenças da grávida e do feto. Após uma introdução descrevendo o estado da arte relacionado com este trabalho (Capítulo 1) e os princípios das metodologias analíticas usadas (Capítulo 2), seguida de uma descrição dos aspectos experimentais associados a esta tese (Capítulo 3), apresentam-se os resultados da caracterização da composição química do LA (gravidez saudável) por espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN), assim como da monitorização da sua estabilidade durante o armazenamento e após ciclos de congelamento-descongelamento (Capítulo 4). Amostras de LA armazenadas a -20°C registaram alterações significativas, tornando-se estas menos pronunciadas (mas ainda mensuráveis) a -70°C, temperatura recomendada para o armazenamento de LA. Foram também observadas alterações de composição após 1-2 ciclos de congelamento-descongelamento (a ter em conta aquando da reutilização de amostras), assim como à temperatura ambiente (indicando um período máximo de 4h para a manipulação e análise de LA). A aquisição de espectros de RMN de 1H de alta resolução e RMN acoplado (LC-NMR/MS) permitiu a detecção de 75 compostos no LA do 2º trimestre, 6 dos quais detectados pela primeira vez no LA. Experiências de difusão (DOSY) permitiram ainda a caracterização das velocidades de difusão e massas moleculares médias das proteínas mais abundantes. O Capítulo 5 descreve o estudo dos efeitos de malformações fetais (FM) e de cromossomopatias (CD) na composição do LA do 2º trimestre de gravidez. A extensão deste trabalho ao estudo dos efeitos de patologias no LA que ocorrem no 3º trimestre de gravidez é descrita no Capítulo 6, nomeadamente no que se refere ao parto pré-termo (PTD), pré-eclampsia (PE), restrição do crescimento intra-uterino (IUGR), ruptura prematura de membranas (PROM) e diabetes mellitus gestacional (GDM). Como complemento a estes estudos, realizou-se uma análise preliminar da urina materna do 2º trimestre para o estudo de FM e GDM, descrita no Capítulo 7. Para interpretação dos dados analíticos, obtidos por espectroscopia RMN de 1H, cromatografia líquida de ultra eficiência acoplada a espectrometria de massa (UPLC-MS) e espectroscopia do infravermelho médio (MIR), recorreu-se à análise discriminante pelos métodos dos mínimos quadrados parciais e o método dos mínimos quadrados parciais ortogonal (PLS-DA e OPLS-DA) e à correlação espectral. Após análise por validação cruzada de Monte-Carlo (MCCV), os modelos PLS-DA de LA permitiram distinguir as FM dos controlos (sensibilidades 69-85%, especificidades 80-95%, taxas de classificação 80-90%), revelando variações metabólicas ao nível do metabolismo energético, dos metabolismos dos aminoácidos e glícidos assim como possíveis alterações ao nível do funcionamento renal. Observou-se também um grande impacto das FM no perfil metabólico da urina materna (medido por UPLC-MS), tendo no entanto sido registados modelos PLS-DA com menor sensibilidade (40-60%), provavelmente devido ao baixo número de amostras e maior variabilidade da composição da urina (relativamente ao LA). Foram sugeridos possíveis marcadores relacionados com a ocorrência de FM, incluindo lactato, glucose, leucina, valina, glutamina, glutamato, glicoproteínas e conjugados de ácido glucurónico e/ou sulfato e compostos endógenos e/ou exógenos (<1 M) (os últimos visíveis apenas na urina). No LA foram também observadas variações metabólicas devido à ocorrência de vários tipos de cromossomopatias (CD), mas de menor magnitude. Os perfis metabólicos de LA associado a pré- PTD produziram modelos que, apesar do baixo poder de previsão, sugeriram alterações precoces no funcionamento da unidade fetoplacentária, hiperglicémia e stress oxidativo. Os modelos obtidos para os grupos pré- IUGR pré- PE, pré- PROM e pré-diagnóstico GDM (LA e urina materna) registaram baixo poder de previsão, indicando o pouco impacto destas condições na composição do LA e/ou urina do 2º trimestre. Os resultados obtidos demonstram as potencialidades da análise dos perfis metabólicos do LA (e, embora com base em menos estudos, da urina materna) do 2º trimestre para o desenvolvimento de novos e complementares métodos de diagnóstico, nomeadamente para FM e PTD.