Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement. L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse. Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.

Social rejection of minority groups and its impacts on the individual's identity and perception of the self : exploring homosexual and racial identities in James Baldwin's Giovanni's room and Just above my head

Ce mémoire examine la question de la formation de l'identité en tant que procédure compliquée dans laquelle plusieurs éléments interviennent. L'identité d'une personne se compose à la fois d’une identité propre et d’une autre collective. Dans le cas où l’identité propre est jugée sévèrement par les autres comme étant déviante, cela poussera la personne à, ou bien maintenir une image compatible avec les prototypes sociaux ou bien résister et affirmer son identité personnelle. Mon travail montre que l'exclusion et la répression de certains aspects de l'identité peuvent causer un disfonctionnement psychique difficile à surmonter. Par contre, l'acceptation de soi et l’adoption de tous les éléments qui la constituent conduisent, certes après une longue lutte, au salut de l’âme et du corps. Le premier chapitre propose une approche psychosociale qui vise à expliquer le fonctionnement des groupes et comment l'interaction avec autrui joue un rôle décisif dans la formation de l'identité. Des éléments extérieurs comme par exemple les idéaux sociaux influencent les comportements et les choix des gens. Toutefois, cette influence peut devenir une menace aux spécificités personnelles et aux traits spécifiques. Le deuxième chapitre examine la question des problèmes qu’on risque d’avoir au cas où les traits identitaires franchiraient les normes sociales. Nous partons du problème épineux de la quête de soi dans Giovanni's Room de James Baldwin. L'homosexualité de David était tellement refusée par la société qu’elle a engendrée chez lui des sentiments de honte et de culpabilité. Il devait choisir entre le sacrifice des aspects de soi pour satisfaire les paradigmes sociaux ou bien perdre ce qu’il a de propre. David n'arrive pas à se libérer. Il reste prisonnier des perceptions rigides au sujet de la masculinité et de la sexualité. Mon analyse se focalise essentiellement sur l'examen des différents éléments théoriques qui touchent la question du sexe et de la sexualité. Le résultat est le suivant : plus les opinions dominantes sont rigides et fermes, plus elles deviennent une prison pour l’individu. Par contre, plus elles sont tolérantes et flexibles, plus elles acceptent les diversités de l'identité humaine. Dans le dernier chapitre, j'examine la question de la représentation des relations entre les caractères masculins dans Just Above My Head. L'homosexualité est présentée comme un moyen sacré pour exprimer l'amour. Les caractères révèlent leurs sentiments implicitement à travers les chants spirituel tel que le gospel ou bien explicitement à travers la connexion physique. Dans ce roman, Baldwin montre que c'est seulement grâce à la sincérité et à l'amour que l'individu peut atteindre la libération du soi.

The impact of topical prostaglandin analogs on the biomechanical properties of the cornea in patients with open angle glaucoma

Justification: Le glaucome entraîne une perte progressive de la vision causée par la détérioration du nerf optique. Le glaucome est répandu dans le monde et cause la cécité dans environ sept millions de personnes. Le glaucome touche plus de 400 000 Canadiens et sa prévalence augmente avec le vieillissement de la population.1,2 Il s'agit d'une maladie chronique surnoise dont les symptômes se manifestent uniquement lors des stades avancés et qui peuvent mener à la cécité. Présentement, le seul moyen possible d’arrêter la progression du glaucome au stade initial est de diminuer la pression intra-oculaire (PIO). Les analogues de prostaglandines (APG) topiques sont fréquemment utilisées comme traitement de première ligne. Cependant, la recherche démontre que cette classe de médicaments peut changer certaines propriétés de la cornée, et possiblement influencer la mesure de la PIO.3 Objectif: À déterminer si l'utilisation d'APG affecte les propriétés biomécaniques de la cornée. La conclusion sera basée sur l'analyse intégrée des résultats obtenus de l'analyseur Reichert oculaire Réponse (ORA), la tonométrie par applanation de Goldmann (TAG) et la pachymétrie ultrasonographique. Le deuxième objectif potentiel de cette étude est de déterminer la corrélation, le cas échéant, entre les propriétés biomécaniques de la cornée, l'épaisseur de la cornée centrale (ECC) et la PIO chez les patients subissant un traitement d’APG topique. L'hypothèse principale de cette étude est que l’APG influence les propriétés de la cornée telles que l'épaisseur centrale, l'élasticité et la résistance. Patients et méthodes : Soixante-dix yeux de 35 patients, âgés de 50-85 ans, atteints de glaucome à angle ouvert (GAO) et traités avec APG topique ont été examinés. Seulement les sujets avec une réfraction manifeste entre -6,00 D et +4,25 D ont été inclus. Les critères d'exclusion sont: patients avec n'importe quelle autre maladie de la cornée de l’œil, telles que la dystrophie endothéliale de Fuch’s et kératocône, ou tout antécédent de traumatisme ou d'une chirurgie de la cornée, ainsi que le port de lentilles de contact. Nous avons demandé aux patients atteints du glaucome qui ont des paramètres stables et qui utilisent l’APG dans les deux yeux de cesser l’APG dans l'œil moins affecté par la PIO, et de continuer l’utilisation d’APG dans l'œil contralatéral. Le meilleur œil est défini comme celui avec moins de dommage sur le champ visuel (CV) (déviation moyenne (DM), le moins négatif) ou une PIO maximale historique plus basse si la DM est égale ou encore celui avec plus de dommage sur la tomographie par cohérence optique (TCO, Cirrus, CA) ou la tomographie confocale par balayage laser (HRT, Heidelberg, Allemagne). Toutes les mesures ont été prises avant la cessation d’APG et répétées 6 semaines après l’arrêt. Les patients ont ensuite recommencé l’utilisation d’APG et toutes les mesures ont été répétées encore une fois après une période supplémentaire de 6 semaines. Après commencer ou de changer le traitement du glaucome, le patient doit être vu environ 4-6 semaines plus tard pour évaluer l'efficacité de la goutte.4 Pour cette raison, on été décidé d'utiliser 6 semaines d'intervalle. Toutes les mesures ont été effectuées à l’institut du glaucome de Montréal par le même technicien, avec le même équipement et à la même heure de la journée. L'œil contralatéral a servi comme œil contrôle pour les analyses statistiques. La tonométrie par applanation de Goldmann a été utilisée pour mesurer la PIO, la pachymétrie ultrasonographique pour mesurer l'ECC, et l’ORA pour mesurer les propriétés biomécaniques de la cornée, incluant l'hystérèse cornéenne (HC). L’hypothèse de l'absence d'effet de l'arrêt de l’APG sur les propriétés biomécaniques a été examiné par un modèle linéaire à effets mixtes en utilisant le logiciel statistique R. Les effets aléatoires ont été définies à deux niveaux: le patient (niveau 1) et l'œil de chaque patient (niveau 2). Les effets aléatoires ont été ajoutés au modèle pour tenir compte de la variance intra-individuelle. L’âge a également été inclus dans le modèle comme variable. Les contrastes entre les yeux et les temps ont été estimés en utilisant les valeurs p ajustées pour contrôler les taux d'erreur internes de la famille en utilisant multcomp paquet dans R. Résultats: Une augmentation statistiquement significative due l 'HC a été trouvée entre les visites 1 (sur APG) et 2 (aucun APG) dans les yeux de l'étude, avec une moyenne (±erreur standard) des valeurs de 8,98 ± 0,29 mmHg et 10,35 ± 0,29 mmHg, respectivement, correspondant à une augmentation moyenne de 1,37 ± 0,18 mmHg (p <0,001). Une réduction significative de 1,25 ± 0,18 mmHg (p <0,001) a été observée entre les visites 2 et 3, avec une valeur moyenne HC finale de 9,09 ± 0,29 mmHg. En outre, une différence statistiquement significative entre l’oeil d’étude et le contrôle n'a été observée que lors de la visite 2 (1,01 ± 0,23 mmHg, p <0,001) et non lors des visites 1 et 3. Une augmentation statistiquement significative du facteur de résistance conréen (FRC) a été trouvée entre les visites 1 et 2 dans les yeux de l'étude, avec des valeurs moyennes de 10,23 ± 0,34 mmHg et 11,71 ± 0,34 mmHg, respectivement. Le FRC a ensuite été réduit de 1,90 ± 0,21 mmHg (p <0,001) entre les visites 2 et 3, avec une valeur moyenne FRC finale de 9,81 ± 0,34 mmHg. Une différence statistiquement significative entre l’oeil d’étude et le contrôle n'a été observée que lors de la visite 2 (1,46 ± 0,23 mmHg, p <0,001). Une augmentation statistiquement significative de l'ECC a été trouvée entre les visites 1 et 2 dans les yeux de l'étude, avec des valeurs moyennes de 541,83 ± 7,27 µm et 551,91 ± 7,27 µm, respectivement, ce qui correspond à une augmentation moyenne de 10,09 ± 0,94 µm (p <0,001). L'ECC a ensuite diminué de 9,40 ± 0,94 µm (p <0,001) entre les visites 2 et 3, avec une valeur moyenne finale de 542,51 ± 7,27 µm. Une différence entre l’étude et le contrôle des yeux n'a été enregistré que lors de la visite 2 (11,26 ± 1,79 µm, p <0,001). De même, on a observé une augmentation significative de la PIO entre les visites 1 et 2 dans les yeux de l'étude, avec des valeurs moyennes de 15,37 ± 0,54 mmHg et 18,37 ± 0,54 mmHg, respectivement, ce qui correspond à une augmentation moyenne de 3,0 ± 0,49 mmHg (p <0,001). Une réduction significative de 2,83 ± 0,49 mmHg (p <0,001) a été observée entre les visites 2 et 3, avec une valeur moyenne de la PIO finale de 15,54 ± 0,54 mmHg. L’oeil de contrôle et d’étude ne différaient que lors de la visite 2 (1,91 ± 0,49 mmHg, p <0,001), ce qui confirme l'efficacité du traitement de l’APG. Lors de la visite 1, le biais de la PIO (PIOcc - PIO Goldmann) était similaire dans les deux groupes avec des valeurs moyennes de 4,1 ± 0,54 mmHg dans les yeux de contrôles et de 4,8 ± 0,54 mmHg dans les yeux d’études. Lors de la visite 2, après un lavage de 6 semaines d’APG, le biais de la PIO dans l'œil testé a été réduit à 1,6 ± 0,54 mmHg (p <0,001), ce qui signifie que la sous-estimation de la PIO par TAG était significativement moins dans la visite 2 que de la visite 1. La différence en biais PIO moyenne entre l'étude et le contrôle des yeux lors de la visite 2, en revanche, n'a pas atteint la signification statistique (p = 0,124). On a observé une augmentation peu significative de 1,53 ± 0,60 mmHg (p = 0,055) entre les visites 2 et 3 dans les yeux de l'étude, avec une valeur de polarisation finale de la PIO moyenne de 3,10 ± 0,54 mmHg dans les yeux d'études et de 2,8 ± 0,54 mmHg dans les yeux de contrôles. Nous avons ensuite cherché à déterminer si une faible HC a été associée à un stade de glaucome plus avancé chez nos patients atteints du glaucome à angle ouvert traités avec l’APG. Lorsque l'on considère tous les yeux sur l’APG au moment de la première visite, aucune association n'a été trouvée entre les dommages sur le CV et l'HC. Cependant, si l'on considère seulement les yeux avec un glaucome plus avancé, une corrélation positive significative a été observée entre la DM et l'HC (B = 0,65, p = 0,003). Une HC inférieure a été associé à une valeur de DM de champ visuelle plus négative et donc plus de dommages liés au glaucome. Conclusions : Les prostaglandines topiques affectent les propriétés biomécaniques de la cornée. Ils réduisent l'hystérèse cornéenne, le facteur de résistance cornéen et l'épaisseur centrale de la cornée. On doit tenir compte de ces changements lors de l'évaluation des effets d’APG sur la PIO. Plus de recherche devrait être menées pour confirmer nos résultats. De plus, d’autres études pourraient être réalisées en utilisant des médicaments qui diminuent la PIO sans influencer les propriétés biomécaniques de la cornée ou à l'aide de tonomètre dynamique de Pascal ou similaire qui ne dépend pas des propriétés biomécaniques de la cornée. En ce qui concerne l'interaction entre les dommages de glaucome et l'hystérésis de la cornée, nous pouvons conclure qu' une HC inférieure a été associé à une valeur de DM de CV plus négative. Mots Clés glaucome - analogues de prostaglandines - hystérèse cornéenne – l’épaisseur de la cornée centrale - la pression intraoculaire - propriétés biomécaniques de la cornée.

On the individual optimality of economic integration

Which countries find it optimal to form an economic union? We emphasize the risk-sharing benefits of economic integration. Consider an endowment world economy model, where international financial markets are incomplete and contracts not enforceable. A union solves both frictions among member countries. We uncover conditions on initial incomes and net foreign assets of potential union members such that forming a union is welfare-improving over standing alone in the world economy. Consistently with evidence on economic integration, unions in our model occur (i) relatively infrequently, and (ii) emerge more likely among homogeneous countries, and (iii) rich countries.

L’expérience d’acquisition de ressources en enseignement à la clientèle et de leur utilisation en situation clinique telle que perçue par des infirmiers ayant suivi un cours e-learning : étude qualitative descriptive

Les infirmiers doivent maintenir leurs connaissances à jour et poursuivre le développement de leurs compétences. Toutefois, dans le contexte actuel de pénurie d’infirmiers, la formation continue représente un défi pour eux. Or, le e-learning semble offrir un potentiel intéressant pour relever ce défi. Une étude qualitative basée sur la méthode des incidents critiques visait à décrire l’expérience clinique d’infirmiers (n=4) suite à un cours e-learning sur l’enseignement à la clientèle. Ce cours de 45 heures était basé sur l’approche par compétences. Des entrevues individuelles ont permis de documenter l’acquisition et l’utilisation en contexte clinique d’apprentissages effectués durant le cours. Les résultats révèlent que ce cours e-learning a permis aux infirmiers qui ont participé à l’étude (n=4) d’acquérir des ressources (connaissances et habiletés) et de les utiliser dans des situations cliniques d’enseignement à la clientèle. Les stratégies pédagogiques, qui apparaissent les plus prometteuses, à la lumière des résultats, sont la discussion de situations cliniques sur le forum de discussion « en ligne » et le projet de mise en contexte réel. En somme, le e-learning, basé sur l’approche par compétences se révèle une approche pédagogique prometteuse pour soutenir le développement des compétences des infirmiers. Mots clés : e-learning, formation continue, stratégies pédagogiques, approche par compétences

Le tonneau des Danaïdes ou de l’européanisation à l’Est : la grande corruption en Roumanie – types, causes, conséquences

Pourquoi la Roumanie ne réussit-elle pas l'épreuve de l'européanisation? À travers quatre études de cas, ce mémoire souligne le rôle central occupé par les partis politiques dans le développement de la corruption en Roumanie. En adaptant la théorie créée par Jonathan Pinto, Carrie Leana et Frits Pil, il montre que le type le plus répandu de corruption n'est pas individuel mais organisationnel et se propage à travers les partis. Plus précisément, les études de cas servent à comparer les phénomènes de l'Organisation d'Individus Corrompus (OIC) et de l'Organisation Corrompue (OC). En Roumanie, les deux types coexistent. Toutefois, de par l’étendue et la puissance supérieure dans le fonctionnement de l’OC par rapport à l’OIC, de par la définition et tel que le montre l'analyse des études de cas choisies, le phénomène de l’Organisation Corrompue dans sa manifestation à l'intérieur des partis politiques a plus de conséquences négatives sur le développement économique, politique et sur l’intégration européenne du pays comprise dans le sens d’idéal démocratique et de modernité dont tout État membre de l’Union européenne tente de se rapprocher.

The Constituents of Democracy. The Individual in the Work of Madame Justice Wilson

Cet article a précédemment été publié par le Dalhousie Law Journal.

Effet du développement résidentiel sur la distribution et l’abondance des macrophytes submergés dans la région des Laurentides et de Lanaudière

Nous avons cherché des relations empiriques entre l’abondance des macrophytes submergés et le développement résidentiel du bassin versant, les propriétés du lac et la présence de milieux humides dans 34 lacs de la région des Laurentides et de Lanaudière sélectionnés à travers un gradient de développement résidentiel. Les macrophytes submergés ont été échantillonnés par méthode d’échosondage à l’intérieur de la zone littorale. L’abondance moyenne des macrophytes a ensuite été estimée à l’intérieur de quatre zones de croissance optiquement définies (profondeur maximale = 75 %, 100 %, 125 % et 150 % de la profondeur de Secchi) ainsi qu’à l’intérieur de toute la zone littorale. L’occupation humaine a été considérée selon trois échelles spatiales : celle présente 1- dans un rayon de 100 mètres autour du lac, 2- dans la fraction du bassin versant qui draine directement vers le lac et 3- dans le bassin versant en entier. Nous avons aussi testé, lac par lac, l’effet de la pente locale sur l’abondance des macrophytes. Nous avons observé des corrélations positives et significatives entre l’abondance des macrophytes submergés et l’occupation humaine de l’aire de drainage direct (r > 0.51). Toutefois, il n’y a pas de relation entre l’abondance des macrophytes submergés et l’occupation humaine de la bande de 100 mètres entourant le lac et du bassin versant entier. Les analyses de régression multiple suggèrent que l’abondance des macrophytes submergés est faiblement corrélée avec l’aire du lac (+) et avec la présence de milieux humides dans le bassin versant entier (-). Localement, l’abondance des macrophytes est reliée à la pente et à la profondeur qui expliquent 21% de la variance. Les profondeurs de colonisation maximale et optimale des macrophytes submergés sont corrélées positivement au temps de résidence et à la profondeur de Secchi et négativement à l’occupation humaine et à l’importance des milieux humides.

On the individual optimality of economic integration

Ce document est une version mise-à-jour du document "On the individual optimality of economic integration", mars 2011 : http://hdl.handle.net/1866/4829

Individual and Collective Responsiveness to Climate Change: A Response to Dwyer

Commentaire / Commentary

Le rôle des états prothrombotiques dans l’AVC du jeune adulte

Introduction: Au moins 30% des AVC ischémiques chez les jeunes demeurent inexpliqués malgré une investigation extensive. Le rôle de certains états prothrombotiques (ÉP) dans la thrombose artérielle reste incertain, possiblement à cause du petit nombre de patients, de populations hétérogènes ou d’ÉP analysés individuellement dans les études antérieures, alors que leur prévalence est basse. Méthodologie : Étude cas-témoins sur une cohorte rétrospective (2002-2011). Les patients âgés de ≤50ans lors d’un AVC ischémique furent identifiés sur une base de données hospitalière. Après exclusion des individus ayant une investigation étiologique incomplète, un syndrome antiphospholipide ou aucun ÉP testé, la cohorte fut divisée en groupes cas (AVC idiopathique) et témoins (étiologie identifiée). La prevalence de chaque ÉP fut comparée entre les groupe, ainsi que la présence de ≥2 ÉP (analyse primaire), sans et avec ajustement pour les facteurs de risque non-prothrombotiques (régression logistique). En analyse de sous-groupe, la présence de ≥1 ÉP fut comparée entre les cas avec versus sans foramen ovale perméable (FOP), entre les cas ou contrôles porteurs d’un FOP avec versus sans migraine, de même qu’entre les cas versus témoins de sexe féminin en incluant la contraception orale parmi les ÉP. Résultats : 502 jeunes avec AVC ischémique furent identifiés. Après exclusion de 108 patients, 184 cas et 210 témoins furent comparés, (âge moyen : 39,2 ans, 51% hommes). La prévalence des ÉP ne différait pas entre les cas et contrôles : déficits en protéine S (0,6%), protéine C (3,4%), antithrombine (1,2%), mutation de la prothrombine (2,5%), facteur V Leiden (4,6%), et anticardiolipines (titre 15-40 unités GPL ou MPL; 3,3%). La présence de ≥2 ÉP n’était pas associée à l’AVC idiopathique, avant (p=0,48) ou après ajustement (p=0,74). La présence de ≥1 ÉP ne différait pas entre les sous-groupes étudiés. Conclusion: Il n’y a pas d’association entre les ÉP, isolés ou en association, avec l’AVC ischémique idiopathique chez les jeunes, même en presence de FOP ou de migraine.

L-Glutaminase production by an immobilized marine Pseudomonas sp. BTMS -51

The present study is about the Pseudomonas sp. BTMS-51 isolated from the marine sediments of Cochin Coast. In the present study, it is concluded that marine bacteria are ideal candidates for immobilization using either Ca-alginate entrapment or physical adsorption on to synthetic inert supports and the process of immobilization does not negatively influence them. Thus, Ca-alginate entrapment of the bacteria was found to be well suited for reuse of the biomass and extended operational stability during continuous operation. Adherence of the bacterium to inertsupports was observed to be strong and it imparted minimal stress on the immobilized bacterium and allowed detachment and relocation on the supports which enabled the formation of a dynamic equilibrium maintaining a stable cell loading. This is particularly desirable in the industry for extended operational stability and maintenance of consistently higher outputs. Marine Pseudomonas sp. BTMS-51 is ideal for industrial production of extra cellular L-glutaminase and immobilization on to synthetic inert support such as polyurethane foam could be an efficient technique, employing packed bed reactor for continuous production of the enzyme. Temperature and glutamine concentration had significant effects on enzyme production by cells immobilized on polyurethane foam (PUF).