Modélisation de la régénération de l’épinette noire suite au passage d’un feu en forêt boréale fermée

Face à l’augmentation observée des accidents de régénération en forêt boréale et leur impact sur la productivité et la résilience des peuplements denses d’épinette noire, une meilleure compréhension des mécanismes de résilience et une surveillance des risques d’accident de régénération sont nécessaires. L’objectif principal de cette étude visait donc le développement de modèles prédictifs et spatialement explicites de la régénération de l’épinette noire. Plus particulièrement, deux modèles ont été développés soit (1) un modèle théorique, développé à l’aide de données in situ et de données spatiales et (2) un modèle cartographique, utilisant uniquement des données spatiales accessibles telles que les inventaires forestiers provinciaux et l’indice spectral de sévérité des feux « differenced Normalized Burn Ratio » (dNBR). Les résultats obtenus ont permis de constater que la succession rapprochée (< 55 ans) d’une coupe et d’un feu n’entraîne pas automatiquement une ouverture des peuplements d’épinette noire. Tout d’abord, les peuplements affectés par la coupe de récupération de brûlis (1963), immatures lors du feu de 2005, sont caractérisés par une faible régénération. En contrepartie, la régénération à la suite du feu de 2005, observé dans les peuplements coupés entre 1948 et 1967, est similaire à celle observée dans les peuplements non perturbés dans les 60 années précédant le feu. Le modèle théorique sélectionné à l’aide des critères d’information d’Akaike a, quant à lui, permis d'identifier trois variables déterminantes dans le succès ou l’échec de la régénération de l’épinette noire soit (1) la végétation potentielle, (2) le pourcentage de recouvrement du sol par les sphaignes et (3) la sévérité du feu évaluée à l’aide du dNBR. Des validations bootstrap et croisée ont permis de mettre en évidence qu’un modèle utilisant ces trois variables explique 59 % de la variabilité de la régénération observée dans le territoire d’étude., Quant à lui, le modèle cartographique qui utilise uniquement les variables végétation potentielle et dNBR explique 32 % de la variabilité. Finalement ce modèle a permis la création d’une carte de risque d’accident de régénération. Basée sur la précision du modèle, cette carte offre un potentiel intéressant afin de cibler les secteurs les plus à risque et ainsi appuyer les décisions relatives aux reboisements dans les zones incendiées.

Facteurs individuels et environnementaux associés à la qualité de l’adaptation au début de l’adolescence des enfants qui présentaient des troubles de comportement sévères en bas âge : effet modérateur du genre.

La présente recherche s’intéresse aux élèves du primaire (6-9ans) qui ont des problèmes de comportement, en particulier les filles, et concerne la qualité de leur adaptation lors du passage à l’adolescence. À risque élevé de persistance lorsqu’ils débutent à l’enfance, les problèmes de comportement sévères sont reliés au développement de conséquences négatives futures. Par contre, dans certains cas, les jeunes ne persisteront pas dans une trajectoire de trouble de comportement à l’adolescence. Il reste tout de même à savoir si leur niveau d’adaptation est acceptable. L’étude vise d’abord à identifier, chez des enfants (N=435) en troubles de comportement précoces, des sous-groupes latents selon la qualité de leur adaptation, puis à décrire et comparer les facteurs individuels et environnementaux qui sont associés à la qualité de leur adaptation au début de l’adolescence en vérifiant l’effet modérateur du sexe. Les résultats montrent un modèle à trois classes ; un sous-groupe d’enfants présentant une adaptation positive à l’adolescence, un sous-groupe ayant une adaptation plus négative et un troisième sous-groupe où les enfants, surtout des filles, présentent une adaptation encore plus difficile. De plus, seuls trois facteurs individuels (opposition, agressivité indirecte et performance scolaire) et trois facteurs environnementaux (consommation des parents, discipline coercitive et fréquentation de pairs déviants) prédisent l’appartenance à un sous-groupe. Les résultats soutiennent l’importance d’une meilleure connaissance des facteurs prédicteurs de la qualité d’adaptation afin d’intervenir dès l’apparition des premiers indices du trouble de comportement en ciblant particulièrement les filles.

Total gastrectomy with substitution of stomach by jejunal pouch with and without duodenal passage. Study in rats

A comparison was done between the F. Paulino jejunal pouch (FP) and a jejunal pouch (JP) as esophagusduodenum interpositional graft, for replacing the stomach after total gastrectomy. It was investigated the effect of the two procedures on esophagus histology, nutritional state and serum gastrin in rats. Methods: Male Wistar rats weighing 282±17g were randomly submitted to sham operation (S), FP and JP after total gastrectomy. After eight weeks the rats were killed with overdose of anesthetic and tissue was taken from the distal esophagus for histology. Serum levels of total proteins, albumin, iron, transferring, folate, cobalamine, calcium, as well as serum gastrin were determined. Survival was considered. Results: Fourty six rats were operated and thirty survived for eight weeks. Five (33.3%) died after FP and 11 (52.3%) after JP (p<0.05). Postoperative esophagitis occurred in 6 JP rats. At 8th week, no difference was observed on body weight when compared FP and JP rats (p>0.05). The JP rats had a significant decrease in serum albumin, glucose, transferrin, iron, folate and calcium, compared to sham (p<0.05). Serum gastrin, iron and calcium were significantly higher in JP rats than in FP rats (p<0.05). In FP rats, transferrin and cobalamine showed significant decrease comparing the preoperative with 8th week levels (p<0.05). Conclusion: F. Paulino pouch in rats had lower mortality than JP, and esophagitis was not detected in it. JP rats had serum gastrin, iron and calcium unaffected, possibly because of preservation of duodenal passage

Études de la liaison du complexe Ku aux télomères et du délai de croissance des survivants de type I chez Saccharomyces cerevisiae

L’extrémité des chromosomes linéaires est une structure nucléoprotéique très conservée chez les organismes eucaryotes. Elle est constituée du télomère et des régions sous-télomériques répétées (STR) qui sont placées en amont du télomère. Chez la levure bourgeonnante, on trouve deux types de télomère, les télomères XY’ et les télomères X, qui se distinguent par la nature des STR positionnées en amont des répétitions télomériques. Le télomère et les STR sont liés par pas moins de dix protéines qui vont participer au maintien et à la régulation de l’extrémité chromosomique nécessaires à la stabilité du génome. Le télomère protège ainsi le chromosome de dégradations ou encore de fusions avec d’autres chromosomes. Le maintien de la taille du télomère est assuré par la télomérase, une transcriptase inverse, qui permet l’ajout de répétitions pour pallier leur perte lors de la phase de réplication durant le cycle cellulaire. Lorsque la télomérase est absente, deux types particuliers de cellules, les survivants de type I et les survivants de type II, peuvent maintenir leurs télomères grâce aux mécanismes de recombinaison homologue. Chez l’humain, les répétitions télomériques sont également liées par un certain nombre de protéines nécessaires au maintien de la stabilité de l’extrémité chromosomique. L’implication des télomères dans les processus de cancérisation, de vieillissement, mais également dans des maladies congénitales fait de cette structure un pivot dans le domaine de la recherche fondamentale. Dans 10 % des cas de cancers, l’allongement n’est pas dû à une réactivation de la télomérase comme c’est en général le cas, mais est inhérent à des processus de recombinaison homologue, comme chez la levure. Les homologies de séquences, de protéines, mais aussi de mécanismes de régulation des télomères avec les cellules humaines, font de S. cerevisiae un excellent modèle d’étude. Cette thèse se divise en trois chapitres. Les deux premiers traitent de l’interaction du complexe yKu avec les télomères de type XY’ dans le chapitre 1 puis de son interaction avec les télomères de type X dans le chapitre 2. Le chapitre 3 traite du comportement d’un type de survivant chez S. cerevisiae. Le chapitre 1 porte donc sur l’analyse des sites de liaison aux télomères XY’ du complexe yKu par la technique de ChEC in vivo. yKu intervient dans de nombreux processus de régulation des télomères, mais aussi dans un mécanisme de réparation des cassures double-brin de l’ADN (DSBs), la NHEJ (Non homologous end-joining). Les résultats présentés dans cette partie appuient un modèle dans lequel yKu aurait plusieurs sites de liaison aux télomères et dans les répétitions télomériques interstitielles. Nous supposons que la liaison du complexe se ferait lors de la formation d’une cassure de type « one-sided break » générée à la suite du passage de la fourche de réplication à l’intérieur des répétitions télomériques. Le chapitre 2 est également une étude des sites de liaison par la technique de ChEC in vivo du complexe yKu, mais cette fois-ci aux télomères X. Les observations faites dans cette partie viennent corroborer les résultats du chapitre 1 de la liaison de yKu à la jonction entre le télomère et les STRs, de plus elle met en évidence des interactions potentielles du complexe avec les éléments X laissant supposer l’existence d’un potentiel repliement du télomère sur la région sous-télomérique chez la levure. Enfin, le chapitre 3 est axé sur l’étude du comportement des survivants de type I, des cellules post-sénescences qui maintiennent leurs télomères par un processus de recombinaison homologue, le mécanisme de BIR (break-induced replication) en l’absence de télomérase. Les survivants de type I présentent une croissance lente liée à un arrêt du cycle cellulaire en phase G2/M qui dépend de la protéine de contrôle Rad9, dont l’activité est en général induite par des cassures double-brin. Ce chapitre a permis d’apporter des précisions sur la croissance lente probablement inhérente à un berceau télomérique très restreint chez ce type cellulaire.

Utilisation d'une méthode de correction de retards pour la vérification d'un assemblage de fonctions RTL par rapport à un assemblage de fonctions au niveau fonctionnel

National audience

Criblage génétique à la recherche de nouveaux gènes essentiels influençant l’homéostasie des télomères chez Saccharomyces cerevisiae : Un défi de tailles.

Résumé : Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, la régulation de la longueur des télomères témoigne de la compensation entre mécanismes d'érosion (exonucléases, réplication semi-conservative et résection), facteurs d’élongation (la télomérase, transcriptase inverse à l'action retrouvée dans 90% des cancers humains) et actions de diverses protéines de régulation télomérique spécifiques, conférant aux télomères leur caractère de « capuchon » protégeant les extrémités des chromosomes eucaryotes. Afin de savoir si les gènes impossibles à déléter, car essentiels à la survie cellulaire, jouent aussi un rôle sur l’homéostasie télomérique, j'ai réalisé un criblage génétique utilisant des mutants tet-off de la levure pour lesquels la sous-expression considérable d'un gène essentiel a été induite de façon conditionnelle. Ceci permet d’étudier les effets qui en résultent sur l’homéostasie des télomères. Au total, mon travail a traité plus de 662 gènes essentiels pour lesquels j'ai analysé le phénotype de longueur des télomères de manière qualitative par comparaison des télomères de souches mutées par rapport à ceux de souches de type sauvage. Puis, grâce à l’amélioration technique que j'ai mise au point, la quantification de la taille des répétitions télomériques de 300 de ces souches a déjà pu être précisément analysée. Il est notable que tous les gènes essentiels étudiés ici ont des effets très différents qui résultent en des chromosomes possédant des télomères de longueur très inégale. Pour près de 40% des mutants analysés, les tailles de télomères sont apparues critiquement différentes de celles normalement présentées par la levure, beaucoup de ces gènes essentiels étant impliqués dans des mécanismes affectant le cycle cellulaire, la réparation, etc. La majorité des gènes criblés apporte un important complément d’information dans une littérature presque inexistante sur les effets de gènes essentiels de la levure au niveau de la biologie des télomères. C’est le cas des mutations de YHR122W (montrant des télomères long) et YOR262W (télomères courts), deux gènes qui sont apparus d'après mes résultats nécessaires au maintien de l'homéostasie télomérique (prenant place dans un grand ensemble de gènes que j’ai dénommé gènes ETL pour Essential for Telomere Length Maintenance).

Periodontitis as a risk factor for systemic disease: Are microparticles the missing link?

International audience

Analyse prospective jusqu'en 2025 de la demande en recherche des pays du sud dans le domaine des "ressources vivantes" - Rapport final

L'accélération des changements dans tous les domaines, qu'il s'agisse d'environnement, de technologies ou de la vie des sociétés humaines, est une donnée majeure de notre temps. Jusqu'au XIXe siècle, les hommes gardaient une relative maîtrise des révolutions, qu'elles soient techniques (la vapeur, l'électricité, l'atome, ... ) ou sociales (la démocratie, le communisme, etc). A la fin du XXe siècle, la complexité des sociétés humaines, le foisonnement des découvertes scientifiques rapidement exploitées par l'industrie à des fins économiques et l'interdépendance croissante de toutes les activités dans des écosystèmes fragilisés ont conduit les communautés humaines à davantage subir les révolutions: mondialisation d'une économie de plus en plus immatérielle, explosion de l'informatique dans tous les secteurs, évolution du climat, bouleversement des modes de vie et de la vie même (actions sur les génomes animaux, voire humains) ... Aussi, cette accélération des changements rend d'autant plus indispensable une capacité d'anticiper les tendances et les enjeux qui déterminent l'avenir afin de disposer d'une liberté de réflexion et d'action indépendante de la stricte contrainte des évènements.

La recherche internationale en génétique et l’utilisation secondaire des données : entre dissociation et harmonisation

L’étude des polymorphismes et des aspects multifactoriels des déterminants de la santé suscite un engouement majeur envers la recherche populationnelle en génétique et génomique. Cette méthode de recherche requiert cependant la collecte et l’analyse d’un nombre élevé d’échantillons biologiques et de données associées, ce qui stimule le développement des biobanques. Ces biobanques, composées des données personnelles et de santé de milliers de participants, constituent désormais une ressource essentielle permettant l’étude de l’étiologie des maladies complexes et multifactorielles, tout en augmentant la rapidité et la fiabilité des résultats de recherche. Afin d’optimiser l’utilisation de ces ressources, les chercheurs combinent maintenant les informations contenues dans différentes biobanques de manière à créer virtuellement des mégacohortes de sujets. Cependant, tout partage de données à des fins de recherche internationale est dépendant de la possibilité, à la fois légale et éthique, d’utiliser ces données aux fins pressenties. Le droit d’utiliser les données personnelles, médicales et génétiques de participants dans le cadre de recherches internationales est soumis à un ensemble complexe et exhaustif d’exigences légales et éthiques. Cette complexité est exacerbée lorsque les participants sont décédés. Fondée sur une révision de l’interprétation individualiste du concept de consentement éclairé, ainsi qu’une perspective constructiviste des concepts de confiance et d’autonomie, cette thèse se situe au carrefour de la recherche, du droit et de l’éthique, et a pour objectif de proposer un modèle promouvant l’harmonisation éthique et juridique des données aux fins de recherches internationales en génétique.

Première phase d’un programme de recherche sur l’utilisation de vasopresseurs en traumatologie : étude observationnelle et revue systématique

Résumé : Les réanimateurs ont recours à des interventions à la fois médicales et chirurgicales en contexte de choc traumatique. Le rôle des vasopresseurs dans cette prise en charge est controversé. Alors que les lignes directrices américaines considèrent que les vasopresseurs sont contre-indiqués, certains experts européens en encouragent l’utilisation pour diminuer le recours aux liquides intraveineux. Avant d’élaborer un essai clinique, il importe de comprendre la pratique actuelle à laquelle se comparera une intervention expérimentale, ainsi que de connaître le niveau d’incertitude dans la littérature entourant la question de recherche. Le Chapitre 2 de ce travail présente une étude observationnelle effectuée dans un centre régional de traumatologie québécois. Cette étude documente les pratiques de réanimation adoptées par les équipes de traumatologie en 2013, particulièrement le recours aux liquides intraveineux et aux vasopresseurs. Les résultats démontrent que les vasopresseurs ont été utilisés chez plus de 40% des patients, particulièrement les victimes de traumatismes crâniens (RC 10.2, IC 95% 2.7-38.5). De plus, les vasopresseurs ont été administrés dans les phases précoces de la réanimation, soit avant l’administration d’un volume important de liquides. Le Chapitre 3 présente une revue systématique portant sur l’utilisation précoce de vasopresseurs en traumatologie. Les bases de données MEDLINE, EMBASE, CENTRAL et ClinicalTrials.gov ont été interrogées, ainsi que les abrégés présentés dans les conférences majeures en traumatologie depuis 2005. La sélection des études et l’extraction des données ont été effectuées en duplicata. Aucune donnée interprétable n’a pu être extraite des études observationnelles et le seul essai clinique identifié n’avait pas une puissance suffisante (RR de mortalité avec vasopresseurs 1.24, IC 95 % 0.64-2.43). Cette synthèse met en lumière l’incertitude scientifique sur le rôle des vasopresseurs en traumatologie. Les vasopresseurs ont des bénéfices potentiels importants, puisqu’ils permettent entre autres de supporter étroitement l’hémodynamie des patients. En revanche, ils présentent aussi un fort potentiel de dangerosité. Ils sont utilisés fréquemment, malgré l’absence de données sur leurs risques et bénéfices. Ces trouvailles établissent clairement la pertinence clinique et le bien-fondé éthique d’un essai clinique sur le rôle des vasopresseurs dans la prise en charge précoce des victimes de traumatismes.

Facteurs susceptibles d’influencer l'implantation de l'Échelle québécoise des niveaux de compétence en français des personnes immigrantes adultes et du Programme-cadre de français pour les personnes immigrantes adultes au Québec

La coexistence des services de francisation au Québec pour les personnes immigrantes adultes a fait l'objet de divers enjeux liés notamment au passage des apprenants d'un lieu de formation à un autre (Québec, MICC, 2011a). Dans le but de répondre à ces enjeux et d’harmoniser l'offre de services gouvernementaux en matière de francisation des adultes, le ministère de l'Immigration et des Communautés culturelles (MICC) a élaboré en collaboration avec le ministère de l'Éducation, du Loisir et du Sport (MELS), une innovation pédagogique, soit un référentiel commun québécois composé de deux instruments : l’Échelle québécoise des niveaux de compétence en français des personnes immigrantes adultes et le Programme-cadre de français pour les personnes immigrantes adultes au Québec. Le but de notre étude était de mieux comprendre l'implantation du référentiel commun québécois, de faire état des représentations du personnel enseignant en francisation vis-à-vis de cette innovation pédagogique et d’identifier les principaux facteurs qui structurent son implantation. Pour atteindre ces objectifs de recherche, nous avons mené une étude qualitative dans laquelle nous nous sommes appuyée sur le modèle d'implantation de Vince-Whitman (2009) qui identifie douze facteurs facilitant l’implantation d’une politique et d’une pratique. Nous avons accédé aux représentations de douze enseignantes et enseignants en francisation qui œuvrent au MICC et au MELS lors d’entretiens de groupe en leur permettant de s'exprimer sur leurs pratiques pédagogiques et sur leurs impressions du référentiel commun québécois. À l’aide du logiciel QSF NVivo 8, nous avons analysé le contenu des propos de nos participants de recherche. Nos résultats démontrent que le manque appréhendé de ressources – humaines, matérielles et financières, et un manque de temps, de formation et de collaboration professionnelle pourraient représenter des obstacles et nuire à une éventuelle implantation du référentiel commun québécois. À la lumière de ces résultats, nous proposons un cadre de référence composé de sept facteurs d’implantation d’une innovation pédagogique afin de mieux rendre compte d’une réalité spécifique et contemporaine, celle de l'implantation du référentiel commun québécois pour la francisation des immigrants adultes scolarisés. Les écrits scientifiques et nos résultats de recherche démontrent que de diverses formes de soutien, principalement du matériel pédagogique approprié et suffisant, peuvent constituer un facteur-clé dans la réussite de l’implantation d’une innovation pédagogique.

Innovations organisationnelles et radicales, Le cas de deux grandes firmes de l’informatique émergente

National audience

Inertial dissipation method applied to derive turbulent fluxed over the ocean during the Surface of the Ocean, Fluxes and Interactions with the Atmosphere Atlantic Stratocumulus Transition Experiment (SOFIA/ASTEX) and Structure des Echanges Mer-Atmosphere, Proprietes des Heterogeneites Oceaniques: Recherche Experimentale (SEMAPHORE) experiments with low to moderate wind speed

The transfer coefficients for momentum and heat have been determined for 10 m neutral wind speeds (U-10n) between 0 and 12 m/s using data from the Surface of the Ocean, Fluxes and Interactions with the Atmosphere (SOFIA) and Structure des Echanges Mer-Atmosphere, Proprietes des Heterogeneites Oceaniques: Recherche Experimentale (SEMAPHORE) experiments. The inertial dissipation method was applied to wind and pseudo virtual temperature spectra from a sonic anemometer, mounted on a platform (ship) which was moving through the turbulence held. Under unstable conditions the assumptions concerning the turbulent kinetic energy (TKE) budget appeared incorrect. Using a bulk estimate for the stability parameter, Z/L (where Z is the height and L is the Obukhov length), this resulted in anomalously low drag coefficients compared to neutral conditions. Determining Z/L iteratively, a low rate of convergence was achieved. It was concluded that the divergence of the turbulent transport of TKE was not negligible under unstable conditions. By minimizing the dependence of the calculated neutral drag coefficient on stability, this term was estimated at about -0.65Z/L. The resulting turbulent fluxes were then in close agreement with other studies at moderate wind speed. The drag and exchange coefficients for low wind speeds were found to be C-en x 10(3) = 2.79U(10n)(-1) + 0.66 (U-10n < 5.2 m/s), C-en x 10(3) = C-hn x 10(3) = 1.2 (U-10n greater than or equal to 5.2 m/s), and C-dn x 10(3) = 11.7U(10n)(-2) + 0.668 (U-10n < 5.5 m/s), which imply a rapid increase of the coefficient values as the wind decreased within the smooth flow regime. The frozen turbulence hypothesis and the assumptions of isotropy and an inertial subrange were found to remain valid at these low wind speeds for these shipboard measurements. Incorporation of a free convection parameterization had little effect.

Structures familiales, encadrement communautaire et survie des enfants. Une recherche en milieu rural malien

The influence of the family environment on child survival is difficult to study using retrospective data, especially in contexts where family structures are complex and where children are mobile. Data from a follow-up survey in rural Mali (1976-2009) are used here to address this question. Several indicators are constructed to test the effect of family structures on child mortality: morphology of the domestic group, availability of family resources, the child's place in the family and the presence of his or her parents. Bivariate and multivariate analyses find no difference in child mortality across different family environments. This finding suggests that the family and social networks still play a powerful role in regulating and managing risks of unequal treatment and care of children

Conception, synthèse et activité anticancéreuse d’analogues basés sur la molécule FTY720 (Gilenya)

FTY720 (aussi connu sous le nom de Fingolimod ou Gilenya) agit sur les récepteurs sphingosine-1-phosphate (S1P) et induit la suppression du système immunitaire (immunosuppression). Cette molécule est reconnue pour avoir une activité contre plusieurs cellules cancéreuses. Cette activité est indépendante de l’action sur les récepteurs S1P et on attribue plutôt la mort (apoptose) des cellules cancéreuse à la capacité que possède la molécule à réduire le transport des nutriments dans la cellule. Toutefois, malgré ses nombreux avantages, FTY720 ne peut pas être utilisé afin de traiter des humains puisque l’activation secondaire des récepteurs S1P1 et S1P3 mènent à une diminution du rythme cardiaque (bradycardie) chez les patients. Notre groupe s’est donc concentré sur la synthèse d’analogues qui potentiellement n’activeraient pas le récepteur S1P tout en gardant une activité biologique contre plusieurs cellules cancéreuses. Malgré le fait que nos analogues agissent également sur la diminution du transport des nutriments dans les cellules, nous ne connaissons pas le mécanisme d’action par lequel ceux-ci agissent. Au passage, le projet de recherche ci-présenté nous aura par ailleurs permis de développer une grande variété de sondes photo-actives dans l’espoir d’isoler une ou plusieurs protéines qui seraient impliquées dans le mécanisme d’action.