Exploring the space of histidine containing dipeptides in search of novel efficient RCS sequestering agents.

The study reports a set of forty proteinogenic histidine-containing dipeptides as potential carbonyl quenchers. The peptides were chosen to cover as exhaustively as possible the accessible chemical space, and their quenching activities toward 4-hydroxy-2-nonenal (HNE) and pyridoxal were evaluated by HPLC analyses. The peptides were capped at the C-terminus as methyl esters or amides to favor their resistance to proteolysis and diastereoisomeric pairs were considered to reveal the influence of configuration on quenching. On average, the examined dipeptides are less active than the parent compound carnosine (βAla + His) thus emphasizing the unfavorable effect of the shortening of the βAla residue as confirmed by the control dipeptide Gly-His. Nevertheless, some peptides show promising activities toward HNE combined with a remarkable selectivity. The results emphasize the beneficial role of aromatic and positively charged residues, while negatively charged and H-bonding side chains show a detrimental effect on quenching. As a trend, ester derivatives are slightly more active than amides while heterochiral peptides are more active than their homochiral diastereoisomer. Overall, the results reveal that quenching activity strongly depends on conformational effects and vicinal residues (as evidenced by the reported QSAR analysis), offering insightful clues for the design of improved carbonyl quenchers and to rationalize the specific reactivity of histidine residues within proteins.

Modelling of crowded polymers elucidate effects of double-strand breaks in topological domains of bacterial chromosomes.

Using numerical simulations of pairs of long polymeric chains confined in microscopic cylinders, we investigate consequences of double-strand DNA breaks occurring in independent topological domains, such as these constituting bacterial chromosomes. Our simulations show a transition between segregated and mixed state upon linearization of one of the modelled topological domains. Our results explain how chromosomal organization into topological domains can fulfil two opposite conditions: (i) effectively repulse various loops from each other thus promoting chromosome separation and (ii) permit local DNA intermingling when one or more loops are broken and need to be repaired in a process that requires homology search between broken ends and their homologous sequences in closely positioned sister chromatid.

Secure Dynamic MANET On-demand (SEDYMO) Routing Protocol

This paper describes the state of the art of secure ad hoc routing protocols and presents SEDYMO, a mechanism to secure a dynamic multihop ad hoc routing protocol. The proposed solution defeats internal and external attacks usinga trustworthiness model based on a distributed certification authority. Digital signatures and hash chains are used to ensure the correctness of the protocol. The protocol is compared with other alternatives in terms of security strength, energy efficiency and time delay. Both computational and transmission costs are considered and it is shown that the secure protocol overhead is not a critical factor compared to the high network interface cost.

Structure of the glycosyl-phosphatidylinositol membrane anchor of the Leishmania major promastigote surface protease.

In common with many other plasma membrane glycoproteins of eukaryotic origin, the promastigote surface protease (PSP) of the protozoan parasite Leishmania contains a glycosyl-phosphatidylinositol (GPI) membrane anchor. The GPI anchor of Leishmania major PSP was purified following proteolysis of the PSP and analyzed by two-dimensional 1H-1H NMR, compositional and methylation linkage analyses, chemical and enzymatic modifications, and amino acid sequencing. From these results, the structure of the GPI-containing peptide was found to be Asp-Gly-Gly-Asn-ethanolamine-PO4-6Man alpha 1-6Man alpha 1-4GlcN alpha 1-6myo-inositol-1-PO4-(1-alkyl-2-acyl-glycerol). The glycan structure is identical to the conserved glycan core regions of the GPI anchor of Trypanosoma brucei variant surface glycoprotein and rat brain Thy-1 antigen, supporting the notion that this portion of GPIs are highly conserved. The phosphatidylinositol moiety of the PSP anchor is unusual, containing a fully saturated, unbranched 1-O-alkyl chain (mainly C24:0) and a mixture of fully saturated unbranched 2-O-acyl chains (C12:0, C14:0, C16:0, and C18:0). This lipid composition differs significantly from those of the GPIs of T. brucei variant surface glycoprotein and mammalian erythrocyte acetylcholinesterase but is similar to that of a family of glycosylated phosphoinositides found uniquely in Leishmania.

RDM1, a novel RNA recognition motif (RRM)-containing protein involved in the cell response to cisplatin in vertebrates.

A variety of cellular proteins has the ability to recognize DNA lesions induced by the anti-cancer drug cisplatin, with diverse consequences on their repair and on the therapeutic effectiveness of this drug. We report a novel gene involved in the cell response to cisplatin in vertebrates. The RDM1 gene (for RAD52 Motif 1) was identified while searching databases for sequences showing similarities to RAD52, a protein involved in homologous recombination and DNA double-strand break repair. Ablation of RDM1 in the chicken B cell line DT40 led to a more than 3-fold increase in sensitivity to cisplatin. However, RDM1-/- cells were not hypersensitive to DNA damages caused by ionizing radiation, UV irradiation, or the alkylating agent methylmethane sulfonate. The RDM1 protein displays a nucleic acid binding domain of the RNA recognition motif (RRM) type. By using gel-shift assays and electron microscopy, we show that purified, recombinant chicken RDM1 protein interacts with single-stranded DNA as well as double-stranded DNA, on which it assembles filament-like structures. Notably, RDM1 recognizes DNA distortions induced by cisplatin-DNA adducts in vitro. Finally, human RDM1 transcripts are abundant in the testis, suggesting a possible role during spermatogenesis.

Effects of colonization asymmetries on metapopulation persistence.

Ocean currents, prevailing winds, and the hierarchical structures of river networks are known to create asymmetries in re-colonization between habitat patches. The impacts of such asymmetries on metapopulation persistence are seldom considered, especially rarely in theoretical studies. Considering three classical models (the island, the stepping stone and the distance-dependent model), we explore how metapopulation persistence is affected by (i) asymmetry in dispersal strength, in which the colonization rate between two patches differs in direction, and (ii) asymmetry in connectivity, in which the overall colonization pattern displays asymmetry (circulating or dendritic networks). Viability can be drastically reduced when directional bias in dispersal strength is higher than 25%. Re-colonization patterns that allow for strong local connectivity provide the highest persistence compared to systems that allow circulation. Finally, asymmetry has relatively weak effects when metapopulations maintain strong general connectivity.

Yhdyskuntalietteen ja biopolttoaineiden käsittelyketjujen ja polton teknistaloudellinen tarkastelu

Työn tavoitteena on kartoittaa yhdyskuntalietteen ja kierrätys- sekä biopolttoaineiden käsittelyä ja polttoa lietteenpolttolaitoksen tarpeita ajatellen. Lietteen käsittelyketjun ja kierrätys- sekä biopolttoaineketjujen tekninen tarkastelu on siis työn keskeinen tavoite. Lisäksi lasketaan polttolaitoksen suurimpia mahdollisia investointikustannuksia eri polttoainevaihtoehdoilla. Työssä tehdään muun ohella case-tarkastelua Kaakkois- Suomen alueeseen liittyen. Tavoitteena on muodostaa tarkoitukseen soveltuva polttoaineratkaisu kullekin tapauk-selle. Työn alkuosassa tutustutaan yleisesti lietteeseen sekä polttoaineen että jätteen roolissa. Tarkastelu sisältää tietoja lietteen ominaisuuksista sekä lietteenkäsittelyssä olennaisista lainsäädännöllisistä seikoista. Samoin katsastetaan hieman lietteen esikäsittelyä, mekaanista vedenerotusta, termistä kuivausta ja polttoa tarkastellaan yleisessä valossa. Lisäksi alkuosassa keskitytään eri bio- jakierrätyspolttoainevaihtoehtoihin tarkastelemalla niiden yleisyyttä polttoaineena sekä esittelemällä niiden käsittelyketjuja. Työn loppupuoliskolla kiinnitetään huomiota case tapausten avulla polttolaitoksesta saataviin tuottoihin sekä millaisen liikkumavaran eri polttoainevaihtoehdot investointien osalta sallivat. Case-tapauksissa pohditaan Kymenlaakson ja Etelä-Karjalan paikallisia lietteen-polttomahdollisuuksia yhdistettynä kierrätys- tai biopolttoaineisiin. Mekaanisesti kuivattua lietettä käsitellään kyseisissä tapauksissa vuosittain 6000 t ja 15 000 t. Lietteen polton tuottama sähkö- ja lämpöteho näyttävät riippuvan voimakkaasti lietteen kuiva-ainepitoisuudesta, eivät niinkään lietteen muista ominaisuuksista. Lisäksi joko bio- tai kierrätyspolttoaineella saadaan sähkön- ja lämmöntuotantoa nostettua huomattavasti.

Recognition of insect eggs in Arabidopsis modulates defense responses

Plants activate direct and indirect defenses in response to insect egg deposition. In Arabidopsis thaliana, oviposition by the butterfly Pieris brassicae triggers cellular and molecular changes that are similar to the changes caused by biotrophic pathogens. Even though this innate immune response did not affect egg survival in Arabidopsis, we could show that different insect eggs elicit specific gene expression changes. Additionally, egg- induced necrosis could be observed in a variety of plants from different families ranging from dicotyledonous plants to monocots, suggesting that insect-egg detection by plants is a widespread mechanism and that different insect species contain elicitors of immune responses. Extracts from caterpillars and eggs contain elicitors that co-purified over several extraction steps. Chemical fractionation of caterpillar extracts lead to the characterisation of an active compound that was determined to be a triglyceride by NMR analysis. The exact structure of the side chains as well as the elicitor's presence in insect eggs have yet to be confirmed.We also found that the plant defense signal salicylic acid (SA) accumulates at the site of oviposition. This is unexpected, as the SA pathway controls the defense against fungal and bacterial pathogens whereas it negatively interacts with the jasmonic acid (JA) pathway, which is crucial for the defense against herbivores. Application of P. brassicae or Spodoptera littoralis egg extract onto leaves reduced the induction of insect-responsive genes after challenge with caterpillars, suggesting that egg-derived elicitors suppress plant defense. Consequently, larval growth of the generalist herbivore S. littoralis, but not of the specialist P. brassicae, was significantly higher on plants treated with egg extract than on control plants. In contrast, suppression of gene induction and enhanced S. littoralis performance were not found in the SA-deficient mutant sid2-l, indicating that SA mediates this phenomenon. These data reveal an intriguing facet of the crosstalk between SA- and JA-signalling pathways and suggest that insects have evolved a way to suppress the induction of defense genes by laying eggs that release elicitors. Additionally, we demonstrated that mutants of known crosstalk regulators, including nprl-1, tga2356, ein2-l and wrky70-l, are not affected in egg-induced suppression of herbivore defenses. JA treatment was not able to alleviate this SA/JA negative crosstalk, suggesting that this suppression operates through a novel mechanism downstream of JA biosynthesis.

Monte Carlo Methods in Parameter Estimation of Nonlinear Models

Yksi keskeisimmistä tehtävistä matemaattisten mallien tilastollisessa analyysissä on mallien tuntemattomien parametrien estimointi. Tässä diplomityössä ollaan kiinnostuneita tuntemattomien parametrien jakaumista ja niiden muodostamiseen sopivista numeerisista menetelmistä, etenkin tapauksissa, joissa malli on epälineaarinen parametrien suhteen. Erilaisten numeeristen menetelmien osalta pääpaino on Markovin ketju Monte Carlo -menetelmissä (MCMC). Nämä laskentaintensiiviset menetelmät ovat viime aikoina kasvattaneet suosiotaan lähinnä kasvaneen laskentatehon vuoksi. Sekä Markovin ketjujen että Monte Carlo -simuloinnin teoriaa on esitelty työssä siinä määrin, että menetelmien toimivuus saadaan perusteltua. Viime aikoina kehitetyistä menetelmistä tarkastellaan etenkin adaptiivisia MCMC menetelmiä. Työn lähestymistapa on käytännönläheinen ja erilaisia MCMC -menetelmien toteutukseen liittyviä asioita korostetaan. Työn empiirisessä osuudessa tarkastellaan viiden esimerkkimallin tuntemattomien parametrien jakaumaa käyttäen hyväksi teoriaosassa esitettyjä menetelmiä. Mallit kuvaavat kemiallisia reaktioita ja kuvataan tavallisina differentiaaliyhtälöryhminä. Mallit on kerätty kemisteiltä Lappeenrannan teknillisestä yliopistosta ja Åbo Akademista, Turusta.

The structure and development of Russia's food retail sector from the point of view of Finnish food industry

Tämän diplomityön tavoitteena on selvittää Venäjän ruoan vähittäiskaupan rakenne ja sen tuleva kehitys. Tällä hetkellä se on yksi maailman nopeimmin kasvavista markkinoista. Kasvun syynä on korkea öljyn hinta, jokaon kumuloitunut ihmisten palkkoihin. Kuitenkin vaikka tulot kasvavat, ruokaan käytetty osuus tuloista on pysynyt suhteellisen vakaana. Kulutus on siis siirtymässä laadukkaampiin ja arvokkaampiin tuotteisiin Modernien kauppojen osuus markkinoista on vielä pieni, koska Venäjän vähittäiskauppasektori on yhä hajaantunut perinteisiin kauppaformaatteihin kuten kioskeihin, toreille ja pieniin ruokakauppoihin. Kauppaketjut ovat kuitenkin tulossa merkittävämmiksi. Suurin markkina-alue vähittäiskauppiaille on Moskova, mutta tällä hetkellä ketjut laajentavat toimintojaan nopeasti myös muille Venäjän alueille. Parhaat kasvunäkymät ovat alueilla, vaikka Moskovan markkinat eivät olekaan kyllästyneet. Tärkein kasvua rajoittava tekijä Moskovassa on rakennustonttien ja kiinteistöjen saatavuus. Vähittäiskauppamarkkinat lähestyvät kyllästymispistettä, josta seuraa markkinoiden konsolidaatio. Tämä prosessi on jo alkanut, mutta kovin paljon yritysostoja ei ole vielätehty. Toistaiseksi kauppaketjut ovat tyytyneet muodostamaan alliansseja. Ketjut pyrkivät parantamaan asemaansa hintaneuvotteluissa muodostamalla osto-alliansseja, luomalla omia brändejä ja käyttämällä alueellista laajentumista lyömäaseena. Jotta ruoan tuottaja pääsisi myös alueellisille markkinoille, on sen ehkä suostuttava myymään tuotteitaan edullisempaan hintaan. Tavarantoimittajat ovat vahvassa asemassa silloin, kun heillä on toimiva jakeluverkko, kyky JIT-toimituksiin,kunnollinen dokumentaatiokäytäntö, vahva brändi ja edullinen hinta. Ns. listausmaksun suuruus voi määrittää tuottajan tuotteilleen saaman hyllytilan koon.

Characterization of Fas (Apo-1, CD95)-Fas ligand interaction.

The death-inducing receptor Fas is activated when cross-linked by the type II membrane protein Fas ligand (FasL). When human soluble FasL (sFasL, containing the extracellular portion) was expressed in human embryo kidney 293 cells, the three N-linked glycans of each FasL monomer were found to be essential for efficient secretion. Based on the structure of the closely related lymphotoxin alpha-tumor necrosis factor receptor I complex, a molecular model of the FasL homotrimer bound to three Fas molecules was generated using knowledge-based protein modeling methods. Point mutations of amino acid residues predicted to affect the receptor-ligand interaction were introduced at three sites. The F275L mutant, mimicking the loss of function murine gld mutation, exhibited a high propensity for aggregation and was unable to bind to Fas. Mutants P206R, P206D, and P206F displayed reduced cytotoxicity toward Fas-positive cells with a concomitant decrease in the binding affinity for the recombinant Fas-immunoglobulin Fc fusion proteins. Although the cytotoxic activity of mutant Y218D was unaltered, mutant Y218R was inactive, correlating with the prediction that Tyr-218 of FasL interacts with a cluster of three basic amino acid side chains of Fas. Interestingly, mutant Y218F could induce apoptosis in murine, but not human cells.

Prosessinostureita valmistavan liiketoimintayksikön arvoverkoston kustannusrakenne

Työn tarkoituksena on tutkia prosessinosturiliiketoiminnan rajatun arvoketjun ja - verkoston kustannuksia. Tavoitteena on selvittää valittujen vaihtoehtoisten valmistuspaikkojen toimintojen pohjalta yleinen arvoketju kustannuskertymineen. Lisäksi tavoitteena on kehittää taulukkolaskentaohjelmistoon perustuva laskentamalli tai perustyökalu kustannusten kasautumisen arviointiin. Edelleen pyrkimyksenä on löytää rakennetusta mallin avulla kehitys- ja jatkotoimenpiteiden kohteita. Työssä perehdytään aluksi arvoketju -viitekehykseen ja niihin seikkoihin joista se muodostuu kirjallisuudesta löytyvän tiedon pohjalta. Arvoketjuajattelu on yksinkertaisimmillaan yrityksen toimintojen tarkastelua kilpailukyvyn ja -edun näkökulmasta. Liiketoiminnan kehittyminen verkostomaiseksi vaatii kuitenkin laajemman ¿ arvoverkosto - tarkastelunäkökulman. Toisaalta liiketoiminnan pidemmän aikavälin kilpailukyvyn suunnittelu edellyttää syvällisempää arvoketjujen ja toimintojen tarkastelua ja hallintaa, jolloin tarvitaan kehittyneempiä laskentatoimen menetelmiä ja kustannuslaskentajärjestelmiä. Tutkimuksen empiirisessä osiossa arvoketjuajattelua ja arvoverkostoviitekehystä sekä kustannuslaskentamenetelmiä sovelletaan käytännön tapauksiin. Tulokset osoittavat tutkimukseen valittujen neljän valmistuspaikan kustannuskertymän ja -rakenteen. Kustannuskertymältään alhaisimmaksi osoittautui tuotantolaitos Saudi-Arabiassa, kunloppuasiakkaan sijainti on Qatarissa. Puolalainen tehdas osoittautui puolestaankilpailukykyisimmäksi, kun nosturin toimitusosoite on Italian pohjoisosaan. Tulosten perusteella kustannusrakenteiden suurimmat kustannuserät ovat kuljetus-, teräsrakenteen valmistus- ja suunnittelutoiminnot.

Translation and assembly of HLA-DR antigens in Xenopus oocytes injected with mRNA from a human B-cell line.

HLA-DR antigens are polymorphic cell surface glycoproteins, expressed primarily in B lymphocytes and macrophages, which are thought to play an important role in the immune response. Two polypeptide chains, alpha and beta, are associated at the cell surface, and a third chain associates with alpha and beta intracellularly. RNA isolated from the human B-cell line Raji was injected in Xenopus laevis oocytes. Immunoprecipitates of translation products with several monoclonal antibodies revealed the presence of HLA-DR antigens similar to those synthesized in Raji cells. One monoclonal antibody was able to bind the beta chain after dissociation of the three polypeptide chains with detergent. The presence of all three chains was confirmed by two-dimensional gel electrophoresis. The glycosylation pattern of the three chains was identical to that observed in vivo, as evidenced in studies using tunicamycin, an inhibitor of N-linked glycosylation. The presence of alpha chains assembled with beta chains in equimolar ratio was further demonstrated by amino-terminal sequencing. An RNA fraction enriched for the three mRNAs, encoding alpha, beta, and intracellular chains, was isolated. This translation-assembly system and the availability of monoclonal antibodies make it possible to assay for mRNA encoding specific molecules among the multiple human Ia-like antigens.

Järjestelmäintegraattorin strategisten kasvumahdollisuuksien analyysi

Tämän pro gradu -tutkielman tarkoituksena oli selvittää, mikä on sopivin kasvustrategia omia ohjelmistoja tuottavalle tietojärjestelmäintegraattorille. Tavoitteena oli, että tutkimustuloksia voidaan käyttää konkreettisesti toimeksiantajan, Informa Oy:n, strategisen suunnittelun tukena. Yrityksen strateginen analyysi käsitellään ulkoisten ja sisäisten tekijöiden suhteen. Samalla vertaillaan eri strategiatutkimuksen koulukuntia ja luodaan synteesiä näiden välille. Kolmas teoreettinen kokonaisuus on kasvustrategioiden tarkastelu sekä suuntaus-, että kilpailustrategioiden näkökulmasta. Empiirisen osan aineisto kerättiin kvalitatiivisen haastattelututkimuksen avulla, jossa selvitettiin toimeksiantajayrityksessä eri tehtävissä työskentelevien henkilöiden näkemyksiä. Lisäksi analysoitiinyrityksen teettämiä asiakaskyselyitä ja toimialan kehitystä käsitteleviä lehtiartikkeleita. Toimialan merkittävimmiksi kehitystrendeiksi todettiin kansainvälistyminen, verkostoituminen, keskittyminen, tuotteiden vakioituminen ja ohjelmistorajapintojen avoimuuden lisääntyminen. Informa Oy:lle esitetyistä toimenpide-ehdotuksista tärkeimmät liittyvät resurssien panostamiseen entistä enemmän ydinosaamisen ja ydintuotteiden kehittämiseen. Toimialan keskittyminen tarkoittaa sitä, että pienen lattiatason tietojärjestelmiä toimittavan yrityksen on päästävä mukaan kilpailusta voittajana selviäviin arvoketjuihin. Asiakassegmenteistä potentiaalisimmaksi kasvualueeksi todettiin pk-yritykset, sekä julkinen- ja palvelusektori.