Studies of CMS data access patterns with machine learning techniques

This thesis presents a study of the Grid data access patterns in distributed analysis in the CMS experiment at the LHC accelerator. This study ranges from the deep analysis of the historical patterns of access to the most relevant data types in CMS, to the exploitation of a supervised Machine Learning classification system to set-up a machinery able to eventually predict future data access patterns - i.e. the so-called dataset “popularity” of the CMS datasets on the Grid - with focus on specific data types. All the CMS workflows run on the Worldwide LHC Computing Grid (WCG) computing centers (Tiers), and in particular the distributed analysis systems sustains hundreds of users and applications submitted every day. These applications (or “jobs”) access different data types hosted on disk storage systems at a large set of WLCG Tiers. The detailed study of how this data is accessed, in terms of data types, hosting Tiers, and different time periods, allows to gain precious insight on storage occupancy over time and different access patterns, and ultimately to extract suggested actions based on this information (e.g. targetted disk clean-up and/or data replication). In this sense, the application of Machine Learning techniques allows to learn from past data and to gain predictability potential for the future CMS data access patterns. Chapter 1 provides an introduction to High Energy Physics at the LHC. Chapter 2 describes the CMS Computing Model, with special focus on the data management sector, also discussing the concept of dataset popularity. Chapter 3 describes the study of CMS data access patterns with different depth levels. Chapter 4 offers a brief introduction to basic machine learning concepts and gives an introduction to its application in CMS and discuss the results obtained by using this approach in the context of this thesis.

La conservation autologue de sang de cordon ombilical : une ouverture sur une forme émergente de «citoyenneté biologique»

La transformation du sang de cordon ombilical en une précieuse source de cellules souches a, dès le début des années 1990, donné naissance à une industrie commerciale globale de conservation faisant désormais concurrence à un large réseau de conservation public. Ce mémoire cherche à comprendre et à expliquer les soubassements socio-culturels liés à l’émergence de cette industrie, ainsi qu’à mieux cerner les enjeux éthiques et politiques qu’elle pose. En exposant en premier lieu la manière dont les institutions publiques de conservation de sang de cordon se définissent, et sont généralement définies par les comités bioéthiques, comme étant porteuses des valeurs d’altruisme et de solidarité nationale traditionnellement liées au modèle « redistributif » d’échange de sang et d’organes né au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, nous problématisons la manière innovatrice par laquelle les banques privées structurent le rapport entre les mères et leurs propres produits biologiques comme l’expression d’une reconfiguration du lien social et politique caractérisée par l’émergence de nouvelles socialisés. L’hypothèse au coeur de ce mémoire est que celles-ci peuvent être comprises comme l’aboutissant de l‘espoir collectivement partagé par les consommatrices d’améliorer leur propre condition biologique familiale, étant lui-même le fruit d’une financiarisation croissante des sciences du vivant. En analysant le discours « promissif » que représente le matériel promotionnel des banques autologues, notre objectif est alors d’identifier la manière par laquelle les multiples potentialités attribuées au sang de cordon définissent des subjectivités maternelles caractérisées par des obligations morales spécifiques.

Création de mutants cdc5 en vue de l’identification des substrats de PLK/Cdc5 lors de la réponse d’adaptation aux dommages à l’ADN

Les kinases de la famille Polo (PLK) jouent un rôle majeur durant le cycle cellulaire, notamment en promouvant des processus essentiels tels que l’entrée en phase M et la sortie du cycle cellulaire. Elles sont également impliquées dans plusieurs cancers et ont un fort pouvoir tumorigène. Notre laboratoire a récemment montré que Cdc5 (la kinase PLK chez Saccharomyces cerevisiae) est également nécessaire pour l'adaptation aux dommages à l'ADN, et que la cible critique de Cdc5 au cours de ce processus pourrait être une cible peu conventionnelle localisée aux centrosomes de levures. Dans le but d’identifier ce substrat, une analyse intégrale du phosphoprotéome de PLK/Cdc5 par spectrométrie de masse devra être réalisée. Pour ce faire, un allèle CDC5 sensible à la température, c’est-à-dire une version mutante qui devient inactive à température élevée, devra être utilisée. Cet allèle devra être thermosensible à 30°C, afin de s’assurer qu’il sera le seul à être inactivé à cette température et que, par conséquent, seuls les substrats de Cdc5 seront identifiés. À cet effet, nous avons généré deux allèles cdc5 thermosensibles à 30°C : cdc5-17 et cdc5-18, puis analysé leur cycle cellulaire à 32°C. Les résultats de cette analyse ont montré que l’exposition des cellules à 32°C résulte en leur blocage en fin de mitose sous la forme bourgeonnée, témoignant d’un défaut dans la promotion de la sortie de la mitose. Ce défaut est causé par la mutation du gène CDC5 dont la protéine favorise la sortie de la mitose via deux voies : la voie du MEN (Mitotic Exit Network) et la voie du FEAR (Cdc Fourteen Early Anaphase Release). cdc5-17 et cdc5-18 représentent des outils biologiques précieux qui permettront de mieux analyser le phosphoprotéome de PLK/Cdc5 et de mener à l’identification des cibles de Cdc5 lors de la réponse d’adaptation aux dommages à l’ADN. Étant donné que l’adaptation aux dommages à l’ADN causés par des chimiothérapies représente l’un des facteurs permettant la prolifération des tumeurs cancéreuses, cette découverte serait un grand pas dans la lutte contre le cancer.

Study of the Electrochemical, Physical and Morphological Characteristics of Anode Catalysts for Perfluorosulfonic Acid (PFSA) Membrane Water Electrolysers

A number of supported and un-supported Oxygen Evolution Reaction (OER) iridium based electrocatalysts for Polymer Electrolyte Membrane Water Electrolysis (PEMWE) were synthesized using a polyol method. The electrocatalysts and the supports were characterized using a wide range of physical and electrochemical characterization methods. The effect of morphological characteristics of the OER electrocatalyst and the support on the OER activity was studied. The results of this thesis contribute to the existing research to reduce the cost of PEMWE by enhancing the utilization of precious metal for OER electrocatalysis. Iridium electrocatalysts supported on antimony tin oxide (Ir/ATO) were synthesized using the polyol method with two different heating techniques: conventional and microwave-irradiation. It was shown that the physical morphology and electrochemical properties of Ir/ATO synthesized with the two heating methods were comparable. However, the microwave irradiation method was extremely faster than the conventional heating method. Additionally, the effect of heat treatment (calcination temperature) on the morphology and OER activity of Ir/ATO synthesized electrocatalyst with the conventional polyol method. It was found that the iridium electrocatalyst synthesized with the polyol method, consisted of 1-5 nm particles, possessed an amorphous structure, and contained iridium with an average oxidation state of less than +4. Calcining the catalyst at temperatures more than 400 ºC and less than 700ºC: 1) increased the size of the iridium particles to 30 nm, 2) changed the structure of iridium particles from amorphous to crystalline, 3) increased the iridium oxidation state to +4 (IrO2), 4) reduced the electrochemically active surface area by approximately 50%, and 5) reduced the OER activity by approximately 25%; however, it had no significant effect on the physical and chemical morphology of the ATO support. Moreover, potential support metal carbides and oxides including: Tantalum Carbide (TaC), Niobium Oxide (Nb2O5), Niobium Carbide (NbC), Titanium Carbide (TiC), Tungsten Carbide (WC) and Antimony-doped Tin Oxide (ATO, Sb2O5-SnO2), were characterized, and used as support for the iridium OER electrocatalysts. TaC was found to be a promising support, and increasing its surface area by 4% improved the OER performance of the final supported catalyst by approximately 50%.

Manifesto of a defeated poet

This feature-length experimental film is the result of an intimate collaboration between Bosnian filmmaker/poet/painter/musician/performace artist Saidin Salkic (On Karasevdah: Srebrenica Blues, 2007 & Konvent 2010) and veteran Australian experimental filmmaker and film educator John Cumming (Obsession, Recognition & Sabotage 1985-87, First time Tragedy Second Tome Farce, 1989, The Hollow Centre 1999). Created over a period of four years it draws on the traditions and possibilities of improvisation – in cinematography, experimental cinema, dance, music and performance – with moments of intensity and repose, fluidity and halting re-composure. Cumming’s camera and Salkic’s movement work in front of it are at once expressionistic and in dialectical tension as are Salkic’s poetry, his haunting improvisations on piano and melodica and Cumming’s industrial soundscapes. SYNOPSIS: In the midst of fascist-capitalist madness, the Foreigner (a poet/dancer with sun on his palms and blood from his dreams on his face) hovers in neon twilight with last whispers of sanity on his lips, guarding and protecting the world – forever. REVIEW: ‘Full of mystery and beauty, punctuated by strange eruptions of silent cinema, of Chaplin, of film history made personal … not the film of a dance but a dance itself around pure presence … something unique and precious.’ Maximilian Le Cain, http://lecain.blogspot.com.au/2015/11/a-few-reflections-on-manifesto-of.html

Risks, resources and reason: understanding smallholder decisions around farming system interventions in Eastern Indonesia

Adoption of new cattle management practices by Indonesian smallholders occurs less as a ‘technology transfer’ in the classical sense but rather as a series of conscious decisions by farming households weighing risks and resources as well as matching innovations to livelihood strategies. This paper uncovers the context of decisions and communication of innovations by way of social networks. The research looks at two geographically distinct cases where new cattle management practices have been introduced. We apply the lens of a common sense framework initially introduced by Clifford Geertz. Smallholder decisions are analysed within a socio-cultural context and a particular set of resources, risks and livelihood objectives. We show that the respective value placed on land, cattle and food security is central to adoption of new cattle management techniques. Far from accepting everything novel, smallholders are selective and willing to make changes to their farming system if they do not conflict with livelihood strategies. Innovations are communicated through a range of existing social networks and are either matched to existing livelihood strategies or perceived as stepping-stones out of agriculture.

Performance sismique sous charge axiale nulle des murs en maçonnerie armée entièrement remplis de coulis

Résumé : Cette juxtaposition de matériaux solides -blocs, pierres ou briques,...- liés ou non entre eux que nous appelons maçonnerie ne se comporte pas très bien vis-à-vis des forces latérales, surtout si elle n’a pas été réalisée suivant les normes parasismiques ou de façon adéquate. Cette vulnérabilité (glissement, cisaillement, déchirure en flexion, ou tout autre) vient souvent du fait même de ce processus d’empilement, des problèmes d’interaction avec le reste de la structure et aussi à cause des caractéristiques mécaniques peu fiables de certains éléments utilisés. Malgré cette défaillance structurale, la maçonnerie est encore utilisée aujourd’hui grâce à son côté traditionnel, sa facilité de mise en œuvre et son coût d’utilisation peu élevé. Depuis quelques années, la maçonnerie s’est enrichie de documents qui ont été publiés par divers chercheurs dans le but d’une meilleure compréhension des caractéristiques mécaniques des éléments et aussi, et surtout, des mécanismes de rupture des murs de maçonnerie pour une meilleure réponse face aux sollicitations sismiques. Beaucoup de programmes expérimentaux ont alors été effectués et tant d’autres sont encore nécessaires. Et c’est dans ce contexte que cette recherche a été conduite. Elle présentera, entre autres, le comportement sous charges latérales d’un mur en maçonnerie armée entièrement rempli de coulis. Ce projet de recherche fait partie d’un programme plus large visant à une meilleure connaissance du comportement sismique de la maçonnerie pour une amélioration des techniques de construction et de réparation des ouvrages en maçonnerie.

Ichthyofauna assemblages from two unexplored Atlantic seamounts: Northwest Bank and João Valente Bank (Cape Verde archipelago)

Underwater censuses by divers were used to study the fish assemblages from two unexplored Atlantic seamounts in the Cape Verde archipelago. Fifty three species of 27 families were recorded: 27 in Northwest Bank and 46 in João Valente Bank. Northwest Bank had dense schools, while João Valente Bank had higher species richness and smaller schools. Both seamounts were dominated mainly by coastal species directly depending on seabed habitat (Demersal or benthopelagic). Of the 53 fish species recorded, 22.6% were of continental African origin, while 9.4% and 5.7% were endemic of the Cape Verde Islands and of the Macaronesia province, respectively. Most species (64.2%) had a very wide biogeographic distribution: cosmopolitan (22.6%), amphi-Atlantic (28.3%) and Atlantic-Mediterranean (13.2%). Northwest Bank and João Valente Bank may have a permanent fish community supported by various oceanographic-topographic interactions. João Valente Bank seems more diverse, which is probably associated with algae cover and with a larger area providing additional suitable and more varied habitats. The geographic proximity to the coast and the presence of oceanic and/or oceanodromous species suggests that the upper part of these seamounts may act both as attraction points and as “stepping-stones��� for the dispersal of coastal species.

Underwater survey of ichthyofauna of eastern Atlantic seamounts: Gettysburg and Ormond (Gorringe Bank)

Gettysburg and Ormond are seamounts belonging to the Gorringe Bank, which is located on the Europen-African plate boundary. Given the importance of these oceanic features for understanding marine biodiversity patterns, two surveys were carried out in 1998 (Gettysburg) and 1999 (Ormond) using diving, photography and video for species identification and abundance evaluation. Of the 9 fish species found at Gettysburg and 11 at Ormond, 6 were common to both sites and these included the dominant species: the oceanic and commercially important, Seriola rivoliana, and the coastal, typically Atlantic-Mediterranean Coris julis and Anthias anthias. The strong representation of coastal, demersal and Atlantic-Mediterranean species in the Gorringe Bank region and the presence of Abudefduf luridus, an endemic Macaronesian species, at Gettysburg suggests that the upper part of these seamounts may have acted and still act as “stepping stones��� for the dispersal of coastal species.

Análisis del proceso de intervención de un actor internacional (FAO) para promover procesos de comunicación para el desarrollo desde 1998 al 2012

En vista de las inequidades entre mujeres y hombres como las implicaciones que éstas posan sobre la seguridad alimentaria y el desarrollo agro-rural, la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO) ha incursionado en procesos de comunicación para el desarrollo con un proyecto que innovador, integra un enfoque de género.

Cistolitotomía percutánea en paciente con derivación urinaria compleja tipo mitrofanoff

Los cálculos vesicales son los más frecuentes del tracto urinario bajo (1). El factor predisponente más frecuente para la formación de cálculos vesicales es la obstrucción del tracto de salida. Presentaremos el caso de una paciente con antecedente de trauma uretral por fractura de pelvis; derivada con un Mitrofanoff; con diagnostico de cistolitiasis múltiple con cálculos de hasta 1 cm. El objetivo es mostrar la posibilidad de manejo de la cistolitiasis vía percutánea en una paciente con una derivación urinaria compleja funcionante, procedimiento menos mórbido, con menor tiempo de recuperación y con resultados comparables a otras técnicas. Inicia el procedimiento previa cateterización del Mitrofanoff con sonda Foley 12Fr, realizando punción suprapúbica para mediana izquierda a 2 cm de la rama púbica con aguja Chiba, posteriormente se avanzó guía hidrofílica seguida de varilla y dilatadores secuenciales de Alken 9Fr-27Fr y colocación de camisa Amplatz 28 Fr. Se retiraron dilatadores conservando guía de seguridad, se extrajeron la totalidad de los cálculos. Se ocluyó herida y se dejó sonda Foley conectada a Cystoflo. Egreso al día 1 post operatorio y retiro sonda Foley a los 5 días post operatorio. No se presentaron complicaciones, el tiempo operatorio fue de 1 hora, con 1 día de estancia hospitalaria. Recuperación satisfactoria con un resultado exitoso en cuanto a la extracción completa de los cálculos en 1 sólo tiempo quirúrgico. La cistolitotomía percutánea es una opción de manejo la cual ofrece grandes ventajas. Debe ser considerada no sólo en pacientes con acceso uretral restringido.

Estudio de empresas de sectores hegemónicos en Colombia para los años 2013 y 2014

Este documento evidencia las posiciones hegemónicas que han llegado a ocupar las empresas más poderosas del país, basándose en el estudio de datos cuantitativos del conteo de las cien empresas con mejores ventas para los años 2013 y 2014, según la revista Gerente. Se usan cinco variables: ventas totales, activos, pasivos, patrimonio y utilidades netas. En la primera sección, se hace una revisión bibliográfica que conecta el origen de la hegemonía en un panorama económico con la influencia del neoliberalismo y la globalización en el actual tejido industrial colombiano. Posteriormente, se realiza una explicación sobre la metodología aplicada para el estudio de la base de datos; la cual es seguida por una exposición de los resultados obtenidos a partir de herramientas estadísticas como el análisis de correlación lineal, quintiles y variaciones porcentuales. Finalmente, se aborda el Programa de Transformación Productiva, esto con el objetivo de mostrar los puntos focales que necesitan especial atención para lograr catalizar el desarrollo económico de Colombia.

Factores de riesgo preoperatorios asociados a conversión a técnica abierta en colecistectomía laparoscópica de urgencia

Introducción: la colecistectomía laparoscópica es la técnica de elección en pacientes con indicación de extracción quirúrgica de la vesícula; sin embargo, en promedio 20% de éstos requieren conversión a técnica abierta. En este estudio se evaluaron los factores de riesgo preoperatorios para conversión en colecistectomía laparoscópica de urgencia. Metodología: se realizó un estudio de casos y controles no pareado. Se obtuvo información sociodemográfica y de variables de interés de los registros de historias clínicas de pacientes operados entre el 2013 y 2016. Se identificaron los motivos de conversión de técnica quirúrgica. Se caracterizó la población de estudio y se estimaron asociaciones según la naturaleza de las variables. Mediante un análisis de regresión logística se ajustaron posibles variables de confusión. Resultados: se analizaron los datos de 444 pacientes (111 casos y 333 controles). La causa de conversión más frecuente fue la dificultad técnica (50,5%). Se encontró que la mayor edad, el sexo masculino, el antecedente de cirugía abierta en hemiabdomen superior, el signo de Murphy clínico positivo, la dilatación de la vía biliar, la leucocitosis y la mayor experiencia del cirujano, fueron factores de riesgo para conversión. Se encontró un área bajo la curva ROC= 0,743 (IC95% 0,692–0,794, p= <0,001). Discusión: existen unos factores que se asocian a mayor riesgo de conversión en colecistectomía laparoscópica. La mayoría se relacionan con un proceso inflamatorio más severo, por lo que se debe evitar la prolongación del tiempo de espera entre el inicio de los síntomas y la extirpación quirúrgica de la vesícula.

Caracterización de la función cognitiva de niños con síndrome de down de 5 a 12 años en la ciudad de Bogotá

Los niños que padecen trisomía 21 poseen una serie de características físicas, neurológicas y neuropsicológicas específicas, las cuales han sido investigadas a profundidad en diferentes países, de lo cual se han desarrollado protocolos de evaluación para estos niños acorde a su nacionalidad (García, 2010). A pesar de que Colombia es uno de los países en los cuales el síndrome de Down se presenta con mayor frecuencia, hasta la fecha, no se encuentran estudios que enfaticen en las habilidades neuropsicológicas de esta población específica, por lo cual no se han desarrollado protocolos de evaluación adecuados para los niños con síndrome este síndrome. Esta investigación se llevó acabo con una población de 88 niños a los cuales se les aplicó el inventario de desarrollo BATTELLE, y se identificó que los niños con síndrome Down de 5 a 12 años obtienen un puntaje que se encuentra en 4 desviaciones estándar por debajo de la media típica. Lo anterior demuestra una característica específica de esta población en cuanto a patrones de desarrollo en las cuales, se evidencia dificultad más importante en las área cognición y de la comunicación expresiva. Con respecto a los intervalos de edad se identificó que a lo largo de estos el desempeño en las áreas evaluadas decrece. esto puede estar relacionado con la mayor complejidad de los hitos del desarrollo para una edad esperada. Debido a que los hitos del desarrollo esperados varían a lo largo de los periodos del ciclo vital del ser humano, estos tienden a aumentar su complejidad en etapas del desarrollo más avanzados; como estos niños poseen una serie de dificultades en las funciones ejecutivas y cognición, no lograrán alcanzar dichos hitos del desarrollo.

Evaluation of portable Raman spectroscopy and handheld X-ray fluorescence analysis (hXRF) for the direct analysis of glyptics

In archaeometry, the advantages of a combined use of Raman spectroscopy and X-ray fluorescence spectroscopy are extensively discussed for applications such as the analysis of paintings, manuscripts, pottery, etc. Here, we demonstrate for the first time the advantage of using both techniques for analysing glyptics. These engraved gemstones or glass materials were originally used as stamps, to identify the owner, for instance on letters, but also on wine vessels. For this research, a set of 64 glyptics (42 Roman glass specimens and 22 modern ones), belonging to the collection of the museum ‘Quinta das Cruzes’ in Funchal (Madeira, Portugal), was analysed with portable Raman spectroscopy and handheld X-ray fluorescence (hXRF). These techniques were also used to confirm the gemological identification of these precious objects and can give extra information about the glass composition. Raman spectroscopy identifies the molecular composition as well as on the crystalline phases present. On the other hand, hXRF results show that the antique Roman glass samples are characterised with low Pb and Sn levels and that the modern specimens can be discriminated in two groups: lead-based and non-lead-based ones.