Application of text-mining for updating protein post-translational modification annotation in UniProtKB.

BACKGROUND: The annotation of protein post-translational modifications (PTMs) is an important task of UniProtKB curators and, with continuing improvements in experimental methodology, an ever greater number of articles are being published on this topic. To help curators cope with this growing body of information we have developed a system which extracts information from the scientific literature for the most frequently annotated PTMs in UniProtKB. RESULTS: The procedure uses a pattern-matching and rule-based approach to extract sentences with information on the type and site of modification. A ranked list of protein candidates for the modification is also provided. For PTM extraction, precision varies from 57% to 94%, and recall from 75% to 95%, according to the type of modification. The procedure was used to track new publications on PTMs and to recover potential supporting evidence for phosphorylation sites annotated based on the results of large scale proteomics experiments. CONCLUSIONS: The information retrieval and extraction method we have developed in this study forms the basis of a simple tool for the manual curation of protein post-translational modifications in UniProtKB/Swiss-Prot. Our work demonstrates that even simple text-mining tools can be effectively adapted for database curation tasks, providing that a thorough understanding of the working process and requirements are first obtained. This system can be accessed at http://eagl.unige.ch/PTM/.

Subplate subpopulations in the hypoxic-ischemic neonatal rat brain

Subplate neurons are among the earliest born cells of the neocortex and play a fundamental role in cortical development, in particular in the formation of thalamocortical connections. Subplate abnormalities have been described in several neuropathological disorders including schizophrenia, autism and periventricular eukomalacia (Eastwood and Harrison, Schizophr Res, 79, 2005; McQuillen and Ferriero, Brain Pathol, 15, 2005). We have identified and confirmed a range of specific markers for murine subplate using a microarray based approach and found that different subplate subpopulations are characterized by distinct expression patterns of these genes (Hoerder-Suabedissen et al., Cereb Cortex, 19, 2009). In this current study, we are making use of these markers to investigate neuropathological changes of the subplate after cerebral hypoxia-ischemia (HI) in the neonatal rat. First, we characterized the expression of a number of murine subplate markers in the postnatal rat using immunohistochemistry and in situ hybridization. While several genes (Nurr1, Cplx3, Ctgf and Tmem163) presented very similar expression patterns as in the mouse, others (Ddc, MoxD1 and TRH) were completely absent in the rat cortex. This finding suggests important differences in the subplate populations of these two rodent species. In a neonatal rat model of HI, selective vulnerability of subplate has been suggested using BrdU birthdating methods (McQuillen et al., J Neurosci, 15, 2003). We hypothesized that certain subplate subpopulations could be more susceptible than others and analyzed the above subplate markers in a similar yet slightly milder HI model. Two-day old male rat pups underwent permanent occlusion of the right common carotid artery followed by a period of hypoxia (6% O2, 1.5h or 2h) and were analyzed six days later. Preliminary counts on three subplate subpopulations (Nurr1+, Cplx3+ and Ctgf+ cells, respectively) showed similar reductions in cell numbers for all three groups. In addition, we found that the majority of cases which show changes in the subplate also exhibit lesions in the deep cortical layers VI (identified by FoxP2 expression) and sometimes even layer V (revealed by Er81 immunoreactivity), which questions the selective susceptibility of subplate over other cortical layers under the conditions we used in our model. Supported by MRC, FMO holds a Berrow Scholarship, Lincoln College, Oxford.

Fer cinema: un bon recurs per potenciar la creativitat a les aules

Aquesta petita investigació es divideix en dues parts. La primera, basada en els estudis teòrics, ofereix una visió de la importància de la creativitat dins i fora l’escola i de la didàctica d’aquesta a través de l’experiència de fer cinema. Fer d’actor, guionista, càmera, maquillador, escenògraf, entre d’altres, és una eina metodològica que potencia la creativitat dels alumnes? Ho investiguem a la segona part d’aquest document mitjançant estratègies d’avaluació de la creativitat. I els resultats indiquen que els infants que han realitzar el projecte de fer cinema tenen més bona qualificació en tots els aspectes avaluats.

Parenteral anticoagulants in heart disease: Current status and perspectives (Section II). Position Paper of the ESC Working Group on Thrombosis - Task Force on Anticoagulants in Heart Disease.

Anticoagulants are a mainstay of cardiovascular therapy, and parenteral anticoagulants have widespread use in cardiology, especially in acute situations. Parenteral anticoagulants include unfractionated heparin, low-molecular-weight heparins, the synthetic pentasaccharides fondaparinux, idraparinux and idrabiotaparinux, and parenteral direct thrombin inhibitors. The several shortcomings of unfractionated heparin and of low-molecular-weight heparins have prompted the development of the other newer agents. Here we review the mechanisms of action, pharmacological properties and side effects of parenteral anticoagulants used in the management of coronary heart disease treated with or without percutaneous coronary interventions, cardioversion for atrial fibrillation, and prosthetic heart valves and valve repair. Using an evidence-based approach, we describe the results of completed clinical trials, highlight ongoing research with currently available agents, and recommend therapeutic options for specific heart diseases.

Mapping the human connectome at multiple scales with diffusion spectrum MRI.

The global structural connectivity of the brain, the human connectome, is now accessible at millimeter scale with the use of MRI. In this paper, we describe an approach to map the connectome by constructing normalized whole-brain structural connection matrices derived from diffusion MRI tractography at 5 different scales. Using a template-based approach to match cortical landmarks of different subjects, we propose a robust method that allows (a) the selection of identical cortical regions of interest of desired size and location in different subjects with identification of the associated fiber tracts (b) straightforward construction and interpretation of anatomically organized whole-brain connection matrices and (c) statistical inter-subject comparison of brain connectivity at various scales. The fully automated post-processing steps necessary to build such matrices are detailed in this paper. Extensive validation tests are performed to assess the reproducibility of the method in a group of 5 healthy subjects and its reliability is as well considerably discussed in a group of 20 healthy subjects.

Social Media in health. What are the safety concerns for healthcare consumers?

Recent literature has discussed the unintended consequences of clinical information technologies (IT) on patient safety, yet there has been little discussion about the safety concerns in the area of consumer health IT. This paper presents a range of safety concerns for consumers in social media, with a case study on YouTube. We conducted a scan of abstracts on 'quality criteria' related to YouTube. Five areas regarding the safety of YouTube for consumers were identifi ed: (a) harmful health material targeted at consumers (such as inappropriate marketing of tobaccoor direct-to-consumer drug advertising); (b) public display of unhealthy behaviour (such as people displaying self-injury behaviours or hurting others); (c) tainted public health messages (i.e. the rise of negative voices againstpublic health messages); (d) psychological impact from accessing inappropriate, offensive or biased social media content; and (e) using social media to distort policy and research funding agendas. The examples presented should contribute to a better understanding about how to promote a safe consumption and production of social media for consumers, and an evidence-based approach to designing social media interventions for health. The potential harm associated with the use of unsafe social media content on the Internet is a major concern. More empirical and theoretical studies are needed to examine how social media infl uences consumer health decisions, behaviours and outcomes, and devise ways to deter the dissemination of harmful infl uences in social media.

JPEG standard uniform quantization error modeling with applications to sequential and progressive operation modes

In this paper we propose a method for computing JPEG quantization matrices for a given mean square error or PSNR. Then, we employ our method to compute JPEG standard progressive operation mode definition scripts using a quantization approach. Therefore, it is no longer necessary to use a trial and error procedure to obtain a desired PSNR and/or definition script, reducing cost. Firstly, we establish a relationship between a Laplacian source and its uniform quantization error. We apply this model to the coefficients obtained in the discrete cosine transform stage of the JPEG standard. Then, an image may be compressed using the JPEG standard under a global MSE (or PSNR) constraint and a set of local constraints determined by the JPEG standard and visual criteria. Secondly, we study the JPEG standard progressive operation mode from a quantization based approach. A relationship between the measured image quality at a given stage of the coding process and a quantization matrix is found. Thus, the definition script construction problem can be reduced to a quantization problem. Simulations show that our method generates better quantization matrices than the classical method based on scaling the JPEG default quantization matrix. The estimation of PSNR has usually an error smaller than 1 dB. This figure decreases for high PSNR values. Definition scripts may be generated avoiding an excessive number of stages and removing small stages that do not contribute during the decoding process with a noticeable image quality improvement.

Asiakkuuden arvon arviointi osana asiakkuudenhallintaa. Case: Martela Oyj

Tutkielman tavoitteena oli laatia Martela Oyj:n-käyttöön asiakkuuden arvoa määrittävä mittaristo, jonka avulla yrityksessä voidaan kehittää asiakkuudenhallintaa sekä asiakkuuden arvoa ja kannattavuutta. Tutkielman tavoitteeseen pääsemiseksi käytettiin konstruktiivista tutkimusmenetelmää. Mallin laatimiseksi perehdyttiin asiakkuudenhallinnan doktriiniin sekäcase -yrityksen nykyisen asiakkuudenhallinnan ongelmiin ja kehittämistarpeisiin. Näiden pohjalta laadittiin asiakkuuden arvoa määrittävä mittaristo, jonka avulla valittu otos yrityksen asiakkaista analysoitiin. Tutkimuksen keskeisempiä tuloksia on laadittu arvoanalyysimalli, jota voidaan jatkossa käyttää apuna asiakkuuksien johtamisessa ja asiakkuudenhallinnan kehittämisessä. Mallin avulla tutkittiin kaikki suurasiakasryhmän asiakkuudet ja tuloksia voidaan hyödyntää heti käytännössä mm. hoitomallien kehittämisessä sekä potentiaalien hyödyntämisessä. Tutkimuksen tuottaman tiedon avulla asiakkuuksien johtamista voidaan tehostaa ja vaikuttaa asiakkuuden arvon kehittymiseen. Tutkielmantulosten avulla voidaan yrityksessä aloittaa asiakkuudenhallinnan nykytilan systemaattinen kehittäminen sekä käynnistää asiakaskannattavuuden laskennan kehittämisprojekti.

Luottoriskin vakavaraisuuslaskennan laskentamenetelmän vaikutus luottolaitoksen vakavaraisuuteen erilaisissa luottoriskiportfoliossa

Tutkielman tavoitteena on teoriaosassa esitellä pankkien vakavaraisuussäännöksien ja riskienhallinnan perusperiaatteet, perehtyä nykyiseen Basel I -järjestelmään ja sen uudistukseen eli Basel II -kehikkoon. Tutkielmassa keskitytään uuden järjestelmän ensimmäiseen pilariin ja sen mukaisiin minipääomavaatimuksiin. Tarkastelussa on tarkemmin luottoriskin vakavaraisuusvaatimusten mukaiset minimipääoman laskentamenetelmät, standardimenetelmä ja sisäisten luottoluokitusten menetelmä. Standardi-menetelmä käyttää hyväkseen ulkoisia luottoluokituksia, kun taas kehittyneempi sisäisten luottoluokitusten menetelmä hyödyntää pankkien omia tietojärjestelmiä ja näiden tuottamia estimaattejaasiakkaiden luottokelpoisuudesta. Tutkielman empiirisessä osassa tutkitaan esimerkkipankin avulla luottoriskin vakavaraisuusvaatimusten laskentaa Basel I -järjestelmällä ja Basel II -laskentamenetelmillä. Sisäisten luottoluokitusten menetelmän mukaisesti pankille määritetään tase-erien riskipainot ja tutkitaan myös, olisiko pankin mahdollista nykyisellä taserakenteellaan saavuttaa suurempi tulos optimoimalla riskiprofiiliaan käyttäessään kehittyneempää sisäisten luottoluokitusten menetelmää standardimenetelmän sijaan.

Arvojen integrointi johtamiseen - case Engel

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää kuinka Engel-Yhtymässä arvot on liitetty johtamiseen. Keskeinen kysymys on: kuinka arvot ovat integroitu yrityksen nykyiseen johtamisjärjestelmään. Arvoja ei käsitellä irrallisena asiana, vaan liitettyinä yhteen organisaatiokulttuuriin ja johtamiseen. Tutkimus tukee arvojen merkityksen tärkeyttä osana Engelin hyvää liiketaloudellista menestystä viime vuosina. Tutkimuksen empiirinen osuus koostuu pääasiassa vuoden 2003 Arvomittari-henkilöstökyselystä ja kyselyn tulosten havainnoista. Tutkimuksessa haetaan vastauksia henkilöstön näkökulmasta strategian sisäistämiseen engeliläisten päivittäisessä työskentelyssä. Kuinka arvot on sisäistetty ja kuinka ne näkyvät arkipäivässä? Mitkä asiat estävät arvojen toteutumista ja ovatko arvot omistajien, johdon vai koko henkilöstön arvoja? Tutkimuksen tuloksia analysoidaan valitun viitekehyksen pohjalta, metodina kvalitatiivinen analyysi. Sen muodostaa ensisijaisesti Daniel Denisonin 2003 esittämä malli. Denisonin mallin mukaan tavoitteena on tarjota arvojen integroinnille eri näkökulmia. Johtopäätöksenä on kuitenkin selkeä liiketaloudellisen tuloksen parantuminen arvojohtaminen merkityksen myötä.

Optiojärjestelyt HelsinginPörssin pankit- ja rahoitustoimialalistan yrityksissä 1996-2004

Tiivistelmä Tekijä: Veikko Huhta Nimi: Optiojärjestelyt Helsingin Pörssin pankit- ja rahoitustoimialalistan yrityksissä 1996-2004 Osasto: Kauppatieteiden osasto Vuosi: 2005 Pro gradu-tutkielma. Lappeenrannan Teknillinen Yliopisto. 84 sivua, 8 kuviota, 1 taulukko, 5 liitettä. Tarkastajina professori Jaana Sandström ja professori Ulla Kotonen Hakusanat: Optiojärjestelyt, omistajalähtöinen johtaminen, agenttiongelma, pankit- ja rahoitustoimiala Tutkielman tavoitteena oli selvittää, millaisia optiojärjestelyjä HelsinginPörssin pankit- ja rahoitustoimialan yrityksissä on käytössä. Optiojärjestelyjätutkittiin ensinnä tarkastelemalla niiden omistajille aiheuttamaa diluutiovaikutusta. Seuraavaksi tarkastelun kohteena olivat option merkintähinta, optiojärjestelyn voimassaoloaika sekä osinkokorjaus. Optiojärjestelyjen toimivuutta tutkittiin tunnuslukujen ja yrityksen markkina-arvon näkökulmasta. Optiojärjestelyn taustalla olevia tavoitteita tutkittiin omistusrakenteen näkökulmasta. Tutkimuksen kohteena olevat yritykset olivat Sampo Oyj, OKO Oyj, CapMan Oyj sekä Ålandsbanken Ab. Pankit- ja rahoitustoimiala ei ole ns. suurten tuotto-odotusten toimiala. Tasainen osingonjako on optiojärjestelyjen ehtojen valossa omistajille tärkeää. Toimialalla optiojärjestelyjen ensisijainen tehtävä näyttää olevan sitouttaa avainhenkilöitä yritykseen. Vain yhdessä yrityksessä omistajat voivat olla markkina-arvon kehitykseen tyytyväisiä. Omistuksen ja johdon yhdistyminen johtaa optiojärjestelyillä tavoiteltavaan suureen sitouttamisvaikutukseen. Omistusrakenne osoittautui suureksi selittäjäksi optiojärjestelyjen ehtoja asetettaessa.

Brain surface non-rigid registration in auditory processing

Résumé: Le développement rapide de nouvelles technologies comme l'imagerie médicale a permis l'expansion des études sur les fonctions cérébrales. Le rôle principal des études fonctionnelles cérébrales est de comparer l'activation neuronale entre différents individus. Dans ce contexte, la variabilité anatomique de la taille et de la forme du cerveau pose un problème majeur. Les méthodes actuelles permettent les comparaisons interindividuelles par la normalisation des cerveaux en utilisant un cerveau standard. Les cerveaux standards les plus utilisés actuellement sont le cerveau de Talairach et le cerveau de l'Institut Neurologique de Montréal (MNI) (SPM99). Les méthodes de recalage qui utilisent le cerveau de Talairach, ou celui de MNI, ne sont pas suffisamment précises pour superposer les parties plus variables d'un cortex cérébral (p.ex., le néocortex ou la zone perisylvienne), ainsi que les régions qui ont une asymétrie très importante entre les deux hémisphères. Le but de ce projet est d'évaluer une nouvelle technique de traitement d'images basée sur le recalage non-rigide et utilisant les repères anatomiques. Tout d'abord, nous devons identifier et extraire les structures anatomiques (les repères anatomiques) dans le cerveau à déformer et celui de référence. La correspondance entre ces deux jeux de repères nous permet de déterminer en 3D la déformation appropriée. Pour les repères anatomiques, nous utilisons six points de contrôle qui sont situés : un sur le gyrus de Heschl, un sur la zone motrice de la main et le dernier sur la fissure sylvienne, bilatéralement. Evaluation de notre programme de recalage est accomplie sur les images d'IRM et d'IRMf de neuf sujets parmi dix-huit qui ont participés dans une étude précédente de Maeder et al. Le résultat sur les images anatomiques, IRM, montre le déplacement des repères anatomiques du cerveau à déformer à la position des repères anatomiques de cerveau de référence. La distance du cerveau à déformer par rapport au cerveau de référence diminue après le recalage. Le recalage des images fonctionnelles, IRMf, ne montre pas de variation significative. Le petit nombre de repères, six points de contrôle, n'est pas suffisant pour produire les modifications des cartes statistiques. Cette thèse ouvre la voie à une nouvelle technique de recalage du cortex cérébral dont la direction principale est le recalage de plusieurs points représentant un sillon cérébral. Abstract : The fast development of new technologies such as digital medical imaging brought to the expansion of brain functional studies. One of the methodolgical key issue in brain functional studies is to compare neuronal activation between individuals. In this context, the great variability of brain size and shape is a major problem. Current methods allow inter-individual comparisions by means of normalisation of subjects' brains in relation to a standard brain. A largerly used standard brains are the proportional grid of Talairach and Tournoux and the Montreal Neurological Insititute standard brain (SPM99). However, there is a lack of more precise methods for the superposition of more variable portions of the cerebral cortex (e.g, neocrotex and perisyvlian zone) and in brain regions highly asymmetric between the two cerebral hemipsheres (e.g. planum termporale). The aim of this thesis is to evaluate a new image processing technique based on non-linear model-based registration. Contrary to the intensity-based, model-based registration uses spatial and not intensitiy information to fit one image to another. We extract identifiable anatomical features (point landmarks) in both deforming and target images and by their correspondence we determine the appropriate deformation in 3D. As landmarks, we use six control points that are situated: one on the Heschl'y Gyrus, one on the motor hand area, and one on the sylvian fissure, bilaterally. The evaluation of this model-based approach is performed on MRI and fMRI images of nine of eighteen subjects participating in the Maeder et al. study. Results on anatomical, i.e. MRI, images, show the mouvement of the deforming brain control points to the location of the reference brain control points. The distance of the deforming brain to the reference brain is smallest after the registration compared to the distance before the registration. Registration of functional images, i.e fMRI, doesn't show a significant variation. The small number of registration landmarks, i.e. six, is obvious not sufficient to produce significant modification on the fMRI statistical maps. This thesis opens the way to a new computation technique for cortex registration in which the main directions will be improvement of the registation algorithm, using not only one point as landmark, but many points, representing one particular sulcus.

Collaborative explicit plasticity framework: a conceptual scheme for the generation of plastic and group-aware user interfaces

The advent of new advances in mobile computing has changed the manner we do our daily work, even enabling us to perform collaborative activities. However, current groupware approaches do not offer an integrating and efficient solution that jointly tackles the flexibility and heterogeneity inherent to mobility as well as the awareness aspects intrinsic to collaborative environments. Issues related to the diversity of contexts of use are collected under the term plasticity. A great amount of tools have emerged offering a solution to some of these issues, although always focused on individual scenarios. We are working on reusing and specializing some already existing plasticity tools to the groupware design. The aim is to offer the benefits from plasticity and awareness jointly, trying to reach a real collaboration and a deeper understanding of multi-environment groupware scenarios. In particular, this paper presents a conceptual framework aimed at being a reference for the generation of plastic User Interfaces for collaborative environments in a systematic and comprehensive way. Starting from a previous conceptual framework for individual environments, inspired on the model-based approach, we introduce specific components and considerations related to groupware.

Tilausten ajotavan tehostaminen Absorbex® –linjalla

Laminating Papers Oy:n PK1 Absorbex® -linjan hyötysuhde on alhainen muun muassa koska lajinvaihtoja joudutaan tekemään laminaattiteollisuuden tilausten luonteen vuoksi useita kertoja päivässä. Sen sijaan PK1:n toimituskyky ja asiakastyytyväisyys ovat hyvällä tasolla. Diplomityön tavoitteena oli selvittää mikä on Absorbex® –tuotepaletilla paras mahdollinen PK1:n lajien ajojärjestys ja tilausten syklityksen pituus toimituskykyä merkittävästi vaarantamatta. Pohjatietoina kirjallisuusosassa on esitetty laminaattiteollisuus ja sen asettamat odotukset PK1:lle raaka-ainetoimittajana. Kirjallisuusosassa on myös selvitetty kuinka nykyinen tilausten käsittely ja syklitys rakentuu PK1:llä. Kokonaiskustannusanalyysi antoi epärealistisen suuria eräkokoja lasketuille tilauksille eikä lajinvaihtojärjestystä pystytty toteuttamaan kauppamatkustajan ongelmanratkaisua käyttäen, joten kirjallisuusosassa on näitä aiheita käsitelty lyhyesti. Asiakastyytyväisyyttä on myöskin lyhyesti kuvattu PK1:n näkökulmasta. Kokeellisessa osassa mallinnettiin PK1:n nykyistä ajojärjestystä lajinvaihtosuureisiin ja -viiveisiin perustuvilla mittauksilla. Huokoisuus ja jauhinten asettaminen todettiin eniten aikaa kuluttaviksi lajinvaihtosuureiksi. Tasaiseen jauhinten säätötoimintaan perustuen kehitettiin uusi malli tilausten ajojärjestykselle. Syklin pituus sidottiin pesuväliin perustuen kokemuksiin, joiden mukaan tiettyjen lajien jälkeen oli paperikone pestävä. Yhtä lajia ajetaan pesuvälin aikana vain kerran ja täten uudella mallilla saatiin eliminoitua pois kuusi lajinvaihtoa jokaisesta syklistä. Malli lisää teoriassa kustannuskilpailukykyä vaarantamatta merkittävästi toimituskykyä ja sitä kautta asiakastyytyväisyyttä. Uutta mallia ehdotetaan testattavaksi ja sille on suunniteltu projektiorganisaatio ja toteutusaikataulu.

Phyllochron estimation in intercropped strawberry and monocrop systems in a protected environment

The phyllochron is defined as the time required for the appearance of successive leaves on a plant; this characterises plant growth, development and adaptation to the environment. To check the growth and adaptation in cultivars of strawberry grown intercropped with fig trees, it was estimated the phyllochron in these production systems and in the monocrop. The experiment was conducted in greenhouses at the University of Passo Fundo (28º15'41'' S, 52º24'45'' W and 709 m) from June 8th to September 4th, 2009; this comprised the period of transplant until the 2nd flowering. The cultivars Aromas, Camino Real, Albion, Camarosa and Ventana, which seedlings were originated from the Agrícola LLahuen Nursery in Chile, as well as Festival, Camino Real and Earlibrite, originated from the Viansa S.A. Nursery in Argentina, were grown in white polyethylene bags filled with commercial substrate (Tecnomax®) and evaluated. The treatments were arranged in a randomised block design and four replicates were performed. A linear regression was realized between the leaf number (LN) in the main crown and the accumulated thermal time (ATT). The phyllochron (degree-day leaf-1) was estimated as the inverse of the angular coefficient of the linear regression. The data were submitted to ANOVA, and when significance was observed, the means were compared using the Tukey test (p < 0.05). The mean and standard deviation of phyllochrons of strawberry cultivars intercropped with fig trees varied from 149.35ºC day leaf-1 ± 31.29 in the Albion cultivar to 86.34ºC day leaf-1 ± 34.74 in the Ventana cultivar. Significant differences were observed among cultivars produced in a soilless environment with higher values recorded for Albion (199.96ºC day leaf-1 ± 29.7), which required more degree-days to produce a leaf, while cv. Ventana (85.76ºC day leaf-1 ± 11.51) exhibited a lower phyllochron mean value. Based on these results, Albion requires more degree-days to issue a leaf as compared to cv. Ventana. It was conclude that strawberry cultivars can be grown intercropped with fig trees (cv. Roxo de Valinhos).