Development of a cross-European virtual sample repository and HIV resistance database

BACKGROUND: Several European HIV observational data bases have, over the last decade, accumulated a substantial number of resistance test results and developed large sample repositories, There is a need to link these efforts together, We here describe the development of such a novel tool that allows to bind these data bases together in a distributed fashion for which the control and data remains with the cohorts rather than classic data mergers.METHODS: As proof-of-concept we entered two basic queries into the tool: available resistance tests and available samples. We asked for patients still alive after 1998-01-01, and between 180 and 195 cm of height, and how many samples or resistance tests there would be available for these patients, The queries were uploaded with the tool to a central web server from which each participating cohort downloaded the queries with the tool and ran them against their database, The numbers gathered were then submitted back to the server and we could accumulate the number of available samples and resistance tests.RESULTS: We obtained the following results from the cohorts on available samples/resistance test: EuResist: not availableI11,194; EuroSIDA: 20,71611,992; ICONA: 3,751/500; Rega: 302/302; SHCS: 53,78311,485, In total, 78,552 samples and 15,473 resistance tests were available amongst these five cohorts. Once these data items have been identified, it is trivial to generate lists of relevant samples that would be usefuI for ultra deep sequencing in addition to the already available resistance tests, Saon the tool will include small analysis packages that allow each cohort to pull a report on their cohort profile and also survey emerging resistance trends in their own cohort,CONCLUSIONS: We plan on providing this tool to all cohorts within the Collaborative HIV and Anti-HIV Drug Resistance Network (CHAIN) and will provide the tool free of charge to others for any non-commercial use, The potential of this tool is to ease collaborations, that is, in projects requiring data to speed up identification of novel resistance mutations by increasing the number of observations across multiple cohorts instead of awaiting single cohorts or studies to reach the critical number needed to address such issues.

Quantum transport phenomena and shallow impurity states in CdSb

This work is dedicated to investigation of the energy spectrum of one of the most anisotropic narrow-gap semiconductors, CdSb. At the beginning of the present studies even the model of its energy band structure was not clear. Measurements of galvanomagnetic effects in wide temperature range (1.6 - 300 K) and in magnetic fields up to 30 T were chosen for clarifying of the energy spectrum in the intentionally undoped CdSb single crystals and doped with shallow impurities (In, Ag). Detection of the Shubnikov - de Haas oscillations allowed estimating the fundamental energy spectrum parameters. The shapes of the Fermi surfaces of electrons (sphere) and holes (ellipsoid), the number of the equivalent extremums for valence band (2) and their positions in the Brillouin zone were determined for the first time in this work. Also anisotropy coefficients, components of the tensor of effective masses of carriers, effective masses of density of states, nonparabolicity of the conduction and valence bands, g-factor and its anisotropy for n- and p-CdSb were estimated for the first time during these studies. All the results obtained are compared with the cyclotron resonance data and the corresponding theoretical calculations for p-CdSb. This is basic information for the analyses of the complex transport properties of CdSb and for working out the energy spectrum model of the shallow energy levels of defects and impurities in this semiconductor. It was found out existence of different mechanisms of hopping conductivity in the presence of metal - insulator transition induced by magnetic field in n- and p-CdSb. Quite unusual feature opened in CdSb is that different types of hopping conductivity may take place in the same crystal depending on temperature, magnetic field or even orientation of crystal in magnetic field. Transport properties of undoped p-CdSb samples show that the anisotropy of the resistivity in weak and strong magnetic fields is determined completely by the anisotropy of the effective mass of the holes. Temperature and magnetic field dependence of the Hall coefficient and magnetoresistance is attributed to presence of two groups of holes with different concentrations and mobilities. The analysis demonstrates that below Tcr ~ 20 K and down to ~ 6 - 7 K the low-mobile carriers are itinerant holes with energy E2 ≈ 6 meV. The high-mobile carriers, at all temperatures T < Tcr, are holes activated thermally from a deeper acceptor band to itinerant states of a shallower acceptor band with energy E1 ≈ 3 meV. Analysis of temperature dependences of mobilities confirms the existence of the heavy-hole band or a non-equivalent maximum and two equivalent maxima of the light-hole valence band. Galvanomagnetic effects in n-CdSb reveal the existence of two groups of carriers. These are the electrons of a single minimum in isotropic conduction band and the itinerant electrons of the narrow impurity band, having at low temperatures the energies above the bottom of the conduction band. It is found that above this impurity band exists second impurity band of only localized states and the energy of both impurity bands depend on temperature so that they sink into the band gap when temperature is increased. The bands are splitted by the spin, and in strong magnetic fields the energy difference between them decreases and redistribution of the electrons between the two impurity bands takes place. Mobility of the conduction band carriers demonstrates that scattering in n-CdSb at low temperatures is strongly anisotropic. This is because of domination from scattering on the neutral impurity centers and increasing of the contribution to mobility from scattering by acoustic phonons when temperature increases. Metallic conductivity in zero or weak magnetic field is changed to activated conductivity with increasing of magnetic field. This exhibits a metal-insulator transition (MIT) induced by the magnetic field due to shift of the Fermi level from the interval of extended states to that of the localized states of the electron spectrum near the edge of the conduction band. The Mott variablerange hopping conductivity is observed in the low- and high-field intervals on the insulating side of the MIT. The results yield information about the density of states, the localization radius of the resonant impurity band with completely localized states and about the donor band. In high magnetic fields this band is separated from the conduction band and lies below the resonant impurity bands.

Massaräätälöintija modulointi parkettiliiketoiminnassa

Tässä diplomityössä tarkastellaan massaräätälöintiä ja modulointia parkettiliiketoiminnassa yhden case-yrityksen näkökulmasta. Työn tavoitteena on kuvata nykyinen toiminta ja luoda massaräätälöintiin ja modulointiin perustuva toimintamalli sekä selvittää uudistetun toimintamallin taloudelliset ja toiminnalliset vaikutukset. Kirjallisuustutkimuksessa tarkastellaan massaräätälöinnin ja moduloinnin käsitettä sekä näihin käsitteisiin liittyviä ohjauksellisia menetelmiä. Tutkimuksessa kuvataan edellä mainittujen käsitteiden perusmallit ja siirtyminen näiden mallien käyttämiseen. Diplomityön empiirisessä osassa tutkitaan massaräätälöinnin ja moduloinnin taloudellisia vaikutuksia case-yrityksessä. Taloudellisia vaikutuksia tutkittiin kolmella eri tavalla. Ensimmäisenä selvitettiin toimintamallin muutoksen vaikutus tuotantoon ja valmisvarastoon sitoutuneenvaihto-omaisuuden määrään. Tämän jälkeen tutkittiin vaikutukset tuotannon läpimenoaikoihin sekä tehtiin laskelmat toimintamallin muuttamisen vaatimista investoinneista ja niistä saavutettavista hyödyistä. Empiiriset tulokset osoittavat, että case-yrityksen nykyisessä toiminnassa on puutteita. Tuotantoon sitoutuu liikaa pääomaa ja tuotannon läpäisyajat ovat liian pitkiä asiakasvaatimuksiin nähden. Tulosten mukaan massaräätälöinnin ja moduloinnin keinoilla voidaan saavuttaa merkittäviä parannuksia tuotannon läpimenoon, pääoman sitoutumiseen ja saadaan aikaan mittavia rahallisia säästöjä. Tulosten perusteella suositellaan, että yritys ottaa käyttöön massaräätälöinnin ja moduloinnin menetelmät kuvatun toimintamallin mukaisesti.

Arabidopsis Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors MYC2, MYC3, and MYC4 Regulate Glucosinolate Biosynthesis, Insect Performance, and Feeding Behavior.

Arabidopsis thaliana plants fend off insect attack by constitutive and inducible production of toxic metabolites, such as glucosinolates (GSs). A triple mutant lacking MYC2, MYC3, and MYC4, three basic helix-loop-helix transcription factors that are known to additively control jasmonate-related defense responses, was shown to have a highly reduced expression of GS biosynthesis genes. The myc2 myc3 myc4 (myc234) triple mutant was almost completely devoid of GS and was extremely susceptible to the generalist herbivore Spodoptera littoralis. On the contrary, the specialist Pieris brassicae was unaffected by the presence of GS and preferred to feed on wild-type plants. In addition, lack of GS in myc234 drastically modified S. littoralis feeding behavior. Surprisingly, the expression of MYB factors known to regulate GS biosynthesis genes was not altered in myc234, suggesting that MYC2/MYC3/MYC4 are necessary for direct transcriptional activation of GS biosynthesis genes. To support this, chromatin immunoprecipitation analysis showed that MYC2 binds directly to the promoter of several GS biosynthesis genes in vivo. Furthermore, yeast two-hybrid and pull-down experiments indicated that MYC2/MYC3/MYC4 interact directly with GS-related MYBs. This specific MYC-MYB interaction plays a crucial role in the regulation of defense secondary metabolite production and underlines the importance of GS in shaping plant interactions with adapted and nonadapted herbivores.

Le pergélisol dans les terrains sédimentaires à forte déclivité: distribution, régime thermique et instabilités

Résumé: Dans le contexte d'un climat de plus en plus chaud, la localisation du pergélisol dans les terrains sédimentaires à forte déclivité et l'évaluation des mouvements de terrain qui y ont cours s'avèrent primordiales. S'insérant dans cette problématique, ce travail de thèse s'articule autour de deux axes de recherche différents. D'un point de vue statique, cette recherche propose une étude de la distribution et des caractéristiques du pergélisol dans les éboulis de la zone périglaciaire alpine. D'un point de vue dynamique, une analyse de l'influence des caractéristiques du pergélisol (teneur en glace, température du pergélisol, etc.) et des variations des températures de l'air et du sol sur les vitesses de fluage des corps sédimentaires gelés est effectuée. Afin de répondre à ce double objectif, l'approche "terrain" a été privilégiée. Pour déterminer la répartition et les caractéristiques du pergélisol, les méthodes traditionnelles de prospection du pergélisol ont été utilisées, à savoir la mesure de la température du sol à la base du manteau neigeux (BTS), la mesure de la température du sol en continu ainsi que la méthode géoélectrique. Les mouvements de terrain ont pour leur part été mesurés à l'aide d'un GPS différentiel. L'étude de la distribution du pergélisol a été effectuée dans une quinzaine d'éboulis situés dans les régions du Mont Gelé (Verbier-Nendaz) et d'Arolla principalement. Dans la plupart des cas, un pergélisol a pu être mis en évidence dans la partie inférieure des accumulations sédimentaires, alors que la partie médiane des éboulis n'est, le plus souvent, pas gelée. Si cette absence de pergélisol se prolonge parfois dans les portions sommitales des pentes, les mesures réalisées montrent que dans d'autres cas des sédiments gelés y sont à nouveau présents. Les résistivités électriques mesurées dans les portions gelées des éboulis étudiés sont dans la plupart des cas nettement inférieures à celles mesurées sur les glaciers rocheux. Des études préalables ont montré que des circulations d'air internes sont responsables de l'anomalie thermique négative et, lorsqu'il existe, du pergélisol que l'on trouve dans la partie inférieure d'éboulis situés plus de 1000 m plus bas que la limite inférieure régionale du pergélisol discontinu. L'étude de quatre sites de basse altitude (1400-1900 m), et notamment l'équipement du site de Dreveneuse (Préalpes Valaisannes) avec deux forages, des capteurs de température de surface et un anémomètre a permis de vérifier et de préciser le mécanisme de ventilation actif au sein des éboulis froids de basse altitude. Ce mécanisme fonctionne de la manière suivante: en hiver, l'air contenu dans l'éboulis, plus chaud et plus léger que l'air extérieur, monte à l'intérieur de l'accumulation sédimentaire et est expulsé dans ses parties sommitales. Cet effet de cheminée provoque une aspiration d'air froid à l'intérieur de la partie inférieure de l'éboulis, causant ainsi un sur-refroidissement marqué du terrain. En été, le mécanisme s'inverse, l'éboulis étant plus froid que l'air environnant. De l'air froid est alors expulsé au bas de la pente. Une ventilation ascendante hivernale a pu être mise en évidence dans certains des éboulis de haute altitude étudiés. Elle est probablement en grande partie responsable de la configuration particulière des zones gelées observées. Même si l'existence d'un effet de cheminée n'a pu être démontrée dans tous les cas, du fait notamment de la glace interstitielle qui entrave le cheminement de l'air, des indices laissant présager son possible fonctionnement existent dans la quasi totalité des éboulis étudiés. L'absence de pergélisol à des altitudes qui lui sont favorables pourrait en tous les cas s'expliquer par un réchauffement du terrain lié à des expulsions d'air relativement chaud. L'étude des mouvements de terrain a été effectuée sur une dizaine de sites, principalement sur des glaciers rocheux, mais également sur une moraine de poussée et - II - Résumé ? abstract quelques éboulis. Plusieurs glaciers rocheux présentent des formes de déstabilisation récente (niches d'arrachement, blocs basculés, apparition de la matrice fine à la surface, etc.), ce qui témoigne d'une récente accélération des vitesses de déplacement. Ce phénomène, qui semble général à l'échelle alpine, est probablement à mettre sur le compte du réchauffement du pergélisol depuis une vingtaine d'années. Les vitesses mesurées sur ces formations sont souvent plus élevées que les valeurs habituellement proposées dans la littérature. On note par ailleurs une forte variabilité inter-annuelle des vitesses, qui semblent dépendre de la variation de la température moyenne annuelle de surface. Abstract: In the context of a warmer climate, the localisation of permafrost in steep sedimentary terrain and the measurement of terrain movements that occur in these areas is of great importance. With respect to these problems, this PhD thesis follows two different research axes. From a static point of view, the research presents a study of the permafrost distribution and characteristics in the talus slopes of the alpine periglacial belt. From a dynamic point of view, an analysis of the influence of the permafrost characteristics (ice content, permafrost temperature, etc.) and air and soil temperature variations on the creep velocities of frozen sedimentary bodies is carried out. In order to attain this double objective, the "field" approach was favoured. To determine the distribution and the characteristics of permafrost, the traditional methods of permafrost prospecting were used, i.e. ground surface temperature measurements at the base of the snow cover (BTS), year-round ground temperature measurements and DC-resistivity prospecting. The terrain movements were measured using a differential GPS. The permafrost distribution study was carried out on 15 talus slopes located mainly in the Mont Gelé (Verbier-Nendaz) and Arolla areas (Swiss Alps). In most cases, permafrost was found in the lower part of the talus slope, whereas the medium part was free of ice. In some cases, the upper part of the talus is also free of permafrost, whereas in other cases permafrost is present. Electrical resistivities measured in the frozen parts of the studied talus are in most cases clearly lower than those measured on rock glaciers. Former studies have shown that internal air circulation is responsible for the negative thermal anomaly and, when it exists, the permafrost present in the lower part of talus slopes located more than 1000 m below the regional lower limit of discontinuous permafrost. The study of four low-altitude talus slopes (1400-1900 m), and notably the equipment of Dreveneuse field site (Valais Prealps) with two boreholes, surface temperature sensors and an anemometer permitted to verify and to detail the ventilation mechanism active in low altitude talus slopes. This mechanism works in the following way: in winter, the air contained in the block accumulation is warmer and lighter than the surrounding air and therefore moves upward in the talus and is expelled in its upper part. This chimney effect induces an aspiration of cold air in the interior of the lower part of talus, that causes a strong overcooling of the ground. In summer, the mechanism is reversed because the talus slope is colder than the surrounding air. Cold air is then expelled in the lower part of the slope. Evidence of ascending ventilation in wintertime could also be found in some of the studied high-altitude talus slopes. It is probably mainly responsible for the particular configuration of the observed frozen areas. Even if the existence of a chimney effect could not be demonstrated in all cases, notably because of interstitial ice that obstructs Résumé ? abstract - III - the air circulation, indices of its presence exist in nearly all the studied talus. The absence of permafrost at altitudes favourable to its presence could be explained, for example, by the terrain warming caused by expulsion of relatively warm air. Terrain movements were measured at about ten sites, mainly on rock glaciers, but also on a push moraine and some talus slopes. Field observations reveal that many rock glaciers display recent destabilization features (landslide scars, tilted blocks, presence of fine grained sediments at the surface, etc.) that indicate a probable recent acceleration of the creep velocities. This phenomenon, which seems to be widespread at the alpine scale, is probably linked to the permafrost warming during the last decades. The measured velocities are often higher than values usually proposed in the literature. In addition, strong inter-annual variations of the velocities were observed, which seems to depend on the mean annual ground temperature variations.

Sliding Mode Control for Switched Mode Power Supplies

Control applications of switched mode power supplies have been widely investigated. The main objective ofresearch and development (R&D) in this field is always to find the most suitable control method to be implemented in various DC/DC converter topologies. Inother words, the goal is to select a control method capable of improving the efficiency of the converter, reducing the effect of disturbances (line and load variation), lessening the effect of EMI (electro magnetic interference), and beingless effected by component variation. The main objective of this research work is to study different control methods implemented in switched mode power supplies namely (PID control, hysteresis control, adaptive control, current programmed control, variable structure control (VSC), and sliding mode control (SMC). The advantages and drawbacks of each control method are given. Two control methods, the PID and the SMC are selected and their effects on DC/DC (Buck, Boost, and Buck-Boost) converters are examined. Matlab/SimulinkTM is used to implement PID control method in DC/DC Buck converter and SMC in DC/DC (Buck, and Buck Boost) converters. For the prototype, operational amplifiers (op-amps) are used to implement PID control in DC/DC Buck converter. For SMC op-amps are implemented in DC/DC Buck converter and dSPACETM is used to control the DC/DC Buck-Boost converter. The SMC can be applied to the DC/DC (Buck, Boost, and Buck-Boost) converters. A comparison of the effects of the PID control and the SMC on the DC/DC Buck converter response in steady state, under line variations, load variations, and different component variations is performed. Also the Conducted RF-Emissions between the PID and SMC DC/DC Buck Converter are compared. The thesis shows that, in comparison with the PID control, the SMC provides better steady-state response, better dynamic response, less EMI, inherent order reduction, robustness against system uncertainty disturbances, and an implicit stability proof. Giving a better steady-state and dynamic response, the SMC is implemented in a DC/DC resonant converter. The half-wave zero current switching (HWZCS) DC/DC Buck converter is selected as a converter topology. A general guideline to select the tank component values, needed for the designing of a HWZCS DC/DC Buck, is obtained. The implementation of the SMC to a HWZCS DC/DC Buck converter is analysed. The converter response is investigated in the steady-state region and in the dynamic region.

A novel source for miR-21 expression through the alternative polyadenylation of VMP1 gene transcripts

miR-21 is the most commonly over-expressed microRNA (miRNA) in cancer and a proven oncogene. Hsa-miR-21 is located on chromosome 17q23.2, immediately downstream of the vacuole membrane protein-1 (VMP1) gene, also known as TMEM49. VMP1 transcripts initiate ∼130 kb upstream of miR-21, are spliced, and polyadenylated only a few hundred base pairs upstream of the miR-21 hairpin. On the other hand, primary miR-21 transcripts (pri-miR-21) originate within the last introns of VMP1, but bypass VMP1 polyadenylation signals to include the miR-21 hairpin. Here, we report that VMP1 transcripts can also bypass these polyadenylation signals to include miR-21, thus providing a novel and independently regulated source of miR-21, termed VMP1–miR-21. Northern blotting, gene-specific RT-PCR, RNA pull-down and DNA branching assays support that VMP1–miR-21 is expressed at significant levels in a number of cancer cell lines and that it is processed by the Microprocessor complex to produce mature miR-21. VMP1 and pri-miR-21 are induced by common stimuli, such as phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA) and androgens, but show differential responses to some stimuli such as epigenetic modifying agents. Collectively, these results indicate that miR-21 is a unique miRNA capable of being regulated by alternative polyadenylation and two independent gene promoters.

Tuotannon- ja materiaalinohjauksen kehittäminen huonekaluteollisuudessa

Työn tavoitteena oli kehittää sohvakalusteita valmistavan yrityksen tuotannon- ja materiaalinohjausta. Tuotanto on sekä varasto-ohjautuvaa, että tilausohjautuvaa kokoonpanoa. Kehittämisessä pääpaino oli läpäisyaikojen lyhentämisellä molemmissa tuotantomuodoissa, vaihto-omaisuuden arvon alentamisessa sekä kriittisten materiaalien ohjauksen tehostamisessa. Työssä on ensin selvitetty tuotannon- ja materiaalin-ohjauksen teoriaa, tilaus-toimitus-prosessia ja tietojärjestelmiä osana tuotannonohjausta. Tavoitteena on ollut valita käytännössä hyvin toimivia ohjausmenettelyitä ja soveltaa niitä kohdeyrityksessä, jotta asetetut tavoitteet saavutettaisiin mahdollisimman nopealla aikataululla. Raporttien ja seurantatyökalujen kehittäminen tietojärjestelmässä on ensisijaisen tärkeää, että voidaan mitata tuloksia ja asettaa tavoitteita. Varastoinnin painopisteen siirtäminen valmistuotevarastosta puolivalmis-tasolle tulee toteuttaa kuluvan vuoden aikana. Avainsanoja läpäisyajan lyhentämisessä tilausohjautuvassa tuotannossa ovat nopea tilausten aloittaminen, turhien alkuvaiheiden poistaminen, nopea leikkuu, töiden visuaalinen ohjaaminen, sähköisten kotiinkutsumenettelyiden kehittäminen ja toimittajayhteistyö. Varasto-ohjautuvilla tuotteilla taas puolivalmisteet, imuohjausmenettelyt ainakin puolivalmisteiden tekemisen ohjauksessa, vedossuunnittelun ja hienokuormituksen yksinkertaistaminen ja luonnollisesti kaikki materiaalinohjausta parantavat toimenpiteet. Konsignaatiovarastojen käyttö päälliskangasvarastossa alentaisi huomattavasti vaihto-omaisuuden määrää. Kehittämiskohteet on valittu, kehittämistyö on aloitettu ja toimintamallit luotu, Niiden impelementointi ja tietojärjestelmän loppuun kehittäminen vaativat vielä työtä, mutta saavutettavat hyödyt ovat suuret ja turvaavat tehtaan menestymisen tulevaisuudessakin.

All-sky search algorithms for monochromatic signals in bar gravitational wave detector data

In this paper we design and develop several filtering strategies for the analysis of data generated by a resonant bar gravitational wave (GW) antenna, with the goal of assessing the presence (or absence) therein of long-duration monochromatic GW signals, as well as the eventual amplitude and frequency of the signals, within the sensitivity band of the detector. Such signals are most likely generated in the fast rotation of slightly asymmetric spinning stars. We develop practical procedures, together with a study of their statistical properties, which will provide us with useful information on the performance of each technique. The selection of candidate events will then be established according to threshold-crossing probabilities, based on the Neyman-Pearson criterion. In particular, it will be shown that our approach, based on phase estimation, presents a better signal-to-noise ratio than does pure spectral analysis, the most common approach.

Managing material flows and improving performance in a component supplier’s internal supply chain

Tämä diplomityö tehtiin osana Componenta Cast Componentsin kolmivuotista toimitusketjujen kehitysprojektia. Työn tavoitteena oli kuvata tyypillinen yrityksen sisäinen toimitusketjuprosessi ja tehdä alustava suorituskykyanalyysi valimon ja konepajan väliseen logistiseen prosessiin liittyen. Tarkoituksena oli myös löytää kehityskohteita materiaali- ja tietovirtojen hallinnassa näiden tuotantoyksiköiden välillä. Logistiikkaan, toimitusketjujen hallintaan ja toimitusketjun suorituskyvyn mittaamiseen liittyvän kirjallisuustutkimuksen sekä käytännön perusteella valittiin sopivat analyysimenetelmät. Näitä menetelmiä hyödynnettiin tilaustoimitus – prosessin kuvaamisessa sekä suorituskyvyn analysoinnissa yrityksen sisäisessä toimitusketjussa. Luonnollisena jatkona kehitettiin ja pantiin käytäntöön toimitusketjua synkronoiva imutyyppinen tuotannon- ja materiaalinohjausmenetelmä. Diplomityöprojektin aikana kehitettiin myös apuvälineet käyttöönotetun menetelmän asianmukaista hyödyntämistä varten. Diplomityöprojektissa otettiin ensimmäiset askeleet kohti integroitua sisäistä toimitusketjua. Uuden tuotannon- ja materiaalinohjausmenetelmän standardisointi muihin menetelmiin yhdistettynä, sekä toimitusketjun avainmittarien jatkokehitys on jo alkanut. Läpimenoaikoja lyhentämällä ja synkronoidun, läpinäkyvän kysyntä-tarjontaketjun avulla integroitumisen astetta voidaan nostaa edelleen. Poikkiorganisatorinen kehitys ja johtaminen toimitusketjussa on avainedellytys menestykseen.

Protein interaction studies point to new functions for Escherichia coli glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) is considered a multifunctional protein with defined functions in numerous mammalian cellular processes. GAPDH functional diversity depends on various factors such as covalent modifications, subcellular localization, oligomeric state and intracellular concentration of substrates or ligands, as well as protein-protein interactions. In bacteria, alternative GAPDH functions have been associated with its extracellular location in pathogens or probiotics. In this study, new intracellular functions of E. coli GAPDH were investigated following a proteomic approach aimed at identifying interacting partners using in vivo formaldehyde cross-linking followed by mass spectrometry. The identified proteins were involved in metabolic processes, protein synthesis and folding or DNA repair. Some interacting proteins were also identified in immunopurification experiments in the absence of cross-linking. Pull-down experiments and overlay immunoblotting were performed to further characterize the interaction with phosphoglycolate phosphatase (Gph). This enzyme is involved in the metabolism of 2-phosphoglycolate formed in the DNA repair of 3"-phosphoglycolate ends generated by bleomycin damage. We show that interaction between Gph and GAPDH increases in cells challenged with bleomycin, suggesting involvement of GAPDH in cellular processes linked to DNA repair mechanisms.

LDAP-pohjainen yrityshakemisto WWW-ympäristöön

Diplomityössä perehdytään nykyisiin hakemistotekniikoihin ja niiden hyödyntä-miseen. World Wide Web on tuonut hakemistomaailmaankin aivan uusia ulottuvuuksia ja tästä on osoituksena LDAP-hakemistoprotokollan suosion merkittävä kasvu. LDAP soveltuu Internet-maailmaan erinomaisesti keveytensä, helppokäyttöisyytensä ja nopeutensa ansiosta. Käytännön osuudessa toteutettiin LDAP-tekniikkaa hyödyntävä yrityshakemisto, jolla voitiin WWW-käyttöliittymällä etsiä ja muokata yrityksen henkilö- ja yksikkötietoja. Työn tarkoitus oli selvittää LDAP:n soveltuvuutta kaupalliseen sovellukseen ja kerätä kokemuksia siihen liittyvistä asioista ja tekniikoista.

Design and Testing of Database Libraries

Nokia Push To Talk järjestelmä tarjoaa uuden kommunikointimetodin tavallisen puhelun oheen. Yksi tärkeimmistä uuden järjestelmän ominaisuuksista on puhelunmuodostuksen nopeus. Lisäksi järjestelmän tulee olla telekommunikaatiojärjestelmien yleisten periaatteiden mukainen, mahdollisimman stabiili ja skaalautuva, jotta järjestelmä olisi mahdollisimman vikasietoinen ja laajennettavissa. Diplomityön päätavoite on esitellä "C++"-tietokantakirjastojen suunnittelua ja testausta. Aluksi tutkitaan tietokantajärjestelmien problematiikkaa alkaen tietokantajärjestelmän valinnasta ja huomioiden erityisesti nopeuskriteerit. Sitten esitellään kaksi teknistä toteutusta kahta "C++"-tietokantakirjastoa varten ja pohditaan joitakin vaihtoehtoisia toteutustapoja.

PROVISIONING OF MIDLETS

Java™ 2 Platform, Micro Edition on eräs johtava sovellusalusta, joka mahdollistaa kolmannen osapuolen sovellusten luomisen matkapuhelimiin, kommunikaattoreihin ja taskutietokoneisiin. Java-alusta keskeinen etu on sovellusten dynaaminen asentaminen. Käyttäjä ei ole rajoitettu esiasennettuihin sovelluksiin vaan voi asentaa niitä itse tarpeen mukaan. Tämän diplomityö käsittelee erilaisia Java sovellusten (MIDlettien) lataus ja asennusmenetelmiä. Diplomityö antaa yhteenvedon merkittävimmistä asennus teknologioista. Pääpaino on MIDP-standardin mukaisella langattomalle asennuksella (Over-The-Air provisioning) sillä se on kaikkein laajimmin käytetty menetelmä. Muita käsiteltäviä menetelmiä ovat WAP Push ja paikallinen asennus Bluetoothin ja Infrapunalinkin avulla. MIDletit, kuten mitkä tahansa ohjelmat, ovat alttiita laittomalle kopioinnille. Tämä diplomityö kuvaa menetelmiä, joilla laiton kopiointi voidaan estää. Yksi esimerkki on OMA™ DRM standardi. Diplomityö kuvaa myös kuinka kopiointisuojaus voidaan yhdistää olemassa oleviin asennusmenetelmiin. Java sovelluksia, MIDlettejä, käytetään yhä erilaisimpiin tarkoituksiin jolloin tarvitaan myös uusia asennusmenetelmiä. Yksi tällainen menetelmä on asentaminen erillisistä laitteista. Diplomityö kuvaa useita menetelmiä asentamiseen erillisistä laitteista. Käsitellyr menetelmät pohjautuvat Bluetooth teknologiaan ja yhtä lukuun ottamatta perustuvat standardin määrittelemiin Bluetooth profiileihin File Transfer Profile, Personal Area Networking Profile ja Object Push Profile. Toinen asennustapa on sovellusten edelleen lähettäminen toiseen puhelimeen. Diplomityö kuvaa kuinka OMA DRM standardi voidaan yhdistää tällaisen asennuksen ja ehdottaa kahta vaihtoehtoista menetelmää. Yksi perustuu Bluetoothin Object Push Profiiliin ja toinen Infrapunalinkin käyttöön. Toinen perustuu multimediaviestiin ja sähköpostiin.

Product Launch in Industrial Markets – Financial Risks in New AMD Elevator Door Launch

Tuotekehitys ja uusien tuotteiden lanseeraus on teollisen yrityksen menestyksekkään liiketoiminnan elinehtoja tämän päivän kilpailussa. Teollisuusyrityksen tuotteiden innovaatioaikakausia on ollut lukuisia, samoin kuin uuden tuotteen lanseerauksen lähtökohtia. Aikakausista, jolloin tuotteita kehitettiin yrityksen omista lähtökohdista, kuten valmistuksellisista eduista, on edetty tilanteeseen, jossa markkinoiden tarpeita tulee ottaa yhä enemmän huomioon. Kuitenkin, teollisuudessa esitellään tuotteita yhä puhtaasti tuotantolähtöisesti, ja tutkimuksen tavoitteena on selvittää taloudellisia riskejä, joita liittyy puhtaasti teknologiavetoiseen tuotteiden kehitystyöhön, valmistukseen ja lanseeraukseen. Normatiivisena tutkimuksena työ pyrkii asiakastarpeita ja teollisuusyrityksen loppuasiakkaiden näkökulmia huomioon ottaen osoittamaan markkinoinnin keinojen merkityksen tuotantolähtöisen tuotelanseerauksen taloudellisten riskien minimoimiseksi. Uuden teollisen tuotteen asiakastarpeita on selvitetty kyselymuotoisen markkinointitutkimuksen menetelmiä hyväksikäyttäen. Tuotteen tärkeimpien ominaisuuksien, kuten turvallisuuden, kestävyyden ja hinnan merkitystä voidaan hyödyntää ennen tuotteen kaupallista esittelyä potentiaalisten asiakassegmenttien kartoitukseen ja menestyksellisen lanseerauksen edesauttamiseksi.