“Unmixing” Tissue Gene Expression Signatures from Tumor Biopsies

Emergent molecular measurement methods, such as DNA microarray, qRTPCR, and many others, offer tremendous promise for the personalized treatment of cancer. These technologies measure the amount of specific proteins, RNA, DNA or other molecular targets from tumor specimens with the goal of “fingerprinting” individual cancers. Tumor specimens are heterogeneous; an individual specimen typically contains unknown amounts of multiple tissues types. Thus, the measured molecular concentrations result from an unknown mixture of tissue types, and must be normalized to account for the composition of the mixture. For example, a breast tumor biopsy may contain normal, dysplastic and cancerous epithelial cells, as well as stromal components (fatty and connective tissue) and blood and lymphatic vessels. Our diagnostic interest focuses solely on the dysplastic and cancerous epithelial cells. The remaining tissue components serve to “contaminate” the signal of interest. The proportion of each of the tissue components changes as a function of patient characteristics (e.g., age), and varies spatially across the tumor region. Because each of the tissue components produces a different molecular signature, and the amount of each tissue type is specimen dependent, we must estimate the tissue composition of the specimen, and adjust the molecular signal for this composition. Using the idea of a chemical mass balance, we consider the total measured concentrations to be a weighted sum of the individual tissue signatures, where weights are determined by the relative amounts of the different tissue types. We develop a compositional source apportionment model to estimate the relative amounts of tissue components in a tumor specimen. We then use these estimates to infer the tissuespecific concentrations of key molecular targets for sub-typing individual tumors. We anticipate these specific measurements will greatly improve our ability to discriminate between different classes of tumors, and allow more precise matching of each patient to the appropriate treatment

Ciencia Interactiva.

Resumen basado en la publicación

Discapacidad intelectual e interacción educativa en el medio rural.

Seleccionado en la convocatoria: Ayudas para proyectos de temática educativa, Gobierno de Aragón 2009-10

Espacio agroambiental casa del sol : la discapacidad intelectual de la mano de la educación agroambiental : visita el entorno y nuestro trabajo.

Seleccionado en la convocatoria: Ayudas para proyectos de temática educativa, Gobierno de Aragón 2010-11

Educación agroambiental : escolares y personas con discapacidad intelectual : conocer la biodiversidad en la casa del Sol-Escorón.

Incluye: cartilla didáctica 'La naturaleza en Escorón'. Seleccionado en la convocatoria: Ayudas para proyectos de temática educativa, Gobierno de Aragón 2008-09

Los alumnos de BUP y FP en Zaragoza : características socio educativas.

Analizar las características del alumnado zaragozano de Enseñanzas Medias en aspectos sociales, académicos, ideológicos, afectivos, etc.. 22586 alumnos de BUP, COU y 1240 de FP de la ciudad de Zaragoza. Edad, sexo, número de hermanos, antecedentes académicos, centro de procedencia, estudios de los padres, asignatura más útil, profesión deseada, continuidad en los estudios, rendimiento escolar, actitudes e intereses. Cuestionario elaborado por el propio equipo investigador. Análisis y descripción de respuestas por estratos (tipo de estudio, curso, sexo, tipo de centro). El abandono escolar es muy considerable a lo largo de la Enseñanza Media, abandono muy fuerte en los primeros años de FP. Existe una relación clara entre el fracaso escolar y el cambio de centro. Hay una clara interacción entre los tipos de centro (estatal, no estatal) y el nivel socio económico paterno. Se confirma el caracter de diferenciación social que lleva ímplicita la elección de FP. La familia condiciona de manera considerable el dominio actitudinal y los intereses de los alumnos que se refuerzan con el ambiente del centro escolar y que van alternando y moderando de manera continua a lo largo del desarrollo personal.

Informe sobre la Ciudad Escolar Pignatelli, de la Diputación Provincial de Zaragoza : una alternativa para el futuro.

Conocer y juzgar el centro y su funcionamiento. Conocer y juzgar la tarea realizada por los distintos grupos de personas trabajadoras en dicho centro. Conocer y evaluar experiencias realizadas o en vías de realización en otros centros del estado con características similares. Planificar una alternativa de funcionamiento. El objeto del trabajo ha sido la Ciudad Escolar Pignatelli. En primer lugar tomar contacto con personas que por su trabajo en el campo de la asistencia a la infancia para que informaran y opinaran sobre las instituciones que acogen a estos niños. Se visitó diariamente durante 15 días la Ciudad Escolar Pignatelli donde se mantuvieron contactos con el director, asistente social, pediatra, tutores, educadores, comunidad religiosa, sacerdote, profesores. También se visitaron centros de características similares en Madrid, Sevilla y Alicante. Entrevistas. Entrevistas focalizadas en las que el grupo presente tenía plena libertad para hablar sin límite de tiempo ni de argumento, aunque se procuró que el tema de diálogo estuviese relacionado con la problemática del centro. Análisis comparativo de centros con características similares. El edificio no reune condiciones adecuadas para su función. Ausencia de criterios pedagógicos en la dirección y de coordinación con los distintos grupos. Los alumnos tienen muy poco tiempo disponible. Falta de criterios racionales para la admisión de los alumnos. Elaboración de unas alternativas consistentes en: 1. Supresión del colegio de EGB y educación especial existentes dentro de la Ciudad Escolar Piagnatelli 2. Supresión del internado y sustitución por pisos, ayudas a las familias o familia acogedoras. 3. Realización de los estudios de EGB en centros 'normales' de la ciudad. Elaboración de los perfiles del personal que ha de encargarse de realizar esta reforma.

Análisis de las concentraciones escolares y escuelas hogar en Aragón.

Conocer la situación de las concentraciones escolares y escuelas hogar en Aragón. Pueblos afectados. Costes de los mismos. Analizar el funcionamiento de los centros y las repercusiones que este nuevo modelo educativo tiene para los alumnos, padres y pueblos. Se ha entrevistado a todos los directores, 172 profesores de concentraciones escolares y escuelas hogar, 131 alcaldes de los pueblos concentrados y concentradores, 72 sacerdotes de los pueblos concentrados, 263 padres de alumnos y 872 alumnos de concentraciones y escuelas hogar. Se han recogido datos en cada escuela hogar y concentración escolar sobre: pueblos que abarca, distancia, número de alumnos y curso en que se incorporan, coste del transporte. Se han estudiado relaciones de dependencia entre las localidades concentradoras y concentrados. Se ha encuestado a los distintos sectores para que opinaran sobre las repercusiones que las escuelas hogar y concentraciones escolares tienen sobre ellos. Entrevistas personalizadas y cuestionarios realizados por el personal investigador. Análisis de datos: descripción, estadística, tablas. Se ofrecen numerosos datos sobre aspectos estructurales, económicos, administrativos, etc., sobre cada una de las localidades analizadas. No se ha confirmado que en las concentraciones y escuelas hogar se prepara mejor a los alumnos. De hecho, sobre todo los chicos, tienen muchos problemas en las concentraciones y escuelas hogar. No se amplían las relaciones sociales de los alumnos. La justificación económica del modelo es muy discutible. La distribución del profesorado, con frecuencia, no se hace por especialización, sino por derechos adquiridos. Es necesario analizar muy críticamente las circunstancias y consecuencias antes de concentrar. Hay que buscar fórmulas intermedias entre la escuela unitaria y la concentración.

Material didáctico de educación ambiental no formal para el programa “yo, sí puedo cuidar el ambiente”, en Nicaragua

El presente trabajo ha consistido en elaborar el material didáctico para la educación ambiental no formal de los ciudadanos de Nicaragua, con nivel escolar equivalente a sexto grado. Este material en un futuro cercano será la base del programa de alfabetización ambiental “Yo, Sí Puedo Cuidar el Ambiente”,coordinado por la “Red Universitaria Yo, Sí Puedo” en distintas partes de Nicaragua. El resultado del proyecto es una cartilla destinada al alumno y una Guía Metodológica para el educador. Para la realización de este proyecto ha sido necesaria una estancia de tres meses y medio para la recopilación de información y la elaboración de material didáctico. El principal objetivo del material elaborado es contribuir en la sensibilización y la formación de valotres ambientales de los participantes, mejorando asi su calidad de vida y su entorno

Derecho civil : aproximaciones al derecho de personas

Las universidades de hoy, siguiendo las últimas tendencias de docencia universitaria que proponen minimizar la participación del profesor en la tarea del aprendizaje, han trasladado al estudiante al esfuerzo de apropiarse de la información necesaria para el conocimiento de las ciencias; Sin embargo, los libros y documentos que se entregan al estudiante para que se empape de los conceptos fundamentales siguen siendo textos fríos y desapacibles cuya utilidad estaba ligada a las explicaciones previas que ya el maestro había suministrado. Este libro ha procurado un discurso claro y coherente para facilitar su comprensión, haciendo énfasis especial en aquellos aspectos que hacen de la ciencia jurídica un ejercicio intelectual apasionante, pero evitando caer en el sistema de “cartilla” o “instructivo”, una fórmula que parece creada por la comunicación moderna para descalificar la inteligencia del lector. Este texto empieza con un barrido de prácticamente todas las instituciones generales del Derecho (las dos primeras secciones), que sirve de apoyo para entrar en el estudio de los sujetos de Derecho y sus características esenciales, con el nivel de detalle que corresponde a quien se dedica a otras disciplinas para tener una idea de cómo funciona el sistema jurídico. El autor declara que, haciendo caso omiso del esfuerzo, escribir le resultó una tarea útil, grata y no pocas veces divertida y por eso confía en que el lector tenga la misma sensación al realizar su lectura. Nota: complementa esta obra "Derecho Civil. Derecho de familia".

El cuidado de la salud de niños y niñas : Guía para todos los padres

Uno de los elementos básicos en las prácticas de la salud pública es la comunicación con la comunidad, donde se realizan actividades de promoción de la salud y prevención de la enfermedad, independiente del estrato social en que se ubique el grupo sujeto de atención. Sin embargo, deben tenerse en cuenta metodologías y estrategias que nos permitan llegar a todos los estratos y a todos los grupos que requieran de nuestras acciones para el cuidado de la salud. La Facultad de Medicina del la Universidad del Rosario, desde que inició una nueva modalidad de prácticas con preescolares y escolares, ha sentido la necesidad de ayudar a los niños y niñas a resolver las dificultades inherentes e incidentes en sus áreas de desarrollo y que algunos padres o cuidadores consideran como procesos normales que todos los niños y las niñas deben lograr, en determinadas fases de su vida. La presente cartilla presenta componentes de crecimiento y desarrollo de los niños y las niñas en la etapa preescolar, así como sus necesidades y las tareas que los padres deben realizar para ayudarles a superar las dificultades oportunamente.

Polimorfismos de los genes P53, CYP1A1, CYP1B1, GSTM1, GSTT1 y GSTP1 en cáncer de seno familiar en una población colombiana

Se considera que la susceptibilidad al cáncer de seno es poligenética1; es necesario estudiar otros factores genéticos. Se realizó un estudio analítico de casos y controles (1:2) 120:240. Se tomó una muestra de sangre periférica, y posteriormente se realizó la extracción de ADN (PROBE) y se determinó la presencia de los polimorfismos. Se encontraron asociaciones estadísticamente significativas con el cáncer de seno para: del grupo p53 exón 4, la Arginina con un OR 1,923 IC 95% (1,117 – 3.309); del grupo p53 intrón 3 el I3wm con OR 30,887 IC 95% (3,709 – 257,209); del grupo p53 intrón 6 el I6wm con OR 2.061 IC 95% (1.059 - 4,013); del grupo CYP1B1 Val432leu, la Valina con un OR 2.273 con un IC del 95% (1.084 – 4.855); del grupo CYP1B1 Asn453se la Asparagina/Serina con un OR 1,987 con IC 95% (1.076 – 3.670). El polimorfismo gstm 1r reporta un OR 0,366 con IC 95% (0,219 – 0,613) el cual se considera como protector para cáncer de seno.

Detección de mutaciones en el gen CFTR en una población de pacientes pediátricos con asma en la ciudad de Bogotá

Introducción: El asma es una enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias. Se asocia a hiperreactividad bronquial que lleva a episodios recurrentes de sibilancias, disnea y tos, articularmente en la noche o en la madrugada. Estos episodios se asocian con obstrucción de la vía aérea la cual es reversible con farmacoterapia. Esta enfermedad constituye un problema de salud pública a nivel mundial y su prevalencia en Colombia es cerca del 8%. Dentro los factores que contribuyen al desarrollo del asma se encuentran los ambientales y los genéticos. Se han realizado más de 500 investigaciones de asociación y en ellas el gen de la conductancia transmembranal de la fibrosis quística (CFTR) ha emergido como un gen candidato que participa en la patofisiología del asma. Sin embargo, la asociación entre mutaciones en el gen CFTR y el desarrollo de asma es hasta el presente controversial. Algunos de los estudios realizados han establecido que el estado de portador de mutaciones en el gen CFTR contribuye a la aparición de asma, otros afirman que estas mutaciones pueden participar como un factor protector e impedir el desarrollo de la enfermedad y algunas investigaciones han arrojado la ausencia de cualquier tipo de asociación. Objetivos: En el presente estudio se busca determinar la frecuencia de las mutaciones más frecuentemente causantes de FQ en Colombia, en una muestra de pacientes pediátricos asmáticos de la ciudad de Bogotá. Materiales y Métodos: Se genotipificaron 101 pacientes pediátricos con diagnóstico clínico y paraclínico de asma, se realizo extracción de ADN y análisis molecular para las mutaciones de p.F508del, c.1881+1.6 KbA>G, p.G542X y 621+1G>T del gen de la Fibrosis Quística, mediante amplificación por PCR utilizando primers específicos, seguida de digestión con enzimas de restricción y electroforesis en geles de poliacrilamida. Resultados y Discusión: Se identificaron dos portadores: uno para la mutación p.F508del y otro para la mutación p.G542X. Según estos hallazgos la tasa de portadores para estas mutaciones es de 1 en 50. Conclusión: No hay diferencia estadísticamente significativa entre la tasa de portadores de la mutación p.F508del en la población Colombiana (1/84) y la muestra analizada (p < 0.05). Sin embargo, no es posible establecer si existe una asociación entre el estado de portador y el desarrollo de asma.

La incidencia de las operaciones multinacionales conjuntas para la defensa de la seguridad transfronteriza. Estudio de caso: La piratería somalí (2006 - 2008)

La Investigación pretende determinar la incidencia de las Operaciones Multinacionales Conjuntas frente a la seguridad transfronteriza en el caso de la piratería somalí. Las Operaciones Multinacionales responden a intereses políticos y económicos para salvaguardar el tránsito marítimo por el Golfo de Adén hacia el Canal del Suez, al mismo tiempo que la diversidad de actores que componen el despliegue naval serán analizados a la luz de los Complejos de Seguridad de Barry Buzan ya que cuentan con niveles de interdependencia para lograr objetivos comunes que no alcanzarían si actuaran unilateralmente. Sin embargo, la piratería en Somalia responde al desmoronamiento de las estructuras del Estado que se refleja en la ausencia del monopolio de la fuerza, falta de reconocimiento del gobierno por parte de la población, luchas por el territorio y el desborde del conflicto interno, en este sentido las Operaciones Multinacionales Conjuntas tienen el objetivo de contener los actos de piratería somalí en el corredor marítimo del Océano Índico y el Mar Rojo, los actos de piratería continuaran en el país como nuevas formas de criminalidad en expansión en la medida que las Operaciones Multinacionales no tengan como propósito generar una intervención en Somalia para crear las bases del Estado y un gobierno legítimo que cuente con el respaldo de la población y con la participación de los diferentes grupos armados y políticos del país.

HLA-A Typing in formalin-fixed paraffin embedded tissue samples : towards potential retrospective analysis

El Antígeno Leucocitario Humano (HLA en inglés) ha sido descrito en muchos casos como factor de pronóstico para cáncer. La característica principal de los genes de HLA, localizados en el cromosoma 6 (6p21.3), son sus numerosos polimorfismos. Los análisis de secuencia de nucleótidos muestran que la variación está restringida predominantemente a los exones que codifican los dominios de unión a péptidos de la proteína. Por lo tanto, el polimorfismo del HLA define el repertorio de péptidos que se unen a los alotipos de HLA y este hecho define la habilidad de un individuo para responder a la exposición a muchos agentes infecciosos durante su vida. La tipificación de HLA se ha convertido en un análisis importante en clínica. Muestras de tejido embebidas en parafina y fijadas con formalina (FFPE en inglés) son recolectadas rutinariamente en oncología. Este procedimiento podría ser utilizado como una buena fuente de ADN, dado que en estudios en el pasado los ensayos de recolección de ADN no eran normalmente llevados a cabo de casi ningún tejido o muestra en procedimientos clínicos regulares. Teniendo en cuenta que el problema más importante con el ADN de muestras FFPE es la fragmentación, nosotros propusimos un nuevo método para la tipificación del alelo HLA-A desde muestras FFPE basado en las secuencias del exón 2, 3 y 4. Nosotros diseñamos un juego de 12 cebadores: cuatro para el exón 2 de HLA-A, tres para el exón 3 de HLA-A y cinco para el exón 4 de HLA-A, cada uno de acuerdo las secuencias flanqueantes de su respectivo exón y la variación en la secuencia entre diferentes alelos. 17 muestran FFPE colectadas en el Hospital Universitario de Karolinska en Estocolmo Suecia fueron sometidas a PCR y los productos fueron secuenciados. Finalmente todas las secuencias obtenidas fueron analizadas y comparadas con la base de datos del IMGT-HLA. Las muestras FFPE habían sido previamente tipificadas para HLA y los resultados fueron comparados con los de este método. De acuerdo con nuestros resultados, las muestras pudieron ser correctamente secuenciadas. Con este procedimiento, podemos concluir que nuestro estudio es el primer método de tipificación basado en secuencia que permite analizar muestras viejas de ADN de las cuales no se tiene otra fuente. Este estudio abre la posibilidad de desarrollar análisis para establecer nuevas relaciones entre HLA y diferentes enfermedades como el cáncer también.