Microcollinearity between autopolyploid sugarcane and diploid sorghum genomes

Abstract Background Sugarcane (Saccharum spp.) has become an increasingly important crop for its leading role in biofuel production. The high sugar content species S. officinarum is an octoploid without known diploid or tetraploid progenitors. Commercial sugarcane cultivars are hybrids between S. officinarum and wild species S. spontaneum with ploidy at ~12×. The complex autopolyploid sugarcane genome has not been characterized at the DNA sequence level. Results The microsynteny between sugarcane and sorghum was assessed by comparing 454 pyrosequences of 20 sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs) with sorghum sequences. These 20 BACs were selected by hybridization of 1961 single copy sorghum overgo probes to the sugarcane BAC library with one sugarcane BAC corresponding to each of the 20 sorghum chromosome arms. The genic regions of the sugarcane BACs shared an average of 95.2% sequence identity with sorghum, and the sorghum genome was used as a template to order sequence contigs covering 78.2% of the 20 BAC sequences. About 53.1% of the sugarcane BAC sequences are aligned with sorghum sequence. The unaligned regions contain non-coding and repetitive sequences. Within the aligned sequences, 209 genes were annotated in sugarcane and 202 in sorghum. Seventeen genes appeared to be sugarcane-specific and all validated by sugarcane ESTs, while 12 appeared sorghum-specific but only one validated by sorghum ESTs. Twelve of the 17 sugarcane-specific genes have no match in the non-redundant protein database in GenBank, perhaps encoding proteins for sugarcane-specific processes. The sorghum orthologous regions appeared to have expanded relative to sugarcane, mostly by the increase of retrotransposons. Conclusions The sugarcane and sorghum genomes are mostly collinear in the genic regions, and the sorghum genome can be used as a template for assembling much of the genic DNA of the autopolyploid sugarcane genome. The comparable gene density between sugarcane BACs and corresponding sorghum sequences defied the notion that polyploidy species might have faster pace of gene loss due to the redundancy of multiple alleles at each locus.

Uso do bivalve límnico Anodontites tenebricosus (LEA, 1834) no biomonitoramento de metais do Rio Ribeira de Iguape

This study investigated the contamination of the Ribeira de Iguape River - RIR by Cd, Zn, Cr and Pb, using the bivalve Anodontites tenebricosus as a biomonitor. Metal concentrations in tissue samples were measured by HR-ICPMS. Bivalve tissues exhibited mean levels of 1.00 µg/g Cd; 152.89 µg/g Zn; 14.79 µg/g Cr and 4.40 µg/g Pb. Lead concentrations were comparable to those reported for moderately contaminated sites. The results showed that Pb is bioavailable to the bivalves, exhibiting high concentrations and exceeding both natural and reference values for human consumption. The freshwater bivalve Anodontites tenebricosus is a suitable biomonitor of contamination by metals.

Entre o declínio e a reinvenção: atualidade das funções do sistema público atacadista de alimentos no Brasil

Este artigo apresenta evidências das mudanças que estão se processando no aparato atacadista público de alimentos no Brasil abordando a evolução, as características atuais e as funções da estrutura atacadista do sistema brasileiro de abastecimento. O texto aborda algumas considerações sobre o contexto histórico vivido no momento de criação do Sistema Nacional de Abastecimento (Sinac) nos anos 70 e a emergência de novos modelos para os mercados atacadistas a partir dos anos 80. É realizada uma análise com base na observação dos dados coletados junto a 29 centrais de abastecimento públicas brasileiras em 2009 com informações sobre origem e destino dos hortigranjeiros comercializados nesses entrepostos a partir de uma amostra significativa. Os padrões sistêmicos podem ser observados através de dois aspectos: o desempenho da atividade econômica dos principais entrepostos atacadistas brasileiros e as funções remanescentes de reunião e distribuição da produção local e regional. Pretendemos demonstrar que o grupo de centrais públicas de abastecimento é bastante heterogêneo e que, de maneira geral, a dinâmica do seu crescimento é estabelecida de fora para dentro , sendo que muitos destes equipamentos não mais exercem papéis centrais como executores de políticas públicas voltadas para o abastecimento.

Psychiatric comorbidities in temporal lobe epilepsy: possible relationships between psychotic disorders and involvement of limbic circuits

OBJECTIVE: Mounting evidence suggests that the limbic system is pathologically involved in cases of psychiatric comorbidities in temporal lobe epilepsy (TLE) patients. Our objective was to develop a conceptual framework describing how neuropathological and connectivity changes might contribute to the development of psychosis and to the potential neurobiological mechanisms that cause schizophrenia-like psychosis in TLE patients. METHODS: In this review, clinical and neuropathological findings, especially brain circuitry of the limbic system, were examined together to enhance our understanding of the association between TLE and psychosis. Finally, the importance of animal models in epilepsy and psychiatric disorders was discussed. CONCLUSIONS: TLE and psychiatric symptoms coexist more frequently than chance would predict. Damage and deregulation among critical anatomical regions, such as the hippocampus, amygdala, thalamus, and the temporal, frontal and cingulate cortices, might predispose TLE brains to psychosis. Studies of the effects of kindling and injection of neuroactive substances on behavior and electrophysiological patterns may offer a model of how limbic seizures in humans increase the vulnerability of TLE patients to psychiatric symptoms.

Functional Communication Profile - Revised: uma proposta de caracterização objetiva de crianças e adolescentes do espectro do autismo

OBJETIVO: Caracterizar objetivamente as alterações de crianças e adolescentes incluídos no espectro do autismo de acordo com o grau de severidade definido a partir das respostas ao Functional Communication Profile - Revised (FCP-R). MÉTODOS: Foram selecionadas 50 crianças (idade média 7 anos e 11 meses) com diagnósticos no espectro do autismo que foram avaliados segundo os critérios do FCP-R. As respostas obtidas foram pontuadas e classificadas de acordo com a severidade e realizada análise estatística pertinente. RESULTADOS: A caracterização dessa população evidenciou dados concordantes com a literatura, mostrando prejuízos nas áreas de linguagem (expressiva e receptiva), comportamento e pragmática, principalmente. Os indivíduos que não possuem habilidades verbais evidenciaram, ainda, alterações referentes aos domínios fala e fluência. CONCLUSÃO: O FCP-R foi sensível para caracterizar a população estudada, mostrando-se ainda mais eficaz para a avaliação individualizada.

Educação ao ar livre pela aventura: o aprendizado de valores morais em expedições à natureza

A educação ao ar livre, por meio de cursos no formato expedição, ainda acontece de forma tímida no Brasil. Entende-se por expedição uma experiência educacional contínua, de múltiplos dias, em que alunos e instrutores aventuram-se em um trajeto em área remota da natureza de forma autossuficiente. O presente estudo analisa os cursos desse tipo. Por meio de entrevistas e questionários semiestruturados, investigou-se a aprendizagem dos alunos segundo suas próprias percepções e as dos educadores da instituição, com ênfase no desenvolvimento moral do indivíduo. Como parte do estudo de caso sobre um aluno adolescente participante de um dos cursos, entrevistou-se também uma psicóloga que coordena um abrigo para menores. Os resultados encontrados indicam que os cursos de educação ao ar livre caracterizam-se por experiências que estimulam trabalhos em grupo, debates sobre justiça e solidariedade, e reflexões sobre valores e princípios como coragem, esforço pessoal, disciplina, respeito e superação de limites. Os resultados também indicam que tal proposta educacional aufere experiências sensíveis e de conexão do ser humano com a natureza. Muito embora haja potencial educacional para a educação ao ar livre, a atuação do educador perante seus alunos é fundamental para que as experiências sejam física e psicologicamente seguras, alcancem seus potenciais pedagógicos de desenvolvimento da moralidade e ajudem as pessoas a desenvolverem uma consciência ambiental, manifestada por meio de ações concretas ao retornarem dos cursos para suas comunidades.

Pluralismo metodológico, incomensurabilidade e o status científico do conhecimento tradicional

Os valores culturais podem ter um impacto construtivo nas práticas científicas e levar a variações culturais legítimas nas abordagens sobre as mesmas. Segue-se que o conhecimento tradicional ou indígena não precisa opor-se ao conhecimento científico, e somente a investigação caso-a-caso pode estabelecer se as credenciais cognitivas de itens particulares do conhecimento tradicional são adequadas ou deficientes. Com base em uma análise de como as estratégias metodológicas podem tanto competir quanto complementar umas às outras, eu argumento que o que há de defensável na noção de incomensurabilidade de Thomas Kuhn e a possibilidade da solidez do status científico do conhecimento tradicional compartilham da mesma fonte.

Integração Múltipla - Exercício Complementar II

PLC0016 - Fundamentos de Matemática II - Integração Múltipla - Exercício Complementar II

Validação do escore de meningite bacteriana em crianças com pleocitose em São Paulo, Brasil

Introdução. A maioria das crianças com pleocitose tem meningite viral, não bacteriana. O Escore de Meningite Bacteriana (EMB) é uma ferramenta clínica para identificar crianças com pleocitose de muito baixo risco para meningite bacteriana (MB). Crianças são consideradas de muito baixo risco para MB se, de acordo com o EMB, não tiverem nenhum dos cinco parâmetros - presença de convulsões à admissão, neutrófilos no liquor > 1000/mm3, neutrófilos no sangue >10000/mm3, coloração de Gram demonstrando bactérias e proteínas no LCR > 80 mg/dL. Objetivo. Avaliar a performance do EMB para distinguir meningite viral de bacteriana em crianças com pleocitose. Métodos. Foi realizado um estudo de coorte retrospectivo em um departamento de emergência de hospital secundário de ensino. Foram identificadas crianças entre 1 mês e 15 anos incompletos entre 2001 e 2011 com pleocitose (mais de 10 células/mm3 no liquor). Foram calculados sensibilidade, especificidade e valores preditivos positivo e negativo do EMB. Resultados. Foram identificados 497 crianças com meningite, sendo 43 (8,6%; intervalo de confiança [IC] 95% 7-13%) com MB e 454 (91,4%; IC 95% 87-93%) com meningite asséptica. Das 208 crianças de muito baixo risco para MB de acordo com o EMB, nenhuma tinha MB (sensibilidade 100%, IC 95% 92-100%; especificidade 62%, IC 95% 57- 67%; valor preditivo negativo 100%; IC 95% 98-100%). Conclusões. O EMB identificou com acurácia elevada crianças de muito baixo risco para MB. Este modelo pode ser utilizado para ajuda na diferenciação entre MB e meningite viral, principalmente em regiões com cobertura incompleta vacinal para meningococo e pneumococo.

Dinamica sedimentaria torbiditica in bacini confinati: margine orientale della Sardegna

La sedimentazione clastica di mare profondo è attualmente uno dei principali argomenti della ricerca sedimentologica sia in ambito puramente accademico che in ambito petrolifero-industriale. Gli studi recenti hanno enfatizzato l'influenza fondamentale della topografia preesistente del fondo marino sulla crescita e la morfologia sui fan di mare profondo; si è visto come, in molti systemi torbiditici, l’evoluzione dei processi deposizionali sia stata da moderatamente a fortemente controllata dall’ effetto di confinamento di scarpate tettoniche, ridge strutturali e seamounts. Scopo di questo lavoro è studiare l'effetto del confinamento alla scala di bacino sui principali sistemi torbiditici del margine orientale della Sardegna che rappresenta un margine passivo articolato di bacini di intraslope confinati verso mare da seamounts. Lo studio dei sistemi deposizionali è stato eseguito attraverso l'interpretazione di dati di batimetria multibeam ad alto dettaglio acquisiti dall’ISMAR di Bologna durante la crociera Tir99. L’ interpretazione multibeam è stata integrata con l’ analisi di profili sismici a riflessione per comprendere la morfologia l’organizzazione interna e l’evoluzione nel tempo dei principali elementi deposizionali dei sistemi torbiditici. Tre bacini di intraslope (Olbia, Baronie e il settore settentrionale del bacino Ogliastra) sono stati investigati. Il bacino di Olbia è il bacino più settentrionale del margine orientale della Sardegna ed è limitato verso mare dai seamount Etruschi e Baronie. Il principale sistema torbiditico del bacino di Olbia è costituito dal Caprera, articolato in un sistema di canyon alimentatori nella piattaforma e nella scarpata continentale e da un ampio canale con argini alla base della scarpata. Il Caprera è fiancheggiato da un ampia piattaforma continentale, e questa, fungendo da “magazzino” per il materiale piu grossolando, può spiegare la peculiare architettura sedimentaria del suo fan. L'effetto di confinamento del bacino sulla forma e sull'evoluzione del fan del Caprera è evidente soprattutto sull'asimmetria dei leve e su fenomeni di avulsione che hanno coinvolto il canale. Il bacino di intraslope di Olbia appare completamente riempito, e, nel bordo orientale, è presente il canyon di intrabacino verso il bacino sottostante. Gli effetti dell'abbassamento del livello di base sono visibili nel settore distale del sistema, dove si ha lo sviluppo di canali distributari e di valli erosive a basso rilievo, che rappresentano le porzioni "upslope" dei canyon di "bypass". Il bacino di intraslope del Baronie è il bacino centrale del margine, confinato verso mare dal seamount delle Baronie, e presenta una via di fuga laterale rappresentato dal sistema di canyon di Gonone-Orosei. Il Posada è il sistema torbiditico principale, consiste di un canyon profondamente inciso nella piattaforma e nella scarpata, e sviluppa alla base della scarpata un piccolo fa radiale. La morfologia del è il risultato dell'interazione complessa tra la geoemtria del bacino ricevente ed il comportamento dei flussi sedimentari. La forma del bacino ha costretto il sistema torbiditico a cambiare la direzione di sviluppo, da est verso sud. Processi di framanento in massa a grande scala hanno inoltre contribuito alla riorganizzazione del sistema torbiditico. Il bacino dell’Ogliastra è localizzato nel settore meridionale del margine, limitato verso mare dal seamount Quirra. Il settore settentrionale della scarpata continentale del bacino Ogliastra è caratterizzato da canyon e incisioni di carattere ibrido, con tratti deposizionali ed erosivi. L'Arbatax è il principale sistema torbiditico del bacino di Ogliastra caratterizzato da un settore meridionale dominato da un canale alimentatore e da un settore settentrionale abbandonato, caratterizzato da fenomeni di smantellamento e instabilità gravitativa. In generale i risultati dello studio evidenziano l'importanza della combinazione dei fattori di controllo esterni, e della topografia preesistente, nello sviluppo dei processi sedimentari e degli elementi deposizionali dei sistemi torbiditici. In particolare, appare evidente come lo stile deposizionale dei sistemi torbiditici in ambiente confinato diverga sostanzialmente da quello previsto dai modelli di fan sottomarini usati come strumenti predittivi nella esplorazione e sfruttamento dei giacimenti di idrocarburi.

Prove di caratterizzazione meccanica del legame di adesione fra FRP ed acciaio

Il progresso nella tecnica di recupero e di rinforzo nelle strutture metalliche con i polimeri fibro-rinforzati FRP (fibre reinforced polymers). 1.1 Introduzione nelle problematiche ricorrenti delle strutture metalliche. Le strutture moderne di una certa importanza, come i grattacieli o i ponti, hanno tempi e costi di costruzione molto elevati ed è allora di importanza fondamentale la loro durabilità, cioè la lunga vita utile e i bassi costi di manutenzione; manutenzione intesa anche come modo di restare a livelli prestazionali predefiniti. La definizione delle prestazioni comprende la capacità portante, la durabilità, la funzionalità e l’aspetto estetico. Se il livello prestazionale diventa troppo basso, diventa allora necessario intervenire per ripristinare le caratteristiche iniziali della struttura. Strutture con una lunga vita utile, come per la maggior parte delle strutture civili ed edilizie, dovranno soddisfare esigenze nuove o modificate: i mezzi di trasporto ad esempio sono diventati più pesanti e più diffusi, la velocità dei veicoli al giorno d'oggi è aumentata e ciò comporta anche maggiori carichi di tipo dinamico.

Funktionale dreidimensionale Photonische Kristalle aus Polymerlatizes

In dieser Arbeit wurden dreidimensionale, funktionalephotonische Kristalle aus monodispersen, getrocknetenPolymerlatizes hergestellt. Diese sollten photonischeBandlücken im sichtbaren Bereich des elektromagnetischenSpektrums aufweisen. Dafür wurden hoch monodispersePolymerlatizes mit Größen von 200 bis 2300 nm synthetisiertund kristallisiert.Die Synthese der Polymerpartikel wurde in dieser Arbeithauptsächlich mit der emulgatorfreien Emulsionspolymerisation durchgeführt. Es wurdenverschiedenste Polymethacrylate hergestellt, die sich inTemperaturstabilität, Brechungsindex undLösemittelbeständigkeit unterscheiden. Wie systematischeStudien zeigten, konnte die Partikelgröße über eineuniverselle Gerade durch die Polymerisationsparameter imVoraus eingestellt werden. Für die Kristallisation der Partikel wurden mehrereVerfahren untersucht. Es stellte sich heraus, dassKolloidkristallfilme aus der Kristallisation im vertikalenMeniskus die beste Qualität aufweisen. Dies wurde durchoptische Charakterisierungen der Kolloidkristalle bestätigt.Für die Herstellung funktionaler photonischer Kristalle mitunterschiedlichen Architekturen wurden prä- undpostkristalline Strukturierungsmethoden wurden verwendet.Durch das Füllen der Hohlräume der Kolloidkristalle undanschließender Entfernung des Polymers wurden photonischeKristalle mit hohem Brechungsindexkontrast erhalten. Mit dem Einbau von Fluoreszenzfarbstoffen konnte eineräumliche Kontrolle der spontanen Emission erreicht werden. Durch den Einsatz unterschiedlicher Vernetzer undfluorierter Seitenketten wurden Polymerpartikelsynthetisiert, die bis zur Zersetzungstemperatur formstabilund gleichzeitig lösungsmittelresistent sind. DerenKristalle sind für den Einsatz als Effektpigmente inindustriellen Klarlacken geeignet.

The impact of polymorphisms in P-gp, DNA repair and folic acid metabolism genes in newly diagnosed multiple myeloma patients treated with thalidomide plus dexamethasone, with or without bortezomib

The principle aim of this study was to investigate biological predictors of response and resistance to multiple myeloma treatment. Two hypothesis had been proposed as responsible of responsiveness: SNPs in DNA repair and Folate pathway, and P-gp dependent efflux. As a first objective, panel of SNPs in DNA repair and Folate pathway genes, were analyzed. It was a retrospective study in a group of 454, previously untreated, MM patients enrolled in a randomized phase III open-label study. Results show that some SNPs in Folate pathway are correlated with response to MM treatment. MTR genotype was associated with favorable response in the overall population of MM patients. However, this relation, disappear after adjustment for treatment response. When poor responder includes very good partial response, partial response and stable/progressive disease MTFHR rs1801131 genotype was associated with poor response to therapy. This relation - unlike in MTR – was still significant after adjustment for treatment response. Identification of this genetic variant in MM patients could be used as an independent prognostic factor for therapeutic outcome in the clinical practice. In the second objective, basic disposition characteristics of bortezomib was investigated. We demonstrated that bortezomib is a P-gp substrate in a bi-directional transport study. We obtain apparent permeability rate values that together with solubility values can have a crucial implication in better understanding of bortezomib pharmacokinetics with respect to the importance of membrane transporters. Subsequently, in view of the importance of P-gp for bortezomib responsiveness a panel of SNPs in ABCB1 gene - coding for P-gp - were analyzed. In particular we analyzed five SNPs, none of them however correlated with treatment responsiveness. However, we found a significant association between ABCB1 variants and cytogenetic abnormalities. In particular, deletion of chromosome 17 and t(4;14) translocation were present in patients harboring rs60023214 and rs2038502 variants respectively.