LATENT RANK CHANGE DETECTION FOR ANALYSIS OF SPLICE-JUNCTION MICROARRAYS WITH NONLINEAR EFFECTS

Alternative splicing of gene transcripts greatly expands the functional capacity of the genome, and certain splice isoforms may indicate specific disease states such as cancer. Splice junction microarrays interrogate thousands of splice junctions, but data analysis is difficult and error prone because of the increased complexity compared to differential gene expression analysis. We present Rank Change Detection (RCD) as a method to identify differential splicing events based upon a straightforward probabilistic model comparing the over-or underrepresentation of two or more competing isoforms. RCD has advantages over commonly used methods because it is robust to false positive errors due to nonlinear trends in microarray measurements. Further, RCD does not depend on prior knowledge of splice isoforms, yet it takes advantage of the inherent structure of mutually exclusive junctions, and it is conceptually generalizable to other types of splicing arrays or RNA-Seq. RCD specifically identifies the biologically important cases when a splice junction becomes more or less prevalent compared to other mutually exclusive junctions. The example data is from different cell lines of glioblastoma tumors assayed with Agilent microarrays.

Texto para discuss??o 40: entre o p??blico e o privado: o modelo de gest??o de res??duos s??lidos adotados pela SLU de Belo Horizonte

O estudo empreende uma an??lise do programa de gera????o de renda e emprego embutido no modelo de gest??o de res??duos s??lidos da SLU de Belo Horizonte, focalizando os mecanismos de gest??o adotados e enunciando os principais problemas enfrentados pelos agentes envolvidos no processo. O trabalho procura explicitar o marco de refer??ncia utilizado para embasar a reflex??o do modelo de gest??o de res??duos s??lidos. Posteriormente, ?? apresentada a metodologia empregada. Na seq????ncia, encontra-se a descri????o propriamente dita do modelo de gest??o de res??duos s??lidos da SLU de Belo Horizonte, bem como dos seus impactos no que diz respeito ?? gera????o de emprego e renda, o que significa incluir a ASMARE como o outro p??lo da parceria. Aqui estar??o expostos os resultados relevantes da pesquisa, bem como a an??lise dos resultados e os coment??rios conclusivos encerrando a an??lise

Saberes em gest??o p??blica: uma pr??tica de gest??o do conhecimento para as organiza????es

Neste paper, relata-se uma pr??tica de gest??o do conhecimento da Escola de Governo do Paran??: o SabeRES em Gest??o P??blica, um reposit??rio institucional de acesso livre que disponibiliza na Internet toda a produ????o t??cnica e cient??fica da Escola de Governo do Paran?? e de outras organiza????es de aprendizagem. Inicialmente discute-se a defini????o de conte??do e conhecimento, passando ao marco legal dos reposit??rios institucionais, com o Movimento Mundial Open Access. Em seguida, discute-se a tecnologia de software livre na cria????o de reposit??rios e as suas caracter??sticas e quais os sistemas de gest??o de conte??dos mais utilizados em open source. Na seq????ncia, apresenta-se a experi??ncia da Escola de Governo do Paran?? nas tr??s fases do SabeRES: na cria????o, na gest??o e na publica????o dos documentos. A metodologia utilizada constou de uma an??lise SWOT, seguida de planejamento gr??fico e estrutural, defini????o da arquitetura, constru????o da interface gr??fica com ferramenta XOOPS (software livre) e defini????o da ??rvore inicial de menus. O treinamento da equipe para a gest??o e manuten????o do reposit??rio foi imprescind??vel para a inser????o dos documentos e a disponibiliza????o do sistema na Internet. Por fim, uma C??mara T??cnica foi constitu??da para a aprecia????o dos materiais recebidos e para dar contribui????es de melhoria na gest??o do SabeRES.

A perspectiva brasileira sobre a pobreza: um estudo de caso do Programa Bolsa Fam??lia

Tendo como pano de fundo a dificuldade de definir a pobreza, este artigo visa retomar parte da discuss??o sobre o tema, utilizando como estudo de caso o Programa Bolsa Fam??lia. Inicia-se com a defini????o institucional de pobreza dada pelo soci??logo alem??o Georg Simmel passando-se, na seq????ncia, a uma abordagem mais substancial da pobreza e da rela????o entre trabalho e precariedade, desenvolvida por Robert Castel. Apresenta uma breve descri????o do funcionamento do Programa Bolsa Fam??lia e alguns aspectos relacionados aos conceitos e modos de tratamento da quest??o da renda e da educa????o, bem como da fam??lia e dos modelos familiares, baseando-se tamb??m nos resultados parciais de uma pesquisa de campo realizada nos estados da Bahia, Pernambuco, Alagoas e Goi??s. O texto trata ainda de alguns desafios administrativos na gest??o do Programa e os preconceitos morais e sociais recorrentemente veiculados em rela????o a ele. Por fim, na conclus??o, busca retomar a an??lise do Programa Bolsa Fam??lia, seus limites e desafios, defendendo a necessidade de participa????o de todos em um pacto social contra a pobreza e a desigualdade no Brasil.

Clinton e a reinven????o do governo federal: o national performance review

O artigo analisa o National Performance Review (NPR), programa de reforma administrativa na gest??o do presidente Clinton, implementado em 1993, e que traduz o novo paradigma empreendedorialista proposto para o funcionamento da burocracia do governo federal americano. Na primeira parte s??o apresentados os princ??pios, objetivos e natureza da agenda, ressaltando-se as suas bases conceituais. Segue-se uma an??lise sobre a forma????o da agenda e a seq????ncia da sua implementa????o. A 3?? parte compreende uma vis??o da din??mica pol??tico-institucional, com destaque para as tens??es observadas entre o Legislativo e o Executivo, e o impacto destas nas mudan??as da agenda. Na ??ltima se????o, apresenta-se um painel emp??rico sobre alguns dos resultados em determinadas ag??ncias e departamentos do Governo, pretendendo-se oferecer contribui????es ao processo de reformas administrativas atualmente em curso no Brasil.

Maturidade do governo eletr??nico: an??lise de experi??ncias estaduais

Como o alinhamento estrat??gico entre o programa e a administra????o p??blica afeta o avan??o e a trajet??ria em dire????o ?? maturidade do governo eletr??nico? Esse trabalho analisa as experi??ncias de programas de governo eletr??nico em administra????es p??blicas estaduais do Brasil identificando diferen??as de trajet??ria e de maior ou menor avan??o realizado. Focaliza os estados de Alagoas, Minas Gerais, Paran??, Pernambuco e S??o Paulo. A pesquisa modelou e aplicou um framework abrangente para a an??lise do desenvolvimento do governo eletr??nico, incorporando componentes e fatores relacionados com a estrat??gia e a estrutura organizacional. As evid??ncias colhidas corroboraram a hip??tese de que a presen??a de vis??o estrat??gica, planejamento e estruturas organizacionais de coordena????o acompanha as experi??ncias que avan??aram at?? a implementa????o de projetos de governo eletr??nico com maior complexidade. Constatou-se ainda que o alinhamento entre estrat??gia e governo eletr??nico ?? fator cr??tico para o avan??o a est??gios superiores de maturidade, mas, nem sempre se verifica um encadeamento linear e seq??encial entre as etapas de vis??o, planejamento, organiza????o e implementa????o do governo eletr??nico.

Análise transcriptômica da interação mamoeiro-Papaya Meleira Virus

O mamoeiro (Carica papaya L.) é uma das fruteiras mais cultivadas nas regiões tropicais e subtropicais do mundo. O Brasil faz parte do grupo dos países que mais produzem e exportam mamão no mundo. O Espírito Santo e a Bahia são responsáveis por mais de 70% da área brasileira produtora deste fruto. Porém, doenças causadas por microrganismos infecciosos afetam de modo considerável sua produção. Entre as principais doenças, destaca-se a meleira do mamoeiro, causada pelo Papaya meleira virus (PMeV), que ainda não possui uma cultivar resistente. Interessantemente os sintomas somente são desencadeados após a frutificação. Os mecanismos moleculares envolvidos no desenvolvimento dos sintomas e na resposta de defesa da planta ao PMeV ainda não foram esclarecidos. Para entender os pontos chaves desta interação, que permitam o desenvolvimento de metodologias de melhoramento genético, um estudo transcriptômico foi abordado. A tecnologia RNA-seq foi usada para o sequenciamento do transcriptoma a partir de plantas com 3, 6 e 8 meses de idade após plantio, inoculadas e não inoculadas com o PMeV. Os genes diferencialmente expressos nos 3 tempos e nas duas condições foram preditos e analisados. Estas análises revelaram um padrão de expressão geral dos genes envolvidos nesta interação. Foram encontrados 21 genes com o perfil de expressão alterado nas plantas inoculadas exclusivamente nos seis meses de idade. Destes, 8 genes envolvidos em processos de respostas de defesa e morte celular, resposta ao estresse e resposta ao estímulo biótico e abiótico foram reprimidos; enquanto os demais (13 genes), envolvidos principalmente em processos metabólicos primários, biogêneses, diferenciação e ciclo celular, comunicação e crescimento celular, bem como processos envolvidos em reprodução, e desenvolvimento da floração, foram superexpressos. Estes resultados sugerem que, aos seis meses de idade, a planta é obrigada a alterar seu programa de expressão gênica, direcionando a resposta para os processos próprios do desenvolvimento, requeridos nesse estádio fisiológico, que primam sob a resposta ao estresse, fato que finalmente leva ao desenvolvimento dos sintomas.

Host-symbiont interactions in the deep-sea vent mussel Bathymodiolus azoricus : a molecular approach

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar, especialidade de Biologia Marinha, 19 de Dezembro de 2015, Universidade dos Açores.

Detection and diagnosis solutions for fault-tolerant VSI

This paper presents solutions for fault detection and diagnosis of two-level, three phase voltage-source inverter (VSI) topologies with IGBT devices. The proposed solutions combine redundant standby VSI structures and contactors (or relays) to improve the fault-tolerant capabilities of power electronics in applications with safety requirements. The suitable combination of these elements gives the inverter the ability to maintain energy processing in the occurrence of several failure modes, including short-circuit in IGBT devices, thus extending its reliability and availability. A survey of previously developed fault-tolerant VSI structures and several aspects of failure modes, detection and isolation mechanisms within VSI is first discussed. Hardware solutions for the protection of power semiconductors with fault detection and diagnosis mechanisms are then proposed to provide conditions to isolate and replace damaged power devices (or branches) in real time. Experimental results from a prototype are included to validate the proposed solutions.

A auto-eficácia dos alunos no ensino básico e o fenómeno do bullying

Dissertação de Mestrado em Ciências da Educação Especialização em Análise e Intervenção em Educação

A promoção da auto-eficácia na aprendizagem da história: estudo no 7º ano de escolaridade

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da Educação, área de especialização em Análise e Intervenção em Educação

Crenças de auto-eficácia, envolvimento de estudantes na escola e bem estar psicológico - um estudo com alunos do ensino secundário de Cabo Verde

Dissertação de Mestrado em Ciências da Educação

Analysis of outcome and cancer stem cells status in patients with resectable pancreatic adenocarcinoma

RESUMO: Actualmente, a única possibilidade de cura para doentes com adenocarcinoma do pâncreas (PDAC) é a ressecção cirúrgica, no início deste estudo, perguntamo-nos se os predictores clínico-patológicos clássicos de prognostico poderiam ser validados em uma grande cohort de doentes com cancro do pâncreas ressecável e se outros predictores clínicos poderiam ter um papel na decisão de que doentes beneficiariam de ressecção cirúrgica. No capítulo 2, observamos que até 30% dos doentes morrem no primeiro ano após a ressecção cirúrgica, pelo que o nosso objectivo foi determinar factores pré-operatórios que se correlacionam com mortalidade precoce após ressecação cirúrgica com recurso a um instrumento estatisticamente validado, o Charlson-Age Comorbidity Index (CACI), determinamos que um CACI score superior a 4 foi preditivo de internamentos prolongados (p <0,001), complicações pós-operatórias (p = 0,042), e mortalidade em 1 ano pós- ressecção cirúrgica (p <0,001). Um CACI superior a 6 triplicou a mortalidade no primeiro ano pós-cirurgia e estes doentes têm menos de 50% de probabilidade de estarem vivos um ano após a cirurgia. No capítulo 3, o nosso objectivo foi identificar uma proteína de superfície que se correlacionasse estatisticamente com o prognostico de doentes com adenocarcinoma do pâncreas e permitisse a distinção de subgrupos de doentes de acordo com as suas diferenças moleculares, perguntamo-nos ainda se essa proteína poderia ser um marcador de células-estaminais. No nosso trabalho anterior observamos que as células tumorais na circulação sanguínea apresentavam genes com características bifenotípica epitelial e mesenquimal, enriquecimento para genes de células estaminais (ALDH1A1 / ALDH1A2 e KLF4), e uma super-expressão de genes da matriz extracelular (colagénios, SPARC, e DCN) normalmente identificados no estroma de PDAC. Após a avaliação dos tumores primários com RNA-ISH, muitos dos genes identificados, foram encontrados co-localizando em uma sub-população de células na região basal dos ductos pancreáticos malignos. Além disso, observamos que estas células expressam o marcador SV2A neuroendócrino, e o marcador de células estaminais ALDH1A1/2. Em comparação com tumores negativos para SV2, os doentes com tumores SV2 positivos apresentaram níveis mais baixos de CA 19-9 (69% vs. 52%, p = 0,012), tumores maiores (> 4 cm, 23% vs. 10%, p = 0,0430), menor invasão de gânglios linfáticos (69% vs. 86%, p = 0,005) e tumores mais diferenciados (69% vs. 57%, p = 0,047). A presença de SV2A foi associada com uma sobrevida livre de doença mais longa (HR: 0,49 p = 0,009) bem como melhor sobrevida global (HR: 0,54 p = 0,018). Em conjunto, esta informação aponta para dois subtipos diferentes de adenocarcinoma do pâncreas, e estes subtipos co-relacionam estatisticamente com o prognostico de doentes, sendo este subgrupo definido pela presença do clone celular SV2A / ALDH1A1/2 positivo com características neuroendócrinas. No Capítulo 4, a expressão de SV2A no cancro do pâncreas foi validado em linhas celulares primárias. Demonstramos a heterogeneidade do adenocarcinoma do pâncreas de acordo com características clonais neuroendócrinas. Ao comparar as linhas celulares expressando SV2 com linhas celulares negativas, verificamos que as linhas celulares SV2+ eram mais diferenciadas, diferindo de linhas celulares SV2 negativas no que respeita a mutação KRAS, proliferação e a resposta à quimioterapia. No capítulo 5, perguntamo-nos se o clone celular SV2 positivo poderia explicar a resistência a quimioterapia observada em doentes. Observamos um aumento absoluto de clones celulares expressando SV2A, em múltiplas linhas de evidência - doentes, linhas de células primárias e xenotransplantes. Embora, tenhamos sido capazes de demonstrar que o adenocarcinoma do pâncreas é uma doença heterogénea, consideramos que a caracterização genética destes clones celulares expressando SV2A é de elevada importância. Pretendemos colmatar esta limitação com as seguintes estratégias: Após o tratamento com quimioterapia neoadjuvante na nossa coorte, realizamos microdissecação a laser das amostras primarias em parafina, de forma a analisar mutações genéticas observadas no adenocarcinoma pancreático; em segundo lugar, pretendemos determinar consequências de knockdown da expressão de SV2A em nossas linhas celulares seguindo-se o tratamento com gemicitabina para determinação do papel funcional de SV2A; finalmente, uma vez que os nossos esforços anteriores com um promotor - repórter e SmartFlare ™ falharam, o próximo passo será realizar RNA-ISH PrimeFlow™ seguido de FACS e RNA-seq para caracterização deste clone celular. Em conjunto, conseguimos provar com várias linhas de evidência, que o adenocarcinoma pancreático é uma doença heterogénea, definido por um clone de células que expressam SV2A, com características neuroendócrinas. A presença deste clone no tecido de doentes correlaciona-se estatisticamente com o prognostico da doença, incluindo sobrevida livre de doença e sobrevida global. Juntamente com padrões de proliferação e co-expressão de ALDH1A1/2, este clone parece apresentar um comportamento de células estaminais e está associado a resistência a quimioterapia, uma vez que a sua expressão aumenta após agressão química, quer em doentes, quer em linhas de células primárias.----------------------------- ABSTRACT: Currently, the only chance of cure for patients with pancreatic adenocarcinoma is surgical resection, at the beginning of my thesis studies, we asked if the classical clinicopathologic predictors of outcome could be validated in a large cohort of patients with early stage pancreatic cancer and if other clinical predictors could have a role on deciding which patients would benefit from surgery. In chapter 2, we found that up to 30% of patients die within the first year after curative intent surgery for pancreatic adenocarcinoma. We aimed at determining pre-operative factors that would correlate with early mortality following resection for pancreatic cancer using a statistically validated tool, the Charlson-Age Comorbidity Index (CACI). We found that a CACI score greater than 4 was predictive of increased length of stay (p<0.001), post-operative complications (p=0.042), and mortality within 1-year of pancreatic resection (p<0.001). A CACI score of 6 or greater increased 3-fold the odds of death within the first year. Patients with a high CACI score have less than 50% likelihood of being alive 1 year after surgery. In chapter 3 we aimed at identifying a surface protein that correlates with patient’s outcome and distinguishes sub-groups of patients according to their molecular differences and if this protein could be a cancer stem cell marker. The most abundant class of circulating tumor cells identified in our previous work was found to have biphenotypic features of epithelial to mesenchymal transition, enrichment for stem-cell associated genes (ALDH1A1/ALDH1A2 and KLF4), and an overexpression of extracellular matrix genes (Collagens, SPARC, and DCN) normally found in the stromal microenvironment of PDAC primary tumors. Upon evaluation of matched primary tumors with RNA-ISH, many of the genes identified were found to co-localize in a sub-population of cells at the basal region of malignant pancreatic ducts. In addition, these cells expressed the neuroendocrine marker SV2A, and the stem cell marker ALDH1A1/2. Compared to SV2 negative tumors, patients with SV2 positive tumors were more likely to present with lower CA 19-9 (69% vs. 52%, p = 0.012), bigger tumors (size > 4 cm, 23% vs. 10%, p= 0.0430), less nodal involvement (69% vs. 86%, p = 0.005) and lower histologic grade (69% vs. 57%, p = 0.047). The presence of SV2A expressing cells was associated with an improved disease free survival (HR: 0.49 p=0.009) and overall survival (HR: 0.54 p=0.018) and correlated linearly with ALDH1A2. Together, this information points to two different sub-types of pancreatic adenocarcinoma, and these sub-types correlated with patients’ outcome and were defined by the presence of a SV2A/ ALDH1A1/2 expressing clone with neuroendocrine features. In Chapter 4, SV2A expression in cancer was validated in primary cell lines. We were able to demonstrate pancreatic adenocarcinoma heterogeneity according to neuroendocrine clonal features. When comparing SV2 expressing cell lines with SV2 negative cell lines, we found that SV2+ cell lines were more differentiated and differ from SV2 negative cell lines regarding KRAS mutation, proliferation and response to chemotherapy. In Chapter 5 we aimed at determining if this SV2 positive clone could explain chemoresistance observed in patients. We found an absolute increase in SV2A expressing cells, with multiple lines of evidence, in patients, primary cell lines and xenografts. Although, we have been able to show evidence that pancreatic adenocarcinoma is a heterogeneous disease, our findings warrant further investigation. To further characterize SV2A expressing clones after treatment with neoadjuvant chemotherapy in our cohort, we have performed laser capture microdissection of the paraffin embedded tissue in this study and will analyze the tissue for known genetic mutations in pancreatic adenocarcinoma; secondly, we want to know what will happen after knocking down SV2A expression in our cell lines followed by treatment with gemcitabine to determine if SV2A is functionally important; finally, since our previous efforts with a promoter – reporter and SmartFlare™ have failed, we will utilize a novel PrimeFlow™ RNA-ISH assay followed by FACS and RNA sequencing to further characterize this cellular clone. Overall our data proves, with multiple lines of evidence, that pancreatic adenocarcinoma is a heterogeneous disease, defined by a clone of SV2A expressing cells, with neuroendocrine features. The presence of this clone in patients’ tissue correlates with patient’s disease free survival and overall survival. Together with patterns of proliferation and ALDH1A1/2 co-expression, this clone seems to present a stem-cell-like behavior and is associated with chemoresistance, since it increases after chemotherapy, both in patients and primary cell lines.

CLOCK-controlled polyphonic regulation of circadian rhythms through canonical and noncanonical E-boxes.

In mammalian circadian clockwork, the CLOCK-BMAL1 complex binds to DNA enhancers of target genes and drives circadian oscillation of transcription. Here we identified 7,978 CLOCK-binding sites in mouse liver by chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-Seq), and a newly developed bioinformatics method, motif centrality analysis of ChIP-Seq (MOCCS), revealed a genome-wide distribution of previously unappreciated noncanonical E-boxes targeted by CLOCK. In vitro promoter assays showed that CACGNG, CACGTT, and CATG(T/C)G are functional CLOCK-binding motifs. Furthermore, we extensively revealed rhythmically expressed genes by poly(A)-tailed RNA-Seq and identified 1,629 CLOCK target genes within 11,926 genes expressed in the liver. Our analysis also revealed rhythmically expressed genes that have no apparent CLOCK-binding site, indicating the importance of indirect transcriptional and posttranscriptional regulations. Indirect transcriptional regulation is represented by rhythmic expression of CLOCK-regulated transcription factors, such as Krüppel-like factors (KLFs). Indirect posttranscriptional regulation involves rhythmic microRNAs that were identified by small-RNA-Seq. Collectively, CLOCK-dependent direct transactivation through multiple E-boxes and indirect regulations polyphonically orchestrate dynamic circadian outputs.

Genome-wide patterns of latitudinal differentiation among populations of Drosophila melanogaster from North America.

Understanding the genetic underpinnings of adaptive change is a fundamental but largely unresolved problem in evolutionary biology. Drosophila melanogaster, an ancestrally tropical insect that has spread to temperate regions and become cosmopolitan, offers a powerful opportunity for identifying the molecular polymorphisms underlying clinal adaptation. Here, we use genome-wide next-generation sequencing of DNA pools ('pool-seq') from three populations collected along the North American east coast to examine patterns of latitudinal differentiation. Comparing the genomes of these populations is particularly interesting since they exhibit clinal variation in a number of important life history traits. We find extensive latitudinal differentiation, with many of the most strongly differentiated genes involved in major functional pathways such as the insulin/TOR, ecdysone, torso, EGFR, TGFβ/BMP, JAK/STAT, immunity and circadian rhythm pathways. We observe particularly strong differentiation on chromosome 3R, especially within the cosmopolitan inversion In(3R)Payne, which contains a large number of clinally varying genes. While much of the differentiation might be driven by clinal differences in the frequency of In(3R)P, we also identify genes that are likely independent of this inversion. Our results provide genome-wide evidence consistent with pervasive spatially variable selection acting on numerous loci and pathways along the well-known North American cline, with many candidates implicated in life history regulation and exhibiting parallel differentiation along the previously investigated Australian cline.