251 resultados para Repertoires


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In response to infection or tissue dysfunction, immune cells develop into highly heterogeneous repertoires with diverse functions. Capturing the full spectrum of these functions requires analysis of large numbers of effector molecules from single cells. However, currently only 3-5 functional proteins can be measured from single cells. We developed a single cell functional proteomics approach that integrates a microchip platform with multiplex cell purification. This approach can quantitate 20 proteins from >5,000 phenotypically pure single cells simultaneously. With a 1-million fold miniaturization, the system can detect down to ~100 molecules and requires only ~104 cells. Single cell functional proteomic analysis finds broad applications in basic, translational and clinical studies. In the three studies conducted, it yielded critical insights for understanding clinical cancer immunotherapy, inflammatory bowel disease (IBD) mechanism and hematopoietic stem cell (HSC) biology.

To study phenotypically defined cell populations, single cell barcode microchips were coupled with upstream multiplex cell purification based on up to 11 parameters. Statistical algorithms were developed to process and model the high dimensional readouts. This analysis evaluates rare cells and is versatile for various cells and proteins. (1) We conducted an immune monitoring study of a phase 2 cancer cellular immunotherapy clinical trial that used T-cell receptor (TCR) transgenic T cells as major therapeutics to treat metastatic melanoma. We evaluated the functional proteome of 4 antigen-specific, phenotypically defined T cell populations from peripheral blood of 3 patients across 8 time points. (2) Natural killer (NK) cells can play a protective role in chronic inflammation and their surface receptor – killer immunoglobulin-like receptor (KIR) – has been identified as a risk factor of IBD. We compared the functional behavior of NK cells that had differential KIR expressions. These NK cells were retrieved from the blood of 12 patients with different genetic backgrounds. (3) HSCs are the progenitors of immune cells and are thought to have no immediate functional capacity against pathogen. However, recent studies identified expression of Toll-like receptors (TLRs) on HSCs. We studied the functional capacity of HSCs upon TLR activation. The comparison of HSCs from wild-type mice against those from genetics knock-out mouse models elucidates the responding signaling pathway.

In all three cases, we observed profound functional heterogeneity within phenotypically defined cells. Polyfunctional cells that conduct multiple functions also produce those proteins in large amounts. They dominate the immune response. In the cancer immunotherapy, the strong cytotoxic and antitumor functions from transgenic TCR T cells contributed to a ~30% tumor reduction immediately after the therapy. However, this infused immune response disappeared within 2-3 weeks. Later on, some patients gained a second antitumor response, consisted of the emergence of endogenous antitumor cytotoxic T cells and their production of multiple antitumor functions. These patients showed more effective long-term tumor control. In the IBD mechanism study, we noticed that, compared with others, NK cells expressing KIR2DL3 receptor secreted a large array of effector proteins, such as TNF-α, CCLs and CXCLs. The functions from these cells regulated disease-contributing cells and protected host tissues. Their existence correlated with IBD disease susceptibility. In the HSC study, the HSCs exhibited functional capacity by producing TNF-α, IL-6 and GM-CSF. TLR stimulation activated the NF-κB signaling in HSCs. Single cell functional proteome contains rich information that is independent from the genome and transcriptome. In all three cases, functional proteomic evaluation uncovered critical biological insights that would not be resolved otherwise. The integrated single cell functional proteomic analysis constructed a detail kinetic picture of the immune response that took place during the clinical cancer immunotherapy. It revealed concrete functional evidence that connected genetics to IBD disease susceptibility. Further, it provided predictors that correlated with clinical responses and pathogenic outcomes.

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Interleukin 2 (IL2) is the primary growth hormone used by mature T cells and this lymphokine plays an important role in the magnification of cell-mediated immune responses. Under normal circumstances its expression is limited to antigen-activated type 1 helper T cells (TH1) and the ability to transcribe this gene is often regarded as evidence for commitment to this developmental lineage. There is, however, abundant evidence than many non-TH1 T cells, under appropriate conditions, possess the ability to express this gene. Of paramount interest in the study of T-cell development is the mechanisms by which differentiating thymocytes are endowed with particular combinations of cell surface proteins and response repertoires. For example, why do most helper T cells express the CD4 differentiation antigen?

As a first step in understanding these developmental processes the gene encoding IL2 was isolated from a mouse genomic library by probing with a conspecific IL2 cDNA. The sequence of the 5' flanking region from + 1 to -2800 was determined and compared to the previously reported human sequence. Extensive identity exists between +1 and -580 (86%) and sites previously shown to be crucial for the proper expression of the human gene are well conserved in both sequence location in the mouse counterpart.

Transient expression assays were used to evaluate the contribution of various genomic sequences to high-level gene expression mediated by a cloned IL2 promoter fragment. Differing lengths of 5' flanking DNA, all terminating in the 5' untranslated region, were linked to a reporter gene, bacterial chloramphenicol acetyltransferase (CAT) and enzyme activity was measured after introduction into IL2-producing cell lines. No CAT was ever detected without stimulation of the recipient cells. A cloned promoter fragment containing only 321 bp of upstream DNA was expressed well in both Jurkat and EL4.El cells. Addition of intragenic or downstream DNA to these 5' IL2-CAT constructs showed that no obvious regulatory regions resided there. However, increasing the extent of 5' DNA from -321 to -2800 revealed several positive and negative regulatory elements. One negative region that was well characterized resided between -750 and -1000 and consisted almost exclusively of alternating purine and pyrimidines. There is no sequence resembling this in the human gene now, but there is evidence that there may have once been.

No region, when deleted, could relax either the stringent induction-dependence on cell-type specificity displayed by this promoter. Reagents that modulated endogenous IL2 expression, such as cAMP, cyclosporin A, and IL1, affected expression of the 5' IL2-CAT constructs also. For a given reagent, expression from all expressible constructs was suppressed or enhanced to the same extent. This suggests that these modulators affect IL2 expression through perturbation of a central inductive signal rather than by summation of the effects of discrete, independently regulated, negative and positive transcription factors.

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Com as transformações do Estado-Providência e das sociedades contemporâneas no que concerne ao exercício de direitos, observam-se alterações substantivas na estrutura, dimensões de ação e estratégias próprias dos mecanismos de reivindicação. No caso do direito à saúde, a análise dos casos de Brasil e Portugal permite discutir a interface entre Estado, sociedade e instituições jurídicas a partir da dimensão da cultura de participação dos cidadãos, das redes de solidariedade que constituem no espaço local e na utilização de mecanismos estatais e não-estatais. A respeito do arcabouço jurídico-institucional similar, a diversidade de repertórios de ação coletiva para reivindicar a efetivar este direito em ambos os países foi a tônica desta pesquisa, que se desenvolveu em 2011 em ambas as localidades. O objetivo do trabalho consiste em discutir as estratégias e formas de efetivação da saúde como direito, de modo a refletir sobre as oportunidades políticas e a cultura política de cada experiência. Para tal, foi realizada uma pesquisa qualitativa e quantitativa, com o objetivo de discutir os desafios de efetivação do direito à saúde com foco no acesso à justiça e nos repertórios de ação coletiva. As hipóteses foram: a) há diferenças no que concerne aos itinerários do cuidado em saúde, ora enfatizando a centralidade do Estado no cuidado (Brasil), ora responsabilidade o indivíduo pela sua própria saúde (Portugal), o que enseja impactos na própria cultura de participação dos indivíduos em ambos os países; b) há diferenças no que concerne à relação ente Judiciário e sociedade, ora estabelecendo políticas de proximidade com o cidadão (Brasil), ora estabelecendo políticas de desjudicialização (Portugal), o que enseja repercussões na própria forma como os indivíduos concebem o sistema judicial e o ativam em seu cotidiano; c) os sistemas de saúde de ambos os países foram construídos por influência predominantemente internacional (Portugal) ou dos movimentos sociais (Brasil), de modo que isto permitiu constituir em cada um destes países formas distintas de lidar com o direito à saúde pelos cidadãos. Os resultados videnciam que a complexidade da eleição do mecanismo estatal ou não-estatal está fortemente relacionada à cultura política dos cidadãos, além de fatores políticos e econômicos oriundos das oportunidades políticas de cada um dos países

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Embora exista uma enorme variação de histórias de vida e ecologia, a maioria das espécies de morcegos mostra-se, em algum nível, social. Os aspectos de ecologia comportamental de quirópteros tem sido estudados, embora a maior parte refira-se a colônias de maternidades em regiões de clima temperado. Repertórios comportamentais completos e orçamentos temporais são raros, especialmente para a região Neotropical. Para compreender melhor a sociabilidade neste grupo, mostra-se importante focar também em grupos neutros com relação a fatores associados à atividade reprodutiva. Neste sentido, o estudo de grupos de machos neotropicais pode apresentar respostas importantes. O comportamento de um grupo machos não pareados de Phyllostomus hastatus foi estudado dentro do seu abrigo por aproximadamente 100 horas entre os meses de janeiro e agosto de 2012. O grupo estava abrigado no forro de um telhado de uma casa em desuso da Vila Dois Rios, na Ilha Grande. Os comportamentos foram registrados com uma câmera sensível a infra-infravermelho Sony DCR-HC28 em modo night-vision. Quando necessário, utilizei uma luz de auxílio infravermelha. A partir dos vídeos eu elaborei primeiramente um etograma. Os comportamentos classificados como estados foram usados para fazer um orçamento temporal, usando metodologia de amostragem por varredura e amostragem instantânea. Adicionalmente, fiz algumas observações a respeito de horário de entrada e saída dos morcegos e do tamanho do grupo. Organizei os comportamentos em seis categorias, com um total de 24 comportamentos distintos. Os comportamentos descritos são consistentes com os publicados em outros etogramas de morcegos, inclusive de alguns megaquirópteros. Um comportamento mais notável foi ventilando, que parece raro entre os microquirópteros, mas provavelmente importante na termorregulação. Nos meses analisados os morcegos alocaram aproximadamente 50% do tempo ao estado dormindo; 14,6% ao estado parado; 15,3% ao estado ativo; 0,9% ao estado andando; 0,1% ao estado voando; 14,1% ao estado higiene; e 3,5% ao estado ventilando. O orçamento temporal foi semelhante aos descritos para outros microquirópteros no interior de abrigos, com uma maior prevalência do estado dormindo, e com picos de atividade (principalmente do estado higiene) antes e depois das saídas noturnas. A higiene parece ter um papel importante no controle de ectoparasitas, e talvez algum papel social, mas como a higiene de outros indivíduos só foi observada uma única vez, não pude concluir nada a respeito. O presente trabalho é o primeiro etograma para Phyllostomus hastatus e o primeiro etograma e orçamento temporal para um grupo de machos em Chiroptera. Observei algumas diferenças importantes do grupo estudado com trabalhos já publicados sobre essa espécie, e sugiro que essas diferenças sejam estudadas mais a fundo. Apesar desta dissertação trazer contribuições importantes, fica claro que ainda falta muito a ser examinado nesse campo.

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A pesquisa busca compreender como a lógica e as ferramentas das Tecnologias da Informação e Comunicação atuais são apropriadas socialmente na participação dos assuntos cívicos, com ênfase na política. Como percurso, são revisitados os conceitos tradicionais da democracia e situa-se a discussão nas maneiras como os valores democráticos são paulatinamente incorporados aos ambientes digitais contemporâneos, apresentados como elementos importantes na aquisição cognitiva do público. Como recorte demográfico, estuda-se a juventude eleitora conectada, residente na cidade do Rio de Janeiro. Ao fim do trabalho, aplica-se uma pesquisa de caráter quantitativo com amostra representativa do público, na busca por compreender a opinião política, o posicionamento perante a democracia, os hábitos culturais relacionados aos meios massivos e TIC de comunicação, identificando, por fim, os repertórios de ação reconhecidos como tal na esfera pública com o suporte da comunicação digital.

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A presente tese examina a relação entre movimentos negros e estado no Brasil e na Colômbia no período imediatamente anterior à promulgação de suas respectivas cartas constitucionais e ao longo das duas décadas que se seguem à adoção dessas novas legislações. No final dos anos 1980, os discursos oficiais que celebravam a mestiçagem e a democracia racial vão sendo gradativamente vertidos para complexas noções de cidadania multicultural, direitos étnico-territoriais e igualdade racial. Assim, este estudo analisa o papel desempenhado pelos movimentos negros para a mudança nas legislações estatais e suas consequências em termos de incremento na participação institucional e reorientação dos repertórios de ação coletiva dos movimentos. Os resultados encontrados por este trabalho, analisados à luz das teorias do Processo Político, indicam que quanto maior a abertura de oportunidades políticas e discursivas maior o impacto políticoinstitucional do movimento negro. A primeira parte da tese demonstra que mudanças no cenário político internacional, com a ascensão de discursos sobre multiculturalismo, e nos contextos nacionais, com o aumento da instabilidade política e processos de redemocratização política, propiciaram uma importante abertura de oportunidades políticas paras os movimentos negros em ambos os países. A tese argumenta ainda que os debates acadêmicos sobre raça e etnicidade também influenciaram os discursos e estratégias dos movimentos negros em seus respectivos países. De maneira específica, no Brasil, o discurso sobre igualdade racial, forjado nas fronteiras entre academia e ativismo, adquire centralidade política tanto para atores estatais quanto para atores não-estatais. Na Colômbia, em contrapartida, é o discurso étnico-territorial que orienta os debates por inclusão sociopolítica de afrocolombianos. A segunda parte da tese analisa a participação institucional dos movimentos negros em ambos os países. São examinados, especificamente, a criação de legislações, políticas públicas e canais formais de participação para as populações afrodescendentes e seu impacto nas estratégias, estrutura organizacional e redes de solidariedade dos movimentos negros. Investiga-se também a ampliação dos vínculos entre os movimentos e órgãos governamentais, a consolidação dos laços com partidos políticos e as interações cooperativas e/ou conflitivas com o estado. A tese contribui para o campo de estudos afrolatinos, ao descortinar processos emergentes de politização racial na América do Sul, e para a ampliação do debate acerca das relações entre os movimentos sociais e institucionalidade, aludindo à novas possibilidades interpretativas que escapem ao já defasado binômio autonomia versus cooptação que têm marcado a literatura sobre a temática.

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O que é o ciberativismo? Como compreender o fenômeno? Há uma grande variedade de disciplinas e abordagens teóricas que tem se debruçado sobre o tema, gerando uma diversidade de ferramentas analíticas e estudos empíricos sobre aspectos específicos da prática; mas, ao mesmo tempo, uma dificuldade de diálogo entre as interpretações e perspectivas teóricas. Faz-se necessário, assim, uma reflexão que permita pensar esse campo de discussão de forma mais abrangente. Tomando como pressuposto que a dimensão comunicativa não é nova para os movimentos sociais, mas que o ciberativismo, como tal, pressupõe uma nova inflexão, este trabalho propõe um duplo esforço para compreender como as NTICs impactam a ação coletiva. Por um lado, busca-se realizar uma análise de caráter histórico que permita identificar a centralidade da dimensão comunicativa nas práticas dos movimentos sociais; por outro lado, propõe-se tecer uma interpretação de viés teórico que possibilite resgatar alguns eixos de análise das Teorias dos Movimentos Sociais (repertórios de ação, organização e dinâmicas de difusão), de tal forma que ferramentas analíticas possam ser atualizadas para o entendimento da ação coletiva contemporânea.

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Este trabalho tem por objetivo investigar processos de criação no campo do ensino das artes através de propostas desenvolvidas em oficinas de artes visuais. Os interlocutores desta pesquisa foram seis jovens com diferentes deficiências: Síndrome Down, deficiência física e deficiência intelectual, matriculados na rede pública de ensino. Os processos de criação aqui tratados revelaram que os variados repertórios utilizados por este grupo para criarestão fortemente atrelados à produção veiculada pelas mídias na contemporaneidade. Dentre as produções de maior recorrência verificadas no interior das narrativas dos jovens estão: a produção da TV, do cinema e das histórias em quadrinhos. As investigações sobre os processos de criação deste grupo se deram tanto a partir dos seus processos individuais quanto dos coletivos. O conceito de processos de criação compreendido neste trabalho está vinculado ao pensamento de Mikhail Bakhtin, Lev Vigotski e Rita Ribes Pereira e do artista Marcel Duchamp. As relações estabelecidas para compreender o campo das artes visuais na contemporaneidade estão no pensamento de Arthur Danto eNicolas Bourriaud. Este trabalho dialoga com o campo do ensino da arte através das reflexões realizadas por Ana Mae Barbosa, Jochen Dietrich, Ana Elisabete Lopes, Mirian Celeste Martins e Lucia Pimentel.

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Aspects of the behaviour of three groups of Yunnan snub-nosed langurs, Rhinopithecus bieti, were observed over the course of three field seasons from 1986 to 1988. The major findings of the study were: (1) The habitats of R. bieti were mainly at heights of 3,600-4,150 m above sea level. (2) Groups were very large, with group sizes ranging from more than 100 to 269 individuals. (3) Spatial dispersion densities ranged from about 27 to 106 m2/individual during sleeping and resting, to feeding dispersions as large as 5,000-15,000 m2. (4) The locomotor repertoire of R. bieti consisted largely of walking, jumping and climbing. On very rare occasions, semibrachiation was observed, but true brachiation was never observed. The locomotor repertoires of juveniles were more diverse than those of subadults or adults. (5) Communication consisted mainly of eye-to-eye contact accompanied by murmurs; while loud calls were heard only rarely. (6) Groups moved between sleeping and feeding sites in single file. It is concluded that R. bieti is a mainly terrestrial species.

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Formyl peptide receptors (FPRs) were observed to expand in rodents and were recently suggested as candidate vomeronasal chemosensory receptors. Since vomeronasal chemosensory receptors usually underwent positive selection and evolved concordantly with the vomeronasal organ (VNO) morphology, we surveyed FPRs in primates in which VNO morphology is greatly diverse and thus it would provide us a clearer view of VNO-FPRs evolution. By screening available primate genome sequences, we obtained the FPR repertoires in representative primate species. As a result, we did not find FPR family size expansion in primates. Further analyses showed no evolutionary force variance between primates with or without VNO structure, which indicated that there was no functional divergence among primates FPRs. Our results suggest that primates lack the VNO-specific FPRs and the FPR expansion is not a common phenomenon in mammals outside rodent lineage, regardless of VNO complexity.

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This thesis critically assesses the impact of neoliberal ideology on liberal thought and contemporary politics specifically examining the question, To what extent has neoliberalism, as elucidated originally by Hayek affected change in contemporary politics? This question is crucial to understanding the nature, role, influence and impact of neoliberal ideas. This investigation required a broad engagement with the literature, identifying and discussing the relationships within neoliberalism allowing a clearer understanding of the role of ideas in neoliberalism’s continuing hegemony. The methodological approach adopted a social constructivist character that encompassed an individual centric emphasis, acknowledging the breadth and complexity of Neoliberalization through the use of interpretive repertoires. The initial chapters examine the ideational process and the role of particular understanding in motivating political conduct. In this context of the transfer of ideas through their everyday resonance eventually becoming ‘stubborn social facts’ (Habermas 2006:413) is highlighted. Later chapters discuss the historical and economic context of Neoliberalization focussing on the role of the hegemon and its influence, outlining and evaluating the contribution of Hayek to liberal thought. The penultimate chapter deals with the contemporary situation and the irony associated with Hayek’s original ideas. Concluding, several findings emerged contributing by combining available knowledge in a uniquely fresh way and generating originality by linking old ideas, new ideas and new facts. The results are grouped as, - Pragmatic, recognising that political pragmatism trumps ideological aspiration where liberal democratic processes require politicians are held to account. - Realistic, recognising the contrast and irony between political action and ideological insight reflected in the operationalization of neoliberalism. - General, recognising Hayek’s on-going but increasingly indirect influence. The thesis finishes with a short aside on ideational change within the context of the current crisis and advocates an introspective approach that includes entrepreneurial spirit, good conscience and duty as part of future deliberations.

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This chapter explores the ways in which sexuality has been understood, embodied and negotiated by a cohort of Irish women through their lives. It is based on qualitative data generated as part of an oral history project on Irish women’s experiences of sexuality and reproduction during the period 1920–1970.1 The interviews, which were conducted with 21 Irish women born between 1914 and 1955, illustrate that social and cultural discourses of sexuality as secretive, dangerous, dutiful and sinful were central to these women’s interpretative repertoires around sexuality and gender. However, the data also contains accounts of behaviours, experiences and feelings that challenged or resisted prevailing scripts of sexuality and gender. Drawing on feminist conceptualisations of sexuality and embodiment (Holland et al., 1994; Jackson and Scott, 2010), this chapter demonstrates that the women’s sexual subjectivities were forged in the tensions that existed between normative sexual scripts and their embodied experiences of sexual desires and sexual and reproductive practices. While recollections of sexual desire and pleasure did feature in the accounts of some of the women, it was the difficulties experienced around sexuality and reproduction that were spoken about in greatest detail. What emerges clearly from the data is the confusion, anxiety and pain occasioned by the negotiation of external demands and internal desires and the contested, unstable nature of both cultural power and female resistance.

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BACKGROUND: Scale-invariant neuronal avalanches have been observed in cell cultures and slices as well as anesthetized and awake brains, suggesting that the brain operates near criticality, i.e. within a narrow margin between avalanche propagation and extinction. In theory, criticality provides many desirable features for the behaving brain, optimizing computational capabilities, information transmission, sensitivity to sensory stimuli and size of memory repertoires. However, a thorough characterization of neuronal avalanches in freely-behaving (FB) animals is still missing, thus raising doubts about their relevance for brain function. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: To address this issue, we employed chronically implanted multielectrode arrays (MEA) to record avalanches of action potentials (spikes) from the cerebral cortex and hippocampus of 14 rats, as they spontaneously traversed the wake-sleep cycle, explored novel objects or were subjected to anesthesia (AN). We then modeled spike avalanches to evaluate the impact of sparse MEA sampling on their statistics. We found that the size distribution of spike avalanches are well fit by lognormal distributions in FB animals, and by truncated power laws in the AN group. FB data surrogation markedly decreases the tail of the distribution, i.e. spike shuffling destroys the largest avalanches. The FB data are also characterized by multiple key features compatible with criticality in the temporal domain, such as 1/f spectra and long-term correlations as measured by detrended fluctuation analysis. These signatures are very stable across waking, slow-wave sleep and rapid-eye-movement sleep, but collapse during anesthesia. Likewise, waiting time distributions obey a single scaling function during all natural behavioral states, but not during anesthesia. Results are equivalent for neuronal ensembles recorded from visual and tactile areas of the cerebral cortex, as well as the hippocampus. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Altogether, the data provide a comprehensive link between behavior and brain criticality, revealing a unique scale-invariant regime of spike avalanches across all major behaviors.

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Human and non-human animals tend to avoid risky prospects. If such patterns of economic choice are adaptive, risk preferences should reflect the typical decision-making environments faced by organisms. However, this approach has not been widely used to examine the risk sensitivity in closely related species with different ecologies. Here, we experimentally examined risk-sensitive behaviour in chimpanzees (Pan troglodytes) and bonobos (Pan paniscus), closely related species whose distinct ecologies are thought to be the major selective force shaping their unique behavioural repertoires. Because chimpanzees exploit riskier food sources in the wild, we predicted that they would exhibit greater tolerance for risk in choices about food. Results confirmed this prediction: chimpanzees significantly preferred the risky option, whereas bonobos preferred the fixed option. These results provide a relatively rare example of risk-prone behaviour in the context of gains and show how ecological pressures can sculpt economic decision making.

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While the hominin fossil record cannot inform us on either the presence or extent of social and cognitive abilities that may have paved the way for the emergence of language, studying non-vocal communication among our closest living relatives, the African apes, may provide valuable information about how language originated. Although much has been learned from gestural signaling in non-human primates, we have not yet established how and why gestural repertoires vary across species, what factors influence this variation, and how knowledge of these differences can contribute to an understanding of gestural signaling's contribution to language evolution. In this paper, we review arguments surrounding the theory that language evolved from gestural signaling and suggest some important factors to consider when conducting comparative studies of gestural communication among African apes. Specifically, we propose that social dynamics and positional behavior are critical components that shape the frequency and nature of gestural signaling across species and we argue that an understanding of these factors could shed light on how gestural communication may have been the basis of human language. We outline predictions for the influence of these factors on the frequencies and types of gestures used across the African apes and highlight the importance of including these factors in future gestural communication research with primates.