Unified Taxonomy for Reference Ontology of Shape Features in Product Model

This paper presents a unified taxonomy of shape features. Such taxonomy is required to construct ontologies to address heterogeneity in product/shape models. Literature provides separate classifications for volumetric, deformation and free-form surface features. The unified taxonomy proposed allows classification, representation and extraction of shape features in a product model. The novelty of the taxonomy is that the classification is based purely on shape entities and therefore it is possible to automatically extract the features from any shape model. This enables the use of this taxonomy to build reference ontology.

Predicting gene ontology annotations of orphan GWAS genes using protein-protein interactions

Background: The number of genome-wide association studies (GWAS) has increased rapidly in the past couple of years, resulting in the identification of genes associated with different diseases. The next step in translating these findings into biomedically useful information is to find out the mechanism of the action of these genes. However, GWAS studies often implicate genes whose functions are currently unknown; for example, MYEOV, ANKLE1, TMEM45B and ORAOV1 are found to be associated with breast cancer, but their molecular function is unknown. Results: We carried out Bayesian inference of Gene Ontology (GO) term annotations of genes by employing the directed acyclic graph structure of GO and the network of protein-protein interactions (PPIs). The approach is designed based on the fact that two proteins that interact biophysically would be in physical proximity of each other, would possess complementary molecular function, and play role in related biological processes. Predicted GO terms were ranked according to their relative association scores and the approach was evaluated quantitatively by plotting the precision versus recall values and F-scores (the harmonic mean of precision and recall) versus varying thresholds. Precisions of similar to 58% and similar to 40% for localization and functions respectively of proteins were determined at a threshold of similar to 30 (top 30 GO terms in the ranked list). Comparison with function prediction based on semantic similarity among nodes in an ontology and incorporation of those similarities in a k nearest neighbor classifier confirmed that our results compared favorably. Conclusions: This approach was applied to predict the cellular component and molecular function GO terms of all human proteins that have interacting partners possessing at least one known GO annotation. The list of predictions is available at http://severus.dbmi.pitt.edu/engo/GOPRED.html. We present the algorithm, evaluations and the results of the computational predictions, especially for genes identified in GWAS studies to be associated with diseases, which are of translational interest.

Ontology analysis of global gene expression differences of human bone marrow stromal cells cultured on 3D scaffolds or 2D films

Differences in gene expression of human bone marrow stromal cells (hBMSCs) during culture in three-dimensional (3D) nanofiber scaffolds or on two-dimensional (2D) films were investigated via pathway analysis of microarray mRNA expression profiles. Previous work has shown that hBMSC culture in nanofiber scaffolds can induce osteogenic differentiation in the absence of osteogenic supplements (OS). Analysis using ontology databases revealed that nanofibers and OS regulated similar pathways and that both were enriched for TGF-beta and cell-adhesion/ECM-receptor pathways. The most notable difference between the two was that nanofibers had stronger enrichment for cell-adhesion/ECM-receptor pathways. Comparison of nanofibers scaffolds with flat films yielded stronger differences in gene expression than comparison of nanofibers made from different polymers, suggesting that substrate structure had stronger effects on cell function than substrate polymer composition. These results demonstrate that physical (nanofibers) and biochemical (OS) signals regulate similar ontological pathways, suggesting that these cues use similar molecular mechanisms to control hBMSC differentiation. Published by Elsevier Ltd.

Medieval pulse of great earthquakes in the central Himalaya: Viewing past activities on the frontal thrust

The Himalaya has experienced three great earthquakes during the last century1934 Nepal-Bihar, 1950 Upper Assam, and arguably the 1905 Kangra. Focus here is on the central Himalayan segment between the 1905 and the 1934 ruptures, where previous studies have identified a great earthquake between thirteenth and sixteenth centuries. Historical data suggest damaging earthquakes in A.D. 1255, 1344, 1505, 1803, and 1833, although their sources and magnitudes remain debated. We present new evidence for a great earthquake from a trench across the base of a 13m high scarp near Ramnagar at the Himalayan Frontal Thrust. The section exposed four south verging fault strands and a backthrust offsetting a broad spectrum of lithounits, including colluvial deposits. Age data suggest that the last great earthquake in the central Himalaya most likely occurred between A.D. 1259 and 1433. While evidence for this rupture is unmistakable, the stratigraphic clues imply an earlier event, which can most tentatively be placed between A.D. 1050 and 1250. The postulated existence of this earlier event, however, requires further validation. If the two-earthquake scenario is realistic, then the successive ruptures may have occurred in close intervals and were sourced on adjacent segments that overlapped at the trench site. Rupture(s) identified in the trench closely correlate with two damaging earthquakes of 1255 and 1344 reported from Nepal. The present study suggests that the frontal thrust in central Himalaya may have remained seismically inactive during the last similar to 700years. Considering this long elapsed time, a great earthquake may be due in the region.

Saber y poder, prodigios ambiguos e interpretación medieval en el Libro de Alexandre y el Poema de Fernán Gonçález

Resumen: Tanto en el Libro de Alexandre como en el Poema de Fernán Gonçález se presentan prodigios de signifi cación ambigua: el eclipse en el LA, el caballero tragado por la tierra y la serpiente voladora en el PFG. Los episodios en que aparecen insertos estos elementos extraordinarios o sobrenaturales ofrecen una serie de similitudes: el temor de los ejércitos y la habilidad retórica que se despliega para reinterpretar el signo, volverlo a favor del héroe y enardecer así a sus hombres. El objetivo de este trabajo es examinar estos episodios y su signifi cación en el marco de cada uno de los poemas, centrándonos en los problemas de la interpretación y la asignación de sentido, y la relación entre saber y poder que se postula.

La maurofilia en la poesía épica medieval

Resumen: El hispanista francés Georges Cirot fue el primero en emplear el término “maurofilia literaria” (maurophilie littéraire) en 1938 para referirse a la representación del valor y la nobleza de los moros en la literatura española del siglo XVI. Pero como señaló Ramón Menéndez Pidal (1957, 202), ya en los siglos XIV y XV los castellanos se habían sentido atraídos por los musulmanes de Granada, por su exótica civilización, su lujo en el vestir, la espléndida ornamentación de sus edificios y su modo de cabalgar, armarse y combatir. Francisco Márquez Villanueva (1984, 117-118) indicó que aunque la literatura maurófila del siglo XVI fue elaborada bajo el signo avanzado del humanismo cristiano, cuyas características fueron “el inconformismo y la sensibilidad para toda suerte de realidades en divergencia del mundo oficial”, las raíces de la maurofilia literaria se encuentran en el viejo romancero fronterizo y morisco elaborado en el siglo XV. En su opinión, el Romancero fue la patria de la “maurofilia pura” y es donde encontramos un cuadro de referencias temáticas “hecho de toponimia y onomástica, armas, indumentaria, policromía y cabalgadas” tendiente a caracterizar al moro como un ser refinado y superior. Para María Rosa Lida (1960, 355), en cambio, la imagen caballeresca del moro se remonta a don Juan Manuel, pues en sus obras aparecen las cortes musulmanas como “centros de molicie refinada y suntuosa”. En efecto, en el Libro de los estados se afirma el valor del moro como guerrero y en el Conde Lucanor aparecen una serie de reyes moros magnánimos y discretos. Sin embargo, el árabe como personaje sabio o “ejemplar” figura ya en una de las fuentes del Conde Lucanor, la Disciplina clericalis, obra compuesta a principios del siglo XII por el judío converso Pedro Alfonso. Por otra parte, el análisis de la representación de los moros en textos épicos, Avengalvón en el Poema de mio Cid y Almanzor en la Los siete infantes de Lara, nos permite descubrir un importante e insoslayable antecedente de la maurofilia de los últimos siglos de la Edad Media

De la lírica medieval a la moderna : tradicionalidad e individualidad en la poesía española

Integran este número de la revista ponencias presentadas en Studia Hispanica Medievalia VIII : Actas de las X Jornadas Internacionales de Literatura Española Medieval, 2011, y de Homenaje al Quinto Centenario del Cancionero General de Hernando del Castillo.

Representaciones del imaginario medieval en el siglo XIX : la mano de gloria según Nerval, Bertrand, Maupassant y Schwob

Integran este número de la revista ponencias presentadas en Studia Hispanica Medievalia VIII: Actas de las IX Jornadas Internacionales de Literatura Española Medieval, 2008, y de Homenaje al Quinto Centenario de Amadis de Gaula.

La normativa hispano medieval y su aplicación en Indias : condición femenina dentro del marco penal y procesal

Resumen: El intercambio de culturas con ocasión de la residencia de los nuevos pobladores en tierras americanas, trajo como consecuencia la implantación de diferentes normativas provenientes de la Hispania medieval, pero también un grave desajuste en la aplicación de dichas costumbres para las mujeres, según fuera su estatus social. En ocasiones, indígenas, mestizas y españolas lograron alcanzar posturas flexibles –de parte de las autoridades canónicas y civiles– a la hora de ser multadas o castigadas por la ley; otras veces, su peso caía con todo el rigor sin atender a ningún tipo de diferenciación entre las mujeres.

Los judíos en la legislación castellana medieval : notas para su estudio (siglos X-XIII)

Resumen: En el presente artículo nos abocaremos al estudio de las relaciones cristiano- judías en Castilla entre los siglos X y XIII a partir del análisis de la legislación castellana contenida en cartas pueblas, fueros, ordenanzas, Partidas y otros tantos instrumentos jurídico legales.

Del combate singular al singular combate sexual en la sátira trovadoresca medieval gallego-portuguesa

Integran este número de la revista ponencias presentadas en Studia Hispanica Medievalia VIII: Actas de las IX Jornadas Internacionales de Literatura Española Medieval, 2008, y de Homenaje al Quinto Centenario de Amadis de Gaula.

El pensamiento católico medieval sobre los bosques, los animales y el subsuelo

Resumen: El autor plantea un recorrido por el pensamiento católico medieval sobre los bosques, los animales y el subsuelo. Da cuenta de cómo filósofos morales como San Antonino de Florencia, Francisco de Vitoria, Domingo de Soto y San Francisco de Asís, entre otros, contribuyeron grandemente al pensamiento económico. Luego, dedica un apartado al análisis sobre cómo la teoría del dominio y la propiedad privada se aplica a los bienes de la naturaleza. Además, el autor se refiere también a la cuestión relativa a la propiedad del subsuelo. Finalmente, destaca que en ninguno de los postulados de tales filósofos se contempla el daño a la naturaleza como tal, sino en relación al impacto sobre la persona humana y el bien común.

En torno a la traducción en la España Medieval: el caso de la Divina Commedia

Integran este número de la revista ponencias presentadas en Studia Hispanica Medievalia VIII: Actas de las IX Jornadas Internacionales de Literatura Española Medieval, 2008, y de Homenaje al Quinto Centenario de Amadis de Gaula.

El sentimiento partidista presente en el inicio de la Conquista del Perú : supervivencia medieval en los conflictos entre Pizarro y Almagro

El siglo XVI americano fue escenario de la lucha de partidos entre los españoles que defendieron con vigorosa fidelidad a sus respectivos líderes. En la Conquista del Perú se encuentra el caso que mejor demuestra el nivel de violencia que alcanzaron las rivalidades partidarias. Fue en la singular, difícil y posteriormente violenta relación entre Diego de Almagro y Francisco Pizarro desde la salida de Panamá en 1524 hasta la lucha por la dominación de la ciudad del Cuzco en 1538.