Local Structural Differences in Homologous Proteins: Specificities in Different SCOP Classes

The constant increase in the number of solved protein structures is of great help in understanding the basic principles behind protein folding and evolution. 3-D structural knowledge is valuable in designing and developing methods for comparison, modelling and prediction of protein structures. These approaches for structure analysis can be directly implicated in studying protein function and for drug design. The backbone of a protein structure favours certain local conformations which include alpha-helices, beta-strands and turns. Libraries of limited number of local conformations (Structural Alphabets) were developed in the past to obtain a useful categorization of backbone conformation. Protein Block (PB) is one such Structural Alphabet that gave a reasonable structure approximation of 0.42 angstrom. In this study, we use PB description of local structures to analyse conformations that are preferred sites for structural variations and insertions, among group of related folds. This knowledge can be utilized in improving tools for structure comparison that work by analysing local structure similarities. Conformational differences between homologous proteins are known to occur often in the regions comprising turns and loops. Interestingly, these differences are found to have specific preferences depending upon the structural classes of proteins. Such class-specific preferences are mainly seen in the all-beta class with changes involving short helical conformations and hairpin turns. A test carried out on a benchmark dataset also indicates that the use of knowledge on the class specific variations can improve the performance of a PB based structure comparison approach. The preference for the indel sites also seem to be confined to a few backbone conformations involving beta-turns and helix C-caps. These are mainly associated with short loops joining the regular secondary structures that mediate a reversal in the chain direction. Rare beta-turns of type I' and II' are also identified as preferred sites for insertions.

Open Media Classes at Coventry University: Final Evaluation Report 2015

This report offers a reflection on findings from a one year evaluation study into the distributed open media classes at Coventry University The study team comprised Lou McGill and Tim Gray of Lou McGill Consultancy Ltd. This report is augmented by an open wiki (bit.ly/1KqL4nH) which includes more detail about the approaches used during the study and findings are also presented as a series of web pages (comc.loumcgill.co.uk). We would like to thank the Department of Media in the School of Art and Design for their input, openness and patience during the study.

Vestigios da lingua arabica em portugal, ou, lexicon ethimologico das palavras, e nomes portuguezes, que tem origem arabica : composto por ordem da academia real das sciencias de Lisboa

Esta obra é uma das mais importantes do autor. Esta primeira edição apresenta, em ordem alfabética, os termos em três grafias : português, em caracteres arábicos e na forma portuguesa da palavra árabe; em seguida, fornece a origem e os diferentes signifcados da palavra. Os termos são marcados com asterisco quando antigos e menos usados. Existe uma segunda edição, em 1830, que, segundo, Inocêncio, é superior a esta.

Teste de não-palavras para afásicos: uma contribuição para a prática fonoaudiológica

A afasia pode ser definida como uma alteração no conteúdo, na forma e no uso da linguagem e de seus processos cognitivos subjacentes, tais como percepção e memória adquirida por lesão neurológica. Essa alteração é caracterizada por redução e disfunção, que se manifestam tanto no aspecto expressivo quanto no receptivo da linguagem oral e escrita, embora em diferentes graus em cada uma dessas modalidades (CHAPEY 1996). A alça fonológica constitui um dos três componentes do modelo de memória de trabalho proposto por Baddeley e Hitch (1974) e sua função é armazenar temporariamente as informações verbais e retê-las por um breve período tanto para a compreensão verbal como para a repetição acústica. De acordo com Gathercole e Baddeley (1993), a tarefa de repetição de não-palavras é capaz de solicitar mais a memória fonológica, uma vez que o fato do input ser desconhecido, e não exposto às influências lexicais ou ao uso de estratégias mnemônicas, possibilita avaliar as reais condições do sistema de memória. Considerando-se que afásicos têm dificuldades para memorizar palavras, frases ou instruções e que inexistem estudos nacionais que verificassem o desempenho de afásicos em um teste de não-palavras, a presente dissertação tem como objetivo verificar a integridade da alça fonológica de seis afásicos por meio da aplicação de um teste de não-palavras elaborado para tal objetivo. Como resultado, observou-se através das análises, desempenhos variados, porém com piora significativa no desempenho influenciado pelo aumento da extensão da palavra, corroborando assim, com estudos já realizados com outras categorias de distúrbios linguísticos

Pragmatemas e a música no ensino-aprendizagem de inglês como língua adicional em um colégio estadual do RJ: papel na retenção lexical

O presente estudo analisa as contribuições do uso da música e de pragmatemas na retenção lexical por parte de três turmas de inglês como língua adicional em uma escola estadual na cidade de São João de Meriti (RJ). Para tal, constituiu três condições de pesquisa das quais fizeram parte doze alunos na turma 1 (T1); doze alunos na turma 2 (T2); e nove alunos na turma 3 (T3). A turma 1 (T1) participou de práticas pedagógicas com foco na música e sem foco explícito nos pragmatemas presentes na letra; a turma 2 (T2) de práticas pedagógicas com foco na música e nos pragmatemas da letra; e a turma 3 (T3) de práticas pedagógicas voltadas somente para o ensino-aprendizagem dos pragmatemas presentes na letra, sem o suporte da música. Anteriormente à intervenção, foi aplicado um questionário sobre os hábitos sócio-culturais dos participantes visando conhecer suas preferências musicais e perfil de letramento. Para analisar a relação entre o uso da música e de pragmatemas na retenção lexical, foram aplicados um pré-teste antes da intervenção e dois pós-testes com intervalo de 1 mês entre eles. Além disso, o estudo contou com uma entrevista semi-estruturada com os participantes, visando entender a percepção dos mesmos sobre as práticas utilizadas na intervenção. Os achados apontam que houve uma retenção ligeiramente superior nas condições T2 (música e foco nos pragmatemas) e T3 (foco exclusivo nos pragmatemas), com ligeira superioridade para a condição 3. O pragmatema recuperado com maior frequência foi "What's up", fato que pode ser parcialmente explicado pelo fato de ser pronunciado como uma palavra só e pelo número de letras que o representa ortograficamente. Estudos futuros poderão esclarecer se há significância estatística entre as diferenças encontradas assim como melhor explorar como o ensino explícito de unidades lexicais complexas pode contribuir para a retenção desses itens lexicais e consequentemente para o ensino-aprendizagem de línguas adicionais. A intervenção permitiu que os aprendizes passassem a entender que as palavras não ocorrem de modo isolado, mas que sempre caminham junto a outras. Permitiu também que a rotina pedagógica contemplasse a coconstrução do conhecimento, levando os aprendizes a reagir positivamente às práticas utilizadas no ensino de inglês, conforme relatos durante as entrevistas semi-estruturadas. Isso per se já justifica a utilização de práticas semelhantes e ilustra a contribuição do presente estudo

Florística e fitossociologia da Floresta Atlântica montana no Parque Estadual da Ilha Grande, RJ

Este estudo tem por objetivo ampliar o conhecimento sobre a flora da Ilha Grande, Angra dos Reis, RJ, através da avaliação florística e fitossociológica da comunidade arbustivoarbórea, com Circunferência à Altura do Peito ≥ 15,7 cm (CAP ≥ 5,0 cm) em trechos de Floresta Atlântica montana. Foram alocadas 34 parcelas retangulares e permanentes de 10x30 m, totalizando uma área amostral de 1,02 ha. Foram amostrados todos os indivíduos arbustivoarbóreos vivos, que tiveram aferidas a circunferência do caule, estimada a altura total, altura do fuste e realizada a coleta de material botânico. A identificação dos espécimes foi realizada através da análise das estruturas vegetativas e reprodutivas, comparação em herbários, consultas a literatura especializada e, quando possível, com auxílio de especialistas. O material botânico coletado está sendo incorporado à coleção do Herbário da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (HRJ). Procedeu-se a avaliação do status de conservação das espécies determinadas para identificar o grau de ameaça. A estrutura da comunidade inventaria foi analisada através do pacote estatístico FITOPAC 2.1. Inventariou-se 1.847 indivíduos arbustivo-arbóreos vivos, subordinados a 225 espécies ou morfo-espécies de 27 gêneros e 53 famílias botânicas. Este estudo constatou que a Ilha Grande é uma nova área de ocorrência para 53 espécies fanerogâmicas. As famílias mais abundantes foram: Myrtaceae (391 indivíduos), Rubiaceae (337), Euphorbiaceae (100), Fabaceae (84) e Sapotaceae (72). Myrtaceae (69 spp.), Rubiaceae (14), Fabaceae (13), Lauraceae e Sapotaceae (11) foram as famílias que apresentaram as maiores riquezas. O índice de diversidade de Shannon & Weaver (H) obtido foi de 4,609 nats/indvs. e o de equabilidade (J) de 0,851. Os parâmetros fitossociológicos calculados indicaram que Amaioua intermedia Mart. (5,17%), Eriotheca pentaphylla (Vell.) A. Robyns (4,84%), Qualea glaziovii Warm. (2,74%), Vochysia bifalcata Warm. (2,69%), Xylopia brasiliensis Spreng. (2,48%), Heisteria silvianii Schwacke (2,43%), Coussarea nodosa (Benth.) Müll. Arg. (2,38%), Guapira opposita (Vell.) Reitz (2,37%), Manilkara subsericea (Mart.) Dubard (2,02%) e Inga lanceifolia Benth. (1,86%) são as espécies com maiores Valores de Importância (VI). Entre as táxons inventariados foi possível identificar 69 espécies raras, representadas na comunidade por um único indivíduo, e nove espécies com problemas de conservação, dais quais Chrysophyllum flexuosum Mart., Micropholis crassipedicellata (Mart. & Eichler ex Miq.) Pierre e Manilkara subsericea (Mart.) Dubard estão categorizadas como dependentes de conservação; Eugenia prasina O. Berg como vulnerável; Myrceugenia myrcioides (Cambess.) O.Berg como futuramente ameaçada de extinção; Ocotea odorifera Rohwer como ameaçada de extinção e/ou vulnerável a extinção; Pradosia kuhlmannii Toledo como ameaçada de extinção; Solanum carautae Carvalho como espécie rara e Urbanodendron bahiense (Meisn.) Rohwer em perigo de extinção. A distribuição dos indivíduos em classes diamétricas apresentou uma tendência exponencial negativa, sugerindo que a comunidade possui capacidade de autoregeneração. Os resultados da composição florística e da estrutura da vegetação montana do PEIG evidenciaram expressiva riqueza e diversidade de espécies arbóreas, cuja preservação é fundamental para o funcionamento e o equilíbrio desta formação. Palavras-chave: Mata Atlântica. Floresta montana. Fitossociologia. Parque Estadual da Ilha Grande.

Reconhecimento profissional e social do agente comunitário de saúde: uma reflexão sobre as classes trabalhadoras urbanas no setor saúde

Este estudo tem por objeto a compreensão do reconhecimento profissional e social do Agente Comunitário de Saúde (ACS) destacando-se as influências das relações sociais impostas, mas que ao mesmo tempo trazem para o cenário o fruto destas relações, a desigualdade social, que remete ao conceito de classes sociais nas relações entre Estratégia de Saúde da Família (ESF) e favela. O objetivo geral é estudar e analisar a percepção dos ACS na Estratégia de Saúde da Família das áreas programáticas (AP) 2.1, 3.1 e 5.2 do município do Rio de Janeiro acerca do seu reconhecimento social e profissional a partir das categorias de reconhecimento e classe social. O estudo é desenvolvido por meio de uma abordagem qualitativa, com base nas narrativas do trabalho, reconhecimento, classe social e gênero, com organização e análise segundo a metodologia do Discurso do Sujeito Coletivo. Os campos de pesquisas utilizados foram às áreas programáticas (A.P.) 2.2, 3.1 e 5.2. Os resultados geraram dois eixos temáticos: Percepção do que levou este trabalhador a ser ACS; Falta de reconhecimento e valorização. O fato de estar desempregado ou inserido em formas de subemprego surgiu como a maior motivação para ser tornar ACS; A divulgação do processo seletivo público leva o ACS a acreditar que será contratado por um estatuto, gerando a expectativa em ser funcionário público e ter garantias trabalhistas sólidas, afastando a possibilidade de voltar a estar desempregado. Na segunda categoria, as questões destacadas incluem: A ACS é morador de uma favela e pertence à classe trabalhadora. A grande maioria destes trabalhadores são mulheres, que precisam estar perto de casa para exercer seu papel também como educadora dos filhos, mas também para aumentar sua renda ou até mesmo exercer seu papel como provedora de uma família inteira, o que também possui determinação de classe social. O ACS se percebe desvalorizado como mediador no trabalho educativo. Esta desvalorização denota a compreensão do trabalho do ACS como de baixa complexidade. A questão salarial também é um fato ao qual o ACS atribui sua desvalorização como trabalhador, e retrata um pertencimento econômico a uma determinada classe social, a classe explorada pelo capital. Conclui-se que o que a inserção de trabalhadores comunitários, via seleção e contratação de ACS na atenção básica aproveita as redes sociais de integração pré-formadas nas comunidades para inserir e dar eficácia às ações de saúde. O atual contexto de trabalho do ACS representa um modo de produção da saúde que aliena este trabalhador, destituindo-o do seu processo de trabalho e reforçando a estrutura de classes presente na sociedade, interferindo no reconhecimento social e profissional do ACS.

A influência das histórias em quadrinhos no ensino da matemática: um saberfazer que permite a comunhão do paradidático com o didático numa busca insólita pela mudança da relação tecida entre a criança e esta ciência exata

Esta dissertação é o resultado do meu verouvirsentir e busca evidenciar que, nas relações desenvolvidas no processo do ensino da matemática, as histórias em quadrinhos podem-se revelar um instrumento eficaz para a aplicação de uma metodologia alternativa dotada de uma potência extraordinária na interlocução entre a criança e o conteúdo matemático. Nesse contexto, um dos maiores argumentos que encontro, ao final desta jornada, é que fica a percepção de que o livro didático adotado (referência para o conteúdo teoricoprático), em quase sua totalidade, não favorece que os alunos estabeleçam uma relação com a matemática pautada na atenção, curiosidade, alegria e outros fatores/elementos que permitam o crescimento cognitivo desses alunos na referida disciplina. A pesquisa é realizadasentida em uma escola particular de ensino fundamental e médio situada em Realengo em três turmas de 6 ano. Esses alunos variam entre 10 e 13 anos de idade e aproximadamente 90% deles são oriundos de famílias de classe média. Para realizarsentir esta pesquisa, percebo que, fundamentalmente, faço uso de duas metodologias que se revelam a priori: pesquisa-ação e o mergulho (ALVES, 2008). Realizo alguns diálogos que se consolidam como aporte teórico e que norteiam toda a minha escrita. Esses diálogos podem ou não aparecer nas citações que faço. Os diálogos invisibilizados pela minha escrita de modo algum foram menos importantes e tampouco são considerados menos relevantes, na verdade, conduzem minha escrita, misturando-se em minhas próprias palavras a ponto de se tornarem indissociáveis. Nesses diálogos, encontro-me com Michel de Certeau, Paulo Sgarbi, Nilda Alves, Humberto Maturana, Inês Barbosa, Von Foerster, Michel Focault, Edgard Morin, Will Eisner, Ginsburg, entre outros. Como resultados, ficou evidenciado que, ao oferecer a possibilidade de reescrita da teoria matemática através das histórias em quadrinhos, os alunos (na sua maioria) desenvolveram uma capacidade maior de concentração, atenção aos detalhes da própria teoria e a diminuição significativa da resistência ao conteúdo matemático. Uma velhanova linguagem? Em um velhonovo meio? Seja qual for a conclusão, a aventura do desafio na busca da construção de uma nova relação entre a criança e a matemática, por si só, permite a exposição de tensões e oportuniza o crescimento de todos. Nessa jornada, de ação em ação, busco fazer algo significativo.